12

CAPÍTULO
Control de la expresión
genética
¿PODEMOS RECREAR UN T-REX?

En la película Parque Jurásico, los científicos aislaron DNA

de dinosaurios, a partir de mosquitos preservados en ámbar
que se habían alimentado de estos reptiles, y lo insertaron en
el genoma de un huevo de lagarto. Los genes de dinosaurios
causaron que los lagartos se desarrollaran como dinosaurios.
En realidad, no es posible obtener cantidades significativas
de DNA de dinosaurio de muestras antiguas en ámbar, pero
incluso si se pudiera lograr que los genes de dinosaurios se
expresen y regulen de forma adecuada en un genoma de la-
garto es un desafío extraordinario. Como se verá en este ca-
pítulo, la expresión genética está controlada por una gran
cantidad de elementos de DNA en el genoma, y la inserción
de un gen en un sitio aleatorio en el genoma a menudo da
como resultado un gen que se expresa incorrectamente, si es
que se expresa en absoluto. Además de sus aplicaciones hi- Mosquito preservado en ámbar
potéticas en la reencarnación de dinosaurios, el control de la Fuente: © Museo de Historia Natural/Alamy Inc.
expresión genética también es importante en el mundo real,
por ejemplo, en estudios que intentan corregir defectos ge-
néticos implantando versiones normales del gen defectuoso
en el genoma de un paciente (terapia genética).

BOSQUEJO DEL CAPÍTULO

12.1
Control de la expresión genéti-
ca en las bacterias
12.2 Estructura de la envoltura nu-
clear
12.3 Empaquetado del genoma eu-
cariota
12.4 Heterocromatina
12.5 Estructura de un cromosoma
mitótico
12.6 PERSPECTIVA HUMANA:
Aberraciones cromosómicas y
trastornos humanos
12.7 Epigenética: hay más para he-
redar que DNA
12.8 El núcleo como un organelo
organizado
12.9 Descripción general de la re-
gulación genética en eucario-
tas
12.10 Generación de perfiles de la
actividad genética
12.11 Papel de los factores de trans-
cripción en la regulación de la
expresión genética
12.12 Estructura de los factores de
transcripción
12.13 Sitios de DNA implicados en la
regulación de la transcripción
12.14 Ejemplo de activación trans-
cripcional: el receptor de glu-
cocorticoides
12.15 Activación transcripcional: el
papel de los potenciadores,
promotores y coactivadores
12.16 Activación transcripcional de
polimerasas pausadas
12.17 Represión transcripcional
12.18 Control del procesamiento de
RNA
12.19 Control transduccional
12.20 Papel de los microRNA en el
control transduccional
12.21 Control postraduccional: deter-
minación de la estabilidad de
la proteína
 456
12.1 Control de la expresión genética
en las bacterias
A pesar de sus obvias diferencias en forma y función, las células
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética
que componen un organismo multicelular contienen un conjunto
idéntico de genes. La información genética presente en todas las
células se puede comparar con un libro de planos proyectados
para la construcción de un edificio grande y polivalente. En dife-
rentes momentos, se necesitarán todos los planos, pero sólo se
consulta un pequeño subconjunto mientras se trabaja en un piso
o sala en particular. Así mismo, un óvulo fertilizado contiene un
conjunto completo de instrucciones genéticas que se replica con
fidelidad y se distribuye a cada célula de un organismo en desa-
rrollo, pero sólo un subconjunto de genes se expresa en cualquier
célula en particular. Los organismos unicelulares, como las bacte-
rias y los protistas, también contienen un conjunto completo de
genes, pero únicamente un subconjunto se expresa en algún mo-
mento, según las señales ambientales o las fuentes de alimentos.
Por tanto, las células de todos los organismos portan mucha más
información genética de la que utilizarán en una circunstancia
determinada. Las células poseen mecanismos que les permiten
regular con precisión su información genética, expresando genes
sólo cuando son necesarios. Se cree que los cambios en la expre-
sión genética desempeñan un papel fundamental en la evolución,
al permitir que los genes normalmente activos en una parte del
embrión se activen en una región diferente, lo que lleva a un
nuevo patrón de desarrollo para producir un nuevo organismo.
En muchas enfermedades se observan cambios en la expresión
genética, sobre todo en el cáncer, y en la actualidad, el 10% de
todos los fármacos recetados, incluidos los análogos de hormonas
esteroides, actúan en el ámbito de la expresión genética. En este
capítulo, se examinarán algunas de las formas en que las células
procariotas y eucariotas controlan la expresión genética y, de ese
modo, aseguran que ciertos RNA y proteínas se sinteticen, mien-
tras que otros no. Gran parte de lo que se conoce sobre el control
de la expresión genética se basa en estudios que investigan un
gen único en diferentes circunstancias. Sin embargo, con el adve-
nimiento de las nuevas tecnologías y la secuenciación de geno-
mas completos, se empieza a comprender cómo se regula todo el
repertorio de genes expresados.
Organización de genomas bacterianos
Los genomas procariotas se organizan de varias maneras diferen-
tes, pero los genomas de DNA de cadena doble circulares tienen
una disposición común. Para estos organismos, casi no hay exce-
so de DNA; casi todo el DNA codifica RNA o proteínas con poco
espacio entre unidades de transcripción individuales. Además,
los genes involucrados en el mismo proceso biológico a menudo
se agrupan para permitir la regulación coordinada de todo el gru-
po. Por ejemplo, puede haber un conjunto de genes implicados
en la formación de flagelos directamente adyacentes a un grupo
de genes que participan en el metabolismo del azúcar. Debido a
esta disposición, es esencial que las decisiones sobre dónde y
cuándo comenzar y detener la transcripción o la traducción estén
reguladas con precisión.
El operón bacteriano
Una célula bacteriana vive en contacto directo con su entorno, el
cual puede cambiar drásticamente en composición química o
temperatura de un momento a otro. En ciertas circunstancias,
puede estar presente una fuente alimenticia particular, mientras
que otras veces ese compuesto está ausente. Considere las conse-
cuencias de transferir un cultivo de bacterias de un medio míni-
mo a uno que contenga 1) lactosa o 2) triptófano.
1. La lactosa es un disacárido (véase figura 2-16) compuesto por
glucosa y galactosa, cuya oxidación puede proporcionar a la
célula intermediarios metabólicos y energía. El primer paso
en el catabolismo (es decir, la degradación) de la lactosa es la
hidrólisis del enlace que une los dos azúcares (enlace β-galac-
tósido), una reacción catalizada por la enzima β-galactosidasa.
Cuando las células bacterianas crecen en condiciones míni-
mas, las células no necesitan β-galactosidasa. En condiciones
mínimas, una célula promedio contiene menos de cinco co-
pias de β-galactosidasa y una única copia del mRNA corres-
pondiente. A los pocos minutos de agregar lactosa al medio
de cultivo, las células contienen aproximadamente 1 000 ve-
ces el número de moléculas de β-galactosidasa. La presencia
de lactosa ha inducido la síntesis de esta enzima (FIGURA 12-1).
2. El triptófano es un aminoácido requerido para la síntesis de
proteínas. En los humanos, el triptófano es un aminoácido
esencial; debe provenir de la dieta. Por el contrario, las células
bacterianas pueden sintetizar triptófano en una serie de reac-
ciones que requieren la actividad de múltiples enzimas. Las
células que crecen en ausencia de triptófano activan los genes
que codifican estas enzimas. Sin embargo, si el triptófano lle-
gara a estar disponible en el medio, las células ya no tendrían
que sintetizar este aminoácido y, en pocos minutos, se repri-
miría la producción de las enzimas necesarias para sintetizar
el triptófano.
En las bacterias, los genes que codifican las enzimas necesa-
rias para sintetizar triptófano se agrupan en el cromosoma en un
complejo funcional llamado operón. Todos los genes de un ope-
rón son controlados de manera coordinada por un mecanismo
β-galactosidasa (unidades/mL) o crecimiento (mg bacteria/mL)
β-galactosidasa
1000
mRNA
100
Cantidad de mRNA
Crecimiento
10
1.0
0.1
0 5 10 15
Minutos
Adición Eliminación
de inductor del inductor
FIGURA 12-1 Cinética de la inducción de β-galactosidasa en E. coli.
Cuando se añade un β-galactósido como la lactosa a un cultivo de estas
bacterias, la producción de mRNA para la enzima β-galactosidasa comien-
za muy rápidamente, seguida, en un minuto más o menos, por la aparición
de la proteína, cuya concentración aumenta con rapidez. La eliminación
del inductor conduce a una caída precipitada en el nivel del mRNA, lo que
refleja su rápida degradación. La cantidad de enzima se nivela, porque las
nuevas moléculas ya no se sintetizan.
 457
Los componentes
DNA bacteriano del operón se
muestran en naranja

12.1 • Control de la expresión genética en las bacterias

Gen
Proteína regulador
represora

Promotor (P) Gen 1 Gen 2 Gen 3

Genes estructurales
Operador (O) (código para enzimas de
la misma vía metabólica)

FIGURA 12-2 Organización de un operón bacteriano. Las enzimas que componen una vía metabólica están codificadas por una serie de genes estructu-
rales que residen en una matriz contigua dentro del cromosoma bacteriano. Los genes estructurales de un operón se transcriben en un único mRNA poli-
cistrónico, que se traduce en polipéptidos separados. La transcripción de los genes estructurales está controlada por una proteína represora que se sin-
tetiza mediante un gen regulador, que también es parte del operón. Cuando se une al sitio operador del DNA, la proteína represora bloquea el
movimiento de la RNA polimerasa desde el promotor hasta los genes estructurales.

que Francois Jacob y Jacques Monod, del Instituto Pasteur en
París, describieron por primera vez en 1961. Un operón bacteria-
no típico consiste en genes estructurales, una región promotora,
una región operadora y un gen regulador (FIGURA 12-2).
●● Los genes estructurales codifican las enzimas ellos mismos.
Los genes estructurales de un operón generalmente se en-
cuentran adyacentes entre sí, y la RNA polimerasa se mueve
de un gen estructural al siguiente, transcribiendo todos los
genes en un único mRNA. Un mRNA que contiene informa-
ción para más de un polipéptido se llama mRNA policistróni-
co. El mRNA policistrónico se traduce luego en las diversas
enzimas individuales de la vía metabólica.
●● El promotor es el sitio donde la RNA polimerasa se une al
DNA antes de comenzar la transcripción (se discute en la pá-
gina 408).
●● El operador normalmente reside adyacente o se solapa con el
promotor (véase figura 12-4) y sirve como el sitio de unión
para una proteína, por lo general un represor. El represor es
un ejemplo de proteína reguladora del gen, una proteína que
reconoce una secuencia específica de pares de bases dentro
del DNA y que se une a esa secuencia con alta afinidad. Como
será indudable en las secciones restantes de este capítulo, las
proteínas de unión a DNA, como los represores bacterianos,
desempeñan un papel destacado en la determinación de si se
transcribe o no un segmento particular del genoma.
●● El gen regulador codifica la proteína represora.
La clave para la expresión del operón radica en la secuencia
del operador y la presencia o ausencia de un represor. Cuando el
represor se enlaza con el operador (FIGURA 12-3), impide que la
RNA polimerasa inicie la transcripción. La capacidad del repre-
sor para unirse al operador e inhibir la transcripción depende de
la conformación del represor, que se regula alostéricamente me-
diante un compuesto clave en la ruta metabólica, la lactosa o el
triptófano. Es la concentración de esta sustancia metabólica clave
lo que determina si el operón está activo o inactivo en cualquier
momento dado.
EL OPERÓN TRP  En un operón reprimible, como el ope-
rón triptófano (o trp), el represor no puede unirse al operador
DNA por sí mismo. En cambio, el represor es activo como una
proteína de enlace de DNA sólo cuando forma complejo con un
factor específico, como el triptófano (figura 12-3a), que funciona
como un correpresor. En ausencia de triptófano, la conformación
del represor no permite la unión a la secuencia del operador, lo
que permite que la RNA polimerasa se una al promotor y trans-
criba los genes estructurales del operón trp, lo que conduce a la
producción de las enzimas que sintetizan triptófano. Una vez que
el triptófano está disponible, las enzimas de la vía biosintética del
triptófano ya no son necesarias. En estas condiciones, la mayor
concentración de triptófano conduce a la formación del complejo
triptófano-represor, que se une al operador y bloquea la transcrip-
ción.
EL OPERÓN LAC  El operón lac es un conjunto de genes
que regula la producción de las enzimas necesarias para degradar
la lactosa en las células bacterianas. El operón lac es un ejemplo
de un operón inducible, en el que la presencia de una sustancia
metabólica clave (en este caso, lactosa) induce la transcripción del
operón, lo que permite la síntesis de las proteínas codificadas por
los genes estructurales (figura 12-3b). El operón lac contiene tres
genes estructurales en tándem: el gen z, que codifica β-galactosi-
dasa; el gen y, que codifica la galactosidasa permeasa, una proteí-
na que promueve la entrada de lactosa en la célula; y el gen α, que
codifica la tiogalactósido transacetilasa, una enzima cuyo papel
fisiológico no está claro. Si la lactosa está presente en el medio, el
disacárido entra a la célula a través de cantidades limitadas de
galactósido permeasa, donde se une al represor lac, cambiando la
conformación del represor y haciéndolo incapaz de unirse al
DNA del operador. Esto libera RNA polimerasa para transcribir
el operón, seguido de la traducción de las tres proteínas codifica-
das. Por tanto, en un operón inducible, la proteína represora se
une al DNA sólo en ausencia de lactosa, que funciona como in-
1
ductor. A medida que disminuye la concentración de lactosa en
1
El inductor real es la alolactosa, que se deriva y difiere de la lactosa por el
tipo de enlace que une los dos azúcares. Esta característica se ignora en la
discusión.
 458
OPERÓN REPRESIBLE Correpresor OPERÓN INDUCIBLE Inductor
(p. ej., triptófano) (p. ej., lactosa)
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

Represor
inactivo
1 1
Estado
inducido

Represor
activo
Represor
2 Genes estructurales inactivo

P O E D C B A
La transcripción está bloqueada

Estado reprimido 2 Estado inducido

3 Genes estructurales

RNA P O z y a
polimerasa
Transcripción
3

Su biosíntesis se detuvo, la concentración de

triptófano cae a medida que se utiliza. RNA
polimerasa

4
Represor mRNA
inactivo

Estado deprimido
4

Enzimas
P O E D C B A
5
5 Transcripción
Vía catabólica
Sustrato
(lactosa)

La concentración de lactosa cae

a medida que se degrada.
mRNA
Enzimas

Estado reprimido

8 P O z y a
6 La transcripción está bloqueada

7 Producto final
(triptófano)

a) b)

FIGURA 12-3 Regulación genética por operones. Los operones inducibles y reprimibles funcionan según un principio similar: si el represor es capaz de
unirse al operador, los genes se desactivan; si el represor se inactiva y es incapaz de unirse al operador, los genes se expresan. a) En un operón reprimi-
ble, como el operón trp, el represor, por sí solo, no puede unirse al operador, y los genes estructurales que codifican las enzimas se transcriben activa-
mente. Las enzimas del operón trp catalizan una serie de reacciones que dan como resultado la síntesis del aminoácido esencial triptófano. (1) Cuando el
triptófano es abundante, las moléculas de triptófano actúan como correpresores al unirse al represor inactivo y (2) cambiar su forma, lo que les permite
unirse al operador, (3) de modo que impiden la transcripción de los genes estructurales. Por tanto, cuando la concentración de triptófano es alta, el ope-
rón se reprime, evitando la sobreproducción de triptófano. (4) Cuando la concentración de triptófano es baja, las moléculas represoras carecen de un co-
rrepresor y, por consiguiente, no se unen al operador, permitiendo la transcripción (5) y la traducción (6) de las enzimas (7) necesarias para sintetizar trip-
tófano (8). b) En un operón inducible, (1) el inductor (en este caso, el disacárido lactosa) se une a la proteína represora y (2) evita su unión al operador (O).
(3) Sin el represor en la vía, la RNA polimerasa se une al promotor (P) y transcribe los genes estructurales. De esta manera, cuando la concentración de
lactosa es alta, se induce el operón y se transcriben y traducen las enzimas que digieren el azúcar codificadas por el operón lac (4). A medida que el
azúcar se metaboliza (5), su concentración disminuye, haciendo que las moléculas del inductor unido se disocien del represor, que luego recupera su ca-
pacidad de unirse al operador y evitar la transcripción (6). Por tanto, cuando la concentración del inductor es baja, el operón se reprime, lo que impide la
síntesis de enzimas innecesarias.
el medio, el disacárido se disocia de su sitio de unión en la molé- cAMP permanecerán por debajo de las requeridas para promover 459
cula represora, lo cual permite que el represor se una nuevamen- la transcripción del operón.
te al operador y reprima la transcripción.
ATENUACIÓN  Debido a que el represor trp sólo puede

12.1 • Control de la expresión genética en las bacterias

REPRESIÓN CATABÓLICA  Los represores, como los
de los operones lac y trp, ejercen su influencia mediante el control
negativo, ya que la interacción del DNA con esta proteína inhibe
la expresión genética. El operón lac también está bajo control po-
sitivo, como se descubrió durante una investigación temprana de
un fenómeno llamado el efecto de la glucosa. Si las células bacteria-
nas se abastecen con glucosa, así como con una variedad de otros
sustratos, como lactosa o galactosa, las células catabolizan prime-
ro la glucosa e ignoran los otros azúcares. La glucosa en el medio
actúa para reprimir la producción de diversas enzimas catabóli-
cas, tales como β-galactosidasa, que permitirían la utilización de
los otros azúcares. En 1965, se realizó un descubrimiento sor-
prendente: se detectó AMP cíclico (cAMP), que anteriormente se
pensaba que estaba involucrado sólo en el metabolismo eucario-
ta, en células de E. coli. Se encontró que la concentración de
cAMP en las células estaba relacionada con la presencia de gluco-
sa en el medio; cuanto mayor es la concentración de glucosa, me-
nor es la concentración de cAMP. Además, cuando se añadió
cAMP al medio en presencia de glucosa, las enzimas catabólicas
que normalmente estaban ausentes fueron sintetizadas de mane-
ra repentina por las células.
Aunque el mecanismo exacto por el cual la glucosa disminuye
la concentración de cAMP aún no se ha dilucidado, sí se com-
prende bien el mecanismo por el cual cAMP supera el efecto de
la glucosa. El cAMP actúa en las células procariotas uniéndose a
una proteína, la proteína receptora de cAMP (CRP, cAMP receptor
protein). La CRP no puede unirse al DNA por sí misma. Sin em-
bargo, el complejo cAMP-CRP reconoce y se une a un sitio espe-
cífico en la región de control de lac (FIGURA 12-4). La presencia
del cAMP-CRP unido provoca un cambio en la conformación del
DNA, lo que hace posible que la RNA polimerasa transcriba el
operón lac. El sitio de unión en el promotor del operón lac para
RNA polimerasa no es un sitio de unión de alta afinidad, por lo
que el inicio de la transcripción es extremadamente ineficiente,
excepto en presencia del complejo cAMP-CRP. Incluso cuando
está presente la lactosa y el represor lac está inactivado, la RNA
polimerasa no puede transcribir el operón lac, a menos que los
niveles de cAMP-CRP sean altos. Debido a la relación inversa en-
tre los niveles de cAMP y los niveles de glucosa, la transcripción
del operón lac está así regulada por los niveles de glucosa.
Siempre que la glucosa sea abundante, las concentraciones de
unir al operador en presencia de triptófano, la concentración de
triptófano sirve como un regulador de retroalimentación que con-
trola la transcripción del operón. Una segunda forma de regula-
ción de retroalimentación controla el operón trp regulando la
terminación de la transcripción, un mecanismo denominado ate-
nuación. En presencia de altas concentraciones de triptófano, la
RNA polimerasa cesa la transcripción poco después del inicio en
una región llamada secuencia líder. Si la concentración de triptó-
fano es baja, la transcripción no termina hasta que se transcribe
el operón completo. El mecanismo de atenuación vincula estruc-
turas secundarias de RNA alternativas a la terminación de la
transcripción. Inmediatamente después de la transcripción, el
RNA de la región líder se pliega en una de las dos estructuras
secundarias alternativas. Una de estas estructuras es una señal de
terminación de la transcripción que impide que la RNA polime-
rasa continúe hasta el final del operón. La estructura alternativa
no contiene una señal de terminación de la transcripción y per-
mite la transcripción de un solo mRNA que codifica todos los
genes estructurales. La decisión en cuanto a cuál de las dos es-
tructuras de RNA alternativas se formó, está regulada por la con-
centración de triptófano.
Riboswitches
En los últimos años, un tipo diferente de mecanismo ha captado
el interés de los investigadores que estudian la regulación de ge-
nes bacterianos. Las proteínas como los represores lac y trp no
son las únicas moléculas reguladoras de genes que están influidas
por la interacción con metabolitos pequeños. Se han identifica-
do varios mRNA bacterianos que pueden unirse a un pequeño
metabolito, como la glucosamina o la adenina, con notable espe-
cificidad. El metabolito se une a una región 59 no codificante
altamente estructurada del mRNA. Una vez que se unen al meta-
bolito, estos mRNA, o riboswitches, como se les llama, experi-
mentan un cambio en su conformación plegada que les permite
alterar la expresión de un gen implicado en la producción de ese
metabolito. Así, los riboswitches actúan por medio de un meca-
nismo de retroalimentación similar a las estructuras de RNA al-
ternativas que regulan la atenuación en el operón trp. La mayoría
de los riboswitches suprimen la expresión genética, al bloquear la
terminación de la transcripción o el inicio de la traducción. Al

Promotor

Gen I Gen Z
Sitio de unión Sitio de unión de
Stop

fMet

Operador
Ser

Met
Glu

Gln
Gly

Thr

de cAMP-CRP RNA polimerasa

mRNA
Secuencia GAAAGCGGGCAGTGAGCGCAACGCAATTAATGTGAGTTAGCTCACTCATTAGGCACCCCAGGCTTTACACTTTATGCTTCCGGCTCGTATGTTGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGACCATG 3'
de DNA CTTTCGCCCGTCACTCGCGTTGCGTTAATTACACTCAATCGAGTGAGTAATCCGTGGGGTCCGAAATGTGAAATACGAAGGCCGAGCATACAACACACCTTAACACTCGCCTATTGTTAAAGTGTGTCCTTTGTCGATACTGGTAC 5'

_ 100 _ 90 _ 80 _ 70 _ 60 _ 50 _ 40 _ 30 _ 20 _ 10 +1 +10 +20 +30 +40

FIGURA 12-4 Secuencia de nucleótidos de las regiones de control del operón lac. El sitio de unión para la subunidad sigma de la RNA polimerasa (p.
411) es un sitio de unión de baja afinidad en el operón lac. La transcripción del operón es altamente ineficiente, excepto en presencia de un complejo en-
tre cAMP y la proteína CRP. Debido a que la concentración de cAMP es inversamente proporcional a los niveles de glucosa, el operón lac no se activará,
a menos que los niveles de glucosa sean bajos. El sitio de inicio de la transcripción se denota como +1, que está alrededor de 40 nucleótidos corriente
arriba del sitio en el que se inicia la traducción. Las regiones de simetría de secuencia en el sitio de CRP y el operador se indican mediante la línea roja
horizontal.
Fuente: Tomado de RC Dickson, et al. Science 1975;187:32; Copyright 1975, reimpreso con permiso de AAAS.
 460 igual que los represores que funcionan junto con operones, los
riboswitches permiten a las células ajustar su nivel de expresión
genética en respuesta a los cambios en los niveles disponibles de
ciertos metabolitos. Dado que actúan sin la participación de co-
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética
factores de proteínas, es probable que los riboswitches sean otro
legado de un mundo de RNA ancestral (p. 429).
REPASO
1. Describa la cascada de eventos responsables de los cambios
repentinos en la expresión genética de una célula bacteriana
después de la adición de lactosa. ¿Cómo se compara esto
con los eventos que ocurren en respuesta a la adición de trip-
tófano?
2. ¿Cuál es el papel del AMP cíclico en la síntesis de β-galactosi-
dasa?
3. ¿Qué es un riboswitch?
12.2 Estructura de la envoltura nuclear
Una diferencia principal entre los organismos procariotas y euca-
riotas es la presencia de un núcleo en las células eucariotas.
Además, la mayoría de los organismos eucariotas tienen genomas
mucho más grandes, que están presentes como moléculas de
DNA de doble cadena dispuestas en cromosomas lineales que
pueden visualizarse con facilidad durante la mitosis (como en la
figura 12-22b). Antes de examinar la regulación de la expresión
genética en eucariotas, primero se analizarán las consecuencias
de la compartimentación de los genomas dentro de los núcleos y
cómo los grandes genomas se empaquetan en complejos de DNA-
proteína llamados cromatina. El DNA en organismos procario-
tas no está empaquetado en cromatina, como resultado, las pro-
teínas de unión a DNA, tales como la RNA polimerasa, los
represores y los complejos CRP-cAMP pueden unirse directa-
mente a sus sitios de unión preferidos. En contraste, las proteínas
Heterocromatina
Envoltura nuclear
Nucléolo
a)
FIGURA 12-5 Núcleo de la célula. a) Micrografía electrónica de un núcleo interfásico de células HeLa. La heterocromatina (p. 469) es evidente alrededor
de toda la superficie interna de la envoltura nuclear. Se ven dos nucléolos prominentes, y se pueden observar grupos de cromatina diseminados por to-
do el nucleoplasma. b) Dibujo esquemático que muestra algunos de los principales componentes del núcleo.
Fuente: a) Tomado de Werner W Franke. Int Rev Cytol 1974;suppl 4:130, con permiso de Elsevier.
de unión a DNA en eucariotas tienen que encontrar sus sitios de
unión preferidos en el contexto de un complicado complejo
de DNA-proteína.
Teniendo en cuenta su importancia en el almacenamiento y la
utilización de la información genética, el núcleo de una célula
eucariota tiene, a primera vista, una morfología que se distingue
bastante poco (FIGURA 12-5). Los contenidos del núcleo están
presentes como una masa viscosa y amorfa de material encerrada
por una envoltura nuclear compleja que forma un límite entre el
núcleo y el citoplasma. Incluidos dentro del núcleo de una célula
de interfase típica (es decir, no mitótica) están 1) los cromosomas,
que están presentes como fibras de nucleoproteínas muy extendi-
das, denominadas cromatina; 2) uno o más nucléolos, que son es-
tructuras electrodensas de forma irregular que funcionan en la
síntesis de RNA ribosómico y el ensamblaje de ribosomas (discu-
tido en la página 413); y 3) el nucleoplasma, la sustancia fluida en
la que se disuelven los solutos del núcleo.
La separación del material genético de una célula del citoplas-
ma circundante puede ser la característica más importante que
distingue a los eucariotas de los procariotas, lo que hace que la
aparición de la envoltura nuclear sea un hito en la evolución bio-
lógica. La envoltura nuclear consiste en dos membranas celula-
res dispuestas paralelas entre sí y separadas por 10 a 50 nm (FI-
GURA 12-6). Juntas, estas membranas contienen más de 60 pro-
teínas transmembrana distintas, incluidas varias especies que
unen la membrana nuclear externa con elementos del citoesque-
leto (figura 12-6a). Las membranas nucleares inteRNA y exteRNA
se fusionan en sitios que forman poros circulares que contienen
conjuntos complejos de proteínas. La célula promedio de los ma-
míferos contiene varios miles de poros nucleares. Por lo general,
la membrana externa está tachonada con ribosomas y es continua
con la membrana del retículo endoplasmático rugoso. El espacio
entre las membranas es continuo con la luz del ER (figura 12-6a).
La superficie interna de la envoltura nuclear de las células ani-
males está unida por proteínas de membrana integrales a una red
filamentosa delgada, llamada lámina nuclear (FIGURA 12-7). La
lámina nuclear proporciona soporte mecánico a la envoltura nu-
clear, sirve como un sitio de unión para las fibras de cromatina en
Envoltura nuclear
Poro nuclear
Nucléolo
Nucleoplasma
Cromatina
b)
 461
NPC NM
Citoplasma
Filamentos de actina
Filamentos intermedios Ribosoma

12.2 • Estructura de la envoltura nuclear

Membrana ER
Membrana nuclear nuclear interna
HC
rugoso
Nesprina externa
1/2 Nesprina 3 b)
Proteína
integral FIGURA 12-6 Envoltura nuclear. a) Dibujo esquemático que muestra la
doble membrana, el complejo de poro nuclear, la lámina nuclear y la conti-
nuidad de la membrana externa con el retículo endoplasmático rugoso
Espacio (ER, endoplasmic reticulum). Ambas membranas de la envoltura nuclear
intermembrana Lámina contienen su propio complemento distintivo de proteínas. Los filamentos
Complejo de actina y los filamentos intermedios del citoesqueleto están conectados
poro nuclear a la membrana nuclear externa por proteínas fibrosas (nesprinas). b)
Micrografía electrónica de una sección a través de una porción de la en-
Heterocromatina voltura nuclear de una célula de la punta de la raíz de cebolla. Tenga en
cuenta la doble membrana (NM) con espacio intermedio, los complejos de
poro nuclear (NPC, nuclear pore complexes) y la heterocromatina (HC)
a) asociada que no se extiende a la región de los poros nucleares.
Fuente: b) Tomado de Werner W Franke, et al. J Cell Biol 1981;91:47s, fig.
8. Reproducido con permiso de The Rockefeller University Press.

la periferia nuclear (figura 12-6b) y tiene un papel poco conocido
en la replicación y transcripción de DNA. Los filamentos de la
lámina nuclear tienen aproximadamente 10 nm de diámetro y es-
tán compuestos de polipéptidos, llamados laminillas. Las lamini-
llas son miembros de la misma superfamilia de polipéptidos que
se ensamblan en los filamentos intermedios de 10 nm del citoplas-
ma (véase tabla 9-2). El desensamblaje de la lámina nuclear antes
de la mitosis se induce por fosforilación de las laminillas.
Las mutaciones en uno de los genes laminares (LMNA) son
responsables de una serie de diversas enfermedades humanas,
entre las que se incluye una forma rara de distrofia muscular (lla-
mada EDMD2), en la que las células musculares contienen nú-
cleos excepcionalmente frágiles. Las mutaciones en LMNA tam-
bién se han relacionado con una enfermedad, llamada síndrome
de progeria de Hutchinson-Gilford (HGPS, Hutchinson-Gilford
progeria syndrome), que se caracteriza por el envejecimiento pre-
maturo y la muerte durante la adolescencia por un ataque cardia-
co o accidente cerebrovascular. La figura 12-7c) muestra los nú-
cleos deformados de las células de un paciente con HGPS, lo que
demuestra la importancia de la lámina nuclear como determinan-
te de la arquitectura nuclear. Es interesante observar que el feno-
tipo representado en la figura 12-7c) se ha rastreado hasta una
mutación sinónima, es decir, una que generó un codón diferente
para el mismo aminoácido. En este caso, el cambio en la secuen-
cia de DNA altera la forma en que se empalma la transcripción
del gen, lo que lleva a la producción de una proteína acortada,
que es lo que causa el fenotipo alterado. Este ejemplo ilustra cómo
la secuencia de un gen sirve como un “código múltiple”: uno que
dirige la maquinaria de traducción y otros que dirigen la maqui-
naria de empalme y el plegamiento de proteínas.

Lámina A DNA Fase

Control
HGPS

b) c)
a)
FIGURA 12-7 Lámina nuclear. a) Núcleo de una célula humana cultivada que ha sido teñida con anticuerpos marcados con fluorescencia contra la lámina
A/C, para revelar la lámina nuclear (roja), que se encuentra en la superficie interna de la envoltura nuclear. Una proteína que se propone formar parte de
una matriz nuclear (o andamiaje nuclear) aparece en verde. b) Micrografía electrónica de una envoltura nuclear liofilizada sombreada con metal de un
ovocito de Xenopus que se ha extraído con el detergente no iónico Tritón X-100. La lámina aparece como una malla bastante continua que comprende fi-
lamentos orientados aproximadamente perpendiculares entre sí. El recuadro muestra un área bien conservada a partir de la cual se han eliminado de ma-
nera mecánica los poros nucleares. c) Estas micrografías muestran el núcleo dentro de un fibroblasto que se había cultivado tanto de un paciente con
HGPS (fila inferior) como de un sujeto sano (fila superior). Las células se tiñen para la proteína laminar A (columna izquierda), para DNA (columna central) o
se muestran en un estado vivo bajo el microscopio óptico de contraste de fase (columna derecha). El núcleo de la célula del paciente con HGPS se defor-
ma debido a la presencia en la lámina nuclear de una proteína laminar A truncada.
Fuente: a) Tomado de HMa, AJ Siegel y R Berezney. J Cell Biol 1999;146:535, fig. 2. Reproducido con permiso de la Rockefeller University Press;
b) Tomado de U Aebi, J Cohn, L Buhle y L Gerace. Nature 1986;323:561. Reimpreso con permiso de Macmillan Publishers Limited; c) Tomado de Anna
Mattout, et al. Cortesía de Yosef Gruenbaum. Curr Opin Cell Biol 2006;18:338, con el permiso de Elsevier.
 462 El complejo de poros nucleares y su papel
en el tráfico nucleocitoplasmático
La envoltura nuclear es la barrera entre el núcleo y el citoplasma,
y los poros nucleares son las vías de acceso a través de esa barre-
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

ra. A diferencia de la membrana plasmática, que impide el paso

de macromoléculas entre el citoplasma y el espacio extracelular,
la envoltura nuclear es un centro de actividad para el movimiento
de RNA y proteínas en ambas direcciones entre el núcleo y el ci-
toplasma. La replicación y la transcripción del material genético
dentro del núcleo requieren la participación de un gran número
de proteínas que se sintetizan en el citoplasma y se transportan a
través de la envoltura nuclear. Por el contrario, los mRNA, los a) b)
tRNA y las subunidades ribosómicas que se fabrican en el núcleo
deben transportarse por medio de la envoltura nuclear en la di-
rección opuesta. Algunos componentes, como los snRNA del es-
pliceosoma (p. 426), se mueven en ambas direcciones; se sinteti-
zan en el núcleo, se ensamblan en partículas RNP en el citoplasma
y luego se envían de vuelta al núcleo donde funcionan en el pro-
cesamiento de mRNA. Para apreciar la magnitud del tráfico entre
los dos compartimientos celulares principales, considere una cé-
lula HeLa, que se estima que contiene alrededor de 10 000 000 de
ribosomas. Para apoyar su crecimiento, un solo núcleo de células
HeLa debe importar alrededor de 560 000 proteínas ribosómicas
y exportar aproximadamente 14 000 subunidades ribosómicas
por minuto.
¿Cómo pasan todos estos materiales a través de la envoltura
nuclear? En una primera aproximación, se inyectó una suspen-
sión de pequeñas partículas de oro en las células y se observó el
Cy
paso del material a través de la envoltura nuclear con el micros-
copio electrónico. Como se ilustra en la FIGURA 12-8a,b), estas
partículas se mueven desde el citoplasma hacia el núcleo, pasan- c)
do en fila india a través del centro de los poros nucleares. Las
micrografías electrónicas de las células fijadas en el curso normal FIGURA 12-8 Movimiento de materiales a través del poro nuclear. a)
de sus actividades también han demostrado que el material par- Micrografía electrónica del borde nuclear-citoplasmático de un ovocito de
ticulado puede pasar a través de un poro nuclear. En la figura rana tomado minutos después de la inyección con partículas de oro que
habían sido recubiertas con una proteína que normalmente se encuentra
12-8c) se muestra un ejemplo, en el que el material granular, que
en el núcleo. Estas partículas pasan a través del centro de los poros nu-
se supone que consiste en una subunidad ribosómica, se ve atra- cleares (flechas) en su camino desde el citoplasma hasta el núcleo. b) A
vesando uno de estos poros. mayor aumento, las partículas de oro se ven agrupadas en una matriz li-
Dado el hecho de que materiales tan grandes como partícu- neal dentro de cada poro. c) Micrografía electrónica de una sección a tra-
las de oro y subunidades ribosómicas pueden penetrar en los vés de la envoltura nuclear de una célula de insecto que muestra el movi-
poros nucleares, se podría conjeturar que estos poros son sim- miento de material granular (se presume que es una subunidad
ribosómica) a través de un poro nuclear.
plemente canales abiertos, pero se trata justamente de lo contra-
rio. Los poros nucleares contienen una estructura en forma de Fuente: a, b) Cortesía de CM Feldherr; c) Tomado de Barbara J Stevens y
Hewson Swift. J Cell Biol 1966;31:72, fig. 23. Reproducido con permiso de
rosquilla llamada complejo de poros nucleares (NPC), que Rockefeller University Press.
abarca la envoltura nuclear, proyectándose en el citoplasma y el
nucleoplasma. El NPC es un complejo supramolecular enorme
—de 15 a 30 veces la masa de un ribosoma— que exhibe simetría gran número de fenilalanina-glicina repetidas (FG, por la letra
octagonal debido a que varias estructuras se repiten ocho veces inicial de sus nombres). Las repeticiones de FG se agrupan en
(figura 12-10). A pesar de su considerable tamaño y complejidad, una región particular de cada molécula llamada dominio FG.
los NPC contienen sólo unas 30 proteínas diferentes, llamadas Debido a su composición inusual de aminoácidos, los dominios
nucleoporinas, que se conservan, en gran medida, entre la leva- FG poseen una estructura desordenada (p. 55) que les proporcio-
dura y los vertebrados. Cada nucleoporina está presente en múl- na una organización flexible y extendida. Se cree que las nu-
tiples copias —8, 16 o 32 en número— de acuerdo con la simetría cleoporinas que contienen repeticiones de FG recubren el canal
octagonal de la estructura. central del NPC con sus dominios FG filamentosos que se extien-
La estructura del NPC se ve en las micrografías electrónicas den en el corazón del canal central. Los dominios FG forman una
de la FIGURA 12-9 y los modelos de la FIGURA 12-10. En el cora- malla, o tamiz, hidrofóbica que bloquea la difusión libre de ma-
zón del NPC se encuentra un canal central, que está rodeado por cromoléculas más grandes (más de aproximadamente 40 000 dal-
un anillo de nucleoporinas, cuyos reordenamientos pueden cam- tones) entre el núcleo y el citoplasma.
biar el diámetro de la abertura de, aproximadamente, 20 a 40 nm. En 1982, Robert Laskey y sus colegas en el Medical Research
El NPC no es una estructura estática, como lo demuestra el ha- Council de Inglaterra descubrieron que la nucleoplasmina, una
llazgo de que muchas de sus proteínas componentes se reempla- de las proteínas nucleares más abundantes de los ovocitos de an-
zan con nuevas copias en un periodo de segundos a minutos. fibios, contiene un tramo de aminoácidos cerca de su terminal C
Estudios recientes sugieren que este intercambio dinámico de que funciona como una señal de localización nuclear (NLS,
nucleoporinas puede desempeñar un papel en la activación de la nuclear localization signal). Esta secuencia permite que una proteí-
transcripción de la cromatina que está asociada con el NPC. na pase a través de los poros nucleares y entre al núcleo. Las NLS
Entre las nucleoporinas se encuentra un subconjunto de pro- mejor estudiadas o “clásicas” consisten en uno o dos tramos cor-
teínas que poseen, dentro de su secuencia de aminoácidos, un tos de aminoácidos cargados positivamente. El antígeno T codifi-
 Citoplasma 463

