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4
Reflexión desde la experiencia
Naturaleza proteica,
¿Cómo están constituido las enzimas? ENZIMA + SUSTRATO se
unen en el sitio activo.
¿Cuál es la función en los procesos biológicos del
organismo? Aceleran reacciones químicas de los
procesos metabólicos.
https://n9.cl/17fii
Enzimas que se elevan en enfermedades.
Sustrato
Sitio activo
https://n9.cl/p7ktw
Como catalizadores, las enzimas tienen
ciertas propiedades
Reaccion
quimica A + B -> C + D
1. No se alteran ni se consumen en la reacción.
o Además, algunas ENZIMAS tienen estructura cuaternaria (formadas por dos o más cadenas de
polipéptidos).
https://n9.cl/nxxsw
011
https://n9.cl/alsqz
Definiciones relacionadas con enzimas
• Existen enzima que no requieren para su actividad más grupos químicos que sus
residuos de aminoácidos.
• Existen enzimas que son proteínas conjugadas y contienen un COFACTOR
(compuestos inorgánicos, iones metálicos, u orgánicos).
Necesitan un activador
012
https://n9.cl/cb2i8
Definiciones relacionadas con enzimas
o Cofactor esta unido a un compuesto orgánico, se denomina
COENZIMA (las vitaminas). Ej: NAD+, NADP+ y pridoxal 5
Un Cofactor orgánico puede ser coenzima
fosfato.
HOLOENZIMA
015
El comportamiento de
una enzima
El comportamiento de una
enzima
o Las reacciones químicas se dan a cierta velocidad (Cinética).
o En las reacciones químicas se produce la ruptura o formación de enlaces entre
átomos.
o Las enzimas proporcionan el ambiente óptimo para que se den las reacciones
química, de manera energéticamente favorable.
No cambia
con o sin enzima
https://acortar.link/Xwpby0
https://acortar.link/MRsOeU
Diagrama Energético de una Reacción
019
https://acortar.link/V47prw
Pasos de la reacción enzimática
4 PASOS:
E y S se combinan
Formacion complejo E y S
Formacion complejo E y P
Formacion o liberacion del P
https://n9.cl/8mbez
021
Pasos de la reacción enzimática
022
https://n9.cl/8mbez
Pasos de la reacción enzimática
3.
Transicion
4.
022
https://n9.cl/8mbez
Modelos sobre la forma en
que el S se une al centro
activo de la E
Modelo de llave y cerradura
(Emil Fischer, 1894)
025
https://n9.cl/j0cmyl
Modelo de adaptación inducida
(Daniel Koshland, 1958)
026
CON ENZIMA REDUCES LA ENERGIA DE ACTIVACION
https://n9.cl/adul2
027
NOMENCLATURA DE
LAS ENZIMAS
o Nombres comunes
o Principio de la Clasificación Internacional
NOMENCLATURA DE LAS ENZIMAS
Nombres comunes
o En muchos casos son formados añadiendo el sufijo –asa al nombre del substrato
Por ejemplo:
o Tirosinasa cataliza la oxidación de la tirosina
o Celulasa cataliza la hidrolisis de la celulosa
o Todas las enzimas son clasificadas en 6 categorias dependiendo del tipo de reacción
que ellas catalizan.
o Cada enzima tiene un Número de Clasificación que consiste de 4 dígitos:
EC: 2.3.4.2
EC: Enzyme commission
o El primer dígito se refiere a la clase de enzima, el segundo a la subclase de la
enzima, el tercero a la sub-subclase, y el cuarto es el número ordinal de la enzima
dentro de la sub-subclase.
