Genética y evolución

Clase 1, 6/03/23

o Genoma y variación genética

Genoma: ADN o ARN Set completo del material genético completo de una célula
(incluyendo mitocondrial y plastidial)

Genética humana: 23 pares de cromosomas, 3 billones de nucleótidos (3Gb) 25000

códigos genéticos para proteínas.

Genética del ratón: más pequeño que el del humano, sólo el 1% de los genes del ratón no
tienen un gen homólogo en el humano, 21 genes homólogos en el humano (aunque no
sean iguales en cuanto a códigos, se comparte la funcionalidad en la proteína sintetizada)

Genes homólogos (de secuencia): genes o proteínas que provienen de un gen

ancestral en común
o Orthologuos: En dos especies diferentes sin importar la codificación, con tal
que la función sea la misma (incluso si no se conoce la función de este)
(ejemplo: hemoglobina en vertebrados)
o Paralogous: Misma especie, misma codificación, pero el gen cumple distinta
funciones (ejemplo: Hemoglobina / mioglobina)

Sintenia: co-localización física de los loci genéticos en el mismo cromosoma dentro de un

individuo (partes de los genes agrupados en distintas regiones del ADN, que pueden
incluso heredar)

La cantidad de nucleótidos y la de genes no se relaciona con la complejidad o posición

filogenética. (C – value paradox, diversos mecanismos de cambio en la estructura y
composición genética)

C - value es en eucarionte la cantidad de ADN por genoma

haploide, “C” viene de característico de la especie

La cantidad codificante de nuestro ADN es sólo de un 1,5%

(considerando exones), el otro 98.5% es ADN no
codificante (ver diapositiva el gráfico y de que tratan cada
una)
Intrones son una secuencia de nucleótidos que se eliminan por el empalme de ARN
durante la maduración del producto final de ARN, Exones son secuencias de aminoácidos
que no se eliminan durante el empalme de ARN

Splacing alternativo: donde una misma secuencia de un gen, genera diferentes mRNA y,
por lo tanto, diferentes funciones.

Familia de genes: grupos de dos hasta cientos genes con relación evolutiva
 Barbara McClintock, Nobel de medicina por su descubrimiento de los elementos
móviles genéticos o transposición. (Locus Ds, el gen móvil que da como resultados
fenotipos distintos)

Movimiento de los segmentos del genoma (Repasar mitosis y meiosis)

El locus (área de reconocimiento de la enzima, puede moverse)

 Crosing Over desigual

 Retroposición o retrotransposición (completamente al azar, lo que permite
adquisición de mutaciones)

*La evolución de un gen puede ser mucho más rápida que entre especies, esto gracias a la
duplicación de los genes que permiten la formación de nuevos genes*

Hipótesis sobre la preservación de los genes duplicados

Se poseen en nuestro ADN segmentos que no son genes y no tienen homología puesto
que proceden de virus. (ERV Retrovirus endógeno que son propias de nuestro genoma)

LTR no transposones:
LINEs (elementos dispersos largos)
LTRs (Región terminal repetida larga)
SINEs (elementos nucleares dispersos cortos)

Transferencia horizontal: Dentro de generaciones, uno o más genes

Transferencia vertical: A través de generaciones, genoma completo.
Endosimbiosis primaria o secundaria… permite un posible explicación a la “diferencia en
cuanto a genes de ciertos organelos en organismos que dispone del tipo de transferencia
en este caso horizontal”
(ejemplos en ppt)

Inversiones: que son el resultado de dos quiebres en un cromosoma que se reconectan al

mismo segmento, pero al revés.
Fusiones: Uniones entre cromosomas que permiten la formación de un único y nuevo
cromosoma.
Poliploidía: muchas copias del cromosoma, permite también la conducción de nuevas
especies.
Dimorfismo sexual: distinción entre género femenino o masculino, lo que permite la
distinción de caracteres secundarios. (puede o no estar relacionado con cromosomas
sexuales)

*El dimorfismo sexual no es común en todas las especies, ejemplo de esto en algunas
algas es difícil encontrar cromosomas sexuales, por lo que es difícil realizar esta
distinción*

*Los cromosomas sexuales, es especial el cromosoma “Y” tienen un origen en un par de

cromosomas autosomas*

Clase 2, 8/03/23

o Genética mendeliana y mutaciones

Definiciones
Gen es proporción del genoma que codifica para proteínas.
Locus es lugar en el genoma.
Alelo son las versiones alternativas de un mismo gen.
Mutaciones en la secuencia de un locus

Mutaciones comunes, SNP (nucleótido único polimorfismo) y Indel (inserción, delección)

Mutaciones puntuales

Sinónimas: no cambia el resultado *puede afectar el fenotipo*

no – sinónimas: cambia el producto

Anemia Falciforme es la primera mutación identificada, estudiada por Linus Carl

Pauling.

