Curso: Biología Molecular

Responsables: Dr. Víctor Manuel Valdés López

Dr. Félix Recillas Targa

Módulo 7:
REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GÉNICA EN PROCARIONTES

Dr. Adrián Fernando Alvarez

Bibiliografía:
Molecular Genetics of bacteria. Dale & Park.
Molecular Genetics of bacteria. Snyder & Champness.
Lewin's GENES X
Molecular Biology of the Gene. Watson, Baker, Bell, Gann, Levine, Losick
Filogenia de las bacterias
 Organismo Tamaño del genoma Número de Número de
(bp) replicones genes
(*cromosomas)
Nasuia deltocephalinicola str. NAS- 112,091 1 169
ALF
Nanoarchaeum equitans Kin4-M 490,885 1 586

Mycoplasma hominis 665,445 1 577

Lactobacillus casei ATCC 334 2,924,325 2 2,926

Tamaño de genomas

Bacillus subtilis PY79 4,033,459 1 4,278

Mycobacterium tuberculosis H37Rv 4,411,529 1 4,111

Escherichia coli str. K-12 substr. 4,639,675 1 4,497

MG1655
Pseudomonas aeruginosa PA01 6,264,403 1 5,106

Rhodococcus jostii RHA1 9,702,737 4 9,221

Streptomyces bingchenggensis BCW-1 11,936,683 1 10,107

Sorangium cellulosum So0157-2 14,782,125 1 10,503

Saccharomyces cerevisiae 12,157,105 16 * 6,275

Neurospora crassa 38,704,609 7* 10,082

Arabidopsis thaliana 135,000,000 5* 27,400

Homo sapiens 2,900,000,000 23 * 21,000

Paris japonica 149,000,000,000 40* ??

Algunos conceptos importantes:

Genoma : Contenido total de material genético de una célula u organismo.

Cromosoma es una molécula de DNA auto-replicante asociada a proteínas y a RNA
Plásmido: fragmentos extracromosómicos de DNA, con capacidad para replicarse de
manera autónoma
Megaplasmido bacteriano: elemento genético extracromosómico auto-replicante, de
un tamaño de 100 Kb o más. Por definición, no son esenciales para la vida de las
células.
Replicón : Unidad de replicación del DNA que se replica a través de múltiples
horquilllas. Definido por un gen de origen y un gen de término de la replicación. El
genoma de E. coli representa un solo replicón. Un cromosoma eucarionte posee varios
replicones
Regulón: conjunto de genes u operones regulados por un mismo factor regulatorio.
Transcriptoma: conjunto de mRNA (transcritos) sintetizados en una célula bajo
determinadas condiciones
Proteoma: conjunto de proteínas expresadas en una célula bajo determinadas
condiciones
Metaboloma: conjunto dinámico de moléculas y elementos químicos presentes en
una célula viva en un momento determinado.
 Diferencias entre cromosoma procariota y eucariota
• En eucariotas los cromosomas están encerrados en un núcleo “real”, separado del
resto de la célula por una doble membrana de fosfolípidos, mientras que las bacterias
carecen de núcleo.
• Los cromosomas eucariotas son moléculas de DNA linear, mientras que los
cromosomas bacterianos pueden ser lineares o circulares. Si bien la mayoría de los
cromosomas procariotas son circulares, ejemplos de géneros bacterianos con
cromosomas lineares son Agrobacterium tumefaciens, Actinomicetes (especies de
Streptomyces, Rhodococcus, Mycobacterium, entre otras) y las pertenecientes al
género Borrelia .
• El DNA eucariota está asociado a proteínas denominadas histonas, y organizados en
cromosomas, mientras que el DNA procariota está “desnudo”, en el sentido que
carece de histonas asociadas. En realidad, esto no es estrictamente cierto, ya que las
bacterias poseen proteínas que se asocian con el DNA y, al igual que las histonas
eucariotas, tienen funciones de regulación de la expresión génica
• Los genes de células eucariotas contiene regiones codificantes (exones) intercaladas
por regiones de DNA no codificantes (intrones), mientras que los genes procariotas
carecen de intrones, es decir, toda la secuencia del gen codifica para el RNA
mensajero que dará lugar a una proteína
Flujo de información y factores de regulación
Estructura general de promotores de E. coli
Factores sigma alternativos y secuencias que reconocen
Flujo de información y factores de regulación
 Factores Transcripcionales (TFs)

Activadores  CRP-cAMP
Represores LacI
Represor/Activador  AraC, LldR

Represión: generalmente
por impedimento estérico
con la RNApol

Activación: generalmente
por reclutamiento de la
RNApol
 Activadores transcripcionales con mecanismo alostérico
(no de reclutamiento )

NtrB/NtrC
Bajos niveles de N.
NtrC tiene actividad ATPasa.
Permite la transición a un
complejo abierto.