030
NOMENCLATURA DE LAS ENZIMAS
031
www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme
NOMENCLATURA DE LAS ENZIMAS
032
https://proteopedia.org/wiki/index.php/Alcohol_dehydrogenase
Factores que influyen en
la actividad enzimática
N°
Factores que influyen en la actividad
enzimática
o En el plasma la cantidad de enzima es muy baja.
o En el laboratorio generalmente se determina la actividad enzimática.
o La unidad de actividad enzimática se expresa en unidades internacionales (U/L).
o Cambios de pH
Factores que afectan la velocidad de o Cambios de temperatura
reacción o Concentración de sustrato
o Concentración de la enzima
o Activadores 034
o Inhibidores
Factores que influyen en la actividad
enzimática
Acido o base
Cambios de pH
o Las enzimas presentan un pH donde su actividad es óptima.
o Los cambios en la ionización de la enzima o del sustrato
explican los efectos del pH.
o Al producirse ionización de los grupos aminados en el sitio
activo o cerca de él, conlleva a desnaturalización de la enzima.
Grupos ionizables en las E:
-COOH
-NH 2
-SH
-OH
035
https://acortar.link/9quQjk
Factores que influyen en la actividad
enzimática
Cambios de temperatura
036
https://acortar.link/PfjcFx
Factores que influyen en la actividad
enzimática
Fase II Reacción es de orden cero la velocidad es independiente de conc. S
Concentración de sustrato Saturacion del sistema
Saturacion sistema
FASE INICIAL o I
https://acortar.link/H0R2qb https://n9.cl/kuuqx
037
https://acortar.link/wbaTur
Factores que influyen en la actividad
enzimática
Concentración de sustrato Concentración de Michaelis-Menten (Km)
Fase II o de orden 0
Velocidad máxima:
Equilibrio por saturacion A mayor cantidad de sustrato disponibles, se enlazan
del sistema
con los sitios activos de la enzima, lo que permita que
la E ejerza su actividad al máximo de la velocidad.
https://n9.cl/dabo8
038
Factores que influyen en la actividad
enzimática
Fase I:
Cinética de primer orden: La velocidad
de reacción es directamente
proporcional a la concentración del
II sustrato.
Fase II:
I Cinética de orden cero: La velocidad de
reacción es independiente a la
concentración del sustrato.
La enzima esta saturada de sustrato.
https://n9.cl/k6s4b
039
Factores que influyen en la actividad
enzimática
Concentración de la Enzima
El valor de Km es independiente de
la concentración de la enzima.
https://n9.cl/gbw14
042
Apliquemos lo aprendido
N°
Apliquemos lo aprendido
¿Cómo sería el comportamiento de la velocidad de reacción si se varía la concentración del sustrato y
se deja fija la concentración del enzima?
040
https://n9.cl/k6s4b
Factores que influyen en la actividad
enzimática
Activadores enzimáticos: Molécula o ion que al unirse a la enzima produce un aumento en la
velocidad de la reacción catalizada.
Pueden ser:
1. iones: Zn+2, Mg+2, Fe+2, Mg+2, Ca+2
MECANISMO DE ACCIÓN ACTIVADORES ENZIMÁTICOS TIPOS IONES:
a. Proporcionar un sitio activo electropositivo que atrae a los grupos cargados
negativamente del sustrato.
b. Función estructural y ayudan a estabilizar la estructura terciaria y cuaternaria de la
enzima.
044
https://acortar.link/yHkcPb
Factores que influyen en la actividad
enzimática
046
https://acortar.link/uQY7Mz
Parámetros enzimáticos
Parámetros enzimáticos
Constante de Michaeles
Km
(constante para cada enzima) = concentración de S a
la que Vo es ½ Vmáx. Es una medida de la afinidad
de la enzima por S. Cuanto menor es Km, mayor es
la afinidad de la enzima por S.
Kcat
(constante para cada enzima) = número de
recambio = número de moléculas de sustrato
convertidas en producto por molécula de enzima y
unidad de tiempo, en condiciones saturantes del
sustrato.
Vmax
Velocidad máxima teórica = la velocidad cuando
todos los centros activos están ocupados con 047
sustrato.
Parámetros enzimáticos
Velocidad máxima Es la velocidad límite a la que tiende la reacción catalizada por enzimas
a concentraciones saturantes del sustrato, es decir cuando toda la
(Vmáx) enzima está como ES.