Los nuevos alelos aparecen a lo largo de las generaciones de una familia o linaje, pudiendo
ser estas mutaciones acumulables, pero por generación la tasa de estas son pocas.
Las tasas de mutación varían dependiendo de cada organismo, esta tasa suele ser mayor
en los virus, especialmente en virus con RNA

- Lo que podemos observar en cuanto

a mutaciones puede ser opuesto a lo
que pensamos, ya que organismos
unicelulares incluyendo virus a mayor
tamaño de genoma la tasa de
mutación es más baja y en
organismos multicelulares a mayor
tamaño del genoma la tasa de
mutación es mayor

1.1 Mendel y herencia de los caracteres

La necesidad de trasmitir algo al momento de la reproducción, el pensamiento en esa

época era una herencia intermedia por parte de los padres a sus hijos.

Una planta hermafrodita lo que permite la obtención de líneas puras mediante

autofecundación.

Dominancia, recesividad, codominancia, homocigoto, heterocigoto

Los distintos tipos de sangre son ejemplos de caracteres con alelos múltiples, A y B son
codominantes y O es recesivo.

En la segunda generación del cruzamiento mono – hibrido (3:1), se define el concepto de

segregación (se puede unir o separar) aquí realizando las distinción de los gametos
sexuales

Di- híbridos (9:3:3:1)

Tabla de Punnet utilizada para poder determinar los resultados en cada cruzamiento.

Son 3 leyes de Mendel

1.- Ley de la dominancia, un organismo con dos formas de un gen expresará la forma que
sea dominante.
2.- Ley de la segregación, la descendencia hereda un alelo genético de cada progenitor,
cuando las células sexuales se unen en la fecundación.
3.- Ley de ensamblaje independiente, la herencia de un rasgo característico de un gen no
depende de la expresión de otro gen.
Caso de esto es la codominancia siguen las leyes de Mendel. (1/4; ½; 1/4)

Parcialmente recesivo, lejano a 2ª.

Parcialmente dominante, cercano a 2ª
2a (resta entre el *mayor y menor*)

Dominancia incompleta o parcialmente incompleta resulta con fenotipos diferentes.

(donde podemos cuantificar cuán alejados estamos de la codominancia)

Casos en donde no se cumplen la leyes de Mendel:

- Características de herencia ligadas al sexo (Morgan introduce los conceptos de

cromosomas autosómicos y sexuales) *caso de las moscas*

Herencia maternal (mitocondria y cloroplastos) *no aplica leyes de Mendel*

Inactivación de los cromosomas.

Aplicaciones de la herencia Mendeliana

1) Daltonismo trastorno ligado al cromosoma X

2) Enfermedades cromosomales
3) Enfermedades monogénicas
4) Enfermedades multifactoriales, complejas
5) Enfermedades mitocondriales

Simbología de genealogías…

Herencia autosómica dominante, todos los individuos deben de

tener un progenitor afectado, ambos sexos igualmente
afectados. (no hay portadores)

Herencia autosómica recesiva, no hay historia familiar previa, la mayor probabilidad de

encontrar un segundo afectado es en un hermano/a del primero. *la consanguineidad
aumente la posibilidad de observar una condición
autosómica recesiva*

Herencia ligada al gen X, usualmente sólo hombres

afectados, no se
trasmite de padres a hijos varones, todos los
hombres afectados son hijos y/o hermanos de
mujeres probables portadoras, mujeres portadoras son heterocigotas con relación al X
(dominante o recesivo)

Ligado a Y, todos los hombre enfermos.

Heterogeneidad genética (heterogeneidad de locus), mutaciones en diversos genes

causan la misma enfermedad.

Heterogeneidad alélica: En un mismo gen, diferentes mutaciones en diferentes pacientes

causan la misma enfermedad.

