Universidad Nacional Autónoma de México

Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán Campo 1

Sección de Bioquímica y Farmacología Humana

Lic. en Bioquímica Diagnóstica

Clave de la carrera: 10569

Ejercicios Pfam

Alumno
Hernández García Emmanuel

Bioinformática
Clave de la asignatura: 0041
Grupo: 1001
Semestre 2021-I
Asesoras:
M. en C. Maritere Domínguez Rojas
BQD Larisa Andrea González Salcedo
BQD Rosa María de los Ángeles López Cabrera
BQD Tania Jazmín Ruiz Sánchez

Fecha de entrega: 8 de noviembre de 2020

1. VHL.
VHL
Búsqueda Ilustración Descripción
Dominio beta de BVS:
VHL forma un
complejo con las
proteínas elonginB
O44226 y elonginC
Dominio O13292 que, unido a
Cul2, participa en la
regulación del ARNm
del factor de
crecimiento endotelial
vascular

Alineación de la
Imagen de
secuencia de semillas
alineamiento
para PF01847 (HTML)

Descripción general
rápida de las
HMM LOGO
propiedades del HMM
en forma gráfica
 • Operophtera
brumata
Especies • Drosophila
melanogaster
• Pan troglodytes

5 interacciones para
Interacciones
esta familia
 2. Q8NFG4.

Q8NFG4
Búsqueda Ilustración Descripción

Proteína codificada Foliculina

El gen FLCN está

formado por 14
exones (información
obtenida de: https://
Exones
www.bhdsyndrome.
org/)
*No se ubicó la
información en Pfam
 • G (28)
• P (53)
HMM LOGO:
• C (56)
aminoácidos más
• G (76)
conservados
• P (84)
• W (213)
 Alineación de la
Alineamiento HTML
secuencia de semillas
del dominio
para Q8NFG4
 Árbol filogenético para
la alineación de
Árbol filogenético
semillas de esta
familia

Dominio
taxonómico de Eucaria
mayor incidencia
3. PF11971.
PF11971
Búsqueda Ilustración Descripción

Formas de la
Todos son dominios
secuencia

Este dominio es el
dominio CH N-terminal
de proteínas
Descripción del
asociadas a
dominio
espectrina reguladas
por calmodulina -
proteínas CAMSAP

• D (22)
• G (23)
• L (26)
• Y (33)
HMM LOGO:
• P (35)
aminoácidos
• I (38)
conservados
• L (45)
• N (57)
• L (69)
• D (80)
 Alineación de la
Alineamiento HTML secuencia de semillas
del dominio para PF11971
 • Toxocara canis
• Amphimedon
queenslandica
• Ornithorhynchus
Organismos anatinus
• Oryctolagus
cuniculus
• Ailuropoda
melanoleuca

Dominio
taxonómico de Eucaria
mayor incidencia
 7 miembros:
• CAMSAP_CH
• CDC24
• CH
Clan: miembros
• CH_2
• DUF2745
• IFT81_CH
• MIP-T3
 Este árbol muestra la
ocurrencia de los
Diagrama de dominios en este clan
distribución de en diferentes
especies especies; se muestra
solo una porción del
mismo
 Este diagrama
Diagrama de
muestra las relaciones
relaciones entre los
entre los miembros de
miembros del clan
este clan

Interacciones del Hay 14 interacciones

clan para este clan