Vmax = kcat[E]total
048
https://n9.cl/5ogfs
Parámetros enzimáticos
Constante catalítica (kcat)
o Contempla tanto la afinidad como la capacidad catalítica
o Sólo puede conocerse cuando se tiene a la enzima pura y por tanto se conoce su concentración.
o Si uno de los pasos es limitante de la velocidad, kcat es la constante de velocidad de este paso.
o A kcat también se le conoce como número de recambio, porque indica el número máximo de ciclos
catalíticos por sitio activo y por unidad de tiempo. Sustrato en producto
o Parámetro muy útil para comparar diferentes enzimas o la misma enzima con diferentes sustratos.
o El valor máximo teórico de la constante de especificidad es denominado límite de difusión tiene un valor de
108-109 (M-1 s-1), a las enzimas con esta propiedad se les llama enzimas catalíticamente
perfectas o cinéticamente perfectas.
049
Parámetros enzimáticos
050
https://n9.cl/224fq
Parámetros enzimáticos
https://n9.cl/o64ey
051
Apliquemos lo aprendido
Apliquemos lo aprendido
MICAELIS-MENTEN
https://n9.cl/ugji7
Vmax = Kcat x Et
056
Gráfico de Lineweaver-Burk
Inversas
y= m x+ b
IMPORTANCIA:
1. Mecanismo regulatorios de las células.
2. Estudios de vías metabólicas.
3. Estudio de la estructura, especificidad y mecanismo cinético.
4. Diagnóstico. 058
5. Terapéutica. https://n9.cl/1ft1t
Factores que afectan la actividad
enzimática
Clasificación de los Inhibidores
IRREVERSIBLES REVERSIBLES
o Se unen fuertemente a la enzima,
por lo general formando enlaces o Se unen reversiblemente al E,
covalentes. complejo E-S o ambos.
o No se restaura la actividad o Al remover el inhibidor el enzima
enzimática recupera su actividad
o La disociación complejo E-I es muy
lenta o no ocurre
Tipos:
Tipos: o Inhibición competitiva
o Inhibidores de grupo específicos o Inhibición no competitiva
o Inhibidores dirigidos al sitio activo o Inhibición acompetitiva
o Inhibidores suicidas 059
o Análogos del estado de transición
Inhibidores irreversibles
Inhibidores irreversibles
Grupo Específicos
061
https://acortar.link/bEGQyW
Inhibidores irreversibles
Grupo Específicos
062
Inhibidores irreversibles
https://acortar.link/lhz7L1
Inhibidores irreversibles
Inhibidores suicidas
• Compuestos relativamente no
reactivos hasta que se unen al
centro activo del enzima
065
http://www.herrerobooks.com/pdf/REVE/9788429176025.pdf
Inhibidores irreversibles
O H3C
C N+ CH3 Susbtrato
O2N O O libre
CH3
-
O O- H3C Estado de transición
+
C N CH3
O2N O O
CH3 Sustrato cuando esta
O
unido a la enzima.
H3C
O2N OH C N+ CH3 Productos
+ HO O
CH3
-
O O- H3C
P N+ CH3 Análogo de
O2N O O estado de transición 066
CH3
https://acortar.link/JaPuzL
Inhibidores reversibles
Inhibidores reversibles
o ISOSTÉRICO
El inhibidor se une al mismo sitio que el sustrato
(sitio activo).
o ALOSTÉRICO
El inhibidor se une a un sitio diferente al que se
une el sustrato (sitio alostérico).
068
https://n9.cl/ugji7
Inhibidores reversibles
069
Inhibidores reversibles
070
Inhibidores reversibles
o El incremento de la concentración de I
y= m x + b resulta en varias líneas rectas con
intersección común en el eje 1/Vo pero con
pendientes diferentes.
o Como la intersección sobre el eje 1/Vo es
igual a 1/Vmáx podemos ver que Vmáx no
cambia.
o Hay variaciones en el Km aparente.