Filamentos
citoplasmáticos

12.2 • Estructura de la envoltura nuclear

Anillo
citoplasmático
Membrana
Dominios FG
nuclear
repetidas de
externa
nucleoporinas
FG
Envoltura
Anillo
nuclear
transmembrana

Membrana
a) Andamio central nuclear
interna
Canal central
Anillo nuclear
Nucleoplasma Cesta nuclear
a)
Proteína de
membrana
NE
Anillo de
ONM
nucleoporina
NE
transmembrana
INM

Nucleoporinas FG
b)
b) FIGURA 12-10 Modelo de un complejo de poro nuclear vertebrado
(NPC). a) Representación esquemática de un NPC vertebrado como está
situado dentro de la envoltura nuclear. Esta elaborada estructura consta
de varias partes, incluido un andamio y un anillo transmembrana que an-
cla el complejo a la envoltura nuclear, un anillo citoplasmático y nuclear,
una cesta nuclear y ocho filamentos citoplasmáticos. Las nucleoporinas
que contienen FG alinean un canal central con sus dominios desordena-
NEL dos que contienen FG que se extienden dentro de la abertura y forman
una malla hidrofóbica. b) Reconstrucción tridimensional de una porción de
un complejo de poro nuclear que muestra la localización de moléculas de
nucleoporinas individuales dentro de la estructura. Las nucleoporinas de
FG se muestran en verde. Varias nucleoporinas transmembrana atraviesan
la membrana del poro, formando un anillo exterior que ancla el NPC a la
envoltura nuclear.
Fuente: b) Tomado de: Javier Fernández-Martínez y Michael P Rout. Curr
Opin Cell Biol 2009;21:604, con el permiso de Elsevier.

contrario, si esta NLS se fusiona con una proteína no nuclear,

c)
FIGURA 12-9 Micrografías electrónicas de barrido del complejo de poro
nuclear, a partir de envolturas nucleares aisladas de un ovocito anfibio.
a) Cara citoplasmática de la envoltura nuclear que muestra el anillo cito-
plasmático periférico del complejo de poro nuclear. b) Cara nuclear de la
envoltura nuclear que muestra la apariencia de cesta de la porción interna
del complejo. c) Cara nuclear de la envoltura que muestra la distribución
de los NPC y los lugares donde se conservan los parches intactos de la
lámina nuclear (NEL). En todas estas micrografías, envolturas nucleares
aisladas se fijaron, se deshidrataron, se secaron y se recubrieron con me-
tal.
Fuente: a-c) Tomado de: MW Goldberg y TD Allen. J Cell Biol
1992;119:1431, Figuras 1-3. Reproducido con permiso de Rockefeller
University Press.
cado por el virus SV40, por ejemplo, contiene una NLS identifi-
cada como -Pro-Lys-Lys-Lys-Arg-Lys-Val-. Si uno de los amino-
ácidos básicos en esta secuencia es reemplazado por un ami-
noácido no polar, la proteína no se localiza en el núcleo. Por el
como la albúmina sérica, y se inyecta en el citoplasma, la proteína
modificada se concentra en el núcleo. Por tanto, elegir como
blanco de las proteínas al núcleo es similar, en principio, al tráfico
de otras proteínas que están destinadas a la segregación den-
tro de un organelo particular, como una mitocondria o un peroxi-
soma (sección 8.21). En todos estos casos, las proteínas poseen
una “dirección” específica que es reconocida por un receptor es-
pecífico que media su transporte al organelo.
El estudio del transporte nuclear ha sido un área muy activa
de investigación, impulsado por el desarrollo de sistemas in vitro
capaces de importar selectivamente proteínas y RNPs al núcleo.
Usando estos sistemas, los investigadores han identificado una
familia de proteínas que funcionan como receptores de transporte
móviles, que transportan macromoléculas a través de la envoltura
nuclear. Dentro de esta familia, las importinas mueven las macro-
moléculas del citoplasma al núcleo y las exportinas mueven las
macromoléculas en la dirección opuesta.
La FIGURA 12-11a) describe algunos de los principales pasos
que ocurren durante la importación nuclear de una proteína, co-
mo la nucleoplasmina, que contiene una NLS clásica. La impor-
 464 Nucleoplasma
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética
Citoplasma
Importina β
Importina α
Proteína NLS 1 2 3 4
a)
N teínas que llevan una señal de localización nuclear (NLS) se unen al re-
NP
C cleoplasmina es una proteína presente en alta concentración en el nu-
CF
b)
tación comienza cuando la proteína de carga que contiene NLS
se une a un heterodimérico, receptor soluble de NLS denomina-
do importina α/β, que reside en el citoplasma (paso 1, figura 12-
11a). Se cree que el receptor de transporte escolta la carga de
proteína a la superficie externa del núcleo, donde probablemente
se acopla con los filamentos citoplasmáticos que se extienden
desde el anillo exterior del NPC (paso 2). La figura 12-11b) mues-
tra un número de partículas de oro unidas a estos filamentos;
estas partículas fueron recubiertas con una proteína nuclear que
contiene NLS, que estaba siendo transportada a través del com-
plejo de poro nuclear. El complejo receptor-carga se mueve enton-
ces a través del poro nuclear (paso 3, figura 12-11a) participando
en una serie de interacciones sucesivas con los dominios FG de
las nucleoporinas que contienen FG, permitiendo el paso del
complejo receptor-carga a través del NPC.
Una vez que la carga atada avanza a través del NPC, una pro-
teína de unión a GTP llamada Ran impulsa la liberación de la
proteína transportada al compartimiento nuclear. Al igual que
otras proteínas unidas a GTP, como Sar1 (p. 283) y EF-Tu (p. 445)
tratadas en capítulos anteriores, Ran puede existir en una forma
unida a GTP activa o en una forma inactiva unida a GDP. El papel
de Ran en la regulación del transporte nucleocitoplasmático se
Ran-GTP
Exportina
Ran-GTP
Ran-GDP
5
FIGURA 12-11 Importación de proteínas desde el citoplasma al núcleo.
a) Pasos propuestos para la importación de proteínas nucleares. Las pro-
ceptor heterodimérico (importina α/β) (paso 1) formando un complejo que
se asocia con un filamento citoplasmático (paso 2). El complejo recep-
tor-carga se mueve a través del poro nuclear (paso 3) y hacia el nucleo-
plasma, donde interactúa con Ran-GTP y se disocia (paso 4). La subunidad
β importina, en asociación con Ran-GTP, se transporta de vuelta al cito-
plasma, donde se hidroliza Ran-GTP (paso 5). Ran-GDP se transporta pos-
teriormente de vuelta al núcleo, donde se convierte en Ran-GTP. Por el
contrario, la importina es transportada de vuelta al citoplasma. b) La nu-
cleoplasma de los ovocitos de Xenopus. Cuando las partículas de oro se
recubren con nucleoplasmina y se inyectan en el citoplasma de un ovoci-
to de Xenopus, se observa que se unen a los filamentos citoplasmáticos
(CF, cytoplasmic filaments) que se proyectan desde el anillo exterior del
complejo de poro nuclear. Varias partículas también se ven en tránsito a
través del poro (NP) en el núcleo.
Fuente: a) Basado en un modelo de M Ohno, et al. Cell 1998;92:327; Cell
by Cell Press. Reproducido con permiso de Cell Press en el formato de re-
utilización de un libro/libro de texto mediante Copyright Clearance Center;
b) Tomado de: WD Richardson, et al. Cell 1988;52:662; con permiso de
Elsevier. Cortesía de AD Mills.
basa en un mecanismo en el que la célula mantiene una alta con-
centración de Ran-GTP en el núcleo y una concentración muy
baja de Ran-GTP en el citoplasma. El gradiente pronunciado de
Ran-GTP a través de la envoltura nuclear depende de la compar-
timentación de ciertas proteínas accesorias (véase figura 15-21b
para análisis adicional). Una de estas proteínas accesorias (llama-
da RCC1) está secuestrada en el núcleo, donde promueve la con-
versión de Ran-GDP a Ran-GTP, manteniendo así el alto nivel
nuclear de Ran-GTP. Otra proteína accesoria (llamada RanGAP1)
reside en el citoplasma, donde promueve la hidrólisis de Ran-
GTP a Ran-GDP, manteniendo así el bajo nivel citoplasmático de
Ran-GTP. Por tanto, la energía liberada por la hidrólisis de GTP
se usa para mantener el gradiente Ran-GTP a través de la envol-
tura nuclear. Como se verá más adelante, el gradiente Ran-GTP
impulsa el transporte nuclear por un proceso que depende única-
mente de la difusión mediada por el receptor; no se han implica-
do proteínas motoras o ATPasas.
Ahora se puede volver a la descripción de la vía clásica de
importación NLS. Cuando el complejo de importina-carga llega al
núcleo, se encuentra con una molécula de Ran-GTP, que se une
al complejo y provoca su desensamblaje, como se indica en el
paso 4, figura 12-11a). Esta es la función aparente del alto nivel de
Ran-GTP en el núcleo: promueve el desensamblaje de complejos
importados del citoplasma. La carga importada se libera en el
nucleoplasma, y una parte del receptor NLS (la subunidad β im-
portina) se envía de vuelta al citoplasma junto con el Ran-GTP
unido (paso 5). Una vez en el citoplasma, la molécula de GTP
unida a Ran se hidroliza, liberando Ran-GDP de la subunidad β
importina. La Ran-GDP se devuelve al núcleo, donde se convier-
te de nuevo al estado GTP-unido para rondas de actividad adicio-
nales. La importina α es transportada de regreso al citoplasma
por una de las exportinas.
La Ran-GTP desempeña un papel clave en la escolta de ma-
cromoléculas fuera del núcleo, al igual que en su importación
desde el citoplasma. Recuerde que Ran-GTP está esencialmente
confinada al núcleo. Mientras que Ran-GTP induce el desensam-
blaje de complejos importados, como se muestra en el paso 4 de
la figura 12-11a, Ran-GTP promueve el ensamblaje de complejos
de exportación. Las proteínas exportadas desde el núcleo contie-
nen secuencias de aminoácidos (llamadas señales de exportación
nuclear o NESs, nuclear export signals), que son reconocidas por los
receptores de transporte que las llevan a través de la envoltura
nuclear hacia el citoplasma.
Transporte de RNA
La mayor parte del tráfico del núcleo está formado por varios ti-
pos de moléculas de RNA (mRNA, rRNA, snoRNA, miRNA y
tRNA) que se sintetizan en el núcleo y funcionan o se modifican
en el citoplasma y vuelven a funcionar en el núcleo. Estos RNA
se mueven a través del NPC como ribonucleoproteínas (RNP).
Al igual que con el transporte de proteínas, el de RNA implica
la asociación de receptores de transporte que llevan complejos de
mRNP a través de poros nucleares. El transporte de un mRNP
desde el núcleo al citoplasma está asociado con remodelación ex-
tensa; ciertas proteínas se eliminan del mRNA, mientras que
otras se agregan al complejo. Numerosos estudios han demostra-
do un vínculo funcional entre el empalme de premRNA y la ex-
portación de mRNA; sólo los mRNA maduros (es decir, totalmen-
te procesados) son capaces de exportación nuclear. Si un mRNA
todavía contiene un intrón sin empalme, ese RNA se retiene en
el núcleo.
REPASO
1. Describa los componentes que conforman la envoltura nu-
clear. ¿Cuál es la relación entre las membranas nucleares y el
complejo de poro nuclear? ¿Cómo el complejo de poro nu-
clear regula el movimiento bidireccional de materiales entre el
núcleo y el citoplasma?
12.3 Empaquetado del genoma
eucariota
Los cromosomas parecen surgir de la nada al comienzo de la mi-
tosis y desaparecer una vez más cuando la división celular ha
terminado. La aparición y desaparición de los cromosomas pro-
porcionó a los primeros citólogos una pregunta desafiante: ¿cuál
es la naturaleza del cromosoma en la célula no mitótica?
Una célula humana promedio contiene aproximadamente
6 400 millones de pares de bases de DNA divididos entre 46 cro-
mosomas (el valor de un número diploide de cromosomas). Cada
cromosoma contiene una sola molécula de DNA continua; cuan-
to más grande es el cromosoma, más DNA contiene. El cromoso-
ma humano más grande contiene ~0.3 mil millones de pares de
bases. Dado que cada par de bases tiene una longitud de 0.34 nm,
0.3 mil millones de pares de bases constituirían una molécula de
DNA a partir de un solo cromosoma de más de 10 cm de longi- 465
tud. ¿Cómo es posible colocar los 46 cromosomas en un núcleo
–5
que tiene solo 10 μm (1 × 10 m) de diámetro y, al mismo tiempo,
mantener el DNA en un estado accesible para las enzimas y las
12.3 • Empaquetado del genoma eucariota
proteínas reguladoras? De igual importancia, ¿cómo se organiza
la molécula de DNA única de cada cromosoma para que no se
enrede irremediablemente con otros cromosomas? Las respues-
tas se encuentran en la extraordinaria manera en que una molé-
cula de DNA se empaqueta en las células eucariotas.
Nucleosomas: el nivel más bajo
de organización cromosómica
Los cromosomas están compuestos por DNA y proteínas asocia-
das, llamadas en conjunto cromatina. El empaquetado ordenado
del DNA eucariota depende de las histonas, un grupo notable de
proteínas pequeñas que poseen un contenido inusualmente alto
de los aminoácidos básicos arginina y lisina. Hay cinco tipos de
histonas llamadas H1, H2A, H2B, H3 y H4. Las secuencias de
aminoácidos de las histonas, particularmente H3 y H4, han sufri-
do muy pocos cambios durante largos periodos evolutivos. Las
histonas H4 de los guisantes y las vacas, por ejemplo, contienen
102 aminoácidos, y sus secuencias difieren sólo en dos residuos
de aminoácidos. ¿Por qué las histonas están tan altamente con-
servadas? Una razón es que las histonas cargadas positivamente
interactúan con la estructura cargada negativamente de la molé-
cula de DNA, que es idéntica en todos los organismos. Además,
casi todos los aminoácidos en una molécula de histona participan
en una interacción con otra molécula, ya sea DNA u otra histona.
Como resultado, muy pocos aminoácidos en una histona pueden
reemplazarse por otros aminoácidos sin afectar gravemente la
función de la proteína.
A principios de la década de 1970, se descubrió que cuando
la cromatina se trataba con nucleasas inespecíficas, la mayoría del
DNA se convertía en fragmentos de aproximadamente 200 pares
de bases de longitud. Por el contrario, un tratamiento similar de
DNA desnudo (es decir, DNA desprovisto de proteínas) producía
una población de tamaño aleatorio de fragmentos. Este hallazgo
sugirió que el DNA cromosómico estaba protegido del ataque en-
zimático, excepto en ciertos sitios periódicos a lo largo de su lon-
gitud. Se suponía que las proteínas asociadas con el DNA propor-
cionaban la protección. En 1974, utilizando datos de la digestión
con nucleasa y otros tipos de información, Roger Kornberg pro-
puso una estructura completamente nueva para la cromatina.
Kornberg expuso que el DNA y las histonas se organizan en
subunidades repetitivas, llamadas nucleosomas. Ahora se sabe
que cada nucleosoma contiene una partícula nuclear nucleosómi-
ca que consta de 146 pares de bases de DNA superenrollado (p.
381) envuelto casi dos veces alrededor de un complejo en forma
de disco de ocho moléculas de histona (FIGURA 12-12a). El nú-
cleo de histona de cada nucleosoma consta de dos copias de cada
una de las histonas H2A, H2B, H3 y H4 ensambladas en un octá-
mero (FIGURA 12-13a). La histona restante tipo H1 reside fuera de
la partícula nuclear del nucleosoma. La histona H1 se conoce co-
mo enlazador histona, porque se une a una parte del DNA enlaza-
dor que conecta una partícula nuclear del nucleosoma a la si-
guiente. Los estudios de fluorescencia indican que las moléculas
H1 se disocian y se reasocian continuamente con la cromatina.
Juntos, la proteína H1 y el octámero de histona interactúan con
unos 168 pares de bases de DNA. Las moléculas de histona H1
pueden eliminarse selectivamente de las fibras de cromatina so-
metiendo la preparación a soluciones de baja fuerza iónica.
Cuando se observa cromatina depletada de H1 bajo el microsco-
pio electrónico, la partícula nuclear del nucleosoma y el DNA
desnudo enlazador pueden verse como elementos separados, que
juntos aparecen como “perlas en un collar” (figura 12-12b).
La comprensión del empaquetamiento de DNA ha avanzado
mucho gracias a las imágenes de la partícula nuclear del nucleo-
 466 Octámero
de histona
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

H1

DNA
a)
b)
FIGURA 12-12 Organización nucleosomal de la cromatina. a) Diagrama esquemático que muestra la estructura de una partícula nuclear de nucleosoma
y una molécula de histona H1 asociada. La nuclear en sí misma consiste en, aproximadamente, 1.8 vueltas (146 pares de bases) de DNA negativamente
superenrollado envuelto alrededor de ocho moléculas de histona nuclear (dos de cada una de H2A, H2B, H3 y H4). El enlazador histona H1 se une
cerca de los sitios donde el DNA entra y sale del nucleosoma. Se muestran dos posiciones alternativas de la molécula H1. b) Micrografía electrónica de
fibras de cromatina liberadas del núcleo de una célula de Drosophila. Las partículas nucleares del nucleosoma tienen un diámetro de alrededor de 10 nm
y están conectadas por cadenas cortas de DNA desnudo enlazador, que tienen cerca de 2 nm de diámetro.
Fuente: b) Cortesía de Oscar L Miller, Universidad de Virginia.

7
N
0
C

N N 1
H3'H3

H4 6
C
H3
 N 2

H2A H4
H2B
H2A 5
H2B C
3
H3 N

N 4
H4
H2A H3
H2A H3
H2B H4
H2B H4
a) b) c)

FIGURA 12-13 Estructura de un nucleosoma. a) Representación esquemática de una partícula nuclear de nucleosoma con su octámero de histonas com-
puesto por cuatro heterodímeros de histona (dos dímeros H3/H4 y dos dímeros H2A/H2B). b) Estructura cristalográfica de rayos X de una partícula nu-
clear del nucleosoma vista en el eje central de la superhélice de DNA, que muestra la posición de cada una de las ocho moléculas de histona del octá-
mero del núcleo. Las histonas están organizadas en cuatro complejos diméricos. Cada dímero de histona se une a 27 a 28 pares de bases de DNA, con
contactos que se producen cuando el surco menor del DNA se enfrenta al núcleo de la histona. c) Modelo simplificado y esquemático de la mitad de una
partícula nuclear del nucleosoma, que muestra un giro (73 pares de bases) de la superhélice de DNA y cuatro moléculas de histona nuclear. Las cuatro
histonas diferentes se muestran en colores separados, como lo indica la clave. Se considera que cada histona nuclear consta de 1) una región globular,
llamada “pliegue de histonas”, que consta de tres hélices α (representadas por los cilindros) y 2) una cola N-terminal flexible y extendida (indicada por la
letra N) que se proyecta fuera del disco de histonas y pasa la doble hélice de DNA. Los puntos intermitentes de interacción entre las moléculas de histo-
na y el DNA están indicados por ganchos blancos. Las líneas discontinuas indican la parte más externa de las colas de las histonas, que son sitios de mo-
dificación. Estas colas flexibles carecen de una estructura terciaria definida y, por tanto, no aparecen en la estructura de rayos X que se muestra en la
parte b.
Fuente: a) Tomado de C David Allis, et al. Epigenética, fig. 3.5, p. 30, copyright 2007. Reimpreso con autorización de Cold Spring Harbor Laboratory
Press; b) Tomado de Karolin Luger y Timothy J Richmond, et al. Nature 1997;389:252, fig. 1. Reimpreso con permiso de Macmillan Publishers Limited; c)
Tomado del dibujo por D Rhodes; © 1997, por Macmillan Publishers Limited.

soma obtenida mediante cristalografía de rayos X. Las ocho mo-
léculas de histona que comprenden una partícula nuclear del
nucleosoma se organizan en cuatro heterodímeros: dos dímeros
H2A-H2B y dos dímeros H3-H4 (figura 12-13a,b). La dimeriza-
ción de las moléculas de la histona está mediada por sus domi-
nios C terminal, que consisten principalmente en hélices α (re-
presentadas por los cilindros de la figura 12-13c) plegadas en una
masa compacta en el núcleo del nucleosoma. En contraste, los
segmentos N-terminal de cada histona nuclear (y también el seg-
mento C terminal de H2A) toman la forma de una cola larga y
flexible (representada por las líneas discontinuas de la figura
12-13c) que se extiende a través de la hélice de DNA que está
envuelta alrededor de la partícula del núcleo. Durante muchos
años, se pensó en las histonas como moléculas estructurales e
inertes, pero los segmentos N-terminal que se extienden son ob-
jetivos de las enzimas clave que desempeñan un papel en hacer
que la cromatina sea accesible para las proteínas. De esta manera,
la cromatina es un componente celular dinámico en el que las
histonas, las proteínas reguladoras y una variedad de enzimas se Niveles más altos de la estructura 467
mueven dentro y fuera del complejo de nucleoproteínas para fa-
de la cromatina
cilitar las complicadas tareas de transcripción, compactación, re-
plicación, recombinación y reparación de DNA. Una molécula de DNA envuelta alrededor de partículas nucleares

12.3 • Empaquetado del genoma eucariota

La modificación de histonas no es el único mecanismo que
altera el carácter de las histonas de los nucleosomas. Además de
las cuatro histonas nucleares “convencionales” discutidas antes,
varias versiones alternativas de las histonas H2A y H3 también se
sintetizan en la mayoría de las células. La importancia de estas
variantes de histonas, como se les llama, no se ha explorado en
gran parte todavía, pero se cree que tienen funciones especializa-
das. La localización y la función aparente de una de estas varian-
tes, CENP-A, se aborda en la página 477. Otra variante, H2A.X, se
distribuye a través de la cromatina, donde reemplaza a H2A con-
vencional en una fracción de los nucleosomas. H2A.X se fosfori-
la en sitios de rotura de las cadenas de DNA y puede tener un
papel en el reclutamiento de las enzimas que reparan el DNA.
Otras dos variantes principales de histona nuclear, H2A.Z y H3.3,
se han visto implicadas en numerosas actividades, incluida la acti-
vación de la transcripción, pero existe debate acerca de sus roles.
Esta sección comenzó con una pregunta: ¿cómo un núcleo de
10 μm de diámetro puede empacar 200 000 veces esta longitud
de DNA dentro de sus límites? El ensamblaje de nucleosomas es
el primer paso importante en el proceso de compactación. Con
una separación nucleótido–nucleótido de 0.34 nm, los 200 pares
de bases de un solo nucleosoma de 10 nm se estirarían a casi 70
nm, si se extendieran por completo. En consecuencia, se dice que
la relación de empaquetamiento del DNA de los nucleosomas es
aproximadamente de 7:1.
del nucleosoma de 10 nm de diámetro es el nivel más bajo de la
organización de la cromatina. Sin embargo, la cromatina no exis-
te dentro de la célula en este estado relativamente extendido,
“cuentas-en-un-collar”. Cuando la cromatina se libera del núcleo
y se prepara con fuerza iónica fisiológica, se observa una fibra de
aproximadamente 30 nm de grosor (FIGURA 12-14a). A pesar de
más de dos décadas de investigación, la estructura de la fibra
de 30 nm sigue siendo objeto de debate. Las reconstrucciones de
microscopía crioelectrónica sugieren la estructura que se muestra
en la figura 12-14b,c, en la cual los nucleosomas se alinean para
terminar en dos pilas de nucleosomas que forman una estructura
de doble hélice. Los nucleosomas sucesivos a lo largo del DNA se
organizan en dos pilas diferentes y los nucleosomas alternados
interactúan mediante la hélice a través de su DNA enlazador. El
ensamblaje de la fibra de 30 nm aumenta la relación de empaque-
tamiento de DNA en 6 veces más o unas 40 veces en total.
El mantenimiento de la fibra de 30 nm depende de las in-
teracciones entre las moléculas de histona de los nucleosomas
vecinos. El enlazador histona y las histonas nucleares han sido
implicadas en el empaquetamiento de la cromatina en el orden
superior. Si, por ejemplo, las histonas enlazadoras H1 se extraen
selectivamente de la cromatina compactada, las fibras de 30 nm
se desenrollan para formar el filamento más delgado y alargado
que se muestra en la figura 12-12b). La adición de histonas H1
conduce a la restauración de la estructura de orden superior. Las

Fibra de
30nm

c)

b)
FIGURA 12-14 Fibra de 30 nm. a) Micrografía electrónica de una fibra de cromatina de 30 nm liberada
de un núcleo después de la lisis de la célula en una solución salina hipotónica. b) Modelo para la estruc-
tura de la fibra de 30 nm que se basa en el ajuste de estructuras atómicas de nucleosomas en datos de
microscopía crioelectrónica. Las histonas se muestran en rojo y verde. El DNA se muestra en azul, dora-
do y morado. Los nucleosomas se alinean para formar una doble hélice con pares de nucleosomas suce-
sivos en la cadena (representados aquí por el mismo color de DNA) que alternan entre las dos hélices,
con DNA enlazador que se extiende a través de la mitad de la doble hélice. c) Esquema de la estructura
de la fibra, que muestra 12 nucleosomas numerados N1-N12, que se acumulan en pares. Estos pares se
asocian entonces de extremo a extremo para formar las dos cadenas de una doble hélice. El DNA enla-
zador se muestra en verde.
Fuente: a) Cortesía de Barbara Hamkalo y Jerome B Rattner; b, c) Tomado de: Feng Song, et al. Science
a) 2014;344:376-380.
 468

Anillo de
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

cohesina

Andamio

b)
FIGURA 12-15 Asas de cromatina: un nivel más alto de la estructura de la
cromatina. a) Micrografía electrónica de un cromosoma mitótico que se ha-
bía tratado para eliminar histonas. El cromosoma sin histonas muestra asas
a) de DNA que están unidas en sus bases a un andamio de proteína residual.
b) Modelo simplificado por el cual los anillos de cohesión podrían desempe-
ñar un papel en el mantenimiento de las asas de DNA de interfase.
histonas nucleares de los nucleosomas adyacentes pueden inte- Fuente: a) Tomado de: James R Paulson y UK Laemmli. Cell 1977;12:823,
ractuar entre sí por medio de sus colas largas y flexibles. Los es- con permiso de Elsevier.
tudios estructurales indican, por ejemplo, que la cola N-terminal
de una histona H4 de una partícula nuclear del nucleosoma
puede alcanzar y hacer un contacto extenso tanto con el DNA
enlazador entre partículas del nucleosoma, como con el dímero Doble hélice de DNA
H2A/H2B de partículas adyacentes. Se cree que estos tipos de (2 nm de diámetro)
interacciones median el plegamiento del filamento nucleosomal
en una fibra más gruesa. De hecho, las fibras de cromatina pre-
paradas con histonas H4 que pierden sus colas no pueden plegar- DNA Histona H1
se en fibras de orden superior.
Se cree que la próxima etapa en la jerarquía del empaqueta- Partícula nuclear
miento de DNA ocurre cuando la fibra de cromatina de 30 nm se del nucleosoma Histonas
reúne en una serie de asas o dominios grandes superenrollados, nucleares
que pueden compactarse en fibras incluso más gruesas (80-100 (8 subunidades)
nm). Las asas de DNA aparentemente se unen a sus bases para
formar proteínas que pueden ser parte de un andamio nuclear
poco definido. Normalmente, las asas de fibras de cromatina se Filamento de nucleosoma
extienden dentro del núcleo y no se pueden visualizar, pero su (10 nm de diámetro)
presencia puede revelarse en ciertas circunstancias. Por ejemplo,
cuando los cromosomas mitóticos aislados se tratan con solucio-
nes que extraen histonas, se puede ver que el DNA libre de histo-
nas se extiende hacia afuera como asas de un andamio de proteína
(FIGURA 12-15a). Entre las proteínas que se cree que desempeñan
un papel clave en el mantenimiento de estas asas de DNA se en- Fibra de 30 nm
Andamio de
cuentra la cohesina, que se conoce mejor por su función en la re-
proteínas
tención de moléculas de DNA replicadas juntas durante la mitosis
(sección 14.7). La cohesina es una proteína con forma de anillo
que puede actuar como se muestra en la FIGURA 12-15b).
El cromosoma mitótico representa lo último en cromatina
compactada; 1 μm de longitud del cromosoma mitótico por lo Dominios
común contiene aproximadamente 1 cm de DNA, lo que repre- en asas
senta una relación de empaque de 10 000:1. Esta compactación se
produce por un proceso poco conocido que se analiza en la sec-
ción 14.7. En la FIGURA 12-16 se muestra una visión general de los

FIGURA 12-16 Niveles de organización de la cromatina. Las moléculas de DNA

desnudo se envuelven alrededor de las histonas para formar nucleosomas, que re-
presentan el nivel más bajo de la organización de la cromatina. Los nucleosomas es-
tán organizados en fibras de 30 nm, que a su vez están organizadas en dominios de
asas. Cuando las células se preparan para la mitosis, las asas se compactan aún más Cromosoma
en los cromosomas mitóticos (véase figura 14-13). metafásico
distintos niveles de organización de la cromatina, desde el fila-
mento nucleosomal hasta un cromosoma mitótico.
REPASO
silencia de forma permanente. En las células de los mamíferos, la 469
mayor parte de la heterocromatina constitutiva se encuentra
en las regiones que flanquean los telómeros y el centrómero de
cada cromosoma y en algunos otros sitios, como el brazo distal

1. ¿Cuál es la relación entre las histonas y el DNA de una partí-
cula nuclear de nucleosoma? ¿Cómo se reveló por primera
vez la existencia de nucleosomas? ¿Cómo se organizan los
nucleosomas en niveles más altos de cromatina?
12.4 Heterocromatina
Una vez que se ha completado la mitosis, la mayor parte de la
cromatina en los cromosomas mitóticos altamente compactados
vuelve a su condición de interfase difusa. Sin embargo, alrededor
de 10% de la cromatina permanece, por lo general, en una forma
condensada y compactada en toda la interfase. Esta cromatina
compactada y densamente teñida se concentra normalmente cer-
ca de la periferia del núcleo, a menudo cerca de la lámina nuclear,
como se indica en la figura 12-5a. La cromatina que permanece
compactada durante la interfase se llama heterocromatina, para
distinguirla de la eucromatina, que vuelve a un estado activo
disperso. Cuando se administra un precursor de RNA marcado
3
radiactivamente, como [ H] uridina a las células que se fijan, sec-
cionan y autorradiografían con posterioridad, las agrupaciones
de heterocromatina se mantienen en gran parte sin marcar, lo
que indica que tienen una actividad transcripcional relativamente
pequeña. Se cree que las regiones periféricas del núcleo contie-
nen factores que promueven la represión transcripcional, lo que
las convierte en un entorno favorable para la localización de la
heterocromatina. Como se verá más adelante, el estado de una
región particular del genoma, ya sea eucromático o heterocromá-
tico, se hereda de forma estable de una generación de células a la
siguiente.
La heterocromatina se divide en dos clases. La heterocroma-
tina constitutiva permanece en estado compactado en todas las
células en todo momento y, por tanto, representa DNA que se
12.4 • Heterocromatina
del cromosoma Y en los mamíferos machos. El DNA de la hetero-
cromatina constitutiva consiste sobre todo en secuencias repeti-
das (p. 384) y contiene relativamente pocos genes. De hecho,
cuando los genes que son por lo común activos se mueven en una
posición adyacente a estas regiones como resultado de la transpo-
sición o translocación, tienden a silenciarse transcripcionalmen-
te, un fenómeno conocido como efecto de posición. Se entiende
que la heterocromatina contiene componentes cuya influencia
puede extenderse hasta cierta distancia, afectando genes cer-
canos. La propagación de heterocromatina a lo largo del cromo-
soma está bloqueada, en apariencia, por secuencias de barrera
especializadas (elementos de límite) en el genoma. La heterocroma-
tina constitutiva también sirve para inhibir la recombinación ge-
nética entre secuencias repetitivas homólogas. Este tipo de re-
combinación puede conducir a duplicaciones y eliminaciones de
DNA (véase figura 10-23).
La heterocromatina facultativa es la cromatina que se ha
inactivado específicamente durante ciertas etapas de la vida de un
organismo o en ciertos tipos de células diferenciadas (como en la
figura 17-9b). Se puede ver un ejemplo de heterocromatina facul-
tativa al comparar los cromosomas sexuales en las células de un
mamífero hembra con los de un macho. Las células de los machos
tienen un cromosoma Y diminuto y un cromosoma X mucho más
grande. Debido a que los cromosomas X y Y tienen sólo unos po-
cos genes en común, los machos tienen una copia única de la
mayoría de los genes que se transportan en los cromosomas se-
xuales. Aunque las células de las hembras contienen dos cromoso-
mas X, sólo uno de ellos es transcripcionalmente activo. El otro
cromosoma X permanece condensado como un grupo heterocro-
mático (FIGURA 12-17a) llamado cuerpo de Barr, por el investigador
que lo descubrió en 1949. La formación de un cuerpo de Barr ga-
rantiza que las células de ambos sexos tengan el mismo número
de cromosomas X activos y así sinteticen cantidades equivalen-
tes de los productos codificados por genes vinculados a X.

a) b) c)

FIGURA 12-17 Heterocromatina facultativa: el cromosoma X inactivo. a) El cromosoma X inactivado aparece como una estructura heterocromática con
tinción oscura, llamada cuerpo de Barr (flechas). b) La inactivación aleatoria de cualquiera de los cromosomas X en diferentes células durante el desarro-
llo embrionario temprano crea un mosaico de parches de tejido y es responsable de los patrones de color en los gatos calicó. Cada parche comprende
los descendientes de una célula que estaba presente en el embrión en el momento de la inactivación. Estos parches son visualmente evidentes en los
gatos calicó, que son heterocigotos con un alelo para el color del pelaje negro que reside en un cromosoma X y un alelo para el pelaje naranja en el otro
X. Esto explica por qué los calicós machos son prácticamente inexistentes, porque todas las células del macho tienen el alelo de color del pelaje negro o
anaranjado. (Las manchas blancas en este gato se deben a un gen de color de pelaje autosómico diferente.) C) Este gatito fue clonado del gato que se
muestra en b. Los dos animales son genéticamente idénticos, pero tienen diferentes patrones de pelaje, un reflejo de la naturaleza aleatoria del proceso
de inactivación X (y probablemente otros eventos aleatorios de desarrollo).
Fuente: a) Cortesía de EG (Mike) Bertram; b-c) Cortesía de la Facultad de Medicina Veterinaria y Ciencias Biomédicas, Texas A & M University.
 470 Inactivación del cromosoma X
Sobre la base de sus estudios acerca de la herencia del color del
pelaje en ratones, la genetista británica Mary Lyon propuso lo
siguiente en 1961:
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética
1. La heterocromatinización del cromosoma X en las hembras de
los mamíferos ocurre durante el desarrollo embrionario tem-
prano y conduce a la inactivación de los genes en ese cromo-
soma.
2. La heterocromatinización en el embrión es un proceso aleato-
rio en el sentido de que el cromosoma X derivado del padre y
el cromosoma X derivado de la madre tienen la misma proba-
bilidad de quedar inactivados en cualquier célula dada. En con-
secuencia, en el momento de la inactivación, el X paterno
puede inactivarse en una célula del embrión y el X mater-
no puede inactivarse en una célula vecina. Una vez que el
cromosoma X ha sido inactivado, su estado heterocromático
se transmite a través de muchas divisiones celulares, de modo
que el mismo cromosoma X está inactivo en todos los descen-
dientes de esa célula en particular. El proceso de inactivación
del cromosoma X se estudia mejor in vitro durante la diferen-
ciación de células madre embrionarias (ES, embryonic stem) de
ratón. Las células ES se derivan de embriones muy tempranos
(p. 18) y, por tanto, tienen dos cromosomas X activos.
3. La reactivación del cromosoma X heterocromatinizado ocurre
en células germinales femeninas antes del inicio de la meiosis.
Por consiguiente, ambos cromosomas X están activos durante
la ovogénesis, y todos los gametos reciben un cromosoma X
eucromático.
2
La hipótesis de Lyon fue confirmada pronto. Debido a que
los cromosomas X maternos y paternos pueden contener alelos
diferentes para el mismo rasgo, las hembras adultas son, en cierto
sentido, mosaicos genéticos, donde los distintos alelos funcionan
en diversas células. El mosaicismo del cromosoma X se refleja en
la coloración de parches del pelaje de algunos mamíferos, inclui-
dos los gatos calicó (figura 12-17b,c). Los genes de pigmentación
en los humanos no están localizados en el cromosoma X, de ahí
la ausencia de “mujeres calicó”. Sin embargo, el mosaicismo de-
bido a la inactivación de X puede demostrarse en mujeres. Por
ejemplo, si un haz estrecho de luz roja o verde brilla en los ojos
de una mujer que es portadora heterocigota de ceguera para el
rojo y el verde, se pueden encontrar parches de células de la reti-
na con una visión defectuosa del color intercalados entre parches
con visión normal.
El mecanismo responsable de la inactivación de X ha sido un
foco de atención desde un informe de 1992, en el que se sugirió
que la inactivación es iniciada por una molécula de RNA no codi-
ficante, en lugar de por una proteína, que se transcribe desde uno
de los genes (llamado XIST en humanos) en el cromosoma X que
se desactiva (el Xi). El RNA XIST es una transcripción grande
(más de 17 kb de longitud), lo cual lo distingue de muchos otros
RNA no codificantes que tienden a ser bastante pequeños. De-
bido a su tamaño, XIST se describe como un RNA largo no codi-
ficante (o lncRNA) y representa sólo el primero en una lista larga
y creciente de lncRNA que se han descubierto como factores re-
guladores en las actividades celulares. De hecho, ahora se cree
que al menos siete lncRNA distintos participan en la inactivación
2
La inactivación aleatoria de los cromosomas X discutida aquí, que ocurre
después de los implantes embrionarios en el útero, es en realidad la segun-
da ola de inactivación del cromosoma X que se produce en el embrión. La
primera ola, que sucede muy temprano en el desarrollo, no es aleatoria, sino
que sólo conduce a la inactivación de los cromosomas X que han sido dona-
dos por el padre. Esta inactivación temprana de los cromosomas X paternos
se mantiene en las células que dan lugar a los tejidos extraembrionarios (p.
ej., la placenta) y no se discute en el texto. La inactivación precoz del X pa-
terno se borra en las células que producen tejido embrionario y posterior-
mente ocurre la inactivación aleatoria de X.
del cromosoma X; el presente debate se ceñirá a XIST. El RNA
XIST se acumula selectivamente a lo largo del cromosoma X, des-
de el cual se transcribe, donde ayuda a reclutar ciertos complejos
3
proteicos que inactivan los genes en sitios seleccionados. El gen
XIST es necesario para iniciar la inactivación, pero no para man-
tenerla de una generación celular a la siguiente. Esta conclusión
se basa en el descubrimiento de células tumorales en ciertas mu-
jeres que contienen un cromosoma X inactivado cuyo gen XIST se
elimina. Se piensa que la inactivación de X se mantiene mediante
la metilación de DNA (p. 500) y las modificaciones de histonas
represivas, como se analiza en la próxima sección.
El código de histona y la formación
de heterocromatina
La figura 12-13c muestra un modelo esquemático de la partícula
nuclear del nucleosoma con sus colas de histonas que se proyectan
hacia afuera. Pero esta es sólo una descripción general que oculta
diferencias importantes entre los nucleosomas. Las células contie-
nen una notable variedad de enzimas que pueden agregar grupos
químicos a, o eliminarlos de, residuos de aminoácidos específicos
en las colas de histonas. Aquellos residuos que están sujetos a mo-
dificación, especialmente por metilación, acetilación, fosforilación
o ubiquitinación, están indicados por barras de colores en la
FIGURA 12-18. La última década ha visto surgir una hipótesis co-
nocida como el código de histonas, que postula que el estado y
la actividad de una región particular de la cromatina dependen de
las modificaciones específicas, o combinación de modificaciones,
de las colas de las histonas en esa región. En otras palabras, el
patrón de modificaciones que adornan las colas de las histonas
nucleares contiene información codificada que gobierna las pro-
piedades de esos nucleosomas. Los estudios sugieren que las mo-
dificaciones de la cola de las histonas actúan de dos maneras para
influir en la estructura y la función de la cromatina.
1. Los residuos modificados sirven como sitios de ataque para
reclutar una colección específica de proteínas no histónicas,
que luego determina las propiedades y actividades de ese seg-
mento de la cromatina. En la FIGURA 12-19 se representa una
muestra de algunas de las proteínas específicas que se unen
selectivamente a restos de histona modificados. Cada una de
las proteínas unidas a las histonas en la figura 12-19 es capaz
de modular algún aspecto de la actividad o estructura de la
cromatina.
2. Los residuos modificados alteran la manera en que las colas
de histonas de los nucleosomas vecinos interactúan entre sí o
con el DNA al que están unidos los nucleosomas. Los cambios
en estos tipos de interacciones pueden conducir a transforma-
ciones en la estructura de orden superior de la cromatina. La
acetilación del residuo de lisina en la posición 16 en la histona
H4, por ejemplo, interfiere con su interacción con una molé-
cula de histona H2A de un nucleosoma adyacente, que a su
vez inhibe la formación de la fibra de cromatina de 30 nm
compacta.
Por el momento, la discusión se restringirá a la formación de
heterocromatina tal como ocurre, por ejemplo, durante la inacti-
vación del cromosoma X. En aras de la simplicidad, el análisis se
centrará en la modificación de un único residuo, la lisina 9 de
H3, que ilustrará los principios generales por los cuales las célu-
las utilizan el código de histonas. Las acciones de varias otras
modificaciones de histonas se indican en la figura 12-18 y se exa-
minan en la leyenda que la acompaña. En la página 496 se des-
cribe otro ejemplo. Como se verá a lo largo de este capítulo, en
3
Aproximadamente 15% de los genes en el cromosoma escapan de la inac-
tivación por un mecanismo desconocido. Los “escapados” incluyen genes
que también están presentes en el cromosoma Y, lo que garantiza que se
expresen por igual en ambos sexos.
 Ac 471
Me Me Ac Me P Me Ac Ac MeMe P Me Me

