Dos subunidades, grande y pequeña

16s RNA pequeña

23 S grande

18sRNA para eucariotas

27 S

Traducción: síntesis de proteínas

Transcripción:

RNA ribosomal, mensajero(codifican), transferencia(cargadores de aminoácidos)

Archeas:

 metabólicamente mas parecidas a las bacterias

 EN cuanto a sus procesos de replicación y t traducción, son mas parecidas a las eucarias
 En sus membranas celulares, en lugar de fosfolípidos, tienen isoprenos.
 En lugar de unirse a los carbones 2 y 3, se unen a los 1 y 2.

La transcripción es el proceso en el que se pasa de ADN a ARNm y la traducción es el proceso del

que se pasa de ARNm a proteína.

En los procariotas el cromosoma es circular.

Cariotipo: conjunto de genes de una especie.

Característica que define a los genomas eucariotas: tienen un numero determinado de

cromosomas lineales y cada una va a generar su patrón de distribución.

Epigenética, se relaciona con los procesos de desenvolvimiento del adn. Los cuales influyen en la
expresión de los genes.

Genes son fragmentos de DNA.

Locus, ubicación particular de un gen

Losi: ubicación en plural de un conjunto de genes.

Estructura de un gen eucarionte

Los genes eucariontes tienen tanto DNA codificante(exones) como no codificante(intrones) en su

región estructural.

Region regulatoria que indica en donde inicia el gen.

En los genes eucariotas el promotor regula un solo gen, mientras que en los genes procariotas, el
promotor regula la expresión de varios genes.

La diferencia entre cariotipo y genoma es que el cariotipo se refiere a las formas de los
cromosomas mientras que el genoma es a nivel de la información genética.

Neofuncionalizacion: explica la creación de nuevas proteínas.

Valor C= El tamaño de un genoma haploide se puede expresar en bases(nucleótidos) o en (peso

picogramos)

Paradoja del valor C; no hay relación directa entre el tamaño del genoma y la complejidad del
organismo.

Cuando la telomerasa y el dna ya es muy corto, la célula entra en apoteosis.

Un genoma eucariótico tiene cientos o miles de orígenes de replicación. A diferencia de los

genomas procariotas, que pueden tener solo uno o muy pocos.

Intrones: No codificantes

Exones: Codificantes

Los operones, característicos de los genomas procariotas, son un conjunto de genes que se
expresan juntos (en cadena). Solo existen en los procariontes.

Los genomas grandes suelen relacionarse con ambientes en donde abundan muchos tipos de
nutrientes.

Huso mitotico: conjunto de microtúbulos. Que permiten la división celular

Los cromosomas únicamente estan presentes durante la metafase.

Epigenetica: nivel de regulación génica. Mediante la adición de grupos funcionales a fragmentos

del DNA o a proteínas que influyen en la expresión del DNA. Todo esto ocurre sin cambios en el
DNA.

Nucleolo: regiones del núcleo, mas densas que el resto de las zonas, en donde se están llevando
procesos activos de transcripción.

Las procariotas suelen tener una sola copia de ADN, mientras que las eucariotas, por ejemplo el
trigo, suelen tener muchas mas copias de su adn en las células. EL trigo tiene hasta 6 veces.

Los cromosomas tienen un sitio particular dentro del núcleo, y pueden estar interactuando entre
si.
Los plásmidos son fragmentos de ADN independiente complementario, que dota de características
no fundamentales a las células. Los plásmidos, en ausencia de los nutrientes que necesita, pueden
ser perdidos.

AL proceso de transferir plásmidos se le conoce como

Conjugación: Transferencia de ADN mediante plásmidos.

Transformación: Una célula recibe fragmentos de ADN

Transducción: una célula donadora es infectada por un virus, el cual carga adn bacteriano que
puede ser adquirido por el hospedero

Transferencia horizontal

Cromidos: son una especie de plásmidos, con la diferencia de que los cromidos si pueden contener
genes esenciales.

Erosión genómica: cuando algunos genes se vuelven pseudo genes, debido a la acumulación de
mutaciones que terminan por impedir que sintetice una proteína. Esto fue lo que se vio con las
mitocondrias y los cloroplastos.

Técnicas de secuenciación

Ilumina: Seuenciacion pareada: se secuencia por dos lados, a fin de poder secuenciar fragmentos
más largos.

