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Capitulo 5 Replicación y reparación de ADN, y recombinación

Biología Celular (Universidad Autónoma del Estado de Morelos)

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5
HAPTER

Replicación, reparación y
recombinación del ADN C

La capacidad de las células para mantener un alto grado de orden en un universo caótico En este capítulo
depende de la duplicación exacta de grandes cantidades de información genética
transportada en forma química como ADN. Este proceso, llamadoReplicación de ADN, debe EL MANTENIMIENTO DE LAS
ocurrir antes de que una célula pueda producir dos células hijas genéticamente idénticas. SECUENCIAS DE ADN
Mantener el orden también requiere la vigilancia continua y la reparación de esta
información genética, porque el ADN dentro de las células es dañado repetidamente por MECANISMOS DE REPLICACIÓN DEL ADN
sustancias químicas y radiaciones del ambiente, así como por accidentes térmicos y
moléculas reactivas generadas dentro de la célula. En este capítulo, describimos las LA INICIACIÓN Y
máquinas de proteínas que replican y reparan el ADN de la célula. Estas máquinas FINALIZACIÓN DEL ADN
catalizan algunos de los procesos más rápidos y precisos que tienen lugar dentro de las REPLICACIÓN EN CROMOSOMAS
células, y sus mecanismos ilustran la elegancia y eficiencia de la química celular.
Si bien la supervivencia a corto plazo de una célula puede depender de la prevención de cambios en REPARACION DE ADN

su ADN, la supervivencia a largo plazo de una especie requiere que las secuencias de ADN sean
cambiantes durante muchas generaciones para permitir la adaptación evolutiva a circunstancias RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA
cambiantes. Veremos que a pesar de los grandes esfuerzos que hacen las células para proteger su ADN,
ocurren cambios ocasionales en las secuencias de ADN. Con el tiempo, estos cambios proporcionan la
TRANSPOSICIÓN Y
variación genética sobre la que actúan las presiones de selección durante la evolución de los RECOMBINACIÓN CONSERVADORA
organismos. ESPECÍFICA DEL SITIO
Comenzamos este capítulo con una breve discusión de los cambios que ocurren en el ADN a
medida que se transmite de generación en generación. A continuación, analizamos los
mecanismos celulares (la replicación y reparación del ADN) que son responsables de minimizar
estos cambios. Por último, consideramos algunas de las vías más intrigantes que alteran las
secuencias de ADN, en particular, las de la recombinación del ADN, incluido el movimiento
dentro de los cromosomas de secuencias especiales de ADN llamadas elementos transponibles.

EL MANTENIMIENTO DE LAS SECUENCIAS DE ADN


Aunque, como se acaba de señalar, los cambios genéticos ocasionales mejoran la supervivencia
a largo plazo de una especie a través de la evolución, la supervivencia del individuo exige un alto
grado de estabilidad genética. Solo en raras ocasiones fallan los procesos de mantenimiento del
ADN de la célula, lo que resulta en un cambio permanente en el ADN. Tal cambio se llama
mutacióny puede destruir un organismo si se encuentra en una posición vital en la secuencia del
ADN.

Las tasas de mutación son extremadamente bajas

los tasa de mutación, la velocidad a la que se producen cambios en las secuencias de ADN, se
puede determinar directamente a partir de experimentos llevados a cabo con una bacteria como
Escherichia coli: Un residente de nuestro tracto intestinal y un organismo de laboratorio de uso
común (ver Figura 1-24). En condiciones de laboratorio,E. coli se divide aproximadamente una
vez cada 30 minutos, y una sola célula puede generar una población muy grande, varios miles de
millones, en menos de un día. En tal población, es posible detectar la pequeña fracción de
bacterias que han sufrido una mutación dañina en un gen en particular, si ese gen no es
necesario para la supervivencia de la bacteria. Por ejemplo, la tasa de mutación de un gen que se
requiere específicamente para que las células utilicen el azúcar lactosa como fuente de energía
puede determinarse haciendo crecer las células en presencia de diferentes

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238 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

azúcar, como la glucosa, y analizarlos posteriormente para ver cuántos han perdido la
capacidad de sobrevivir con una dieta lactosa. La fracción de genes dañados subestima la
tasa de mutación real porque muchas mutaciones sonsilencio (por ejemplo, los que
cambian un codón pero no el aminoácido que especifica, o los que cambian un aminoácido
sin afectar la actividad de la proteína codificada por el gen). Después de corregir estas
mutaciones silenciosas, se encuentra que un solo gen que codifica una proteína de tamaño
medio (~ 103 pares de nucleótidos codificantes) acumula una mutación (no necesariamente
una que inactive la proteína) aproximadamente una vez de cada 106 Generaciones de
células bacterianas. Dicho de otra manera, las bacterias muestran una tasa de mutación de
aproximadamente tres cambios de nucleótidos por cada 1010 nucleótidos por generación
celular.
Recientemente, ha sido posible medir la tasa de mutación de la línea germinal directamente
en organismos más complejos que se reproducen sexualmente, como los humanos.. En este
caso, se secuenciaron directamente los genomas completos de una familia, padres e hijos, y una
comparación cuidadosa reveló que aproximadamente 70 nuevas mutaciones de un solo
nucleótido surgieron en las líneas germinales de cada descendencia. Normalizada al tamaño del
genoma humano, la tasa de mutación es de un cambio de nucleótido por cada 108 nucleótidos
por generación humana. Esto es una ligera subestimación porque algunas mutaciones serán
letales y, por lo tanto, estarán ausentes de la progenie; sin embargo, debido a que relativamente
poco del genoma humano contiene información crítica, esta consideración sólo tiene un
pequeño efecto sobre la tasa de verdadera mutación. Se estima que ocurren aproximadamente
100 divisiones celulares en la línea germinal desde el momento de la concepción hasta el
momento de la producción de los óvulos y los espermatozoides que pasan a formar la siguiente
generación. Por lo tanto, la tasa de mutación humana, expresada en términos de divisiones
celulares (en lugar de generaciones humanas), es aproximadamente 1 mutación / 1010
nucleótidos / división celular.
A pesar de que E. coli y los seres humanos difieren mucho en sus modos de reproducción y
en sus tiempos de generación, cuando las tasas de mutación de cada uno se normalizan a una
sola ronda de replicación del ADN, ambos son extremadamente bajos y con un factor de tres de
cada uno. Veremos más adelante en el capítulo que los mecanismos básicos que aseguran estas
bajas tasas de mutación se han conservado desde la muy temprana historia de las células en la
Tierra.

Las bajas tasas de mutación son necesarias para la vida tal como la conocemos

Dado que muchas mutaciones son perjudiciales, ninguna especie puede permitirse que se
acumulen a un ritmo elevado en sus células germinales. Aunque la frecuencia de mutación
observada es baja, se cree que limita el número de proteínas esenciales de las que
cualquier organismo puede depender a unas 30.000. Más que esto, la probabilidad de que
al menos un componente crítico sufra una mutación dañina se vuelve catastróficamente
alta. Mediante una extensión del mismo argumento, una frecuencia de mutación diez
veces mayor limitaría un organismo a unos 3000 genes esenciales. En este caso, la
evolución se habría limitado a organismos considerablemente menos complejos que una
mosca de la fruta.
Las células de un animal o una planta que se reproduce sexualmente son de dos tipos: células germinales
y células somáticas. Las células germinales transmiten información genética de padres a hijos;
las células somáticas forman el cuerpo del organismo (Figura 5-1). Hemos visto que las células
germinales deben protegerse contra altas tasas de mutación para mantener la especie. Sin
embargo, las células somáticas de los organismos multicelulares también deben protegerse del
cambio genético para mantener adecuadamente la estructura organizada del cuerpo. Los
cambios de nucleótidos en las células somáticas pueden dar lugar a células variantes, algunas de
las cuales, a través de la selección natural "local", proliferan rápidamente a expensas del resto
del organismo. En un caso extremo, el resultado es la proliferación celular descontrolada que
conocemos como cáncer, una enfermedad que provoca (en Europa y Norteamérica) más del 20%
de las muertes humanas cada año. Estas muertes se deben en gran medida a una acumulación
de cambios en las secuencias de ADN de las células somáticas, como se analiza en el capítulo 20.
Un aumento significativo en la frecuencia de mutaciones presumiblemente causaría un aumento
desastroso en la incidencia de cáncer al acelerar la velocidad a la que surgen las variantes de
células somáticas. Así, tanto para la perpetuación de una especie

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MECANISMOS DE REPLICACIÓN DEL ADN 239

gameto Figura 5-1 Las células de la línea germinal y las células


somáticas llevan a cabo funciones fundamentalmente
diferentes. En los organismos que se reproducen
células de la línea germinal células de la línea germinal
sexualmente, las células de la línea germinal (rojo)
propagar la información genética a la próxima

gameto generación. Células somáticas(azul), que forman el


cigoto cigoto cuerpo del organismo, son necesarios para la
supervivencia de las células de la línea germinal pero
no dejan progenie por sí mismos.

células somáticas células somáticas

MADRE HIJA

con un gran número de genes (estabilidad de las células germinales) y para la prevención del cáncer
resultante de mutaciones en las células somáticas (estabilidad de las células somáticas), los organismos
multicelulares como nosotros dependen de la extraordinariamente alta fidelidad con la que se replican
y mantienen sus secuencias de ADN.

Resumen
En todas las células, las secuencias de ADN se mantienen y replican con alta fidelidad. La tasa de
mutación, aproximadamente un cambio de nucleótido por cada 1010 nucleótidos cada vez que se replica
el ADN, es aproximadamente el mismo para organismos tan diferentes como las bacterias y los
humanos. Debido a esta notable precisión, la secuencia del genoma humano (aproximadamente 3,2 × 10
9 pares de nucleótidos) no cambia o cambia solo por unos pocos nucleótidos cada vez que una célula
humana típica se divide. Esto permite a la mayoría de los seres humanos pasar instrucciones genéticas
precisas de una generación a la siguiente, y también evitar los cambios en las células somáticas que
conducen al cáncer.

MECANISMOS DE REPLICACIÓN DEL ADN


Todos los organismos duplican su ADN con extraordinaria precisión antes de cada división
celular. En esta sección, exploramos cómo una elaborada "máquina de replicación" logra
esta precisión, mientras duplica el ADN a velocidades tan altas como 1000 nucleótidos por
segundo.

El emparejamiento de bases subyace a la replicación y reparación del ADN

Como se introdujo en el Capítulo 1,Plantillas de ADN Es el mecanismo que utiliza la célula


para copiar la secuencia de nucleótidos de una hebra de ADN en una secuencia de ADN
complementaria (Figura 5-2). Este proceso requiere la separación de la hélice de ADN en
dos hebras de plantilla y conlleva el reconocimiento de cada nucleótido en el ADN.hebras
de plantilla por un nucleótido complementario libre (no polimerizado). La separación de

plantilla S hebra
5′ 3′

Hebra S 3′ 5′ Figura 5-2 La doble hélice de ADN actúa


5′ 3′ Noticias′ hebra como plantilla para su propia duplicación.
Debido a que el nucleótido A se emparejará
exitosamente solo con T, y G solo con
3′ 5′ nueva hebra S C, cada hebra de ADN puede servir como plantilla para
S′ hebra 5′ 3′ especificar la secuencia de nucleótidos en su hebra
complementaria mediante apareamiento de bases de
doble hélice del ADN de los padres
ADN. De esta forma, se puede copiar con precisión una
3′ 5′ molécula de ADN de doble hélice.
plantilla S′ hebra

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240 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

la hélice de ADN expone los grupos donador y aceptor de enlaces de hidrógeno en cada base de
ADN para el apareamiento de bases con el nucleótido libre entrante apropiado, alineándolo para
su polimerización catalizada por enzimas en una nueva cadena de ADN.
La primera enzima polimerizadora de nucleótidos, ADN polimerasa, fue descubierto
en 1957. Se descubrió que los nucleótidos libres que sirven como sustratos para esta
enzima eran desoxirribonucleósidos trifosfatos, y su polimerización en ADN requería
un molde de ADN monocatenario. Figura 5-3 y Figura 5-4 Ilustre el mecanismo
escalonado de esta reacción.

La horquilla de replicación del ADN es asimétrica


Durante la replicación del ADN dentro de una célula, cada una de las dos hebras de ADN
originales sirve como plantilla para la formación de una hebra completamente nueva. Debido a
que cada una de las dos hijas de una célula en división hereda una nueva doble hélice de ADN
que contiene una hebra original y una nueva (Figura 5-5), se dice que la doble hélice del ADN se
replica "de forma semiconservadora". ¿Cómo se logra esta hazaña?

3′ final de la hebra

O
5′ final de la hebra

O
_ CH2
OPO
O

C
O
O GRAMO
_
O PAG O
O
H 2C
O
CEBADOR
PLANTILLA
HEBRA
O HEBRA
_ O CH2
OPO
O A T O
_
PAG O
O
HC O
2
O

OH
O CH2
3′ final de la hebra

O O O
C GRAMO
O
_
_ PAG O
O
OPOPO PO CH2 O
_ _ _ O
O O O
pirofosfato
OH O CH2
A
O
_
PAG O
O
trifosfato de desoxirribonucleósido entrante

O CH2
T O
_
OP O
O
5′ final de la hebra

Figura 5-3 La química de la síntesis de ADN. La adición de un desoxirribonucleótido al extremo 3ʹ 'de una
cadena de polinucleótidos (el hebra de imprimación) es la reacción fundamental por la cual se sintetiza el
ADN. Como se muestra, el apareamiento de bases entre un desoxirribonucleósido trifosfato entrante y una
hebra existente de ADN (elhebra de plantilla) guía la formación de la nueva hebra de ADN y hace que tenga
una secuencia de nucleótidos complementaria. La forma en que el par de bases de nucleótidos
complementarios se muestra en la figura 4-4.