A R T K Q TA R K S T G G K A P R K Q L AT K A A R K S A PAT G G V K K P H histona H3 135 aa

2 4 9 10 14 1718 23 262728 36
79

12.4 • Heterocromatina
P Me Ac Ac Ac Ac Me

S G R G K G G K G L G K G G A K R H R K V L R D N I Q G I T K PA I R R L A R histona H4 102 aa
1 3 5 8 12 16 20

Ac Ac Ub
P

SGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNY histona H2A 129 aa

1 5 9
119

Ac Ac P Ub

P E PA K S A PA P K K G S K K AV T K A Q K K D S K K R K R S R K E S Y S V histona H2B 125 aa

5 12 14
120

P Ac Me Metilación Me Metilación Me Metilación Ub

Fosforilación Acetilación Ubiquitinación
(arginina) (lisina activa) (lisina represiva)

FIGURA 12-18 Modificaciones de histona y el código de histonas. Las colas amino terminales de las proteínas histonas que se extienden más allá del
DNA en los nucleosomas pueden modificarse enzimáticamente mediante la adición covalente de grupos metilo, acetilo y fosfato. Se añaden grupos meti-
lo a residuos de lisina (K) o arginina (R), grupos acetilo a residuos de lisina y grupos fosfato a residuos de serina (S). La pequeña proteína ubiquitina se
puede agregar a uno de los residuos de lisina en el núcleo (en lugar de la cola) de H2A y H2B. Cada residuo de lisina puede tener uno, dos o tres grupos
metilo añadidos, y cada residuo de arginina puede tener uno o dos grupos metilo añadidos. Estas modificaciones afectan la afinidad de la histona por las
proteínas que interactúan y controlan la actividad transcripcional de la cromatina, lo que ha llevado al concepto de código de histonas. Es muy conocido
que la acetilación de lisinas conduce a la activación transcripcional. Los efectos de la metilación dependen con fuerza de cuál de estos residuos se modi-
fica. Por ejemplo, la metilación de la lisina 9 de la histona H3 (es decir, H3K9) suele estar presente en la heterocromatina y está asociada con la represión
transcripcional, como se explica en el texto. La metilación de H3K27 y H4K20 también está intensamente relacionada con la represión transcripcional,
mientras que la metilación de H3K4 y H3K36 se asocia con la activación transcripcional. Del mismo modo que existen enzimas que catalizan cada una de
estas modificaciones, también existen enzimas (desacetilasas, desmetilasas, fosfatasas y desubiquitinasas) que las eliminan específicamente.
Fuente: Tomado de C David Allis, et al. Epigenetics, fig. 3.6, p. 31, Copyright 2007. Reproducido con permiso del Cold Spring Harbor Press.

los últimos años se han desarrollado técnicas para analizar cam-
bios que afectan la transcripción del genoma, como las modifica-
ciones de histonas, en el ámbito de todo el genoma, en lugar de
simplemente observar estos cambios en un gen a la vez. Esto ha
brindado una visión mucho más amplia de la importancia gene-
ral de cada uno de estos fenómenos, de lo que fue posible hace
sólo unos pocos años.
La comparación de los nucleosomas presentes dentro de los
dominios de cromatina heterocromática versus eucromática reve-
ló una diferencia llamativa. El residuo de lisina en la posición núm.
9 (Lys9 o K9) de la histona H3 en dominios heterocromáticos está
en gran parte metilado, mientras que este mismo residuo en los
dominios eucromáticos suele estar acetilado. La eliminación de
los grupos acetilo de las histonas H3 y H4 es uno de los pasos
iniciales en la conversión de eucromatina en heterocromatina. La
correlación entre la represión transcripcional y la desacetilación
de histonas se puede observar comparando el cromosoma X
heterocromático inactivo de las células femeninas, que contiene
histonas desacetiladas, con el cromosoma X eucromático activo,
cuyas histonas presentan un nivel de acetilación anormal (FIGU-
RA 12-20). La desacetilación de histona se acompaña de la meti-
lación de H3K9, que es catalizada por una enzima (una histona

BPTF Brd2
CHD1 HP1 14-3-3 Rsc4 PC EAF3 CRB2
ING2 JMJD2

Ac
Me Me P Ac Me Me Me K
H3 K K K 16 12 8 H4
K S K K
4 9 10 14 27 K K
36 20
Ac Ac
Taf1 Bdf1

FIGURA 12-19 Ejemplos de proteínas que se unen selectivamente a residuos H3 o H4 modificados. Cada una de las proteínas unidas posee una activi-
dad que altera la estructura y/o función de la cromatina. Existe una complejidad adicional que no se muestra en este dibujo, en el sentido de que las mo-
dificaciones en un residuo de histona pueden influir en los eventos en otros residuos, un fenómeno conocido como diafonía. Por ejemplo, la unión de la
proteína heterocromatina HP1 a H3K9 se bloquea mediante la fosforilación del residuo de serina adyacente (H3S10), que por lo general se produce du-
rante la mitosis.
Fuente: Tomado de T Kouzarides. Cell 2007;128:696; Cell by Cell Press. Reproducido con permiso de Cell Press en el formato de reutilización en un li-
bro/libro de texto a través de Copyright Clearance Center.
 472 des de unión de la proteína HP1 promueven la formación de una
red interconectada de nucleosomas metilados, lo que conduce a
un dominio de cromatina de orden superior compacto (véase
FIGURA 12-21). Lo que es más importante, este estado se transmi-
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

te a través de las divisiones celulares de una generación de células

a la siguiente (se trata en la página 480). Las modificaciones de
histona presentes en la célula original deben, de algún modo, ins-
truir la formación de las mismas modificaciones en los nucleoso-
mas recién depositados en las células hijas. Se conoce poco el
mecanismo por el cual esto ocurre.
Los estudios en varios organismos indican que los RNA pe-
queños, de naturaleza similar a aquellos involucrados en la inter-
ferencia de RNA (p. 431), desempeñan un papel importante al

Transcripción
FIGURA 12-20 Demostración experimental de una correlación entre la
actividad transcripcional y la acetilación de histonas. Esta propagación 1 DNA repetido
del cromosoma metafásico se ha marcado con anticuerpos fluorescentes
para la histona H4 acetilada, que emiten fluorescencia en verde. Todos Transcripción
los cromosomas, excepto el X inactivado, se tiñen de manera brillante con
RNA transcrito
el anticuerpo contra la histona acetilada.
Fuente: Tomado de P Jeppesen y BM Turner, portada de Cell 1993;2(74),
con permiso de Elsevier. Cortesía de Peter Jeppesen.

dsRNA
2
metiltransferasa) que parece estar dedicada a esta y sólo esta fun-
ción particular. Esta enzima, llamada SUV39H1 en los humanos, Complejo Dicer
se puede encontrar localizada dentro de la heterocromatina, don- de proteínas siRNA
de puede estabilizar la naturaleza heterocromática de la región a 3
través de su actividad de metilación.
SUV39H1
La formación de una lisina metilada en la posición núm. 9 Elemento
RNA naciente Grupo acetilo
transmite a la cola de la histona H3 una importante propiedad: se en K9 de H3 límite
vuelve capaz de unirse con alta afinidad a las proteínas que con-
tienen un dominio particular, denominado cromodominio. El geno- 4
siRNA
ma humano contiene, al menos, 30 proteínas con cromodominios,
de las cuales, la mejor estudiada es la proteína heterocromática 1 (o RNA polimerasa
HP1). La HP1 ha sido implicada en la formación y mantenimien-
Grupo metilo
to de la heterocromatina. Una vez unida a una cola de H3, se cree en K9 de H3
que HP1 interactúa con otras proteínas, incluyendo 1) SUV39H1,
la enzima responsable de metilar el residuo de H3K9 y 2) otras
moléculas de HP1 en los nucleosomas cercanos. Estas propieda- 5

HP1

FIGURA 12-21 Modelo en el que los RNA pequeños rigen la formación

de heterocromatina. Estudios recientes sugieren que los RNA no codifi- 6
cantes desempeñan un papel en la formación de heterocromatina. En es-
te modelo, los RNA se transcriben a partir de ambas cadenas de secuen-
cias de DNA repetitivas (paso 1). Los RNA forman moléculas de doble
cadena (paso 2) que son procesadas por la endonucleasa Dicer y otros
componentes de la maquinaria de RNAi (p. 431), para formar una guía de
siRNA de una sola cadena y un complejo de proteína asociado (paso 3).
En el paso 4, el complejo siRNA-proteína se ha unido a un segmento 7
complementario de un RNA naciente y ha reclutado la histona metiltrans-
ferasa SUV39H1. Esto conduce a la adición de grupos metilo al residuo
K9 de la histona H3, reemplazando a los grupos acetilo que se unieron
previamente a los residuos H3K9. (Los grupos acetilo, que son caracterís-
ticos de regiones transcritas de eucromatina, se eliminan enzimáticamen-
te de los residuos de lisina mediante una histona desacetilasa, que no se
muestra.) En el paso 5, los grupos acetilo han sido reemplazados por gru-
pos metilo, que sirven como sitios de enlaces para la proteína HP1 (paso
6). El elemento límite en el DNA evita la propagación de la heterocromati-
nización en regiones adyacentes de la cromatina. Una vez que HP1 se ha 8
unido a las colas de histonas, la cromatina se puede empaquetar en es-
tructuras de mayor orden y más compactas por medio de la interacción
entre las moléculas de proteína HP1 (paso 7). La enzima SUV39H1 tam-
bién se puede unir a las colas de histonas metiladas (no se muestra) para
que los nucleosomas adicionales puedan metilarse. En el paso 8, se ha
formado una región de heterocromatina altamente compactada.
dirigirse a una región particular del genoma para someterse a me-
tilación de H3K9 y posterior heterocromatinización. En la figura
12-21 se presenta un modelo que muestra los tipos de eventos que
se cree que tienen lugar durante el ensamblaje de heterocromati-
na. Los RNA derivados de elementos altamente repetitivos, como
los centrómeros, o de regiones que albergan elementos transponi-
bles se procesan mediante la vía de interferencia de RNA y funcio-
nan para reclutar enzimas de modificación de histonas, incluidas
las histonas metiltransferasas que modifican la lisina 9 en la histo-
na H3. La modificación de esta manera recluta miembros de la
familia de proteínas del cromodominio HP1, lo que conduce a
la formación de heterocromatina y al silenciamiento génico. Esto
es particularmente importante para el silenciamiento de elemen-
tos móviles transponibles y posiblemente del DNA viral. Si se eli-
minan los componentes de la maquinaria de RNAi, se deteriora la
metilación de H3K9 y la heterocromatinización, lo que permite
la activación de elementos de DNA móviles. Además de su papel
en la formación de heterocromatina, la maquinaria de RNAi tam-
bién puede funcionar en el mantenimiento del estado heterocro-
mático de una generación de células a la siguiente. Estos hallazgos
apuntan a otro rol más, dentro de una lista de roles en rápido
crecimiento, realizada por RNA no codificantes. No sería sorpren-
dente, dado que ahora se piensa que la mayor parte del genoma se
transcribe (p. 436), descubrir que los RNA tienen un papel impor-
tante en la orientación de muchos de los cambios en la estructura
de la cromatina, que se sabe que ocurren durante el desarrollo
embrionario o en respuesta a estímulos fisiológicos.
REPASO
1. ¿Cuál es la diferencia en la estructura y función entre hetero-
cromatina y eucromatina? ¿Entre heterocromatina constitutiva
y facultativa? ¿Entre un cromosoma X activo y uno inactivo en
una célula de mamífero hembra? ¿Cómo es el código de histo-
nas un determinante del estado de una región de cromatina?
12.5 Estructura de un
cromosoma mitótico
El estado relativamente disperso de la cromatina de una célula
en interfase favorece las actividades de interfase, como la repli-
cación y la transcripción. En contraste, la cromatina de una célu-
la mitótica existe en su estado más altamente condensado, lo que
facilita el suministro de DNA a cada célula hija. Cuando un cro-
mosoma sufre compactación durante la profase mitótica, adopta
una forma distinta y predecible, determinada principalmente
por la longitud de la molécula de DNA en ese cromosoma y la
posición del centrómero (que se analiza más adelante). Los cro-
mosomas mitóticos de una célula en división pueden mostrarse
mediante la técnica representada en la FIGURA 12-22a). En esta
técnica, una célula en división se abre y los cromosomas mitóti-
cos del núcleo de la célula se asientan y se unen a la superficie
del portaobjetos sobre un área muy pequeña (como en la figura
12-22b). Los cromosomas que se muestran en la figura 12-22b) se
han preparado utilizando una metodología de tinción en la que
las preparaciones cromosómicas se incuban con sondas fluores-
centes multicolores de DNA que se unen específicamente a cro-
mosomas particulares. Mediante el uso de diversas combinacio-
nes de sondas de DNA y técnicas de visualización asistida por
computadora, cada cromosoma puede ser “pintado” con un “co-
lor virtual” diferente, lo que lo hace fácilmente identificable para
el ojo entrenado. Además de proporcionar una imagen colorida,
esta técnica ofrece una resolución excelente, que permite a los
genetistas clínicos descubrir aberraciones cromosómicas que de
otro modo podrían pasarse por alto (véase figura 2 de “Perspectiva 473
humana” en la sección 12.6).
Si los cromosomas individuales se recortan de una fotografía
como la de la figura 12-22b), pueden emparejarse en pares homó-
12.5 • Estructura de un cromosoma mitótico
logos (23 en humanos) y ordenarse según el tamaño decreciente,
como se muestra en la figura 12-22c). Una preparación de este
tipo se llama cariotipo. Los cromosomas que se muestran en el
cariotipo de la figura 12-22c) han sido preparados usando un pro-
cedimiento de tinción que da a los cromosomas apariencia de
bandas cruzadas. El patrón de estas bandas es altamente caracte-
rístico para cada cromosoma de una especie y proporciona una
base para identificar cromosomas y compararlos entre una espe-
cie y la próxima (véase figura 3 en “Perspectiva humana”). Los
cariotipos se preparan de manera rutinaria a partir de cultivos de
células sanguíneas y se usan para detectar anormalidades cromo-
sómicas en las personas. Como se discute en “Perspectiva huma-
na”, los cromosomas extra, faltantes o extremadamente alterados
se pueden detectar de esta forma.
Telómeros
A diferencia de la mayoría de los cromosomas procariotas que
consisten en una molécula circular de DNA, cada cromosoma eu-
cariota contiene una sola molécula de DNA continua. Las puntas
de cada molécula de DNA están compuestas por un tramo in-
usual de secuencias repetidas que, junto con un grupo de proteí-
nas especializadas, forman un casquete en cada extremo del cro-
mosoma llamado telómero. Los telómeros humanos contienen la
secuencia TTAGGG repetida alrededor de 500 a 5 000 veces (FI-
AATCCC
GURA 12-23a). En contraste con la mayoría de las secuencias re-
petidas, que varían considerablemente de una especie a otra, en
todos los vertebrados se encuentra la misma secuencia de telóme-
ros, y secuencias similares se hallan en la mayoría de los otros
organismos. Esta similitud en la secuencia sugiere que los telóme-
ros tienen una función conservada en diversos organismos.
Como se discute en el capítulo 13, las DNA polimerasas que
replican el DNA no pueden iniciar la síntesis de una hebra
de DNA, sino que sólo pueden agregar nucleótidos al extremo
39 de una hebra existente. La replicación se inicia en el extre-
mo 59 de cada hebra recién sintetizada mediante la síntesis de un
cebador de RNA corto (paso 1, FIGURA 12-24a) que se elimina
posteriormente (paso 2). Debido a este mecanismo, y a los pasos
de procesamiento adicionales que se muestran en el paso 3, al
extremo 59 de cada hebra le falta un segmento corto de DNA.
Como resultado, la hebra con el extremo 39 cuelga de la hebra con
el extremo 59. En lugar de existir como un terminal de una sola
hebra sin protección, la hebra que sobresale se “mete hacia atrás”
en la porción de doble hebra del telómero para formar un asa,
como se ilustra en la figura 12-24b). Existe la opinión de que esta
conformación protege el extremo telomérico del DNA. Se han
identificado varias proteínas de unión a DNA que se enlazan es-
pecíficamente a los telómeros y son esenciales para la función de
estos. La proteína que se une a los cromosomas en la figura 12-
23b) desempeña un papel en la regulación de la longitud de los
telómeros en la levadura. El DNA telomérico de las células anima-
les se une a un complejo proteico de 6 subunidades llamado shel-
terina. Entre sus funciones, la shelterina evita que la maquinaria
de reparación de DNA de una célula confunda los extremos del
DNA telomérico con cadenas de DNA dañadas o rotas, lo que
tendría serias consecuencias para la integridad del genoma.
Si las células no fueran capaces de replicar los extremos de su
DNA, los cromosomas serían cada vez más cortos con cada ronda
de división celular (figura 12-24a). Esta situación ha sido llamada
el “problema de la replicación final”. El mecanismo principal
por el cual los organismos resuelven el problema de la replicación
final salió a la luz en 1984, cuando Elizabeth Blackburn y Carol
Greider, de la Universidad de California, Berkeley, descubrieron
 474
Pipeta capilar con bulbo
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

Gota de sangre

Transferencia a un vial
para el cultivo

Medio de cultivo (incluye

sustancia que estimula la
mitosis en los leucocitos)
Cultivar aproximadamente 72 horas,
luego agregar colchicina durante
30 minutos a 3 horas. Recoger
las células por centrifugación

b)
Medio

Lavar con medio fresco. Agregar Células

solución hipotónica a las células.
Dejar reposar durante 10 min.
Retirar el sobrenadante y agregar
el fijador frío (3:1 metanol: ácido
acético). Dejar reposar 30 minutos 1 2 3 4 5
en frío y luego dispersar las
células
Suspensión celular
6 7 8 9 10

11 12 13 14 15

16 17 18 Y
Gotas de X
fijador con
células
19 20 21 22
Portaobjetos
húmedo c)

Fijador evaporado. FIGURA 12-22 Cromosomas y cariotipos mitóticos humanos. a)

Teñir el portaobjetos Procedimiento utilizado para obtener preparaciones de cromosomas mitó-
ticos para la observación microscópica de leucocitos en la sangre periféri-
ca. b) Fotografía de un grupo de cromosomas mitóticos de una sola célula
humana en división. El DNA de cada cromosoma se hibridó con una clasi-
ficación de sondas de DNA que están unidas covalentemente a dos o
Portaobjetos más tintes fluorescentes. Diferentes cromosomas unen diferentes combi-
Sitio que contiene los naciones de estos tintes y, en consecuencia, emiten luz de diferentes lon-
cromosomas liberados gitudes de onda. Los espectros de emisión de diferentes cromosomas se
de un solo núcleo convierten en colores de visualización distintos y reconocibles mediante
el procesamiento computarizado. Los pares de cromosomas homólogos
se pueden identificar buscando cromosomas del mismo color y tamaño. c)
Cromosomas teñidos de un hombre dispuestos en un cariotipo. Los cario-
a) tipos que muestran pares de homólogos, ordenados según el tamaño del
cromosoma, se preparan a partir de una fotografía de cromosomas libera-
dos desde un solo núcleo.
Fuente: b) Tomado de E. Schrock, et al. Science 1996;273:495; © 1996,
cortesía de Evelin Schrock y Thomas Ried. Reproducido con permiso de
AAAS; c) CNRI/Science Photo Library/Photo Researchers.
 475

12.5 • Estructura de un cromosoma mitótico

a) b)

FIGURA 12-23 Telómeros. a) Hibridación in situ de una sonda de DNA que contiene la secuencia TTAGGG, que se localiza en los telómeros de los cro-
mosomas humanos. b) Demostración de que ciertas proteínas se unen específicamente al DNA telomérico. Estos cromosomas se prepararon a partir de
un núcleo meiótico de una célula de levadura y se incubaron con la proteína RAP1, que posteriormente se localizó en los telómeros mediante un anti-
cuerpo fluorescente antiRAP1. Las áreas azules indican la tinción de DNA, las áreas amarillas representan el marcaje del anticuerpo antiRAP1, y el rojo
muestra el RNA teñido con yoduro de propidio. Los humanos tienen una proteína telomérica homóloga (hRAP1, que es parte del complejo de shelterina).
Fuente: a) Tomado de J Meyne, in RP Wagne. Chromosomes: A Synthesis. Wiley; 1993, © 1993. Este material se usa con el permiso de John Wiley &
Sons, Inc.; b) Tomado de Franz Klein, et al. J Cell Biol 1992;117:940, fig. 4c. Cortesía de Susan M Gasser, reproducida con permiso de la Rockefeller
University Press.

una nueva enzima, llamada telomerasa, que puede agregar nue-
vas unidades de repetición al extremo 39 de la cadena sobresa-
liente (figura 12-24c). Una vez que se ha alargado el extremo 39 de
la cadena, una DNA polimerasa convencional puede usar el seg-
mento 39 recién sintetizado como una plantilla para devolver el
extremo 59 de la cadena complementaria a su longitud previa. La
telomerasa es una transcriptasa inversa que sintetiza DNA utili-
zando una plantilla de RNA. A diferencia de la mayoría de las
transcriptasas inversas, la enzima en sí misma contiene el RNA
que sirve como su plantilla (figura 12-24c).
Los telómeros son partes muy importantes de un cromosoma:
son necesarios para la replicación completa del cromosoma, for-
man casquetes que protegen los cromosomas de las nucleasas y
otras influencias desestabilizadoras, y evitan que los extremos de
los cromosomas se fusionen entre sí. La FIGURA 12-25 muestra
cromosomas mitóticos de un ratón que ha sido diseñado genéti-
camente para carecer de telomerasa. Muchos de los cromosomas
se han sometido a fusión de extremo a extremo, lo que conduce
a consecuencias catastróficas, ya que los cromosomas se desga-
rran en divisiones celulares posteriores. Experimentos recientes
sugieren roles adicionales para los telómeros, por lo que se han
convertido en un centro de investigación actual.
Supongamos que un investigador realiza una pequeña biop-
sia de su piel, aísla una población de fibroblastos de la dermis y
permite que estas células crezcan en un medio de cultivo enrique-
cido. Los fibroblastos se dividirían más o menos cada día en el
cultivo y, finalmente, cubrirían el plato. Si se eliminara una frac-
ción de estas células del primer plato y se volviera a colocar en un
segundo plato, proliferarían una vez más hasta cubrir también
el segundo plato. Se podría pensar que estas células pueden sub-
cultivarse indefinidamente, como se creyó en la primera mitad
del siglo pasado, pero sería una equivocación. Como descubrie-
ron en 1961 Leonard Hayflick y Paul Moorhead del Instituto Wis-
tar en Filadelfia, las células dejan de dividirse por completo des-
pués de, aproximadamente, 50 a 80 duplicaciones de población,
y entran en una etapa conocida como senescencia replicativa. Si se
compara la longitud promedio de los telómeros en los fibroblas-
tos al comienzo y al final del experimento, se encuentra una dis-
minución radical en dicha longitud en el transcurso del tiempo en
cultivo. Los telómeros se contraen, porque la mayoría de las célu-
las carecen de telomerasa y no pueden evitar la pérdida de sus
extremos cromosómicos. Con cada división celular, los telóme-
ros de los cromosomas se vuelven cada vez más cortos. El acorta-
miento de los telómeros continúa hasta un punto crítico, en el
que se desencadena una respuesta fisiológica dentro de cada cé-
lula, que hace que esa célula deje de crecer y dividirse. Las células
capaces de reactivar la telomerasa pueden reanudar el crecimien-
to y la división y convertirse en inmortales. Tales células, por lo
general, también pueden causar cáncer (véase página 710).
Curiosamente, la telomerasa está ausente de la mayoría de las
células del cuerpo, pero hay excepciones importantes. Las células
germinales de las gónadas conservan la actividad de la telomera-
sa, y los telómeros de sus cromosomas no se contraen como re-
sultado de la división celular. En consecuencia, cada descendien-
te comienza su vida como un cigoto que contiene telómeros de
longitud máxima. Del mismo modo, las células madre ubicadas
en el revestimiento de la piel y el intestino, y las células madre
hematopoyéticas de los tejidos que forman la sangre también ex-
presan esta enzima, lo que permite que estas células sigan proli-
ferando y generando la gran cantidad de células diferenciadas
requeridas en estos órganos. La importancia de la telomerasa se
revela por una rara afección, en la que los individuos tienen nive-
les de telomerasa muy reducidos, ya que son heterocigotos para
el gen que codifica cualquiera de los RNA de la telomerasa o una
de las subunidades de proteínas. Estos individuos sufren de insu-
ficiencia de la médula ósea, debido a la incapacidad de este tejido
 476 5' 3'
3' 5'
1 Replicación
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

5' 3'
3' 5'
RNA RNA Telomerasa RNA
5' 3'
3' 5'
3' 5'
Eliminación del cebador
2 1 U
de RNA 5' C
U C
A A
5' 3' CCCCAACCCCAACCC 5' AA U
AACCCCAAC U
3' 5' GGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGG 3'
5' 3'
3' 5'
Procesamiento Alargamiento
3 3' 5'
del terminal 5'
2 U
C
5' 3' U
A C
A
3' 5' CCCCAACCCCAACCC 5' AA U
AACCCCAAC U
5' 3' GGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG 3'
3' 5'

a) Translocación
3' 5'
3 U
C
U C
A A
CCCCAACCCCAACCC 5' AA U
AACCCCAAC U
GGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG 3'

Cadena sobresaliente
Alargamiento
5' 3' 5'
4 U
C
U C
A A
CCCCAACCCCAACCC 5' AA U
AACCCCAAC U
c) GGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG 3'
b)

FIGURA 12-24 El problema de replicación final y el papel de la telomerasa. a) Cuando el DNA de un cromosoma se replica (paso 1), los extremos 59 de
las cadenas recién sintetizadas (rojo) contienen un segmento corto de RNA (verde), que había funcionado como un cebador para la síntesis del DNA ad-
yacente. Una vez que se elimina este RNA (paso 2), el extremo 59 del DNA se hace más corto en relación con el de la generación anterior. Los extremos
59 en cada extremo del cromosoma se procesan adicionalmente mediante actividades de nucleasa (paso 3), lo que aumenta las longitudes del saliente
de una sola cadena. b) El saliente de una sola cadena no permanece como una extensión libre, sino que invade el dúplex como se muestra aquí, despla-
zando una de las cadenas, que forma un asa. El asa es un sitio de unión para un complejo de proteínas específicas que bloquean los telómeros que pro-
tegen los extremos de los cromosomas y regulan la longitud de los telómeros. c) Mecanismo de acción de la telomerasa. La enzima contiene una molécu-
la de RNA que es complementaria al extremo de la cadena rica en G, que se extiende más allá de la cadena rica en C. El RNA de la telomerasa se une al
extremo sobresaliente de la cadena rica en G (paso 1) y luego sirve como plantilla para la adición de nucleótidos en el extremo 39 de la cadena (paso 2).
Después de que se sintetiza un segmento de DNA, el RNA de la telomerasa se desliza hacia el nuevo extremo de la cadena que se alarga (paso 3) y sir-
ve como molde para la incorporación de nucleótidos adicionales (paso 4). La brecha en la cadena complementaria se llena con las enzimas de replica-
ción polimerasa α primasa (véase figura 13-21).
Fuente: c) CW Greider y EH Blackburn, reimpreso con permiso de Nature 1989;337:336, copyright 1989. Nature by Nature Publishing Group. Reproducido
con permiso de Nature Publishing Group en el formato de reutilización en un libro/libro de texto a través de Copyright Clearance Center.

FIGURA 12-25 Integridad de la telomerasa y el cromosoma. Los cromosomas en esta micrografía son
de la célula de un ratón que carece de un gen funcional para la enzima telomerasa. Los telómeros apare-
cen como manchas amarillas después de la hibridación in situ con una sonda de telómero marcada con
fluorescencia. Algunos cromosomas carecen de telómeros por completo y varios cromosomas se han fu-
sionado entre sí en sus extremos. La fusión cromosómica produce cromosomas con más de un centró-
mero, lo que a su vez conduce a la rotura cromosómica durante la división celular. La inestabilidad gené-
tica que resulta de la pérdida de un telómero puede ser una de las principales causas de que las células
se vuelvan cancerosas.
Fuente: Tomado de María A Blasco, et al. Cell 1997; portada # 1, vol. 91. Cortesía de Carol W Greider, con
permiso de Elsevier.
formador de sangre para producir un número suficiente de célu-
las sanguíneas durante una vida humana normal.
Si los telómeros son un factor tan importante para limitar el
número de veces que una célula puede dividirse, se podría espe-
rar que el acortamiento de los telómeros sea un factor significati-
vo en el envejecimiento humano normal. Un gran cuerpo de in-
vestigación apoya esta propuesta. De hecho, algunos biólogos
describen la longitud de los telómeros como un tipo de “reloj de
la longevidad”, que proporciona una medida de cuán rápido un
individuo en particular está envejeciendo desde el punto de vista
biológico, en lugar de cronológico. Además de la edad, el estrés
psicológico puede ser un importante regulador de la longitud de
los telómeros. Múltiples estudios han encontrado que las perso-
nas que experimentan estrés psicológico crónico, así como un
trauma infantil temprano, muestran una reducción estadística-
mente significativa en la longitud de los telómeros. Estos estudios
se basan, sobre todo, en niveles de estrés autoinformados y en
algunos casos, aunque no en todos, implican un pequeño número
de muestras, sin embargo, la idea de que la psicología humana
podría afectar la biología molecular en el caso de los telómeros es
tentadora y requiere una investigación más profunda. Varias
compañías ahora brindan un servicio en el que miden la longitud
de los telómeros en una muestra de células sanguíneas de una
persona, pero aún no se sabe si esas pruebas proporcionarán
una evaluación útil del riesgo que corre un individuo de padecer
enfermedades relacionadas con la edad o con el estrés.
Incluso si una persona con telómeros excepcionalmente largos
envejeciera con mayor lentitud que una persona promedio, hay
otro aspecto del problema a considerar. Una gran cantidad de evi-
dencia indica que el acortamiento de los telómeros desempeña un
papel clave en la protección de los humanos contra el cáncer, al
limitar el número de divisiones de una célula tumoral potencial.
Queda por determinar si una persona con telómeros más largos es
susceptible en mayor medida al desarrollo de una enfermedad ma-
ligna grave. De todos modos, la relación entre el crecimiento del
cáncer y los telómeros es un importante asunto de estudio. Las
células malignas, por definición, son células que han escapado de
los controles normales de crecimiento del cuerpo y continúan di-
vidiéndose indefinidamente. ¿Cómo es que las células tumorales
malignas pueden dividirse repetidamente sin quedarse sin teló-
meros y provocar su propia muerte? A diferencia de las células
normales que carecen de actividad de telomerasa detectable, apro-
ximadamente 90% de los tumores humanos consisten en células
4
que contienen una enzima telomerasa activa. Conforme a un es-
cenario, el crecimiento de los tumores va acompañado de una in-
tensa selección de células en las que la expresión de la telomerasa
se ha reactivado. La gran mayoría de las células tumorales no ex-
presan la telomerasa y mueren, mientras que las células raras que
expresan la enzima se “inmortalizan”. Esto no significa que la ac-
tivación de la telomerasa, por sí misma, haga que las células se
vuelvan malignas. Como se discute en el capítulo 16, el desarrollo
del cáncer es un proceso de múltiples etapas, en el cual las células,
por lo general, desarrollan cromosomas anormales, cambios en la
adhesión celular y la capacidad de invadir tejidos normales. El
mantenimiento de los telómeros y la división celular ilimitada son,
por tanto, sólo una propiedad de las células cancerosas. Pero sigue
siendo una propiedad importante del cáncer, y si la telomerasa
pudiera inhibirse en las células cancerosas, esta podría ser una
forma efectiva de tratar una amplia gama de cánceres. Un inhibi-
dor de la telomerasa llamado Imetelstat se encuentra en la ac-
tualidad en ensayos clínicos de fase II para el tratamiento de la
trombocitemia, una enfermedad sanguínea caracterizada por
la producción excesiva de plaquetas, y la mielofibrosis, una forma
4
El otro 10% aproximadamente tiene un mecanismo alternativo basado en
la recombinación genética que mantiene la longitud de los telómeros
en ausencia de telomerasa.
de leucemia crónica. Es interesante observar que los descubri- 477
mientos iniciales de las secuencias de DNA teloméricas y la telo-
merasa se llevaron a cabo en Tetrahymena, la misma criatura de
estanque unicelular explotada en el descubrimiento de las ribozi-
12.5 • Estructura de un cromosoma mitótico
mas (p. 425). Tetrahymena tiene una gran ventaja para estudiar
los telómeros y la telomerasa utilizando métodos bioquímicos, ya
que su genoma está organizado en un gran número de pequeños
cromosomas, de modo que una sola célula contiene un número
mucho mayor de telómeros que una célula típica de mamífero.
Esto significa que es más fácil aislar la telomerasa de dicha célula,
porque, en primer lugar, hay más de ella. Este punto sirve como
otro recordatorio de que los descubrimientos de gran importancia
médica a menudo se obtienen usando organismos modelo con ca-
racterísticas específicas o inusuales que hacen que un aspecto par-
ticular de la biología celular sea más fácil de estudiar.
Centrómeros
Cada cromosoma representado en la figura 12-22 contiene un si-
tio donde las superficies exteRNA están notablemente indenta-
das. El sitio de la constricción marca el centrómero del cromoso-
ma (FIGURA 12-26). En los seres humanos, el centrómero contiene
una secuencia de DNA de 171 pares de base repetidos en tándem
(llamada DNA satélite α) que se extiende por, al menos, 500 kilo-
bases. Este tramo de DNA se asocia con proteínas específicas que
lo distinguen de otras partes del cromosoma. Por ejemplo, la cro-
matina centromérica contiene una variante de histona H3 única,
llamada CENP-A en los mamíferos, que reemplaza a H3 conven-
cional en una cierta fracción de los nucleosomas centroméricos y
les otorga a estos nucleosomas propiedades únicas. Durante la
formación de los cromosomas mitóticos, los nucleosomas que
contienen CENP-A se sitúan en la superficie externa del centró-
mero, donde sirven como plataforma para el ensamblaje del cine-
tocoro. El cinetocoro, a su vez, sirve como el sitio de unión para
los microtúbulos que separan los cromosomas durante la división
celular (véase figura 14-16). Los cromosomas que carecen de
CENP-A no pueden ensamblar un cinetocoro y se pierden duran-
te la división celular.
Se ha sugerido en capítulos anteriores que las secuencias de
DNA responsables de las funciones celulares esenciales tienden a
conservarse. Fue una sorpresa, por tanto, descubrir que el DNA
centromérico exhibía marcadas diferencias en la secuencia de
nucleótidos, incluso entre especies estrechamente relacionadas.
Este hallazgo sugiere que la secuencia de DNA en sí misma no es
un determinante importante de la estructura y la función del cen-
trómero, una conclusión que está fuertemente respaldada por los
siguientes estudios en humanos. Cerca de uno de cada 2 000 hu-
manos nace con células que tienen un exceso de DNA cromosó-
mico que forma un cromosoma diminuto adicional, llamado cro-
C
From Jerome B. Rattner, Bioess. 13:51, 1991, © 1991. This material is used
by permission
FIGURA 12-26ofCada
John cromosoma
Wiley & Sons.mitótico tiene un centrómero cuyo si-
tio está marcado por una indentación distinta. Micrografía electrónica de
barrido de un cromosoma mitótico. El centrómero (C) contiene secuencias
de DNA altamente repetitivas (DNA satélite) y una estructura que contiene
unas proteínas llamadas cinetocoro que sirve como un sitio para la unión
de microtúbulos del huso durante la mitosis y la meiosis (abordado en el
capítulo 14).
Fuente: Tomado de Jerome B Rattner. Bioess 1991;13:51, © 1991. Este ma-
terial se usa con el permiso de John Wiley & Sons.
 478 mosoma marcador. En algunos casos, los cromosomas marcadores
están desprovistos de DNA satelital α, pero aún contienen una
constricción primaria y un centrómero completamente funcional
que permite que los cromosomas marcadores duplicados se sepa-
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética
durante la división celular. En un estudio, se descubrió que los
cromosomas marcadores se transmiten de forma estable a través
de tres generaciones de miembros de la familia.

