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EXTRACCIÓN DE ÁCIDOS NUCLEICOS

&
ELECTROFORESIS HORIZONTAL EN AGAROSA

JUAN PABLO OSPINA JARAMILLO


JOHAN SEBASTIAN MARTINEZ LAGUNA
EDWIN ALEXIS VALENZUELA VALENZUELA

UNIVERSIDAD DEL QUINDÍO


FACULTAD EN CIENCIAS DE LA EDUCACIÓN
LICENCIATURA EN CIENCIAS NATURALES Y EDUCACIÓN AMBIENTAL
ARMENIA-QUINDÍO
2022-II
UNIVERSIDAD DEL QUINDÍO
FACULTAD EN CIENCIAS DE LA EDUCACIÓN
LICENCIATURA EN CIENCIAS NATURALES Y EDUCACIÓN AMBIENTAL
LABORATORIO DE BIOQUÍMICA 2022-II

🧬ÍNDICE

● RESUMEN
……………………………………………………………………………....PÁG 02
● PALABRAS CLAVE
………………………………………………………………………………PÁG 02
● INTRODUCCIÓN
………………………………………………………………………………PÁG 02
● MATERIALES
………………………………………………………………………………PÁG 03
● METODOLOGÍA
………………………………………………………………………………PÁG 05
● RESULTADOS
………………………………………………………………………………PÁG 06
● DISCUSIÓN
………………………………………………………………………………PÁG 08
● CONCLUSIÓN
………………………………………………………………………………PÁG 09
● BIBLIOGRAFÍA
………………………………………………………………………………PÁG 10
● ANEXOS
………………………………………………………………………………PÁG 12

*gmail: Juanp.ospinaj@uqvirtual.edu.co
*gmail: johans.martinezl@uqvirtual.edu.co
*gmail: eavalenzuelav@uqvirtual.edu.co

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LICENCIATURA EN CIENCIAS NATURALES Y EDUCACIÓN AMBIENTAL
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RESUMEN

Se realizaron dos prácticas de laboratorio rápidas y sencillas de bajo costo para la extracción
de ácidos nucleicos y electroforesis horizontal en agarosa, a partir de métodos caseros y
comerciales ideales para el conocimiento del estudio de la bioquimica y las ciencias naturales
en el entorno educativo universitario, Los componentes del los equipos son de elevado costo,
por lo que la aplicación del método, por parte de los químicos y en centros educativos, se ha
retrasado. En este sentido, optar por otras metodologías propuestas por los currículum de
educación superior es válido. Las prácticas se realizaron en un laboratorio de nivel uno,
destinados para la enseñanza y educación; La universidad proporciona gran parte de los
elementos de laboratorio, más sin embargo los practicantes deben suministrar algunas
muestras biológicas que no provee la universidad; Se aplicó el más trillado y conocido
método científico, siguiendo paso riguroso para una práctica eficiente. Ya para terminar se
obtuvieron los ácidos nucleicos según lo teórico, para el caso de la electroforesis horizontal
en agarosa se pudo corroborar que el ADN también se puede estudiar y tiene otras formas de
ser interpretado, diferentes a lo convencional. Este informe es clave para la reestructuración
organizacional de los tópicos de la bioquímica orientados a fortalecer las herramientas
didácticas y opciones de desenvolvimiento a favor en situaciones poco favorables para los
educandos en zonas de difícil acceso a material educativo.

PALABRAS CLAVE

Ácidos nucleicos, Material hereditario, Extracción de ADN, Gel Agar, Electroforesis.

INTRODUCCIÓN

En el presente, la influencia del lenguaje y de conocimientos científicos es elemental para la


comprensión de una excesiva cantidad de investigaciones; Transmitidas, difundidas y
comunicadas por los medios de difusión, que se encadenan a eventos y fenómenos
biológicos. Términos como ADN (ácido desoxirribonucleico), ARN (ácido ribonucleico),
transgénicos, clonación, cromosoma, entre otros. Logran saltar las barreras académicas y se
manifiestan cotidianamente en revistas, internet, periódicos. Por eso, es valioso conquistar los

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conocimientos biológicos para entender los debates contemporáneos y poder cooperar de


ellos, Castello y colaboradores (2011). En vista de ello, Hassan y colaboradores (2006),
Barros y Teixeira (2006) destacan estos temas como imprecisos, dificultosos e
incomprensibles.

