11.

Genoma procariota

1. Dogma central de la biología:

Estas son las etapas de flujo de la información: replicación, transcripción y traducción.

Cambio de código en las etapas del flujo de la información:

Flujo de información genética:

Ejemplos de flujo de información genética:
El dogma central de la biología, expresado por primera vez en 1958 por Francis Crick,
establece que la información genética fluye, de tal modo que primero se transcribe de
DNA a RNA y luego se traduce de RNA a proteínas. Las células tienen diversos
mecanismos para hacer fluir la información, ya sea entre ellas o incluso dentro de una
misma. Los nucleótidos son especialmente importantes en este proceso, porque son
los encargados de guardar dicha información genética en la célula, en forma de DNA.
En primer lugar, un ejemplo de flujo de información genética entre células de la
misma generación es la transmisión de plásmidos. Estas moléculas de DNA circular
cerrado pueden transferirse de célula a célula a través de diferentes métodos
(conjugación, transformación o transducción). Dicha transferencia permite que una
bacteria (la que recibe el plásmido) pueda adquirir nuevas características genéticas,
como la resistencia a determinados antibióticos o la capacidad de sintetizar el pili.
En segundo lugar, también hay flujo de información genética entre células de
diferente generación, y un ejemplo es la replicación del DNA. En este mecanismo
intervienen más de veinte enzimas, que en conjunto sintetizan las nuevas cadenas de
DNA. Sirve para generar la copia del material genético necesaria para la citocinesis,
que dará lugar a dos bacterias. A través de este proceso se produce la transmisión de
información genética a la siguiente generación. Durante la replicación del DNA pueden
producirse “errores” de modo que las dos copias del DNA no sean idénticas. Estos
“errores” se denominan mutaciones y son la base de la variabilidad genética y por
tanto de la evolución de las especies.
En tercer y último lugar, también hay flujo de información dentro de una misma
célula. Un ejemplo es la transposición, un tipo de recombinación por la que una
secuencia de DNA se desplaza de un lugar del genoma a otro, con la ayuda de la
enzima transposasa. El fragmento de DNA móvil se denomina transposón y modifica el
DNA de su alrededor (por ejemplo, al insertarse puede partir un gen por la mitad). Los
transposones, a diferencia de los provirus, se integran en el DNA celular en lugares
bien determinados.

2. Estructura del genoma:

Cromosoma procariota:
El ADN procariota NO está rodeado por membrana, sino que está contenido en una
región discreta del citoplasma, llamada nucleoide.
Los cromosomas aislados constan de
60 % de ADN
30 % de ARN
10 % de proteínas
Presenta haploidía = una única copia del cromosoma, (aunque pueden existir varias
copias de este cuando la bacteria crece muy rápido).
Debido a que las células procariotas solo cuentan con una copia del
cromosoma, únicamente existe una copia de cada gen. Si uno o varios son dañados, la
proteína que codifican se verá a su vez alterada. Mientras que, si existen dos copias y
una resulta dañada, la otra copia seguirá siendo útil, como ocurre en los eucariotas.
El hecho de que los organismos procariotas sean más vulnerables a agresiones,
como las mutaciones, pude ser tanto una desventaja como un beneficio en función de
los cambios que suponga para la célula.

Normalmente, existe un solo cromosoma circular, cerrado covalentemente (c.c.c.).

Esta afirmación es válida para todas las Archaea y la mayoría de Bacteria. En Bacteria,
el DNA está asociado a proteínas que parece que ayudarían a compactarlo y
organizarlo en una estructura enrollada tipo cromatina. En Archaea, el DNA está
asociado a proteínas muy similares a las histonas eucariotas.