MerR: controla genes de resistencia al mercurio

merT promoter tiene una distancia de 19bp entre -35 y -10 (en vez de 15-17)
 Factores Transcripcionales (TFs)
E. coli: 314 reguladores transcripcionales con motivo HTH
La mayoría de ellos están asociados a un dominio regulador

Ejemplos: CRP (CAP), Fnr, OxyR, Reguladores de respuesta

El dominio regulador frecuentemente se une a un efector, que puede ser

un inductor o un corepresor
TFs: clasificación según motivo de unión a DNA

TFs bacterianos con motivo HTH

Reguladores de la familia CRP-Fnr
 Reguladores de la familia LysR

• The LysR-type transcriptional regulators (LTTRs) comprise the largest family of

prokaryotic transcription factors.
• The family is composed of similar-sized, autoregulatory LTTRs
• These proteins are composed of an N-terminal DNA binding domain (DBD) and
a C-terminal cofactor binding domain
• Regulons encoding extremely diverse functions including nitrogen fixation,
oxidative stress response and bacterial virulence
• Like other bacterial transcription factors (e.g. LacI, AraC), LTTRs act as
homodimers or homotetramers
 Reguladores de la familia LysR: OxyR

OxyR is also a member of this class of

regulators, and globally regulates the
expression of genes in response to hydrogen
peroxide stress. In this protein, the sensor for
the oxidizing agent is a motif containing two
cysteine residues. Oxidation of these residues
by hydrogen peroxide causes the formation of
an intramolecular disulphide bond and results
in a conformational change which allows OxyR
to bind to its target genes
Sistemas de dos componentes: reguladores de
respuesta son factores transcripcionales
Regulación transcripcional mediante sistemas de dos
componentes
Flujo de información y factores de regulación
Decaimiento del mRNA
Decaimiento del mRNA
El operon lldPRD: regulacion post-transcripcional a cargo de RNasas

3.5
Decaimiento de transcritos
3

2.5

mRNA remanente (%)

2

1.5 lldD
lldP
1

0.5

0
0 5 10 15
Tiempo (minutos)
Flujo de información y factores de regulación
Gen procariota: flujo de información génica y elementos importantes
Traducción y transcripción en bacterias ocurre al mismo tiempo
 Importancia de la secuencia SD

La eficiencia de una secuencia de SD (o RBS) en un transcrito depende de:

• Su secuencia
• La extensión de la misma
• La distancia al codón de inicio de la traducción

En RNA policistrónicos:
• Cada cistrón debe tener su propia secuencia de SD (o secuencias TIR)
• Sin embargo, la subunidad 30S del ribosoma puede quedar asociada al
transcrito y comenzar a leer el siguiente cistrón
 Factores que regulan la traducción

Mecanismos Generales de acción de proteínas reguladoras post-transcripcionales:

• Modificación de la susceptibilidad del mRNA a RNasas

• Modulación de la accesibilidad del RBS del mRNA por los ribosomas
• Actuando como chaperonas para la interacción del mRNA con otras moléculas
efectoras
• Modulando la formación de estructura terminador/antiterminador de la
transcripción
Modificación de la susceptibilidad del mRNA a RNasas

Proteínas de unión a mRNA pueden aumentar o disminuir la estabilidad del transcrito

 Modulación de la accesibilidad del RBS del mRNA por los
ribosomas

• La región del mRNA en la que interactúa el ribosoma durante la iniciación de la

traducción comprende desde los nucleótidos -20 al +19
Chaperonas para la interacción del mRNA con otras
moléculas efectoras
 Modulación de la formación de estructura
terminador/antiterminador de la transcripción
 RNAs pequeños como reguladores traduccionales

a) rpoS translation (DsrA , RprA y

ArcZ son activadores)
b) rpoS translation (OxyS es
represor)
Regulación de la traducción de rpoS y ydaM
Chaperona Hfq: modos de acción
Chaperona Hfq: modos de acción (otra figura)
CsrA: regulador traduccional
global