Comandos para Linux

mkdir dir1 --------------- Make directory es la función, y despues va el nombre de la carpeta que
queremos crear

cd dir1---------------------------- Change directory para seleccionar la carpeta en la que vamos a estar

trabajando, y despues va el nombre de la carpeta. Esta función se puede complementar con dos
puntos .. para indicar que queremos desplazarnos al directorio próximo superior.

pcdeluis@luis-pv:~/dir1$ touch archivo 1. Txt -------------------- La función de touch nos permite

crear un nuevo documento.

pcdeluis@luis-pv:~/dir1$ mkdir carpeta 2--------------------------Creamos una carpeta dentro de

nuestra carpeta 1

pcdeluis@luis-pv:~/dir1$ ls--------------------- La función ls pide que se nos muestre los elementos

que hay en nuestra carpeta 1 ** ls-l nos muestra los elementos junto con sus especificaciones
pcdeluis@luis-pv:~/dir1$ cp archivo1.txt archivo2.txt ------------ Se copia el archivo uno y se crea
otro archivo igual pero con distinto nombre.

pcdeluis@luis-pv:~/dir1$ cat archivo2.txt------------------- La funcion de cat es para que nos muestre

lo que hay en el archivo

Clear-------------funcion para limpiar la consola

pcdeluis@luis-pv:~/dir1$ mv archivo1.txt archivo3.txt-----------La función move permite cambiar el

nombre de los archivos

pcdeluis@luis-pv:~/dir1$ cp archive 2.txt carpeta2---------- copiar archivo a otro directorio

pcdeluis@luis-pv:~/dir1$ cp archive 2.txt carpeta2/archivo3.txt---------- copiar archivo a otro

directorio y renombrarlo

pcdeluis@luis-pv:~/dir1$ rm archive* ----------- la funcion rm es para eliminar cosas. EL asterisco

nos indica que se borre todo lo que incluya archive en su nombre. Para eliminar carpetas, se debe
agregar el elemento -r

pwd nos dice en que directorio estamos trabajando

Primer paso: calidad de la lectura, del genoma

Despues se hace un filtro de calidad

Despues se hace un ensamble

WinSCP

En el análisis del genoma cons fasqc: si en la evaluación de Per content GC content no hay
normalidad= contaminación del genoma o genoma de mas de una especie.

Per base sequence content: se recortan las regiones en donde no hay igualdad de porcentajes

Los adaptadores también deben de quitarse

Per base sequence quality

Para que sea bueno, deben de estar por encima de los 28

EN meta genoma y genoma son mejores las secuenciaciones pareadas.

Menor número de contigs mejor y entre mas largo el contig mejor.

Mientras mayor sea el valor de N50, mejor.

El tamaño de la longitud de un ensamble es solo importante en los meta genomas, pues nos
aporta una mayor cantidad de información.
Los ensambladores crean cortes

Scaffolds: unión de dos contigs. Es común encontrar N en estos elementos

Contigs—No hpuede haber valores N

Análisis metagenómico: Secuencias fragmentos de todos los genomas de una comunidad.

Análisis de marcadores moleculares: Únicamente secuencian un gen de toda una comunidad. 16 S

Prokka nos ayuda a saber que hace cada gen.

Con las funciones de spades también se pueden hacer análisis metagenómicos.

Ilumina es un método que permite realizar secuencias de muy buena calidad y bajos costos, sin
embargo, requiere mucho trabajo pues solo trabajas con lecturas de 300 bases.

Pack Bayer: generas lecturas muy largas muy rápido, pero no son de tan buena calidad y además
requiere que las muestras de DNA tengan estándares de calidad muy alta.

BLAST: Es un programa que, dada una determinada secuencia de nucleótidos, nos permite
analizar a que organismo pertenece, dada una cierta base de datos, mediante

I value: es la probabilidad de que nuestros resultados hayan sido resultado de un error.

Entre mas pequeño mejor.

JGI – pagina para encontrar metagenomas.

Marcadores moleculares

Puede ser una región del genoma que acumula variación (polimorfismo), rregiones del adn que
tendrá distintas formas en una población.

Marcador genético : cualquier variación que se derive directamente de una variación a nivel de
ADN.

Pueden dividirse en marcadores morfológicos y moleculares (basados en ADN o en Proteínas).

Para las plantas se necesitan por lo menos 3 marcadores moleculares.

ITS es un espaciador intergénico, es una región no codificante. Este sirve para los hongos.

El marcador 16S únicamente nos puede asegurar una clasificación hasta el nivel de genero

Secuenciación de amplicomas

Sesgos de la metagenómica shotgun: mucho tiempo y costo, puede que haya genomas con mayor
abundancia en la muestra, lo cual genera sesgos

Sesgos en l metagenómica amplicon: Sesgos por el pcr y sesgos en la abundacnai de organismos

por la cantidad de copias de genoma que pudiera tener cada organismo. Por ello nos basamos en
la abundancia relativa y no en la absoluta.

Citocromo oxidasa 1. Para animales

ITS para hongos

16S para procariotas: bacterias y arqueas.

V3-V4 es la región mas usada del gen 16S : nos proporciona alrededor de 430 pares de bases.

Valor de q y escala phred: nos indican la calidad de cada lectura. El máximo valor de calidad es de
35.

Upstream: Generacion de datos

Downstream: análisis de datos

Diversidad Alfa: variedad de especies y abundancia.

Diversidad Beta- variedad entre comunidades, que tantas especies distintas hay entre dos
comunidades.

Análisis de abundancia diferencial: nos dice que tan significativa es la diferencia en la abundancia
de una especie entre dos poblaciones.
En todas las plataformas de secuenciación, los vlaores de calidad del final de la secuencia bajaran
de calidad.

