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Artículo de revisión

Condensados de proteínas nucleares y sus

propiedades en la regulación de la expresión
génica

Wei Li y Hao Jiang⇑

Departamento de Bioquímica y Genética Molecular,Facultad de Medicina de la Universidad de Virginia, Charlottesville, VA 22908, EE. UU.

Correspondencia a Hao Jiang:hj8d@virginia.edu (H Jiang)

https://doi.org/10.1016/j.jmb.2021.167151 Editado por Monika
Fuxreiter

Resumen

Nuestra comprensión de la regulación espacio-temporal de la expresión de genes eucarióticos se ha visto

muy estimulada recientemente por los hallazgos de que muchos de los reguladores de la cromatina, la
transcripción y el procesamiento de ARN forman condensados biomoleculares a menudo se ensamblan
a través de la separación de fases líquido-líquido. Un número creciente de informes sugiere que estos
condensados regulan funcionalmente la expresión génica, en gran medida al concentrar las
biomoléculas relevantes en los microcompartimentos similares a líquidos. Sin embargo, sigue sin
entenderse bien cómo las propiedades fisicoquímicas, especialmente las propiedades materiales, de los
condensados regulan la actividad de expresión génica. En esta revisión, discutimos los datos actuales
sobre varios condensados nucleares y sus propiedades biofísicas con las interacciones moleculares
subyacentes,
- 2021 Elsevier Ltd. Todos los derechos reservados.

Introducción La maquinaria de transcripción general reclutada, incluida la

La regulación del flujo de información genética está en el
centro mismo de las actividades de las células. La
desregulación de la expresión génica es la base de
numerosas enfermedades humanas, incluido el cáncer y los
trastornos del desarrollo. Si bien la expresión génica incluye
todo el proceso, desde las secuencias de ADN hasta las
proteínas funcionales finales, en esta revisión optamos por
centrarnos en los primeros pasos de la expresión génica que
se producen en el núcleo de las células eucariotas, a saber,
la regulación de la cromatina, la transcripción y el
procesamiento del ARN. En el núcleo, el polímero de
cromatina larga se somete a una organización de alto orden
que puede afectar la expresión génica. Para un gen típico
que codifica una proteína, tras la señalización celular, los
factores de transcripción activados (TF) se unen a secuencias
de ADN específicas en el promotor y potenciador del gen
que son inducidos a interactuar entre sí. y reclutar proteínas
de remodelación y modificación de la cromatina para hacer
que los sitios genómicos locales sean más accesibles. los
ARN polimerasa, inicia la transcripción en el promotor
central, pero a menudo se detiene hasta que hay más
señales para entrar en un estado de elongación productiva.
Los transcritos de ARN naciente, aunque todavía están
unidos a la cromatina local, se unen casi de inmediato a
muchas proteínas de unión al ARN que llevan a cabo un
procesamiento extenso del ARN, incluido el empalme.Figura
1). Las transcripciones maduras luego se exportan al
citoplasma para su traducción para producir proteínas.
Al igual que todos los demás procesos celulares, los pasos
altamente ordenados y coordinados del proceso de expresión
génica requieren que las moléculas involucradas estén en el
lugar correcto en el espacio nuclear tridimensional con la
concentración correcta en el momento correcto. Una estrategia
fundamental que utiliza la célula para lograr el control
espaciotemporal de la bioquímica, incluida la expresión génica,
es formar microbios sin membrana.
compartimentos, además denominado biomolecular
condensados,1que enriquecen moléculas específicas. Estos
condensados a menudo son ensamblados por débiles

0022-2836 / - 2021 Elsevier Ltd. Todos los derechos reservados. Revista de Biología Molecular434 (2022) 167151
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Figura 1. Condensados de proteínas que regulan diferentes pasos de la expresión génica en el núcleo.Un diagrama muy
simplificado para los condensados de proteínas en varios lugares del núcleo que regulan diferentes aspectos de la expresión génica.
La cromatina es el organizador central de estos condensados de proteínas y en sí misma está organizada en parte por condensación.
El número de proteínas en los condensados se minimiza por simplicidad. No se muestra aquí por simplicidad, a menudo se ubican
múltiples sitios genómicos en los condensados para la corregulación.

e interacciones intermoleculares multivalentes entre
moléculas iguales (homotípicas) o diferentes (heterotípicas),
separando así de manera efectiva estas moléculas de la fase
solvente, un proceso llamado separación de fase líquido-
líquido (LLPS).2Cada vez se aprecia más que el estado
condensado similar a un líquido es probablemente un
estado fundamental de las proteínas celulares junto con el
estado nativo y el estado amiloide (un estado condensado
similar a un sólido), con distintas funciones biológicas
asociadas con cada estado.3
La condensación biomolecular tiene múltiples funciones
en diferentes escalas de tamaño. La función más
destacada a nivel molecular es la regulación de las tasas
de procesos bioquímicos a través de varios mecanismos;
incluyendo la concentración, el secuestro y la exclusión
de componentes específicos para un proceso
bioquímico.4
En una vista integrada, diferentes tipos de ensamblajes de
alto orden, incluidos los condensados biomoleculares,
tienen un continuo estructural y dinámico, con propiedades
fisicoquímicas muy diferentes que tienen un impacto
profundo en los resultados biológicos.5Los estados
materiales de los condensados biomoleculares pueden
variar desde líquidos altamente dinámicos hasta líquidos o
geles menos dinámicos y altamente viscosos, y agregados o
fibras no dinámicos y similares a sólidos, sin límites claros
entre estos estados.Figura 2). En comparación con el sólido,
la característica que define al líquido es su rápida
reorganización molecular. Esto permite que las moléculas
encuentren y
colisionan entre sí, lo que facilita sus interacciones y
posteriormente las posibles reacciones químicas.2Las
proteínas han evolucionado para tener elementos de
secuencia adecuados que les permitan adoptar propiedades
materiales óptimas para cumplir sus funciones biológicas
específicas. Por ejemplo, varios condensados endógenos
adoptan estados no dinámicos y de tipo sólido que son
compatibles con sus funciones biológicas específicas.6a
veces en respuesta a ciertas condiciones ambientales.7Sin
embargo, las propiedades materiales aberrantes de los
condensados biomoleculares están vinculadas a
enfermedades humanas, en particular, la enfermedad
neurodegenerativa.8.9La composición molecular es otra
propiedad importante de los condensados.10.11De hecho, los
condensados nucleares endógenos siempre están
compuestos por muchas macromoléculas y en gran medida
impulsados por la termodinámica de las interacciones
heterotípicas de estas diferentes moléculas.12Como se
discutió en,11solo tenemos una comprensión rudimentaria
de los mecanismos que controlan qué moléculas se
incorporan o excluyen de los condensados, ya qué
concentración y estequiometría se incorporan.
Un gran número de excelentes críticas han cubierto el
concepto fundamental de LLPS,2,13,14condensados
biomoleculares,1.15y su regulación biológica y función.
4,8,16–20Los condensados biomoleculares existen en una
gama muy diversa de ubicaciones en las células, incluido
el núcleo.21Muchos condensados nucleares juegan
papeles críticos en la regulación de la expresión génica,