CsrA actúa como dímero

 CsrA generalmente actúa como represor

Un monómero de CsrA se une al SD del mRNA

CsrA: cuando actúa como activador, protege al mRNA
blanco de la degradación
Regulador Global CsrA (RsmA):

Tarea: buscar un ejemplo de gen cuya expresión esté regulada por CsrA.
Presentar una cuartilla con los siguientes puntos:

• Función de ese gen

• Regulación positiva o negativa por CsrA
• Mecanismo de regulación
• Pegar alguna figura que esquematice el mecanismo regulatorio
• Referencia

Entrega: hasta el día 12 de Mayo (vía electrónica)

 Sistemas microbianos de transducción de señales

Estímulo Estímulo
Estímulo
Histidine Receptor
Kinase

Histidine
P +CH3 -CH3 Kinase
P H P
P H

ADP ATP
ADP ATP
D P
D P
Response Response
Regulator Regulator

Respuesta
Respuesta
Respuesta

Un componente Dos componentes Tres componentes

Organism Hábitat One- HK HHK RR HRR
compo
nent
Escherichia coli str. K-12 Intestino de 274 24 5 31 0
substr. MG1655 mamíferos

Pseudomonas Suelo, agua, 435 42 17 67 1

aeruginosa PAO1 animales
Mycobacterium intracelular 220 16 0 13 0
tuberculosis H37Rv
Mycobacterium Suelo, agua 563 36 0 35 0
smegmatis str. MC2 155

Helicobacter pylori 2017 Estómago 8 2 0 5 0

humano
Rhodococcus jostii RHA1 suelo 797 46 1 41 0

Streptomyces suelo 1021 177 2 109 1

rapamycinicus NRRL
5491
Sorangium cellulosum suelo 613 103 34 128 19
So0157-2

Mycoplasma hominis Parásito 4 0 0 0 0

ATCC 23114 intracelular
 Fosforilación en Ser, Thr y Tyr
• La señalización en células eucariotas está a cargo principalmente de Ser/Thr/Tyr cinasas
• En procariotas predominan His/Asp cinasas.

Enlaces fosfoester
 Fosforilación en His y Asp
Enlace fosfoamidato

Phosphorylation of Asp produces a high-energy acyl phosphate

Organización de dominios catalíticos
de protein-kinasas
 Sistema de dos componentes

En presencia del estímulo

Cinasa sensora Señal

Periplasma
Dominio
sensor
N Citoplasma
N

D Dominio
H P P
Receptor
P

Dominio Dominio
transmisor ADP ATP efector

C
C Regulador de respuesta

Respuesta
 Sistema de dos componentes

En ausencia del estímulo

Periplasma

N Citoplasma
N
P D
H Fosfatasa X
3
2 1
Pi Pi

Pi C
C

1. Labilidad inherente
2. La misma cinasa sensora actúa como fosfatasa
3. Otra proteína defosforila el RR
 Arquitectura modular de los sistemas de dos componentes
SK
Periplasma
Dominio
sensor
Citoplasma

H1
P H1
Dominio P
transmisor (H1)

Dominio
receptor (D1) D1 P

Dominio
de fosfo- H2 P
transferencia (H2)

P
RR D2 P
Dominio Dominio D2
receptor HVH
 Arquitectura modular de los sistemas de dos componentes
SK
Periplasma

Dominio
sensor
Citoplasma

H1
P H1 H1 H1
Dominio P P P
transmisor (H1)

Dominio
receptor (D1) D1 P D1
P
P D1
Dominio
de fosfo- H2 P
transferencia (H2) H2
P
P H2

