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27/10/22, 18:10 Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag | bioRxiv

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Extraña similitud de insertos únicos en la proteína de punta
2019-nCoV con HIV-1 gp120 y Gag

Prashant Pradhan , Ashutosh Kumar Pandey , Akhilesh Mishra , Parul Gupta , Praveen Kumar Tripathi ,
Manoj Balakrishnan Menon , James Gomes , Perumal Vivekanandan , Bishwajit Kundu
doi: https://doi.org/10.1101/2020.01.30.927871
Este artículo es una preimpresión y no ha sido certificado por una revisión por pares [ ¿qué significa esto? ].

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Resumen

Actualmente estamos presenciando una gran epidemia causada por el nuevo coronavirus de
2019 (2019-nCoV). La evolución de 2019-nCoV sigue siendo esquiva. Encontramos 4
inserciones en la glicoproteína espiga (S) que son exclusivas del 2019-nCoV y no están
presentes en otros coronavirus. Es importante destacar que los residuos de aminoácidos en
los 4 insertos tienen identidad o similitud con los de la gp120 del VIH-1 o la Gag del VIH-1.
Curiosamente, a pesar de que las inserciones son discontinuas en la secuencia de aminoácidos
primaria, el modelado 3D del 2019-nCoV sugiere que convergen para constituir el sitio de
unión del receptor. Es poco probable que el hallazgo de 4 insertos únicos en el 2019-nCoV,
todos los cuales tienen identidad/similitud con los residuos de aminoácidos en proteínas
estructurales clave del VIH-1, sea de naturaleza fortuita.

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Introducción

Los coronavirus (CoV) son virus de ARN monocatenario de sentido positivo que infectan a
animales y humanos. Estos se clasifican en 4 géneros según su especificidad de huésped:
Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Deltacoronavirus y Gammacoronavirus ( Snijder et al.,
2006 ). Hay siete tipos conocidos de CoV que incluyen 229E y NL63 (Género
Alphacoronavirus), OC43, HKU1, MERS y SARS (Género Betacoronavirus). Si bien 229E, NL63,
OC43 y HKU1 comúnmente infectan a los humanos, el brote de SARS y MERS en 2002 y 2012
respectivamente ocurrió cuando el virus se cruzó de animales a humanos y causó una
mortalidad significativa ( J. Chan et al., nd ; JFW Chan et al. al., 2015). En diciembre de 2019,
se informó otro brote de coronavirus en Wuhan, China, que también se transmitió de animales
a humanos. La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha denominado temporalmente a este
nuevo virus como nuevo coronavirus 2019 (2019-nCoV) ( JF-W. Chan et al., 2020 ; Zhu et al.,
2020 ). Si bien existen varias hipótesis sobre el origen de 2019-nCoV, la fuente de este brote
en curso sigue siendo esquiva.

Los patrones de transmisión de 2019-nCoV son similares a los patrones de transmisión


documentados en brotes anteriores, incluido el contacto corporal o por aerosol con personas
infectadas con el virus. Se han informado casos de enfermedad leve a grave y muerte por la
infección en Wuhan. Este brote se ha extendido rápidamente a naciones distantes, incluidas
Francia, Australia y EE. UU., entre otras. El número de casos dentro y fuera de China está
aumentando vertiginosamente. Nuestra comprensión actual se limita a las secuencias del
genoma del virus y datos epidemiológicos y clínicos modestos. El análisis exhaustivo de las
secuencias 2019-nCoV disponibles puede proporcionar pistas importantes que pueden ayudar
a avanzar en nuestra comprensión actual para gestionar el brote en curso.

La glicoproteína espiga (S) del cornonavirus se divide en dos subunidades (S1 y S2). La
subunidad S1 ayuda en la unión del receptor y la subunidad S2 facilita la fusión de membranas
( Bosch et al., 2003 ; Li, 2016 ). Las glicoproteínas espigas de los coronovirus son
determinantes importantes del tropismo tisular y la gama de huéspedes. Además, las
glicoproteínas de punta son objetivos críticos para el desarrollo de vacunas ( Du et al., 2013 ).
Por esta razón, las proteínas de punta representan las más estudiadas entre los coronavirus.
Por lo tanto, buscamos investigar la glicoproteína espiga del 2019-nCoV para comprender su
evolución, secuencia de características novedosas y características estructurales utilizando
herramientas computacionales.