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Figura 2. Base molecular de las propiedades del condensado de proteínas en la regulación génica.Esta figura muestra la base molecular de las
propiedades materiales y de composición de los condensados de proteínas nucleares en la regulación de la expresión génica, con algunas
notas valiosas: a. Las proteínas en rojo y azul se dibujan aquí para mostrar que los condensados celulares son en su mayoría heterotípicos, y la
línea de curva gris muestra que la cromatina y los ARN son estructuras poliméricas nucleares principales que organizan y afectan
profundamente a estos condensados en la regulación de genes. B. Cada proteína interactúa con muchas otras proteínas para formar una red
que abarca el sistema en los condensados. C. Tanto los dominios estructurados como los IDR pueden participar en interacciones que
contribuyen a la condensación. D. En el diagrama de los escenarios I y II, las líneas discontinuas gruesas muestran interacciones
intermoleculares mejoradas. El aumento de las interacciones homotípicas entre las proteínas azules puede dar como resultado una partición
compartida reducida de las proteínas rojas (composición inadecuada) en los cocondensados. mi. * Mientras que el eje x muestra que el
aumento en la capacidad de LLPS a menudo (I, II) se correlaciona con la transición a un estado más sólido, otros cambios moleculares, como
residuos más rígidos y aromáticos irregulares (III, IV), no necesariamente cambiar la capacidad de LLPS y todavía puede endurecer los
condensados.

desde la organización y actividad de la cromatina, la Determinantes de las propiedades

transcripción, hasta varios pasos en el procesamiento del
ARN.22.23Aquí solo nos centraremos en los condensados
biofísicas de los condensados
nucleares involucrados en la ARN polimerasa II (Pol II) - biomoleculares
eventos y regulación de expresión génica asociados (
Las propiedades materiales de los condensados, incluida la
Figura 1), y también discutir las propiedades biofísicas de
liquidez, la viscosidad y la elasticidad, están determinadas por
estos condensados en relación con su función en la
múltiples factores, incluidas las secuencias de aminoácidos
regulación de genes. Aunque no se discute en esta
principales del andamio y las proteínas del cliente.26
revisión, el nucléolo es un paradigma de condensados
Los determinantes de secuencia de la condensación de proteínas
nucleares separados en fase con una composición
están bajo estudios activos y aún no están claros en gran medida.27.28
heterotípica de proteína-ARN y diferentes fases de
Una de las características más reconocibles de muchas proteínas
propiedades fisicoquímicas para funcionar en la
separadoras de fase en la literatura, especialmente para aquellas
expresión y biogénesis de los ARN ribosómicos.24.25
involucradas en la regulación de genes nucleares.
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eventos de ción, son las regiones largas intrínsecamente