071
Inhibidores reversibles
Inhibición competitiva
072
http://www.pharmacy180.com/article/inhibition-of-enzyme-activity-1849/
Inhibidores reversibles
Inhibición no competitiva
Es un tipo especial de inhibidor que se une con igual
afinidad al enzima libre y al complejo enzima-sustrato
Ki Kii
073
Kii=[ES][I]/[ESI]
Inhibidores reversibles
074
Inhibidores reversibles
Inhibición no competitivo
075
http://www.pharmacy180.com/article/inhibition-of-enzyme-activity-
1849/
Inhibidores reversibles
Inhibición acompetitivo
076
Inhibidores reversibles
Inhibición acompetitiva
o El I se une al complejo ES (EIS) solamente, no a la enzima libre.
o Esta inhibición es rara, decrecen los valores de Vmax y Km.
o La reacción puede retrasarse pero no impedirse Se presenta
cuando hay más de un sustrato en la reacción
077
Inhibidores reversibles
078
https://acortar.link/9WpDJB
Apliquemos lo aprendido
Apliquemos lo aprendido
080
https://acortar.link/rp7Q3Y
Métodos experimentales para
medir actividad enzimática
Métodos experimentales para medir actividad
enzimática
Diseño experimental Concentracion de sustrato
FACTORES
o Llenar varios tubos con [S] diferentes
o Adición de la misma cantidad de E c/u
o Medición de [P] antes que disminuya [S]
o v=D[P]/Dt=velocidad inicial de la reacción
o Graficar v en función de [S] inicial
o Mantener la temperatura y el pH constante
082
Métodos experimentales para medir actividad
enzimática
Métodos continuos en el espectrofotómetro:
083
https://acortar.link/ThCIFr
Métodos experimentales para medir actividad
enzimática
Enzima la reaccionar corta al sustrato y
lo separa del cromoforo cambia color
Sustratos sintéticos se pueden usar para medir actividad
Sustrato artificial unido a un cromoforo (Libera alguna coloracion cuando reacciona)
Reaccion enzimatica
Coloracion
convencional
Enzima
Color amarillo 410 nm esta
activa
084
SI hay reaccion cambia de color
https://acortar.link/QoFAgk
Métodos experimentales para medir actividad
enzimática
Actúa donde
hayan Arg o Lys
Coloracion fluorescente se ve en
oscuridad
Cromoforo 085
https://acortar.link/ODSiXh
Integremos lo aprendido
Integremos lo aprendido
1. Definir una enzima y sus propiedades
¿Qué aprendiste
hoy? - No son alteradas durante la reacción.
2. Definir términos relacionados con enzima: Cofactor. Coenzima. Grupo
prostético. Apoenzima. Holoenzima.
- Son muy selectivas y muchas enzimas requieren coenzimas no
proteicos o cofactores para cumplir su función catalítica.
Video
o 1. Enzimas
https://youtu.be/UVeoXYJlBtI
o 2. Cofactor y coenzimas
https://youtu.be/LK5HzcAOmyA
o 3. Enzyme catalytic strategies
o https://youtu.be/Qviwe17Br3I
Lectura
o Modo de acción de las enzimas.
https://acortar.link/3495bu o https://biolanhealth.com/mecanism 089
os-de-accion-de-las-enzimas/
Referencias Bibliográficas
DE CONSULTA
Cuadros Trillos, G. (2019). Mapas conceptuales en bioquímica (1.a ed.). El Manual Moderno
http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/128368
Melo, V. y Cuamatzi, O. (2019). Bioquímica de los procesos metabólicos. Reverté, S.A. https://elibro.net/es/ereader/ucsur/127790
Müller-Esterl, W. (2020). Bioquímica: fundamentos para medicina y ciencias de la vida. Reverté, S.A.
http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/129564
Piña Garza, E., Martínez Montes, F., Riveros Rosas, H., Laguna, J. y Pardo Vázquez, J.P. (2018). Bioquímica de Laguna y Piña (7.a
ed.). El Manual Moderno.