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MECANISMOS DE REPLICACIÓN DEL ADN 241

5′ trifosfato

cebador OH +
hebra pirofosfato
5′ 3′ 5′ 3′ 5′ -to-3′
HO OH OH dirección de
crecimiento de la cadena

3′ 5′ 3′ 5′
plantilla
hebra

(A)
(B)

plantilla 5′
hebra

3′

5′

cebador
CORRECTO
hebra
POSICIONAMIENTO NUCLEÓTIDO
DE ENTRAR INCORPORACIÓN
DEOXIRIBONUCLEÓSIDO SEGUIDOS POR EL ADN
TRIFOSFATO TRASLADO
ADN
polimerasa

(C) PAGPAG

Figura 5-4 Síntesis de ADN catalizada por ADN polimerasa. (A) La ADN polimerasa cataliza la adición escalonada de un
desoxirribonucleótido al extremo 3́ -OH de una cadena polinucleotídica, el crecimiento hebra de imprimación que está emparejado con un
existente hebra de plantilla. Por lo tanto, la cadena de ADN recién sintetizada polimeriza en la dirección 5́-a-3ʹ ́ como se muestra también en la
figura anterior. Debido a que cada desoxirribonucleósido trifosfato entrante debe emparejarse con la hebra molde para ser reconocido por la
ADN polimerasa, esta hebra determina cuál de los cuatro desoxirribonucleótidos posibles (A, C, G o T) se agregará. La reacción es impulsada
por un gran cambio de energía libre favorable, causado por la liberación de pirofosfato y su posterior hidrólisis a dos moléculas de fosfato
inorgánico. (B) Estructura de la ADN polimerasa complejada con ADN(naranja), según lo determinado por cristalografía de rayos X (Película 5.1).
La hebra de ADN molde es la hebra más larga y el ADN recién sintetizado es el más corto. (C) Diagrama esquemático de la ADN polimerasa,
basado en la estructura en (B). La geometría adecuada del par de bases de un desoxirribonucleósido trifosfato entrante correcto hace que la
polimerasa se apriete alrededor del par de bases, iniciando así la reacción de adición de nucleótidos (diagrama medio (C)). La disociación del
pirofosfato relaja la polimerasa, lo que permite la translocación del ADN por un nucleótido para que el sitio activo de la polimerasa esté listo
para recibir el siguiente desoxirribonucleósido trifosfato.

Los análisis llevados a cabo a principios de la década de 1960 en cromosomas en replicación


completos revelaron una región de replicación localizada que se mueve progresivamente a lo
largo de la doble hélice del ADN parental. Debido a su estructura en forma de Y, esta región
activa se llamahorquilla de replicación (Figura 5-6). En la bifurcación de replicación, un
complejo multienzimático que contiene la ADN polimerasa sintetiza el ADN de ambas nuevas
hebras hijas.
Inicialmente, el mecanismo más simple de replicación del ADN parecía ser el
crecimiento continuo de ambas cadenas nuevas, nucleótido a nucleótido, en la bifurcación
de replicación a medida que se mueve de un extremo de una molécula de ADN al otro.
Pero debido a la orientación antiparalela de las dos cadenas de ADN en la doble hélice de
ADN (ver Figura 5-2), este mecanismo requeriría que una cadena hija polimerice en la
dirección 5ʹ-́a-3ʹ ́ y la otra en la dirección 3ʹ-́to- Dirección 5ʹ ́. Tal horquilla de replicación
requeriría dos tipos distintos de enzimas ADN polimerasa. Sin embargo, por muy atractivo
que sea este modelo, las ADN polimerasas en las horquillas de replicación pueden
sintetizarse solo en la dirección 5ʹ-́a-3ʹ ́.
Entonces, ¿cómo puede crecer una hebra de ADN en la dirección 3ʹ-́a-5ʹ ́? La respuesta fue sugerida por
primera vez por los resultados de un experimento realizado a fines de la década de 1960. Los investigadores
agregaron sustancias altamente radiactivas3H-timidina para dividir las bacterias durante unos segundos, de
modo que solo el ADN replicado más recientemente, que está justo detrás de la horquilla de replicación, se
marcó radiactivamente. Este experimento reveló la existencia transitoria de fragmentos de ADN que tenían
entre 1000 y 2000 nucleótidos de longitud, que ahora se conocen comúnmente comoFragmentos de Okazaki,
en la creciente bifurcación de replicación. (Replicación similar

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242 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

Figura 5-5 La naturaleza semiconservadora de la replicación del ADN. En una ronda de


replicación, cada una de las dos hebras de ADN se utiliza como plantilla para la formación
de una hebra de ADN complementaria. Por lo tanto, las hebras originales permanecen
intactas a lo largo de muchas generaciones de células.

REPLICACIÓN
Posteriormente se encontraron intermedios en eucariotas, donde solo tienen 100-200
nucleótidos de longitud.) Se demostró que los fragmentos de Okazaki se polimerizaban
solo en la dirección de la cadena 5ʹ-́a-3ʹ ́ y se unían después de su síntesis para crear
cadenas de ADN largas .
Por lo tanto, una bifurcación de replicación tiene una estructura asimétrica (Figura 5-7).
La cadena hija de ADN que se sintetiza continuamente se conoce como
filamento principal. Su síntesis precede levemente a la síntesis de la hebra hija que se REPLICACIÓN
sintetiza de forma discontinua, conocida comohebra rezagada. Para la hebra rezagada, la
dirección de polimerización de nucleótidos es opuesta a la dirección general del
crecimiento de la cadena de ADN. La síntesis de esta hebra mediante un mecanismo de
"pespunte" discontinuo significa que la replicación del ADN requiere solo el tipo 5ʹ-́a-3ʹ ́ de
ADN polimerasa.
REPLICACIÓN
La alta fidelidad de la replicación del ADN requiere varios
mecanismos de corrección
Como se discutió anteriormente, la fidelidad de copiar el ADN durante la replicación es tal que
solo ocurre un error por cada 1010 nucleótidos copiados. Esta fidelidad es mucho mayor de lo
que cabría esperar de la precisión del emparejamiento de bases complementario. Los pares de
bases complementarios estándar (ver Figura 4-4) no son los únicos posibles. Por ejemplo, con
pequeños cambios en la geometría de la hélice, se pueden formar dos enlaces de hidrógeno
entre G y T en el ADN. Además, las formas tautoméricas raras de las cuatro bases de ADN
ocurren transitoriamente en proporciones de 1 parte a 104 o 105. Estas formas se emparejan
incorrectamente sin un cambio en la geometría de la hélice: la rara forma tautomérica de C se
empareja con A en lugar de G, por ejemplo.
Si la ADN polimerasa no hiciera nada especial cuando ocurriera un emparejamiento
incorrecto entre un desoxirribonucleósido trifosfato entrante y la plantilla de ADN, el nucleótido
incorrecto a menudo se incorporaría en la nueva cadena de ADN, produciendo mutaciones
frecuentes. Sin embargo, la alta fidelidad de la replicación del ADN depende no solo del
emparejamiento de bases inicial, sino también de varios mecanismos de "corrección de pruebas"
que actúan secuencialmente para corregir cualquier emparejamiento inicial que pueda haber
ocurrido.

Figura 5-6 Dos horquillas de replicación que se


mueven en direcciones opuestas en un cromosoma
replicación
circular. Una zona activa de replicación del ADN se
tenedores

mueve progresivamente a lo largo de una molécula


de ADN en replicación, creando una estructura de
ADN en forma de Y conocida como horquilla de
replicación: los dos brazos de cada Y son las dos
moléculas de ADN hijas y el tallo de la Y es el ADN
parental. hélice. En este diagrama, las hebras
parentales son
naranja; hebras recién sintetizadas sonrojo.
1 µmetro (Micrografía cortesía de Jerome Vinograd.)

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MECANISMOS DE REPLICACIÓN DEL ADN 243

3′ 3′
5′ 5′
filamento principal

más reciente
5′ sintetizado 5′
5′ 3′ 5′ 3′
3′ ADN 3′ 3′
3′ 5′
5′ 3′
3′ hebra rezagada con
Fragmentos de Okazaki
5′
5′

Figura 5-7 La estructura de una horquilla de replicación de ADN. Izquierda, horquilla de replicación con ADN recién
sintetizado en rojo y flechas que indican la dirección 5ʹ-́a-3ʹ ́ de la síntesis de ADN. Debido a que ambas hebras de ADN
hijas se polimerizan en la dirección 5ʹ-́a-3ʹ ́, el ADN sintetizado en la hebra rezagada debe elaborarse inicialmente como
una serie de moléculas de ADN cortas, llamadasFragmentos de Okazaki, llamado así por el científico que los descubrió.
Bien, la misma bifurcación poco tiempo después. En la hebra rezagada, los fragmentos de Okazaki se sintetizan
secuencialmente, siendo los más cercanos a la bifurcación los más recientes.

La ADN polimerasa realiza el primer paso de corrección de pruebas justo antes de que se
agregue covalentemente un nuevo nucleótido a la cadena en crecimiento. Nuestro conocimiento
de este mecanismo proviene de estudios de varias ADN polimerasas diferentes, incluida una cebador OH
hebra
producida por un virus bacteriano, T7, que se replica en el interiorE. coli. El nucleótido correcto T
tiene una mayor afinidad por la polimerasa en movimiento que el nucleótido incorrecto, porque
5′ OH
T T T T C OH
el emparejamiento correcto es energéticamente más favorable. Además, después de la unión de
nucleótidos, pero antes de que el nucleótido se agregue covalentemente a la cadena en AAAAAAAAA
3′
crecimiento, la enzima debe sufrir un cambio conformacional en el que su "agarre" se aprieta
alrededor del sitio activo (ver figura 5-4). Debido a que este cambio ocurre más fácilmente con un
C transitoriamente forma pares de
emparejamiento de bases correcto que incorrecto, permite que la polimerasa "verifique dos plantilla bases con A y es incorporada por la
veces" la geometría exacta del par de bases antes de catalizar la adición del nucleótido. Los hebra ADN polimerasa en la cadena del
cebador.
nucleótidos emparejados incorrectamente son más difíciles de agregar y, por lo tanto, es más
probable que se difundan antes de que la polimerasa pueda agregarlos por error.
OH
La siguiente reacción de corrección de errores, conocida como revisión exonucleolítica,
tiene lugar inmediatamente después de los raros casos en los que se añade covalentemente un T T T T C
nucleótido incorrecto a la cadena en crecimiento. Las enzimas ADN polimerasa discriminan en AAAAAAAAA
gran medida los tipos de cadenas de ADN que alargarán: requieren un extremo 3ʹ-́OH
previamente formado y emparejado de bases de unhebra de imprimación (vea la Figura 5-4).
desemparejado 3′ -El extremo OH del
Aquellas moléculas de ADN con un nucleótido mal emparejado (con pares de bases incorrectos) cebador bloquea el alargamiento adicional de
hebra de cebador por ADN
en el extremo 3'-OH de la cadena del cebador no son eficaces como moldes porque la polimerasa
polimerasa
tiene dificultades para extender dicha cadena. Las moléculas de ADN polimerasa corrigen tal
hebra de cebador mal emparejada por medio de un sitio catalítico separado (ya sea en una OH OH
T
subunidad separada o en un dominio separado de la molécula de polimerasa, dependiendo de la C
T T T T
polimerasa). Esta3́ -a-5ʹ Exonucleasa de lectura de prueba corta cualquier residuo no apareado o
A A A A A A A A A
mal apareado en el extremo del cebador, y continúa hasta que se hayan eliminado suficientes
nucleótidos para regenerar un extremo 3-OH con pares de bases correctos que pueda cebar la
síntesis de ADN. De esta manera, la ADN polimerasa funciona como una enzima "autocorregible" 3′ -a-5′ La actividad exonucleasa
unida a la ADN polimerasa se
que elimina sus propios errores de polimerización a medida que avanza a lo largo del ADN ( OH
mastica para crear un 3 pares de
C
Figura 5-8 y Figura 5-9). bases.′ -OH final en la hebra de
imprimación
Las propiedades de autocorrección de la ADN polimerasa dependen de su
requerimiento de un extremo del cebador perfectamente emparejado y aparentemente no OH
T T T T
es posible que una enzima de este tipo inicie la síntesis. de novo, sin imprimación
AAAAAAAAA
existente. Por el contrario, las enzimas ARN polimerasa involucradas en la transcripción de
genes no necesitan un mecanismo de corrección exonucleolítico tan eficiente: los errores
en la fabricación de ARN no se transmiten a la siguiente generación y la molécula de ARN Se reanuda la ADN polimerasa
defectuosa ocasional que se produce no tiene importancia a largo plazo. Por tanto, las ARN el proceso de agregar nucleótidos a
los 3 pares de bases′ -OH final de la
polimerasas pueden iniciar nuevas cadenas de polinucleótidos sin un cebador.
cadena de imprimación

OH
Figura 5-8 Corrección de pruebas exonucleolíticas mediante ADN polimerasa durante la
replicación del ADN. En este ejemplo, una C se incorpora accidentalmente en el extremo 3-OH
T
en crecimiento de una cadena de ADN. La parte de la ADN polimerasa que elimina el OH
nucleótido mal incorporado es un miembro especializado de una gran clase de enzimas, T T T T T
conocidas comoexonucleasas, que escinden los nucleótidos de uno en uno desde los AAAAAAAAA
extremos de los polinucleótidos.

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244 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

5′
plantilla
hebra

3′
5′ PAG
mi PAG mi
recién
sintetizado
ADN

POLIMERIZAR EDICIÓN

Figura 5-9 Edición por ADN polimerasa. ADN polimerasa complejada con la plantilla de ADN en el modo de
polimerización (izquierda) y el modo de edición (Derecha). Se indican los sitios catalíticos para las reacciones
exonucleolítica (E) y polimerización (P). En el modo de edición, el ADN recién sintetizado se desvincula
transitoriamente de la plantilla y entra en el sitio de edición donde se elimina catalíticamente el nucleótido
agregado más recientemente.