desordenadas (IDR), partes de proteínas que carecen de
estructuras bien plegadas.21Las IDR son muy abundantes en
el proteoma humano, y especialmente abundantes en las
proteínas nucleares, siendo >70% altamente desordenadas,
muchas de las cuales están implicadas en procesos de
expresión génica.29.30
¿Tener IDR es equivalente a la separación de fases de la
proteína? Esta es una pregunta muy práctica para muchos
biólogos que pueden estar considerando sus proteínas
favoritas en la separación de fases. Hay muchos ejemplos de
separación de fases impulsada por interacciones
multivalentes de proteínas con dominios modulares
estructurados.1,31,32Los IDR no siempre están asociados con
la separación de fases, sino que tienen muchos otros roles
en biología, principalmente a través de su capacidad de
interacción flexible.33La secuencia que otorga un estado
desordenado no media automáticamente en las
interacciones intermoleculares y el ensamblaje de alto
Figura 3. Principales interacciones moleculares mediadas
orden, pero la falta de un compromiso fuerte de las cadenas
por IDR que controlan el ensamblaje y las propiedades
laterales de aminoácidos en la unión a otros residuos en la
biofísicas de los condensados de proteínas.Estas
misma molécula hace que muchos de ellos estén más
interacciones incluyen (a) interacciones electrostáticas entre
expuestos y fácilmente disponibles para interacciones con
aminoácidos con carga opuesta, (b)pag-paginteracciones
otros. otras moléculas. Esto a menudo proporciona el
principalmente entre (pero no limitado a) anillos aromáticos,
elemento clave para la separación de fases, la multivalencia,
(c) catión-pagsinteracciones entre aminoácidos cargados
que permite que cada molécula participe en interacciones
positivamente y aromáticos, (d) enlaces de hidrógeno entre
con múltiples moléculas diferentes para formar una red que
grupos hidroxilo de diferentes moléculas de proteína e (no
abarca el sistema.14como se ilustra enFigura 2. Las
mostradas) interacciones hidrofóbicas. (e) muestra enlaces
principales fuerzas impulsoras de los LLPS mediados por IDR
de hidrógeno entre el grupo hidroxilo de la proteína Tyr y
suelen ser relativamente débiles y de corta duración, e
las moléculas de agua, y esta interacción puede desempeñar
incluyen interacciones electrostáticas,pag-paginteracciones,
un papel en la regulación de la liquidez y la dinámica de los
catión–pagsinteracciones, enlaces de hidrógeno e
condensados.
interacciones hidrofóbicas (figura 3).1,21.34Las interacciones
débiles de los IDR promueven ciclos de reforma de ruptura
con moléculas iguales o diferentes. Además, el estado Por ejemplo, para un IDR con un número fijo de residuos
"borroso", es decir, la gran amplitud de las fluctuaciones aromáticos adhesivos (por lo tanto, valencia fija), el IDR con
conformacionales, de los IDR les permite muestrear compuestos aromáticos distribuidos uniformemente da lugar a
rápidamente las interacciones con otras moléculas. Estas gotas líquidas, pero el IDR con compuestos aromáticos muy
características de las interacciones forman la base de la irregulares o agrupados da lugar a agregados sólidos.36Si bien
dinámica molecular y la liquidez de los condensados.35De los enlazadores entre los elementos que interactúan no
hecho, las perturbaciones o mutaciones que aumentan las contribuyen en gran medida a la fuerza de la interacción
interacciones moleculares a menudo se asocian con una intermolecular, su capacidad para experimentar un rápido
mayor propensión a la separación de fases y también con intercambio conformacional es un factor importante para la
una dinámica reducida, cambiando el estado material a un dinámica del condensado.5Además, los enlazadores pueden
estado más sólido.Figura 2y tabla 1). adoptar una conformación expandida o compacta debido a su
diferente volumen efectivo de solvatación (o volumen excluido)
Bajo una condición dada, los elementos de la secuencia de y, por lo tanto, pueden afectar las propiedades del condensado.
proteínas, incluida la composición y el patrón de los 14.37En línea con la conformación
aminoácidos, determinan las características biofísicas de las flexibilidad del enlace peptídico asociado a la glicina,
interacciones intermoleculares (incluidas aquellas con la glicina mantiene, mientras que la serina y la glutamina se
solvente) en los condensados y la dinámica de las regiones oponen, la liquidez de los condensados formados por FUS,
de conexión en las moléculas.5Estas características todo sin mucho impacto en la propensión a la condensación.
moleculares impactan profundamente en las propiedades 27.38No está claro si estos aminoácidos controlan las
materiales de los condensados (Figura 2).14,27,36La afinidad y propiedades materiales de otros condensados de proteínas
la valencia de las interacciones entre las proteínas, que de la misma manera y qué otros aminoácidos pueden
pueden verse efectivamente como polímeros asociativos, desempeñar un papel en la regulación de la liquidez del
son un factor importante para la dinámica del condensado, condensado sin afectar la propensión a la condensación.
con una mayor fuerza de interacción que generalmente da Otros factores, incluidas las modificaciones
como resultado una dinámica reducida. El patrón de los postraduccionales y otros factores celulares, también
residuos que interactúan también es importante. Para regulan los estados materiales de los condensados,
ajustando en última instancia la interacción molecular.
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tabla 1Las propiedades de los condensados de proteínas regulan la expresión génica.Esta tabla muestra cuatro informes destacados en los que las propiedades
alteradas del condensado están vinculadas a actividades en la regulación de la expresión génica.
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valencia y/o fuerza. Están más allá de las secuencias
primarias de proteínas y, por lo tanto, proporcionan un rico
medio de regulación biológica de las propiedades del
condensado. Las modificaciones postraduccionales
provocan diversos efectos en la separación de fases de
proteínas al alterar sus propiedades estéricas, hidrofóbicas
o electrostáticas.16.39La metilación de la arginina en la región
C-terminal estructurada de FUS debilita la interacción
catiónica con la tirosina en el IDR y reduce la propensión a
LLPS de FUS y la gelificación de los condensados de FUS.40El
TDP-43 deficiente en unión a ARN forma una estructura de
condensado única compuesta de capas esféricas líquidas
con núcleos líquidos, y los chaperones de la familia HSP70
ayudan a mantener la liquidez de las capas y los núcleos.41
También se ha demostrado recientemente que las
chaperonas moleculares, incluidas las cochaperonas para
HSP70 y las pequeñas proteínas de choque térmico,
modulan la propensión a la separación de fases de FUS e
inhiben la transición de líquido a sólido/fibra de los
condensados de FUS.42–44Los receptores de importación
nuclear suprimen la LLPS y la fibrilación de varias proteínas
de unión a ARN, incluida la FUS.38.45–50Las propiedades
materiales de los condensados heterotípicos también se
ven afectadas por la estructura de la red de proteínas
dictada por la abundancia relativa de cada factor y sus
diferentes fuerzas de interacción, ya que el aumento en la
concentración de DAXX en los co-condensados SPOP-DAXX
da como resultado un predominio del DAXX-DAXX más débil.
interacciones sobre las interacciones SPOP-DAXX más
fuertes, y la transición constante de un estado similar a un
gel a un estado similar a un líquido.51
Condensados relacionados con la cromatina
Como punto de partida de todo el proceso de expresión
génica, la cromatina es una plataforma física organizada, al
menos en parte, por el principio de separación de fases y, al
mismo tiempo, un organizador central de numerosos
condensados nucleares involucrados en la expresión génica.
Figura 1).52–54Nuestra comprensión de la organización
estructural de la cromatina ha evolucionado constantemente.
Los datos actuales sugieren que la cromatina regional puede
estar organizada y regulada por LLPS, ya que las matrices
nucleosómicas de corto alcance pueden formar gotitas líquidas
separadas en fase impulsadas por la cola de histonas que
recapitulan ciertas regulaciones importantes de la cromatina,
incluida la descondensación por acetilación de histonas.55Sin
embargo, la cromatina, como un polímero nucleosómico largo
en el núcleo, se comporta más como un sólido o un hidrogel que
como un líquido, con una movilidad molecular de ADN limitada
en las regiones de heterocromatina y eucromatina,
posiblemente restringida por las fuertes interacciones sumadas
entre el ADN y la cola de histonas.56El estado sólido de la
cromatina proporciona un andamiaje que no solo proporciona
estabilidad mecánica al genoma y al núcleo, sino que también
puede promover la formación de condensados dinámicos de
numerosas proteínas asociadas a la cromatina. Por otro lado, los
LLPS de estas proteínas también juegan un papel activo en la
promoción de la formación de las diferentes regiones de la
cromatina. En particular, un
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varios estudios han demostrado que la formación de
heterocromatina constitutiva es promovida por LLPS de
varias proteínas clave asociadas a heterocromatina, incluida
HP1 sola o junto con la proteína escritora de metilación
H3K9, y la proteína de matriz nuclear SAFB en cooperación
con los principales ARN satélite.57–61Otro componente clave
de la heterocromatina constitutiva, MeCP2, también forma
condensados similares a líquidos separados en fases.
MeCP2 LLPS concentra selectivamente los cofactores de
heterocromatina, es promovido por el ADN metilado y se ve
afectado por las mutaciones que causan el síndrome de Rett
en MeCP2.62.63
La compactación de heterocromatina facultativa, vinculada al
silenciamiento génico, también puede promoverse mediante la
condensación de las proteínas asociadas, incluidas las proteínas
del grupo polycomb. CBX2, un componente de PRC1, forma
condensados líquidos que pueden concentrar ADN y
nucleosomas. Los residuos que son importantes para la
compactación de nucleosomas también lo son para la
condensación de CBX2.64.65La condensación PRC1 diseñada
inducida por la nucleación activada por luz puede leer y escribir
marcas de modificación de histonas, que posteriormente
inducen y mantienen la compactación de la cromatina.66
Recientemente se demostró que la heterocromatinización e
inactivación sostenida del cromosoma X requiere la formación
de un condensado heteromérico que contiene el ARN largo no
codificante Xisty un número deXistProteínas de unión a ARN a
través de interacciones proteína-ARN y proteína-proteína.67
Además, los LLPS de las propias histonas, especialmente la
histona enlazadora H1, también pueden contribuir a la
organización de la cromatina reprimida.68.69
También se sabe que la cromatina forma estructuras
de orden superior, incluidos los dominios de asociación
topológica (TAD) y otros dominios más dinámicos, como
los bucles promotor-potenciador, promotorpromotor o
potenciador-potenciador que son
íntimamente asociado con transcripcional
regulación.70Algunas de estas estructuras de orden superior