Hoy en día extraer ADN de una célula, representa una gran importancia para la humanidad ya
que, por medio de este, se determina la variabilidad genética de un individuo a otro, ayuda a
explicar patrones evolutivos y sus relaciones con otras especies, además se utiliza también
para detectar organismos patógenos y la creación de antibióticos para la prevención de
enfermedades. A lo largo del tiempo se han diseñado distintos protocolos con la finalidad de
obtener una cantidad y calidad de ADN adecuados, así como garantizar la eliminación de
inhibidores potenciales que dificulten el tratamiento posterior de la molécula, los cuales van
cambiando con el tiempo por los nuevos hallazgos, Rodríguez (2014). El método
implementado para la extracción del ADN en el laboratorio era uno de los más tradicionales,
lo cual no garantiza la obtención de una muestra pura de ADN.

Varias investigaciones han comprobado que la bioquímica y su relación con la síntesis de


proteínas es un tema considerado de complejo aprendizaje, (Wood-Robinson et al., 2000).
Evidentemente para los alumnos que alcanzan a terminar sus estudios de bachiller
exitosamente y tienen accesibilidad a la educación superior, una vez se enfrentan al modelo
evaluativo universitario, los resultados en los tópicos de la bioquímica hay unas
imprecisiones dificultosas en la vigencia del conocimiento adquirido, que consecuentemente
no siempre logra ser congruente con el conocimiento científico vigente, Fuente propia
Martinez (2022).

La electroforesis horizontal es un procedimiento empleado para disociar mezclas complejas y


proporcionar la investigación, permite hacer disgregaciones a niveles de microgramo de
sustancias ionizables, Smith y Feinberg (1965). Al aplicar un campo eléctrico a una
disolución, las moléculas de soluto con carga eléctrica neta positiva se desplazan hacia el
cátodo y las moléculas con carga negativa se desplazan hacia el ánodo. Este desplazamiento
se denomina electroforesis, Mathews (1998).

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Los componentes del equipo son de elevado costo, por lo que la aplicación del método, por
parte de los químicos y en centros educativos, se ha retrasado. En este sentido, las dos
prácticas de laboratorio compendiadas en este informe tuvieron como propósito: Extraer los
ácidos nucleicos (ADN) de tejido animal y vegetal, utilizando métodos caseros y comerciales.
Y Realizar la separación por medio de electroforesis de moléculas de ADN. Rojas y
colaboradores (2011).

MATERIALES

Extracción de ADN

● Mortero
● Pipetas
● Gasa
● Hielo
● Etanol al 70%
● Baker
● Detergente
● NaCl
● Muestra biológica ( vegetal-animal)

Electroforesis horizontal en agarosa

● Cámara de electroforesis horizontal


● Plancha de calentamiento
● Micropipetas de 10 y 200 ul
● Marcador de peso molecular
● Buffer carga
● Fuente de poder
● Agarosa
● Beacker
● Puntas de 10 y 200 ul

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● SYBR Green
● Guantes de nitrilo
● Transiluminador de luz ultravioleta

METODOLOGÍA

Extracción de ADN tradicional

Se maceraron aproximadamente 50 g del material biológico seleccionado ayudándose de


agua destilada después se procedió a filtrar el macerado en un beacker. En otro beacker se
mezcló una cucharada de detergente con 1g de NaCl y 10 ml de agua destilada evitando
generar espuma, se agregó la muestra filtrada al beacker que contenía la mezcla del
detergente y se revolvió durante 5 minutos. Pasados los 5 minutos se filtró el contenido del
beacker luego se le adicionaron aproximadamente 5 ml del filtrado a un tubo de ensayo, por
último, se le adiciono etanol frío procurando que se deslizara por las paredes del tubo el cual
se dejó reposando y posteriormente se observaron las fibras de ADN.
Este procedimiento es el mismo para la muestra vegetal y animal.