Hay una frecuencia de error de aproximadamente un error por cada 104 eventos de
polimerización tanto en la síntesis de ARN como en el proceso separado de traducción de
secuencias de ARNm en secuencias de proteínas. Esta tasa de error es más de 100.000 veces
mayor que la de la replicación del ADN, donde, como hemos visto, una serie de procesos de
corrección hacen que el proceso sea inusualmente preciso (Tabla 5-1).

Solo la replicación del ADN en la dirección 5ʹ-́a-3ʹ ́ permite una corrección de errores
eficiente

La necesidad de precisión probablemente explica por qué la replicación del ADN


ocurre solo en la dirección 5ʹ-́a-3ʹ ́. Si hubiera una ADN polimerasa que agregara
desoxirribonucleósidos trifosfatos en la dirección 3 a 5ʹ, el extremo 5ʹ 'de la cadena en
crecimiento, en lugar del mononucleótido entrante, tendría que proporcionar el
trifosfato activador necesario para el enlace covalente. En este caso, los errores en la
polimerización no podrían simplemente hidrolizarse, porque el extremo 5ʹ 'desnudo
de la cadena así creada terminaría inmediatamente la síntesis de ADN (ver Figura
5-3). Por lo tanto, es posible corregir una base mal emparejada solo si se ha agregado
al extremo 3ʹ 'de una cadena de ADN. Aunque el mecanismo de pespunte para la
replicación del ADN parece complejo, conserva la dirección de polimerización 5ʹ-́a-3ʹ ́
que se requiere para la corrección exonucleolítica.
A pesar de estas salvaguardias contra los errores de replicación del ADN, las ADN polimerasas
ocasionalmente cometen errores. Sin embargo, como veremos más adelante, las células tienen otra

TABLA 5–1 Los tres pasos que dan lugar a la síntesis de ADN de alta fidelidad

paso de replicación errores por nucleótido agregado

5ʹ → 3ʹ polimerización 3ʹ → 5ʹ Corrección de pruebas 1 de cada 105

exonucleolíticas Reparación de errores de 1 de cada 102

emparejamiento dirigida por hebra Combinada 1 de cada 103

1 de cada 1010

El tercer paso, reparación de desajustes dirigida por hebra, se describe más adelante en este capítulo. Para el paso
de polimerización, "errores por nucleótido agregado" describe la probabilidad de que se agregue un nucleótido
incorrecto a la cadena en crecimiento. Para los otros dos pasos, "errores por nucleótido agregado" describe la
probabilidad de que un error no se corrija. Por lo tanto, cada paso reduce la posibilidad de un error final por el
factor que se muestra.

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MECANISMOS DE REPLICACIÓN DEL ADN 245

Figura 5-10 Síntesis de cebadores de ARN. Una vista esquemática de la reacción


catalizada por ADN primasa, la enzima que sintetiza los cebadores de ARN cortos
elaborados en la hebra rezagada utilizando ADN como plantilla. A diferencia de la
ADN polimerasa, esta enzima puede iniciar una nueva cadena de polinucleótidos
uniendo dos nucleósidos trifosfatos. La primasa sintetiza un polinucleótido corto 5′ 3′
en la dirección 5́-a-3ʹ ́ y luego se detiene, haciendo que el extremo 3ʹ ́ de este
cebador esté disponible para la ADN polimerasa.

oportunidad de corregir estos errores mediante un proceso llamado reparación de falta de coincidencia dirigida por hebra.
3′HO
Sin embargo, antes de discutir este mecanismo, describimos los otros tipos de proteínas que
funcionan en la bifurcación de replicación.
5′ 3′

Una enzima polimerizadora de nucleótidos especial sintetiza


moléculas cebadoras de ARN cortas en la hebra rezagada
Cebador de ARN ADN primasa
Para la hebra principal, se necesita un cebador solo al comienzo de la replicación: una vez que se
establece una horquilla de replicación, la ADN polimerasa se presenta continuamente con un 3′HO 5′
extremo de cadena de pares de bases en el que agregar nuevos nucleótidos. Sin embargo, en el
lado rezagado de la bifurcación, cada vez que la ADN polimerasa completa un fragmento corto 5′ 3′
de ADN Okazaki (que demora unos segundos), debe comenzar a sintetizar un fragmento
completamente nuevo en un sitio más a lo largo de la hebra plantilla (ver Figura 5–). 7). Un
mecanismo especial produce la cadena de cebadores con pares de bases requeridos por las
moléculas de ADN polimerasa. El mecanismo depende de una enzima llamada
ADN primasa, que utiliza trifosfatos de ribonucleósidos para sintetizar cortos
Cebadores de ARN en la hebra rezagadaFigura 5-10). En eucariotas, estos cebadores tienen una
longitud aproximada de 10 nucleótidos y se fabrican a intervalos de 100 a 200 nucleótidos en la
hebra rezagada.
La estructura química del ARN se introdujo en el Capítulo 1 y se describe en detalle en el
Capítulo 6. Aquí, solo notamos que el ARN es muy similar en estructura al ADN. Una cadena de
ARN puede formar pares de bases con una cadena de ADN, generando una doble hélice híbrida
ADN-ARN si las dos secuencias de nucleótidos son complementarias. Por tanto, el mismo
principio de plantilla utilizado para la síntesis de ADN guía la síntesis de cebadores de ARN.
Debido a que un cebador de ARN contiene un nucleótido apropiadamente emparejado con un
grupo 3ʹ-́OH en un extremo, puede ser alargado por la ADN polimerasa en este extremo para nuevo cebador de ARN
comenzar un fragmento de Okazaki. La síntesis de cada fragmento de Okazaki finaliza cuando ARN síntesis por ADN
cebador primase
esta ADN polimerasa se encuentra con el cebador de ARN unido al extremo 5ʹ 'del fragmento
3′ 5′ 3′ 5′
anterior. Para producir una cadena de ADN continua a partir de los muchos fragmentos de ADN 3′
5′
que se forman en la hebra rezagada, un sistema especial de reparación de ADN actúa
rápidamente para borrar el antiguo cebador de ARN y reemplazarlo con ADN. Una enzima rezagado- La ADN polimerasa se suma a nuevas
hebra Cebador de ARN para iniciar un
llamadaADN ligasa luego une el extremo 3ʹ ́ del nuevo fragmento de ADN al extremo 5ʹ ́ del plantilla nuevo fragmento de Okazaki

anterior para completar el proceso (Figura 5-11 y Figura 5-12).


¿Por qué podría preferirse un cebador de ARN borrable a un cebador de ADN que no 3′ 5′ 3′ 5′
necesitaría borrarse? El argumento de que una polimerasa autocorregible no puede iniciar 5′ 3′
cadenasde novo también implica lo contrario: una enzima que inicia cadenas de nuevo no
puede ser eficiente en la autocorrección. Por lo tanto, cualquier enzima que cebe la síntesis La ADN polimerasa termina el
fragmento de ADN
de fragmentos de Okazaki necesariamente hará una copia relativamente inexacta (al
menos un error en 105). Incluso si las copias retenidas en el producto final constituyeron
3′ 5′
tan solo el 5% del genoma total (por ejemplo, 10 nucleótidos por fragmento de ADN de 200
5′ 3′
nucleótidos), el aumento resultante en la tasa de mutación general sería enorme. Por lo
tanto, parece probable que el uso de ARN en lugar de ADN para el cebado brinde una
antiguo cebador de ARN borrado y
poderosa ventaja a la célula: los ribonucleótidos en el cebador marcan automáticamente reemplazado por ADN

estas secuencias como "copias sospechosas" para ser eliminadas y reemplazadas de


manera eficiente. 3′ 5′
5′ 3′
Figura 5-11 La síntesis de uno de los muchos fragmentos de ADN en la hebra rezagada. En
eucariotas, los cebadores de ARN se fabrican a intervalos espaciados por aproximadamente sellado por ADN ligasa
200 nucleótidos en la hebra rezagada, y cada cebador de ARN tiene una longitud de se une al nuevo fragmento de Okazaki
aproximadamente 10 nucleótidos. Este cebador se borra mediante una enzima de a la cadena creciente
reparación de ADN especial (una ARNasa H) que reconoce una hebra de ARN en una hélice
de ARN / ADN y la fragmenta; esto deja huecos que se rellenan con la ADN polimerasa y la 3′ 5′
ADN ligasa. 5′ 3′

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246 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

5′ fosfato A PAG
3′OH A PPP A PAG
PÁGINAS

3′ 5′

5′ 3′ PASO 1 PASO 2

ATP AMPERIO

usó liberado

Las proteínas especiales ayudan a abrir la doble hélice del ADN frente a la Figura 5-12 La reacción catalizada por la ADN
ligasa. Esta enzima sella un enlace fosfodiéster
horquilla de replicación roto. Como se muestra, la ADN ligasa usa una
molécula de ATP para activar el extremo 5ʹ 'en la
Para que prosiga la síntesis del ADN, la doble hélice del ADN debe abrirse (“derretirse”) antes de
muesca (paso 1) antes de formar el nuevo enlace
la horquilla de replicación para que los desoxirribonucleósidos trifosfatos entrantes puedan (paso 2). De esta manera, la reacción de sellado de
formar pares de bases con las hebras molde. Sin embargo, la doble hélice de ADN es muy estable muescas energéticamente desfavorable se impulsa
en condiciones fisiológicas; los pares de bases están bloqueados en su lugar con tanta fuerza al estar acoplado al
proceso energéticamente favorable de
que se requieren temperaturas cercanas a las del agua hirviendo para separar las dos hebras en
hidrólisis de ATP.
un tubo de ensayo. Por esta razón, se necesitan dos tipos adicionales de proteínas de replicación
(helicasas de ADN y proteínas de unión a ADN de una sola hebra) para abrir la doble hélice y
proporcionar las plantillas de ADN de una sola hebra adecuadas para que las copie la ADN
polimerasa.
ADNhelicasas se aislaron por primera vez como proteínas que hidrolizan el ATP cuando se
unen a cadenas simples de ADN. Como se describe en el Capítulo 3, la hidrólisis de ATP puede
cambiar la forma de una molécula de proteína de una manera cíclica que permite que la proteína
realice un trabajo mecánico. Las helicasas de ADN utilizan este principio para impulsarse
rápidamente a lo largo de una sola hebra de ADN. Cuando encuentran una región de doble
hélice, continúan moviéndose a lo largo de su hebra, separando así la hélice a velocidades de
hasta 1000 pares de nucleótidos por segundo (Figura 5-13 y Figura 5-14).

Las dos hebras de ADN tienen polaridades opuestas y, en principio, una helicasa
podría desenrollar la doble hélice del ADN moviéndose en la dirección 5́-a-3ʹ ́ a lo largo de una 5′ 3′
hebra o en la dirección 3ʹ-́a-5ʹ ́ a lo largo de la otra. De hecho, existen ambos tipos de ADN
helicasa. En los sistemas de replicación mejor entendidos en bacterias, una helicasa que se Helicasa de ADN
mueve de 5ʹ 'a 3ʹ' a lo largo de la plantilla de la hebra rezagada parece tener el papel une
predominante, por razones que se aclararán en breve.
Proteínas de unión a ADN (SSB) de una sola hebra, también llamado proteínas
desestabilizadoras de la hélice, se unen estrecha y cooperativamente al ADN monocatenario
expuesto sin cubrir las bases, que por lo tanto permanecen disponibles como plantillas. Estas
ATP
proteínas no pueden abrir directamente una hélice de ADN larga, pero ayudan a las helicasas a
estabilizar la conformación desenrollada de una sola hebra. Además, a través de la unión ADP + PI
cooperativa, recubren y enderezan las regiones de ADN de una sola hebra, que ocurren de forma
rutinaria en la plantilla de hebra rezagada, evitando así la formación de hélices en horquilla
cortas que se forman fácilmente en el ADN de una hebra (Figura 5-15
y Figura 5-16). Si no se eliminan, estas hélices en horquilla pueden impedir la síntesis de ATP
ADN catalizada por la ADN polimerasa.
ADP + PI

Un anillo deslizante sostiene una ADN polimerasa en movimiento sobre el ADN

Por sí solas, la mayoría de las moléculas de ADN polimerasa sintetizarán solo una pequeña cadena de
nucleótidos antes de desprenderse de la plantilla de ADN. La tendencia a disociarse rápidamente de una
molécula de ADN permite que una molécula de ADN polimerasa que acaba de
ATP

Figura 5-13 Un ensayo para enzimas helicasa de ADN. Un fragmento de ADN corto se hibrida ADP + PI
con una hebra única de ADN larga para formar una región de doble hélice de ADN. La doble
hélice se funde a medida que la helicasa corre a lo largo de la cadena simple de ADN,
liberando el fragmento corto de ADN en una reacción que requiere la presencia tanto de la
proteína helicasa como de ATP. El rápido movimiento escalonado de la helicasa es impulsado
por su hidrólisis de ATP (que se muestra esquemáticamente en la figura 3-75A). Como se
indicó, muchas helicasas de ADN están compuestas por seis subunidades.