P
RR D2 P
P
Dominio Dominio D2 P
D2
receptor HVH D2
EnvZ/OmpR : SDC ortodoxo que se activa por alta osmolaridad en el medio
 BarA/UvrY y el sistema Csr
periplasma

citoplasma

P P
H H CsrA

BarA
D D Activa: glucólisis
motilidad
H H
Reprime: síntesis de glucógeno
gluconeogénesis
formación de biopelículas
P
UvrY D

csrB/csrC
 El sistema ArcB/ArcA de E. coli: detectando el estado redox

El dominio sensor de ArcB no esta en la región periplásmica/extracelular

de la cinasa de histidina
Vías de señalización no siempre son lineares

Ej.: NblS/RpaB-SsrA de Ej.: Quorum-sensing

cyanobacterias system of Vibrio
harveyi
NblS/RpaB-SsrA de cyanobacterias: El medio determina
la vía de fosforilación en una sistema ramificado
 Cross regulation: proteínas conectoras o adaptadoras

HK1 P P HK2

Connector

P P
RR1 D D RR2

PhoQ/P and PmrB/A de Salmonella .El regulador de respuesta PhoP fosforilado, activa la
expresión de la proteina PmrD (conector), la que se une a la forma fosforilada del
regulador de respuesta PmrA, evitando su defosforilación. PmrA-P activa genes que
median la resistencia al antibiótico polymyxin B. Así, la proteina conectora PmrD
permite a S. enterica ser resistente a polymyxin B no solo en respuesta al Fe3+, señal que
es detectada por la cinasa sensora PmrB, sino tambien en un medio con déficit de Mg2+,
lo cual activa al sistema PhoQ/PhoP.
 Mecanismos moleculares que previenen el cross-talk

• Actividad fosfatasa específica de la cinasa sensora

• La preferencia cinética (especificidad) de la HK por el RR cognado
• La competencia entre RRs por la interacción con la HK
SDC no son exclusivos de bacterias: levadura Saccharomyces cerevisiae
 SDC en hongos filamentosos

Fungal TCSs in a cell

Cytoplasm Nucleus
 SDC en Arabidopsis thaliana
HKs/HHKs HPts RRs Function
Ethylene response, by
ETR1 D Ser-Thr
ERS1 phosphorylation
pathway
ETR2 D
ERS2
EIN4 D
Response to red-light, interaction
Phy1-5 with ranscripcional factors.

«True» TCS modules, His-Asp

AHK1 D AHP1 phosphotransfer-dependent
11X D Type-B RR
cytokinin response
AHP2
AHK2 D AHK1 is a putative
AHP3 osmosensor.
AHK3 D 10X D Type-A RR Cytosolic HHK AHK5 has an
AHP4 unknown function.
AHK4 D AHP6, Type-A and C RRs play
AHP5
2X D Type-C RR a role in modulation of
CKI1 D cytokinin response.
AHK5 D AHP6
(CKI2)
Regulation of circadian rhythm
4X E
Pseudo-RR
5X E
 Respuesta de Heat Shock en bacteria

• Este sistema opera en procariotas y eucariotas, con mecanismos similares

• Cuando hay cambios abruptos de temperatura  se induce la expresión de heat shock
proteins (Hsps) (E. coli  30 Hsps)
• La mayoría de las Hsps están presentes siempre en bajas concentraciones bajo condiciones
normales de crecimiento
• DnaK, DnaJ, GroEL y GrpE  chaperonas de proteínas  favorecen plegamiento
• Lon y Clp  proteasas  degradan proteínas «demasiado» desnaturalizadas
Respuesta de Heat Shock en E. coli
 Sistema de percepción de quórum (quorum sensing)

• Las bacterias miden y responden a su propia densidad poblacional

• En bacterias Gram-Negativas  autoinductor difusible AI-1  homoserin-lactona

Señalización mediante LuxR-LuxI

Quorum sensing en bacterias Gram Positivas
 AI-1 y AI-2: comunicación intra e inter especie

AI-1 AI-2
Vibrio harveyi: bacteria marina que controla la bioluminiscencia a través de QS
Vibrio harveyi: bacteria marina que controla la bioluminiscencia a través de QS

• Usa tres sistemas de QS(AI-1, AI-2 y CAI-1)

• Participan dos HHK que detectan cada autoinductor
• Las HHK están activas en ausencia del AI
• Participan ncRNAs que desestabilizan el mRNA de LuxR
• Si no hay LuxR  no se expresan genes de bioluminiscencia
• Presencia de AI  desreprime expresión de LuxR  BIOLUMINISCENCIA