Metodología
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Recuperación y alineación de secuencias de ácidos nucleicos y proteínas

Recuperamos todas las secuencias de coronavirus disponibles (n=55) de la base de datos del
genoma viral del NCBI ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ) y usamos el GISAID ( Elbe &
Buckland-Merrett, 2017 )[ https: //www.gisaid.org/ ] para recuperar todas las secuencias
completas disponibles (n=28) de 2019-nCoV al 27 de enero de 2020. La alineación de
secuencias múltiples de todos los genomas de coronavirus se realizó mediante el software
MUSCLE ( Edgar, 2004 ) basado en el método de unión de vecinos. De los 55 genomas de
coronavirus, se usaron 32 genomas representativos de todas las categorías para el desarrollo
del árbol filogenético utilizando el software MEGAX ( Kumar et al., 2018).). Se encontró que el
pariente más cercano era el SARS CoV. La región de glicoproteína de SARS CoV y 2019-nCoV se
alinearon y visualizaron utilizando el software Multalin ( Corpet, 1988 ). La secuencia de
aminoácidos y nucleótidos identificada se alineó con la base de datos del genoma viral
completo usando BLASTp y BLASTn. Se presentó la conservación de los motivos de nucleótidos
y aminoácidos en 28 variantes clínicas del genoma 2019-nCoV mediante la realización de
múltiples alineaciones de secuencias con el software MEGAX. La estructura tridimensional de la
glicoproteína 2019-nCoV se generó utilizando el servidor en línea SWISS-MODEL ( Biasini et al.,
2014 ) y la estructura se marcó y visualizó utilizando PyMol ( DeLano, 2002 ).

Resultados

Extraña similitud de nuevos insertos en la proteína de punta 2019-nCoV con HIV-1 gp120 y Gag

Nuestro árbol filogenético de coronavirus completos sugiere que 2019-nCoV está


estrechamente relacionado con el SARS CoV [ Fig1 ]. Además, otros estudios recientes han
relacionado el 2019-nCoV con el SARS CoV. Por lo tanto, comparamos las secuencias de
glicoproteínas de punta del 2019-nCoV con las del SARS CoV (número de acceso de NCBI:
AY390556.1 ). En un examen cuidadoso de la alineación de la secuencia, encontramos que la
glicoproteína de pico 2019-nCoV contiene 4 inserciones [ Fig.2 ]. Para investigar más a fondo
si estos insertos están presentes en cualquier otro virus corona, realizamos una alineación de
secuencias múltiples de las secuencias de aminoácidos de la glicoproteína de punta de todos
los coronavirus disponibles (n = 55) [consulte la Tabla S.File1] en NCBI refseq (ncbi.nlm
.nih.gov), esto incluye una secuencia de 2019-nCoV[ Fig.S1]. Descubrimos que estas 4
inserciones [insertos 1, 2, 3 y 4] son ​exclusivas de 2019-nCoV y no están presentes en otros
coronavirus analizados. Otro grupo de China había documentado tres inserciones que
comparaban menos secuencias de glicoproteínas de punta de coronavirus. Otro grupo de

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China había documentado tres inserciones que comparaban menos secuencias de


glicoproteínas de punta de coronavirus ( Zhou et al., 2020 ).

Figura S1

Alineación de secuencias múltiples de glicoproteínas de la familia coronaviridae , que representan los cuatro insertos.

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Figura 1:

La genealogía de máxima verosimilitud muestra la evolución de 2019-nCoV:


La historia evolutiva se infirió utilizando el método de Máxima Verosimilitud y el modelo basado en matriz JTT. Se muestra el árbol con
la probabilidad logarítmica más alta (12458,88). Los árboles iniciales para la búsqueda heurística se obtuvieron automáticamente
aplicando los algoritmos Neighbor-Join y BioNJ a una matriz de distancias por pares estimadas mediante un modelo JTT, y luego
seleccionando la topología con un valor de verosimilitud superior. Este análisis involucró 5 secuencias de aminoácidos. Hubo un total de
1387 posiciones en el conjunto de datos final. Los análisis evolutivos se realizaron en MEGA X.

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Figura 2:

Alineación de secuencias múltiples entre proteínas de punta de 2019-nCoV y SARS.


Las secuencias de las proteínas de punta de 2019-nCoV (Wuhan-HU-1, Acceso NC_045512 ) y del SARS CoV (GZ02, Acceso
AY390556 ) se alinearon utilizando el software MultiAlin. Los sitios de diferencia están resaltados en recuadros.

Figura 3.

Glicoproteína de espiga homotrímera modelada del virus 2019-nCoV.


Los insertos de la proteína de la envoltura del VIH se muestran con perlas de colores, presentes en el sitio de unión de la proteína.