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MECANISMOS DE REPLICACIÓN DEL ADN 247

Figura 5-14 La estructura de una helicasa de ADN. (A) Diagrama de la proteína como un 5′
anillo hexamérico dibujado a escala con un tenedor de replicación. (B) Estructura detallada
de la helicasa replicativa del bacteriófago T7, determinada por difracción de rayos X. Seis
subunidades idénticas se unen e hidrolizan el ATP de forma ordenada para impulsar esta
molécula, como un motor rotatorio, a lo largo de una hebra sencilla de ADN que pasa a
través del orificio central.rojo indica moléculas de ATP unidas en la estructura (Película 5.2). 3′
(Código PDB: 1E0J.)
(A)

terminó de sintetizar un fragmento de Okazaki en la hebra rezagada para reciclarlo


rápidamente, a fin de comenzar la síntesis del siguiente fragmento de Okazaki en la misma
hebra. Sin embargo, esta rápida disociación dificultaría que la polimerasa sintetice las
largas hebras de ADN producidas en una bifurcación de replicación si no fuera por una
proteína accesoria (llamada PCNA en eucariotas) que funciona como un regulador
regulado.pinza deslizante. Esta pinza mantiene la polimerasa firmemente en el ADN
cuando se está moviendo, pero la libera tan pronto como la polimerasa se encuentra con
una región de doble hebra del ADN.
¿Cómo puede una pinza deslizante evitar que la polimerasa se disocie sin impedir al
mismo tiempo el rápido movimiento de la polimerasa a lo largo de la molécula de ADN? La
estructura tridimensional de la proteína clamp, determinada por difracción de rayos X,
reveló que era un gran anillo alrededor de la doble hélice del ADN. Una cara del anillo se
(B)
une a la parte posterior de la ADN polimerasa y todo el anillo se desliza libremente a lo
largo del ADN a medida que la polimerasa se mueve. El ensamblaje de la abrazadera
alrededor del ADN requiere la hidrólisis de ATP por un complejo proteico especial, el
cargador de abrazadera, que hidroliza el ATP cuando carga la pinza en una unión cebador-
plantilla (Figura 5-17).
En la plantilla de la cadena principal, la ADN polimerasa en movimiento está
estrechamente unida a la pinza y las dos permanecen asociadas durante mucho
tiempo. La ADN polimerasa en la plantilla de la hebra retrasada también hace uso de
la pinza, pero cada vez que la polimerasa alcanza el extremo 5́ del fragmento Okazaki
anterior, la polimerasa se libera de la pinza y se disocia de la plantilla. Esta molécula
de polimerasa luego se asocia con una nueva abrazadera que se ensambla en el
Cebador de ARN del siguiente fragmento de Okazaki.

ADN polimerasa región monocatenaria


de plantilla de ADN
con regiones cortas
de "horquillas" de pares de bases
3′
5′

unico filamento
Proteína de unión al ADN
monómeros

3′
5′ La unión cooperativa de proteínas endereza la región de la cadena.

Figura 5-15 El efecto de las proteínas de unión a ADN monocatenarias (proteínas SSb) sobre la estructura del ADN
monocatenario. Debido a que cada molécula de proteína prefiere unirse junto a una molécula unida previamente, se
forman filas largas de esta proteína en una sola hebra de ADN. Estaenlace cooperativo
endereza la plantilla de ADN y facilita el proceso de polimerización del ADN. Las "hélices en horquilla" que se muestran
en el ADN monocatenario desnudo son el resultado de una coincidencia casual de regiones cortas de secuencia de
nucleótidos complementaria; son similares a las hélices cortas que se forman típicamente en las moléculas de ARN
(véase la figura 1-6).

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248 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

fosfato de azúcar
columna vertebral del ADN
unico filamento Bases de ADN unico filamento
ADN

3′ 5′

2 millas náuticas

SSB
dominio A dominio B

(A) proteína de unión de una sola hebra (B)

Figura 5-16 Proteína de unión monocatenaria humana unida al ADN. (A) Vista frontal de los dos dominios de
unión al ADN de la proteína (denominados RPA) que cubren un total de ocho nucleótidos. Tenga en cuenta
que las bases de ADN permanecen expuestas en este complejo proteína-ADN. (B) Diagrama que muestra la
estructura tridimensional, con la hebra de ADN(naranja) visto de frente. (Código PDB: 1JMC.)

Figura 5-17 La abrazadera deslizante regulada que mantiene la ADN polimerasa en el ADN. (A) La estructura de la
proteína clamp de E. coli, según lo determinado por cristalografía de rayos X, con una hélice de ADN agregada para
indicar cómo encaja la proteína alrededor del ADN (Película 5.3). (B) Ilustración esquemática que muestra cómo la
abrazadera (conrojo y amarillo subunidades) se carga en el ADN para que sirva de atadura para una molécula de ADN
polimerasa en movimiento. La estructura del cargador de pinzas.(verde oscuro) se asemeja a una tuerca de tornillo, con
sus roscas que coinciden con las ranuras del ADN de doble hebra. El cargador se une a una molécula de sujeción libre,
forzando un espacio en su anillo de subunidades para que este anillo pueda deslizarse alrededor del ADN. El cargador
de abrazadera, gracias a su estructura de tuerca roscada, reconoce la región de ADN que es de doble hebra y se adhiere
a ella, apretándose alrededor del complejo de una hebra de plantilla con una hebra de elongación (cebador) recién
sintetizada. Lleva la pinza a lo largo de esta región de doble hebra hasta que encuentra el extremo 3ʹ 'del cebador,
momento en el que el cargador hidroliza el ATP y libera la pinza, lo que le permite cerrarse alrededor del ADN y unirse a
la ADN polimerasa. En la reacción simplificada que se muestra aquí, el cargador de pinzas se disocia en una solución una
vez que se ha ensamblado la pinza. En una verdadera bifurcación de replicación, el cargador de pinzas permanece cerca
de la polimerasa de modo que, en la hebra rezagada, esté listo para ensamblar una nueva pinza al comienzo de cada
nuevo fragmento de Okazaki (ver Figura 5-18). (De
XP Kong y col., Celda 69: 425–437, 1992. Con permiso de Elsevier; B, adaptado de BA Kelch
et al., Ciencias 334: 1675–1680, 2011. Con permiso de AAAS. Código PDB: 3BEP.)

(A)

RECICLAJE DEL CARGADOR DE PINZAS LIBERADO

cargador de abrazadera

5′ 5′ 5′

3′

3′ ATP 3′
ATP

ATP
+ ADN

ADP + ADN
polimerasa
+ PAGI

pinza deslizante

ATP VINCULANDO A ADN COMPROMETIDO CERRADURAS DE HIDROLISIS ATP ADN POLIMERASA


CARGADOR DE ABRAZADERA EN ABRAZADERA ABRAZADERA DESLIZANTE ALREDEDOR VINCULOS A DESLIZAMIENTO

ABRA LA ABRAZADERA DESLIZANTE ADN Y LANZAMIENTOS ABRAZADERA

(B) CARGADOR DE ABRAZADERA

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MECANISMOS DE REPLICACIÓN DEL ADN 249

Las proteínas en una bifurcación de replicación cooperan para formar una


máquina de replicación

Aunque hemos discutido la replicación del ADN como si fuera realizada por una mezcla de
proteínas que actúan todas de forma independiente, en realidad la mayoría de las proteínas se
mantienen juntas en un complejo multienzimático grande y ordenado que sintetiza rápidamente
el ADN. Este complejo puede compararse con una pequeña máquina de coser compuesta de
partes proteicas y alimentada por hidrólisis de nucleósido trifosfato. Como una máquina de
coser, el complejo de replicación probablemente permanece estacionario con respecto a su
entorno inmediato; se puede pensar en el ADN como una larga tira de tela que se pasa
rápidamente a través de él. Aunque el complejo de replicación se ha estudiado más
intensamente enE. coli y varios de sus virus, un complejo muy similar también opera en
eucariotas, como veremos a continuación.
Figura 5-18 resume las funciones de las subunidades de la máquina de replicación. En
la parte delantera de la horquilla de replicación, la helicasa de ADN abre la hélice de ADN.
Dos moléculas de ADN polimerasa trabajan en la bifurcación, una en la hebra principal y
otra en la hebra retrasada. Mientras que la molécula de ADN polimerasa de la cadena
principal puede operar de forma continua, la molécula de ADN polimerasa de la cadena
retrasada debe reiniciarse a intervalos cortos, utilizando un cebador de ARN corto
elaborado por una molécula de ADN primasa. La estrecha asociación de todos estos
componentes proteicos aumenta la eficiencia de la replicación y es posible gracias al
plegamiento de la hebra rezagada, como se muestra en la figura 5-18A. Esta disposición
también facilita la carga de la pinza de polimerasa cada vez que se sintetiza un fragmento
de Okazaki: el cargador de pinza y la molécula de ADN polimerasa de hebra retrasada se
mantienen en su lugar como parte de la máquina de proteínas incluso cuando se
desprenden de su plantilla de ADN. Las proteínas de replicación se unen así en un solo gran

recién
sintetizado
5′ hebra principal-
hebra
3′ plantilla ADN polimerasa en
filamento principal

pinza deslizante
de los padres
y cargador de pinzas
Hélice de ADN
3′
5′ (B)
recién sintetizado
ADN monocatenario filamento principal
ADN primasa
proteína de unión
Helicasa de ADN

hebra rezagada
plantilla

5′ de los padres
3′ recién ADN
ADN polimerasa
sintetizado
ARN en la hebra rezagada recién 5′ hélice
rezagado
cebador (acaba de terminar un sintetizado
nuevo Okazaki hebra
Fragmento de Okazaki) hebra
(A) fragmento
(C)

Figura 5-18 Un tenedor de replicación bacteriana. (A) Este diagrama esquemático muestra una vista actual de la disposición de las proteínas de replicación en una
bifurcación de replicación cuando se sintetiza el ADN. El ADN de hebra retrasada se pliega para llevar la molécula de polimerasa de ADN de hebra retrasada a un
complejo con la molécula de ADN polimerasa de hebra principal. Este plegado también acerca el extremo 3́ de cada fragmento de Okazaki completado al sitio de inicio
del siguiente fragmento de Okazaki. Debido a que la molécula de ADN polimerasa de hebra rezagada permanece unida al resto de las proteínas de replicación, se
puede reutilizar para sintetizar sucesivos fragmentos de Okazaki. En este diagrama, está a punto de soltar su fragmento de ADN completo y pasar al cebador de ARN
que se acaba de sintetizar. Las proteínas adicionales (no mostradas) ayudan a mantener juntos los diferentes componentes proteicos del tenedor,Película 5.4 y Película
5.5). (B) Una micrografía electrónica que muestra la máquina de replicación del bacteriófago T4 mientras se mueve a lo largo de una plantilla que sintetiza el ADN
detrás de él. (C) En el dibujo se da una interpretación de la micrografía: observe especialmente el bucle de ADN en la hebra rezagada. Aparentemente, las proteínas de
replicación se desprendieron parcialmente de la parte delantera de la horquilla de replicación durante la preparación de esta muestra para microscopía electrónica. (B,
cortesía de Jack Griffith; ver PD Chastain et al.,J. Biol. Chem.278: 21276–21285, 2003.)

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250 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

unidad (masa molecular total> 106 daltons), lo que permite que el ADN se sintetice en
ambos lados de la horquilla de replicación de manera coordinada y eficiente.
En la hebra rezagada, la máquina de replicación de ADN deja una serie de fragmentos
de Okazaki sin sellar, que aún contienen el ARN que preparó su síntesis en sus extremos 5ʹ
'. Como se discutió anteriormente, este ARN se elimina y el espacio resultante se llena con
enzimas de reparación del ADN que operan detrás de la horquilla de replicación (ver Figura
5-11).

Un sistema de reparación de discrepancias dirigido por cadenas elimina los errores


de replicación que se escapan de la máquina de replicación

Como se dijo anteriormente, las bacterias como E. coli son capaces de dividirse una vez cada 30
minutos, lo que hace que sea relativamente fácil seleccionar grandes poblaciones para encontrar
una célula raremutante que esté alterada en un proceso específico. Una clase interesante de
mutantes consiste en aquellos con alteraciones en los llamadosgenes mutantes, que aumentan
considerablemente la tasa de mutación espontánea. No es sorprendente que uno de esos
mutantes produzca una forma defectuosa de la exonucleasa de corrección de prueba 3ʹ-́ a-5ʹ 'que
es parte de la enzima ADN polimerasa (véanse las Figuras 5-8 y 5-9). La ADN polimerasa mutante
ya no se corrige de manera efectiva, y muchos errores de replicación que de otro modo se
habrían eliminado se acumulan en el ADN.
El estudio de otros E. coli mutantes que exhiben tasas de mutación anormalmente altas ha
descubierto un sistema de corrección de pruebas que elimina los errores de replicación cometidos por
la polimerasa que han sido omitidos por la exonucleasa de corrección de pruebas. Estareparación de
desajustes dirigidos a hebra El sistema detecta el potencial de distorsión en la hélice del ADN debido
al desajuste entre pares de bases no complementarios.
Si el sistema de corrección de pruebas simplemente reconociera una falta de coincidencia en
el ADN recién replicado y corrigiera aleatoriamente uno de los dos nucleótidos no coincidentes,
"corregiría" por error la hebra de la plantilla original para que coincida con el error exactamente
la mitad de las veces, y por lo tanto no reduciría la tasa de error general. Para ser eficaz, este
sistema de lectura de prueba debe ser capaz de distinguir y eliminar el nucleótido no
emparejado solo en la hebra recién sintetizada, donde se produjo el error de replicación.
El mecanismo de distinción de hebras utilizado por el sistema de corrección
de E. coli depende de la metilación de residuos A seleccionados en el ADN. Los
grupos metilo se agregan a todos los residuos A en la secuencia GATC, pero no
hasta algún tiempo después de que A se haya incorporado a una cadena de ADN
recién sintetizada. Como resultado, las únicas secuencias de GATC que aún no se
han metilado están en las nuevas hebras justo detrás de una bifurcación de
replicación. El reconocimiento de estas GATC no metiladas permite que las
nuevas cadenas de ADN se distingan transitoriamente de las antiguas, según sea
necesario, si sus emparejamientos erróneos deben eliminarse de forma
selectiva. El proceso de tres pasos implica el reconocimiento de una hebra recién
sintetizada, la escisión de la porción que contiene el emparejamiento incorrecto
y la resíntesis del segmento extirpado utilizando la hebra antigua como plantilla.