Pleiotropía: un gen afecta múltiples características. (color pelaje gatos, color ojos y
sordera)

Clase 3, 13/3/23

Impronta genómica, Es el proceso por el cual genes autosómicos se expresan a partir de

sólo una de las dos copias de la pareja – o del padre o de la madre- mientras que la otra
copia es silenciada. El silenciamiento de las copias de un gen ocurre en la fase previa al
desarrollo, durante la maduración de los espermatozoides y los óvulos (desarrollo de las
células germinales primordiales o PCGs) mediado por ejemplo con la metilación del DNA

Genes imprentados, aquellos que son clave para el crecimiento embrionario y neonatal,
una de las copias de estos genes tiene que permanecer en silencio y no se expresa
durante toda la vida de un organismo.

Transtornos genéticos asociados con impronta genómica:

- Sindrome de Angelamn
- Sindrome de Prade-Willi
- Síndrome de Beckwith-Wiedemann
- Infertilidad en varones

Genes improntados son importantes en la neurogénesis cortical

Epistasis: Cuando el fenotipo es determinado por la interacción entre los alelos de 2 o más
genes (ejemplo la enzima en los perros, si está o no) Interacción de dos o más productos
génicos, donde el producto génico (fenotipo) enmascara o modifica el producto génico de
otro. Gen epistático es el que enmascara, gen hipoestático el gen enmascarado.

Epistasis intergénica (interacción directa *molécula* o indirecta *codificaciones*)

Epistasis intragénica mutaciones secuenciales propensas a interactuar físicamente (Gen

Agouti)
Mecanismos epigenéticos

- Metilación DNA (gen encendido *citosinas desmetiladas* gen apagado

citocinas metiladas) modula la función del genoma.
- Modificaciones post-traduccionales de las histonas
- RNAs no codificantes

Elementos transponibles, elementos genéticos repetitivos y móviles que pueden

insertarse en distintas regiones del genoma.

Inserción germinal, secuencia presente en todas las células del organismo y de su progenie
(cambio germinal, afecto a mi progenie, cambio somático cuando no afecto a mi progenie
*color de pelo*)

Elementos transponibles:

1.- Clase 1 “Retrotransposones” elementos de secuencia de DNA que es transcripto a RNA

y después retrotranscripto a DNA por la enzima retrotranscriptasa *añadido al DNA*
2.- Clase 2 “Transposones de DNA” El elemento de DNA transponible utiliza una enzima
“Transposasa” para cortar el DNA y pegarse en otro locus

10% del genoma humano es elementos LTR transposón viral, ERV virus endógenos, se
integraron a la línea germinal 5-8% humanos

LTR (long terminal repeats) algunos son promotores de los genes codificantes de las
proteínas.
Los Retrotransposones modifican el genoma del huésped, alteran la expresión génica,
contribuyen con nuevos promotores y diversifican la gama de secuencias codificantes de
proteínas (el repertorio de transcritos) pudiendo generar epialelos metaestables, alelo
que puede existir de forma estable en más de un estado epigenético y con el potencial de
mantener las marcas tras-generacionalmente, pudiendo ser modulado y su
establecimiento es un evento probabilístico.

Gen Agouti un epialelo maestable, el LTR 5´del IAP (ADN retroviral insertado en la región 5
´del gen Agoutí, generando promotor críptico) promueve la transcripción constitutiva
ectópica del Agoutí

Metilación del DNA como mecanismo de silenciamiento de los Retrotransposones

Clase 4

- Recombinación, ligamento y mapeo genético

Diapo 2, explicación del di hibridismo por parte de la meiosis

El tema de la recombinación es la mezcla del 50%

Retro cruzamiento (hibrido con el parental homocigoto recesivo) 1:1

 Tipo parental (la combinación favorece a los caracteres de uno de los padres,
ambos caracteres son iguales a los de un padre) 50%
 Recombinante (tiene combinación de ambos)50%

La proporción de genotipos recombinantes es la tasa de recombinación

El Crossing over puede tener una implicancia, ya que este puede o no ser más “efectivo” si
ocurre o no.

La tasa de recombinación es propia de cada para de genes.