Cromosomas procariotas vs. eucariotas:

Los organismos eucariotas y los procariotas se diferencian en muchos aspectos. Una de

las distinciones más notorias tiene que ver con la información genética. En las células
eucariotas el material genético está rodeado por una membrana y en cambio en las
procariotas no.
Las células eucariotas cuentan con un núcleo protegido por una doble
membrana, dentro de la cual se encuentra el material genético. Este orgánulo no solo
resguarda el material genético sino que también permite a la célula compartimentar
las reacciones. Dentro del núcleo tiene lugar la transcripción y fuera del mismo la
traducción.
 Por otro lado, en los procariotas el material genético se encuentra en una zona
del citoplasma denominada nucleoide. A diferencia de los eucariotas no está rodeado
por ninguna membrana. Eso implica que el DNA está menos protegido, pero también
que la transcripción y la traducción se pueden dar simultáneamente.

Transcripción en procariotas: a veces un único mRNA contiene más de una región

codificadora. Relacionado con el concepto de OPERÓN.

Tamaño del cromosoma:

3. Replicación del DNA:

Proceso complejo, donde están involucradas numerosas proteínas. Las 2 cadenas
complementarias del DNA se separan, y cada una sirve de molde para la síntesis de
una cadena complementaria. Por tanto, la síntesis de DNA es un proceso semi-
conservativo: en cada molécula nueva de DNA coexisten una cadena “parental”
(molde) y una cadena nueva recién sintetizada.
3.1. Proteínas implicadas en la replicación del DNA:

-La helicasa rompe los puentes de hidrógeno de la doble hélice permitiendo el avance
de la horquilla de replicación.
-La topoisomerasa impide que el ADN se enrede debido al superenrollamiento
producido por la separación de la doble hélice.
-Las proteínas SSB se unen a la hebra discontinua de ADN, impidiendo que ésta se una
consigo misma.
-La ADN polimerasa sintetiza la cadena complementaria de forma continua en la hebra
adelantada y de forma discontinua en la hebra rezagada.
-La ARN primasa sintetiza el cebador de ARN necesario para la síntesis de la cadena
complementaria a la cadena rezagada.
-La ADN ligasa une los fragmentos de Okazaki.
3.2. Mecanismo de replicación del DNA:
bidireccional:
En la mayoría de los procariotas:
- Bidireccional des de un único origen de
replicación
- Algunas arqueas pueden tener más de un
origen

3.3. Mecanismo de replicación del DNA: discontinuo:

La replicación siempre se produce en sentido 5'→3', siendo el extremo 3' -OH libre el
punto a partir del cual se produce la elongación del ADN. Esto plantea el problema de
que las cadenas tienen que crecer simultáneamente a pesar de ser antiparalelas. Por
ello, una de las cadenas debe ser sintetizada, de forma discontinua, en la dirección
3'→5'.
Una cadena forma una copia continua, mientras que en la otra se forman una serie de
fragmentos cortos conocidos como fragmentos de Okazaki. La cadena que se sintetiza
de manera continua se conoce como cadena adelantada y, la que se sintetiza en
fragmentos, cadena atrasada.

3.4. Replicación del DNA por el mecanismo del “círculo rodante” (“Rolling-circle
replication”):
Es otra forma de sintetizar DNA circular de doble cadena. La síntesis de DNA comienza
con un corte específico en el origen de replicación. El extremo 5’ se desplaza del
dúplex, lo que permite que la DNA polimerasa III añada dNTP al extremo 3’ OH. El
extremo 5’ “rueda” fuera como una cola libre que va incrementando su longitud. Esta
cadena “rodante” puede ser convertida a DNA dúplex a través de la formación de
fragmentos de Okazaki que crecen a partir de cebadores RNA. Se da en algunos
genomas circulares (ejemplo: virus y plásmidos).

4. DNA extracromosómico: Plásmidos:

Elementos genéticos extracromosómicos. Codifican información genética prescindible
para la supervivencia del microorganismo en ambientes naturales. Moléculas de ADN
normalmente cerrado que se replican independientemente del cromosoma
bacteriano. El tamaño de los plásmidos es mucho menor que el de los cromosomas y
puede oscilar entre las 3 a 10 kbp. El número de plásmidos por célula es variable, y
pueden coexistir varios tipos de plásmidos en la misma célula. También es variable el
número de copias de un determinado plásmido, aunque este factor está controlado
genéticamente (hay plásmidos de bajo y de alto número de copias). Los plásmidos
deben tener un origen de replicación que permita controlar su multiplicación.