Un sistema similar de corrección de pruebas de desajustes funciona en células eucariotas, pero


utiliza una estrategia diferente para distinguir la cadena de noticias de la antigua (Figura5-19). El ADN
de hebra rezagada recién sintetizado contiene transitoriamentemellas (antes de que sean sellados por
la ligasa de ADN) y esas muescas (también llamadas roturas de una sola hebra) proporcionan la señal
que dirige el sistema de corrección de pruebas de discrepancias al capítulo apropiado. Esta estrategia
también requiere que el ADN recién sintetizado en la cadena principal se corte transitoriamente; cómo
ocurre esto es incierto.
La importancia de la corrección de errores en humanos se observa en individuos que
heredan una copia defectuosa de un gen de reparación de errores de emparejamiento (junto con
un gen funcional en la otra copia del cromosoma). Estas personas tienen una marcada
predisposición a ciertos tipos de cánceres. Por ejemplo, en un tipo de cáncer de colon llamado
cáncer de colon hereditario sin poliposis (HNPCC), la mutación espontánea de un gen funcional
produce un clon de células somáticas que, debido a que son deficientes en la corrección de
errores de emparejamiento, acumulan mutaciones con una rapidez inusual. La mayoría de los
cánceres surgen en células que han acumulado múltiples mutaciones (véanse las págs.

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MECANISMOS DE REPLICACIÓN DEL ADN 251

Figura 5-19 Reparación de desajustes dirigida por hebras.


(A) Las dos proteínas que se muestran están presentes
error en recién VINCULACIÓN DE MALAJUSTE tanto en bacterias como en células eucariotas: MutS se
hebra hecha PROTEÍNAS DE CORRECCIÓN
une específicamente a un par de bases no coincidentes,
mientras que MutL escanea el ADN cercano en busca de
una muesca. Una vez que MutL encuentra una mella,
desencadena la degradación de la hebra mellada hasta el
DETECTOS DE ANÁLISIS DE ADN final a través de la falta de coincidencia. Debido a que las
MutS MutL NICK EN NUEVA CADENA DE ADN
mellas se limitan en gran medida a las hebras recién
replicadas en eucariotas, los errores de replicación se
eliminan de forma selectiva. En las bacterias, una
proteína adicional en el complejo (MutH) corta las
EXTRACCIÓN DE HILOS secuencias GATC no metiladas (y por lo tanto, recién
replicadas), comenzando así el proceso que se ilustra
aquí. En eucariotas, MutL contiene una actividad de corte
de ADN que ayuda a eliminar la hebra dañada.

REPARACIÓN DE SÍNTESIS DE ADN

(B) La estructura de la proteína MutS unida a un


desajuste de ADN. Esta proteína es un dímero, que

(A) (B) agarra la doble hélice del ADN como se muestra,


retorciendo el ADN en el par de bases que no
coinciden. Parece que la proteína MutS escanea el
y las células deficientes en la corrección de errores de coincidencia, por lo tanto, tienen una probabilidad mucho ADN en busca de desajustes mediante la prueba de
sitios que se pueden retorcer fácilmente, que son
mayor de volverse cancerosas. Afortunadamente, la mayoría de nosotros heredamos dos buenas copias de
aquellos con un par de bases anormales. (Código
cada gen que codifica una proteína de corrección de errores de coincidencia; esto nos protege, porque es muy
PDB: 1EWQ.)
poco probable que ambas copias muten en la misma célula.

Las topoisomerasas de ADN evitan que el ADN se enrede durante la replicación

A medida que una bifurcación de replicación se mueve a lo largo del ADN de doble hebra, crea lo que se
ha llamado el "problema de enrollamiento". Las dos hebras parentales, que se enrollan una alrededor
de la otra, deben desenrollarse y separarse para que se produzca la replicación. Por cada 10 pares de
nucleótidos replicados en la bifurcación, se debe desenrollar una vuelta completa de la doble hélice
parental. En principio, este desenrollado se puede lograr girando rápidamente todo el cromosoma por
delante de una horquilla en movimiento; sin embargo, esto es energéticamente altamente desfavorable
(particularmente para cromosomas largos) y, en cambio, el ADN en frente de una horquilla de
replicación se sobreenrolla (Figura 5-20). El sobreenrollamiento, a su vez, es continuamente aliviado por
proteínas conocidas comoTopoisomerasas de ADN.

Una ADN topoisomerasa puede verse como una nucleasa reversible que se agrega
covalentemente a un fosfato de la cadena principal del ADN, rompiendo así un enlace
fosfodiéster en una hebra de ADN. Esta reacción es reversible y el enlace fosfodiéster se vuelve a
formar cuando la proteína se va.
Un tipo de topoisomerasa, llamado topoisomerasa I, produce un pecado transitorio
rotura de hebra gle; Esta ruptura en la columna vertebral del fosfodiéster permite que las dos
secciones de la hélice de ADN a cada lado de la muesca giren libremente entre sí, utilizando el
enlace fosfodiéster en la hebra opuesta a la muesca como punto de giro (Figura 5-21). Cualquier
tensión en la hélice del ADN impulsará esta rotación en la dirección que alivia la tensión. Como Figura 5-20 El "problema del enrollamiento"
resultado, la replicación del ADN puede ocurrir con la rotación de solo una pequeña longitud de que surge durante la replicación del ADN.
(A) Para una horquilla de replicación bacteriana que se
hélice, la parte que está justo delante de la bifurcación. Debido a que el enlace covalente que une
mueve a 500 nucleótidos por segundo, la hélice de ADN
la proteína de ADN topoisomerasa con un ADN fosfato retiene
parental delante de la horquilla debe girar a 50
revoluciones por segundo. (B) Si los extremos de la doble

filamento principal hélice de ADN permanecen fijos (o difíciles de rotar), la


plantilla tensión se acumula frente a la horquilla de replicación a
medida que se sobrebobina. Parte de esta tensión se
3′
3′ puede absorber mediante el superenrollamiento,
mediante el cual la doble hélice del ADN se retuerce
sobre sí misma (véase la figura 6-19). Sin embargo, si la
tensión continúa aumentando, la horquilla de replicación
5′ Si el ADN no puede rotar
5′ eventualmente se detendrá porque un mayor
rápidamente, se acumulará
tensión de torsión. hebra rezagada desenrollado requiere más energía de la que puede
plantilla proporcionar la helicasa. Tenga en cuenta que en (A), la
línea de puntos representa aproximadamente 20 vueltas
(A) (B)
de ADN.

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252 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

un extremo de la doble Figura 5-21 La reacción de corte de ADN reversible


hélice del ADN no puede catalizada por una enzima topoisomerasa I de ADN
rotar en relación con el eucariota. Como se indicó, estas enzimas forman
Otro final
transitoriamente un enlace covalente simple con el
ADN; esto permite la rotación libre del ADN
alrededor de los enlaces covalentes de la columna
3′ 5′
vertebral vinculados alazul
fosfato.
5′ 3′

ADN tipo I
CH2 topoisomerasa
con tirosina en
el sitio activo
HO

La ADN topoisomerasa se une


covalentemente a un ADN fosfato,
CH2 rompiendo así un enlace fosfodiéster
en una hebra de ADN.

OH

Los dos extremos de la doble hélice


de ADN ahora pueden rotar entre
CH2 sí, aliviando la tensión acumulada.

OH

la energía del enlace fosfodiéster original se


CH2 almacena en el enlace fosfotirosina, lo que
hace que la reacción sea reversible

OH

La reforma espontánea del


enlace fosfodiéster regenera
tanto la hélice del ADN como
CH2 el ADN.
HO
topoisomerasa

la energía del enlace fosfodiéster escindido, el resellado es rápido y no requiere un


aporte de energía adicional. En este sentido, el mecanismo de reincorporación difiere
del catalizado por la enzima ADN ligasa, que se analizó anteriormente (figura 5-12).

Un segundo tipo de ADN topoisomerasa, topoisomerasa II, forma un covalente


enlace a ambas hebras de la hélice de ADN al mismo tiempo, haciendo un transitorio

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MECANISMOS DE REPLICACIÓN DEL ADN 253

Figura 5-22 La reacción de paso de hélice de ADN catalizada por la topoisomerasa II de ADN. A
diferencia de las topoisomerasas de tipo I, las enzimas de tipo II hidrolizan el ATP (rojo), que
se necesita para liberar y restablecer la enzima después de cada ciclo. Las topoisomerasas de
dos ADN circulares
tipo II se limitan en gran medida a la proliferación de células en eucariotas; en parte por esa hélices dobles
razón, han sido dianas efectivas para los medicamentos contra el cáncer. Algunos de estos que están entrelazados
fármacos inhiben la topoisomerasa II en el tercer paso de la figura y, por lo tanto, producen
altos niveles de roturas de doble hebra que matan a las células que se dividen rápidamente. El topoisomerasa II
pequeñocírculos amarillos representan los fosfatos en la columna vertebral del ADN que se
unen covalentemente a la topoisomerasa (ver Figura 5-21).

rotura de doble hebra en la hélice. Estas enzimas son activadas por sitios en los topoisomerasa
cromosomas donde dos hélices dobles se cruzan entre sí, como las generadas por el reconoce el
enredo y
superenrollamiento frente a una horquilla de replicación (ver Figura 5-20). Una vez que una hace un reversible
molécula de topoisomerasa II se une a dicho sitio de cruce, la proteína usa la hidrólisis de 2 ATP
apego covalente
a las dos hebras
ATP para realizar el siguiente conjunto de reacciones de manera eficiente: (1) rompe una
opuestas de una de las
doble hélice de manera reversible para crear una “puerta” de ADN; (2) hace que la segunda dobles hélices (naranja)
doble hélice cercana pase a través de esta abertura; y (3) luego vuelve a sellar la ruptura y creando un doble
hebra de rotura y
se disocia del ADN. En los puntos de cruce generados por el superenrollamiento, el paso formando una puerta de proteína

de la doble hélice a través de la puerta se produce en la dirección que reducirá el


superenrollamiento. De esta manera, las topoisomerasas de tipo II pueden aliviar la
tensión de sobreenrollamiento generada frente a una horquilla de replicación.Figura 5-22
la topoisomerasa
). La topoisomerasa II también previene los graves problemas de enredo del ADN que de PAGI La puerta se abre para dejar

otro modo surgirían durante la replicación del ADN. Este papel está muy bien ilustrado pasar la segunda hélice de ADN.

por las células de levadura mutantes que producen, en lugar de la topoisomerasa II


normal, una versión inactiva por encima de 37 ° C. Cuando las células mutantes se
calientan a esta temperatura, sus cromosomas hijos permanecen entrelazados después de
la replicación del ADN y no pueden separarse. La enorme utilidad de la topoisomerasa II
para desenredar los cromosomas puede ser fácilmente apreciada por cualquiera que haya
luchado por quitar un enredo de un hilo de pescar sin la ayuda de unas tijeras.
la puerta se cierra soltando
PAGI la hélice roja

La replicación del ADN es fundamentalmente similar en eucariotas y


bacterias
Gran parte de lo que sabemos sobre la replicación del ADN se derivó por primera vez de estudios
reversión de
de sistemas multienzimáticos de bacterias y bacteriófagos purificados capaces de replicar el el covalente
ADN. in vitro. El desarrollo de estos sistemas en la década de 1970 se vio facilitado en gran adjunto
de la topo-
medida por el aislamiento previo de mutantes en una variedad de genes de replicación; estos 2 ADP
isomerasa
mutantes se utilizaron para identificar y purificar las proteínas de replicación correspondientes. restaura un
El primer sistema de replicación de mamíferos que replica con precisión el ADNin vitro se naranja intacta
doble hélice
describió a mediados de la década de 1980, y ahora se han aislado y analizado mutaciones en
genes que codifican casi todos los componentes de replicación en la levadura.
Saccharomyces cerevisiae. Como resultado, se sabe mucho sobre la enzimología detallada de la
replicación del ADN en eucariotas, y está claro que las características fundamentales de la
replicación del ADN, incluida la geometría de la horquilla de replicación y el uso de una máquina
de replicación multiproteína, se han conservado durante el largo período evolutivo. proceso que
separaba las bacterias de los eucariotas.
Hay más componentes proteicos en las máquinas de replicación eucariotas que dos dobles hélices circulares de
ADN que están separadas
en los análogos bacterianos, aunque las funciones básicas son las mismas. Así, por
ejemplo, la proteína de unión monocatenaria eucariota (SSB) se forma a partir de tres
subunidades, mientras que en las bacterias solo se encuentra una subunidad única.
De manera similar, la ADN primasa eucariota se incorpora a una enzima
multisubunitaria que también contiene una polimerasa llamada ADN polimerasa α-
primasa. Este complejo de proteínas comienza cada fragmento de Okazaki en la
hebra rezagada con ARN y luego extiende el cebador de ARN con una pequeña
longitud de ADN. En este punto, entran en juego las dos principales ADN polimerasas
replicativas eucariotas, Polδ y Polε: Polδ completa cada fragmento de Okazaki en la
hebra rezagada y Polε extiende la hebra principal.

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254 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

controles más elaborados. Por ejemplo, el mantenimiento ordenado de diferentes tipos de


células y tejidos en animales y plantas requiere que la replicación del ADN esté
estrictamente regulada. Además, la replicación del ADN eucariota debe coordinarse con el
elaborado proceso de la mitosis, como discutimos en el capítulo 17.
Como vemos en la siguiente sección, la maquinaria de replicación eucariota tiene la complicación
adicional de tener que replicarse a través de nucleosomas, la unidad estructural repetitiva de los
cromosomas discutida en el Capítulo 4. Los nucleosomas están espaciados a intervalos de
aproximadamente 200 pares de nucleótidos a lo largo del ADN, que, como veremos, explica por qué se
sintetizan nuevos fragmentos de Okazaki en la hebra rezagada a intervalos de 100 a 200 nucleótidos en
eucariotas, en lugar de 1000 a 2000 nucleótidos como en las bacterias. Los nucleosomas también
pueden actuar como barreras que ralentizan el movimiento de las moléculas de ADN polimerasa, lo que
puede ser la razón por la que las horquillas de replicación eucarióticas se mueven solo una décima
parte de la velocidad de las horquillas de replicación bacteriana.