 Desequilibrio gamético
No tenemos las típicas proporciones de Mendel, esto debido a la falta de recombinación,
lo que puede significar que dos genes “segregaran” juntos. Entonces según Mendel la
frecuencia (A con B) = frecuencia (AB) = frecuencia A * frecuencia, pero en el desequilibrio
gamético
D=Freq ( parental 1 )∗Freq ( parental 2 )−Freq ( reconbinante 1 )∗Freq (recombinante 2)

He de recordar que la meiosis genera nuevos gametos haploides (haplotipo), lo que

permite la fecundación (unión al azar de los gametos)

El gráfico de correlación (página 18) se puede observar que, en cada nueva generación,
encontraremos genotipos recombinantes.

La persistencia del sexo es una paradoja evolutiva

En un sistema clonal, lo único que puede generar cambio en el genotipo, son las
mutaciones, en donde a cierto número de generaciones va a ver gran diversidad
altamente heterocigotos. (donde la gran mayoría de estas mutaciones no son benéficas
*trinquete de Müller*)

Si el ambiente es
inestable, la ventaja de
producir nuevos
genotipos por
recombinación permite
producir nuevos
fenotipos más
rápidamente, donde la
selección natural puede encontrar rápidamente genotipos con mejor desempeño en el
nuevo ambiente.

Centimorgan: unidad de distancia entre genes o

locus en el genoma.

- 1 cM = distancia entre 2 loci o genes

o marcadores genéticos que tienen
una probabilidad de recombinar de
0.01

Recombinación y mapeo genético

- Cruzamientos dirigidos
- Marcadores genéticos
- Genealogías
- HAP Map (base de marcadores genéticos para humanos) (se identifica el SNP y
luego los pares de locus que segregan juntos, para después identificar el SNP
que representa al haplotipo *cuya combinación no existe en el genoma*)
- LOD score

Clase 5, 27/03/23 (no entra en la prueba de la I1)

o Genética de poblaciones

SNPs (Variación en nucleótidos de un loci especifico)

- Área que trata de analizar la diversidad genética y repartición espacial.

Genética mendeliana aplicada a poblaciones

- Analizamos como las diferentes genealogías se cruzan entre ellas.

Asumimos que:
- Todos los individuos producen la misma cantidad de gametos. (todos segregan)
- La unión de los gametos ocurre después de un encuentro al azar. (no hay -
selección de pareja, todos se pueden acostar con cualquiera*)

*aplicados al modelo de Hardy-Weinberg*

1 locus, 2 alelos (A y a)
N individuos diploides
2N alelos al locus considerado
*Notar bien la diferencia al estar notando proporciones parentales y proporciones de
gametos*

Pregunta para relacionar mis proporciones de H-W

Viendo lo observado H obs

Viendo lo de H-W es ∑ 2 pq=1−∑ p2i , Pi frecuencia total

Panmixia, el apareamiento al azar en cómo se forman las parejas. (espermio y ovocito se

une al azar, cuando las especies liberan sus gametos al medio o “encuentros casuales”)

- Cuando no ocurre Panmixia

Caso extremo: la autofecundación

.
.
.

- Desviaciones del modelo H-W

Identidad por descendencia: Alelos heredados de los padre.

Coeficiente de consanguineidad: De que dos alelos sean idénticos por descendencia.

Reconstruimos las rutas de pasibilidad en cuanto a la genética

50% de un homocigoto es consanguínea

100% de un heterocigoto es consanguínea

Problemas con la consanguineidad

Juntarse con familia es malo

Dominancia: Depresión de consanguinidad causada por la expresión de mutaciones

deletéreas en genotipos homocigotos.

Heterosis: Los heterocigotos tienen un valor adaptativo superior en promedio a cualquier

otro genotipo, pero la consanguinidad disminuye sus frecuencias.
.
.
.

Fibrosis quística, enfermedad homocigoto-recesiva.

Riesgo, 1 significa que es igual de probable de tener un hijo enfermo por matrimonio no
emparentado o emparentado

Los niños enfermos son casi todos hijos de matrimonios consanguíneos.

Clase 6, 3/4/23

o Genética de pequeñas poblaciones, deriva génica y teoría neutralista de la

evolución

Recordar las supuestos de Hardy - Weinberg

- ¿Qué pasa cuando no se cumple las

características de la población? (limitada)

La mitocondria es haploide *no tiene cromosomas*

Deriva génica: frecuencia del alelo que comienza a fluctuar, donde uno de los alelos no es
sorteado y este desaparece

En poblaciones pequeñas (limitadas):

Se produce deriva génica,

- Las frecuencias de los fenotipos cambian

- Frecuencias alelos cambian
- Alelos son eliminados
Añadiendo incluso cierto grado de consanguinidad

En poblaciones más grandes se pueden quedar más alelos que en una población más
pequeña.