ren normalmente en células hijas en cada división. Es evidente

que alguna otra secuencia de DNA en estos cromosomas marca-
dores se “selecciona” como el sitio para contener CENP-A y otras REPASO
proteínas centroméricas. El centrómero aparece en el mismo sitio 1. ¿Cuál es la diferencia de estructura y función entre los centró-
en un cromosoma marcador en todas las células de la persona, lo meros y los telómeros de un cromosoma?
que indica que la propiedad se transmite a los cromosomas hijos

12.6  PERSPECTIVA HUMANA

Aberraciones cromosómicas y trastornos humanos

Además de las mutaciones que modifican el contenido de infor- Centrómero
mación de un gen único, los cromosomas pueden estar sujetos a
alteraciones más extensas que ocurren, de manera más común, C B
durante la división celular. Las piezas de un cromosoma pueden
perderse, o pueden intercambiarse segmentos entre diferentes
cromosomas. Debido a que estas aberraciones cromosómicas D
A
siguen a una ruptura cromosómica, su incidencia se ve incremen-
tada por la exposición a agentes que dañan el DNA, como infec-
ciones virales, rayos X o sustancias químicas reactivas. Además,
los cromosomas de algunos individuos contienen sitios “frágiles”
que son particularmente susceptibles a la rotura. Las personas
con ciertas afecciones hereditarias raras, como el síndrome de C B
Bloom, la anemia de Fanconi y la ataxia-telangiectasia, tienen A D
cromosomas inestables que muestran una gran tendencia a la
ruptura.
Primera anafase
Las consecuencias de una aberración cromosómica depen- meiótica
den de los genes que se ven dañados y del tipo de célula en la
que se produce. Si la aberración ocurre en una célula somática
(no reproductiva), las consecuencias son generalmente mínimas, A C
porque sólo unas pocas células del cuerpo suelen verse afecta- B
das. En raras ocasiones, sin embargo, una célula somática que D
porta una aberración puede transformarse en una célula maligna, A C
D B
que puede convertirse en un tumor canceroso. Las aberraciones
C A
cromosómicas que ocurren durante la meiosis, en particular co- D
mo resultado de un cruce anormal, pueden transmitirse a la si- B A
C
guiente generación. Cuando un cromosoma aberrante se hereda
a través de un gameto, todas las células del embrión tendrán la
aberración, lo que, por lo general, resulta letal durante el desa- B D
rrollo. Existen varios tipos de aberraciones cromosómicas, entre
las que se incluyen las siguientes:
FIGURA 1 Efecto de la inversión. El entrecruzamiento entre un cromo-
soma normal (púrpura) y uno que contiene una inversión (naranja) suele
●● Inversiones. A veces, un cromosoma se rompe en dos ir acompañado de la formación de un asa. Los cromosomas que resultan
lugares, y el segmento entre las roturas se vuelve a sellar en del cruce contienen duplicaciones y deficiencias, que se muestran en
el cromosoma en orientación inversa. Esta aberración se lla- los cromosomas en la primera división meiótica en la parte inferior de la
ma inversión. Más de 1% de los humanos tiene una inversión figura.
que se puede detectar durante el cariotipo cromosómico
(véase figura 10-30 b). Por lo general, un cromosoma que lle-
va una inversión contiene todos los genes de un cromosoma fusiona con un gameto normal en la fecundación, el cigoto
normal y, por tanto, el individuo no se ve afectado de manera resultante tiene un desequilibrio cromosómico y, a menudo,
adversa. Sin embargo, si una célula con una inversión cromo- no es viable.
sómica ingresa en la meiosis, el cromosoma aberrante no se ●● Translocaciones. Cuando todo o una parte de un cromoso-
puede emparejar correctamente con su homólogo normal ma se une a otro cromosoma, la aberración se denomi-
debido a las diferencias en el orden de sus genes. En tales na translocación (FIGURA 2). Al igual que las inversiones,
casos, el emparejamiento cromosómico suele ir acompañado una translocación que se produce en una célula somática
de un asa (FIGURA 1). Si el entrecruzamiento ocurre dentro generalmente tiene poco efecto sobre las funciones de esa
del asa, como se muestra en la figura, los gametos genera- célula o su progenie. Sin embargo, ciertas translocaciones
dos por la meiosis poseen una copia adicional de ciertos ge- aumentan la probabilidad de que la célula se vuelva maligna.
nes (una duplicación) o les faltan esos genes (una deleción). El ejemplo mejor estudiado es el cromosoma Filadelfia, que
Cuando un gameto que contiene un cromosoma alterado se se encuentra en las células malignas (pero no en las células

FIGURA 2 Una translocación. La micrografía muestra un conjunto de
cromosomas humanos en los que el cromosoma 12 (azul brillante) ha
intercambiado piezas con el cromosoma 7 (rojo). Los cromosomas afec-
tados se han vuelto fluorescentes mediante hibridación in situ con una
gran cantidad de fragmentos de DNA que son específicos para cada
uno de los dos cromosomas implicados. El uso de estas “manchas” ha-
ce muy evidente cuando un cromosoma ha intercambiado piezas con
otro cromosoma.
Fuente: Cortesía del Laboratorio Lawrence Livermore. De una técnica
desarrollada por Joe Gray y Dan Pinkel.
normales) de individuos con ciertas formas de leucemia. El
cromosoma Filadelfia, que lleva el nombre de la ciudad en la
que se descubrió en 1960, es una versión abreviada del cro-
mosoma humano número 22. Durante años, se pensó que el
segmento que faltaba representaba una eliminación simple,
pero con técnicas mejoradas para observar cromosomas, la
pieza genética faltante se encontró translocada a otro cromo-
soma (número 9). El cromosoma número 9 contiene un gen
(ABL) que codifica una proteína cinasa que desempeña un
papel en la proliferación celular. Como resultado de la trans-
locación, un pequeño extremo de esta proteína es reempla-
zado por, aproximadamente, 600 aminoácidos adicionales
codificados por un gen (BCR) transportado en la pieza trans-
locada del cromosoma número 22. Esta novedosa “proteína
de fusión” conserva la actividad catalítica del ABL original,
pero ya no está sujeta a los mecanismos reguladores norma-
les de la célula. Como resultado, la célula afectada se vuelve
maligna y causa leucemia mielógena crónica (CML, chronic
myelogenous leukemia). En general, se ha asumido que las
translocaciones se producen después de la rotura aleatoria
del DNA cromosómico. Estudios recientes, sin embargo, su-
gieren que tales rupturas en el DNA pueden ocurrir en sitios
durante el proceso normal de transcripción, una actividad
que puede hacer que el DNA sea más susceptible a la rotura.
El cáncer de próstata, por ejemplo, se caracteriza por trans-
Humano
Chimpancé
Gorila
FIGURA 3 Translocación y evolución. Si los
dos únicos cromosomas de simios que no tie-
nen contrapartida en humanos están hipotéti-
camente fusionados, coinciden con el cromo- Orangután
soma humano número 2, banda por banda.
locaciones que afectan a una serie de genes que se transcri- 479
ben en las células prostáticas normales, en respuesta a las
hormonas masculinas (andrógenos).
●● Al igual que las inversiones, las translocaciones causan pro-
blemas durante la meiosis. Un cromosoma alterado por trans-
12.6 • Perspectiva humana
locación tiene un contenido genético diferente de su homó-
logo. Como resultado, los gametos formados por meiosis
contendrán copias adicionales de genes o se perderán ge-
nes. Se ha demostrado que las translocaciones tienen un
papel importante en la evolución, puesto que generan cam-
bios a gran escala que pueden ser fundamentales en la rami-
ficación de líneas evolutivas separadas de un ancestro co-
mún. Tal incidente genético es posible que haya ocurrido
durante nuestra propia historia evolutiva reciente. Una com-
paración de los 23 pares de cromosomas en las células hu-
manas con los 24 pares de cromosomas en las células de los
chimpancés, gorilas y orangutanes revela una sorprendente
similitud. El examen detallado de los dos cromosomas de si-
mios que no tienen contrapartida en los humanos revela que
juntos son equivalentes, banda por banda, al cromosoma hu-
mano número 2 (FIGURA 3). En algún momento durante la
evolución de los humanos, un cromosoma completo aparen-
temente se trasladó a otro, creando un único cromosoma
fusionado y reduciendo el número haploide de 24 a 23.
●● Deleciones. Una deleción ocurre cuando falta una porción
de un cromosoma. Como se señaló antes, los cigotos que
contienen una deleción cromosómica se producen cuando
uno de los gametos es el resultado de una meiosis anormal.
Perder una porción de un cromosoma a menudo resulta en
una falta de genes cruciales, lo que provoca consecuencias
graves, incluso si el cromosoma homólogo del individuo es
normal. La mayoría de los embriones humanos que tienen
una pérdida significativa no se desarrollan a término, y aque-
llos que sí, tienen una variedad de malformaciones. La prime-
ra correlación entre un trastorno humano y una supresión
cromosómica fue hecha en 1963 por Jerome Lejeune, un
genetista francés que había revelado con anterioridad la ba-
se cromosómica del síndrome de Down. Lejeune descubrió
que a un bebé nacido con una variedad de malformaciones
faciales le faltaba una porción del cromosoma 5. Un defecto
en la laringe (caja de la voz) hacía que el llanto del bebé se
asemejara al sonido de un gato que sufre. En consecuencia,
los científicos lo denominaron síndrome del cri-du-chat, que
significa síndrome del llanto del gato.
●● Duplicaciones. Una duplicación ocurre cuando se repite una
porción de un cromosoma. El papel de las duplicaciones en
la formación de familias multigenéticas se discutió en la pági-
na 390. Las duplicaciones de cromosomas más sustanciales
crean una condición en la que varios genes están presentes
en tres copias, en lugar de las dos copias normalmente pre-
sentes (una condición llamada trisomía parcial). Las activida-
des celulares son muy sensibles al número de copias de
genes y, por tanto, las copias adicionales de genes pueden
tener graves efectos nocivos.
Cromosoma humano núm. 2
 480
12.7 Epigenética: hay más
para heredar que DNA
Como se describe en la sección 12.5, el DNA satélite α no es ne-
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética
cesario para el desarrollo de un centrómero. De hecho, se han
encontrado docenas de secuencias de DNA no relacionadas en
los centrómeros de los cromosomas marcadores. No es el DNA el
que marca indeleblemente el sitio como un centrómero, sino la
cromatina que contiene CENP-A localizada allí. Estos hallazgos
plantean un problema mayor. No todos los rasgos heredados de-
penden de las secuencias de DNA. A la herencia que no está co-
dificada en el DNA se le denomina epigenética y no genética. La
inactivación del cromosoma X que se analiza en la página 469 es
otro ejemplo de un fenómeno epigenético: los dos cromosomas X
pueden tener secuencias de DNA idénticas, pero una está inacti-
vada y la otra no. Además, el estado de inactivación se transmite
desde cada célula a sus hijas a lo largo de la vida de la persona.
Sin embargo, a diferencia de la herencia genética, un estado epi-
genético generalmente se puede revertir; el cromosoma X, por
ejemplo, se reactiva antes de la formación de gametos.
Los biólogos han tenido dificultades para comprender 1) los
mecanismos por los que se almacena la información epigenética
y 2) los mecanismos mediante los cuales se puede transmitir un
estado epigenético de una célula a otra y de un padre a su des-
cendencia. En esta discusión, se colocará el foco de atención en
un tipo de fenómeno epigenético: el estado de la actividad gené-
tica de una célula. Considere una célula madre que reside en la
base de la epidermis (como en la figura 7-1). Ciertos genes en
estas células son transcripcionalmente activos y otros están re-
primidos, y es importante que este patrón característico de acti-
vidad genética se transmita de una célula a sus hijas. Sin embar-
go, no todas las células hijas continúan la vida como células
madre; algunas de ellas adquieren un nuevo compromiso y co-
mienzan el proceso de diferenciación en células epidérmicas ma-
duras. Este paso requiere un cambio en el estado transcripcional
de esa célula. La atención reciente se ha centrado en el código de
histonas (p. 470) como un factor crítico tanto en la determina-
ción del estado transcripcional de una región particular de la
cromatina, como en su transmisión a generaciones celulares pos-
teriores.
Cuando el DNA de una célula se replica, las histonas asocia-
das con el DNA como parte de los nucleosomas se distribuyen
de manera aleatoria a las células hijas junto con las moléculas de
DNA. Como resultado, cada cadena de DNA hija recibe aproxi-
madamente la mitad de las histonas nucleares que se asociaron
con la cadena parental (véase figura 13-23). La otra mitad de las
histonas nucleares que se asocian con las cadenas de DNA hija
se reclutan de un grupo de moléculas de histona recién sinteti-
zadas. Se cree que las modificaciones presentes en las colas de
histonas en la cromatina parental determinan las modificaciones
que se introducirán en las histonas recién sintetizadas en la cro-
matina hija. En la página 472 se vio, por ejemplo, que las regio-
nes heterocromáticas de la cromatina tienen residuos metilados
de lisina en la posición 9 de la histona H3. La enzima responsa-
ble de esta reacción de metilación está presente como uno de los
componentes de la heterocromatina. A medida que se replica la
heterocromatina, se piensa que esta histona metiltransferasa me-
tila las moléculas H3 recién sintetizadas que se incorporan a los
nucleosomas hijos. De esta manera, el patrón de metilación H3
de la cromatina y, por consiguiente, su estado heterocromático
condensado, se transmite desde la célula parental a su descen-
dencia. En contraste, las regiones eucromáticas tienden a conte-
ner colas H3 acetiladas, y esta modificación también se transmi-
te desde la cromatina parental hasta la cromatina progenie, que
puede servir como mecanismo epigenético mediante el cual las
regiones eucromáticas activas se perpetúan en las células hijas.
Las modificaciones de histona representan un portador de infor-
mación epigenética, las modificaciones covalentes al DNA son
de otro tipo. Este último tema se retoma en la página 500.
Los cambios inapropiados en el estado epigenético están aso-
ciados con numerosas enfermedades. También hay evidencia que
sugiere que las diferencias en la apariencia física, la susceptibili-
dad a la enfermedad y la longevidad entre gemelos genéticamen-
te idénticos pueden deberse, en parte, a las diferencias epigenéti-
cas que aparecen entre ellos mientras envejecen. Se presume que
algunas de estas diferencias en los epigenomas de gemelos idénti-
cos se deben a disparidades en las condiciones ambientales que
los individuos han experimentado, y otras son simplemente con-
secuencias de diferencias aleatorias que se introducen durante las
muchas divisiones celulares que ocurren en la vida humana.
REPASO
1. ¿Cuál es la diferencia entre la variación genética y la epigené-
tica? Nombre una forma importante de variación epigenética
basada en una modificación de histonas.
12.8 El núcleo como un organelo
organizado
El examen del citoplasma de una célula eucariota bajo el micros-
copio electrónico revela la presencia de una gran variedad de or-
ganelos membranosos y elementos del citoesqueleto. El examen
del núcleo, por otro lado, normalmente revela poco más que gru-
pos dispersos de cromatina y uno o más nucleolos irregulares.
Como resultado, los investigadores se quedaron con la impresión
de que el núcleo es, en gran medida, un “saco” de componentes
colocados al azar. Con el desarrollo de nuevas técnicas microscó-
picas, incluida la hibridación fluorescente in situ (FISH, fluores-
cence in situ hybridization, p. 386) y la obtención de imágenes de
células marcadas con GFP en vivo (p. 697), se hizo posible locali-
zar loci genéticos específicos dentro del núcleo de interfase. Se
hizo evidente a partir de estos estudios que el núcleo mantiene
un orden considerable. Por ejemplo, las fibras de cromatina de un
cromosoma de interfase dado no se esparcen por el núcleo como
un cuenco de espagueti, sino que se concentran en un territorio
distinto que no se superpone extensamente con los territorios de
otros cromosomas (FIGURA 12-27).
La localización dentro del núcleo de un territorio cromosó-
mico dado puede no ser del todo aleatoria. En la micrografía
mostrada en la FIGURA 12-28, la cromatina que comprende el
cromosoma humano número 18 (mostrado en verde) ocupa un
territorio cerca de la periferia del núcleo, mientras que la croma-
tina del cromosoma número 19 (mostrada en rojo) se localiza
más centralmente dentro del organelo. Esta diferencia en la ubi-
cación nuclear puede estar relacionada con los niveles de activi-
dad de estos dos cromosomas: el cromosoma número 18 está
relativamente desprovisto de genes, mientras que el cromosoma
número 19 es rico en secuencias de proteínas de codificación,
muchas de las cuales se transcriben presumiblemente en estas
células. Se observa una disposición similar en los núcleos de las
mujeres, donde el cromosoma X inactivo se encuentra en un bor-
de del núcleo y el cromosoma X activo está situado internamente
(figura 12-17a).
Aunque normalmente los genes se transcriben mientras resi-
den dentro de sus territorios, las fibras de cromatina individuales
pueden extenderse desde estos territorios a distancias considera-
bles. Además, las secuencias de DNA que participan en una res-
puesta biológica común, pero que residen en cromosomas dife-

a) b)
FIGURA 12-27 Territorios cromosómicos. a) Tres y b) todos los 23 pares
de cromosomas humanos se detectaron mediante análisis por hibridación
fluorescente in situ, similar al descrito en la figura 12-22b), que permite
que cada cromosoma humano se distinga de otros y se represente por un
color identificable. Se encuentra que cada cromosoma ocupa un territorio
distinto dentro del núcleo.
Fuente: a) Tomado de Michael R Hubner y David L Spector, cortesía de
Irina Solovei; b) Tomado de Michael R Hubner y David L Spector, cortesía
de Irina Solovei y Andreas Bolzer, Annual Review of Biphysics
2010;471(39), fig. 1. Reproducido con permiso de Annual Reviews, Inc.
rentes, al parecer pueden unirse dentro del núcleo, donde pueden
influir en la transcripción genética. Las interacciones entre dife-
rentes loci se han revelado mediante la invención de una variedad
de técnicas que implican la “captura de conformación del cromo-
soma (3C)”. En este enfoque, las células se fijan mediante trata-
miento con formaldehído, lo que causa secuencias de DNA que
residen en estrecha proximidad dentro del núcleo para unirse de
forma cruzada covalentemente entre sí (se dice que son “captura-
das”). Después del proceso de fijación, el DNA se aísla y se some-
te a digestión mediante enzimas de restricción (sección 18-20), y
los productos de la digestión se analizan para determinar qué
FIGURA 12-28 Localización de cromosomas específicos dentro de un
núcleo interfásico. Micrografía del núcleo de un linfocito humano (teñido
de azul) que se sometió a hibridación fluorescente in situ de doble etique-
ta para visualizar los cromosomas números 18 y 19, que aparecen como
verde y rojo, respectivamente. El cromosoma 19, que contiene una mayor
densidad de genes que codifican proteínas que el cromosoma 18, tiende
a ubicarse más al centro dentro del núcleo de la célula.
Fuente: Tomado de Jenny A Croft, et al. J Cell Biol 1999;145:1119, fig. 1,
cortesía de Wendy A Bickmore. Reproducido con permiso de la
Rockefeller University Press.
secuencias de DNA en el genoma interactúan con una secuencia 481
de DNA dada (la secuencia “cebo”) en el tiempo de la fijación. Por
ejemplo, es posible que el investigador desee saber qué secuen-
cias de DNA interactúan a través del genoma con el locus de glo-
12.8 • El núcleo como un organelo organizado
bulina β durante la diferenciación de los eritrocitos en la médula
ósea. Las secuencias de DNA que se encuentran para interactuar
usando esta técnica son, por lo general, secuencias que están pre-
sentes en el mismo cromosoma. Esto es lo que se esperaría, por
ejemplo, entre un potenciador y un promotor para el mismo gen,
que se acercan mucho a lo que se muestra en la figura 12-48. Pero,
también se han encontrado numerosos ejemplos en los que las
secuencias de DNA que interactúan están presentes en diferentes
cromosomas. Un buen ejemplo de tales interacciones entre cro-
mosomas proviene de un estudio en el que se trataron células de
mama humanas cultivadas (versiones tanto normales como ma-
lignas) con la hormona estrógeno (FIGURA 12-29). El estrógeno
induce la transcripción de un gran número de genes blanco me-
diante su unión a un receptor de estrógeno (ER α). Dos de los
genes blanco de los estrógenos en los humanos son GREB1, ubi-
cado en el cromosoma 2, y TFF1, ubicado en el cromosoma 21.
Antes de tratar las células con estrógeno, los territorios de los
cromosomas 2 y 21 se encontraban en lugares distantes entre sí,
y los loci de los genes GREB1 y TFF1 estaban escondidos dentro
del interior de sus respectivos territorios cromosómicos (figura
12-29a). Sin embargo, pocos minutos después de que las células
se expusieran al estrógeno, estos dos territorios cromosómicos
volvieron a colocarse en estrecha proximidad física entre sí, y los
dos loci genéticos se agruparon en la periferia de sus territorios
(figura 12-29b). Estos estudios respaldan la idea de que los genes
se mueven físicamente a sitios dentro del núcleo llamados fábricas
de transcripción, donde se concentra la maquinaria de transcrip-
ción, y que los genes implicados en la misma respuesta tienden a
localizarse en la misma fábrica (figura 12-29c). Varias investiga-
ciones sugieren que el movimiento de los loci cromosómicos den-
tro del núcleo está impulsado por las interacciones actina-miosi-
na. Versiones más elaboradas de la técnica de captura de
conformación del cromosoma, conocidas como 5C y Hi-C, permi-
ten analizar interacciones para muchas regiones genómicas dife-
rentes al mismo tiempo y han demostrado la presencia de miles
de interacciones de asas de rango largo, la mayoría de las cuales
involucran interacciones de genes con promotores localizados
aproximadamente 100 kb corriente arriba. Se han ideado técnicas
matemáticas para utilizar tales datos de interacción de todo el
genoma, combinadas con modelos físicos de plegamiento de po-
límeros, para calcular la disposición estructural más probable del
genoma dentro del núcleo (FIGURA 12-30). El principal resultado
hasta ahora de tales estudios es que el genoma se empaqueta en
una serie de regiones, de cientos de kb de tamaño, de manera que
el DNA dentro de dicha región tiende a interactuar mucho más
fuertemente con otro DNA en la misma región, que con otras
partes del genoma. Estas regiones se conocen como dominios to-
pológicamente asociados (TADs, topologically associated domains).
Si bien se plantea la hipótesis de que los genes contenidos en un
TAD podrían estar regulados de forma coordinada, el impacto
real de estos niveles superiores de organización del genoma en la
expresión genética aún no se comprende bien y es un área impor-
tante de la investigación actual.
Otro ejemplo de la interrelación entre la organización nu-
clear y la expresión genética se ilustra en la FIGURA 12-31a). Esta
micrografía muestra una célula que ha sido teñida con un anti-
cuerpo fluorescente contra uno de los factores proteicos implica-
dos en el empalme previo de RNAm. En lugar de distribuirse de
manera uniforme a lo largo del núcleo, la maquinaria de proce-
samiento se concentra dentro de 20 a 50 dominios irregulares,
denominados “motas”. De acuerdo con la opinión actual, estos
puntos funcionan como depósitos de almacenamiento dinámico
que suministran factores de empalme para su uso en sitios cerca-
nos de transcripción. El punto verde en el núcleo de la figura
 482 Fábricas de
transcripción

Núcleo
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

C D

A B

a)
Territorio del
cromosoma 2

Territorio del cromosoma 1

b) c)

FIGURA 12-29 Las interacciones pueden ocurrir entre genes distantes, en respuesta a estímulos fisiológicos. a) Dos células derivadas de una línea de
cáncer de mama que no han sido tratadas con hormonas. Los territorios del cromosoma 2 y 21, que se han marcado de forma fluorescente en cada célu-
la, se colocan independientemente uno del otro dentro del núcleo. b) Dos de los mismos tipos de células de cáncer de mama se visualizaron 60 minutos
después del tratamiento con estrógenos. Las interacciones entre territorios de los cromosomas 2 y 21 ahora son evidentes. El examen de cerca muestra
la localización del locus TFF1 (en verde) en el cromosoma 21 y el locus GREB1 en el cromosoma 2 (en rojo). En este estudio, alrededor de la mitad de las
células tratadas con hormonas exhibieron interacciones bialélicas (es decir, ambos alelos TFF1 que interactúan con alelos GREB1) como se describe aquí.
c) Dibujo que ilustra cómo los genes en diferentes regiones del mismo cromosoma (A y B), o en diferentes cromosomas (C y D), pueden unirse dentro del
núcleo. En algunos casos, las secuencias de DNA de loci distantes pueden influir mutuamente en la actividad de transcripción, y en otros casos, estos ge-
nes distantes pueden, simplemente, compartir un conjunto común de proteínas involucradas en el proceso de transcripción.
Fuente: a, b) Tomado de Qidong Hu, et al. Proc Nat’l Acad Sci USA 2008;105:19200, fig. 2b y 2c. © 2008, Academia Nacional de Ciencias, Estados
Unidos. Cortesía de Michael G. Rosenfeld.

12-31a) es un gen viral que se transcribe cerca de una de las

FIGURA 12-30 Empaquetado global del genoma dentro del núcleo. Al
combinar las mediciones de las interacciones cromosómicas de Hi-C con
modelos físicos de polímeros, ha sido posible reconstruir modelos de có-
mo el genoma humano se empaqueta dentro del núcleo. La imagen aquí
muestra un modelo teórico conocido como glóbulo fractal que predice
con exactitud las características estadísticas de los resultados Hi-C, lo que
sugiere que tal disposición puede representar la organización del genoma
en la escala en megabase.
Fuente: Tomado de Erez Lieberman-Aiden, et al. Science 2009;326:289-
293, reproducido con permiso de AAAS.
motas. Las micrografías de la figura 12-31b) muestran un rastro
de factores de corte y empalme que se extienden desde un domi-
nio de moteado hacia un sitio cercano donde la síntesis de pre-
mRNA se ha activado recientemente. Las diversas estructuras
del núcleo, incluidos los nucléolos y las motas, son comparti-
mientos dinámicos y en estado estacionario con sus partes com-
ponentes que se mueven de manera constante dentro y fuera de
las estructuras. Si esa actividad está bloqueada, el compartimien-
to simplemente desaparece, a medida que sus materiales se dis-
persan en el nucleoplasma.
Además de nucléolos y motas, a menudo se observan bajo el
microscopio otros varios tipos de cuerpos nucleares (p. ej., cuer-
pos de Cajal, GEMs y cuerpos de PML). Cada uno de estos cuer-
pos nucleares contiene un gran número de proteínas que entran
y salen de la estructura de manera dinámica. Debido a que nin-
guno de estos cuerpos nucleares está encerrado por una membra-
na, no se requieren mecanismos de transporte especiales para
estos movimientos a gran escala. Se han atribuido varias funcio-
nes a estas estructuras nucleares, pero siguen estando mal defini-
das. Además, parece que no son esenciales para la viabilidad ce-
lular, por lo que no serán más tema de análisis.
REPASO
1. Describa algunas de las observaciones que sugieren que el
núcleo es un compartimiento ordenado.
 483

12.9 • Descripción general de la regulación genética en eucariotas

BKV-IE RNA

0' 20' 60'

a) b)

FIGURA 12-31 Compartimentación nuclear de la maquinaria de procesamiento de mRNA de la célula. a) El núcleo de una célula teñida con anticuer-
pos fluorescentes contra uno de los factores implicados en el procesamiento de premRNA. La maquinaria de procesamiento de mRNA está localizada en,
aproximadamente, 30 a 50 sitios discretos, o “motas”. La célula que se muestra en esta micrografía se ha infectado con citomegalovirus, cuyos genes
(que se muestran como un punto verde) se transcriben cerca de uno de estos dominios. b) Las células cultivadas se transfectaron con un virus, y la trans-
cripción se activó mediante la adición de AMP cíclico. Las imágenes se ven en varios momentos después de la activación transcripcional. El sitio de
transcripción del genoma viral en esta célula está indicado por las flechas. Este sitio se reveló al final del experimento mediante la hibridación del RNA vi-
ral con una sonda marcada con fluorescencia (indicada por la flecha blanca en el cuarto marco). Los factores de empalme de premRNA (naranja) forman
un rastro de las motas existentes en la dirección de los genes que se transcriben.
Fuente: a) Tomado de Tom Misteli y David L Spector. Curr Opin Cell Biol 1998;10:324, con permiso de Elsevier; b) De Tom Misteli, Javier F Caceres y
David L Spector. Nature 1997;387:525, reimpreso con permiso de Macmillan Publishers Ltd.

han clonado con éxito más de una docena de otros mamíferos,

12.9 Descripción general de la
regulación genética en eucariotas
Además de poseer un genoma que contiene decenas de miles de
genes, las plantas y animales complejos se componen de muchos
tipos diferentes de células. Los vertebrados, por ejemplo, están
compuestos por cientos de tipos de células distintas, cada una
mucho más compleja que una célula bacteriana y cada una re-
quiere una batería distinta de proteínas y RNA que le permiten
llevar a cabo actividades especializadas. Los investigadores lucha-
ron durante muchos años para demostrar que cada célula en un
organismo multicelular complejo contenía todos los genes nece-
sarios para convertirse en cualquier otra célula en ese organismo.
A fines de la década de 1950, finalmente dos investigadores, uno
que trabajaba con plantas y otro, con animales, obtuvieron una
convincente evidencia de esta hipótesis ampliamente aceptada.
Uno de estos experimentos clave fue llevado a cabo por Frederick
Steward y sus colegas de la Universidad de Cornell, quienes de-
mostraron que una célula de la raíz de una planta madura aislada
podría inducirse para convertirse en una planta completamente
desarrollada, que contuviera todos los tipos de células presentes
normalmente. En el segundo experimento, John Gurdon, de la
Universidad de Oxford, probó que se podía extraer un núcleo de
una célula intestinal diferenciada de un renacuajo de Xenopus,
trasplantarlo a un huevo cuyo propio núcleo había sido destruido,
y que el óvulo receptor que contenía el núcleo del donante podía
convertirse en un anfibio adulto normal. Se demostró que todos
los núcleos presentes en este animal clonado se derivaban del
núcleo tomado de la célula somática. En otro experimento histó-
rico más reciente, el grupo de Ian Wilmot, en Escocia, pudo clo-
nar una oveja (Dolly) mediante el trasplante de núcleos derivados
de células cultivadas de la glándula mamaria en óvulos no fertili-
zados, cuyos cromosomas se habían eliminado (FIGURA 12-32).
Estos experimentos establecieron que todo el conjunto de ins-
trucciones genéticas están presentes en las células adultas y pue-
den apoyar el desarrollo de un organismo completo en las condi-
ciones adecuadas. Desde el nacimiento de Dolly, los investigadores
incluidos ratones, vacas, cabras, cerdos, conejos y gatos. Por tan-
to, no es la presencia o ausencia de genes en una célula lo que
determina las propiedades de esa célula, sino cómo se utilizan
esos genes. Esas células que se convierten en células hepáticas,
por ejemplo, lo hacen porque expresan un conjunto específico de
“genes hepáticos”, mientras que, al mismo tiempo, reprimen
aquellos genes cuyos productos no están implicados en la función
hepática.
El éxito de los experimentos de clonación descritos antes llevó
a la conclusión de que el estado transcripcional de una célula di-
ferenciada, que a su vez depende del estado epigenético de su
cromatina, no es irreversible. Durante un experimento de clona-
ción, el núcleo de una célula diferenciada puede dejar de expresar
los genes del tejido adulto del que se toma y comenzar a expre-
sar selectivamente los genes que son apropiados para el óvulo
activado en el que de pronto se encuentra. Se puede concluir, a
partir de estos experimentos de clonación, que un núcleo de una
célula diferenciada puede ser reprogramado por factores que resi-
den en el citoplasma de su nuevo entorno. El tema de la expre-
sión genética selectiva, que reside en el corazón de la biología
molecular, ocupará el resto de este capítulo.
La célula bacteriana promedio contiene suficiente DNA para
codificar cerca de 3 000 polipéptidos, de los cuales alrededor de
un tercio se expresa normalmente en un momento determinado.
Compare esto con una célula humana que contiene suficiente
DNA (6 mil millones de pares de bases) para codificar varios mi-
llones de polipéptidos diferentes. Aunque la gran mayoría de este
DNA en realidad no contiene información de codificación de pro-
teínas, se estima que una célula típica de mamífero fabrica, al
menos, 5 000 polipéptidos diferentes en un momento dado.
Muchos de estos polipéptidos, como las enzimas de la glucólisis
y los transportadores de electrones de la cadena respiratoria, se
sintetizan prácticamente en todas las células del cuerpo. Al mis-
mo tiempo, cada tipo de célula sintetiza proteínas que son únicas
para ese estado diferenciado. Son estas proteínas, más que cual-
quier otro componente, las que le otorgan a cada tipo de célula
sus características únicas.
 484 cuatro niveles distintos, como se ilustra en la descripción general
de la FIGURA 12-33:
ve

B
ja s a 1. Los mecanismos de control de la transcripción determi-
de la c e p

A
ve p

a
O
ja s d e la ce
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

nan si un gen particular puede transcribirse y, de ser así, con

Óvulo
Cultivo celular
(principalmente
de células epiteliales)
Preparar el cultivo
celular del tejido de
la glándula mamaria
qué frecuencia.
2. Los mecanismos de control de procesamiento determinan
la vía por la cual la transcripción de mRNA primario (premR-
NA) se procesa en un RNA mensajero que se puede traducir
en un polipéptido.
3. Los mecanismos de control de la traducción determinan si
un mRNA en particular se traduce realmente y, de ser así, con
qué frecuencia y durante cuánto tiempo.
4. Los mecanismos de control postraduccionales regulan la
actividad y la estabilidad de las proteínas.

Eliminar cromosomas Reducir el nivel sérico En las siguientes secciones de este capítulo, se considerará
de óvulo en cultivo para detener cada una de estas estrategias regulatorias a su vez.
el crecimiento y la división
Fusionar óvulo
con células cultivadas
y activar REPASO
1. ¿Cuáles son los cuatro niveles en los que la expresión genéti-
ca puede estar regulada en las células eucariotas?
Óvulo enucleado

Células en
fase detenida
(G0)
Gen 1 Gen 2 Gen 3

ve Control de nivel
O

ja s a RNA nacientes
de la c e p transcripcional
Transcripción
primaria
Exón 1 Exón 2 Exón 3 Exón 4
Intrón Intrón Intrón

FIGURA 12-32 La clonación de animales demuestra que los núcleos

conservan un complemento completo de información genética. En este 1 2 3 1 2 4
Control de nivel o
experimento, un óvulo enucleado de una oveja de una raza se fusionó de procesamiento
con una glándula mamaria de una hembra de otra raza. El óvulo activado
se convirtió en un cordero saludable. Debido a que todos los genes en el
cordero recién nacido debieron derivarse del núcleo de la célula mamaria
(lo que se demostró mediante el uso de marcadores genéticos), este ex- Control de nivel
perimento confirma la creencia generalizada de que las células diferencia- transduccional
das conservan toda la información genética originalmente presente en el Inhibidor
cigoto. La principal dificultad que, por lo general, se encuentra en los ex-
perimentos de trasplante nuclear ocurre cuando el núcleo de una célula
somática activa (no germinativa) se sumerge, de modo repentino, en el ci-
toplasma de un óvulo relativamente inactivo. Para evitar dañar el núcleo
del donante, las células cultivadas fueron forzadas a un estado inactivo Polipéptidos nacientes
(llamado G0), al reducir, de manera drástica el contenido de suero en el
medio de cultivo.
Control de nivel
postraduccional Proteasoma
Considere la situación que enfrenta un glóbulo rojo en desa-
rrollo dentro de la médula de un hueso humano. De todos los
cientos de tipos diferentes de células en el cuerpo humano, sólo
aquellas en el linaje que conducen a los glóbulos rojos produ-
cen la proteína hemoglobina. Además, la hemoglobina represen- t½
ta más de 95% de la proteína de un glóbulo rojo, sin embargo, los
genes que codifican los dos polipéptidos de hemoglobina repre- Polipéptido Fragmentos
sentan menos de una millonésima parte del DNA total de la célu-
la en desarrollo. La célula no sólo tiene que encontrar esta aguja
genética en el pajar cromosómico, sino que debe regular su ex- FIGURA 12-33 Regulación de genes eucariotas. Los controles de nivel
presión a tal grado, que la producción de estos pocos polipépti- transcripcional operan al determinar qué genes se transcriben y con qué
dos se convierta en la actividad sintética dominante de la célula. frecuencia; los controles de nivel de procesamiento operan al determinar
qué partes de las transcripciones primarias pasan a formar parte del con-
Debido a que la cadena de eventos que conduce a la síntesis de junto de mRNA celulares; los controles de nivel transduccional regulan si
una proteína particular incluye una serie de pasos discretos, hay un mRNA particular se traduce y, de ser así, con qué frecuencia y durante
varios niveles en los que se puede ejercer control. La regulación cuánto tiempo, y los controles de nivel postransduccional determinan la
de la expresión genética en las células eucariotas se analizará en longevidad de proteínas específicas.