Pulido Villamil, X. C. (2019). Prácticas de bioquímica y estudios de casos en ciencias de la salud. Universidad de Tolima.
http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/142510
http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/172171
Referencias Bibliográficas
OBLIGATORIAS
Bittencourt, J. (2018). The Power of Carbohydrates, Proteins, and Lipids (4.a ed.). CreateSpace, An Amazon.com Company.
https://www.researchgate.net/publication/322473648
Macías Alvia, A., Hurtado Astudillo, J. R., Cedeño Holguín, D. M., Cedeño Holguín, F. A., Scott ÁLava, M., Vallejo Valdivieso, P. A.,
Macías Alvia, M. J., Santana Sornoza, J. W., Espinoza Macías, M. J., Ubillús Saltos, S. P., Arteaga Espinoza, S. X., Torres
Macías, O. E., Pigüave Reyes, J. M., Pigüave Reyes, Chavarría Cedeño, D. I., & Intriago Sánchez, K. J. (2018). Introducción al
estudio de la bioquímica (1.a ed.). Área de Innovación y Desarrollo, S.L https://doi.org/10.17993/CcyLl.2018.28
Nelson, D. L., y Cox, M. M. (2017). Lehninger Pinciples of Biochemistry (7.a ed.). W.H Freeman Macmillan Learning.
Navarro, M., Salazar, J., Salazar, Y. Zarkovic, G. (2022). Manual de prácticas de laboratorio. Bioquímica. Universidad Científica del
Sur.
091
BIOQUÍMICA
Semana 02
Sesión 10
https://acortar.link/3iVOU7
04
Reflexión desde la experiencia
Covalente
https://acortar.link/hyjzaz acido base
aproximacion
ion metalico
05
Mecanismo de acción de las enzimas
06
https://n9.cl/lvxv7
Mecanismos de acción de
las enzimas
Mecanismo de acción de las enzimas
Facilitar la reaccion
08
Tipos de estrategias catalíticas
1. Catálisis covalente
2. Catálisis ácido-base
3. Catálisis por aproximación
4. Catálisis por ion metálico
09
Catálisis covalente
Catálisis covalente
Cargados
Sitio de union
1. Grupos nucleofílicos: reactivos que suplen un par de electrones. Están usualmente cargados
negativamente o positivamente.
2. Grupos electrofílicos: Reactivos que tienen un orbital vacío, los cuales pueden aceptar un
par de electrones. Están cargado positivamente y negativamente.
011
Catálisis covalente
o Es secretada por los acinos del
páncreas, como enzima inactiva
(zimógeno).
o Convertida a quimiotripsina por la
tripsina, y posterior auto-digestión de
la quimiotripsina (intestino delgado)
https://n9.cl/w9hum
https://n9.cl/es7rx
Catálisis covalente
Quimiotripsina Rompe los enlaces peptídicos del extremo carboxilo de aminoácidos con
grupo R aromáticos y apolares alifáticos
PUNTOS ESPECIFICOS
013
Catálisis covalente
Rompe a las proteínas en el Quimiotripsina
extremo carboxilo de
aminoácidos aromáticos o
hidrofóbicos
014
Catálisis covalente
Grupo nucleofílico
Ser 195
https://n9.cl/n67ty
015
Catálisis covalente
Triada catalítica
Quimiotripsina
La conformación de estos
residuos es estabilizada por
puentes de hidrógeno
https://n9.cl/vcpz9
016
Catálisis covalente
Lugar de ruptura
ComplejoE-S
Estado de transición Complejo acil-E
1er. Intermediario Acil-E +H2O H2O transfiere el H+ Generar la
(Hidrólisis para a la His y el OH al enzima libre
liberar el ácido sustrato
carboxílico y liberar
la E) 017
https://n9.cl/3f4s5
Catálisis covalente
https://n9.cl/vcpz9
Quimiotripsina Tripsina Elastasa
189
019
Catálisis ácido-base
Catálisis ácido-base
021
Catálisis ácido-base
022
Catálisis ácido-base
https://n9.cl/n67ty
o Tres centros de
coordinación ocupados
por anillos de imidazol de
tres His (94, 96 y 119).
o Un centro de
coordinación adicional
formado por H2O o por
OH dependiendo del pH.