Formalización, linajes de Wright – Fisher

F: probabilidad de que dos alelos de una población de N individuos sean idénticos por
1
descendencia. F=
N

1
Entonces para cualquier generación F t+1 =Ft +(1−F t )
N

Equilibrio F t+1 =Ft

H = 1 – F, es la diversidad genética

- En poblaciones diploides,

1
Sería una F= , por lo que la diversidad genética sería:
2N

- Efectos de la deriva génica

La deriva génica produce un cambio evolutivo, siendo una de las

fuerzas más elementales de la evolución.

Las mutaciones tienen un rol contrario a la deriva, puesto que de esta

se obtienen nuevos alelos.

u = es igual a la tasa de mutación

2 Nu
La diversidad genética depende de N y u 1−F=
2 Nu+1

- Teoría Neutralista de la evolución

*la diversidad genética de una población depende de su tamaño y de la tasa de la

mutación*
 2 Nu
Diversidad genética H= , resultado entre el equilibrio entre 2 procesos, la
2 Nu+1
aparición de alelos por mutación y pérdida de alelos por deriva.

 La cantidad de alelos no varía mucho, pero hay recambios constantemente.

(equilibrio dinámico)

*Polimorfismo, alelos que está presentes al menos en el 1% de la población. *

- Aplicaciones en conservación de la biodiversidad

1.- Perdida de diversidad por eliminación directa, cuello de botella, donde los alelos de
menor frecuencia son los primeros en ser eliminados.

Ejemplo: Caso del pelillo: sobre – cosechado

2.- Perdida de diversidad por deriva genética (aumentan los efectos de la deriva)

Estudio de la diversidad genética permite evaluar efectos de perturbaciones (de origen

humano) sobre la demografía de las poblaciones, basándose en el estudio de las
consecuencias de romper el equilibrio mutación – deriva al reducir drásticamente el
tamaño de las poblaciones.

H
Cambio Ne=
2 u(1−H )

Tamaño efectivo, es el tamaño que tendría una población con una misma probabilidad de
dejar descendencia, tamaño poblacional constante (Ne), mutaciones neutras y
apareciendo a tasa constante.

Indicador de perturbación demográfica Ne/ N

Problemas con las poblaciones pequeñas:

 Consanguinidad aumenta
 Espiral de extinción (extinction vortex)

Efecto fundador, donde se puede introducir grandes cambios en la composición genética

de las nuevas poblaciones.

.
.
.
Fst nos indica que tan diferente son dos poblaciones.

Donde Fst = 0, cuando Fw =Fb

Fst = 1, cuando Fw >> Fb

*Cosa que está dada siempre por la cantidad de generaciones*

Si los individuos se reproducen en la misma población, se produce la deriva génica

Cómo cuantificar Fst (ppt)

Déficit de heterocigotos, cuando hay

problemas de consanguineidad. (pues se
pierde heterocigotos)

En cada población i, observamos (supuestos de HW)

Var es varianza.

Flujo génico en poblaciones estructuradas

- Movimiento de un lugar a otro, teniendo una

reproducción en cada lugar nuevo.
- Relacionado del flujo génico (movimiento
alélico)

Donde los alelos pueden reaparecer gracias a esto (re-

introducción de un alelo perdido) (con pocos migrantes en
una población pequeña es suficiente para reaparecer los
alelos perdidos) (más cambios inducen una homogeneidad)
 - Heredamos características de nuestros ancestros
- Heredamos también por parte de las migraciones

Admixture…

Modelos de dispersión/migración

 Poblaciones W-F
 Poblaciones del mismo tamaño N

- Modelos de islas (misma tasa de migración entre islas)

- Modelo Stepping-stone (migración sólo entre poblaciones vecinas)

Tamaño efectivo, tiene que ver con el número de individuos reproductores.

1
Siendo m la tasa de migración Fst ≈
2 N e m+1
Aislamiento por distancia: incremento de la diferencia genética con la distancia entre las
poblaciones