Clasificación:
- Plásmidos conjugativos: Contienen genes que proporcionan a la bacteria la
capacidad de sintetizar el pili, una estructura proteica que conecta los citoplasmas de
dos células y permite la transferencia de plásmidos (y de los mismos plásmidos
conjugativos) de una a la otra (es un proceso unidireccional). Ejemplo: factor F o “de
fertilidad”.

- Plásmidos de resistencia (factores o plásmidos R): Confieren a la bacteria resistencia

a antibióticos y a otros inhibidores del crecimiento. En general los genes de resistencia
codifican proteínas que inactivan el antibiótico o bien protegen a la célula por algún
otro mecanismo.
El uso masivo de los antibióticos, desde su descubrimiento, ha tenido ciertas
implicaciones médicas. Cuando se aplican antibióticos a una población de bacterias,
todas aquellas que no tengan el factor R morirán, mientras que las que sí lo contengan
sobrevivirán. Así pues, la fracción de bacterias resistentes aumentará. Al
sobreutilizarse antibióticos se produce una selección no natural de las bacterias
resistentes. Esto implica que determinados antibióticos pierden la eficacia que antes
tenían para contrarrestar determinadas infecciones bacterianas, porque las bacterias
que las provocan son inmunes a ellos.

- Plásmidos que codifican para bacteriocinas (proteínas bacterianas que destruyen a

otras bacterias): Confieren ventajas adaptativas a las bacterias que los poseen.
Ejemplo: plásmidos Col, que codifican colicinas (atacan a E. Coli).

- Plásmidos de virulencia: Algunas de las toxinas que sintetizan las bacterias patógenas
están codificadas por plásmidos. También hay bacterias que para colonizar un tejido
del huésped requieren una proteína de la superficie celular llamada factor antigénico
de colonización. Este factor también es codificado por un plásmido.

- Plásmidos metabólicos: Codifican enzimas que degradan determinados compuestos.

5. Elementos móviles: secuencias de inserción y transposones:

Elementos genéticos móviles: secuencias de ADN que tienen la propiedad de cambiar
de posición dentro del genoma. Cuando cambian de posición y abandonan el lugar en
el que estaban, en ese sitio, se produce una deleción o pérdida de bases ->
mutaciones. Los elementos “transponibles” no tienen origen de replicación propio,
sino que se replican cuando lo hace la molécula de DNA huésped en la que están
insertados. Se mueven a través de un proceso llamado transposición.

Transposición:
Es un tipo de recombinación nombrada específica de lugar, ya que secuencias
específicas de DNA (las repeticiones invertidas y las secuencias diana) son reconocidas
por una proteína, la transposasa. Esta reconoce, corta y ata el DNA durante la
transposición.

La transposición es el fenómeno por el cual un elemento de DNA cambia de ubicación

física en el cromosoma sin aprovechar ningún tipo de homología de secuencia, sino a
través de una proteína específica denominada transposasa. Las características que
distinguen la transposición de la recombinación son:

- No requiere homología de DNA entre la secuencia donadora y la aceptora,

aunque hay puntos calientes en regiones ricas en AT.
- Se produce una duplicación de la secuencia aceptora (entre 3 y 12 pb) antes y
detrás del transposón.
- No necesita la comparecencia de RecA (en procariotas) sino la intervención de
la transposasa y, en algunos casos, la resolvasa.
- La transposición puede reestructurar drásticamente la organización del
cromosoma hospedador. Además, puede alterar la expresión de un gen, bien
inactivándolo, bien sobreexpresándolo.

Su presencia la demostró Bárbara McClintok en los años 50, pero se la ignoró por ir
contra la ortodoxia genética del momento: los genes están en un orden determinado e
inmutable. Hoy se sabe que hay transposones en todos los organismos y que la tasa de
transposición es similar a la de mutación espontánea, por lo que cabe la posibilidad
que sean los transposones (y no las mutaciones aleatorias) las que introduzcan la
variabilidad en las especies. Recordemos que los modelos evolutivos son previos al
conocimiento de los experimentos de McClintok.