Luego analizamos todas las secuencias de longitud completa disponibles (n = 28) de 2019-
nCoV en GISAID ( Elbe & Buckland-Merrett, 2017 ) al 27 de enero de 2020 para detectar la
presencia de estos insertos. Como la mayoría de estas secuencias no están anotadas,
comparamos las secuencias de nucleótidos de la glicoproteína espiga de todas las secuencias
2019-nCoV disponibles usando BLASTp. Curiosamente, las 4 inserciones se conservaron

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absolutamente (100 %) en todas las secuencias 2019-nCoV disponibles analizadas [ Fig.S2 ,


Fig.S3 ].

Figura S2:

Los cuatro insertos están presentes en los 28 genomas del virus Wuhan 2019-nCoV alineados obtenidos de GISAID. La brecha en Bat-
SARS Like CoV en la última fila muestra que los insertos 1 y 4 son muy exclusivos de Wuhan 2019-nCoV.

Figura S3

Árbol filogenético del genoma de 28 aislamientos clínicos de 2019-nCoV, incluido uno de murciélago como huésped.

Luego traducimos el genoma alineado y descubrimos que estos insertos están presentes en
todos los virus Wuhan 2019-nCoV, excepto el virus 2019-nCoV de Bat como huésped [ Fig. S4
]. Intrigados por las 4 inserciones altamente conservadas exclusivas de 2019-nCoV, queríamos
comprender su origen. Para este propósito, usamos la alineación local 2019-nCoV con cada

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inserto como consulta contra todos los genomas de virus y consideramos aciertos con una
cobertura de secuencia del 100%. Sorprendentemente, cada uno de los cuatro insertos se
alineó con segmentos cortos de las proteínas del Virus de inmunodeficiencia humana-1 (VIH-
1). Las posiciones de aminoácidos de las inserciones en 2019-nCoV y los residuos
correspondientes en HIV-1 gp120 y HIV-1 Gag se muestran en la Tabla 1. Los primeros 3
insertos (inserto 1, 2 y 3) se alinearon con segmentos cortos de residuos de aminoácidos en
HIV-1 gp120. El inserto 4 se alineó con HIV-1 Gag. El inserto 1 (6 residuos de aminoácidos) y el
inserto 2 (6 residuos de aminoácidos) en la glicoproteína espiga de 2019-nCoV son 100 %
idénticos a los residuos asignados a HIV-1 gp120. El inserto 3 (12 residuos de aminoácidos) en
2019-nCoV se asigna a HIV-1 gp120 con lagunas [consulte la Tabla 1 ]. El inserto 4 (8
residuos de aminoácidos) mapea a HIV-1 Gag con espacios.

Figura complementaria 4.

Alineación del genoma de la familia Coronaviridae. Las secuencias negras resaltadas son las inserciones representadas aquí.

Tabla 1:

Secuencias alineadas de la proteína 2019-nCoV y gp120 del VIH-1 con sus posiciones en la secuencia primaria de la proteína. Todos los
insertos tienen una alta densidad de residuos cargados positivamente. Los fragmentos eliminados en el inserto 3 y 4 aumentan la
relación entre carga positiva y área superficial. *consulte Suplemento Tabla 1 para números de acceso

Aunque las 4 inserciones representan tramos cortos no contiguos de aminoácidos en la


glicoproteína de pico de 2019-nCoV, el hecho de que los tres compartan identidad o similitud
de aminoácidos con HIV-1 gp120 y HIV-1 Gag (entre todas las proteínas virales anotadas)
sugiere que esto no es un hallazgo fortuito al azar. En otras palabras, uno puede esperar
esporádicamente una coincidencia fortuita para un tramo de 6-12 residuos de aminoácidos
contiguos en una proteína no relacionada. Sin embargo, es poco probable que las 4

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inserciones en la glicoproteína del pico 2019-nCoV coincidan fortuitamente con 2 proteínas


estructurales clave de un virus no relacionado (VIH-1).

Los residuos de aminoácidos de las inserciones 1, 2 y 3 de la glicoproteína de punta 2019-


nCoV que se mapearon en el VIH-1 formaban parte de los dominios V4, V5 y V1,
respectivamente, en gp120 [ Tabla 1 ]. Dado que las inserciones de 2019-nCoV se asignaron a
regiones variables del VIH-1, no eran ubicuas en la gp120 del VIH-1, sino que estaban
limitadas a secuencias seleccionadas del VIH-1 [consulte S.File1] principalmente de Asia y
África.

