Taller sobre bases de datos y herramientas bioinformáticas útiles

en Bioquímica

Keven Steven Hoyos Gómez 1, Carlos Felipe Jaramillo López 2, Cristian

Camilo Londoño Ramírez 3
1
kshoyosg@ut.edu.co, 2 cfjaramillol@ut.edu.co, 3 clondonor@ut.edu.co
Programa de Química, Universidad del Tolima, Ibagué, Tolima, Colombia

1.

2.

3. (a) Busque en el PDB, la estructura tridimensional de la enzima

ciclooxigenasa humana COX-2 (PDB ID: 5KIR), la cual está implicada en la
síntesis de prostaglandinas a partir del ácido araquidónico.
Responda las siguientes preguntas:
(b) ¿cómo se clasifica? identifique el o los sitio(s) activo(s) de esta proteína.
(c)¿Cómo actúa la aspirina en la inhibición de esta enzima?
(d)¿Cuántos tipos COX se reconocen hasta el momento, cuál es su función y
qué diferencia existen entre ellas?
(e) Busque en el drugBank los fármacos que utilizan esta proteína como blanco
terapéutico en afecciones humanas.

a)
b) La ciclooxigenasa humana se trata de una enzima perteneciente a las
oxidoreductasas.

Las bandas representadas en color rosado son los sitios activos en donde
se puede unir el sustrato.

c) La aspirina (ácido acetilsalicílico) afecta en la función plaquetaria, por lo que

inhibe la producción de prostaglandinas en las ciclooxigenasas como la
COX-2, por lo que impide la formación de tromboxanos. La aspirina tiene
como una de sus funciones el ser analgésico, por lo que reduce el dolor
generado por la síntesis de prostaglandinas. Cita:
https://www.medigraphic.com/pdfs/veracruzana/muv-2002/muv022k.pdf

d) Existen solamente dos tipos de ciclooxigenasas (COX) y una isoforma de la

primera. La COX-1 se encarga de la síntesis de prostaglandinas para
propósitos fisiológicos y regula funciones como la protección
gastrointestinal, la homeostasis vascular, la hemodinámica renal y la
función plaquetaria. La COX-2 regula la producción de prostaglandinas que
participan en la inflamación y en otros procesos no inflamatorios, tanto
fisiológicos como patológicos. Por último, la COX-3 es una isoforma de la
COX-1 la cual su inhibición puede estar relacionada con el efecto
antipirético de algunos fármacos.

Algunas de las diferencias de estas dos enzimas es el sitio de unión para el

ácido araquidónico, que es diferente a pesar de que tengan estructura
similar. También tienen diferencias génicas, de distribución, regulación,
expresión y de estructura, se activan por diferentes estimulos y se acoplan
a diferentes fosfolipasas. Cita: https://www.elsevier.es/es-revista-revista-
espanola-reumatologia-29-articulo-fisiopatologia-ciclooxigenasa-1-
ciclooxigenasa-2-8546
e) Algunos medicamentos que utilizan esta proteína como blanco para las
afecciones humanas pueden ser:
 Naproxeno
 Nabumetona
 Aceclofenaco
 Diclofenaco
 Carprofeno
 Lumiracoxib
 Ibuprofeno
Estos medicamentos se caracterizan por ser aintiinflamatorios no
esteroideos y su función radica en inhibir la síntesis de prostaglandinas
debido a la ciclooxigenasa, por lo que disminuyen factores como el dolor, la
fiebre o la inflamación.

4. En un intento de identificar el agente causal de la enfermedad de Crohn

(una enfermedad inflamatoria del intestino) se practicaron biopsias de
mucosa intestinal a un grupo de pacientes. Se identificó una proteína que
se expresaba a niveles más elevados en los pacientes con enfermedad de
Crohn que en pacientes con enfermedades inflamatorias del intestino no
relacionadas o en controles no afectados. Se purifico la proteína y se
obtuvo la siguiente secuencia parcial de aminoácidos:

EARL PDRCI HSFQNLGIQC VKKRDLEQAI SQRIQTNNNP FQVPIEEQRG

DYDLNAVRLC FQVTVRDPSG RPLRLPPVLP HPIFDNRAPN
TAELKICRVN RNSGSCLGGD EIFLLCDKVQ KEDIEVYFTG
PGWEARGSFS QADVHRQVAI VFRTPPYADP SLQAPVRVSM
QLRRPSDREL SEPMEFQYLP DTDDRHRIEE KRKRTYETFK SIMS FSG
LTD PEPPER IAVPSRSSAS VPK PQPYP

(a) Identifique esta proteína utilizando una base de datos de proteínas y los
recursos mencionados anteriormente
(b) Repita el procedimiento utilizando diferentes partes de la secuencia de
aminoácidos de la proteína. ¿Obtiene siempre el mismo resultado?
(c) Busque información sobre la estructura tridimensional de las proteínas.
Encuentre información acerca de las estructuras secundarias, terciarias y
cuaternarias, de la proteína utilizando bases de datos recomendadas.