Existen dos tipos principales de elementos transponibles en Bacteria que son las
secuencias de inserción y los transposones:
- Ambos contienen genes que codifican para la transposasa
- Ambos tienen repeticiones invertidas cortas en sus extremos.
En procariotas, los elementos transponibles se pueden dividir en dos grupos: las
secuencias de inserción y los transposones. Estos elementos tienen dos importantes
rasgos en común: contienen genes que codifican la transposasa y tienen cortas
repeticiones invertidas en los extremos que son necesarias para la transposición. Las
secuencias de inserción son segmentos cortos de DNA (unos 1.000 nucleótidos) que
poseen un único gen, el de la transposasa. En cambio, los transposones son más largos
ya que incluye otros genes, como algunos de resistencia a diferentes antibióticos.
Como curiosidad, existe un transposón conocido como bacteriófago Mu que es a la vez
transposón y virus, ya que hay un genoma vírico contenido dentro de él.

Mecanismos de transposición:
(1) Conservativa: En la conservativa el transposón es escindido de su ubicación e
insertado en otra, de manera que el número de copias de un transposón conservativo
sigue siendo una (es constante).

(2) Replicativa: En la replicativa se produce una nueva copia que se inserta en la

ubicación final. En este mecanismo existen dos copias del transposón, una en la
ubicación inicial y otra en la final.

6. Transcripción en procariotas (DNA -> RNA):

Holoenzima = core enzyme (RNA polimerasa) + factor sigma (sólo la holoenzima puede
comenzar la transcripción).
• Promotor:
- reconocido por el factor sigma
- se une la RNA polimerasa
- en procariotas un único promotor para diferentes genes: concepto de operón
• No se transcribe, sólo funciones reguladoras
• Sistema de numeración por convención

7. Regulación génica (operones):

Los procariotas tienen genes relacionados con un mismo proceso organizados juntos.
Estos genes se transcriben juntos como un único mRNA (llamado mRNA policistrónico).

Operón:
Un operón es grupo de genes cuya expresión comparte los mismos elementos de
control y genes reguladores. Este fragmento de DNA contiene los genes de las
proteínas que participan en la misma vía metabólica. Todos los genes de un operón se
transcriben en una sola molécula de mRNA, llamada mRNA policistrónico.
 Un operón contiene cuatro elementos principales. El primero es el promotor, la
secuencia de DNA que la RNA polimerasa reconoce para empezar a transcribir el gen.
El segundo es un gen regulador, que codifica para una proteína reguladora. Esta
controla el tiempo y la velocidad de transcripción de otros genes. El tercero es el
operador, una secuencia de DNA a la cual se puede unir una proteína reguladora para
inactivar todos los genes del operón. Y el cuarto son los genes estructurales, que
codifican las proteínas de la vía metabólica cuya expresión es la que está regulada.

Operón de la lactosa: inducible

No lactosa en el medio -> no es necesario metabolizarla -> los genes no se expresan

Lactosa en el medio -> se une al represor -> los genes se expresan

8. Traducción en procariotas (RNA -> proteínas)
Ribosomas procariotas:
- Son los más estudiados.
- Son de 70S, con una masa molecular de 2.500 kDa.
- Las moléculas de rRNA forman el 65% del ribosoma y las proteínas
representan el 35%.

Los ribosomas están formados por dos subunidades:

- Subunidad mayor: Es de 50S. Está formada por dos moléculas de RNA, una de
23S y otra de 5S. Además, hay 34 proteínas.
- Subunidad menor: Es de 30S y tiene una molécula de rRNA de 16S, además de
21proteínas.

Procariotas (70S = 30S + 50S subunits)

Eucariotas (80S = 40S + 60S subunits)

-Transcripción y traducción son procesos acoplados en procariotas:

-Síntesis proteica en función de secuencia de nucleótidos del mRNA
-Dirección de la síntesis: N terminal -> C-terminal