La proteína Gag del VIH-1 permite la interacción del virus con la superficie del huésped
cargada negativamente ( Murakami, 2008 ) y una alta carga positiva en la proteína Gag es una
característica clave para la interacción huésped-virus. Al analizar los valores de pI para cada
una de las 4 inserciones en 2019-nCoV y los tramos correspondientes de residuos de
aminoácidos de las proteínas del VIH-1, encontramos que a) los valores de pI eran muy
similares para cada par analizado b) la mayoría de estos valores de pI fueron 10±2 [Consulte
la Tabla 1 ]. Cabe destacar que, a pesar de las lagunas en los insertos 3 y 4, los valores de pI
fueron comparables. Esta uniformidad en los valores de pI para los 4 insertos merece una
mayor investigación.

Como ninguno de estos 4 insertos está presente en ningún otro coronavirus, la región
genómica que codifica estos insertos representa candidatos ideales para diseñar cebadores
que puedan distinguir 2019-nCoV de otros coronavirus.

Los nuevos insertos son parte del sitio de unión del receptor de 2019-nCoV

Para obtener información estructural y comprender el papel de estas inserciones en la


glicoproteína 2019-nCoV, modelamos su estructura en función de la estructura disponible de
la glicoproteína del pico del SARS (PDB: 6ACD.1.A). La comparación de la estructura modelada
revela que, aunque los insertos 1, 2 y 3 se encuentran en ubicaciones no contiguas en la
secuencia primaria de la proteína, se pliegan para constituir la parte del sitio de unión de la
glicoproteína que reconoce el receptor del huésped ( Kirchdoerfer et al., 2016 ) . (Figura 4). El
inserto 1 corresponde al NTD (dominio N-terminal) y los insertos 2 y 3 corresponden al CTD
(dominio C-terminal) de la subunidad S1 en la glicoproteína de pico 2019-nCoV. El inserto 4
está en la unión de SD1 (subdominio 1) y SD2 (subdominio 2) de la subunidad S1 ( Ou et al.,
2017). Especulamos que estas inserciones brindan flexibilidad adicional al sitio de unión de la
glicoproteína al formar un bucle hidrofílico en la estructura de la proteína que puede facilitar o
mejorar las interacciones virus-huésped.

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Análisis evolutivo de 2019-nCoV

Se ha especulado que 2019-nCoV es una variante del coronavirus derivada de una fuente
animal que se transmitió a los humanos. Teniendo en cuenta el cambio de especificidad para
el huésped, decidimos estudiar las secuencias de la glicoproteína espiga (proteína S) del virus.
Las proteínas S son proteínas de superficie que ayudan al virus a reconocer y adherirse al
huésped. Por lo tanto, un cambio en estas proteínas puede reflejarse como un cambio en la
especificidad del huésped del virus. Para conocer las alteraciones en el gen de la proteína S de
2019-nCoV y sus consecuencias en los reordenamientos estructurales realizamos in-
sillicoanálisis de 2019-nCoV con respecto a todos los demás virus. Una alineación de
secuencias múltiples entre las secuencias de aminoácidos de la proteína S de 2019-nCoV, Bat-
SARS-Like, SARS-GZ02 y MERS reveló que la proteína S ha evolucionado con la diversidad
significativa más cercana del SARS-GZ02 ( Figura 1 ).

Inserciones en la región de la proteína Spike de 2019-nCoV

Dado que la proteína S de 2019-nCoV comparte ascendencia más cercana con el SARS GZ02, la
secuencia que codifica las proteínas de punta de estos dos virus se comparó utilizando el
software MultiAlin. Encontramos cuatro nuevas inserciones en la proteína de 2019-nCoV-
“GTNGTKR” (IS1), “HKNNKS” (IS2), “GDSSSG” (IS3) y “QTNSPRRA” (IS4) ( Figura 2 ). Para nuestra
sorpresa, estas inserciones de secuencias no solo estaban ausentes en la proteína S del SARS,
sino que tampoco se observaron en ningún otro miembro de la familia Coronaviridae (Figura
complementaria). Esto es sorprendente, ya que es bastante improbable que un virus haya
adquirido tales inserciones únicas de forma natural en un corto período de tiempo.