son mantenidas por proteínas clave, incluidas la cohesina y
CTCF. Los complejos de cohesina y ADN purificados forman
condensados similares a líquidos de una manera
dependiente de la longitud del ADN, lo que sugiere un
mecanismo de separación de fases basado en el puente
ADN-cohesina-ADN, que puede contribuir a la organización
de la cromatina mediada por cohesina.71CTCF forma grupos
nucleares dinámicos para mejorar su eficiencia de búsqueda
de objetivos al concentrar localmente CTCF y regular el bucle
de cromatina, aunque la naturaleza de estos grupos parece
menos clara.72–74Los condensados nucleares líquidos
diseñados y dirigidos genómicamente sobre la
oligomerización mediada por activación de luz en un sistema
modelo pueden detectar y reestructurar mecánicamente las
regiones genómicas locales.75
Los potenciadores activos se asocian con H3K4me1
y H3K27ac catalizados principalmente por la rama
KMT2C/D (MLL3/4) de los complejos SET1/MLL y p300
acetiltransferasa, respectivamente. MLL4 forma
condensados nucleares separados en fase que
dependen de una pista polyQ en su dominio priónico,
y participa y promueve la
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formación de condensado potenciador que se discutirá a
continuación. La mutación de pérdida de función de
MLL4 que se encuentra en el síndrome de Kabuki
asociado con MLL4 aumenta la agrupación de PRC1 y la
compactación de la cromatina, y causa estrés mecánico
nuclear al afectar la arquitectura nuclear.76P300 y TF
forman co-condensados dinámicos a través de
interacciones de sus IDR. Funcionalmente, la
cocondensación promueve la actividad de acetilación de
p300 y el posterior reclutamiento de coactivadores, lo
que conduce a una mayor activación transcripcional.
Además, la co-condensación de p300-TF puede modular
la cinética de explosión transcripcional.77KDM6A/UTX,
una histona H3K27 desmetilasa a menudo asociada con
potenciadores, también forma condensados de tipo
líquido separados en fases mediados por su IDR larga
central. Esta propiedad subyace a sus actividades en la
supresión de tumores y la regulación de la diferenciación
de células madre embrionarias. Los co-condensados
formados por MLL4 y UTX mejoran la actividad de
monometilación de H3K4 de MLL4 y también regulan la
interacción de cromatina de alto orden. Estos resultados
indican un papel crucial de la condensación de UTX en el
cáncer y la biología del desarrollo a través de la
regulación de la organización de la cromatina, las
modificaciones de las histonas y la transcripción.78
KDM7A, una desmetilasa para la desmetilación de las
histonas H3K9 y H3K27, forma condensados únicos en
forma de anillo con cromatina envolviéndolos.79
Condensados transcripcionales
La activación transcripcional implica la condensación de
básicamente todas las categorías de proteínas que son
fundamentales para la transcripción, incluidas Pol II,80.81
TF,82–84coactivadores,76.85–89y factores de elongación,90
destacando un papel fundamental de la condensación
biomolecular en la regulación transcripcional como se
propone (Figura 1).85
La transcripción específica de genes está dirigida por TF
que tienen dominios de unión de ADN estructurados que se
unen a secuencias de ADN afines y también dominios de
activación no estructurados que reclutan coactivadores. Los
TF a menudo se someten a LLPS mediados por los dominios
de activación desordenados, ya sea actuando por sí mismos
como un impulsor en la formación de condensados
transcripcionales, o actuando como un cliente (por ejemplo,
OCT4) que se incorpora a los condensados coactivadores a
través de la interacción entre el Dominio de activación de TF
y el coactivador. Los coactivadores transcripcionales,
incluidos BRD4, MED1, YAP/TAZ y BRD3, forman
condensados separados en fases in vitro y en células vivas.
86–89Todos estos coactivadores poseen IDR que mediaron en
LLPS; excepto TAZ, que se basa en su dominio de bobina en
espiral para la condensación.88Estos condensados de
coactivadores a menudo se localizan en los potenciadores;
especialmente los superpotenciadores, compartimentan TF
y Pol II, y funcionan para regular la expresión de genes
diana específicos.86–89El dominio Cterminal Pol II (CTD), que
consta de muchas hep-
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El tapéptido repetido y desordenado se une
directamente al hidrogel formado por las IDR de la
familia de proteínas FET (FUS, EWS y TAF15) de manera
sensible a la fosforilación.80El CTD Pol II hipofosforilado
se somete a LLPS; que media el agrupamiento de Pol II
en genes activos para el inicio de la transcripción.91Los
condensados TAF15 impulsados por luz diseñados
mejoran el reclutamiento y la agrupación de Pol II; que a
su vez mejora la condensación de TAF15 como un
mecanismo de retroalimentación positiva y activa la
transcripción local.92En combinación con otros estudios
avanzados de imágenes en células vivas,82.93
estos estudios juntos muestran que los TF; coactivators, y
Pol II forman centros dinámicos a través de las interacciones
de proteínas homotípicas y heterotípicas extensas y muy a
menudo mediadas por IDR para impulsar el inicio de la
transcripción.
De acuerdo con la noción anterior de que la cromatina
no es una plataforma pasiva sino una central y activa
organizador o nuclear condensados, ADN
Las secuencias con alta valencia y afinidad de unión a
TF proporcionan un mecanismo de nucleación que
cooperativamente promueve los transcripcional
formación de condensado en los potenciadores y la siguiente
activación de la transcripción. Las fuertes interacciones entre el
ADN y los dominios estructurados de unión al ADN de los TF
contribuyen activamente a la formación del condensado
transcripcional impulsada por interacciones multivalentes
débiles entre los IDR de proteínas (Figura 1).94Como ejemplo
relacionado con la transcripción aquí, las IDR desempeñan
funciones más allá de la separación de fases, las IDR extendidas
de ciertos TF guían la selección de promotores mediante
interacciones débiles y múltiples de las IDR largas con los sitios
genómicos.95Los ARN también pueden desempeñar un papel en
la formación de condensados transcripcionales. La formación
de condensado de BRD3 es promovida por un DÍGITO de ARN no
codificante largo.89Tras la señalización de estrógenos, múltiples
TF activados y coactivadores se ensamblan en condensados
dinámicos separados en fase en los potenciadores inducidos de
una manera dependiente del ARN potenciador (ARNe), e induce
la proximidad espacial de los potenciadores activados para
activar la transcripción.84
LLPS también juega un papel importante en la
elongación de la transcripción. Un paso clave en la
elongación es la fosforilación de Pol II CTD por quinasas
que incluyen p-TEFb, que consta de CDK9 y ciclina T1.
Este evento de fosforilación es promovido por LLPS de
ciclina T1 a través de un dominio rico en histidina en el
reclutamiento de ciclina T1 y Pol II en los condensados
de ciclina T1.81La pausa proximal al promotor y la
liberación de Pol II es otro mecanismo regulador
importante de la transcripción. La liberación está
mediada por la transición de p-TEFb secuestrado en un
complejo inactivo al complejo de superalargamiento
activo (SEC). Los componentes en el complejo SEC, ENL y
AFF4, pueden extraer y concentrar dinámicamente la
ciclina T1 del complejo inactivo y formar los condensados
SEC a través de interacciones heterotípicas, y funcionan
para liberar el Pol II en pausa a una etapa de elongación
productiva para una expresión génica rápida.
W. Li y H. Jiang
sion90La fosforilación de Pol II CTD también dirige la
partición de Pol II desde los condensados de iniciación de la
transcripción llenos de mediador hasta los condensados de
empalme llenos de factores de empalme para la elongación
de la transcripción y el procesamiento cotranscripcional del
ARN.96Es más; los datos tanto in vitro como in vivo sugieren
que el ARN producido a partir de la transcripción actúa
como un mecanismo de retroalimentación negativa para la
transcripción mediante la regulación de los condensados
transcripcionales. La baja cantidad de productos de ARN de
iniciación de la transcripción promueve la formación de
condensados de coactivadores por coacervación compleja
mediada por interacción electrostática; pero el alto nivel de
ARN producido en la elongación de la transcripción puede
disolver los condensados del coactivador y, por lo tanto,
amortiguar el proceso de transcripción.97
Estos condensados transcripcionales tienen tener
implicaciones importantes en la enfermedad. Muchas
formas de neoplasias malignas son causadas por la fusión
de proteínas de porciones, que a menudo incluyen IDR, de
estos reguladores transcripcionales. La proteína de fusión
EWS-FLI1, a través de la propiedad LLPS de EWSR1 IDR,
recluta y redirige el complejo de remodelación de cromatina
BAF a potenciadores específicos del tumor en el genoma, lo
que impulsa los programas de expresión de genes
oncogénicos en el sarcoma de Ewing.98Es probable que las
fusiones que involucran a las otras proteínas de la familia
FET, FUS y TAF15, también promuevan el cáncer de manera
similar. La propiedad LLPS del IDR en la fusión NUP98-
HOXA9 mejora la ocupación genómica de la proteína de
fusión, induce bucles de cromatina aberrantes para
protooncogenes y promueve la activación transcripcional
oncogénica, lo que impulsa la leucemogénesis.99La fusión de
ENL con MLL en la leucemia puede mejorar la condensación
de SEC, y esto puede desempeñar un papel en la promoción
del programa de expresión de genes oncogénicos
orquestado por la fusión MLL-ENL.90Pequeñas mutaciones
recurrentes de inserción y deleción en el dominio del lector
de cromatina ENL que se encuentran en el tumor de Wilms
mejoran la condensación de ENL de una manera
dependiente de IDR, lo que enriquece los factores
reguladores de la transcripción y activa la expresión del gen
objetivo oncogénico.100Como se discutirá más adelante, la
expansión repetida en las IDR de varios TF promueve LLPS
pero también altera las propiedades fisicoquímicas de los
condensados de transcripción, lo que lleva a un programa
transcripcional desregulado y trastornos humanos
hereditarios.101
Condensados de procesamiento de ARN
El corte y empalme previo al ARNm se inicia y regula por
un gran número de proteínas de unión a ARN que se unen a
los transcritos de ARN naciente, a menudo todavía unidos a
la cromatina. Los datos actuales sugieren que el empalme
cotranscripcional podría ocurrir en motas nucleares, un
orgánulo nuclear dinámico sin membrana altamente
enriquecido en factores de empalme y que transcribe
activamente Pol II.102,103De acuerdo con que las proteínas de
unión al ARN son las proteínas más enriquecidas que
pueden adoptar un estado similar al hidrogel identificado
8
Revista de Biología Molecular 434 (2022) 167151
en un ensayo de agregación mediado por b-isox,104Se ha
demostrado ampliamente que las proteínas de unión a ARN
sufren LLPS mediadas por sus IDR y, a menudo, más
reguladas por la unión de ARN.105Por lo tanto, se espera que
LLPS desempeñe un papel muy importante en el
procesamiento del ARN (Figura 1).
Se ha demostrado que varias proteínas reguladoras
del empalme forman condensados biomoleculares para
ser funcionalmente activas. La familia de reguladores de