12.10 Generación de perfiles
de la actividad genética
Al igual que en las células procariotas, la transcripción genética
diferencial es un mecanismo clave por el cual las células eucario-
tas activan o reprimen la expresión genética. Las células expresan
diferentes genes en diferentes etapas de desarrollo embrionario,
células en diferentes tejidos y células que están expuestas a dife-
rentes tipos de estímulos. Un ejemplo de expresión genética es-
pecífica de tejido se muestra en la FIGURA 12-34. En este caso, un
gen que codifica una proteína específica del músculo se transcri-
be en las células de un embrión de ratón, lo que dará lugar al te-
jido muscular.
De vez en cuando se inventa una nueva tecnología que cam-
bia básicamente la forma en que se abordan ciertos tipos de pro-
blemas en la biología. Dos de esas tecnologías son microarray de
DNA (o “chips de DNA”) y secuenciación de RNA (RNA-Seq,
RNA sequencing). Estas técnicas permiten generar un perfil simul-
táneo de la actividad de todos los genes en un organismo o tipo
de célula, a diferencia de las técnicas anteriores, que se limitaban
en su mayoría a analizar sólo uno o algunos pocos genes a la vez.
En ambos enfoques, el RNA primero se aísla de las células, teji-
dos u organismos completos, luego, las dos técnicas divergen,
según los medios mediante los cuales se analizan los patrones de
expresión genética.
Microarrays de DNA
De inicio, se examinará el uso de un microarray para identificar
genes que se expresan de manera diferente entre las cepas de le-
vadura cultivadas, ya sea 1) en presencia de glucosa o 2) a medida
que se agota la glucosa y la levadura comienza a utilizar etanol
como fuente de carbono (FIGURA 12-35). La figura 12-35a) de esta
imagen proporciona un resumen de los pasos básicos que se dan
en este tipo de experimento; estos pasos pueden describirse bre-
vemente de la siguiente manera:
FIGURA 12-34 Demostración experimental de la expresión genética es-
pecífica tisular. La transcripción del gen de la miogenina se activa especí-
ficamente en aquellas partes de este embrión de ratón de 11.5 días de vi-
da (el miotoma de los somitas) que dará lugar al tejido muscular. La
fotografía muestra un embrión de ratón transgénico que contiene la región
reguladora del gen de la miogenina colocado corriente arriba de un gen
de β-galactosidasa bacteriana, que actúa como informador. El gen de
β-galactosidasa se emplea, por lo común, para controlar la expresión es-
pecífica del tejido de un gen, porque la presencia de la enzima β-galacto-
sidasa se revela con facilidad por el color azul que se produce en una sim-
ple prueba histoquímica. La activación de la transcripción, que resulta de
los factores de transcripción que se unen a la región reguladora del gen
de la miogenina, se ha producido en las células teñidas de azul.
Fuente: Tomado de TC Cheng, et al. Cortesía de Eric N Olson. J Cell Biol
1992;119:1652, reproducido con permiso de la Rockefeller University Press.
1. Los fragmentos de DNA que representan los genes individua- 485
les que se estudiarán se generan utilizando las técnicas que se
discuten en el capítulo 18. En el caso descrito en el paso a, en
la parte inferior de la figura 12-35a), hay un pequeño volumen
12.10 • Generación de perfiles de la actividad genética
en cada pocillo de la placa que contiene un gen de levadura
clonado específico. Los distintos pocillos contienen genes di-
ferentes. Los DNA clonados se detectan, uno a la vez, en una
matriz ordenada en un portaobjetos de vidrio, mediante un
instrumento automático que entrega unos pocos nanolitros
de una solución concentrada de DNA en un punto específico
en el portaobjetos (paso b). En el paso c, se muestra una mi-
cromatriz de DNA completo. Usando esta técnica, se pueden
detectar fragmentos de DNA de miles de genes diferentes o
incluso genomas completos en ubicaciones conocidas en una
superficie de vidrio.
2. Mientras tanto, los mRNA presentes en las células que se es-
tudian se purifican (paso 1, figura 12-35a) y se convierten en
una población de DNA complementarios (cDNA, complemen-
tary DNA) marcados con fluorescencia (paso 2). (El método
para la preparación de cDNA se describe en la figura 18-46.)
En el ejemplo ilustrado en la figura 12-35, y discutido a conti-
nuación, los cDNA se preparan a partir de dos poblaciones de
células diferentes, una marcada con tinte verde fluorescente y
la otra con tinte rojo fluorescente. Las dos preparaciones de
cDNA marcadas se mezclan (paso 3) y luego se incuban con el
portaobjetos que contiene el DNA inmovilizado (paso 4).
3. Aquellos DNA en la micromatriz que se hibridaron con un
cDNA marcado se identifican mediante el examen del por-
taobjetos bajo un microscopio de fluorescencia (paso 5).
Cualquier punto en la micromatriz que muestre fluorescencia
representa un gen que ha sido transcrito en las células que se
están estudiando.
La figura 12-35b) muestra los resultados reales de este experi-
mento. Cada punto en la micromatriz de la figura 12-35b) contie-
ne un fragmento de DNA inmovilizado de un gen diferente en el
genoma de la levadura. Tomados en conjunto, los puntos contie-
nen DNA de todos los, aproximadamente, 6 200 genes de codifi-
cación de proteínas presentes en una célula de levadura. Como se
discutió antes, esta micromatriz de DNA particular se hibridó
con una mezcla de dos poblaciones de cDNA diferentes. Una po-
blación de cDNA, que se marcó con un colorante fluorescente
verde, se preparó a partir de los mRNA de células de levadura
cultivadas en presencia de una alta concentración de glucosa. A
diferencia de la mayoría de las células, cuando las células de leva-
dura de panadero se cultivan en presencia de glucosa y oxígeno,
obtienen su energía mediante glucólisis, convirtiendo rápida-
mente la glucosa en etanol (sección 03.10). La otra población de
cDNA, que se marcó con un colorante fluorescente rojo, se pre-
paró a partir de los mRNA de las células de levadura que crecían
aeróbicamente en un medio rico en etanol, pero que carecía de
glucosa. Las células que crecen en estas condiciones obtienen su
energía mediante la fosforilación oxidativa, que requiere las enzi-
mas del ciclo de TCA (p. 173). Las dos poblaciones de cDNA se
mezclaron, se hibridaron con las sondas de DNA en la microma-
triz, y el portaobjetos se examinó con un microscopio de fluores-
cencia. Los genes que están activos en uno u otro medio de creci-
miento aparecen como manchas verdes o rojas en la micromatriz
(paso 5, figura 12-35a,b). Estos puntos que permanecen despro-
vistos de color en la figura 12-35 representan genes que no se
transcriben en estas células en ningún medio de crecimiento,
mientras que aquellos puntos que tienen una fluorescencia ama-
rilla representan genes que se transcriben en células en ambos
tipos de medios. En el recuadro se muestra un detalle de una
pequeña porción de la micromatriz.
Los resultados experimentales que se muestran en la figura
12-35b identifican los genes transcritos en células de levadura en
dos condiciones de crecimiento diferentes. Pero igual de impor-
 486

Células de levadura que

CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

Células de levadura que crecen

en medio rico en glucosa crecen en medio rico en
etanol que carece de glucosa

Extrae y purifica Extrae y purifica

los mRNA 1 los mRNA

mRNA mRNA

Sintetiza cDNA que Sintetiza cDNA

contienen colorante que contienen
verde fluorescente colorante
Cy3 2 fluorescente
rojo Cy5

b)

Glucosa
cDNA cDNA
Densidad celular
3

Mezclar dos poblaciones de cDNA

Etanol

4 5
Incubar
la micromatriz
con mezcla de
población de
cDNA
c
+
c)

Micromatriz de DNA completado

Aplicación del punto de

b DNA en el portaobjetos

Colocar DNA de cada

pocillo en el portaobjetos

a Clones de DNA (cada

pocillo contiene un gen
de levadura diferente)

reprimido inducido
a) d)

tante es que también proporcionan información sobre la abun- senta un gen cuyas transcripciones son abundantes en células de
dancia de mRNA individuales en las células, que es proporcional levadura cultivadas en glucosa, pero se reprimen en células de le-
a la intensidad de la fluorescencia de un punto. Un punto que vadura cultivadas en etanol. Las concentraciones de mRNA indi-
muestra una fluorescencia verde muy fuerte, por ejemplo, repre- viduales pueden variar en más de 100 veces en las células de le-
FIGURA 12-35 Micromatriz de DNA y análisis de la expresión genética.
a) Pasos en la construcción de una micromatriz de DNA. La preparación de
los cDNA (es decir, DNA que representa los mRNA presentes en una célu-
la) usados en el experimento se muestran en los pasos 1-3. La preparación
de la micromatriz de DNA se muestra en los pasos a-c. La mezcla de cDNA
Secuenciación de RNA 487
En los últimos años, las micromatrices se suplantan gradualmen-
te por una nueva tecnología llamada secuenciación de RNA
(RNA-Seq) que depende de la secuenciación de pequeños frag-

12.10 • Generación de perfiles de la actividad genética

se incuba con la micromatriz en el paso 4 y se muestra un resultado hipo-
tético en el paso 5. La intensidad del color del punto es proporcional al nú- mentos de cDNA derivados de RNA, que brindan la capacidad de
mero de cDNA que allí se encuentran. b) Resultados de un experimento analizar de manera global los patrones de expresión genética. En
que usa una mezcla de cDNA que representa mRNA transcritos de células lugar de hibridar fragmentos de cDNA con chips de DNA, como
de levadura (1) en presencia de glucosa (cDNA marcado con verde) y (2) en se muestra en el experimento de micromatrices anteriores, los
presencia de etanol, después de que se ha agotado la glucosa (cDNA mar- fragmentos de cDNA se secuencian directamente y luego se utili-
cado en rojo). Esos puntos que muestran fluorescencia amarilla correspon-
zan los enfoques computacionales para mapear los fragmentos de
den a genes que se expresan en ambas condiciones de crecimiento. El re-
cuadro de la esquina inferior derecha muestra un primer plano de una vuelta al genoma. Este enfoque permite a los investigadores iden-
pequeña porción de la micromatriz. Los detalles de este experimento se tificar cada fragmento, volver a ensamblarlos en transcripciones
discuten en el texto. c) Gráfico que muestra los cambios en las concentra- completas y cuantificar los niveles exactos de cada una de las
ciones de glucosa y etanol en los medios y en la densidad celular durante transcripciones de RNA, proporcionando un perfil de los patro-
el experimento. En un inicio, las células de levadura consumen glucosa, nes de expresión genética de las células que se estudian. Las últi-
luego el etanol que produjeron por fermentación, y finalmente dejan de
mas tecnologías de secuenciación permiten análisis precisos a
crecer después de agotar ambas fuentes de energía química. d) Cambios
en la expresión de genes que codifican enzimas del ciclo TCA durante el partir de una sola célula valida de RNA.
transcurso del experimento. Cada fila horizontal representa el nivel de ex- La FIGURA 12-36 muestra un experimento que combina mi-
presión de un gen particular en diferentes periodos. Los nombres de los cromatrices de DNA y secuenciación de RNA, para identificar
genes se proporcionan a la derecha (véase figura 5-7 para las enzimas). genes expresados de manera diferencial entre líneas celulares de
Los cuadrados rojos brillantes indican el nivel más alto de expresión gené- cáncer de mama que expresan el receptor de estrógeno (ER) o no.
tica, los cuadrados verdes brillantes indican el nivel más bajo de expresión.
La expresión de los genes que codifican las enzimas del ciclo de TCA se
induce a medida que las células comienzan a metabolizar el etanol y se re-
prime cuando se ha agotado el etanol.
Fuente: b-c): Cortesía de Patrick O Brown. Véase Joseph DeRisi, et al.
Science 1997;278:680 y Tracy L Ferea y Patrick O Brown. Curr Opin Gen
Develop 1999:715. Current Opinion in Genetics & Development por
Elsevier Ltd. Reproducido con permiso de Elsevier Ltd. en el formato de
reutilización en un libro/libro de texto a través de Copyright Clearance
Center; d) Cortesía de Patrick O Brown.

vadura. La técnica es tan sensible que se puede detectar un mRNA

5
a un nivel de menos de una copia por célula.
La figura 12-35c muestra los cambios en la concentración de
glucosa y etanol en el transcurso de un experimento. La glucosa
se metaboliza con rapidez por las células de levadura, lo que lleva
a la desaparición del azúcar en unas pocas horas. El etanol pro-
ducido por la fermentación de la glucosa se metaboliza entonces
de manera gradual por las células de levadura durante los próxi-
mos cinco días, hasta que finalmente desaparece del medio. La
figura 12-35d) muestra los cambios en el nivel de expresión de los
genes que codifican las enzimas del ciclo de TCA durante la mar-
cha de este experimento. Los niveles de expresión de cada gen
(marcados a la derecha) se muestran en intervalos de tiempo
(marcados en la parte superior), usando tonos de rojo, para repre-
sentar aumentos en la expresión, y tonos de verde, para represen-
tar disminuciones en la expresión. Es evidente que la transcrip-
ción de los genes que codifican las enzimas TCA se estimula
cuando las células se adaptan al crecimiento en una fuente de
carbono (etanol) que se metaboliza mediante la respiración aeró-
bica y luego se reprime cuando se agota el etanol.
En el presente, se está empleando la micromatriz de DNA
para estudiar los cambios en la expresión genética que se produ-
cen durante una amplia variedad de eventos biológicos, como la
división celular y la transformación de una célula normal en una
célula maligna. Incluso es posible estudiar la diversidad de RNA FIGURA 12-36 Perfil de transcripción para personalizar la terapia de
cáncer de mama. Micromatrices y tecnologías de secuenciación de RNA
producidos por una sola célula tumoral, una vez que los cDNA se
se utilizaron para examinar los patrones de expresión de genes en 76 re-
amplifican por PCR. Ahora que se han secuenciado varios geno- ceptores de estrógenos positivos y 53 receptores de estrógenos negati-
mas eucariotas, los investigadores tienen una variedad ilimitada vos. Cada columna de pequeños cuadrados dentro de la micromatriz
de genes cuya expresión se puede monitorear bajo diferentes con- muestra los resultados de un solo paciente con cáncer. Los datos de pa-
diciones. cientes ER+ se muestran a la izquierda y de pacientes ER– a la derecha.
Se identificaron un total de 179 genes (enumerados en la columna a la de-
recha de la micromatriz) que se expresan diferencialmente entre los dos
5
Las diferencias en la abundancia de mRNA probablemente reflejen las grupos. La capacidad de definir un retrato molecular de los tumores que
diferencias en la estabilidad del mRNA (p. 506), así como en las tasas de responderán a la terapia hormonal puede personalizar el tratamiento del
transcripción. En consecuencia, los resultados obtenidos de la micromatriz cáncer de mama.
de DNA no pueden interpretarse únicamente sobre la base del control de Fuente: Tomado de Zhifu Sun, et al. Cortesía de E. Aubrey Thompson.
nivel transcripcional. PLoS ONE 6 2011;E17490.
 488 Esto es importante, porque los protocolos de tratamiento difieren
Tcf3 Stat3 E2f1
en dependencia de si un cáncer de mama en particular expresa
ER. Los resultados experimentales que se muestran en la figura Smad1 Nanog Esrrb Klf2 Klf5 Zfx
12-36 examinaron 129 tumores diferentes de cáncer de mama,
Sall4 Oct4 Sox2 Klf4 n-Myc
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

para la expresión de 149 genes que se segregan entre los tumores Oct4
ER– y ER+. Las diferencias están representadas por cambios en
azul (baja expresión) o rojo (expresión alta), y demuestran que FIGURA 12-37 Control combinatorio de la transcripción. La transcripción
tales análisis pueden identificar el genotipo de una biopsia de del gen Oct4 requiere la acción de múltiples factores de transcripción que
cáncer de mama, lo que brinda a los médicos la oportunidad de se unen corriente arriba del sitio de inicio de la transcripción. Oct4 es el
personalizar la terapia. Estos enfoques tecnológicos tienen mu- gen más importante (es decir, el menos prescindible) para mantener el es-
chos usos potenciales, además de proporcionar un retrato visual tado pluripotente en las células madre embrionarias. Tenga en cuenta que
de la expresión genética. Por ejemplo, pueden usarse para deter- el factor de transcripción Oct4 tiene un papel en la regulación de la trans-
cripción del gen Oct4.
minar el grado de variación genética en poblaciones humanas o
Fuente: Tomado de Ng Huck-Hui y MA Surani. Nature Cell Biology
para identificar los alelos para genes particulares que un indivi-
2011;13:490. Nature Cell Biology by Nature Publishing Group. Reproducido
duo porta. Se espera, algún día, que esta última información pue- con el permiso de Nature Publishing Group en el formato de reutilización
da aconsejar a las personas sobre las enfermedades a las que pue- en un libro/libro de texto a través de Copyright Clearance Center.
den ser susceptibles durante su vida, brindándoles la oportunidad
de tomar medidas preventivas tempranas.
cooperativa entre factores de transcripción vecinos se ilustra en la
REPASO FIGURA 12-38 y se analiza, con más detalle, en la página 491. En
1. ¿Qué pasos son similares en el análisis de micromatrices y la cierto sentido, la región reguladora de un gen puede considerarse
secuenciación de RNA, y qué pasos son diferentes? como un tipo de centro de integración para la expresión de ese
gen. Las células expuestas a diferentes estímulos responden sin-
tetizando diferentes factores de transcripción, que se unen a dife-
rentes sitios en el DNA. El grado en que se transcribe un gen
12.11 Papel de los factores de dado depende de la combinación particular de factores de trans-
transcripción en la regulación cripción unidos a los elementos reguladores en corriente arriba.
Dado que alrededor de 5 a 10% de los genes codifican factores de
de la expresión genética transcripción, es evidente que es posible un número virtualmente
ilimitado de combinaciones de interacciones entre estas proteí-
Se ha logrado un gran progreso al dilucidar cómo ciertos genes
nas. Cuando esto se conecta con el hecho de que los sitios de
pueden transcribirse en una célula particular, mientras que otros
unión para estos factores varían de un gen a otro, la combinación
genes permanecen inactivos. El control de la transcripción está
de la presencia o ausencia de un factor dado y la afinidad de
orquestado por un gran número de proteínas, llamadas factores
unión variable para cada factor permite la variación precisa en los
de transcripción. Como se discutió en el capítulo 11, estas pro-
teínas se pueden dividir en dos clases funcionales: factores de
transcripción generales, que se unen a los sitios centrales del pro-
motor en asociación con la RNA polimerasa (p. 417), y factores de
transcripción de secuencia específicos, que se unen a varios sitios
reguladores de genes particulares. Este último grupo de factores
de transcripción puede actuar como activadores transcripcionales,
que estimulan la transcripción del gen adyacente, o represores
transcripcionales, que inhiben la transcripción. Esta sección se
centra sobre los activadores transcripcionales, cuyo trabajo con-
siste en unir sitios reguladores específicos dentro del DNA e ini-
ciar el reclutamiento de una gran cantidad de complejos proteicos
que provocan la transcripción real del propio gen.
Se conoce la estructura detallada de muchos factores de trans-
cripción y cómo interactúan con sus secuencias de DNA blanco.
Los genes individuales generalmente están controlados por mu-
chos sitios reguladores de DNA diferentes, que se unen a una
combinación de distintos factores de transcripción (FIGURA 12-37).
Por el contrario, un solo factor de transcripción puede unirse a
numerosos sitios alrededor del genoma, controlando así la expre-
sión de una gran cantidad de genes diferentes. Cada tipo de célu-
la tiene un patrón característico de transcripción genética, que
está determinado por el complemento particular de los factores
de transcripción contenidos en esa célula.
El control de la transcripción genética es compleja, regulado
por la presencia de múltiples sitios de unión para los factores de FIGURA 12-38 Interacciones entre factores de transcripción unidos a di-
transcripción y la afinidad de unión, por estos factores de trans- ferentes sitios en la región reguladora de un gen. Esta imagen muestra
cripción, a cada secuencia. Los factores de transcripción han pre- la estructura terciaria de dos factores de transcripción separados, NFAT-1
ferido los sitios de unión de alta afinidad. Una región en corriente (verde) y AP-1 (cuyas dos subunidades se muestran en rojo y azul) unidos
al DNA en corriente arriba de un gen de citocina involucrado en la res-
arriba de un gen dado podría contener uno o más sitios preferi- puesta inmune. La interacción cooperativa entre estas dos proteínas alte-
dos de alta afinidad o sitios con una secuencia ligeramente dife- ra la expresión del gen de la citocina. La barra gris traza el camino de la
rente que se unen con una afinidad más baja. Por lo general, para hélice del DNA, que se dobla como resultado de esta interacción proteí-
activar la transcripción, se requiere de la unión de múltiples fac- na-proteína.
tores de transcripción. Un ejemplo de este tipo de interacción Fuente: Tom K Kerppola. Estructura 1998;6:550, con permiso de Elsevier.
patrones de expresión genética entre células de tipo, tejido, etapa
de desarrollo y estados fisiológicos diferentes.
El fenotipo de una célula diferenciada, como un fibroblasto o
una célula epitelial, es, en general, bastante estable. Sin embargo,
estas células pueden ser inducidas a adoptar nuevos fenotipos, si
se ven obligadas a expresar ciertos genes que no es usual que
expresen. Se demostró a fines de la década de 1980, por ejemplo,
que era posible inducir a los fibroblastos del tejido conjuntivo a
convertirse en células musculares, al obligar a las células a expre-
sar un único factor de transcripción específico del tejido, MyoD
(que se muestra en la figura 12-42a). Como resultado de este y
otros experimentos, MyoD se hizo conocido como un “factor re-
gulador maestro”, que desempeña un papel clave en la dirección
de la diferenciación del tejido muscular en los embriones en de-
sarrollo. Otro ejemplo del “poder” de los factores de transcripción
en la determinación del fenotipo de una célula se muestra en la
FIGURA 12-39, que expone el resultado espectacular de un expe-
rimento, en el que un gen de la mosca de la fruta llamado “sin
ojos” se ha expresado en células que normalmente no expresarían
este gen. En este caso, células de la pata en desarrollo. La expre-
sión de sin ojos activa una vía de desarrollo que conduce a la
formación de un ojo situado en una ubicación muy inusual del
cuerpo. Al igual que MyoD en el desarrollo muscular de los ver-
tebrados, el factor de transcripción sin ojos puede considerarse
como un factor regulador principal en el desarrollo de los ojos en
estos insectos.
Los experimentos más impresionantes para probar el poder
de los factores de transcripción en la dirección de las transforma-
ciones fenotípicas se han centrado en las células madre embrio-
narias (ES). Como se discutió en Perspectiva humana del capítulo
1 (sección 1.6), las células madre embrionarias (ES) aparecen muy
temprano en el desarrollo de un embrión de mamífero y exhiben
dos propiedades clave: son 1) capaces de autorrenovación indefi-
nida y 2) son pluripotentes, es decir, capaces de diferenciarse en
todos los distintos tipos de células en el cuerpo. Se sabía, desde
hace varios años, que estas células madre pluripotentes tenían un
conjunto particular de factores de transcripción que desempeña-
ban un papel importante en el mantenimiento de su autorrenova-
ción y estado pluripotente. La importancia de estos factores de
transcripción en la biología de las células ES fue demostrada por
Shinya Yamanaka y Kazutoshi Takahashi, en el 2006, cuando in-
Ojo
FIGURA 12-39 Conversión fenotípica inducida por la expresión anormal
de un único factor de transcripción. La pata de esta mosca de la fruta tie-
ne un ojo completamente formado, que se desarrolló como resultado de
la expresión forzada del gen sin ojos dentro de las células del primordio
de la pata, durante el desarrollo de este insecto.
Fuente: Cortesía de Walter Gehring, Universidad de Basilea.
trodujeron los genes de 24 factores de transcripción distintos en 489
fibroblastos adultos de ratón. Más tarde, encontraron que la in-
troducción de una combinación de genes que codificaban sólo
cuatro factores de transcripción específicos (4Oct, Sox2, Myc y
12.12 • Estructura de los factores de transcripción
Klf4) era suficiente para reprogramar los fibroblastos diferencia-
dos, convirtiéndolos en células indiferenciadas que se comporta-
ban como células ES pluripotentes. El proceso de reprogramación
celular no ocurre dentro de una generación de células individua-
les, sino de manera gradual, mientras las células se dividen en
cultivo. A medida que las células se reprograman, los cuatro ge-
nes introducidos se silencian, mientras se activan los genes endó-
genos de las células que gobiernan la pluripotencia. La reprogra-
mación va acompañada de una reorganización de la cromatina,
de tal manera que, en su mayor parte, las marcas epigenéticas
(modificaciones de histonas y patrones de metilación de DNA) de
la célula diferenciada se “borran” y se instalan las marcas epige-
6
néticas características de una célula ES. Como se discutió en la
sección 1.6, las células pluripotentes inducidas, o células iPS, co-
mo se les llama, son capaces de dividirse indefinidamente en cul-
tivo y de diferenciarse en todos los diversos tipos de células del
cuerpo. Cada vía de diferenciación, ya sea que conduzca a la for-
mación de una neurona, un fibroblasto o una célula muscular, va
acompañada de cambios en las marcas epigenéticas que caracte-
rizan a la cromatina de las células a lo largo de esa vía. Estos
cambios epigenéticos tienen el efecto de restringir el potencial de
desarrollo de las células a lo largo de cada vía, lo que las hace
menos capaces de desarrollarse en otros tipos de células.
REPASO
1. ¿En qué difieren los activadores y represores transcripcionales
en términos de su efecto sobre la expresión genética?
12.12 Estructura de los factores
de transcripción
La estructura tridimensional de numerosos complejos DNA-
proteína ha sido determinada por cristalografía de rayos X y es-
pectroscopía de NMR, proporcionando un retrato básico de la
forma en que estas dos macromoléculas interactúan entre sí. Al
igual que la mayoría de las proteínas, los factores de transcripción
contienen diferentes dominios que median en diferentes aspectos
de la función de la proteína. Los factores de transcripción normal-
mente contienen, al menos, dos dominios: un dominio de unión
a DNA, que se une a una secuencia específica de pares de bases en
el DNA, y un dominio de activación, que regula la transcripción
al interactuar con otras proteínas. Además, muchos factores de
transcripción contienen una superficie que promueve la unión de
la proteína con otra proteína de estructura idéntica o similar para
formar un dímero (FIGURA 12-40). La formación de dímeros ha
demostrado ser una característica común de muchos tipos dife-
rentes de factores de transcripción y desempeña un papel impor-
tante en la regulación de la expresión genética.
Los dominios de unión a DNA de la mayoría de los factores
de transcripción se pueden agrupar en varias clases generales,
cuyos miembros poseen estructuras relacionadas (motivos) que
interactúan con secuencias de DNA. La existencia de varias fami-
lias de proteínas de unión a DNA indica que la evolución ha en-
contrado una serie de soluciones diferentes al problema de la
construcción de polipéptidos que pueden unirse a la doble hélice
del DNA. Como se verá en breve, la mayoría de estos motivos
6
Esta afirmación está calificada con las palabras “en su mayor parte”, por-
que estudios recientes indican que el proceso de reprogramación no está
completo. En cambio, las células iPS conservan algunas de las marcas epi-
genéticas de las células diferenciadas de las que se derivan, lo que indica
que no son realmente equivalentes a las células madre embrionarias.
 490
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética
FIGURA 12-40 Interacción entre un factor de transcripción y su secuen-
cia blanco de DNA. Un modelo de la interacción entre los dos dominios
de unión al DNA del receptor dimérico de glucocorticoides (GR, glucocor-
ticoid receptor) y el DNA blanco. Dos hélices α, una de cada subunidad
del dímero, se extienden simétricamente en dos surcos principales adya-
centes del DNA blanco. Los residuos en el GR dimérico que son importan-
tes para las interacciones entre los dos monómeros son de color verde.
Los cuatro iones de zinc (dos por monómero) se muestran como esferas
moradas.
Fuente: Tomado de T Hard, et al. Cortesía de Robert Kaptein. Science
1990;249:159; © 1990, reimpreso con permiso de AAAS.
contiene un segmento (a menudo una hélice α, como en la figura
12-40) que se inserta en el surco principal del DNA, donde reco-
noce la secuencia de pares de bases que recubren el surco. La
unión de la proteína al DNA se lleva a cabo mediante una combi-
nación específica de fuerzas de Van der Waals, enlaces iónicos y
enlaces de hidrógeno entre residuos de aminoácidos y diversas
partes del DNA, incluida la cadena principal.
Entre los motivos más comunes que se presentan en las pro-
teínas eucariotas unidas al DNA están el dedo de zinc, la héli-
ce-asa-hélice y la cremallera de leucina. Cada uno proporciona un
trabajo de armazón estructuralmente estable, en el que las super-
ficies específicas de DNA de reconocimiento de la proteína pue-
den posicionarse de manera adecuada para interactuar con la
doble hélice.
El motivo dedo de zinc
La clase más grande de factores de transcripción de mamíferos
contiene un motivo llamado dedo de zinc. En la mayoría de los
casos, un ion de zinc de cada dedo se coordina entre dos cisteínas
y dos histidinas. Los dos residuos de cisteína son parte de una
lámina β de dos cadenas en un lado del dedo, y los dos restos de
histidina forman parte de una hélice α corta en el lado opuesto
del dedo (recuadro, FIGURA 12-41a). Estas proteínas normalmen-
te tienen una serie de dedos de este tipo, que actúan indepen-
His
Cys
a)
50 60 70 80 90
NH2
COOH
b)
FIGURA 12-41 Factores de transcripción del dedo de zinc. a) Estructura
cristalina del complejo entre una proteína con cinco dedos de zinc (llamada
2GLI) y el DNA. La cadena de proteína se muestra en verde; la hélice de
DNA es naranja y azul. El recuadro muestra la estructura de un único dedo
de zinc. b) Modelo de TFIIIA unido al DNA del gen de RNA 5S. Se requiere
TFIIIA para la transcripción del gen de rRNA 5S por la RNA polimerasa III.
Fuente: a) Esta obra está autorizada bajo la licencia Creative Commons
Attribution-Share Alike 3.0. b) Tomado de NP Pavietich y CO Pabo. Science
1993;261:1702, reimpreso con permiso de AAAS.
dientemente unos de otros y están separados para proyectarse en
sucesivos surcos principales en el DNA blanco, como se ilustra en
la figura 12-41a). La primera proteína dedo de zinc que se descu-
brió, TFIIIA, tiene nueve dedos de zinc (figura 12-41b). Otros fac-
tores de transcripción del dedo de zinc incluyen Egr, que partici-
pa en la activación de los genes necesarios para la división celular,
y la familia de factores de transcripción GATA, que está involu-
crada en múltiples eventos de desarrollo, incluido el del músculo
cardiaco. La comparación de varias proteínas con dedos de zinc
indica que el motivo proporciona el marco estructural para una
amplia variedad de secuencias de aminoácidos que reconocen un
conjunto diverso de secuencias de DNA. De hecho, los investiga-
dores están intentando diseñar nuevas especies de proteínas de
dedos de zinc que sean capaces de dirigir las secuencias de DNA
que gobiernan la expresión de determinados genes de interés. Se
espera que tales proteínas tengan el potencial de actuar como
fármacos terapéuticos activando o desactivando la expresión de
genes relacionados con la enfermedad.
El motivo hélice-asa-hélice (HLH,
helix-loop-helix)
Como su nombre lo indica, este motivo se caracteriza por dos seg-
mentos helicoidales α separados por un asa intermedia. El domi-
nio HLH a menudo está precedido por un tramo de aminoácidos
altamente básicos, cuyas cadenas laterales cargadas positivamente
entran en contacto con el DNA y determinan la especificidad de
secuencia del factor de transcripción. Las proteínas con este moti-

a)
3'
5'
108
Regió
n bás
ica
124
1
ce
166H
élice
2
Héli
137
146
Asa
5'
3'
b)
FIGURA 12-42 Factores de transcripción básicos de hélice-asa-hélice
(bHLH). a) MyoD, un factor de transcripción dimérico implicado en desen-
cadenar la diferenciación de células musculares, es una proteína bHLH
que se une al DNA mediante una región básica asociada. La región
básica de cada monómero MyoD es roja, mientras que la región héli-
ce-asa-hélice de cada monómero MyoD se muestra en marrón. Las bases
de DNA unidas por el factor de transcripción se indican en amarillo.
b) Esquema del complejo dimérico MyoD en la misma orientación que en
la parte a. Las hélices se representan como cilindros.
Fuente: a) Tomado de: Philip CM, et al. Cortesía de Carl O Pabo. Cell
1994;77:453; Cell by Cell Press. Reproducido con permiso de Cell Press
en el formato de reutilización en un libro/libro de texto a través de
Copyright Clearance Center.
vo básico HLH (o bHLH, basic-HLH) siempre aparecen como dí-
meros, como se ilustra en el ejemplo del factor de transcripción
MyoD en la FIGURA 12-42. Las dos subunidades del dímero por lo
general están codificadas por genes diferentes, lo que hace que la
proteína sea un heterodímero.
La heterodimerización expande en gran medida la diversidad
de factores reguladores que pueden generarse a partir de un nú-
mero limitado de polipéptidos (FIGURA 12-43). Supongamos, por
ejemplo, que una célula debe sintetizar cinco polipéptidos dife-
rentes que contienen bHLH que son capaces de formar heterodí-
FIGURA 12-43 Modificación de las especificidades de
unión a DNA de los factores de transcripción a través
de la dimerización. En este modelo de proteína bHLH,
se pueden formar tres factores de transcripción diméri-
cos diferentes que reconocen diferentes sitios de unión
al DNA cuando las dos subunidades se asocian en dife-
rentes combinaciones. El genoma humano codifica apro-
ximadamente 118 monómeros diferentes de bHLH, que
podrían generar miles de diferentes factores de trans-
cripción diméricos.
meros entre sí en cualquier combinación, entonces se podrían 491
5
formar 32 (2 ) diferentes factores de transcripción que reconocen
32 secuencias de DNA diferentes. En realidad, las combinaciones
entre polipéptidos están restringidas, no a diferencia de la forma-
12.12 • Estructura de los factores de transcripción
ción de moléculas de integrina heterodiméricas (p. 232).
Los factores de transcripción que contienen HLH desempeñan
un papel clave en la diferenciación de ciertos tipos de tejidos, in-
cluido el músculo esquelético (como se ilustra en la figura 12-34).
Los factores de transcripción que contienen HLH también parti-
cipan en el control de la proliferación celular y se han visto impli-
cados en la formación de ciertos cánceres. En la página 479, se
señaló que las translocaciones cromosómicas pueden generar
genes anormales, cuya expresión hace que la célula se vuelva can-
cerosa. Se han encontrado genes que codifican, al menos, cuatro
proteínas bHLH diferentes (MYC, SCL, LYL-1 y E2A) en translo-
caciones cromosómicas que conducen al desarrollo de cánceres
específicos. El más frecuente de estos cánceres es el linfoma de
Burkitt, en el cual el gen MYC en el cromosoma 8 se transloca a
un locus en el cromosoma 14 que contiene un sitio regulador para
un gen que codifica parte de una molécula de anticuerpo. Se
piensa que la sobreexpresión del gen MYC en su nueva ubicación
es un factor importante en el desarrollo de este linfoma.
El motivo de cremallera de leucina
Este motivo recibe su nombre del hecho de que las leucinas se
producen cada séptimo aminoácido a lo largo de un tramo de
hélice α. Como una hélice α se repite cada 3.5 residuos, todas las
leucinas a lo largo de este tramo de polipéptido se enfrentan en
la misma dirección. Dos hélices α de este tipo son capaces de
juntarse para formar una espiral enrollada. Por tanto, como la ma-
yoría de los otros factores de transcripción, las proteínas con un
motivo de cremallera de leucina existen como dímeros. El motivo
de cremallera de leucina puede unirse al DNA, porque contiene
un tramo de aminoácidos básicos en un lado de la hélice α que
contiene leucina. Juntos, el segmento básico y la cremallera de
leucina, se conocen como motivo bZIP. Por tanto, al igual que las
proteínas bHLH, las porciones helicoidales α de las proteínas
bZIP son importantes en la dimerización, mientras que el tramo
de aminoácidos básicos permite que la proteína reconozca una
secuencia de nucleótidos específica en el DNA. AP-1, cuya estruc-
tura e interacción con el DNA se muestran en la figura 12-38, es
un ejemplo de un factor de transcripción bZIP. AP-1 es un hete-
rodímero cuyas dos subunidades (fos y jun, que se muestran en
rojo y azul en la figura 12-38, respectivamente) están codificadas
por los genes FOS y JUN. Ambos genes desempeñan un papel
importante en la proliferación celular y, cuando mutan, pueden
contribuir a que una célula se vuelva maligna. Las mutaciones en
cualquiera de estos genes que evitan que las proteínas formen
heterodímeros, también evitan que las proteínas se unan al DNA,
lo que indica la importancia de la formación de dímeros para re-
gular su actividad como factores de transcripción.
REPASO
1. ¿Cuáles son algunas de las propiedades estructurales que
tienden a encontrarse en varios grupos de factores de trans-
cripción?
Homodímero A-A Homodímero B-B Heterodímero A-B
 492
12.13 Sitios de DNA implicados T3
Fos/Jun
Fos/Jun CREB/CREM

HNF-3 receptor DBP

en la regulación de la transcripción PPARγ/RXR
Insulina GR C/EBP C/EBP
RAR HNF-1 NF-1 TBP
Pol II
La complejidad inherente en el control de la transcripción gené-
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

tica se puede ilustrar mediante el examen del DNA en y alrede-

dor de un solo gen. La siguiente discusión se enfoca en el gen que
codifica la fosfoenolpiruvato carboxicinasa (PEPCK, phosphoenol-
pyruvate carboxykinase). PEPCK es una de las enzimas clave de la
gluconeogénesis, la vía metabólica que convierte el piruvato en
glucosa (véase figura 3-31). La enzima se sintetiza en el hígado
cuando los niveles de glucosa son bajos, como podría ocurrir, por
ejemplo, cuando ha pasado un periodo considerable desde la úl-
tima comida. Por el contrario, la síntesis de la enzima cae brusca-
mente después de la ingestión de una comida rica en carbohidra-
tos, como la pasta. El nivel de síntesis de mRNA PEPCK está
controlado por una variedad de diferentes factores de transcrip-
ción (FIGURA 12-44), que incluyen varios receptores de hormonas
que intervienen en la regulación del metabolismo de los carbohi-
dratos. Las claves para entender la regulación de la expresión del
gen PEPCK se encuentran en 1) desentrañar las funciones de las
numerosas secuencias reguladoras de DNA que residen corriente
arriba del propio gen, 2) identificar los factores de transcripción
que unen estas secuencias y 3) dilucidar las vías de señalización
que activan la maquinaria responsable de la expresión genética
selectiva (discutido en el capítulo 15).
La secuencia reguladora más cercana (más proximal) corrien-
te arriba del gen PEPCK es la caja TATA, que es un elemento
principal del promotor del gen (FIGURA 12-45). Como se analizó
en la página 408, un promotor es una región corriente arriba de
un gen que regula el inicio de la transcripción. Para los propósitos
de este texto, se dividirá el promotor eucariota en regiones sepa-
radas, que no están tan delineadas. La región que se extiende
desde, aproximadamente, la caja TATA hasta el sitio de inicio de
la transcripción se designa como el promotor nuclear. El promotor
nuclear es el sitio de ensamblaje de un complejo de preiniciación
que consiste en RNA polimerasa II y una serie de factores de
AF1 GRE TRE P3 II P2 P1 TATA
PPARRE IRE P4 P3 I CRE-1
–1000 –500 –400 –300 –100 0
–200
FIGURA 12-44 Regulación de la transcripción del gen PEPCK de rata. La
transcripción de este gen, como la de otros, está controlada por una com-
binación de factores de transcripción que interactúan con secuencias de
DNA específicas localizadas en una región reguladora situada corriente
arriba de la región codificante del gen. Dentro de esta región se incluye
un elemento de respuesta a glucocorticoides (GRE, glucocorticoid respon-
se element) que, cuando se une a un receptor de glucocorticoides, esti-
mula la transcripción del promotor. También se incluyen dentro de la re-
gión reguladora sitios de unión para un receptor de hormona tiroidea (TRE
marcado, thyroid hormone receptor), una proteína que se une a AMP cícli-
co, que se produce en respuesta a la hormona glucagón (CRE-1 marcada);
y la hormona insulina (IRE marcada). También se observa que varios otros
factores de transcripción se unen a sitios reguladores en esta región co-
rriente arriba del gen PEPCK.
Fuente: Tomado de SE Nizielski, et al. J Nutrition 1996;126:2699; ©
American Society for Nutritional Sciences.
transcripción generales (GTF, general transcription factors) que se
requieren antes de que se pueda transcribir un gen eucariota. Los
elementos del promotor nuclear y los GTF que se unen a ellos
(que se muestran en la figura 11-18) definen el sitio exacto en el
que se comenzará la transcripción (el sitio +1).
La caja TATA no es la única secuencia corta que comparten
grandes cantidades de genes. Otras dos secuencias, llamadas caja
CAAT y caja GC, que se ubican más arriba del gen, a menudo se