Electroforesis horizontal en agarosa

Preparación del gel agarosa:

En un beacker se midieron 100 ml de buffer (TBE) a este se le adicionó 1g de agarosa, luego


se calentó en una plancha hasta que se disolvió la agarosa, después de que se disolvió se puso
a reposar. Se armó la cámara de electroforesis y se vertió la agarosa previamente reposada en
el molde y se dejó solidificar durante al menos 30 minutos una vez se solidifico el gel se
colocó en la cámara de electroforesis y se le agregó buffer de corrido hasta que cubrió el gel.

Preparación de la muestra:

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Se tomaron 5 ul de buffer carga 6X y se mezclaron con 5 ul del material genético luego se


puso la mezcla en cada uno de los pozos correspondientes en el gel.

Corrida del gel:

Una vez se colocó la muestra en cada uno de los pozos se cerró la cámara de electroforesis y
se conectaron los cables a la fuente de poder y se le aplicó el voltaje respectivo (70V) se
observó hasta que el color azul de bromofenol estaba a una distancia aproximada de 2 cm del
borde del gel en ese momento se detuvo la electroforesis.

Tinción y visualización del gel

Se retiro el gel de la cámara y se realizó la tinción correspondiente por 5 minutos, luego de


estos 5 minutos se retiro el gel de la solución de tinción y se llevó al transiluminador y se
observó que la luz ultravioleta el ADN se visualiza como bandas de color verde.

RESULTADOS

Extracción de ADN vegetal

La figura. 1 muestra las fibras de a) ADN, precipitadas en la interfase, entre alcohol y agua,
formando un grumo de color blanco amarillento, gelatinoso y b) Restos celulares
(membranas, orgánulos) y otros componentes de la solución

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Extracción de ADN animal

La figura. 2 muestra las fibras de a) ADN, precipitadas en la interfase, entre alcohol y agua,
de color blanco y b) Restos celulares (membranas, orgánulos) y otros componentes de la
solución.

Electroforesis horizontal en agarosa

La figura 3 muestra la electroforesis positivo en los carriles 2 y 3, además muestra el


marcador de peso molecular.

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DISCUSIÓN

Extracción de ADN

El DNA se encuentra en el interior del núcleo de las células eucariotas rodeado de proteínas
(histonas) que lo mantienen unido y compactado. Para poder observarlo se debe romper la
membrana, la envoltura nuclear y también se precisa la desnaturalización de las proteínas
(Martínez, 2015). Mediante la fricción con el mortero lo que se logra es que se rompan las
uniones entre las células y la pared celular. Esta homogeneización facilita el efecto de lisis o
ruptura que ayuda a liberar el material genético. El jabón o detergente líquido ayuda a
romper las membranas celulares, que están compuestas por lípidos. Los componentes no
solubles como el material fibroso y las proteínas se separan del ADN por filtración. Después
que son eliminados los lípidos y las proteínas, los grupos fosfato del ADN están cargados
negativamente y son polares. El ADN se disuelve en soluciones acuosas, pero es insoluble en
alcohol. La adición de etanol y altas concentraciones de iones sodio que se unen a los grupos
fosfato, reduce las fuerzas repulsivas entre las cadenas y permite que el ADN se pliegue sobre
sí mismo haciéndolo insoluble. De esta forma precipita y forma una malla filamentosa
blanquecina que contienen proteínas y otros materiales. El cloruro de sodio ayuda a separar
algunas de las proteínas que están unidas al ADN. También mantiene las proteínas disueltas
en la capa acuosa de forma que impide que estas se precipiten también con el alcohol, junto
con el ADN. Adicionalmente, los cationes sodio (Na +) contrarrestan las cargas negativas de
los fosfatos del ADN. Posteriormente el alcohol disminuye la constante dieléctrica de la
solución acuosa. Por último, el etanol frío provoca que el ADN se separe del agua y se
precipite. Cuando el ADN se separa de la solución acuosa, tiende a agruparse, lo que hace
que sea visible, encontrándose así en la interfase, es decir, entre las dos capas .
Lo cual se pudo evidenciar el ADN en la práctica de laboratorio y se puede observar tanto en
la figura. 1 como en la figura. 2.