empalme Rbfox forma un ensamblaje de orden superior
mediado por una secuencia de baja complejidad rica en
tirosina, y dicho ensamblaje es esencial para la función
normal de Rbfox en empalmes alternativos.106
Múltiples proteínas de la familia hnRNP, conocidas como importantes
reguladores de empalme, también forman ensamblajes de orden
superior que requieren IDR ricos en repeticiones Gly-Tyr. Interesar-
Por ejemplo, los exones alternativos específicos de mamíferos son
particularmente enriquecido con estas regiones codificantes
de IDR, lo que sugiere que la condensación mediada por IDR
de estos reguladores de empalme puede expandir su
capacidad reguladora de genes en mamíferos.107AKAP95 es
una proteína de unión a ARN con dedos de zinc que puede
desempeñar un papel positivo en la tumorigénesis, en parte
mediante la regulación del empalme de pre-ARNm
relacionado con el cáncer. AKAP95 sufre LLPS, que se
elimina por mutaciones de tirosina IDR a serina o alanina (YS
o YA) y se restaura reemplazando su IDR con IDR con
capacidad de condensación de proteínas irrelevantes.
AKAP95 LLPS es importante por su actividad en la regulación
del empalme y la tumorigénesis, ya que sus mutantes YS y
YA suprimen estas funciones biológicas.108
ARN 30-el procesamiento final también está regulado por
LLPS (Figura 1).ArabidopsisProteína de unión a ARN FCA
formularios separados por fases dinámica nuclear
condensados, una propiedad que es promovida por una
proteína de bobina enrollada FLL2. Sus co-condensados
compartimentan muchas proteínas necesarias involucradas
en el ARN 30-finalizar el procesamiento y, por lo tanto,
mejorar la poliadenilación del ARN en sitios específicos.109
Propiedades materiales de los condensados
nucleares que afectan la regulación génica.
Como se mencionó anteriormente, la cinética de reacción
se ve afectada por la tasa de interacción de los reactivos,
que está determinada por las concentraciones locales y las
tasas de difusión de los reactivos. La función más obvia, y
posiblemente la más importante, de formar
microcompartimentos similares a condensados es
aumentar en gran medida las concentraciones moleculares
moleculares.4,110,111Las tasas de difusión de los reactivos
están vinculadas a las propiedades materiales de los
condensados, pero solo unos pocos estudios han abordado
la cuestión de si las propiedades materiales de estos
condensados de proteínas juegan un papel en la regulación
génica.tabla 1).
Los condensados de proteínas separadas en fases in vitro
suelen pasar de un estado líquido a un estado sólido y pierden
dinámica, un proceso conocido como envejecimiento o
maduración.1El envejecimiento de los condensados líquidos
puede ocurrir a través de la gelificación que
W. Li y H. Jiang
Implica extensas reticulaciones físicas o convertirse en un
estado vítreo con elasticidad sin cambios pero mayor viscosidad.
17,112El envejecimiento del condensado se puede inducir
mediante una fuerte estimulación lumínica de las proteínas
modificadas en las células,113pero por lo demás se observa con
menos frecuencia en las células homeostáticas, probablemente
debido a muchos factores celulares que mantienen activamente
las propiedades del condensado. En respuesta a la señalización
de estrógenos, las propiedades físicas de los condensados
potenciadores promovidos por eRNA pueden alterarse según la
duración de la estimulación. La estimulación aguda da como
resultado condensados potenciadores dinámicos, similares a
líquidos y sensibles al 1,6-hexanodiol, proximidad espacial
cercana de los potenciadores y mayor actividad transcripcional.
Sin embargo, la estimulación prolongada conduce a
condensados menos dinámicos, sólidos y resistentes al 1,6-
hexanodiol, falta de proximidad al potenciador y actividad
transcripcional reducida.tabla 1), en consonancia con el
envejecimiento in vitro dependiente del tiempo de los
condensados potenciadores purificados junto con el eRNA. El
eRNA parece tener un efecto diferencial sobre la dinámica de los
diferentes componentes de los condensados, y no está claro
cómo afecta el eRNA al proceso de envejecimiento.84
Estos datos sugieren que la dinámica y la liquidez de los
condensados potenciadores pueden ser importantes para la
actividad transcripcional y, de manera más provocativa, pueden
ayudar a la interacción de la cromatina a través de la tensión
superficial de las gotitas de líquido como se propone en un
sistema modelo.75También será interesante estudiar cómo
cambian las propiedades del material en este sistema, por
gelificación o convirtiéndose en un estado vítreo.17
Los componentes SEC no solo promueven la formación de
condensados heterotípicos con p-TEFb, sino que también
regulan profundamente las propiedades materiales de los
condensados.90Sorprendentemente, los condensados
intracelulares de ENL y CDK9 parecen estar en condensados
no dinámicos y de tipo sólido hasta que se licuan mediante
la adición de AFF4. La dinámica de AFF4 también es
promovida por ENL, lo que sugiere que estos componentes
SEC juntos mantienen la dinámica de los condensados SEC
líquidos.90Aunque falta evidencia funcional, es razonable
especular que estas propiedades dinámicas del condensado
respaldan la activación de la transcripción rápida
dependiente de SEC.
En el estudio antes mencionado de condensación AKAP95,108
los autores muestran que la mutación de Tyr a Phe (YF) en la IDR
también afecta la actividad en la regulación del empalme y la
tumorigénesis. Sin embargo, a diferencia de las mutaciones YS o
YA, YF mejora la capacidad de condensación de AKAP95 y cambia
el estado material de los condensados hacia un estado menos
dinámico y más sólido (tabla 1). La velocidad de difusión
sustancialmente reducida en los condensados de YF puede
reducir la cinética de la reacción de empalme. Debe señalarse
que no está claro si se producen reacciones de empalme activas
en los condensados de AKAP95, aunque estos condensados a
menudo se co-localizan con Pol II alargado y, por lo tanto, como
sitios de empalme cotranscripcional activo. Un requisito de
condensados dinámicos también es consistente con que sean
el lugar de almacenamiento para los factores relacionados con
el empalme, en el sentido de que
9
Revista de Biología Molecular 434 (2022) 167151
la liberación dinámica de estos factores también puede ser
importante para proporcionar rápidamente los factores a las
reacciones de empalme que se producen en otros lugares. Un
equilibrio del número de residuos Tyr y Phe en una proteína IDR
puede ser importante para lograr los estados materiales
adecuados y una actividad biológica óptima, como se refleja en
la conservación y el intercambio mutuo de estos dos residuos en
humanos y ratones AKAP95 IDR.108
Tyr proporciona una fuerza impulsora de separación de
fase más fuerte que Phe para ciertas proteínas de unión a
ARN, incluida FUS, lo que sugiere que el grupo hidroxilo en
el anillo aromático de Tyr mejora las interacciones
moleculares para la separación de fase de esas proteínas.27
No está claro por qué la mutación YF mejora AKAP95 LLPS y
reduce la dinámica del condensado, pero podemos
compararlo con un ejemplo similar, en el que los dos
motivos (S / G) Y (S / G) en el dominio de baja complejidad
FUS forman núcleos de fibrillas reversibles. .114Los estudios
estructurales muestran que el primer núcleo se estabiliza
mediante enlaces de hidrógeno intramoleculares o
intermoleculares del grupo hidroxilo de tirosina con otro Tyr
o Ser, mientras que el segundo núcleo contiene moléculas
de agua que forman enlaces de hidrógeno con FUS Tyr58. La
interrupción de este enlace de hidrógeno por mutación a
Phe hace que el segundo núcleo forme fibrillas irreversibles.
114Este estudio sugiere que, dependiendo del contexto
posicional específico en la proteína, el grupo hidroxilo de Tyr
puede participar en enlaces de hidrógeno con moléculas de
proteína o solvente en los condensados, lo que resulta en
efectos opuestos en la capacidad de LLPS y las propiedades
materiales de los condensados (figura 3). Por lo tanto,
especulamos que los residuos de tirosina en AKAP95 IDR
pueden formar enlaces de hidrógeno con el agua para
mantener los condensados en un estado más líquido,
mientras que el mutante YF pierde los enlaces de hidrógeno
con el agua y los condensados tienden a formar agregados
irregulares.
Otro ejemplo de la actividad de la expresión génica
afectada por las propiedades biofísicas de los condensados
proviene del estudio mencionado anteriormente sobre la
condensación de UTX en la regulación del cáncer.78UTX es
IDR; sorprendentemente, severamente empobrecido de
residuos aromáticos conocidos por promover LLPS. La
mutación del principal aminoácido enriquecido en esa
región (His) a Tyr (HY) mejora en gran medida la
condensación de UTX, reduce la dinámica molecular y la tasa
de difusión en los condensados y afecta significativamente
la actividad supresora de tumores de UTX. Además, UTY, el
homólogo del cromosoma Y de UTX, es un supresor de
tumores más débil que UTX, al menos en parte debido a las
propiedades diferenciales de sus condensados IDR. UTY
IDR tiene sustancialmente más Tyr y Phe que UTX IDR, y
también abundantes grupos de residuos con carga opuesta
que no se encuentran en UTX IDR, ambas características
conocidas por mejorar la separación de fases. De hecho, UTY
IDR ha mejorado la propensión a LLPS y también ha
reducido notablemente la dinámica del condensado (tabla 1
). Tanto la mutación artificial como la variación natural
sugieren que UTX IDR puede haber desarrollado una
composición y un patrón de secuencia adecuados, como
evitar aromáticos y grupos de opuestos.
W. Li y H. Jiang
residuos cargados, para una propensión a la condensación
equilibrada y estados materiales para asegurar sus actividades
fisiológicas óptimas.78Esto también puede explicar parcialmente
por qué Tyr y Arg; ambos conocidos por su gran capacidad para
impulsar la separación de fases,27no están significativamente
enriquecidos en proteínas humanas que se predice que
impulsarán la formación de gotitas.115
Las mutaciones/variaciones que afectan el estado del material
condensado generalmente tienen menos impacto en las
actividades biológicas que aquellas que interrumpen la
formación del condensado.78,108lo que sugiere que obtener las
moléculas relevantes en concentraciones localmente altas es
probablemente la función principal de los condensados, y
mantener el estado material adecuado (y probablemente otras
propiedades, incluida la composición correcta) es un
determinante adicional pero también muy importante de las
actividades. Notamos que los condensados de estas
mutaciones/variaciones aún mantienen un bajo nivel de fluidez y
dinamicidad, y por lo tanto sigue siendo posible que un estado
sólido completamente no dinámico de los condensados abolirá
todas las actividades.
Complicaciones de las propiedades del
condensado en la regulación génica.
Es posible que las actividades biológicas específicas en la
expresión génica en las células puedan verse afectadas de
manera diferente por los estados alterados del material
condensado. Se demostró que una sustitución
fosfomimética, S48E, en el dominio globular de la proteína
de unión al ARN TDP-43 interrumpe la polimerización de la