Resumen
La replicación del ADN tiene lugar en una estructura en forma de Y llamada horquilla de
replicación. Una enzima ADN polimerasa autocorregible cataliza la polimerización de nucleótidos
en un 5ʹ-́To-3ʹ ́ dirección, copiando una hebra de plantilla de ADN con notable fidelidad. Dado que
las dos hebras de una doble hélice de ADN son antiparalelas, este 5́-a-3ʹ La síntesis de ADN
origen de replicación
puede tener lugar de forma continua en solo una de las hebras en una bifurcación de replicación
(la hebra principal). En la hebra rezagada, los fragmentos cortos de ADN se deben hacer
mediante un proceso de "pespunte". Debido a que la ADN polimerasa autocorrectora no puede
iniciar una nueva cadena, estos fragmentos de ADN de hebra retrasada son cebados por APERTURA LOCAL
DE LA HÉLICE DE ADN
moléculas cebadoras de ARN cortas que posteriormente se borran y se reemplazan con ADN.
La replicación del ADN requiere la cooperación de muchas proteínas. Estos incluyen (1) ADN
polimerasa y ADN primasa para catalizar la polimerización de nucleósido trifosfato; (2) ADN
helicasas y proteínas monocatenarias de unión a ADN (SSB) para ayudar a abrir la hélice de ADN
para que pueda copiarse; (3) ADN ligasa y una enzima que degrada los cebadores de ARN para
sellar juntos los fragmentos de ADN de cadena rezagada sintetizados de manera discontinua; y PRIMER DE ARN
SÍNTESIS
(4) ADN topoisomerasas para ayudar a aliviar los problemas de enrollamiento helicoidal y enredo
del ADN. Muchas de estas proteínas se asocian entre sí en una bifurcación de replicación para
formar una "máquina de replicación" altamente eficiente, a través de la cual se coordinan las
actividades y los movimientos espaciales de los componentes individuales.
FILAMENTO PRINCIPAL
SÍNTESIS DE ADN
LA INICIACIÓN Y FINALIZACIÓN DE LA COMIENZA

REPLICACIÓN DEL ADN EN CROMOSOMAS


Hemos visto cómo un conjunto de proteínas de replicación genera con rapidez y precisión dos
hélices dobles de ADN hijas detrás de una horquilla de replicación. Pero, ¿cómo se ensambla esta
INICIO DE LOS CEBADORES DE ARN
maquinaria de replicación en primer lugar, y cómo se crean las horquillas de replicación en una
LAGGING-STRAND
molécula de ADN de doble hebra intacta? En esta sección, discutimos cómo las células inician la SÍNTESIS
replicación del ADN y cómo regulan cuidadosamente este proceso para garantizar que tenga hebra rezagada filamento principal
lugar no solo en las posiciones adecuadas del cromosoma, sino también en el momento de tenedor 1 de tenedor 2

adecuado de la vida de la célula. También discutimos algunos de los problemas especiales que
debe superar la maquinaria de replicación en las células eucariotas. Estos incluyen la necesidad
de replicar las moléculas de ADN enormemente largas que se encuentran en los cromosomas
eucariotas, así como la dificultad de copiar moléculas de ADN que están estrechamente filamento principal hebra rezagada
de tenedor 1 de tenedor 2
complejadas con las histonas en los nucleosomas.
HORQUILLA 1 HORQUILLA 2

La síntesis de ADN comienza en los orígenes de la replicación


Figura 5-23 Una burbuja de replicación formada por
Como se discutió anteriormente, la doble hélice de ADN es normalmente muy estable: las la iniciación de la bifurcación de replicación. Este
dos hebras de ADN están unidas firmemente por muchos enlaces de hidrógeno formados diagrama describe los pasos principales en el inicio
entre las bases de cada hebra. Para comenzar la replicación del ADN, primero se debe abrir de las bifurcaciones de replicación en los orígenes de
la replicación. La estructura formada en el último
la doble hélice y separar las dos hebras para exponer las bases no apareadas. Como
paso, en el que ambas hebras de la hélice de ADN
veremos, el proceso de replicación del ADN se inicia medianteproteínas iniciadoras que se parental se han separado entre sí y sirven como
unen al ADN de doble hebra y separan las dos hebras, rompiendo los enlaces de plantillas para la síntesis de ADN, se denomina
hidrógeno entre las bases. burbuja de replicación.

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LA INICIACIÓN Y FINALIZACIÓN DE LA REPLICACIÓN DEL ADN EN CROMOSOMAS 255

Figura 5-24 Replicación del ADN de un genoma bacteriano. Se necesita E. coli replicación
unos 30 minutos para duplicar su genoma de 4,6 × 106 pares de nucleótidos. Por origen
simplicidad, no se muestran fragmentos de Okazaki en la hebra rezagada. Lo que
sucede cuando las dos bifurcaciones de replicación se acercan y chocan al final del
ciclo de replicación no se comprende bien, aunque las máquinas de replicación se
desmontan como parte del proceso.

Las posiciones en las que se abre por primera vez la hélice de ADN se denominan orígenes de replicación
comienza
replicación (Figura 5-23). En células simples como las de bacterias o levaduras, los orígenes se
especifican mediante secuencias de ADN de varios cientos de pares de nucleótidos de longitud. Este
ADN contiene secuencias cortas que atraen proteínas iniciadoras y tramos de ADN que son
especialmente fáciles de abrir. En la figura 4-4 vimos que un par de bases AT se mantiene unido por
menos enlaces de hidrógeno que un par de bases GC. Por lo tanto, el ADN rico en pares de bases AT es
relativamente fácil de separar, y las regiones de ADN enriquecidas en pares de bases AT se encuentran
típicamente en los orígenes de replicación.
Aunque el proceso básico de iniciación de la horquilla de replicación que se muestra en la
figura 5-23 es fundamentalmente el mismo para las bacterias y los eucariotas, la forma detallada
en que se realiza y regula este proceso difiere entre estos dos grupos de organismos. Primero
consideramos el caso más simple y mejor entendido de las bacterias y luego pasamos a la
situación más compleja que se encuentra en las levaduras, los mamíferos y otros eucariotas.

Los cromosomas bacterianos suelen tener un solo origen de replicación


terminado
replicación del ADN
El genoma de E. coli está contenido en una sola molécula de ADN circular de 4,6 × 106
pares de nucleótidos. La replicación del ADN comienza en un solo origen de replicación, y las dos
horquillas de replicación ensambladas allí proceden (aproximadamente a 1000 nucleótidos por
segundo) en direcciones opuestas hasta que se encuentran aproximadamente en la mitad del
cromosoma (Figura 5-24). El único punto en el queE. coli puede controlar la replicación del ADN
es la iniciación: una vez que las bifurcaciones se han ensamblado en el origen, sincronizan
2 moléculas de ADN hijas circulares
el tamaño del ADN a una velocidad relativamente constante hasta que finaliza la
replicación. Por lo tanto, no es sorprendente que el inicio de la replicación del ADN
esté altamente regulado. El proceso comienza cuando las proteínas iniciadoras (en su
estado de unión a ATP) se unen en múltiples copias a sitios de ADN específicos
ubicados en el origen de la replicación, envolviendo el ADN alrededor de las proteínas
para formar un gran complejo proteína-ADN que desestabiliza la doble hélice
adyacente. Este complejo luego atrae dos helicasas de ADN, cada una unida a un
cargador de helicasa, y estas se colocan alrededor de hebras simples de ADN
adyacentes cuyas bases han sido expuestas por el ensamblaje del complejo iniciador
proteína-ADN. El cargador de helicasa es análogo al cargador de pinza que
encontramos anteriormente; tiene el trabajo adicional de mantener la helicasa en
una forma inactiva hasta que se cargue correctamente en una bifurcación de
replicación incipiente.Figura 5-25). Esto conduce rápidamente al ensamblaje de las
proteínas restantes para crear dos horquillas de replicación, con máquinas de
replicación que se mueven, con respecto al origen de replicación, en direcciones
opuestas. Continúan sintetizando ADN hasta que se ha replicado toda la plantilla de
ADN aguas abajo de cada bifurcación.
En E. coli, la interacción de la proteína iniciadora con el origen de la replicación está
cuidadosamente regulada, y la iniciación ocurre solo cuando hay suficientes nutrientes
disponibles para que la bacteria complete una ronda completa de replicación. La iniciación
también se controla para garantizar que solo se produzca una ronda de replicación del ADN para
cada división celular. Una vez iniciada la replicación, la proteína iniciadora se inactiva mediante la
hidrólisis de su molécula de ATP unida y el origen de la replicación experimenta un "período
refractario". El período refractario es causado por un retraso en la metilación de nucleótidos A
recién incorporados en el origen (Figura 5-26). La iniciación no puede ocurrir de nuevo hasta que
las A estén metiladas y la proteína iniciadora se restaure a su estado unido a ATP.

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256 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

origen de replicación de los padres Figura 5-25 Las proteínas que inician la replicación
Hélice de ADN del ADN en bacterias. El mecanismo mostrado fue
establecido por estudios in vitro con mezclas de
Secuencia rica en AT VINCULACIÓN DEL INICIADOR proteínas altamente purificadas. ParaE. coli La
PROTEÍNAS PARA replicación del ADN, la principal proteína iniciadora,
ORIGEN DE LA REPLICACIÓN la helicasa y la primasa son las proteínas dnaA, dnaB
Y DESESTABILIZACIÓN y dnaG, respectivamente. En el primer paso, varias
proteínas iniciadoras
DE LA SECUENCIA RICA
moléculas de la proteína iniciadora se unen a
secuencias de ADN específicas en el origen de la
replicación y desestabilizan la doble hélice formando
ADN helicasa unida a la una estructura compacta en la que el ADN se
proteína de carga de helicasa
CARGA DE ADN envuelve firmemente alrededor de la proteína. A
HELICASES continuación, dos helicasas son introducidas por
proteínas que cargan helicasas (las proteínas dnaC),
que inhiben las helicasas hasta que se cargan
correctamente en el origen de la replicación. Las
proteínas de carga de helicasa evitan que las hélices
de ADN replicativas entren de manera inapropiada
helicasa
ACTIVACIÓN DE HELICASAS en otros tramos de ADN de una sola hebra en el
cargando
proteína genoma bacteriano. Con la ayuda de la proteína de
unión de una sola hebra (no mostrada), las helicasas
cargadas abren el ADN, lo que permite que las
primasas entren y sinteticen los cebadores iniciales.

CARGA DE ADN PRIMASA En los pasos siguientes, se ensamblan dos


horquillas de replicación completas en el origen y se
mueven en direcciones opuestas. Las proteínas
iniciadoras se desplazan a medida que el tenedor de
la izquierda se mueve a través de ellas (no se
muestra).
ADN primasa
SÍNTESIS DEL PRIMER DE ARN
ADN polimerasa PERMITE QUE LAS POLIMERASAS DE
comienza el hilo conductor ADN INICIEN NUEVAS CADENAS
síntesis

CARGA DE DOS POLIMERASAS DE


ARN
ADN ADICIONALES
cebador
LAGGING-STRAND
COMIENZA LA SÍNTESIS

DOS HORQUILLAS DE REPLICACIÓN


MOVERSE EN DIRECCIONES OPUESTAS

Los cromosomas eucariotas contienen múltiples orígenes de replicación


Hemos visto cómo dos horquillas de replicación comienzan en un solo origen de replicación en
las bacterias y avanzan en direcciones opuestas, alejándose del origen hasta que se replica todo
el ADN en el único cromosoma circular. El genoma bacteriano es lo suficientemente pequeño
como para que estas dos horquillas de replicación dupliquen el genoma en aproximadamente 30
minutos. Debido al tamaño mucho mayor de la mayoría de los cromosomas eucariotas, se
requiere una estrategia diferente para permitir su replicación de manera oportuna.
A principios de la década de 1960 se desarrolló un método para determinar el patrón general
de replicación cromosómica eucariota. Las células humanas que crecen en cultivo se marcan
durante un breve período de tiempo con3H-timidina para que el ADN sintetizado durante este
período se vuelva altamente radiactivo. A continuación, las células se lisan suavemente y el ADN
se estira sobre la superficie de un portaobjetos de vidrio recubierto con una emulsión
fotográfica. El desarrollo de la emulsión revela el patrón de ADN marcado a través de una técnica
conocida comoautorradiografía. El tiempo asignado para el marcado radiactivo se elige para
permitir que cada horquilla de replicación se mueva varios micrómetros a lo largo del ADN, de
modo que el ADN replicado pueda detectarse en el microscopio óptico como líneas de granos de
plata, aunque la molécula de ADN en sí sea demasiado delgada para ser visible. .

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LA INICIACIÓN Y FINALIZACIÓN DE LA REPLICACIÓN DEL ADN EN CROMOSOMAS 257

completamente Figura 5-26 Metilación del E. coli


metilado Los orígenes hemimetilados son El origen de la replicación crea un período refractario
origen resistente a la iniciación para la iniciación del ADN. La metilación del ADN se
produce en las secuencias GATC, 11 de las cuales se
encuentran en el origen de la replicación (que abarcan
aproximadamente 250 pares de nucleótidos). En su
estado hemimetilado, el origen de la replicación está
unido por una proteína inhibidora (Seq A, no mostrada),
que bloquea la capacidad de las proteínas iniciadoras
La iniciación ocurre si hay suficientes los orígenes se vuelven completamente
para desenrollar el ADN de origen. Eventualmente
recursos disponibles para completar metilado, haciéndolos nuevamente
(aproximadamente 15 minutos después de iniciada la
una ronda de replicación del ADN competentes para la iniciación
replicación), los orígenes hemimetilados se vuelven
completamente metilados por una enzima ADN metilasa;
Seq A luego se disocia.