025
Catálisis ácido-base
Anhidrasa carbónica
1. Zn+2 facilita la liberación de un protón de una molécula de H2O,
generando un ion OH
https://n9.cl/sx9d2
026
Catálisis ácido-base
Anhidrasa carbónica
027
Catálisis ácido-base
Anhidrasa carbónica
FUNCION DE ANIDRASA CARBONICA
031
https://n9.cl/sx9d2
Apliquemos lo aprendido
Apliquemos lo aprendido
¿Cuál es el mecanismo de
catálisis de la tripsina y
anhidrasa carbónica?
Acido Base
Aproximacion Modificacion covalente
https://acortar.link/4YumWk
033
Catálisis por iones metálicos
Catálisis por iones metálicos
035
Catálisis por iones metálicos
El ion facilita la formación de nucleófilo como el ion OH
Metaloenzimas:
Anhidrasa carbónica
036
Catálisis por iones metálicos
037
Catálisis por iones metálicos
038
Integremos lo aprendido
Integremos lo aprendido
Participamos en la siguientes pregunta
https://acortar.link/ttywjs
040
Actividad asincrónica
Actividad asincrónica
Video
o 1. Enzimas
https://youtu.be/UVeoXYJlBtI
o 2. Cofactor y coenzimas
https://youtu.be/LK5HzcAOmyA
o 3. Enzyme catalytic strategies
o https://youtu.be/Qviwe17Br3I
Lectura
o Modo de acción de las enzimas.
https://acortar.link/3495bu o https://biolanhealth.com/mecanism 042
os-de-accion-de-las-enzimas/
Referencias Bibliográficas
DE CONSULTA
Cuadros Trillos, G. (2019). Mapas conceptuales en bioquímica (1.a ed.). El Manual Moderno
http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/128368
Melo, V. y Cuamatzi, O. (2019). Bioquímica de los procesos metabólicos. Reverté, S.A. https://elibro.net/es/ereader/ucsur/127790
Müller-Esterl, W. (2020). Bioquímica: fundamentos para medicina y ciencias de la vida. Reverté, S.A.
http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/129564
Piña Garza, E., Martínez Montes, F., Riveros Rosas, H., Laguna, J. y Pardo Vázquez, J.P. (2018). Bioquímica de Laguna y Piña (7.a
ed.). El Manual Moderno.
Pulido Villamil, X. C. (2019). Prácticas de bioquímica y estudios de casos en ciencias de la salud. Universidad de Tolima.
http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/142510
http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/172171
Referencias Bibliográficas
OBLIGATORIAS
Bittencourt, J. (2018). The Power of Carbohydrates, Proteins, and Lipids (4.a ed.). CreateSpace, An Amazon.com Company.
https://www.researchgate.net/publication/322473648
Macías Alvia, A., Hurtado Astudillo, J. R., Cedeño Holguín, D. M., Cedeño Holguín, F. A., Scott ÁLava, M., Vallejo Valdivieso, P. A.,
Macías Alvia, M. J., Santana Sornoza, J. W., Espinoza Macías, M. J., Ubillús Saltos, S. P., Arteaga Espinoza, S. X., Torres
Macías, O. E., Pigüave Reyes, J. M., Pigüave Reyes, Chavarría Cedeño, D. I., & Intriago Sánchez, K. J. (2018). Introducción al
estudio de la bioquímica (1.a ed.). Área de Innovación y Desarrollo, S.L https://doi.org/10.17993/CcyLl.2018.28
Nelson, D. L., y Cox, M. M. (2017). Lehninger Pinciples of Biochemistry (7.a ed.). W.H Freeman Macmillan Learning.
Navarro, M., Salazar, J., Salazar, Y. Zarkovic, G. (2022). Manual de prácticas de laboratorio. Bioquímica. Universidad Científica del
Sur.
044