proteína. S48E también reduce la propensión a la separación
de fases del TDP-43 y fluidifica notablemente los
condensados formados. Esta mutación reduce la actividad
de TDP-43 en la regulación del corte y empalme alternativo
de una construcción minigénica.116Se encontró que las
mutaciones de sustitución de un solo residuo de glicina a
diferentes aminoácidos en TDP-43 tienen diferentes
impactos en la separación de fases, incluida la propensión y
las propiedades del material condensado, y también tienen
diferentes efectos en su actividad al excluir el exón
alternativo de una construcción de minigen.117G335A
aumenta la capacidad de separación de fases y también
reduce en gran medida la fluidez del condensado, pero
mejora ligeramente la exclusión del exón del minigen.117
Otro estudio muestra que un mutante de TDP-43 deficiente
en la separación de fases aún puede mediar en el empalme
endógeno.118Estos estudios sugieren que la dependencia
fisiológica de la expresión génica de la propensión a la
separación de fases o de los estados del material
condensado probablemente esté influenciada por múltiples
contextos biológicos.
Estas complicaciones reflejan lo poco que
entendemos la relación entre los condensados y
los procesos biológicos en la célula, que se analiza
a continuación. (1) Dado que el aumento de la
propensión a LLPS a menudo se correlaciona con
una liquidez reducida, el efecto de la mutación o
perturbación en la actividad biológica puede
depender de si empuja las propiedades hacia o
lejos del "punto óptimo" equilibrado.
10
Revista de Biología Molecular 434 (2022) 167151
(2) Si bien la dinámica molecular reducida y la velocidad de
difusión en los condensados endurecidos pueden restringir
las interacciones de los reactivos dentro de los condensados
y, por lo tanto, ralentizar la cinética de reacción, pueden
tener impactos diferenciales en otros factores de las
reacciones.26Las propiedades materiales de los condensados
pueden afectar el tiempo de interacción y la estabilidad de
ciertas moléculas, y también el tamaño de malla de la red
que puede impactar selectivamente en ciertas moléculas, lo
que dificulta la predicción de los resultados. (3) A menudo
no tenemos una idea clara de dónde ocurre exactamente la
reacción con respecto a los condensados. La noción de
condensados actuando como crisol de reacción puede dar
la impresión de que la reacción ocurre dentro de los
condensados. La microscopía avanzada muestra que la
transcripción activa de Pol II se encuentra en la superficie,
no en el interior, de ambos condensados TAF15 activados
por luz.92
y los condensados formados por el coactivador YAP
endógeno activado.87La ubiquitilación de la histona H2B en
los nucleosomas del cuerpo del gen probablemente ocurre
en la capa catalítica que envuelve la estructura del
condensado del núcleo.119(4) Ignoramos las propiedades
detalladas de las subestructuras en la mayoría de los
condensados pequeños en el núcleo de la célula viva y, por
lo tanto, estamos lejos de poder explicar de manera
consistente el impacto de las propiedades del condensado
en las actividades biológicas. (5) Las propiedades materiales
intrínsecas de los condensados de proteínas vistos in vitro
a menudo no pueden reflejar completamente la movilidad
medida en células vivas, considerando las amplias
interacciones de las proteínas nucleares con la cromatina y/
o el ARN, los polímeros largos residentes en el núcleo. La
longitud de CTD de Pol II impacta negativamente en la
dinámica de Pol II en el núcleo probablemente al mejorar su
asociación con el andamio de cromatina,91que es bastante
inmóvil.56La mutación de unión al ARN de AKAP95 también
parece aumentar la liquidez y la dinámica de los
(108 y observaciones
condensados nucleares de AKAP95 no publicadas),
lo que sugiere que el anclaje del ARN restringe la movilidad de
AKAP95.
Otras propiedades de los condensados, como la
composición molecular, también pueden afectar la actividad
de expresión génica mediada por condensados. Las
expansiones repetidas en las IDR de muchos factores de
transcripción, como HOXD13, pueden mejorar su capacidad
LLPS y también alterar las propiedades del condensado,
incluida la disminución de la dinámica y la perturbación de la
composición de los condensados (lo que se denomina
"desmezcla") (Figura 2y tabla 1).101Los factores de
transcripción deben trabajar junto con los coactivadores
para inducir un programa transcripcional adecuado, por lo
tanto, la cantidad reducida del Mediador y otros
coactivadores incorporados en los condensados de TF
perjudica la transcripción y, en última instancia, conduce a
ciertos trastornos humanos.101
Estos datos también sugieren la importancia de las
interacciones homotípicas y heterotípicas equilibradas para
las propiedades apropiadas y, por lo tanto, la función de los
condensados, ya que la expansión repetida de alanina en
HOXD13 IDR mejora las interacciones homotípicas.
W. Li y H. Jiang
a expensas de las interacciones heterotípicas
HOXD13-Mediador, y conduce a condensados
transcripcionales menos activos con propiedades de
material endurecido y composición inadecuada.101
También notamos el impacto mutuo y la interacción
entre el material y las propiedades de composición de
los condensados. Por un lado, los condensados
endurecidos del HOXD13 expandido con Ala
desfavorecen la copartición de coactivadores.101Por
otro lado, cambiar la composición de los condensados
heterotípicos puede afectar la estructura de la red y
los estados materiales de los condensados.51
Vale la pena señalar que es un desafío sacar una
conclusión sólida sobre el papel causal de una propiedad
material específica o cualquier otra propiedad de los
condensados en los resultados biológicos asociados. Al
igual que la dificultad general para establecer la causalidad
en la mayoría de las investigaciones biológicas, múltiples
aspectos de las propiedades del condensado están
intrínsecamente vinculados y puede que no sea posible
perturbar individualmente una propiedad sin afectar
algunas de las otras, incluidas algunas propiedades no
apreciadas de los condensados biomoleculares. Por
ejemplo, las mutaciones que mejoran las interacciones
intermoleculares pueden aumentar la propensión a la
separación de fases (reducción de la concentración de
saturación), pero también tienden a reducir la dinámica
molecular y endurecer los condensados (Figuras 2ytabla 1),
40,78,101,108,116y mientras tanto puede alterar las propiedades
de composición de los condensados.101Si bien ciertas
mutaciones pueden afectar preferentemente el estado del
material condensado con poco efecto sobre la concentración
de saturación,27.38se desconoce si otras propiedades, como
la composición del condensado, se ven afectadas en las
celdas. También es difícil interpretar claramente cómo las
mutaciones que mejoran la condensación pueden afectar de
manera diferente los programas de expresión génica a
través de impactos diferenciales en diferentes propiedades
fisicoquímicas. ¿Las mutaciones que mejoran la
condensación en el dominio del lector de cromatina ENL100
también afectan las propiedades biofísicas y la composición
de los condensados y ¿cómo podrían esos cambios
contribuir a los resultados de la transcripción?
Conclusiones y perspectivas
Si bien durante décadas se ha observado y estudiado una
distribución agrupada de numerosas proteínas reguladoras
de genes en el núcleo,120–123el reciente auge en la
investigación de separación de fases ha inyectado nuevo
entusiasmo en los estudios de regulación espaciotemporal
de la organización del genoma y la expresión génica. En
nuestra opinión, esto no solo brinda una perspectiva
diferente para comprender estas estructuras, sino que
también impulsa importantes avances y revelaciones a
través de algunos enfoques importantes. Uno de esos
enfoques es la demostración in vitro de que ciertas
proteínas purificadas tienen la capacidad intrínseca de
formar condensados, por lo que es probable que sean el
"impulsor" (y probablemente el significado biológico)
11
Revista de Biología Molecular 434 (2022) 167151
ingful) de la formación de focos nucleares en lugar de ser
arrastrado pasivamente a los focos en las células. Más
importante aún, las disecciones y manipulaciones de los
elementos de la secuencia de la proteína y otros factores
celulares ayudan en gran medida a revelar la funcionalidad
de muchos de estos focos nucleares, así como la actividad y
el mecanismo de la propia proteína. Las actividades
moleculares clave de ciertas proteínas nucleares son
bastante enigmáticas hasta que LLPS arroja nueva luz sobre
ellas. Hay una serie de enzimas epigenéticas cuyas
actividades catalíticas parecen estar lejos de ser suficientes
para explicar sus funciones biológicas.124UTX, por ejemplo,
es una histona H3K27 desmetilasa cuya actividad
desmetilasa suele ser prescindible para que UTX regule
muchos procesos biológicos. Ahora se encuentra que el LLPS
mediado por UTX IDR es una propiedad subyacente para sus
actividades en la regulación de la diferenciación de células
tumorales y madre.78Los hallazgos de que las expansiones
repetidas en los IDR de TF alteran las propiedades del
condensado transcripcional han brindado una comprensión
crítica y mecanicista de patologías que de otro modo serían
desconcertantes.101
No hay duda de que en los próximos años se demostrará
que muchas más proteínas nucleares forman condensados
que desempeñan un papel en la regulación de genes. Será
de gran interés comprender (1) cómo las propiedades
fisicoquímicas de estos condensados nucleares están
determinadas por factores proteicos intrínsecos y
extrínsecos, (2) cómo las diferentes condiciones celulares
(como las etapas de diferenciación celular) y las mutaciones
de enfermedades pueden afectar la fisicoquímica.
propiedades de los condensados,125y (3) cómo estas
propiedades del condensado regulan las actividades
bioquímicas asociadas y las funciones biológicas.
¿Qué “gramáticas” moleculares, si las hay, en el
nivel de la secuencia primaria adoptan las proteínas
(incluidas las proteínas nucleares involucradas en la
expresión génica) para mantener un equilibrio de
propensión a formar condensados y mantener el
condensados en estados materiales apropiados con
composición molecular? Tenemos muy pocos
ejemplos en esta etapa para dibujar reglas
generalizables. Como discutimos anteriormente,
dicho equilibrio parece ser importante para las
actividades bioquímicas y funciones biológicas
óptimas de las proteínas.
Gran parte de la investigación se ha centrado en el papel
de las IDR en proteínas individuales en la regulación de los
condensados nucleares. La investigación futura deberá
dedicar mucho más esfuerzo a (a) la interacción de los IDR y
los dominios estructurados de estas proteínas, y también (b)
la interacción de diferentes moléculas en la modulación del
ensamblaje del condensado,
desmontaje, y sus fisicoquimico
propiedades, en relación con la función. Estos dos aspectos
también pueden estar interconectados, ya que la
estructurado dominios mayo regular los
condensación de proteína de longitud completa ya
sea por efecto directo (sin otra molécula) o por
interacción con otra molécula en los condensados.
Dimerización u oligomerización de un
W. Li y H. Jiang Revista de Biología Molecular 434 (2022) 167151