Elementos
promotores distales Elementos promotores proximales

Actividad
Elementos promotores nucleares
promotora
relativa
–130 –120 –110 –100 –90 –80 –70 –60 –50 –40 –30 –20 –10 +1
Promotor
completo CGTGCTGACCATGGCTATGATCCAAAGGCCGGCCCCTTACGTCAGAGCGAGC CTCCAAGGTCCAGCTGAGGGGCAGGGCTGTCCTCCCTTCTGTATACTATTTAAAGCGAGGAGGGCTAGCTACCAAGCA 100%
(control)
Caja CAAT Caja GC Caja TATA
Promotor 38%
con
deleciones
95%

14%

50%

114%

FIGURA 12-45 Identificación de secuencias promotoras requeridas para la transcripción. La línea superior muestra la secuencia de nucleótidos de una
cadena del promotor del gen PEPCK. Se indican las cajas TATA, CAAT y GC. Las otras cinco líneas muestran los resultados de experimentos en los que
se eliminaron regiones particulares del promotor (indicadas por recuadros negros). El nivel de transcripción observado del gen PEPCK en cada uno de
estos casos se indica a la derecha. Las eliminaciones que exterminan la totalidad o parte de las tres cajas causan una marcada disminución en el nivel de
transcripción, mientras que las eliminaciones que afectan a otras regiones tienen consecuencias menores o ninguna. (Como se señaló en el capítulo 11,
muchos promotores de mamíferos carecen de la caja TATA. Los promotores que carecen de la caja TATA a menudo tienen un elemento conservado en
una posición corriente abajo del sitio inicial, llamado elemento promotor corriente abajo, o DPE, downstream promoter element.)
Fuente: Datos tomados de estudios de Richard W Hanson y Daryl K Granner y sus colegas.
requieren para que la RNA polimerasa II inicie la transcripción. bajo un determinado conjunto de condiciones fisiológicas. Un 493
Las cajas CAAT y GC se unen a los factores de transcripción (p. resumen del enfoque se muestra en la FIGURA 12-46. Para
ej., NF1 y SP1) que se encuentran en muchos tejidos y se emplean llevar a cabo este análisis, las células se cultivan en las condi-
ampliamente en la expresión genética. Mientras que la caja TATA ciones deseadas o se aíslan de un tejido particular o etapa de

12.13 • Sitios de DNA implicados en la regulación de la transcripción

determina el sitio de inicio de la transcripción, las cajas CAAT y desarrollo, y luego se tratan con un agente, como el formalde-
GC son dos de las muchas secuencias que regulan la frecuencia hído, que destruirá las células y entrecruzará los factores de
con la que la RNA polimerasa II inicia la transcripción. La caja transcripción a los sitios de DNA en que estaban vinculados
TATA está dentro del promotor nuclear, por lo general dentro de
25-30 bases del sitio de inicio de la transcripción. Las cajas CAAT
y GC, cuando están presentes, se localizan normalmente dentro
de 100-150 pares de bases corriente arriba del sitio de inicio de la
transcripción, una región denominada región promotora proximal,
como se indica en la línea superior de la figura 12-45. Caja de Petri
Cuantos más genes se examinan, más variabilidad se encuen- con células
tra en la naturaleza y ubicación de los elementos promotores que Tratar con formaldehído para matar
regulan la expresión genética. Además, un número significativo células y entrecruzar con factores de
1
transcripción de DNA. Aislar la
de genes de mamíferos (es posible que tantos como 50% de ellos)
cromatina y cortarla en fragmentos.
tiene más de un promotor (es decir, promotores alternativos) que
permite que se inicie la transcripción en más de un sitio corriente
arriba de un gen. Es típico que los promotores alternativos estén
separados unos de otros por varios cientos de bases, de modo que
los transcriptores primarios producidos por su uso diferencial se
distinguirán considerablemente en sus extremos 5‘. En algunos Factores de transcripción
casos, se utilizan promotores alternativos en diferentes tejidos,
pero conducen a la síntesis del mismo polipéptido. En tales casos,
es probable que los mRNA que codifican las proteínas tengan
diferentes UTR en 5‘, lo que los somete a distintos tipos de con-
Incubar con anticuerpo que se
trol de nivel de traducción. En otros casos, los promotores alter-
2 une al factor de transcripción
nativos promueven la síntesis de proteínas relacionadas que difie- de interés.
ren en su secuencia de aminoácidos N-terminal. En varios casos,
los promotores alternativos rigen la transcripción de los mRNA
que se traducen en diferentes marcos de lectura (p. 442) para
producir polipéptidos completamente diferentes.
Anticuerpo
¿Cómo aprenden los investigadores qué sitios en el genoma 3a 3b
interactúan con un factor de transcripción particular? Las si-
guientes estrategias generales se emplean con frecuencia para
hacer esta determinación.

●● Mapeo de deleción. En este procedimiento, se preparan mo-

léculas de DNA que contienen deleciones de varias partes del Fragmentos de cromatina Fragmentos de cromatina
inmunoprecipitados que permanecen en solución
promotor del gen (figura 12-45). Los DNA alterados se intro-
ducen entonces en las células y se mide la capacidad de los Invertir entrecruzamientos,
mutantes de deleción para iniciar la transcripción. En muchos 4 purificar el DNA.
casos, la deleción de algunos nucleótidos tiene poco o ningún Secuencia
de DNA .....AGCTAC.....
efecto en la transcripción de un gen adyacente. Sin embargo, .....CTACG.....
si la deleción cae dentro de una región que evita la unión de 5a .....AGTTA.....
los factores de transcripción que activan la transcripción, el Amplificar fragmento
nivel de transcripción disminuirá (como en las líneas 2, 4 y 5 5
de DNA con nucleótidos ChIP-seq
de la figura 12-45). La deleción de otras regiones podría au- marcados con fluorescencia.
mentar la transcripción, lo que indicaría que un factor de
transcripción se une a esta región que inhibe la misma, en
otras palabras, un represor de la transcripción. Por último, la
deleción de otras regiones podría tener poco o ningún efecto
(líneas 3 y 6 de la figura 12-45).
●● Huella de DNA. Cuando un factor de transcripción se une a
una secuencia de DNA, la presencia de la proteína protege la
secuencia de DNA de la digestión por nucleasas. Los investi- Hibridar en micromatrices
6 de DNA que contienen
gadores aprovechan esta propiedad aislando la cromatina de regiones intergenéticas.
las células y tratándola con enzimas que digieren el DNA, Punto que contiene DNA
como la DNasa I. Las regiones que no están protegidas por intergenético conocido
proteínas se digieren, mientras que aquellas que tienen pro-
ChIP-chip
teínas unidas están protegidas. Una vez que se ha digerido la 7
cromatina, se elimina la proteína unida y se identifican las
secuencias de DNA protegidas.
●● Análisis de localización del genoma completo. Como su
nombre lo indica, esta estrategia permite a los investigadores FIGURA 12-46 Uso de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) para iden-
monitorear de manera simultánea todos los sitios dentro del tificar sitios de unión a factor de transcripción a escala global. Los pasos
genoma que están unidos por un factor de transcripción dado se describen en el texto.
 494 en la célula viva (paso 1, figura 12-46). Después del paso de
entrecruzamiento, la cromatina se aísla, se corta en fragmen-
tos pequeños y se incuba con un anticuerpo que se une al
factor de transcripción de interés (paso 2). La unión del anti-
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética
cuerpo conduce a la precipitación de fragmentos de cromati-
na que contienen el factor de transcripción unido (paso 3a),
mientras se dejan todos los fragmentos de cromatina no uni-
dos en solución (paso 3b). Una vez que se ha llevado a cabo
este proceso de inmunoprecipitación de la cromatina (o ChIP,
chromatin immunoprecipitation), los enlaces cruzados entre la
proteína y el DNA en el precipitado se pueden revertir y los
segmentos de DNA se pueden purificar (paso 4). El siguiente
paso es identificar dónde en el genoma se encuentran estos
sitios de unión del factor de transcripción. Se pueden tomar
dos enfoques diferentes para hacer esta determinación: el
DNA purificado se marca con fluorescencia y se usa en micro-
matrices (pasos 5-7), en una técnica llamada ChIP-chip, o el
DNA purificado se puede secuenciar de forma directa usando
enfoques de secuenciación masivamente paralelos (paso 5a),
en una técnica llamada ChIP-seq. A diferencia de la microma-
triz mostrada en la figura 12-35, que contiene sondas de DNA
que representan genes codificantes de proteínas, las microma-
trices utilizadas en estos experimentos de chip-ChIP contie-
nen sondas de DNA de todo el genoma. Ya sea por microma-
trices o por secuenciación directa, los experimentos permiten
la identificación de sitios de unión específicos en todo el ge-
noma para cualquier factor de interés.
Curiosamente, cuando estos tipos de experimentos se reali-
zan con factores de transcripción de mamíferos, un porcentaje
significativo de los sitios de unión a DNA se encuentra a distan-
cias considerables de los promotores de genes conocidos. Se es-
pecula que algunos de estos sitios están involucrados en la regu-
lación de la transcripción de RNA no codificantes, como los
microRNA discutidos en la página 434. También es probable que
muchos de los miles de loci genéticos identificados en esta panta-
lla de genoma completo tengan poco o ninguna importancia real
en la regulación de la expresión genética. Una forma de evaluar
el posible significado de la unión de un factor de transcripción es
considerar los datos en un contexto más amplio. Por ejemplo,
varios factores de transcripción, como Oct4, Sox2 y Nanog, son
importantes para mantener el estado pluripotente de las células
madre embrionarias (p. 18). Cuando se analizan solos, cada uno
de estos tres factores de transcripción se une a varios miles de
sitios dentro del genoma de las células madre embrionarias. Por
el contrario, sólo una pequeña fracción de estas regiones genómi-
cas recolectadas está ligada a estos tres factores clave de transcrip-
ción. La presencia de los tres factores de transcripción unidos
estrechamente entre sí proporciona una confianza mucho mayor
en que una región dada es importante, desde el punto de vista de
la función, en la regulación de la expresión genética en estas cé-
lulas. Además de estudiar los factores de transcripción, la técnica
ChIP se puede modificar para localizar las posiciones dentro del
genoma de cualquier otro tipo de proteína unida al DNA, como
un tipo particular de histona modificada o incluso las ubicaciones
de moléculas de RNA polimerasa unidas.
REPASO
1. ¿Qué tipos de secuencias reguladoras se encuentran en las
regiones reguladoras de DNA corriente arriba de un gen, co-
mo el que codifica para PEPCK? ¿Cuál es el papel de estas di-
versas secuencias en el control de la expresión del gen(es)
cercano(s)?
12.14 Ejemplo de activación
transcripcional: el receptor de
glucocorticoides
Puede decirse que la transcripción está controlada por un código
combinatorio que consiste en una matriz de factores de transcrip-
ción y cambios en sus sitios de unión preferidos de gen a gen. Los
sitios en los que estos factores de transcripción se unen a la re-
gión que flanquea un gen, a menudo se denominan elementos de
respuesta. Aquí, el centro de atención está en los glucocorticoides,
un grupo de hormonas esteroideas (p. ej., cortisol) sintetizadas
por la glándula suprarrenal. Los análogos de estas hormonas, co-
mo la prednisolona, se prescriben como potentes agentes antiin-
flamatorios.
La secreción de glucocorticoides es más alta durante los perio-
dos de estrés, como ocurre durante la inanición o después de una
lesión física grave. Para que una célula responda a los glucocorti-
coides, debe poseer un receptor específico capaz de unirse a la
hormona. El receptor de glucocorticoides (GR) es un miembro de
una superfamilia de receptores nucleares (incluidos los receptores
de la hormona tiroidea, el ácido retinoico y el estrógeno) que se
cree que han evolucionado a partir de una proteína ancestral co-
mún. Los miembros de esta superfamilia son más que simples
receptores de hormonas, también son factores de transcripción
vinculantes de DNA. Cuando una hormona glucocorticoide entra
en una célula blanco, se une a una proteína receptora de glucocor-
ticoides en el citosol, cambiando la conformación de la proteína.
Este cambio expone una señal de localización nuclear (p. 462), que
facilita la translocación del receptor al núcleo (FIGURA 12-47). El
receptor unido al ligando se une a una secuencia de DNA especí-
fica, llamada elemento de respuesta glucocorticoide (GRE, glucocorti-
coid response element). Para el gen PEPCK, este sitio se localiza co-
rriente arriba del promotor nuclear (figura 12-44), y el enlace
activa la transcripción del gen (figura 12-47). Secuencias GRE
idénticas o similares se encuentran corriente arriba de una serie
de otros genes en diferentes cromosomas. Si el sitio es el sitio de
unión preferido exacto, el gen responderá en alto grado a niveles
elevados de glucocorticoides, mientras que los genes con sitios de
unión imperfecta responderán de acuerdo con el cambio en la afi-
nidad de unión por el complejo receptor de glucocorticoides. En
consecuencia, un estímulo único (concentración elevada de gluco-
corticoides) puede activar de manera simultánea una cantidad de
genes, cada uno en su propio nivel preciso, lo que permite una
respuesta completa y finamente ajustada que satisfaga las necesi-
dades de la célula.
El elemento preferido de respuesta a glucocorticoides consis-
te en la siguiente secuencia:
59-AGAACAnnnTGTTCT-39
39-TCTTGTnnnACAAGA-59
donde n puede ser cualquier nucleótido. Una secuencia simétrica
de este tipo se llama palíndromo, porque las dos cadenas tienen la
misma secuencia de 59 a 39. Se ve que el GRE consiste en dos
tramos definidos de nucleótidos separados por tres nucleótidos
indefinidos. La doble naturaleza de un GRE es importante, por-
que los pares de polipéptidos GR se unen al DNA como dímeros,
en los que cada subunidad del dímero se une a una mitad de la
secuencia de DNA indicada anteriormente (véase figura 12-40).
La importancia del GRE en la mediación de una respuesta hor-
monal se demuestra de una forma más clara al introducir una de
estas secuencias en la región corriente arriba de un gen que nor-
malmente no responde a los glucocorticoides. Cuando las células
que contienen DNA que se ha diseñado de esta manera se expo-
nen a los glucocorticoides, se inicia la transcripción del gen co-
rriente abajo del GRE trasplantado. La evidencia visual de que la
transcripción genética puede ser estimulada por regiones regula-
doras extranjeras se presenta en la figura 18-48.
 495
Líquido extracelular

Cortisol

12.15 • Activación transcripcional: el papel de los potenciadores, promotores y coactivadores

Citoplasma
1

6
2

Núcleo Proteína
sintetizada
mRNA
4 5
Receptor de
glucocorticoides
3

DNA RNA polimerasa

FIGURA 12-47 Activación de un gen por una hormona esteroidea. La hormona cortisol, un glucocorticoide, ingresa a la célula desde el líquido extrace-
lular (paso 1), se difunde a través de la bicapa lipídica (paso 2) y al citoplasma, donde se une a un receptor de glucocorticoides (paso 3), cambiando su
conformación y causando que se transloque al núcleo, donde actúa como un factor de transcripción y se une a un elemento de respuesta a glucocorti-
coides (GRE) del DNA (paso 4). El receptor de glucocorticoides se une al GRE como un dímero, que activa la transcripción del DNA (paso 5), lo que con-
duce a la síntesis de proteínas específicas en el citoplasma (paso 6).

REPASO Aunque los potenciadores y promotores pueden estar separa-

1. ¿En qué se asemejan las funciones de un represor lac bacte-
riano y un receptor de glucocorticoides de mamíferos? ¿En
qué se diferencian?
12.15 Activación transcripcional:
el papel de los potenciadores,
promotores y coactivadores
El GRE situado corriente arriba del gen PEPCK y los otros elemen-
tos de respuesta ilustrados en la figura 12-44 se denominan ele-
mentos promotores distales, para distinguirlos de los elementos pro-
motores proximales situados más cerca del gen o del promotor
nuclear que determina el sitio de iniciación (figura 12-45).) La ex-
presión de la mayoría de los genes también está regulada por ele-
mentos de DNA aún más distantes llamados potenciadores. Un
potenciador normalmente contiene múltiples sitios de unión para
activadores transcripcionales específicos de la secuencia. Los po-
tenciadores a menudo se distinguen de los elementos promotores
por una propiedad única: pueden situarse corriente arriba o co-
rriente abajo del sitio de inicio e, incluso, pueden invertirse (rotar
180°), sin afectar la capacidad de un factor de transcripción unido
para estimular la transcripción. La deleción de un potenciador
puede disminuir el nivel de transcripción en 100 veces o más. Un
gen típico de mamífero puede tener una serie de potenciadores
dispersos dentro del DNA en las proximidades del gen. Diferentes
potenciadores, por lo general, unen diferentes conjuntos de facto-
res de transcripción y responden de forma independiente a dife-
rentes estímulos. Algunos potenciadores se encuentran miles o,
inclusive, decenas de miles de pares de bases corriente arriba o
7
corriente abajo del gen cuya transcripción estimulan.
7 interacción con coactivadores. Aquí se representan cuatro tipos diferentes
Existe una extensa variación en la terminología utilizada para describir
los diversos tipos de elementos reguladores que controlan la transcripción
genética. Los términos empleados aquí: promotor central, elementos pro-
motores proximales, elementos promotores distales y potenciadores no se
adoptan universalmente, pero describen elementos que suelen estar pre-
sentes y que, a menudo, pero no siempre, pueden distinguirse.
dos por un gran número de nucleótidos, se cree que los potencia-
dores estimulan la transcripción influyendo en los eventos que
ocurren en el promotor nuclear. Los potenciadores y promotores
nucleares pueden acercarse, porque el DNA intermedio puede
formar un ciclo a través de las interacciones de proteínas unidas
(FIGURA 12-48). Si los potenciadores pueden interactuar con pro-
motores a través de distancias tan largas, ¿qué impide que un
potenciador se una a un promotor inapropiado ubicado incluso
más abajo en la molécula de DNA? Un promotor y sus potencia-
dores están, en esencia, “acordonados” de otros elementos pro-
motores/potenciadores mediante secuencias límites especializa-
das llamadas aislantes.
Una de las áreas más activas de la biología molecular en la
última década se ha centrado en el mecanismo mediante el cual
Potenciador Aislante
Activador
Complejo de modificación
de histonas transcripcional
Complejo de
remodelación
de cromatina
Mediador
TAFs
RNAPII
TBP
Nucleosomas
FIGURA 12-48 Mecanismos mediante los cuales los activadores trans-
cripcionales que se unen a sitios distantes pueden influir en la expre-
sión genética. Los activadores transcripcionales unidos a los potenciado-
res corriente arriba influyen en la expresión genética a través de la
de coactivadores, dos de ellos, etiquetados como “complejo de modifica-
ción de histona” y “complejo de remodelación de cromatina”, actúan alte-
rando la estructura de la cromatina. Otros dos, etiquetados como “TAFs” y
“Mediador”, actúan sobre los componentes de la maquinaria de transcrip-
ción basal que se ensambla en el promotor nuclear. En las siguientes sec-
ciones se discuten estos diversos tipos de coactivadores.
 496 un activador transcripcional unido a un potenciador puede esti-
mular la iniciación de la transcripción en el promotor nuclear.
Los factores de transcripción logran esta hazaña a través de la
acción de intermediarios conocidos como coactivadores. Los
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética
coactivadores son complejos grandes que consisten en numero-
sas subunidades. Los coactivadores se pueden dividir amplia-
mente en dos grupos funcionales: 1) los que interactúan con los
componentes de la maquinaria de transcripción basal (los facto-
res de transcripción generales y la RNA polimerasa II) y 2) los que
actúan sobre la cromatina, convirtiéndola de un estado que es
relativamente inaccesible para la maquinaria de transcripción a
un estado que es mucho más “amigable” con la transcripción. La
figura 12-48 muestra un retrato esquemático de cuatro tipos de
coactivadores, dos de cada uno de los grupos principales. Estos
diversos tipos de coactivadores trabajan juntos, de una manera
ordenada, para activar la transcripción de genes particulares en
respuesta a señales intracelulares específicas. Dada la gran canti-
dad de factores de transcripción codificados en el genoma y la
diversidad limitada de coactivadores, cada complejo coactivador
funciona en conjunción con una gran variedad de diferentes fac-
tores de transcripción. El coactivador CBP, por ejemplo, que se
analiza a continuación, participa en las actividades de cientos de
diferentes factores de transcripción.
Coactivadores que interactúan con la
maquinaria de transcripción basal
La transcripción se logra mediante el reclutamiento y la colabora-
ción posterior de grandes complejos proteicos. TFIID, uno de los
GTF necesarios para el inicio de la transcripción (p. 417), consiste
en una docena o más de subunidades. El componente clave es la
proteína de unión TATA (TBP, TATA binding protein), que se une
a la caja TATA. Su unión se ve facilitada por una serie de factores
asociados denominados factores asociados a TBP (TAFs, TBP-
associated factors). Se cree que algunos factores de transcripción
influyen en los eventos en el promotor nuclear, al interactuar con
una o más de estas subunidades TFIID. Otro coactivador que se
comunica directamente entre los factores de transcripción unidos
al potenciador y la maquinaria de transcripción basal se denomi-
na mediador, que es un complejo enorme de múltiples subunida-
des que interactúa de manera directa con la RNA polimerasa II.
El mediador es requerido por una amplia variedad de activadores
transcripcionales y puede ser un elemento esencial en la trans-
cripción, sino de todos, sí de la mayoría de los genes de codifica-
ción de proteína. A pesar del considerable esfuerzo, el mecanis-
mo de acción de mediador sigue sin estar claro.
Coactivadores que alteran la estructura
de la cromatina
El descubrimiento de nucleosomas en la década de 1970 planteó
una pregunta importante que aún no se ha respondido en su to-
talidad: ¿cómo pueden las proteínas que no son histonas (como
los factores de transcripción y las RNA polimerasas) interactuar
con el DNA que está fuertemente envuelto alrededor de las histo-
nas nucleares? Un gran cuerpo de evidencia sugiere que la incor-
poración de DNA a los nucleosomas, de hecho, impide el acceso
al DNA e inhibe, de manera marcada, las etapas de inicio y elon-
gación de la transcripción. ¿Cómo superan las células este efecto
inhibidor que resulta de la estructura de la cromatina?
Como se discutió en la página 466, cada una de las moléculas
de histona del núcleo del nucleosoma tiene una cola N-terminal
flexible que se extiende fuera de la partícula nuclear y más allá de
la hélice del DNA. Antes se analizó también que las modificacio-
nes covalentes de estas colas tienen un profundo impacto en la
estructura y función de la cromatina. Se ha visto además el modo
en que la adición de grupos metilo en los residuos de H3K9 pue-
de promover la compactación de la cromatina y el silenciamiento
transcripcional (p. 472). La adición de grupos acetilo a residuos
específicos de lisina en histonas nucleares tiende a tener el efecto
opuesto. En una escala mayor, se piensa que la acetilación de re-
siduos de histonas previene que las fibras de cromatina se doblen
en estructuras compactas, lo que ayuda a mantener regiones eu-
cromáticas activas. En una escala menor, la acetilación de histo-
nas aumenta el acceso de regiones específicas de la plantilla de
DNA a las proteínas que interactúan, lo que promueve la activa-
ción transcripcional. Como se comprobará en breve, las enzimas
que llevan a cabo estas modificaciones de histonas son parte de
grandes complejos multiproteicos implicados en la regulación de la
expresión genética.
En los últimos años se han desarrollado técnicas para deter-
minar la naturaleza de las modificaciones en las histonas de los
nucleosomas a escala de genoma completo. Estas técnicas impli-
can una técnica ChIP similar a la ilustrada en la figura 12-46, pero
en lugar de determinar la ubicación del genoma completo de fac-
tores de transcripción particulares, el objetivo es identificar las
ubicaciones precisas de las modificaciones particulares de histo-
nas dentro del genoma. En lugar de usar anticuerpos contra fac-
tores de transcripción, para precipitar una fracción particular de
segmentos de DNA unidos a proteínas, los investigadores usan
anticuerpos que reconocen específicamente modificaciones parti-
culares de histonas, tales como H3K9 o H4K16 acetilado, o H3K4
o H3K36 metilado. Se sabía que las cuatro marcas de estas histo-
nas estaban asociadas con genes activos transcripcionalmente
(figura 12-18), pero no se sabía cómo estas marcas podrían distri-
buirse dentro de tales genes. ¿Las modificaciones de histonas
específicas se distribuyen de manera uniforme a lo largo de cada
gen, o hay diferencias de un extremo a otro?
Los resultados del análisis de genes activos en el genoma de
levadura que se muestran en la FIGURA 12-49 revelan diferencias
marcadas dentro de diversas partes de estos genes. Las histonas
H3 y H4 acetiladas y los residuos de H3K4 metilados están agru-
pados en las regiones promotoras y en gran parte ausentes del
cuerpo principal de genes activos, lo que sugiere que estas modi-
ficaciones son sobre todo importantes en la activación de un gen
o en el inicio de su transcripción. En contraste, los residuos de
H3K36 metilados están largamente ausentes de los promotores y,
en su lugar, se concentran en las regiones transcritas de genes
activos. Varios estudios proporcionan una justificación para estas
diferencias en la ubicación y dan un ejemplo de las complejas
Promotor Región transcrita
TSS
Acetilación H3/H4
Metilación de H3K4
Metilación de H3K36
FIGURA 12-49 Las modificaciones de histona pueden actuar como fir-
mas de regiones de cromatina transcritas. La figura muestra la localiza-
ción selectiva de modificaciones de histonas dentro de la cromatina de
genes transcritos basados en estudio del genoma completo en levadura.
La acetilación de histonas y la metilación de H3K4 se localizan sobre todo
en la región promotora de genes activos y disminuyen notablemente en la
porción transcrita del gen. En contraste, la metilación de H3K36 muestra
el patrón de localización opuesto. TSS (transcription start site), sitio de ini-
cio de la transcripción.
relaciones entre las modificaciones de histonas. Como se describe tazo más de cerca al otro tipo de coactivador, los complejos de 497
en la página 418, el inicio de la transcripción se correlaciona con remodelación de la cromatina. Los complejos de remodelación
la fosforilación de los residuos de Ser5 en CTD de la RNA poli- de cromatina usan la energía liberada por la hidrólisis de ATP
merasa II. Estos residuos Ser5 fosforilados sirven como una pla- para alterar la estructura y ubicación de los nucleosomas a lo lar-

12.15 • Activación transcripcional: el papel de los potenciadores, promotores y coactivadores

taforma de reconocimiento para la histona metiltransferasa Set1, go del DNA. Esto a su vez puede permitir la unión de varias pro-
que metila H3K4 en la cromatina del promotor. Los residuos teínas a sitios reguladores en el DNA. Las máquinas de remode-
H3K4 metilados, a su vez, sirven como sitios de unión para una lación de cromatina mejor estudiadas son miembros de la familia
serie de complejos proteicos, incluidos los implicados en la remo- SWI/SNF. Los complejos SWI/SNF, que constan de nueve a doce
delación de la cromatina (véase figura 12-54) y el empalme de subunidades, no se unen a secuencias de DNA específicas, sino
premRNA (véase figura 11-30). Por el contrario, la metilación de que se reclutan para promotores específicos mediante marcas epi-
H3K36 está catalizada por la histona metiltransferasa Set2, que
viaja con la polimerasa alargada. Una vez que este residuo se me-
tila, sirve como un sitio de reclutamiento para otro complejo en-
zimático (Rpd3S) que cataliza la eliminación de los grupos acetilo Receptor de glucocorticoides (GR)
de los residuos de lisina de las histonas en la porción transcrita
del gen. La evidencia sugiere que la eliminación de los grupos GRE Histonas desacetiladas
acetilo de los nucleosomas en la estela de una RNA polimerasa
alargada evita la iniciación inapropiada de la transcripción dentro
de la región de codificación interna de un gen.
Miremos más de cerca los eventos que ocurren en las regiones
promotoras de los genes durante la activación de la transcripción.
Los grupos acetilo se agregan a residuos específicos de lisina en 1
TATA
las histonas nucleares por una familia de enzimas llamadas histo- CBP (histona acetiltransferasa)
nas acetiltransferasas (HAT, histone acetyltransferases). A
finales de la década de 1990, se descubrió que varios coactivado-
res poseían actividad HAT. Si la actividad HAT de estos coactiva-
dores fue eliminada por mutación, también lo fue su capacidad Histonas acetiladas
para estimular la transcripción. El descubrimiento de que los
coactivadores contienen actividad HAT proporcionó un vínculo
crucial entre la acetilación de histonas, la estructura de la croma-
tina y la activación de genes. La figura 12-50 muestra una serie
ordenada de reacciones que se han propuesto que ocurren des- 2
pués de la unión de un activador transcripcional, como el recep- TATA
tor de glucocorticoides, a su elemento de respuesta en el DNA.
Una vez unido al DNA, el activador recluta un coactivador (p. ej., CBP (histona acetiltransferasa)
CBP) en una región de la cromatina que se dirige a la transcrip-
ción. Una vez colocado en la región blanco, el coactivador acetila
las histonas nucleares de los nucleosomas cercanos, lo que expo- Histonas acetiladas
ne un sitio de unión para un complejo de remodelación de croma-
tina (que se analiza a continuación). Las acciones combinadas de
estos diversos complejos aumentan la accesibilidad del promotor
a los componentes de la maquinaria de transcripción, que se en-
sambla en el sitio donde se iniciará la transcripción.
3
La FIGURA 12-50 representa la actividad de dos coactivadores
que afectan el estado de la cromatina. Ya se ha visto cómo las
HAT actúan para modificar las colas de histonas; démosle un vis-
SWI/SNF (complejo de remodelación
de cromatina)

FIGURA 12-50 Modelo que describe la activación de la transcripción. Acetilación

Los factores de transcripción, como el receptor de glucocorticoides (GR),
se unen al DNA y reclutan coactivadores, que facilitan el ensamblaje del
TAFII250
complejo de preinicio de la transcripción. El paso 1 de este dibujo repre- TBP
senta una región de un cromosoma que está en un estado reprimido, de- TATA
bido a la asociación de su DNA con histonas desacetiladas. En el paso 2,
el GR está vinculado al GRE, y se ha reclutado el coactivador CBP. El CBP
contiene una subunidad que tiene actividad de histona acetiltransferasa
(HAT). Estas enzimas transfieren grupos de acetilo de un donador de ace- 4
Otros factores generales
til CoA a los grupos amino de residuos de lisina específicos en proteínas de transcripción
de histona. Como resultado, las histonas de las partículas nucleares del (véase figura 11-18)
nucleosoma en las regiones corriente arriba y corriente abajo de la caja
TATA se vuelven acetiladas. En el paso 3, las histonas acetiladas reclutan
SWI/SNF, que es un complejo de remodelación de la cromatina. Juntos,
los dos coactivadores CBP y SWI/SNF cambian la estructura de la cromati- TAFII250
na a un estado más abierto y accesible. En el paso 4, TFIID se une a la re-
gión abierta del DNA. Una de las subunidades de TFIID (llamada TAFII250 TATA TBP
o TAF1) también posee actividad de histona acetiltransferasa, como lo indi-
ca la flecha roja. Juntos, CBP y TAFII250 modifican nucleosomas adiciona-
les, para permitir la iniciación de la transcripción. En el paso 5, los nucleo- RNA Pol II
somas restantes del promotor se han acetilado, la RNA polimerasa II se 5
une al promotor y la transcripción se establece para comenzar.
 498 genéticas presentes en histonas nucleosómicas u otras proteínas
ya unidas al DNA. En la figura 12-50, el coactivador CBP ha ace-
tilado las histonas nucleares, proporcionando un sitio de unión
de alta afinidad para el complejo de remodelación. Una vez reclu-
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

tados para un promotor, se cree que los complejos de remodela-

ción de la cromatina interrumpen las interacciones de histo-
na-DNA, que pueden

1. Promover la movilidad del octámero de histona para que se

deslice a lo largo del DNA a nuevas posiciones (FIGURA 12-51, Desplazamiento 1 2 Cambio
vía 1). En el caso mejor estudiado, la unión de activadores conformacional
transcripcionales a un potenciador corriente arriba del gen TATA
IFN-β conduce al deslizamiento de un nucleosoma clave de
alrededor de 35 pares de bases a lo largo del DNA, exponien-
do la caja TATA que había sido previamente cubierta por his-
tonas. El deslizamiento ocurre cuando el complejo de remode-
lación se transloca a lo largo del DNA.
2. Cambiar la conformación del nucleosoma. En el ejemplo re-
presentado en la figura 12-51, vía 2, el DNA ha formado un Intercambio 3 4 Disociación
asa transitoria o protuberancia en la superficie del octámero de histonas de histonas
de histona, haciendo que ese sitio sea más accesible para la
interacción con las proteínas reguladoras de unión al DNA.
3. Facilitar el reemplazo dentro del octámero de histona de una
histona nuclear estándar por una variante de histona (p. 467)
que se correlaciona con la transcripción activa. Por ejemplo,
el complejo SWR1 intercambia dímeros H2A/H2B con una
variante de histona (H2A.Z) que se dimeriza con H2B (figura
12-51, vía 3).
4. Desplazar el octámero de histonas del DNA por completo (fi-
gura 12-51, vía 4). Por ejemplo, se piensa que los nucleosomas
se desmontan de manera temporal, a medida que un comple-
jo de RNA polimerasa alargado se mueve a lo largo del DNA FIGURA 12-51 Remodelación de cromatina. En la vía 1, un nucleosoma
dentro de un gen. clave se desliza a lo largo del DNA, exponiendo el sitio de unión TATA y
permitiendo que se ensamble el complejo de preiniciación. En la vía 2, se
Durante muchos años, se ha recopilado evidencia que de- ha reorganizado el octámero de histona de un nucleosoma. Aunque la ca-
muestra que los nucleosomas no se colocan al azar a lo largo del ja TATA no está completamente libre de asociación de histonas, ahora
DNA y, lo que es más importante, que el posicionamiento nucleo- puede unir las proteínas del complejo de preiniciación. En la vía 3, los dí-
meros H2A/H2B estándar de un nucleosoma se han intercambiado con
sómico específico desempeña un papel importante en la regula- variantes de histona (p. ej., dímeros de H2A.Z/H2B) que se asocian con la
ción de la transcripción de regiones específicas del genoma. Se cromatina activa. En la vía 4, el octámero de histona se ha desensamblado
han realizado varios intentos para determinar si los nucleosomas y se ha perdido completamente del DNA.