Las inserciones comparten similitud con el VIH

Se observó que las inserciones estaban presentes en todas las secuencias genómicas del virus
2019-nCoV disponibles de los aislados clínicos recientes ( Figura 1 complementaria ). Para
conocer la fuente de estas inserciones en 2019-nCoV, se realizó una alineación local con
BLASTp utilizando estas inserciones como consulta con todo el genoma del virus.
Inesperadamente, todas las inserciones se alinearon con el Virus de inmunodeficiencia
humana-1 (VIH-1). Un análisis adicional reveló que las secuencias alineadas de VIH-1 con 2019-
nCoV se derivaron de la glicoproteína de superficie gp120 (posiciones de la secuencia de
aminoácidos: 404-409, 462-467, 136-150) y de la proteína Gag (366-384 aminoácidos) ( tabla
1). La proteína gag del VIH está implicada en la unión a la membrana del huésped, el
empaquetamiento del virus y la formación de partículas similares a virus. Gp120 juega un
papel crucial en el reconocimiento de la célula huésped al unirse al receptor primario CD4.

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Esta unión induce reordenamientos estructurales en GP120, creando un sitio de unión de alta
afinidad para un correceptor de quimioquinas como CXCR4 y/o CCR5.

Discusión

El brote actual de 2019-nCoV justifica una investigación exhaustiva y una comprensión de su


capacidad para infectar a los seres humanos. Teniendo en cuenta que ha habido un cambio
claro en la preferencia del huésped de coronavirus anteriores a este virus, estudiamos el
cambio en la proteína de punta entre 2019-nCoV y otros virus. Encontramos cuatro nuevas
inserciones en la proteína S de 2019-nCoV en comparación con su pariente más cercano, SARS
CoV. La secuencia del genoma de los 28 aislamientos clínicos recientes mostró que la
secuencia que codifica estas inserciones se conserva entre todos estos aislamientos. Esto
indica que estas inserciones han sido adquiridas preferentemente por el 2019-nCoV, lo que le
proporciona una ventaja adicional de supervivencia e infectividad. Profundizando más,
encontramos que estas inserciones eran similares al VIH-1. Nuestros resultados destacan una
asombrosa relación entre gp120 y la proteína Gag del VIH, con la glicoproteína de punta 2019-
nCoV. Estas proteínas son críticas para que los virus identifiquen y se adhieran a sus células
huésped y para el ensamblaje viral (Beniac et al., 2006 ). Dado que las proteínas de superficie
son responsables del tropismo del huésped, los cambios en estas proteínas implican un
cambio en la especificidad del virus por el huésped. Según informes de China, ha habido una
ganancia en la especificidad del huésped en el caso 2019-nCoV, ya que originalmente se sabía
que el virus infectaba a los animales y no a los humanos, pero después de las mutaciones,
también ganó tropismo hacia los humanos.

Avanzando, el modelado 3D de la estructura de la proteína mostró que estas inserciones están


presentes en el sitio de unión de 2019-nCoV. Debido a la presencia de motivos gp120 en la
glicoproteína de punta 2019-nCoV en su dominio de unión, proponemos que estas inserciones
de motivos podrían haber proporcionado una mayor afinidad hacia los receptores de la célula
huésped. Además, este cambio estructural también podría haber aumentado el rango de
células huésped que 2019-nCoV puede infectar. Hasta donde sabemos, la función de estos
motivos aún no está clara en el VIH y necesita ser explorada. El intercambio de material
genético entre los virus es bien conocido y este intercambio crítico destaca el riesgo y la
necesidad de investigar las relaciones entre familias de virus aparentemente no relacionadas.

Conclusiones

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Nuestro análisis de la glicoproteína de punta de 2019-nCoV reveló varios hallazgos


interesantes: primero, identificamos 4 insertos únicos en la glicoproteína de punta de 2019-
nCoV que no están presentes en ningún otro coronavirus informado hasta la fecha. Para
nuestra sorpresa, las 4 inserciones en el 2019-nCoV se asignaron a segmentos cortos de
aminoácidos en el VIH-1 gp120 y Gag entre todas las proteínas virales anotadas en la base de
datos del NCBI. Es poco probable que esta asombrosa similitud de los insertos novedosos en
la proteína de pico 2019-nCoV con HIV-1 gp120 y Gag sea fortuita. Además, el modelado 3D
sugiere que al menos 3 de las inserciones únicas que no son contiguas en la secuencia de
proteína primaria de la glicoproteína del pico 2019-nCoV convergen para constituir los
componentes clave del sitio de unión del receptor. De nota, los 4 insertos tienen valores de pI
de alrededor de 10 que pueden facilitar las interacciones virus-huésped. En conjunto, nuestros
hallazgos sugieren una evolución no convencional de 2019-nCoV que justifica una mayor
investigación. Nuestro trabajo destaca aspectos evolutivos novedosos del 2019-nCoV y tiene
implicaciones en la patogénesis y el diagnóstico de este virus.

Referencias

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