Electroforesis horizontal en agarosa

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La electroforesis es uno de los procedimientos más utilizados cuando se trabaja con ácidos
nucleicos. Mediante este proceso podemos separar fragmentos de ADN y ARN según de su
tamaño, observarlos mediante tinción, y de esta forma determinar la cantidad de ácidos
nucleicos de una muestra, teniendo una estimación de su concentración y grado de entereza.
Además, se puede extraer del gel los fragmentos de ADN que se deseen, para posteriormente
utilizarlos en diferentes aplicaciones (Fierro, F. F. 2014). La electroforesis horizontal se lleva
a cabo con gel de agarosa para ácidos nucleicos. Para el corrimiento del buffer este debe
cubrir el gel para evitar que se seque debido al calentamiento que se genera al pasar la
corriente eléctrica (Salasar, M. A et al. 2013). Por medio de la electroforesis, Thorne pudo
separar y visualizar tres formas topológicas distintas del ADN del polyomavirus las cuales
fueron: superenrollada, relajada y lineal, este trabajo recibió poca atención hasta principios de
los años 70, cuando se permitió el análisis de moléculas de ADN más grandes que los
genomas virales (Fierro, F. F. 2014). En la figura 3 se puede evidenciar que la muestra
presentaba ADN en los carriles 2 y 3

CONCLUSIONES

Tras realizar las prácticas de laboratorio y discutir los resultados obtenidos, podemos
demostrar que:

➔ Existen métodos simples y caseros mediante los cuales se pueden realizar


extracciones de ADN las cuales se pueden implementar fácilmente en los colegios
➔ La extraccion de acidos nucleicos no es una obtencion netamente pura de ADN
cuando visualizamos las hebras de color blanco en la parte superiror del tubo de
ensayo, para ello la realizacion de estas dos practicas de laboratorio las cuales estan
intimamnete conectadas en vista a que la electroforecis hace del proceso la separacion
netamente del ADN.
➔ Metodologías diferentes a lo estandarizado, debido a los altos costos, ofrece otras
miradas de desenvolvimiento de la educación en las ciencias naturales en planteles
educativos menos favorecidos económicamente.

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BIBLIOGRAFÍA

Castello Branco da Cunha, Karla Maria , & Abreu de Andrade, Viviane , & Vianna Barbosa,
Júlio (2011). "Pajitex": una propuesta de modelo didáctico para la enseñanza de ácidos
nucleicos. Revista Eureka sobre Enseñanza y Divulgación de las Ciencias, 8(1),115-124.

Hassan, A.B., Chemicharo, P., Rodriguez, U., Cardoso, I. y Ferreira, M.S. A utilização de
modelos didáticos no ensino de Biologia: uma experiência de prática de ensino no Colégio de
Aplicação da UFRJ. En: Caderno de Programa e Resumos. X Encontro “Perspectivas do
Ensino de Biologia”; 1º Encontro Regional de Ensino de Biologia (MT/MS/SP). Histórias e
Percursos da Biologia no Currículo. São Paulo: Brasil.

Barros, M.P. y Teixeira, F.M. (2006). Jogo “Dominó DNA”: Experiência de ensino de
duplicação de DNA. En: Caderno de Programa e Resumos. X Encontro “Perspectivas do
Ensino de Biologia”; 1º Encontro Regional de Ensino de Biologia (MT/MS/SP). Histórias e
Percursos da Biologia no Currículo. São Paulo: Brasil.

Rodríguez , N. (2014). 60 años del ADN (1 ed.). Coyoacán, México: UNIVERSIDAD


NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO. Obtenido de 60 años del ADN

Wood-Robinson, C., Lewis, J. y Leach, J. (2000). Young people’s understanding of the


nature
of genetic information in the cells of an organism. Journal of Biological Education, 35, 29-
36.