El dominio estructurado, como el que muestra TDP-43, Declaración de contribución de

mejora el LLPS impulsado por la red de interacción
mediada por IDR y reduce la fluidez del condensado.116
autoría CRediT
Catión-pagsLa interacción entre la arginina en el dominio Wei Li:Redacción - borrador original.Hao Jiang:Escribiendo
estructurado y la tirosina de la IDR en FUS es una fuerza - revisión y edición.
impulsora importante para FUS LLPS y moldea
profundamente las propiedades materiales de los
condensados.40Un efecto indirecto del dominio
estructurado en LLPS se ve comúnmente en la
condensación mejorada de TF con ADN mediante Expresiones de gratitud
interacciones multivalentes del dominio de unión a ADN
El trabajo en el laboratorio de los autores cuenta con el
estructurado de TF con secuencias de ADN.94
apoyo del NIH (1 R21 CA257936-01), el Departamento de
Serán necesarios múltiples enfoques para responder a la pregunta fundamental de cómo los
Defensa (BC190343), el Premio Académico de Investigación
condensados y sus propiedades regulan funcionalmente la expresión génica. El enfoque de
de la Sociedad Estadounidense del Cáncer (128609-
pérdida de función utilizando sistemas in vivo fisiológicamente relevantes es un enfoque
RSG-15-166-01-DMC) y el Leukemia and Lymphoma Premio
indispensable e importante. Este enfoque generalmente implica la mutagénesis de secuencias
Académico de la Sociedad. Los autores agradecen a Rohit
de genes endógenos que codifican regiones o residuos de proteínas críticos para las
Pappu por estimular los debates.
propiedades del condensado, seguido de un análisis funcional en la expresión de genes. Sin