Nucleosoma desplazado

–1 +1

5 3
NFR RNA NFR
polimerasa

0 500 bp

FIGURA 12-52 Paisaje nucleosómico de los genes de levadura. La parte superior de la ilustración muestra una región típica de DNA en la proximidad de
un gen que está siendo transcrito activamente por un complejo de RNA polimerasa II. Las posiciones de consenso de los nucleosomas están ilustradas
por los óvalos grises. La parte inferior de la ilustración muestra la distribución de nucleosomas a lo largo del DNA con la altura de la línea que refleja la
probabilidad de que se encuentre un nucleosoma en ese sitio. La región 5‘ del gen tiene la arquitectura de cromatina más definida. Hay una probabilidad
muy alta de que la región promotora esté desprovista de nucleosomas (una región libre de nucleosomas o NFR, nucleosome-free region), blanqueda por
dos nucleosomas muy bien situados, que se encuentran a ambos lados del sitio de inicio de la transcripción (luz verde); estos dos nucleosomas se identi-
fican como +1 y –1 en la parte superior de la figura. Los nucleosomas subsiguientes cerca del extremo 5‘ de la región transcrita también tienden a estar
bien posicionados, como lo indican las distintas ubicaciones de estos nucleosomas en la parte superior de la figura. También se ve que un nucleosoma
es desplazado por la RNA polimerasa, a medida que transcribe el gen. El sombreado verde corresponde a una región de cromatina con altos niveles de
la variante de histona H2A.Z, acetilación de histonas alta y metilación de H3K4, y una alta probabilidad de posicionamiento nucleosomal.
Fuente: Tomado de Cizhong Jiang y B Franklin Pugh. Nature Revs Gen 2009;10:164; © Copyright 2009, Macmillan Magazines Limited, adaptado de TN
Mavrich, et al. Genome Res 2008;18:1074.
están preferentemente presentes o ausentes de sitios particulares
dentro del genoma en un tipo dado de célula. Para llevar a cabo
estos estudios, es usual que la cromatina se trate con una nuclea-
sa que digiere aquellas partes del DNA que no están protegidas
por su asociación con los octámeros de histona. El DNA que ha
sido protegido de la digestión con nucleasas se disocia luego de
sus histonas asociadas y se secuencia. Estas técnicas han permiti-
do a los investigadores preparar mapas genómicos completos de
posiciones de nucleosomas a lo largo del DNA. Los análisis más
completos del posicionamiento de nucleosomas se han llevado a
cabo en células de levadura, y proporcionan una imagen algo di-
ferente de la visión tradicional, que se basa en años de estudios
bioquímicos sobre la transcripción de genes individuales en célu-
las de mamíferos, que se presentan en la figura 12-50.
Los estudios sobre células de levadura sugieren que la mayo-
ría de los genes comparten una arquitectura de cromatina común,
la cual se representa en la FIGURA 12-52. En ella se indica que los
nucleosomas no están distribuidos de manera aleatoria a lo largo
del DNA, sino que están sorprendentemente bien posicionados.
Lo más notable es que las secuencias promotoras tienden a resi-
dir dentro de regiones sin nucleosomas (NFR de la figura 12-52),
que están flanqueadas en ambos lados por dos nucleosomas muy
bien posicionados identificados como +1 y –1 en la figura 12-52.
Es probable que la región libre de nucleosomas que rodea al pro-
motor sea una consideración importante, al permitir el acceso de
los factores reguladores a estos sitios blanco en el DNA. De todos
los nucleosomas en un gen de levadura, el nucleosoma-1 expe-
rimenta las modificaciones más extensas en la activación trans-
cripcional. Este nucleosoma puede ser movido a un nuevo sitio,
desalojado del DNA o sometido a extensas modificaciones o in-
tercambio de histonas. Los nucleosomas corriente abajo (+1, +2,
+3, etc.) también están sujetos a muchas de estas mismas altera-
ciones durante la activación transcripcional, pero el grado en que
se afecta un nucleosoma disminuye con la distancia a la que se
encuentra desde el sitio de inicio de la transcripción. No está cla-
ro aún si las regiones promotoras de la mayoría de los genes no
transcritos en eucariotas superiores tienden a estar relativamente
cubiertas en nucleosomas, como se muestra en la figura 12-50
(referidas como “promotores cerrados”) o relativamente libres de
nucleosomas, como se sugiere en la figura 12-52 (referidas como
“promotores abiertos”). Incluso si el sitio de inicio de la transcrip-
ción está cubierto por un nucleosoma, los estudios sugieren que
este nucleosoma puede ser menos estable que sus vecinos, que
contienen variantes de histonas (H3.3 y H2A.Z), en lugar de las
histonas nucleares estándar. Independientemente de la topología
nucleosómica específica, las regiones promotoras de la cromatina
son el objetivo de una amplia variedad de enzimas modificadoras
de histonas (p. ej., histonas acetiltransferasas, desacetilasas, me-
tiltransferasas y desmetilasas), complejos de remodelación de la
cromatina (p. ej., SWI/SNF) y factores de transcripción de genes
específicos.
REPASO
1. ¿De qué dos formas diferentes pueden los coactivadores in-
fluir en la expresión genética?
12.16 Activación transcripcional
de polimerasas pausadas
A lo largo de esta discusión sobre activación transcripcional, he-
mos descrito cómo los factores de transcripción se unen a secuen-
cias de DNA específicas e inducen el reclutamiento de factores de
transcripción generales (GTF, general transcription factors), com-
plejos de modificación de cromatina y RNA polimerasa II, lo que
conduce al inicio de la transcripción. Fue una sorpresa saber que 499
las RNA polimerasas también están ligadas a los promotores de
muchos genes que no muestran evidencia de que se transcriban.
En algunos casos, una RNA polimerasa situada en uno de estos
12.17 • Represión transcripcional
genes “transcripcionalmente silenciosos” inicia la síntesis de
RNA, pero la polimerasa no pasa a la etapa de elongación de la
transcripción. En otros casos, la polimerasa continúa sintetizando
un RNA de aproximadamente 30 nucleótidos y luego se detiene.
En cualquier caso, nunca se genera una transcripción primaria de
longitud completa. Según un modelo, las moléculas de RNA po-
limerasa situadas corriente abajo de los promotores se mantienen
en estado de pausa mediante factores inhibidores unidos (p. ej.,
DSIF y NELF). La inhibición luego se alivia ya que 1) estos facto-
res se fosforilan mediante cinasas estimuladoras (p. ej., P-TEFb) y
2) factores de elongación (p. ej., ELL) se reclutan en la polimerasa
(como en la figura 11-18). Estos estudios han sugerido que algu-
nos factores de transcripción (p. ej., Myc) pueden estimular la
transcripción de algunos genes, actuando al nivel de prolonga-
ción de la transcripción, así como en el inicio de la transcripción.
Debido a que no requiere el ensamblaje de la maquinaria de
transcripción en el promotor, la liberación inducida de polimera-
sas pausadas puede facilitar la activación rápida de genes, en res-
puesta a señales de desarrollo o ambientales.
REPASO
1. ¿Cuál es una posible ventaja de regular un gen controlando el
alargamiento mediante una RNA polimerasa ya unida?
12.17 Represión transcripcional
Como se desprende de las figuras 12-2 y 12-3, el control de la
transcripción en las bacterias depende, en gran medida, de los
represores que bloquean la transcripción. Aunque la investiga-
ción en eucariotas se ha centrado principalmente en factores que
activan o mejoran la transcripción de genes específicos, las célu-
las eucariotas también poseen mecanismos reguladores negati-
vos.
Se ha visto que la activación transcripcional se asocia con
cambios en el estado y/o posición de los nucleosomas en una re-
gión particular de la cromatina. El estado de acetilación de la cro-
matina es una propiedad dinámica; del mismo modo que existen
enzimas (HAT) para agregar grupos acetilo, también hay enzimas
para eliminarlos. La eliminación de los grupos acetilo se lleva a
cabo mediante desacetilasas de histonas (HDACs, histone
deacetylases). Mientras que las HAT están asociadas con la ac-
tivación transcripcional, las HDAC se asocian con la represión
transcripcional. Las HDAC están presentes como subunidades de
complejos más grandes descritos como correpresores. Los corre-
presores son similares a los coactivadores, excepto que son reclu-
tados a loci genéticos específicos por factores transcripcionales
(represores) que provocan que el gen específico sea silenciado en
lugar de activado (FIGURA 12-53). La progresión de varios tipos
de cáncer puede depender de que las células tumorales sean ca-
paces de reprimir la actividad de ciertos genes. En la actualidad
se están probando varios fármacos contra el cáncer (p. ej., Zolin-
za), que actúan inhibiendo las enzimas HDAC.
Estudios recientes indican que la eliminación de los grupos
acetilo de las colas de histonas se acompaña de otra modificación
de la histona: la metilación del residuo de lisina en la posición
núm. 9 de las moléculas de la histona H3. Puede recordar que
esta modificación, H3K9me, se discutió extensamente en la pági-
na 472 como un evento clave en la formación de heterocromatina.
Ahora parece que esta misma modificación también está involu-
crada en los tipos más dinámicos de represión transcripcional
 500 Cromatina activa los residuos de metilcitosina son parte de un dinucleótido 59-
CpG-39 dentro de una secuencia simétrica, tal como

CCGG
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

GGCC

Sitio de unión para GCGC

represor (silenciador) Histonas CGCG
acetiladas
ACGT
TGCA
HDAC (p. ej., complejo Sin3)
en la que los puntos rojos indican las posiciones de los grupos
8
Desacetilación metilo. Como una verdadera marca epigenética, el patrón de me-
tilación del DNA debe mantenerse mediante divisiones celulares
repetidas. Esto se logra a través de una enzima, Dnmt1, que viaja
con la horquilla de replicación y metila las cadenas de DNA hijas,
copiando el patrón de metilación de las cadenas parentales.
Represor Correpresor, La mayoría de los residuos de metilcitosina en el DNA de
transcripcional por ejemplo Histonas mamífero se encuentra dentro de secuencias repetidas no codifi-
SMRT/N-CoR desacetiladas cantes, principalmente elementos transponibles (p. 392). Se pien-
o CoREST sa que la metilación mantiene estos elementos en un estado inac-
tivo. Los organismos que albergan mutantes DNMT tienden a
exhibir un marcado aumento en la actividad de transposición,
Histona metiltransferasa que puede ser perjudicial para la salud del organismo. Como se
Cromatina inactiva
(p. ej., SUV39H1) discutió en la página 435, los piRNA sirven como mediadores de
la supresión del elemento transponible en las células germinales.
Metilación de H3-K9 Durante la formación de los gametos masculinos (es decir, duran-
Grupo
te la espermatogénesis), los piRNA actúan guiando la maquinaria
metilo de metilación del DNA a los sitios donde los elementos transpo-
nibles residen dentro del genoma.
Además de la supresión general de los elementos transponi-
Represor Correpresor, bles, la metilación del DNA ha estado implicada, durante mucho
transcripcional por ejemplo Histonas tiempo, en la represión de la transcripción de genes específicos.
SMRT/N-Cor desacetiladas En los últimos años, se han desarrollado técnicas para determinar
o CoREST los residuos de citosina específicos que están metilados en cual-
quier población de células dada en todo el genoma. Estos estu-
FIGURA 12-53 Modelo para la represión transcripcional. Las colas de
dios confirman que 1) las regiones promotoras de genes inactivos
histonas en las regiones promotoras de la cromatina activa suelen estar
fuertemente acetiladas. Cuando un represor transcripcional se une a su si- tienden a estar más metiladas que las regiones promotoras de
tio de unión al DNA, recluta un complejo de correpresores (p. ej., SMRT/ genes activos y 2) los patrones de metilación del DNA varían
N-CoR o CoREST) y una actividad de HDAC asociada. La HDAC elimina los de un tipo de célula a otro, lo que refleja la actividad diferen-
grupos acetilo de las colas de histonas. Una proteína separada que con- cial de genes entre varios tejidos. La mayoría de la evidencia su-
tiene actividad de metiltransferasa de histona agrega grupos metilo al re- giere que la metilación del promotor de un gen sirve más para
siduo K9 de las colas de histona H3. En conjunto, la pérdida de grupos
mantener ese gen en un estado inactivo, que como un mecanis-
acetilo y la adición de grupos metilo conducen a la inactivación de la cro-
matina y al silenciamiento genético. mo para la inactivación inicial. Como ejemplo, la inactivación de
los genes en uno de los cromosomas X de las hembras de mamí-
feros (p. 470) ocurre antes de una ola de metilación de promoto-
res de genes, que se cree que transforma el DNA en una condi-
ción reprimida de manera más permanente.
que ocurren dentro de las regiones eucromáticas del genoma. La ¿Cómo determina una célula en particular qué promotores
figura 12-53 sugiere uno de los numerosos modelos posibles de deben metilarse y cómo la metilación de estos promotores impo-
represión transcripcional que incorpora varios aspectos de la mo- ne el estado transcripcionalmente reprimido de ese gen? La me-
dificación de la cromatina. tilación del DNA se ha relacionado de modo estrecho con otra
marca epigenética represiva: la metilación de histonas. Puede ser
Metilación del DNA que la inactivación genética comience con el establecimiento de
Uno de los factores clave para silenciar una región del genoma un patrón represivo transcripcional de modificaciones de histo-
implica un fenómeno conocido como metilación del DNA. El exa- nas en las histonas nucleares de las regiones promotoras, y que
men del DNA de mamíferos y otros vertebrados indica que, en la estas colas de histonas modificadas luego recluten la maquinaria
mayoría de los casos, uno de cada 100 nucleótidos contiene un de metilación del DNA a esos nucleosomas. Una vez que el DNA
grupo metilo adicional, que siempre está unido al carbono 5 de
una citosina. Los grupos metilo se agregan al DNA mediante una 8
Se encuentra una excepción en las células madre embrionarias, donde
familia de enzimas llamadas DNA metiltransferasas codificadas en cerca de una cuarta parte de las metilaciones ocurren en un contexto no
los humanos por genes DNMT. Se cree que esta simple modifica- CpG, que incluye CpA y CpT. En algunos sitios, la metilcitosina se puede
ción química sirve como una marca epigenética o “etiqueta“ que convertir enzimáticamente en hidroximetilcitosina, que puede representar
permite que determinadas regiones del DNA sean identificadas y un intermediario en el proceso de desmetilación del DNA o una marca epi-
utilizadas de forma diferente a otras regiones. En los mamíferos, genética alternativa.
 Metilación Mantenimiento
de la metilación
Desmetilación de novo
Embrión
Nivel de metilación
Gameto
Células
somáticas
adultas
Gameto
Cigoto
Gameto
Gameto Blastocisto
Células germinales
primordiales
Separación Implantación Gastrulación Gametogénesis
Tiempo de desarrollo
FIGURA 12-54 Cambios en los niveles de metilación del DNA durante el
desarrollo de mamíferos. El DNA del óvulo fecundado (cigoto) está sus-
tancialmente metilado. Durante la escisión, el genoma sufre una desmeti-
lación global. Es curioso que el DNA heredado del padre se someta a
desmetilación en una etapa más temprana y por un mecanismo diferente
al DNA heredado de la madre. Después de la implantación, el DNA se so-
mete a una nueva metilación (de novo), que se mantiene en las células
somáticas a un alto nivel durante el resto del desarrollo y la edad adulta.
Por el contrario, el DNA de las células germinales primordiales, que dan
origen a los gametos en el adulto, se desmetila con posterioridad. El
DNA de las células germinales luego se vuelve a metilar en etapas ulterio-
res de la formación del gameto.
Fuente: Basado en una figura de R Jaenisch. Trends Genetics 1997;13-
325, copyright 1997. Trends in Genetics de Elsevier Ltd. Reproducido con
permiso de Elsevier Ltd. en el formato de reutilización en un libro/libro de
texto a través de Copyright Clearance Center.
en estas regiones se metila, los residuos de citosina metilados
pueden servir como sitios de unión para reclutar enzimas adicio-
nales que modifican las histonas que reprimen y compactan más
la cromatina de ese promotor (como en la figura 12-53).
Aunque la metilación del DNA es una marca epigenética re-
lativamente estable, la transmisión de estas marcas de una célula
parental a sus hijas está sujeta a regulación. En la FIGURA 12-54
se representan los cambios sustanciales en los niveles de metila-
ción del DNA que ocurren durante la vida de un mamífero. El
primer cambio importante en el nivel de metilación se produce
entre la fertilización y las primeras divisiones del cigoto, cuando
el DNA pierde las “etiquetas” de metilación que se heredaron de
la generación anterior. Luego, más o menos cuando el embrión se
implanta en el útero, una oleada de metilación nueva (o de novo)
se propaga a través de las células, estableciendo un nuevo patrón
de metilación en todo el DNA. No conocemos las señales que
determinan si un gen dado en una célula en particular está desti-
nado a la metilación o si se libra en este momento. Sin embargo,
es evidente que los patrones anormales de metilación del DNA a
menudo se asocian con la enfermedad. Por ejemplo, el desarrollo
de tumores depende con frecuencia de la metilación aberrante y
el posterior silenciamiento de genes cuya expresión normalmente
suprimiría el crecimiento tumoral.
La metilación del DNA no es un mecanismo universal para
inactivar genes eucariotas. La metilación del DNA no se ha en-
contrado, por ejemplo, en levaduras o nemátodos. El DNA de la
planta, en contraste, a menudo está muy metilado, y los estudios
en células de plantas cultivadas indican que, como en los anima-
les, la metilación del DNA se asocia con la inactivación genética.
En experimento, las plantas tratadas con compuestos que inter-
fieren con la metilación del DNA produjeron un gran número de
hojas y tallos de flores. Además, las flores que se desarrollaron en
estos tallos tenían una morfología marcadamente alterada.
Uno de los ejemplos más radicales del papel de la metilación
del DNA en el silenciamiento de la expresión genética ocurre co-
mo parte de un fenómeno epigenético conocido como impronta
genómica, que es exclusivo de los mamíferos.
Impronta genómica 501
Hasta mediados de la década de 1980, se suponía que el conjunto
de cromosomas heredados de un progenitor masculino era fun-
12.17 • Represión transcripcional
cionalmente equivalente al conjunto correspondiente de cromo-
somas heredados del progenitor femenino. Pero, como ha ocurri-
do con muchas otras suposiciones de larga data, se demostró que
esto no era verdadero. En cambio, ciertos genes son activos o in-
activos durante el desarrollo temprano de los mamíferos, única-
mente en dependencia de si fueron transportados al cigoto por el
esperma o el óvulo. Por ejemplo, el gen que codifica un factor de
crecimiento fetal llamado IGF2 sólo está activo en el cromosoma
transmitido por el progenitor masculino. Por el contrario, el gen
que codifica un canal de potasio específico (KVLQT1) sólo está
activo en el cromosoma que transmite el progenitor femenino. Se
dice que los genes de este tipo están impresos de acuerdo con su
origen parental. La impronta puede considerarse un fenómeno
epigenético (p. 480), porque las diferencias entre alelos se here-
dan de los padres, pero no se basan en diferencias en la secuencia
de DNA. Se estima, basándose sobre todo en el estudio de rato-
nes mutantes, que el genoma de mamífero contiene, al menos, 80
genes impresos que se localizan principalmente en varios grupos
cromosómicos distintos.
Se piensa que los genes se imprimen como resultado de la
metilación selectiva del DNA de ciertas regiones que controlan
la expresión de los alelos masculino o femenino. Como resultado,
las versiones materna y paterna de genes impresos difieren, de
manera consistente, en su grado de metilación. Además, los rato-
nes que carecen de una DNA metiltransferasa clave (Dnmt1) son
incapaces de mantener el estado impreso de los genes que here-
dan. El estado de metilación de los genes impresos no se ve afec-
tado por las olas de desmetilación y remetilación que atraviesan el
embrión temprano (figura 12-54). En consecuencia, los mismos
alelos que están inactivos debido a la impronta en el óvulo fertili-
zado, estarán inactivos en las células del feto y en la mayoría de los
tejidos adultos. La principal excepción ocurre en las células germi-
nales, donde las huellas heredadas de los padres se borran duran-
te el desarrollo temprano y luego se restablecen cuando ese indi-
viduo comienza a producir sus propios gametos. Debe existir
algún mecanismo por el cual los genes específicos (p. ej., KVLQT1)
se seleccionen para la inactivación durante la formación del esper-
ma, mientras que otros genes (p. ej., IGF2) se seleccionan para la
inactivación durante la formación del huevo. Cada uno de los gru-
pos de genes impresos produce, al menos, un RNA no codificante.
Estos RNA desempeñan un papel clave en la dirección del silen-
ciamiento de los genes cercanos en varios de los grupos.
Las alteraciones en los patrones de impronta han sido impli-
cadas en una serie de trastornos genéticos humanos raros, en
particular aquellos que involucran un grupo de genes impresos
que residen en el cromosoma 15. El síndrome de Prader-Willi
(PWS, Prader-Willi syndrome) es un trastorno neurológico hereda-
do, que se caracteriza por retraso mental, obesidad y subdesarro-
llo de las gónadas. El trastorno a menudo ocurre cuando el cromo-
soma 15 heredado del padre lleva una deleción en una pequeña
región que contiene los genes impresos. Debido a que el cromo-
soma paterno tiene una deleción de uno o más genes y el cromo-
soma materno tiene la versión inactiva e impresa de la región
homóloga, el individuo carece de una copia funcional del (los)
gen(es). Aunque los genes suelen estar impresos para toda la vida
de un individuo, se conocen casos en los que se puede perder la
impresión. De hecho, la pérdida de impresión del gen IGF2 ocu-
rre en, aproximadamente, 10% de la población, lo que conduce a
un aumento de la producción del factor de crecimiento codifica-
do. Las personas con esta alteración epigenética corren un mayor
riesgo de desarrollar cáncer colorrectal. Se ha descubierto el caso
de una mujer que, debido a una supuesta deficiencia de una en-
zima de metilación del DNA, produjo ovocitos totalmente caren-
tes de genes impresos. Cuando se fertilizaron, estos ovocitos no
 502 pudieron desarrollar la implantación anterior, lo que demuestra los grupos metilo de los residuos K4 de la histona H3. Como se
la naturaleza esencial de esta contribución epigenética. indica en la figura 12-49, H3K4 metilada es una marca de genes
¿Qué papel podría desempeñar la impronta genómica en el transcripcionalmente activos, y, en consecuencia, la eliminación
desarrollo de un embrión? Aunque existen ideas diferentes sobre de los grupos metilo añadidos conduce a la represión de la trans-
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

esta cuestión, no hay una respuesta definitiva. Según un investi-
gador, la impronta genómica es un “fenómeno en busca de una
razón”, que es donde se queda el asunto.
RNA largos no codificantes (lncRNA)
como represores transcripcionales
Como se analiza en la página 436, una gran fracción del genoma
de los mamíferos se transcribe en los RNA, entre ellos miles de
especies que son lo suficientemente grandes como para ser des-
critas como RNA largos no codificantes o lncRNA. Las funciones
de un puñado de lncRNA se han estudiado bien, incluidas varias
especies involucradas en la impronta genómica o en la inactiva-
ción del cromosoma X. Estos estudios sugieren que los lncRNA
sirven como moléculas específicas de secuencia, que pueden
guiar los complejos proteicos a sitios específicos en la cromatina.
Al igual que XIST (p. 470), la mayoría de los lncRNA parecen te-
ner un papel en la orquestación de la represión transcripcional,
aunque algunos lncRNA pueden funcionar, en cambio, en la ac-
tivación transcripcional en algunos loci.
Un ejemplo de represión genética mediada por lncRNA se
observa en la expresión de genes HOX humanos, cuyas proteínas
codificadas desempeñan un papel clave en la determinación del
eje anterior-posterior del embrión temprano. El extremo 59 del
lncRNA HOTAIR (que se transcribe desde el locus HOXC en el
genoma humano) se une al complejo PRC2, mientras que el ex-
tremo 39 de este lncRNA se une al complejo COREST. PRC2 con-
tiene una histona metiltransferasa que es específica para el resi-
duo K27 en las colas de las histonas nucleares H3. La metilación
de H3K27 es una modificación represiva que mantiene el estado
transcripcionalmente inactivo de la cromatina de aquellos genes
a los que se ha añadido. CoREST es un complejo correpresor que
se muestra en la figura 12-53. En esa situación, CoREST actuó
como correpresor a través de su asociación con una histona des-
acetilasa. En el presente caso que se muestra en la FIGURA 12-55,
CoREST está asociado con una histona desmetilasa que elimina
cripción. HOTAIR guía estos dos complejos proteicos represivos
a otro locus (HOXD) situado en un cromosoma diferente. Mientras
están atados al locus blanco HOXD, PRC2 y CoREST modifican la
cromatina adyacente e inhiben su transcripción. Este no es un
caso aislado: el análisis ChIP-chip del genoma completo (p. 493)
indica que más de 700 genes en fibroblastos humanos están ocu-
pados tanto por PRC2 como por CoREST, y que HOTAIR propor-
ciona el enlace entre los dos complejos.
Se propone que los lncRNA pueden actuar como andamios
para mantener complejos de proteínas en estrecha asociación con
sitios blanco específicos en el genoma, donde pueden llevar a
cabo sus funciones de modificación de la cromatina. Cuando la
expresión de grandes cantidades de lncRNA se bloquea selectiva-
mente, los patrones de expresión genética de las células afectadas
se pueden alterar de manera drástica, lo que sugiere que estas
moléculas de RNA pueden desempeñar un papel general en la
regulación de la expresión genética. Estos reguladores de genes
pueden tener roles biológicos importantes. Por ejemplo, cuando
la transcripción de ciertos lncRNA se bloquea en las células ma-
dre embrionarias, las células pierden su estado pluripotente (p.
18) y expresan genes característicos de linajes específicos que
normalmente serían reprimidos. Los lncRNA están emergiendo
como jugadores importantes en enfermedades como el cáncer y
las enfermedades neurodegenerativas. Por ejemplo, la sobreex-
presión de HOTAIR se observa en muchos tipos de tumores, y los
altos niveles de expresión de HOTAIR se correlacionan con un
mal pronóstico. No está claro si estos cambios son simplemente
correlaciones o si muestran un papel real del lncRNA en la pro-
gresión de la enfermedad, pero los experimentos con crecimiento
de células cancerosas en cultivo han demostrado que la reduc-
ción de la expresión del lncRNA vinculado al cáncer puede dis-
minuir la proliferación celular y aumentar la muerte celular. Las
enfermedades genéticas hereditarias también pueden ser el resul-
tado de cambios en la expresión de lncRNA. Por ejemplo, un
defecto genético en la formación de la placenta es causado por
cambios en un lncRNA que se conoce como HELLPAR.

HOTAIR
Grupo metilo
3' eliminado de H3K4
Grupo metilo agregado
Correpresor
a H3K27
HOTAIR (lncRNA) CoREST
5'
H3K27
Desmetilasa Histona metiltransferasa metilado
Grupos metilo en K4 de H3 PRC2 H3K27
H3K4 LSD1

RNA polimerasa Locus HOXD

Locus HOXC Locus HOXD (reprimido)
1 2 3

FIGURA 12-55 Un lncRNA que actúa como un mediador de la represión transcripcional. En el paso 1, el lncRNA HOTAIR se transcribe desde una parte
del locus HOXC localizado en el cromosoma humano 12. En el paso 2, el RNA HOTAIR ha adoptado una estructura secundaria que le permite interactuar
con complejos proteicos específicos, que actuarán en el locus HOXD localizado en el cromosoma humano 2. El extremo 39 del lncRNA se une específica-
mente al complejo correpresor CoREST, que está asociado con la enzima LSD1, que elimina los grupos metilo de los residuos H3K4 de los nucleosomas,
lo que produce la eliminación de una marca epigenética transcripcionalmente activa. Mientras tanto, el extremo 59 de HOTAIR se une específicamente al
complejo PRC2 (un complejo proteico del grupo Polycomb) que tiene una subunidad enzimática que agrega grupos metilo a los residuos H3K27, que es
una marca epigenética transcripcionalmente represiva. Debido a la desmetilación de H3K4 y a la metilación de H3K27, el locus HOXD está reprimido
transcripcionalmente y ha adoptado una conformación compacta (paso 3).
REPASO Transcripción primaria 503
1. ¿Qué se entiende por el término epigenético? ¿Cómo es posi- 5' 3'
ble que fenómenos tan diversos como la metilación de la his-
tona, la metilación del DNA y la determinación del centrómero

12.18 • Control del procesamiento de RNA

puedan describirse como epigenéticos? EIIIB EIIIA
2. ¿Cómo la metilación del DNA afecta la expresión genética?
¿Cómo se relaciona con la acetilación o la metilación de histo- mRNA de
nas? ¿Qué se entiende por impronta genómica? fibroblastos
3. ¿Cuál es la diferencia entre HDAC y HAT?

mRNA hepático

12.18 Control del procesamiento de RNA

Una vez que se transcribe un RNA, por lo general debe someterse
a una serie de eventos de procesamiento, antes de que pueda
funcionar. Esto es, en particular, cierto en el caso de los mRNA,
que deben tener una estructura de casquete agregado en 59 (véa-
se figura 11-19), estar empalmados correctamente y tener una
cola intacta de poli(A) en el extremo 39. Cada uno de estos even-
tos debe estar regulado de manera adecuada, para permitir que el
mRNA salga del núcleo y sirva como plantilla para el ensamblaje
de proteínas. Los genes de plantas y animales complejos contie-
nen numerosos intrones y exones, y los intrones deben ser elimi-
nados con precisión, para permitir el transporte a través del poro
nuclear. Sin embargo, el patrón de eliminación de intrones puede
estar sujeto a una regulación espectacular, lo que permite múlti-
ples productos de proteínas del mismo gen. La vía particular de
empalme que se sigue puede depender de la etapa particular
de desarrollo o del tipo de célula o tejido en particular que se
considere. En el caso más simple, un exón específico puede ser
retenido o empalmado fuera de la transcripción. Un ejemplo de
este tipo de empalme alternativo se produce durante la síntesis de
fibronectina, una proteína que se encuentra tanto en el plasma
sanguíneo como en la matriz extracelular (FIGURA 12-56). La fi-
bronectina producida por los fibroblastos y retenida en la matriz
está codificada por un mRNA que contiene dos exones adiciona-
les, en comparación con la versión de la proteína producida por
las células hepáticas y secretada a la sangre. Los péptidos adicio-
FIGURA 12-56 Empalme alternativo del gen de la fibronectina. El gen
de la fibronectina consiste en una serie de exones que se muestran en el
dibujo superior (los intrones que se muestran en negro no están dibuja-
dos a escala). Dos de estos exones codifican porciones del polipéptido
llamado EIIIA y EIIIB, que están incluidas en la proteína producida por los
fibroblastos, pero que están excluidas de la proteína que se produce en el
hígado. La diferencia se debe a un empalme alternativo; aquellas porcio-
nes del premRNA que codifican estos dos exones se suprimen de la trans-
cripción en las células hepáticas. Las flechas indican los sitios de los exo-
nes faltantes en el mRNA del hígado.
nales están codificados por porciones del premRNA que se retie-
nen durante el procesamiento en el fibroblasto, pero se eliminan
durante el procesamiento en la célula hepática.
Se observa un patrón más complicado en el gen Dscam, que
codifica una familia de moléculas de adhesión celular, que se ex-
presan en la superficie celular y funcionan en la guía del axón
durante el desarrollo neuronal temprano en las moscas de la fru-
ta. Un homólogo ha sido implicado en las características del sín-
drome de Down en los humanos. En las moscas de la fruta, este
gen consta de 24 exones, pero incluye múltiples versiones alter-
nativas de los exones 4, 6, 9 y 17 (FIGURA 12-57). Es sorprenden-
te que, como resultado de los patrones combinatorios que se pue-
den generar al seleccionar uno de los exones variables, un único
gen Dscam pueda codificar hasta 38 106 moléculas de adhesión
celular diferentes. El genoma de la mosca de la fruta sólo contiene

Exón 4 Exón 6 Exón 9 Exón 17

12 alternativas 48 alternativas 33 alternativas 2 alternativas

DNA genómico
y premRNA

mRNA
Dominios de
inmunoglobulina Dominio
(Ig) transmembrana
Proteína

FIGURA 12-57 Ejemplo más complejo de empalme alternativo. La mayoría de los genes eucariotas están sujetos a un empalme alternativo. El gen
Dscam de Drosophila ilustra la diversidad de proteínas que se pueden generar mediante el empalme alternativo de transcripciones de un solo gen. La lí-
nea superior muestra la organización del premRNA y el DNA genómico. El gen contiene 24 exones, pero una transcripción primaria dada sólo contiene
una de las múltiples posibilidades de cada uno de los grupos 4, 6, 9 y 17 del exón. La línea media muestra la madurez en el mRNA con el exón seleccio-
nado de cada uno de estos cuatro grupos representados en un color diferente. La línea inferior muestra la estructura del dominio de la proteína codifica-
da. Los exones 4 y 6 codifican porciones de dos de los dominios Ig de la proteína, el exón 9 codifica un dominio Ig diferente, y el exón 17 codifica el domi-
nio transmembrana de la proteína. Combinando todas las posibilidades, el gen Dscam puede codificar 38 106 mRNA posibles. A modo de comparación,
el genoma completo de la mosca de la fruta sólo contiene alrededor de 14 000 genes.
Fuente: DL Black. Cell 2000;103:368, fig. 1; Cell by Cell Press. Reproducido con permiso de Cell Press en el formato de reutilización en un libro/libro de
texto a través de Copyright Clearance Center.
 504 FIGURA 12-58 Mecanismos de empalme alternativo. a) Los cambios en
la secuencia de un sitio de empalme de 59 pueden afectar el empareja-
U1 U1 U2 miento con el snRNA U1. Esto puede perturbar la cinética del empalme, al
U2AF permitir que los sitios con mejores coincidencias con U1 recluten el espli-
GU GU A (Py)n AG ceosoma para un sitio de empalme 59 sobre otro. En esta figura, están
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

presentes dos posibles sitios de empalme 59, como lo indican los dos di-
nucleótidos GU. La línea negra indica los segmentos de la transcripción
que se ligarán después de la escisión de la sección intermedia. En la ilus-
tración superior, la maquinaria de empalme ha reconocido el segundo de
los dos posibles sitios de empalme 59. En el dibujo del centro, se ha pro-
U1 U1 U2 ducido un cambio en la secuencia (indicado por el rectángulo negro) en la
U2AF
región del segundo sitio de empalme 59 potencial, y la maquinaria de em-
GU GU A (Py)n AG
palme ahora reconoce el primer sitio de empalme. En el dibujo inferior, se
ha introducido un segundo cambio de secuencia en la región del primer
sitio de empalme 59 potencial, lo que hace que la maquinaria de empalme
ignore este sitio y utilice el otro sitio como el sitio de empalme 59. b)
También se pueden reprimir o activar diferentes sitios de empalme de re-
sistencia, dependiendo de la unión cercana de proteínas que tienden a
U1 U1 U2 activar sitios de empalme (proteínas SR) o reprimir sitios de empalme (pro-
U2AF
GU GU A (Py)n AG teínas hnRNP). Las proteínas SR se unen a sitios específicos dentro de
exones o intrones llamados potenciadores de empalme de exones e intro-
a) nes (ESEs, exon splicing enhancers, e ISEs, intron splicing enhancers) que
se muestran en azul claro. Las proteínas hnRNP se unen a otros sitios en
exones o intrones llamados silenciadores de empalme de exón e intrón
(ESSs, exon splicing silencers, e ISSs, intron splicing silencers) que se
Proteínas SR U5 muestran en rojo claro. La unión de estas proteínas puede regular la se-
lección del sitio de empalme determinando si los componentes de empal-
hnRNPs U6 me, tales como U2AF, snRNP U1 y snRNP U2, se unen a un sitio particular
U4
en el premRNA.
U2 Fuente: a-b) J Valcarcel, et al. Curr Opin Cell Biol 2009;21:377-386, fig. 2.
U2AF U2AF Opinión actual en Cell Biology by Elsevier Ltd. Reproducido con permiso
U1
de Elsevier Ltd. en el formato de reutilización en un libro/libro de texto a
través de Copyright Clearance Center.

extendido como el empalme alternativo, la edición de RNA es

(Py)n AG GU A (Py)n AG
ESE ESS ISE ISS
b)
alrededor de 14 000 genes, lo que ilustra cómo el empalme alter-
nativo puede permitir que un genoma relativamente pequeño
codifique un proteoma mucho más grande.
La regulación del empalme alternativo, que permite a una
neurona seleccionar una única isoforma Dscam y no otra, es com-
pleja y un objetivo importante de la investigación en curso para
todos los eventos de empalme alternativos. El mecanismo por el
cual se incluye o excluye un exón particular depende principal-
mente de si la maquinaria de empalme selecciona los sitios de
empalme específicos 39 y 59 como sitios para ser divididos (p. 425).
Muchos factores pueden influir en la selección del sitio de empal-
me. Algunos sitios de empalme se describen como “débiles”, lo
que indica que la maquinaria de empalme puede evitarlos bajo
ciertas condiciones. El reconocimiento y el uso de sitios de empal-
me débiles se rigen por secuencias en el RNA, que incluyen poten-
ciadores de empalme exónico (p. 425), que se encuentran dentro
de los exones cuya inclusión está regulada. Los potenciadores de
empalme exónico sirven como sitios de unión para proteínas regu-
ladoras específicas. Si una proteína reguladora particular está pre-
sente y activa en una célula determinada, esa proteína puede unir-
se al potenciador de empalme y reclutar los factores de empalme
necesarios en un sitio de empalme débil 39 o 59 cercano. El uso de
estos sitios de empalme da como resultado la inclusión del exón
en el mRNA. En la FIGURA 12-58 se muestra un modelo de cómo
esto puede funcionar. Si la proteína reguladora no está presente y
activa en la célula, los sitios de empalme vecinos no se reconocen
y el exón se divide junto con los intrones flanqueantes.
Otra forma en que la expresión genética puede regularse a
nivel postranscripcional es mediante la edición de RNA, en la
que los nucleótidos específicos se convierten en otros nucleóti-
dos, después de que se ha transcrito el RNA. La edición de RNA
puede crear nuevos sitios de empalme, generar codones de para-
da o llevar a sustituciones de aminoácidos. Aunque no está tan
particularmente importante en el sistema nervioso, donde un nú-
mero significativo de mensajes parece tener una o más adeninas
(A) convertidas en inosinas (I). Esta modificación implica la elimi-
nación enzimática de un grupo amino del nucleótido. A conti-
nuación, la máquina de traducción la lee como G. El receptor de
glutamato, que media la transmisión sináptica excitatoria en el
cerebro (p. 164) es un producto de la edición de RNA. En este
caso, una modificación de A a I genera un receptor de glutamato,
2+
cuyo canal interno es impermeable a los iones Ca . Los ratones
genéticamente modificados, que no pueden llevar a cabo este pa-
so específico de edición de RNA, desarrollan convulsiones epilép-
ticas graves y mueren a las pocas semanas después del nacimien-
to. Hay otro ejemplo importante de edición de RNA que afecta a
la apolipoproteína B, una proteína transportadora de colesterol.
Los complejos de LDL discutidos en la página 302 se producen
en el hígado y contienen la proteína apolipoproteína B-100, que
se traduce a partir de un mRNA de longitud completa de, aproxi-
madamente, 14 000 nucleótidos de longitud. En el intestino, la
citidina en el residuo de nucleótido 6666 en el RNA se convierte
enzimáticamente en una uridina, que genera un codón de parada
(UAA) que termina la traducción. La versión abreviada de la pro-
teína, apolipoproteína B-48, se produce sólo en las células del
intestino delgado, donde desempeña un papel esencial en la ab-
sorción de las grasas.
REPASO
1. ¿Cómo es que el empalme alternativo puede aumentar eficaz-
mente el número de genes en el genoma?
2. Describa un ejemplo de empalme alternativo. ¿Qué valor tiene
para una célula este tipo de control? ¿Cómo podría una célula
regular los sitios del premRNA que se eligen para el empal-
me?
3. ¿Qué es la edición de RNA y cómo puede aumentar la canti-
dad de proteínas que se pueden formar a partir de una sola
transcripción de premRNA?
 son predominantemente monocistrónicos y codifican sólo un 505
12.19 Control transduccional único polipéptido. En ambos casos, la traducción comienza en
Recuerde del Dogma Central que el DNA se usa para producir un codón AUG, pero la forma en que el ribosoma encuentra este
RNA y el RNA se usa para producir proteínas. Ya se ha visto en codón de inicio es completamente distinta y proporciona un me-

este capítulo que la expresión genética se controla ampliamente a
nivel de la transcripción, pero la posterior traducción del mRNA
en proteína proporciona una segunda etapa en la que se controla
la expresión final de los genes en proteínas funcionales. El con-
trol transduccional abarca una amplia variedad de mecanismos
reguladores que afectan la traducción de los mRNA previamente
transportados desde el núcleo al citoplasma. Los temas conside-
rados bajo este paraguas regulador general incluyen 1) localiza-
ción del mRNA en ciertos sitios dentro de una célula, 2) si un
mRNA se traduce y, de ser así, con qué frecuencia, y 3) la vida
media del mRNA, una propiedad que determina cuánto tiempo
se traduce el mensaje.
Los mecanismos de control transduccional generalmente ope-
ran a través de interacciones entre mRNA específicos y varias
proteínas y microRNA presentes dentro del citoplasma. En la pá-
gina 419, se analizó que los mRNA contienen regiones que no
codifican, llamadas regiones no traducidas (UTRs, untransla-
ted regions), en sus extremos 59 y 39. La UTR 59 se extiende
desde el casquete 59 hasta el codón de iniciación AUG, mientras
que la UTR 39 se extiende desde el codón de terminación hasta el
final de la transcripción del RNA (véase figura 11-19). Durante
muchos años, las regiones no traducidas del mensaje fueron igno-
radas en gran medida, pero se ha vuelto evidente que las UTR
contienen secuencias de nucleótidos utilizadas por la célula para
mediar en el control de la traducción. En las células eucariotas,
varios procesos biológicos importantes dependen de la traduc-
ción de mRNA almacenados que no se traducen inmediatamente
después de la entrada al citoplasma. Como ejemplo, muchos
mRNA se almacenan en óvulos no fertilizados que deben perma-
necer inactivos hasta la fertilización y el desarrollo posterior. El
inicio de la traducción de estos mRNA durante el desarrollo tem-
prano implica, al menos, dos eventos distintos: la eliminación de
las proteínas inhibidoras unidas y el aumento de la longitud de
las colas poli(A) por acción de una enzima que reside en el cito-
plasma del óvulo. Estos eventos se ilustran en el modelo de acti-
vación traduccional en embriones de Xenopus en la FIGURA 12-59
y sirven para enfatizar el hecho de que los extremos 59 y 39 de los
mRNA a menudo se comunican por interacción proteína-proteí-
na, para regular la traducción.
Iniciación de la traducción
Las células procariotas tienen mRNA policistrónicos que codifi-
can numerosos polipéptidos, mientras que los mRNA eucariotas
12.19 • Control transduccional
dio para regular de manera diferencial la producción de proteí-
nas. Comenzaremos con la iniciación de la traducción eucariota,
ya que es bastante simple: el primer AUG corriente abajo del cas-
quete 7-metilguanosina casi siempre es el codón de inicio. La pe-
queña subunidad del ribosoma se ensambla en la estructura del
casquete y se escanea hacia abajo hasta que se encuentra el pri-
mer AUG, después de lo cual la gran subunidad del ribosoma se
une y comienza la traducción (véase figura 11-47). Hay algunos
ejemplos en los que un sitio interno de entrada al ribosoma (IRES,
internal ribosome entry site) permite que el ribosoma comience en
un AUG diferente del primero corriente abajo del casquete, pero
la abrumadora mayoría de los mRNA están estructurados de ma-
nera que la traducción comienza en el primer AUG corriente aba-
jo del casquete.
Se han descubierto varios mecanismos que regulan la veloci-
dad de traducción de los mRNA en respuesta a los cambios en los
requisitos de las células. Se puede considerar que algunos de estos
mecanismos actúan globalmente, porque afectan la traducción de
todos los mensajes. Cuando una célula humana se somete a cier-
tos estímulos estresantes, se activa una proteína cinasa que fosfo-
rila el factor de iniciación eIF2, que bloquea además la síntesis de
proteínas. Como se discutió en la página 443, eIF2-GTP entrega el
tRNA iniciador a la subunidad ribosómica pequeña, después de lo
cual se convierte en eIF2-GDP y se libera. La versión fosforilada de
eIF2 no puede intercambiar su GDP por GTP, que se requiere pa-
ra que eIF2 participe en otra ronda de iniciación de la traducción.
Es interesante observar que se han identificado cuatro proteínas
cinasas diferentes que fosforilan el mismo residuo Ser de la sub-
unidad eIF2α, para desencadenar la inhibición de la traducción.
Cada una de estas cinasas se activa después de un tipo diferente
de estrés celular, que incluye el choque térmico, la infección viral,
la presencia de proteínas desplegadas o la inanición de aminoáci-
dos. Por tanto, al menos cuatro vías de estrés diferentes convergen
para inducir la misma respuesta.
Otros mecanismos influyen en la velocidad de traducción de
mRNA específicos, a través de la acción de proteínas que recono-
cen elementos específicos en las UTR de esos mRNA. Uno de los
ejemplos mejor estudiados implica el mRNA que codifica la pro-
teína ferritina. La ferritina secuestra los átomos de hierro en el
citoplasma de las células, protegiendo así las células de los efectos
tóxicos del exceso de metal libre. La traducción de mRNA de fe-
rritina está regulada por un represor específico, denominado pro-
teína reguladora de hierro (IRP, iron regulatory protein), cuya activi-
dad depende de la concentración de hierro no unido en la célula.