Smith, I. y Feinberg, J. (1965).Paper and thin layer chromatography and electrophoresis. (2a.
ed.). London: Shandon (trabajo original publicado en s/f)

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Mathews, C. (1988). Bioquímica. España: McGraw-Hill Skoog, D. A.; West, D. M. y James


Holler, F. (1998). Química analítica. (6a. ed.). México: McGraw-Hill (trabajo original
publicado en 1995)

Rojas J., Daniel E. (2011). Diseño y evaluación de un equipo de electroforesis de zona,


construido con materiales de bajo costo. Revista de Investigación, 35(74),81-88.[fecha de
Consulta 17 de Septiembre de 2022]. ISSN: 0798-0329. Disponible en:
https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=376140389004

Muñiz-Salazar , R, & Sánchez-Brambila , CH, & Baptista-Rosas , RC, & Arreola-Cruz , A, &
Radilla-Chávez , P, & Salas-Vargas , DS (2009). EXTRACCIÓN DE ADN E
IDENTIFICACIÓN MOLECULAR DE PROTOZOARIOS PATÓGENOS EN MUESTRAS DE
AGUA. Bioquimia, 34(1),63.

Uribe Soto, Sandra Inés, & Cadavid Sánchez, Isabel Cristina, & Rosero García, Doris
Amanda (2013). Comparación de dos métodos de extracción de ADN a partir de plantas del
género Solanum, subgénero Leptostemonum. Revista Colombiana de Biotecnología,
XV(2),186-192.

Salazar Montes, A. M., Sandoval Rodríguez, A. S., & Armendáriz Borunda, J. S. (2013).
Biología molecular: Fundamentos y aplicaciones en las ciencias de la salud (1a. ed.--.).
México D.F.: McGraw Hill, 114.

Fierro, F. F. (2014). Electroforesis de ADN. México D.F. Herramientas moleculares


aplicadas en ecología: aspectos teóricos y prácticos, 27-28.

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ANEXOS

Actividad:

Leer el documento denominado: Extracción de ADN con material cotidiano: desarrollo de


una estrategia interdisciplinar a partir de sus fundamentos científicos, de los autores José
María MarcosMerino; Roció Esteban Gallego y Jesús Gómez: Educación Química. Vol 30,
Núm.1 pág. 58-68 enero 2019. Una vez se realice la lectura realizar la siguiente actividad:

1. Establezca un cuadro de diferencias entre los fundamentos científicos del concepto


biológico, químico y físico.

R/: Tabla. 1 diferencias entre los fundamentos científicos del concepto biológico,
químico y físico
Diferencias entre los fundamentos científicos del concepto

Biológico Químico Físico

La actividad enzimática es sensible a la Cuando en una molécula son más Cuando se juntan compuestos inmiscibles
temperatura y el pH, entre otros factores, numerosos los protones que los electrones de diferentes densidades, los compuestos
por lo que ambos deben ser tenidos en su carga neta es positiva y se denomina ion menos densos quedan encima de los más
cuenta en el proceso de extracción. Para positivo o catión. Sin embargo, cuando el densos. Si los compuestos son miscibles, es
optimizar la extracción de ADN el proceso número de electrones es superior al de necesario que no se mezclen al juntarlos,
debe realizarse a baja temperatura, lo que protones, su carga neta es negativa y se para que queden separados por densidades.
se consigue empleando agua fría y denomina ion negativo o anión.
manteniendo los recipientes utilizados en
una bandeja con hielo. La baja temperatura
ralentiza la actividad enzimática, evitando
que las moléculas biológicas, como el
ADN, sean degradadas tras la ruptura de las
membranas celulares que conlleva la
liberación de los componentes subcelulares

La actividad enzimática Las cargas eléctricas de las moléculas, ya La densidad o cantidad de masa en un
que estas son responsables de las determinado volumen de sustancia.
interacciones electrostáticas.