embargo, la disección mecanicista no es fácil con este enfoque y los efectos indirectos pueden

ser difíciles de excluir. Un enfoque importante en los estudios mecanicistas de la expresión Declaración de interés en competencia
génica ha sido la disección bioquímica in vitro de las modificaciones y la remodelación de la

cromatina, la transcripción y el procesamiento del ARN, utilizando extractos nucleares

Los autores declaran que no tienen intereses
"homogeneizados" y sistemas reconstituidos con factores purificados. La homogeneización aquí
financieros en competencia ni relaciones
se refiere a la pérdida de estructura celular a una escala de tamaño bastante grande, pero no
personales conocidas que pudieran haber influido
está claro cuánto de los condensados de mesoescala aún se conservan o se pierden y, por lo
en el trabajo informado en este documento.
tanto, no está claro si las actividades bioquímicas observadas en estos sistemas son ayudadas

por algún condensado. La reconstitución bioquímica con factores rastreables por fluorescencia Recibido el 6 de mayo de 2021;

permitirá que la manipulación de la formación de condensados y las propiedades se vinculen Aceptado el 6 de julio de 2021;

directamente con las lecturas funcionales en el sistema. Ciertos enfoques nuevos, especialmente Disponible en línea el 14 de julio de 2021

la condensación activada por luz en células vivas, permiten revelar los efectos directos mediante
Palabras clave:
la manipulación aguda y específica del sitio de los condensados seguida de lecturas funcionales
separación de fases líquido-líquido;
in situ. y, por lo tanto, no está claro si las actividades bioquímicas observadas en estos sistemas
condensados biomoleculares;
se ven favorecidas por algún condensado. La reconstitución bioquímica con factores rastreables
propiedades materiales;
por fluorescencia permitirá que la manipulación de la formación de condensados y las
la expresion genica;
propiedades se vinculen directamente con las lecturas funcionales en el sistema. Ciertos
cromatina y transcripción
enfoques nuevos, especialmente la condensación activada por luz en células vivas, permiten

revelar los efectos directos mediante la manipulación aguda y específica del sitio de los

condensados seguida de lecturas funcionales in situ. y, por lo tanto, no está claro si las

actividades bioquímicas observadas en estos sistemas se ven favorecidas por algún condensado.

Referencias
La reconstitución bioquímica con factores rastreables por fluorescencia permitirá que la

manipulación de la formación de condensados y las propiedades se vinculen directamente con

las lecturas funcionales en el sistema. Ciertos enfoques nuevos, especialmente la condensación

activada por luz en células vivas, permiten revelar los efectos directos mediante la manipulación
aguda y específica del sitio de los condensados seguida de lecturas funcionales in situ.66,77,92
Estos pueden ser métodos complementarios útiles para comprender los efectos directos de la
condensación y las propiedades de condensación en la expresión génica.
Mirando hacia el futuro, apenas estamos comenzando a
apreciar la relevancia funcional de los numerosos
condensados nucleares y sus propiedades en la regulación
de genes, y seguramente encontraremos nuevas sorpresas
a lo largo de nuestro viaje hacia una mejor comprensión de
cómo estas pequeñas gotas controlan el flujo de
información genética. Estos estudios también pueden
sugerir enfoques de intervención para modular, incluido el
ablandamiento y el endurecimiento selectivos, el material y
otras propiedades de estos condensados nucleares en el
tratamiento de enfermedades.
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