Región de
codificación 5' UTR eIF4E eIF4E
4OS
–Cap –Cap
eIF3 eIF4G
Maskin Maskin P
3' UTR PABP PABP
CPEB CPEB CPSF
PAP
UUUUAU AAUAAA–A UUUUAU AAUAAA–AAAAAAAAAAAAAAAAAAA

FIGURA 12-59 Modelo para el mecanismo de activación traduccional de mRNA después de la fertilización de un óvulo de Xenopus. Los RNA mensa-
jeros aportados por la madre en el óvulo se mantienen en el citoplasma en un estado inactivo, mediante una combinación de sus colas cortas de poli(A) y
una proteína inhibidora unida llamada Maskin. Maskin está anclada en una superficie a CPEB, una proteína que se une a las secuencias en la UTR 39 de
mRNA específicos, y en otra superficie, a la proteína de unión al casquete eIF4E. Después de la fertilización, CPEB se fosforila, lo que desplaza a Maskin.
La versión fosforilada de CPEB recluta otra proteína CPSF, que recluta la poli(A) polimerasa (PAP, poly(A) polymerase), una enzima que agrega residuos
de adenosina a la cola de poli(A). La cola poli(A) alargada sirve como un sitio de unión para moléculas PABP, que ayudan a reclutar eIF4G, un factor de
iniciación requerido para la traducción. Como resultado de estos cambios, el mRNA se traduce activamente.
Fuente: Tomado de RD Mendez y JD Richter. Nature Reviews Mol Cell Biol 2001;2:514, copyright 2001, Nature Reviews Molecular Cell Biology by Nature
Publishing Group. Reproducido con el permiso de Nature Publishing Group en el formato de reutilización en un libro/libro de texto a través de Copyright
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 506 Elemento de respuesta al hierro (IRE)
Proteína reguladora de hierro
(IRP) (estado activo)
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética
5' AAAA
– Hierro + Hierro
(traducción (traducción
inhibida) inhibida)
IRP
(estado inactivo) Hierro (en forma de un
grupo de hierro-azufre)
Región de codificación
de proteínas
5' AAAA
mRNA de ferritina
AUG
(codón de iniciación)
FIGURA 12-60 Control en UTR 59 de la traducción de mRNA de ferriti-
na. Cuando las concentraciones de hierro son bajas, una proteína repre-
sora de unión a hierro, llamada proteína reguladora de hierro (IRP), se une
a una secuencia específica en la UTR 59 del mRNA de ferritina, llamado
elemento de respuesta al hierro (IRE), que se pliega en un asa de horqui-
lla. Cuando el hierro está disponible, se une a la IRP, cambiando su con-
formación y haciendo que se disocie del IRE, lo que permite la traducción
del mRNA para formar ferritina.
A bajas concentraciones de hierro, la IRP se une a una secuencia
específica en la UTR 59 del mRNA llamada elemento de respuesta
al hierro (IRE, iron-response element) (FIGURA 12-60). La IRP unida
interfiere físicamente con la unión de un ribosoma al extremo 59
del mRNA, inhibiendo así la iniciación de la traducción. A altas
concentraciones de hierro, la IRP se modifica de tal manera que
pierde su afinidad por el IRE. La disociación de la IRP del mRNA
de ferritina da acceso a la maquinaria traduccional al mRNA, y la
proteína codificada se sintetiza.
Para los procariotas, el proceso de iniciación de la traducción
es más complejo, porque hay múltiples codones de inicio en un
mensaje policistrónico y los ribosomas deben encontrar los sitios
de inicio correctos. Desde el punto de vista de la regulación, se
podría predecir que todos los marcos de lectura abiertos en un
mRNA policistrónico deberían traducirse a niveles iguales. Sin
embargo, este no es el caso. El mecanismo utilizado para identifi-
car codones de inicio auténticos es la presencia de una secuencia
Shine-Dalgarno justo corriente arriba de los codones de inicio.
Como se discutió en la página 442, esta secuencia es complemen-
taria a una región en rRNA 16S dentro de la pequeña subunidad
del ribosoma. El emparejamiento de bases entre la secuencia
Shine-Dalgarno y el rRNA 16S coloca la subunidad pequeña justo
corriente arriba de un codón de inicio que permite la entrada de
la subunidad grande y el inicio de la traducción. Para algunos
mRNA, la secuencia Shine-Dalgarno es perfectamente comple-
mentaria al rRNA 16S, y por tanto, la iniciación es muy eficiente.
Para otros mRNA, la secuencia Shine-Dalgarno puede no ser
exactamente complementaria al rRNA 16S, por lo que el inicio de
la traducción será menos eficiente. De esta forma, se pueden re-
gular las cantidades de proteína producidas a partir de cada mar-
co de lectura abierto dentro de un mRNA policistrónico. Por
ejemplo, tal vez la enzima A en el operón trp se necesita a niveles
mucho más altos que las otras cuatro. Una secuencia Shine-
Dalgarno perfecta corriente arriba del codón de inicio para la
enzima A y el emparejamiento imperfecto para las otras cuatro
permitiría una iniciación más eficiente para este marco de lectura
abierto, en comparación con los otros.
Localización citoplasmática de mRNA
En las células eucariotas, la localización de mRNA específicos en
3' regiones citoplasmáticas específicas es un mecanismo muy utili-
zado, mediante el cual las células establecen dominios citoplásmi-
cos distintos, desde el punto de vista de la función. Las recientes
innovaciones en las técnicas de imagen de células vivas están
permitiendo a los investigadores seguir los movimientos de los
mRNA específicos fuera del núcleo y a través del citoplasma.
Consideraremos brevemente la mosca de la fruta, cuyas fases de
huevo, larva y adulto se ilustran en la figura 12-61a). El desarrollo
del eje anterior-posterior (cabeza-abdomen) de una larva de la
mosca y de un adulto posterior se prefigura por la localización de
mRNA específicos, a lo largo de este mismo eje, en el ovocito. Por
ejemplo, los mRNA transcritos durante la ovogénesis del gen bi-
coid se localizan preferentemente en el extremo anterior del ovo-
cito, mientras que los mRNA transcritos del gen oskar se localizan
3' en el extremo opuesto (FIGURA 12-61b,c). Los mRNA se traducen
luego en el sitio de localización, donde se acumula la proteína
recién sintetizada. La proteína codificada por el mRNA bicoid des-
empeña un papel crucial en el desarrollo de la cabeza y el tórax,
mientras que la proteína codificada por el mRNA oskar es necesa-
ria para la formación de células germinales, que se desarrollan en
el extremo posterior de la larva.
La información que rige la localización citoplasmática de es-
tos mRNA reside en la UTR 39. Esto se puede demostrar usando
moscas de la fruta que portan un gen extraño, cuya región de
codificación está fusionada a una secuencia de DNA que contiene
la UTR 39 del mRNA bicoid u oskar. Cuando el gen extraño se
transcribe durante la ovogénesis, el mRNA se localiza en el sitio
determinado por la UTR 39. La localización de mRNA está media-
da por proteínas de unión a RNA que reconocen secuencias de
localización (denominadas códigos postales) en esta región del
mRNA.
Los microtúbulos y las proteínas motoras que los utilizan co-
mo pistas desempeñan un papel clave en el transporte de partí-
culas que contienen mRNA a lugares específicos. La localización
de los mRNA oskar en un ovocito de la mosca de la fruta, por
ejemplo, se ve alterada por agentes tales como la colchicina, que
despolimeriza los microtúbulos, y por mutaciones que alteran la
actividad de la proteína motora de la cinesina I. Por otra parte, se
cree que los microfilamentos anclan mRNA una vez que han lle-
gado a su destino. Durante el proceso de localización, la traduc-
ción de los mRNA se inhibe específicamente por las proteínas
asociadas.
La localización de mRNA no está restringida a óvulos y ovo-
citos, sino que se produce en todos los tipos de células polariza-
das. Por ejemplo, los mRNA de actina se localizan cerca del borde
de ataque de un fibroblasto migratorio, que es el sitio donde se
necesitan las moléculas de actina para la locomoción (figura
12-61d). Los estudios de grandes cantidades de genes sugieren
que aproximadamente 70% de todos los mRNA está localizado en
regiones específicas de la célula, lo que indica que la localización
del mRNA puede tener un papel mucho más general en la regu-
lación de la función genética de lo que se sospechaba antes.
Control de la estabilidad del mRNA
Mientras más tiempo esté presente un mRNA en una célula, más
veces puede servir como plantilla para la síntesis de un polipépti-
do. Si una célula debe controlar la expresión genética, es tan im-
portante regular la supervivencia de un mRNA, como regular la
síntesis de ese mRNA en primer lugar. A diferencia de los mRNA
procariotas, que comienzan a degradarse en su extremo 59, inclu-
so antes de que se haya completado su extremo 39, la mayoría de
los mRNA eucariotas tienen una vida relativamente larga. Aun
 así, la vida media de los mRNA eucariotas es bastante variable. El 507
T1 mRNA de FOS, por ejemplo, que participa en el control de la divi-
A5A4A3 T3 T1
T2 sión celular, se degrada con rapidez (vida media de 10 a 30 minu-
T3 A2 A1 T2
A1
A2
tos). En contraste, los mRNA que codifican la producción de las

12.19 • Control transduccional
A3 A6 proteínas dominantes de una célula particular, como la hemoglo-
A4 A7
A5 A8 bina en un precursor de eritrocitos o la ovoalbúmina en una célu-
A6
A7
la del oviducto de una gallina, normalmente tienen vidas media de
A8 más de 24 horas. Por tanto, al igual que con la localización del
mRNA o la velocidad de iniciación de la traducción del mRNA, la
Huevo Larva Adulto
maquinaria reguladora de la célula puede reconocer los mRNA
a) específicos y recibir un tratamiento diferencial.
A menos que estén protegidos por mecanismos como los que
se usan en óvulos no fertilizados (p. 505), los mRNA con colas
poli(A) cortas o ausentes se degradan rápidamente. Esto sugiere
que la longevidad de un mRNA está relacionada con la longitud
de su cola de poli(A). Cuando un mRNA típico sale del núcleo,
contiene una cola de, aproximadamente, 200 residuos de adeno-
sina (FIGURA 12-62a, paso 1). Como un mRNA permanece en el
citoplasma, su cola de poli(A) tiende a reducirse gradualmente en
longitud, ya que es mordisqueada por un tipo de exonucleasa
conocida como desadenilasa. No se observa ningún efecto drásti-
co sobre la estabilidad del mRNA, hasta que la cola se acorta a
cerca de 30 residuos (paso 2). Una vez que la cola se acorta a esta
longitud, el mRNA, por lo general, se degrada rápidamente por
cualquiera de las dos vías. En una de estas vías (mostrada en la
figura 12-62a), la degradación del mRNA comienza en su extre-
mo 59, después de la eliminación de la poli(A) restante en el ex-
tremo 39 del mensaje. El hecho de que la cola de poli(A) en el
extremo 39 del mensaje proteja el casquete en el extremo 59 de la
molécula sugiere que los dos extremos del mRNA se mantienen
en proximidad cercana (véase figura 11-45). Una vez que se retira
la cola 39 (paso 3, figura 12-62a), el mensaje se decapita (paso 4)
y se degrada desde el extremo 59 hacia el extremo 39 (paso 5). La
desadenilación, la descapsulación, y la degradación del 59 → 39
b) c) ocurre dentro de pequeños gránulos citoplasmáticos transito-
rios llamados cuerpos P (figura 12-62c). Además de destruir los
mRNA “no deseados”, los cuerpos P también pueden actuar como
sitios donde los mRNA que ya no se traducen se almacenan tem-
poralmente. En la vía de degradación de mRNA alternativa que se
Núcleo muestra en la figura 12-62b), la eliminación de la cola de poli(A)
(paso 3a) es seguida por la digestión continua del mRNA desde su
extremo 39 (paso 4a). La digestión de los mRNA en la dirección 39
Borde de ataque → 59 se lleva a cabo mediante una exonucleasa que forma parte de
un complejo de exonucleasas 39 → 59 llamado exosoma.
Debe haber más para la longevidad del mRNA que simple-
mente la longitud de la cola de poli(A), ya que los mRNA que
tienen vidas medias muy diferentes comienzan con una cola de
tamaño similar. Una vez más, se ha demostrado que las diferen-
cias en la secuencia de nucleótidos de la UTR 39 tiene un papel
en la velocidad a la que se acorta la cola de poli(A). La UTR 39 de
un mRNA de globina, por ejemplo, contiene varias repeticiones
de CCUCC que sirven como sitios de unión para proteínas espe-
d) cíficas que estabilizan el mRNA. Si estas secuencias están muta-
das, el mRNA se desestabiliza. Por el contrario, los mRNA de
vida corta contienen, a menudo, elementos ricos en AU (p. ej.,
FIGURA 12-61 Localización citoplasmática de mRNA. a) Dibujos esque- repeticiones de AUUUA) en su UTR 39, que desestabilizan el
máticos que muestran tres etapas en la vida de una mosca de la fruta: el
mensaje. Si se introduce una de estas secuencias desestabilizado-
huevo, la larva y el adulto. Se indican los segmentos del tórax y el abdo-
men. b) Localización de mRNA bicoid en el polo anterior de una etapa de ras en la UTR 39 de un gen de globina, la estabilidad del mRNA
división temprana de un embrión de mosca mediante hibridación in situ. c) transcrito a partir del gen modificado se reduce de una vida me-
Localización del mRNA oskar en el polo posterior de una etapa compara- dia de 10 horas a una vida media de 90 minutos. La importancia
ble a la que se muestra en b. Ambos RNA localizados desempeñan un pa- de estas secuencias desestabilizadoras (y la inestabilidad general
pel importante en el desarrollo del eje anteroposterior de la mosca de la del mRNA que producen) puede apreciarse considerando el
fruta. d) Localización de mRNA de β-actina (rojo) cerca del borde de ata- mRNA de FOS, normalmente de corta duración, mencionado con
que de un fibroblasto migratorio. Esta es la región de la célula donde se
utiliza la actina durante la locomoción (véase figura 9-61).
anterioridad. Si la secuencia desestabilizadora del gen FOS se
Fuente: b) Cortesía de Daniel St Johnston; c) Cortesía de Antoine Guichet
pierde a través de una eliminación, la vida media del mRNA de
y Anne Ephrussi, EMBL, Heidelberg, Alemania; d) Tomado de VM Latham, FOS aumenta, y las células con frecuencia se vuelven malignas.
et al. Cortesía Robert H. Singer. Curr Biol 2001;11:1010, fig. 4d, con permiso Se cree que las secuencias desestabilizadoras en la UTR 39 sirven
de Elsevier. como sitios de unión tanto para las proteínas (p. ej., AUF1), como
 508 1 m7Gppp AAAAAAAAAAA200 para los microRNA que provocan la desadenilación y posterior
destrucción del mRNA, como se explica a continuación.

REPASO
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

1. Describa tres formas diferentes en las que la expresión gené-

2 m7Gppp AAAAA30 tica puede ser controlada en el nivel de traducción. Cite un
ejemplo de cada uno de estos mecanismos de control.
2. ¿Cuál es el papel de poli(A) en la estabilidad del mRNA?
Deadenilasa
¿Cómo podría la célula regular la estabilidad de diferentes
mRNA?
3 m7Gppp A0 3. Describa los diferentes niveles a los que se regula la expre-
sión genética, para permitir que un gen de la globina β con la
Enzima de descapsulación siguiente estructura dirija la formación de una proteína que re-
presente más de 95% de la proteína de la célula.

4 m7Gppp A0 exón 1¬intrón¬exón 2¬intrón¬exón 3

12-20 Papel de los microRNA

5 A0
en el control transduccional
Las proteínas no son las únicas moléculas que pueden actuar co-
Exonucleasa 5' 3' mo reguladores de la traducción y estabilidad del mRNA. La for-
a) mación y el mecanismo de acción de los microRNA se discutió en
el capítulo 11 (p. 434). Como la mayoría de las proteínas que se
han estado analizando, que regulan la traducción y estabilidad
3a m7Gppp A0 Exosoma del mRNA, los miRNA actúan principalmente uniéndose a sitios
en la UTR 39 de sus mRNA blanco. Cada vez es más evidente que
los miRNA son importantes reguladores de casi todos los proce-
sos biológicos. Incluso las primeras etapas de desarrollo embrio-
nario requieren la participación de miRNA, como lo demuestra el
4a m7Gppp hecho de que los animales que carecen de la enzima que produce
miRNA Dicer no se desarrollan más allá de la gastrulación. De
manera similar, cuando Dicer sólo está ausente de un tejido en
b) particular, el desarrollo de las células de ese tejido muestra anor-
malidades obvias. También se está haciendo evidente que las ano-
malías en los niveles de miRNA tienen un papel importante en el
desarrollo de muchas enfermedades comunes.
Se cree que los microRNA ejercen su actividad reguladora
mediante múltiples mecanismos, como se representa en la FIGU-
RA 12-63.
1. El trabajo más reciente respalda un modelo que se descubrió
por primera vez en embriones de peces cebra, que demostró
que miR-430 funcionaba para eliminar embriones de mRNA
maternos, al inducir la desadenilación y la descomposición.
En este modelo, el emparejamiento de miRNA recluta exonu-
cleasas en el extremo 39 de un mRNA blanco, dando como
resultado un acortamiento de la cola de poli(A), seguido de
degradación. Como se discutió en la página 505, muchos
mRNA maternos se almacenan para su uso mientras los em-
briones se desarrollan, pero a medida que esos embriones
comienzan a transcribir sus propios genomas, los mRNA ma-
ternos se destruyen activamente. El miR-430 es abundante en
extremo durante esta transición en embriones de pez cebra, y
este miRNA se une a cientos de mRNA, lo que acelera su
descomposición. Desde entonces, este mecanismo de degra-
c) dación del mRNA mediado por miRNA ha sido demostrado
en numerosos otros organismos, incluidos ratones y huma-
FIGURA 12-62 Degradación del mRNA en células de mamíferos. a, b) nos, y es especialmente frecuente en células vegetales. La apa-
Los pasos descritos en estos dibujos se describen en el texto. c) rición generalizada de esta vía de degradación de mRNA se
Micrografía de fluorescencia que muestra los cuerpos P (amarillo) en el ci- revela mejor al comparar los números de mRNA particulares
toplasma de las células HeLa. Los cuerpos P se revelan como el sitio de
localización de GFP-DCP1, una proteína involucrada en la descapsulación
en células en diferentes condiciones. En general, se encuentra
del mRNA. Los núcleos están en rojo. que los niveles de mRNA se correlacionan de manera inversa
Fuente: c) Tomado de: F Tritschler, et al. Nature Revs Mol Cell Biol con los niveles de miRNA complementarios. En otras pala-
2010;11:380; recuadro 1. Reimpreso con permiso de Macmillan Publishers bras, cuando se introduce un miRNA particular en una pobla-
Ltd. Cortesía de D Lazaretti, Max Planck Institute, Tuebigen. ción de células, los mRNA que poseen sitios de unión para ese
 Desadenilación Proteólisis 509
(seguido de descapsulación y degradación) (degradación del péptido naciente)
X

miRNPs miRNPs

12.21 • Control postransduccional: determinación de la estabilidad de la proteína

ORF AAAAA AAAAA

Cuerpo P
(almacenamiento
miRNPs
o degradación
de mRNA) ORF AAAAA
miRNP vinculante

Bloque de iniciación Bloque de elongación

(reconocimiento del casquete reprimido o unión 60S) (alargamiento lento o “caída” de ribosomas)

miRNPs miRNPs
elF4E ORF AAAAA AAAAA

FIGURA 12-63 Silenciamiento genético mediado por miRNA. Los miRNA, como parte de un complejo de proteína miRNP como se ilustra en la figura 11-
35, se emparejan con los elementos de secuencia en la UTR 39 de los mRNA blanco. Reprimen la expresión genética después de la transcripción al pro-
mover la desadenilación y la degradación del mRNA (arriba a la izquierda), inhibiendo la iniciación de la traducción (inferior izquierda), inhibiendo el alar-
gamiento de la traducción (abajo a la derecha) o, posiblemente, activando la degradación de péptidos nacientes (arriba a la derecha). Algunos mRNA: los
pares de miRNA pueden almacenarse en los cuerpos P citoplasmáticos y, tras la depresión mediante la eliminación de miRNA, salir de los cuerpos P y re-
anudar la traducción. El marco de lectura abierto (ORF, open reading frame) corresponde al segmento de codificación de aminoácidos del mRNA.
Fuente: W Filipowicz, et al. Nat Revs Gen 2008;9:109, fig. 3. Nature Reviews Genetics by Nature Publishing Group. Reproducido con permiso de Nature
Publishing Group en el formato de reutilización en un libro/libro de texto a través de Copyright Clearance Center.

miRNA disminuyen en número. Por el contrario, cuando los

números de un miRNA particular se agotan experimental-
mente, la abundancia de mRNA con sitios de unión para ese
miRNA aumenta al mismo tiempo.
2. Un cuerpo de evidencia también sugiere que los miRNA pue-
den actuar inhibiendo la traducción de mRNA. La mayoría de
las pruebas apuntan a miRNA que actúa en el paso donde se
inicia la traducción, pero también pueden actuar para blo-
quear el alargamiento de la traducción.
3. Varios estudios preliminares sugieren que los miRNA pueden
reclutar proteasas que degraden las proteínas nacientes du-
rante la traducción.
Además de desempeñar un papel importante en la regulación
general de los genes, los miRNA también parecen ser importan-
tes mediadores de las respuestas al estrés. Una forma en que los
miRNA podrían facilitar una respuesta rápida al estrés es blo-
queando la traducción de mRNA específicos y manteniendo esos
mRNA en su lugar, hasta que algún indicio o estrés externo libere
la inhibición y permita que se reanude la traducción. En este mo-
delo, los mRNA reprimidos se mantienen en cuerpos P citoplas-
máticos y, bajo condiciones específicas, salen del cuerpo P y rea-
nudan la traducción (figura 12-63).
REPASO
1. Describa algunas de las formas en que los miRNA podrían re-
gular la expresión genética.
12.21 Control postransduccional:
determinación de la estabilidad
de la proteína
Se ha visto cómo las células poseen mecanismos elaborados para
controlar las velocidades a las que se sintetizan las proteínas. No
es de extrañar que las células también posean mecanismos para
controlar el tiempo que las proteínas específicas sobreviven, una
vez que son completamente funcionales. Aunque el tema de la
estabilidad proteica no cae, desde el punto de vista técnico, bajo
el título de control de la expresión genética, es una extensión ló-
gica de ese tema. Los estudios pioneros en el área de la degrada-
ción proteica selectiva fueron llevados a cabo por Avram Hershko
y Aaron Ciechan, en Israel, e Irwin Rose y Alexander Varshavsky,
en Estados Unidos.
La degradación de las proteínas celulares se lleva a cabo den-
tro de máquinas huecas, cilíndricas, que degradan las proteínas,
llamadas proteasomas, las cuales se encuentran tanto en el nú-
cleo como en el citosol de las células. Los proteasomas constan de
cuatro anillos de subunidades polipeptídicas apiladas una encima
de la otra con un casquete unido en cada extremo de la pila
(FIGURA 12-64a,b). Los dos anillos centrales consisten en poli-
péptidos (subunidades β) que funcionan como enzimas proteolí-
ticas. Los sitios activos de estas subunidades se enfrentan a la
cámara central cerrada, donde la digestión proteolítica puede
ocurrir en un entorno protegido.
Los proteosomas digieren proteínas que han sido específica-
mente seleccionadas y marcadas para su destrucción, como se
describe a continuación. Algunas proteínas se seleccionan, por-
que se reconocen como anormales, ya sea que están mal plegadas
 510

Casquete
CAPÍTULO 12 • Control de la expresión genética

α α
cap
β β
α Subunidad α
β β

1 2 α α 3
β
β Subunidades β

α
Subunidad α

α α α α α α
cap
β β β β β β

β β β β β β
5 4
α α α α α α

a) b) c)

FIGURA 12-64 Estructura y función del proteosoma. a) Micrografía electrónica de alta resolución de un proteosoma aislado de Drosophila. b) Modelo
de un proteosoma basado en microscopía electrónica de alta resolución y cristalografía de rayos X. Cada proteosoma consta de dos casquetes multi-
subunidades (o partículas reguladoras) en cada extremo de un cilindro en forma de túnel (o partícula nuclear) que está formado por una pila de cuatro
anillos. Cada anillo consta de siete subunidades que se dividen en dos clases, tipo α y tipo β. Los dos anillos internos están compuestos de subunidades
β, que rodean una cámara central. Las subunidades se dibujan en diferentes tonos de color, porque son polipéptidos similares, pero no idénticos. Tres de
las siete subunidades β en cada anillo poseen actividad proteolítica; los otros cuatro están inactivos en las células eucariotas. Los dos anillos externos es-
tán compuestos por subunidades α enzimáticamente inactivas, que forman una abertura estrecha (alrededor de 13 Å), a través de la cual los sustratos po-
lipeptídicos desplegados se enhebran para alcanzar la cámara central, donde se degradan. c) Pasos en la degradación de proteínas por un proteosoma.
En el paso 1, la proteína a ser degradada se une covalentemente a una cadena de moléculas de ubiquitina. La unión de ubiquitina requiere la participa-
ción de tres enzimas distintas (E1, E2 y E3) en un proceso que no se describe en el texto. En el paso 2, la proteína blanco poliubiquitinada se une al cas-
quete del proteosoma. La cadena de ubiquitina es luego eliminada, y el polipéptido desplegado se enhebra en la cámara central del proteosoma (paso
3), donde se degrada por la actividad catalítica de las subunidades β (pasos 4 y 5).
Fuente: a) Cortesía H Holzl y Wolfgang Baumeister. J Cell Biol 2000;150:126. Reproducido con permiso de la Rockefeller University Press.

o incorrectamente asociadas con otras proteínas. Se incluyen en
este grupo las proteínas anormales que se habían producido en
los ribosomas unidos a la membrana del ER rugoso (p. 265). La
selección de proteínas “normales” para la destrucción del protea-
soma se basa en la estabilidad biológica de la proteína. Se cree
que cada proteína tiene una longevidad o una vida media carac-
terística. Algunas moléculas de proteínas, como las enzimas de la
glucólisis o las moléculas de globina de un eritrocito, están pre-
sentes durante días o semanas. Otras proteínas que se requieren
para una actividad específica y fugaz, como las proteínas regula-
doras que inician la replicación del DNA o desencadenan la divi-
sión celular, pueden sobrevivir sólo unos pocos minutos. La des-
trucción de tales proteínas reguladoras clave por los proteosomas
tiene un papel crucial en la progresión de los procesos celulares
(como se ilustra en la figura 14-26). Velcade, un medicamento que
inhibe específicamente la digestión proteosómica, ha sido apro-
bado para el tratamiento de algunas formas de cáncer.
No se conocen bien los factores que controlan la vida de una
proteína. Uno de los determinantes es el aminoácido específico
que reside en el extremo N de una cadena polipeptídica. Los po-
lipéptidos que terminan en arginina o lisina, por ejemplo, por lo
general son de vida corta. Varias proteínas que actúan en mo-
mentos específicos dentro del ciclo celular están marcadas para
su destrucción cuando ciertos residuos se fosforilan. Sin embar-
go, otras proteínas llevan una secuencia interna específica de
aminoácidos llamada degron, que asegura que no sobrevivan mu-
cho tiempo dentro de la célula.
La ubiquitina es una proteína pequeña, altamente conserva-
da, con varias funciones en diversos procesos celulares. En la pá-
gina 300, por ejemplo, se vio que las proteínas de membrana que
llevan una única molécula de ubiquitina unida se incorporan se-
lectivamente a las vesículas endocíticas. Una sola ubiquitina uni-
da funciona sobre todo como una señal de clasificación. Por el
contrario, las proteínas se dirigen a la destrucción mediante la
unión de una cadena de poliubiquitina, que consiste en múltiples
moléculas de ubiquitina unidas covalentemente entre sí (paso 1,
figura 12-64c). En la primera etapa de este proceso, la ubiquitina
se transfiere de manera enzimática de una proteína transportado-
ra a un residuo de lisina en la proteína condenada. Las enzimas
que transfieren ubiquitina a las proteínas blanco comprenden
una gran familia de ubiquitina ligasa, en la que diferentes miem-
bros reconocen proteínas que portan distintas señales de degra-
dación. Estas enzimas desempeñan un papel importante en la
determinación de la vida o la muerte de las proteínas clave y son
un tema de investigación actual.
Una vez que es poliubiquitinada, una proteína es reconocida
por el casquete del proteosoma (paso 2, figura 12-64c), que elimi-
na la cadena de poliubiquitina y despliega la proteína objetivo
utilizando la energía proporcionada por la hidrólisis de ATP. El
polipéptido lineal desplegado se enhebra a continuación a través
de la estrecha abertura en el anillo de las subunidades α y se pasa
a la cámara central del proteosoma (paso 3), donde se digiere en
pequeños péptidos (pasos 4 y 5). Los productos peptídicos se li-
beran de nuevo en el citosol, donde se degradan en sus amino-
ácidos componentes.
REPASO
1. ¿Cuáles son los diferentes roles de una sola ubiquitina versus
ubiquitinas múltiples cuando se une a una proteína blanco?

Preguntas analíticas  
1. La metilación de K9 de la histona H3 (por una enzima SUV39H1)
está asociada con la heterocromatinización y el silenciamiento
genético. Se ha informado que la metilación de H3 por otras
enzimas puede conducir a la activación transcripcional. ¿Cómo
puede la metilación conducir a efectos opuestos?
2. ¿Cuántas copias de cada tipo de histona nuclear se necesita-
rían para envolver todo el genoma humano en los nucleoso-
mas? ¿Cómo ha resuelto la evolución el problema de producir
un número tan grande de proteínas en un periodo relativa-
mente corto?
3. Suponga que descubrió un mutante sensible a la temperatura,
cuyo núcleo no pudo acumular ciertas proteínas nucleares a
una temperatura elevada (restrictiva), pero continuó acumu-
lando otras proteínas nucleares. ¿Qué conclusiones puede
extraer sobre la localización nuclear y la naturaleza de esta
mutación?
4. Los humanos que nacen con tres cromosomas X, pero que no
tienen cromosomas Y, a menudo se convierten en mujeres de
apariencia normal. ¿Cuántos cuerpos de Barr espera que ten-
gan las células de estas mujeres? ¿Por qué?
5. Suponga que la desactivación de X no es un proceso aleatorio,
sino que siempre conduce a la inactivación del cromosoma X
derivado del padre. ¿Qué efecto esperaría que esto tuviese en
el fenotipo de las mujeres?
6. Los cromosomas que se muestran en la figura 12-22b) se mar-
caron incubando la preparación con fragmentos de DNA que
se sabe que son específicos para cada uno de los cromosomas.
Suponga que uno de los cromosomas en el campo contiene
regiones que tienen dos colores diferentes. ¿Qué se podría
concluir sobre este cromosoma?
7. ¿Qué ventaja podría obtenerse al sintetizar y procesar las trans-
cripciones en ciertas regiones del núcleo, en lugar de, aleatoria-
mente, en todo el nucleoplasma? (Véase video tutorial cuan-
titativo).
8. Compare y contraste el efecto de una eliminación en el opera-
dor del operón de lactosa con uno en el operador del operón
triptófano.
9. Si tuviera que encontrar un mutante de E. coli que produjera
cadenas polipeptídicas continuas que contuvieran tanto β-ga-
lactosidasa como galactosidasa permeasa (codificada por el
gen y), ¿cómo podría explicar cómo sucedió esto?
10. Se sospecha que una nueva hormona que se está probando
funciona para estimular la síntesis de miosina, al actuar a nivel
transcripcional. ¿Qué tipo de evidencia experimental apoyaría
esta afirmación?
11. Suponga que ha llevado a cabo una serie de experimentos en
los que ha trasplantado núcleos de varios tejidos adultos dife-
rentes a un óvulo de ratón activado y enucleado, y ha descu-
bierto que el óvulo no se desarrolló más allá de la etapa de
blastocito. ¿Podría concluir que el núcleo trasplantado había
perdido los genes necesarios para el desarrollo posblástula?
¿Por qué sí o por qué no? ¿Qué le dice este tipo de experimento
de forma más general sobre la interpretación de resultados
negativos?
12. Se observó en la página 493 que la huella de DNA permite el
aislamiento de secuencias de DNA que se unen a factores de
transcripción específicos. Describa un protocolo experimental
511
para identificar factores de transcripción que se unen a una
Preguntas analíticas
secuencia de DNA aislada. (Puede considerar las técnicas dis-
cutidas en la sección 18.11.)
13. ¿Cómo explica por qué los potenciadores pueden moverse
dentro del DNA sin afectar su actividad, mientras que la caja
TATA sólo funciona en un sitio específico?
14. Suponga que está trabajando con una célula que presenta un
nivel muy bajo de síntesis de proteínas y sospecha que las
células están sujetas a un inhibidor de control de la traducción
global. ¿Qué experimento podría realizar para determinar si
este es el caso?
15. Las secuencias de señal que dirigen la translocación de proteí-
nas hacia el retículo endoplasmático son escindidas por una
señal peptidasa, mientras que las NLS y las NES requeridas
para el movimiento de una proteína dentro o fuera del núcleo
permanecen como parte de esa proteína. Considere una pro-
teína como hnRNPA1, que está involucrada en la exportación de
mRNA al citoplasma. ¿Por qué es importante que las secuencias
de señal de transporte para esta proteína permanezcan como
parte de la proteína, mientras que la secuencia de señal para
las proteínas ER puede escindirse?
16. Cuando el DNA metilado se introduce en células de mamífero
cultivadas, generalmente se transcribe durante un periodo
antes de que se vuelva a reprimir. ¿Por qué esperaría este tipo
de retraso antes de que ocurra la inhibición de la transcripción?
17. Suponga que ha aislado un nuevo factor de transcripción y
desea saber qué genes podría regular esta proteína. ¿Hay
alguna manera de que pueda usar una micromatriz de cDNA
del tipo que se muestra en la figura 12-35 para abordar esta
pregunta? (Nota: la micromatriz de la figura 12-35 contiene el
DNA de las regiones que codifican proteínas, a diferencia de la
de la figura 12-46.)
18. Aunque se han clonado varias especies diferentes de mamífe-
ros, la eficacia de este proceso es extremadamente baja. A
menudo, decenas o incluso cientos de ovocitos deben ser
implantados con núcleos de donantes para obtener un naci-
miento vivo sano. Muchos investigadores creen que las dificulta-
des con la clonación residen en las modificaciones epigenéticas,
como la metilación del DNA y las histonas, que ocurren dentro
de varias células durante la vida de un individuo. ¿Cómo sospe-
cha que tales modificaciones podrían afectar el éxito de un
experimento como el que se muestra en la figura 12-32?
19. Un estudio en una revista médica británica descubrió que había
una correlación en la longitud de los telómeros entre los padres
y sus hijas y entre las madres y sus hijos e hijas, pero no entre
los padres y sus hijos. ¿Cómo puede explicar este hallazgo?
20. Algunos informes científicos se describen mejor como correla-
ciones, ya que informan sobre dos eventos o condiciones que
tienden a acompañarse mutuamente. Las correlaciones a
menudo se interpretan como evidencia de una relación causal
entre los dos eventos o condiciones. Otros informes científicos
implican una intervención experimental y generalmente hacen
un caso más fuerte para una relación causal. Elija una conclu-
sión científica que se exponga en este capítulo y que se base
en ambos tipos de evidencia. ¿Qué tipo de informe le parece
más convincente?