De esta manera, se puede determinar tanto la velocidad como la dirección del movimiento de la
Una sola enzima, la Represa metilasa, es
horquilla de replicación (Figura 5-27). A partir de la velocidad a la que las pistas de ADN replicado
responsable de metilar todos los E. coli
aumentan de longitud con el aumento del tiempo de marcado, se estima que las horquillas de Secuencias GATC. Un retraso en la metilación
replicación eucariotas viajan a aproximadamente 50 nucleótidos por segundo. Esto es después de la replicación de las secuencias GATC
aproximadamente veinte veces más lento que la velocidad a la que se mueve la horquilla de replicación también es utilizado por elE. coli sistema de
corrección de errores de emparejamiento para
bacteriana, posiblemente reflejando la mayor dificultad de replicar el ADN que está empaquetado de
distinguir la cadena de ADN recién sintetizada de la
manera apretada en la cromatina. cadena de ADN parental; en ese caso, las secuencias
Un cromosoma humano de tamaño medio contiene una única molécula de ADN lineal de relevantes de GATC están dispersas por todo el
aproximadamente 150 millones de pares de nucleótidos. Tomaría 0.02 segundos / nucleótido × 150 × 10 cromosoma y no están unidas por la Seq A.

6 nucleótidos = 3,0 × 106 segundos (aproximadamente 35 días) para replicar dicha molécula de ADN de
un extremo a otro con una única horquilla de replicación que se mueve a una velocidad de 50
nucleótidos por segundo. Como era de esperar, por lo tanto, los experimentos autorradiográficos que
acabamos de describir revelan que muchas bifurcaciones, que pertenecen a burbujas de replicación
separadas, se mueven simultáneamente en cada cromosoma eucariota.
Ahora existen métodos mucho más rápidos y sofisticados para monitorear el
inicio de la replicación del ADN y rastrear el movimiento de las horquillas de
replicación del ADN en todos los genomas. Un método utiliza microarrays de
ADN, cuadrículas del tamaño de un sello postal con cientos de miles de
fragmentos de secuencias de ADN conocidas. Como veremos en detalle en el
Capítulo 8, cada fragmento de ADN diferente se coloca en una posición única en
la micromatriz y, por lo tanto, los genomas completos se pueden representar de
Figura 5-27 Los experimentos que
manera ordenada. Si una muestra de ADN de un grupo de células en replicación demostraron el patrón en el que se forman
se divide y se hibrida con una micromatriz que representa el genoma de ese las horquillas de replicación y se mueven en
organismo, se puede determinar la cantidad de cada secuencia de ADN. Debido los cromosomas eucariotas. El nuevo ADN
a que un segmento de un genoma que se ha replicado contendrá el doble de producido en células humanas en cultivo se
marcó brevemente con un pulso de timidina
ADN que un segmento no replicado,Figura 5-28).
altamente radiactiva ( 3H-timidina).
Los experimentos de este tipo han demostrado lo siguiente: (1) Aproximadamente 30.000– (A) En este experimento, las células se lisaron y el
Se utilizan 50.000 orígenes de replicación cada vez que se divide una célula humana. (2) El ADN se estiró sobre un portaobjetos de vidrio que
genoma humano tiene muchos más orígenes potenciales (quizás diez veces más) que este, y los posteriormente se cubrió con una emulsión

diferentes tipos de células utilizan diferentes conjuntos de orígenes. Esto puede permitir que una fotográfica. Después de varios meses, se desarrolló
la emulsión, revelando una línea de granos de plata
célula coordine sus orígenes activos con otras características de sus cromosomas, como cuál
sobre el ADN radiactivo. losmarrón El ADN de esta
figura se muestra solo para ayudar con la
50 µmetro interpretación de la autorradiografía; el ADN no
etiquetado es invisible en tales experimentos. (B)
ADN
Este experimento fue el mismo excepto que una
origen de replicación incubación adicional en medio sin marcar permitió
que se replicara ADN adicional, con un nivel más
ETIQUETA CON 3H-TIMIDINA bajo de radiactividad. Se encontró que los pares de
DURANTE 10 MINUTOS huellas oscuras en (B) tenían granos de plata que se
estrechaban en direcciones opuestas, lo que
demuestra un movimiento de horquilla bidireccional
(A)
desde un origen de replicación central donde se
granos de plata
forma una burbuja de replicación (ver Figura 5-23).
AÑADIR MEDIO SIN ETIQUETA PARA Se cree que una bifurcación de replicación se
10 MINUTOS PARA REDUCIR NIVELES DE
detiene sólo cuando encuentra una bifurcación de
RECIÉN INCORPORADOS 3H-TIMIDINA
replicación que se mueve en la dirección opuesta o
cuando llega al final del cromosoma; de esta
(B) manera, todo el ADN finalmente se replica.

burbuja de replicación burbuja de replicación

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258 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

cultivo de células Figura 5-28 Uso de microarrays de ADN para


arrestado antes de ADN monitorear la formación y el progreso de las
comienza la replicación
horquillas de replicación. Para este experimento, se
sincroniza una población de células para que todas
comiencen a replicarse al mismo tiempo. El ADN se
permitir recolecta y se hibrida con la micromatriz; El ADN que
replicación se ha replicado una vez da una señal de hibridación(
empezar cuadrados verde oscuro) dos veces más alto que el
del ADN no replicado (cuadrados de color verde
0 min 5 minutos 10 minutos 20 minutos
claro). Las manchas en estos microarrays
representan secuencias consecutivas a lo largo de
un segmento de un cromosoma dispuesto de
izquierda a derecha, de arriba a abajo. Aquí solo se
muestran 81 puntos, pero las matrices reales
contienen cientos de miles de secuencias que
fragmentar el ADN, separar las hebras y marcar con fluorescencia
abarcan un genoma completo. Como puede verse,
la replicación comienza en un origen y avanza
bidireccionalmente. Para simplificar, aquí solo se
muestra un origen. En las células humanas, la
replicación comienza en 30 000 a 50 000 orígenes
ubicados en todo el genoma. Con este enfoque, es
posible observar la formación y el progreso de cada
bifurcación de replicación en un genoma.

SIN REPLICACIÓN REPLICACIÓN REPLICACIÓN ADN COMPLETAMENTE

EMPIEZA A CONTINÚA REPLICADO


ORIGEN

los genes se expresan. Los orígenes en exceso también proporcionan "copias de seguridad" en caso de
que falle un origen primario. (3) Al igual que las bacterias, las horquillas de replicación se forman en
pares y crean una burbuja de replicación a medida que se mueven en direcciones opuestas alejándose
de un punto de origen común, deteniéndose solo cuando chocan de frente con una horquilla de
replicación que se mueve en la dirección opuesta o cuando llegar a un cromosoma final. De esta
manera, muchas horquillas de replicación operan de forma independiente en cada cromosoma y, sin
embargo, forman dos hélices de ADN hijas completas.

En eucariotas, la replicación del ADN tiene lugar durante solo una parte
+
del ciclo celular
Cuando crecen rápidamente, las bacterias replican su ADN de forma casi continua. Por el METRO

contrario, la replicación del ADN en la mayoría de las células eucariotas ocurre solo
durante una parte específica del ciclo de división celular, llamadaFase de síntesis de ADN o
GRAMO2

Fase S (Figura 5-29). En una célula de un mamífero, la fase S suele durar unas 8 horas; en
células eucariotas más simples, como las levaduras, la fase S puede ser tan corta como 40
minutos. Al final, cada cromosoma se ha replicado para producir dos copias completas, GRAMO1

que permanecen unidas en sus centrómeros hasta queMphase (M paramitosis), que


pronto sigue. En el capítulo 17, describimos el sistema de control que ejecuta el ciclo
celular y explicamos por qué la entrada en cada fase del ciclo requiere que la célula haya
completado con éxito la fase anterior. S
En las siguientes secciones, exploramos cómo se coordina la replicación
cromosómica dentro de la fase S del ciclo celular.

Diferentes regiones del mismo cromosoma se replican en momentos


distintos en la fase S
Figura 5-29 Las cuatro fases sucesivas de
En células de mamíferos, la replicación del ADN en la región entre un origen de replicación y el siguiente
un ciclo celular eucariota estándar.
normalmente debería requerir solo alrededor de una hora para completarse, dada la velocidad a la que Durante el G1, S y G2 fases, la célula crece
se mueve una horquilla de replicación y las distancias más grandes medidas entre los orígenes de continuamente. Durante la fase M
replicación. Sin embargo, la fase S suele durar unas 8 horas en una célula de mamífero. Esto implica que el crecimiento se detiene, el núcleo se divide y la
célula se divide en dos. La replicación del ADN se
los orígenes de la replicación no se activan todos simultáneamente; de hecho, los orígenes de
limita a la parte del ciclo celular conocida
replicación se activan en agrupaciones de aproximadamente 50 orígenes de replicación adyacentes,
como fase S. GRAMO1 es la brecha entre
cada uno de los cuales se replica solo durante una pequeña parte del intervalo total de la fase S. Fase M y fase S; GRAMO2 es la
brecha entre la fase S y la fase M.

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LA INICIACIÓN Y FINALIZACIÓN DE LA REPLICACIÓN DEL ADN EN CROMOSOMAS 259

Parece que el orden en el que se activan los orígenes de la replicación depende, en parte, de
la estructura de la cromatina en la que residen los orígenes. En el capítulo 4 vimos que la
heterocromatina es un estado particularmente condensado de la cromatina, mientras que la
eucromatina, donde ocurre la mayor parte de la transcripción, tiene una conformación menos
condensada. La heterocromatina tiende a replicarse muy tarde en la fase S, lo que sugiere que el
momento de la replicación está relacionado con el empaquetamiento del ADN en la cromatina.
Sin embargo, una vez iniciadas, las bifurcaciones de replicación parecen moverse a velocidades
comparables a lo largo de la fase S, por lo que el grado de condensación cromosómica parece influir en
el momento en el que se inician las bifurcaciones de replicación, en lugar de su velocidad una vez
formadas.

Un gran complejo de múltiples subunidades se une a los orígenes de replicación


eucariotas

Habiendo visto que un cromosoma eucariota se replica utilizando muchos orígenes de


replicación, cada uno de los cuales se "dispara" en un momento característico de la fase S del
ciclo celular, pasamos a la naturaleza de estos orígenes de replicación. Vimos anteriormente en
este capítulo que los orígenes de la replicación se han definido con precisión en las bacterias
como secuencias de ADN específicas que atraen proteínas iniciadoras, que luego ensamblan la
maquinaria de replicación del ADN. Veremos que este es el caso de la levadura en gemación
unicelular.S. cerevisiae, pero parece no ser estrictamente cierto para la mayoría de los otros
eucariotas. Para la levadura en ciernes, se ha determinado la ubicación de cada origen de
replicación en cada cromosoma. El cromosoma particular que se muestra enFigura 5-30-
cromosoma III de S. cerevisiae—Es uno de los cromosomas más pequeños conocidos, con una
longitud inferior a 1/100 de la de un cromosoma humano típico. Sus orígenes principales están
espaciados en un promedio de 30.000 pares de nucleótidos, pero una célula determinada utiliza
solo un subconjunto de estos orígenes. No obstante, este cromosoma se puede replicar en unos
15 minutos.
La secuencia mínima de ADN requerida para dirigir el inicio de la replicación del ADN en S.
cerevisiae se ha determinado tomando un segmento de ADN que abarca un origen de replicación y
probando fragmentos de ADN cada vez más pequeños para determinar su capacidad para funcionar
como orígenes. Se encuentra que la mayoría de las secuencias de ADN que pueden servir como origen
de replicación contienen (1) un sitio de unión para una proteína iniciadora grande de múltiples
subunidades llamadaORC, por complejo de reconocimiento de origen; (2) un tramo de ADN rico en As
y Ts y, por tanto, fácil de fundir; y (3) al menos un sitio de unión para proteínas que facilitan la unión a
ORC, probablemente ajustando la estructura de la cromatina.
En las bacterias, una vez que la proteína iniciadora se une adecuadamente al origen único de
replicación, el ensamblaje de las horquillas de replicación parece seguir más o menos
automáticamente. En eucariotas, la situación es significativamente diferente debido a un
profundo problema que tienen los eucariotas para replicar los cromosomas: con tantos lugares
para comenzar la replicación, ¿cómo se regula el proceso para garantizar que todo el ADN se
copie una vez y solo una vez?
La respuesta radica en la forma secuencial en la que la helicasa replicativa se carga
primero en los orígenes y luego se activa para iniciar la replicación del ADN. Este asunto se
discute en detalle en el Capítulo 17, donde consideramos la maquinaria que
subyace al ciclo de división celular. En resumen, durante G1 fase, las helicasas replicativas
se cargan en el ADN junto a ORC para crear una complejo prerreplicativo. Luego,
al pasar de G1 fase a fase S, las proteínas quinasas especializadas entran en juego
para activar las helicasas. La apertura resultante de la doble hélice permite la
carga de las proteínas de replicación restantes, incluidas las ADN polimerasas.
Figura 5-30 Los orígenes del ADN
replicación en el cromosoma III de la
levadura S. cerevisiae. Este cromosoma, uno
de los eucariotas más pequeños
CROMOSOMA III orígenes de la replicación cromosomas conocidos, lleva un total de 180
genes. Como se indicó, contiene 18 orígenes
de replicación, aunque se utilizan con
telómero centrómero telómero diferentes frecuencias. Aquellos enrojo
0 100 200 300 se utilizan típicamente en menos del 10% de las divisiones
celulares, mientras que las de verde se utilizan
pares de nucleótidos (miles) aproximadamente el 90% del tiempo.