2. Consulte dos ejemplos en donde se hayan realizado el método de extracción de ADN,


para ello tenga en cuenta los siguientes aspectos: título de la revista donde fue
publicado, año, autores, título del documento, como realizaron la extracción de ADN
y de que material, y cuál fue el propósito de dicha extracción.

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R/: Tabla. 2 ejemplos en donde se hayan realizado el método de extracción de ADN.


Aspectos a tener en cuenta Método de extracción de ADN

Título de la revista Medigraphic Artemisa en lÌnea Revista Colombiana de Biotecnología, XV(2),186-


192.

¿Dónde fue publicado? Universidad Autónoma de Baja California Universidad Nacional de Colombia

Año Marzo, 2009 noviembre 20 de 2013

Autores Muñiz-Salazar , R, & Sánchez-Brambila , CH, & Isabel Cristina Cadavid Sánchez*
Baptista-Rosas , RC, & Arreola-Cruz , A, & , Doris Amanda Rosero García*
Radilla-Chávez , P, & Salas-Vargas , DS (2009). , Sandra Inés Uribe Soto*

Título del documento EXTRACCIÓN DE ADN E IDENTIFICACIÓN Comparación de dos métodos de extracción de
MOLECULAR DE PROTOZOARIOS ADN a partir de plantas del género Solanum,
PATÓGENOS EN MUESTRAS DE AGUA subgénero Leptostemonum

¿Cómo realizaron la Mediante método de extracción de ADN por Realizaron la extracción de ADN con métodos
extracción de ADN? floculación, con kits comerciales de varias caseros de bajo costo.
farmacéuticas.

¿De qué material realizaron Se colectaron 4 L de agua de cuatro localidades Nueve plantas del subgénero Leptostemonum:
la extracción de ADN? diferentes en la ciudad de Ensenada, B.C

Propósito de la extracción de El Objetivo de este estudio fue Optimizar un El objetivo de este estudio fue seleccionar el mejor
ADN método de extracción de ADN a partir de método de extracción de ADN para este grupo de
muestras concentradas por el método de plantas, en términos de eficiencia, costos y que
floculación para identificación molecular de representará un bajo riesgo para la salud y el medio
protozoarios patógenos en muestras de agua ambiente.

Cuestionario:

1. Consulte qué función desempeña el bromuro de etidio o SYBR Green en una


electroforesis?

R/: El SYBR Green es un agente intercalante utilizado en la tinción de ADN para el


análisis por electroforesis de productos de PCR, principalmente. Esta molécula se
introduce en la estructura secundaria de la doble hélice del ADN y se acopla

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energéticamente a los ácidos nucleicos que lo forman, de manera que se incrementa


notablemente su tasa de emisión fluorescente. Este fenómeno se conoce como
transferencia de energía mediante resonancia de fluorescencia (FRET, por sus siglas
en inglés).

El complejo resultante ADN-SYBR Green presenta el pico de absorción en λ = 498


nm y el pico de emisión en λ = 522 nm (correspondiente a la zona verde del espectro,
de ahí su nombre). El SYBR Green representa una alternativa como tinte al bromuro
de etidio, ya que es hasta 100 veces más sensible que éste y mucho menos perjudicial
para la salud.

2. Teniendo en cuenta el siguiente gel, el cual muestra la serotipificación de muestras


para el virus dengue, explique cuáles fueron los pesos aproximados obtenidos para los
cuatro controles positivos (D1, D2, D3 y D4) y ¿según estos pesos L1 y L2 para que
serotipo fueron positivos y por qué?

R/: para D1, el peso aproximadamente fue de 500 pb; para D2, el peso aproximadamente fue
de 115 pb; para D3, el peso aproximadamente fue de 300 pb; para D4, el peso
aproximadamente fue de 400 pb.
*Los serotipo fueron positivos para el virus dengue, lo que se hizo fue agarrar a D1 y hacer la
serotipificacion y dio el resultado de L1, Es una reacción en cadena dela polimerasa, se tomó
la muestra, se hizo extracción de ADN, luego electroforesis, pcr y finalmente electroforesis.
Del mismo modo L2 corresponde a D2. Da positivo por la cantidad del virus en las muestra.

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