a) A partir de la búsqueda de cada una de las secuencias de aminoácidos

de la proteína, se llegó a la afirmación que se trata de la proteína:
Transcription factor p65 (A0A087X0W8).
b) Al momento de realizar la búsqueda de cada una de las secuencias de
aminoácidos se demostró que la gran mayoría de estas correspondían
a esta proteína, por lo que se puede afirmar que esta secuencia es
única y solo puede aplicar a la Transcription factor p65.

c)

Estructura secundaria: Es el
plegamiento que la cadena
polipeptídica adopta gracias a
la formación de puentes de
hidrógeno entre los átomos
que forman el enlace
peptídico.

Estructura terciaria: Es la
disposición tridimensional de
todos los átomos que
componen la proteína,
concepto equiparable al de
conformación absoluta en otras
moléculas. Esta estructura es la
responsable directa de las
propiedades biológicas de la
proteína.
 Estructura cuaternaria: Cuando
una proteína consta de más de una
cadena polipeptídica, es decir,
cuando se trata de una proteína
oligomérica, decimos que tiene
estructura cuaternaria. La
estructura cuaternaria deriva de la
conjunción de varias cadenas
peptídicas que, asociadas,
conforman un multímero, que posee
propiedades distintas a la de sus
monómeros componentes.

Estructura de la proteína estudiada Transcription factor p65.

5. El péptido α-encefalina (Tyr-Gly-Gly-Phe-Met-Thr-Ser-Glu-Lys-Ser-Gln-Thr-

Pro-Leu-Val-Thr-COOH) es un analgésico natural producido en el cuerpo.
(a) Realice la estructura de este péptido utilizando la herramienta
PepDraw.
(c)¿Cómo se clasifican los aminoácidos que componen este péptido?
(d) ¿Cuál es el punto isoeléctrico, la carga neta y la hidrofobicidad?
Interprete estos valores.
(e) Utilice la herramienta PeptideCutter y PeptideMass en ExPASy ¿Qué
tripéptidos podrían producirse en la hidrólisis enzimática con quimiotripsina,
tripsina y pepsina de este péptido? ¿Cuál es la masa molecular de los
péptidos que se producen como resultado de la hidrólisis?
 a) Representación del péptido

b) Los aminoácidos involucrados se clasifican en los siguientes grupos:

 Tirosina: Aminoácido aromático apolar

 Glicina: Aminoácido alifático apolar
 Fenilalanina: Aminoácido aromático apolar
 Metionina: Aminoácido alifático apolar
 Treonina: Aminoácido polar sin carga
 Serina: Aminoácido polar sin carga
 Glutamato: Aminoácido polar con carga negativa (ácido)
 Lisina: Aminoácido polar con carga positiva (básico)
 Glutamina: Aminoácido polar sin carga
 Prolina: Aminoácido alifático apolar
 Leucina: Aminoácido alifático apolar
 Valina: Aminoácido alifático apolar

c) Punto isoeléctrico: 6.57

Este valor corresponde al valor de pH en el que la molécula tiene una
carga neutra, por lo que un valor inferior a este se convertirá en una
molécula ácida, y un valor superior se convertirá en una molécula
básica.

Carga neta: 0
Representa la carga de la molécula a un pH 7, también se puede decir
que este valor se da por los aminoácidos involucrados en el péptido.

Hidrofobicidad: +14.41 Kcal * mol-1

La tendencia que tiene la molécula a repeler o excluir las moléculas de
agua, este valor es la cantidad de energía que tiene la molécula y
representa el aumento de la temperatura de un grado en un litro de
agua.

d) Para la quimiotripsina con alta especificidad

 Se forman tres péptidos
posibles por la acción de
la quimiotripsina con alta
especificidad. (1
tripéptido)

Masa
molecular
de los
péptidos
formados
por la hidrolisis con la quimiotripsina con alta especificidad.

Para la quimiotripsina con baja especificidad

Se forman cinco péptidos

posibles por la acción de la
quimiotripsina con baja
especificidad. (1 tripéptido)

Masa
molecular de
los péptidos
formados por
la hidrolisis
con la
quimiotripsina
con baja especificidad.

Para la pepsina a pH de 1.3

 Se forman tres péptidos
posibles por la acción de la
pepsina a pH 1.3.

Masa molecular
de los péptidos
formados por la
hidrolisis con la
pepsina a pH 1.3.

Para la pepsina a pH > 2

Se forman seis péptidos

posibles por la acción de la
pepsina a pH > 2. (3
tripéptidos).

Masa molecular
de los péptidos
formados por la
hidrolisis con la
pepsina a pH > 2.

Para la tripsina
Se forman dos péptidos
posibles por la acción de la
tripsina.

Masa molecular
de los péptidos
formados por la
hidrolisis con la
tripsina.