La clasificación taxonómica por medio del gen 16S (por marcadores moleculares) no es tan
eficiente cuando se analizan lugares no muy explorados porque la información no alcanza a
clasificar el genero o las especies.

Genómica comparativa

Disciplina en la que se evalúan las diferencias o similitudes entre genomas.

Capacidad de interpretar números y gráficos

Alineamientos de genomas

Para que en una poisicón determinada, podamos comparar secuencias; como resultado,
obtenemos una matriz de valores.

Islas de patogenicidad: conjunto de genes que se intercambiaron de otra bacteria y que fueron
adoptadas por el hospedero.

Dinámica genómica:

Mauve: multiple genoma alignment.

ANI: Secuencias de comparación de nucleótidos(normalmente se utilizan para procariotas) (sitio

web para hacer este análisis: JSPeciesWS)

ANIb: calculado smediante blast

ANIm: calculados mediante MUMer

AAI: Secuencias de comparación de aminoácidos

DDH:DNA DNA hybridization

Valores mayores de 70% indica que dos genomas corresponden a una misma especie.

GBLOCKS

Nos indica los bloques de secuencia que están conservados. Este análisis es un paso previo para
realizar un análisis filogenéticos
Genes core: Genes que están compartidos entre un set de genomas. El numero de de genes core
mínimo para realizar flogenia dependerá del organismo con el que estemos trabajando.

Pangenoma: todo el conjunto de genes que contiene un set de genomas.

Transcriptómica: a diferencia de la metagenómica, y la genómica, este análisis nos indica que

genes se están expresando. Debilidades: técnicamente es difícil extraer el RNA de una comunidad

Es mucho mas cara debido a que se necesitan replicas.

¿Qué técnicas podrían utilizar para estudiar la diversidad de una muestra?

- Podría ser un metagenoma.

Diferencias entre microbiota y microbioma

- Microbiota se refiere a la diversidad de microorganismos, mientras que microbioma es la

totalidad de genes de una microbiota.

En que consiste la técnica de secuenciación masiva de marcadores moleculares

- Es la secuenciación de un único gen para toda una comunidad.

Y que propiedades debe de tener un buen marcador molecular?

- Debe de ser una región del ADN que acumule variación(polimorfismos)

Cuáles son las principales técnicas de secuenciación masiva, ilumina, mabio y nanopol?

- Illumina solo trabaja máximo con 300 pares de bases. Es una secuenciación pareada.

Cuales son los objetivos de la genómica, metagenómica, filogenética, filogenomica, y cuales son las
principales omicas,

Cual es la principal finalidad de la genómica comparativa

- Analizar los cambios que se dan en las poblaciones de una muestra ambiental bajo
diferetnes condiciones.

Que es un alineamiento de secuencias y un alineamiento de genomas

- Es la comparación de fragmentos de ADN o de genomas completos.

Principales marcadores moleculares para hacer censos de biodiversidad/diversidad microbiana

- 16S para bacterias,

Que es la biodiversidad

- Es la variedad de formas de vida.

Que es un PCR y un electroforesis

- Un PCR es una reacción en cadena de la polimerasa que se utiliza para amplificar un gen
de interes.
- Un electroforesis es un proceso que nos permite separar las moléculas de ADN por su
tamaño

Que es un termociclador

- Es un aparato que nos permite realizar un PCR de una forma mucho mas eficiente y rápida.

Proteomica y metabolómica utilizan herramientas de cromatografías.

Se descomponen las proteínas y despues se corren por sistemas de fluidos.

Expresión génica

Transcriptomica: se estudian mediante los arn mensajeros; todos los genes que se transcriben,
expresan.

Calcular la proporción de cambio suele ser de los principales objetivos de loas omicas.

Los ensambles se basan en los cameros

Conteo de lecturas por gen= nivel de expresión por gen

Análisis de expreion diferencial

Se requiere:

Replicas biológicas

Normalizar las lecturas

Estimacion de dispersión

Estimación de la proporción de cambio

Para que haya un cambio se debe considerar por lo menos un porcentaje de cambio mayor de 2

Fault change

Transcriptomica: análisis de los genes que se expresan (no únicamente proteínas, sino tambien
arn de regulación) mediante análisis de RNA,

PCR cuantitativo: Se calcula la cantidad de expresión de un gen.

****El análisis de mardacores momleculares no son considerados omicas.

Proteomica; Identificación y análisis de proteínas a gran escala. Se trabaja con péptidos en lugar
de ARN. Aquí no se obtienen bases nucleotidas, sino cargas números etc, características que nos
permiten identificar proteínas por sus características en relación a los aminoácidos.

La técnica es por espectometria de masas.

Liquid cromatography

Estrategias de separación con isotopos: Nos permiten comparar muestras con diferentes
condiciones ambientales.

Metaboloma: estudio de los metabolitos de un organismo

Permite vincular las interacciones genéticas y ambientales

No se puede hacer de golpe sino que se hace paso a paso, carbohidratos, lípidos, etc.

Se divide en dirigida y no dirigida; la dirigida es la que busca información de metabolitos a priori

conocidos. a