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260 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

Cdc6 ORC (complejo de reconocimiento de origen)


Figura 5-31 Inicio de la replicación del ADN en
eucariotas. Este mecanismo asegura que cada
ADN
origen de replicación se active solo una vez por
ciclo celular. Un origen de replicación se puede
usar solo si un prerreplicativo
Cdt1 origen
formas complejas allí en G1 fase. Al comienzo
de la fase S, quinasas especializadas
GRAMO1
fosforilan Mcm y ORC, activando el primero e
inactivando el segundo. Un nuevo complejo
+
Mcm helicasa prerreplicativo no puede formarse en el origen
hasta que la célula progresa a la siguiente.
GRAMO1 fase, cuando el ORC unido se ha
desfosforilado. Tenga en cuenta que el eucariota
La helicasa de Mcm se mueve a lo largo de la plantilla de la
hebra principal, mientras que la helicasa bacteriana se mueve
complejo prerreplicativo
a lo largo de la plantilla de la hebra rezagada (véase la figura
5-25). A medida que las horquillas comienzan a moverse, el
FOSFORILACIÓN ORC se desplaza y los nuevos ORC se unen rápidamente a los
DE Mcm Y ORC
orígenes recién replicados.

HELICASAS ACTIVADAS; RECLUTAMIENTO


ORC DESPLAZADO DE ADN POLIMERASA Y
OTRAS PROTEÍNAS DE REPLICACIÓN; ORC
REBINDS; COMIENZA LA SÍNTESIS DEL ADN

S PAG

PAG
PAG

PAG
FINALIZACIÓN DE
REPLICACIÓN DEL ADN

PAG

GRAMO2

PAG

Las proteína quinasas que desencadenan la replicación del ADN evitan simultáneamente el
ensamblaje de nuevos complejos prerreplicativos hasta que la siguiente fase M reinicia todo el
ciclo (para más detalles, véanse las págs. 974–975). Hacen esto, en parte, fosforilando el ORC, lo
que lo hace incapaz de aceptar nuevas helicasas. Esta estrategia proporciona una única ventaja
de oportunidad para que se formen complejos prerreplicativos (G1 fase, cuando la actividad de la
quinasa es baja) y una segunda ventana para que se activen y posteriormente
desmontado (fase S, cuando la actividad quinasa es alta). Debido a que estas dos fases del ciclo
celular son mutuamente excluyentes y ocurren en un orden prescrito, cada origen de replicación
puede dispararse una y solo una vez durante cada ciclo celular.

Aún quedan por descubrir características del genoma humano que


especifican los orígenes de la replicación
En comparación con la situación en la levadura en ciernes, los determinantes de los orígenes de
replicación en otros eucariotas han sido difíciles de descubrir. Ha sido posible identificar secuencias
específicas de ADN humano, cada una de varios miles de pares de nucleótidos de longitud, que son
suficientes para servir como orígenes de replicación. Estos orígenes continúan funcionando cuando se
trasladan a una región cromosómica diferente mediante métodos de ADN recombinante, siempre que
se coloquen en una región donde la cromatina esté relativamente no condensada. Sin embargo, las
comparaciones de tales secuencias de ADN no han revelado secuencias de ADN específicas que
marquen los orígenes de la replicación.

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LA INICIACIÓN Y FINALIZACIÓN DE LA REPLICACIÓN DEL ADN EN CROMOSOMAS 261

A pesar de esto, un ORC humano que es muy similar al ORC de levadura se une a los
orígenes de replicación e inicia la replicación del ADN en humanos. Muchas de las otras proteínas
que funcionan en el proceso de iniciación en la levadura también tienen funciones centrales en
los seres humanos. Por lo tanto, parece probable que los mecanismos de iniciación humana y de
levadura sean similares en esquema, pero la estructura de la cromatina, la actividad
transcripcional o alguna propiedad del genoma distinta de una secuencia de ADN específica
tiene el papel central en la atracción de ORC y en la especificación de los orígenes de replicación
de los mamíferos. Estas ideas también podrían ayudar a explicar cómo una determinada célula
de mamífero elige cuál de los muchos orígenes posibles utilizar cuando replica su genoma y
cómo esta elección podría diferir de una célula a otra. Claramente, tenemos mucho por descubrir
sobre el proceso fundamental de iniciación de la replicación del ADN.

Los nuevos nucleosomas se ensamblan detrás de la horquilla de replicación

Varios aspectos adicionales de la replicación del ADN son específicos de los eucariotas.
Como se discutió en el capítulo 4, los cromosomas eucariotas están compuestos de
mezclas aproximadamente iguales de ADN y proteínas. Por lo tanto, la duplicación de
cromosomas requiere no solo la replicación del ADN, sino también la síntesis y ensamblaje
de nuevas proteínas cromosómicas en el ADN detrás de cada horquilla de replicación.
Aunque estamos lejos de comprender este proceso en detalle, estamos empezando a
aprender cómo se duplica la unidad fundamental del empaquetamiento de la cromatina, el
nucleosoma. La célula requiere una gran cantidad de nueva proteína histona,
aproximadamente igual en masa al ADN recién sintetizado, para producir los nuevos
nucleosomas en cada ciclo celular. Por esta razón, la mayoría de los organismos eucariotas
poseen múltiples copias del gen para cada histona. Las células de vertebrados, por
ejemplo, tienen alrededor de 20 conjuntos de genes repetidos,
A diferencia de la mayoría de las proteínas, que se producen de forma continua, las histonas se
sintetizan principalmente en la fase S, cuando el nivel de ARNm de histonas aumenta aproximadamente
cincuenta veces como resultado tanto del aumento de la transcripción como de la disminución de la
degradación del ARNm. Los principales ARNm de histonas se degradan en cuestión de minutos cuando
la síntesis de ADN se detiene al final de la fase S. El mecanismo depende de las propiedades especiales
de los extremos 3́ de estos ARNm, como se discutió en el Capítulo 7. Por el contrario, las proteínas
histonas en sí son notablemente estables y pueden sobrevivir durante toda la vida de una célula. El
estrecho vínculo entre la síntesis de ADN y la síntesis de histonas parece reflejar un mecanismo de
retroalimentación que monitorea el nivel de histona libre para garantizar que la cantidad de histona
producida coincida exactamente con la cantidad de nuevo ADN sintetizado.
A medida que avanza una horquilla de replicación, debe pasar a través de los nucleosomas
parentales. En la célula, la replicación eficiente requiere complejos de remodelación de cromatina (que
se analizan en el capítulo 4) para desestabilizar las interfaces ADN-histona. Con la ayuda de tales
complejos, las horquillas de replicación pueden transitar de manera eficiente incluso la cromatina
altamente condensada.
A medida que una horquilla de replicación pasa a través de la cromatina, las histonas se
desplazan transitoriamente dejando a su paso alrededor de 600 pares de nucleótidos de ADN no
nucleosómico. El restablecimiento de nucleosomas detrás de una bifurcación en movimiento
ocurre de una manera intrigante. Cuando un nucleosoma es atravesado por una horquilla de
replicación, el octámero de histonas parece romperse en un tetrámero H3-H4 y dos dímeros H2A-
H2B (discutidos en el Capítulo 4). El tetrámero H3-H4 permanece débilmente asociado con el
ADN y se distribuye al azar a uno u otro dúplex hijo, pero los dímeros H2A-H2B se liberan
completamente del ADN. Los tetrámeros de H3-H4 recién hechos se agregan al ADN recién
sintetizado para llenar los "espacios", y los dímeros H2A-H2B, la mitad de los cuales son viejos y
la otra mitad nuevos, se agregan al azar para completar los nucleosomas (Figura 5-32). La
formación de nuevos nucleosomas detrás de una horquilla de replicación tiene una consecuencia
importante para el proceso de replicación del ADN en sí. Como la ADN polimerasa δ sintetiza de
manera discontinua la hebra rezagada (véanse págs. 253-254), la longitud de cada fragmento de
Okazaki está determinada por el punto en el que la ADN polimerasa δ es bloqueada por un
nucleosoma recién formado. Este estrecho acoplamiento entre la duplicación del nucleosoma y
la replicación del ADN explica por qué la longitud de los fragmentos de Okazaki en eucariotas (~
200 nucleótidos) es aproximadamente la misma que la longitud de la repetición del nucleosoma.

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262 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

Carga de NAP1 Dímero H2A-H2B Figura 5-32 Formación de nucleosomas detrás


Dímero H2A-H2B de una horquilla de replicación. Los tetrámeros
H3-H4 parentales se distribuyen al azar entre
las moléculas de ADN hijas, y cada hija hereda
un número aproximadamente igual. Por el
pinza deslizante
contrario, los dímeros H2A-H2B se liberan del
ADN a medida que
horquilla de replicación
pases de la bifurcación de replicación. Esta liberación
comienza justo en frente de la horquilla de replicación
de los padres
y es facilitada por complejos remodeladores de
Tetrámero H3-H4
cromatina que se mueven con la horquilla.
Chaperonas de histonas (NAP1 y
recién sintetizado
CAF1) restauran el complemento completo de
Tetrámero H3-H4
histonas en moléculas hijas utilizando tanto
cromatina parental histonas parentales como recién sintetizadas.
Aunque algunos nucleosomas hijas contienen
solo histonas parentales o solo histonas recién
Dímero H2A-H2B
sintetizadas, la mayoría son híbridos de lo
desplazado al frente
antiguo y lo nuevo. Para simplificar, la doble
de horquilla de replicación
hélice de ADN se muestra como una solarojo
Carga CAF1 línea. (Adaptado de JD Watson et al., Molecular
Tetrámero H3-H4 Biology of the Gene, 5a ed. Cold Spring Harbor:
Cold Spring Harbor Laboratory Press,
2004.)
La adición ordenada y rápida de nuevos tetrámeros H3-H4 y dímeros H2A-H2B detrás de una
horquilla de replicación requiere chaperonas de histonas (también llamado factores de
ensamblaje de cromatina). Estos complejos de múltiples subunidades se unen a las histonas muy
básicas y las liberan para su ensamblaje solo en el contexto apropiado. Las chaperonas de
histonas, junto con sus cargas, se dirigen al ADN recién replicado a través de una interacción
específica con la abrazadera deslizante eucariota llamadaPCNA (consulte la Figura 5-32B). Estas
pinzas se dejan detrás de las horquillas de replicación en movimiento y permanecen en el ADN el
tiempo suficiente para que los acompañantes de histonas completen sus tareas.

La telomerasa replica los extremos de los cromosomas


Vimos anteriormente que la síntesis de la hebra rezagada en una forma de replicación debe
ocurrir de manera discontinua a través de un mecanismo de pespunte que produce fragmentos
cortos de ADN. Este mecanismo encuentra un problema especial cuando la horquilla de
replicación llega al final de un cromosoma lineal. El cebador de ARN final sintetizado en la
plantilla de hebra rezagada no puede ser reemplazado por ADN porque no hay un extremo 3ʹ-́OH
disponible para la polimerasa de reparación. Sin un mecanismo para hacer frente a este
problema, el ADN se perdería de los extremos de todos los cromosomas cada vez que una célula
se divide.
Las bacterias resuelven este problema de "replicación final" al tener moléculas de ADN
circulares como cromosomas (véase la figura 5-24). Los eucariotas lo resuelven de una manera
diferente: tienen secuencias de nucleótidos especializadas en los extremos de sus cromosomas
que se incorporan en estructuras llamadastelómeros (discutido en el Capítulo 4). Los telómeros
contienen muchas repeticiones en tándem de una secuencia corta que es similar en organismos
tan diversos como protozoos, hongos, plantas y mamíferos. En los seres humanos, la secuencia
de la unidad de repetición es GGGTTA y se repite aproximadamente mil veces en cada telómero.

Las secuencias de ADN de los telómeros son reconocidas por proteínas de unión al
ADN específicas de secuencia que atraen una enzima, llamada telomerasa, que repone
estas secuencias cada vez que una célula se divide. La telomerasa reconoce la punta de
una secuencia de repetición de ADN de telómero existente y la alarga en la dirección 5ʹ-́a-3ʹ
́, utilizando una plantilla de ARN que es un componente de la enzima misma para sintetizar
nuevas copias de la repetición (Figura 5-33). La porción enzimática de la telomerasa se
asemeja a otrastranscriptasas inversas, proteínas que sintetizan ADN mediante una
plantilla de ARN, aunque, en este caso, el ARN de la telomerasa también aporta grupos
funcionales para hacer más eficiente la catálisis. Después de la extensión de la hebra de
ADN parental por la telomerasa, las ADN polimerasas convencionales pueden completar la
replicación de la hebra rezagada en el extremo del cromosoma, utilizando estas
extensiones como plantilla para sintetizar la hebra complementaria (Figura 5-34).

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LA INICIACIÓN Y FINALIZACIÓN DE LA REPLICACIÓN DEL ADN EN CROMOSOMAS 263

Figura 5-33 Estructura de una porción de


resto de telomerasa. La telomerasa es un gran complejo de
proteína telomerasa
ARN de telomerasa
"dedos" proteína-ARN. El ARN(azul) contiene una secuencia
de plantillas para sintetizar nuevas repeticiones de
telómeros de ADN. La reacción de síntesis en sí se
lleva a cabo mediante el dominio de la transcriptasa
región de
inversa de la proteína, que se muestra enverde. Una
ARN de telomerasa
utilizado como plantilla
transcriptasa inversa es una forma especial de
enzima polimerasa que usa una plantilla de ARN
para formar una hebra de ADN; la telomerasa es
única en llevar consigo su propia plantilla de ARN.
La telomerasa también tiene varios dominios
proteicos adicionales (no mostrados) que son
necesarios para ensamblar la enzima en los
extremos de los cromosomas. (Modificado de J.
3′ Lingner y TR Cech,
Curr. Opin. Gineta. Dev.8: 226–232,
"Palma": sitio activo
1998. Con permiso de Elsevier.)
de telomerasa
proteína
5′
recién
resto de sintetizado "pulgar"
cromosoma ADN de telómero

Los telómeros se empaquetan en estructuras especializadas que protegen los


extremos de los cromosomas
Los extremos de los cromosomas presentan a las células un problema adicional. Como
veremos en la siguiente parte de este capítulo, cuando un cromosoma se rompe
accidentalmente, la ruptura se repara rápidamente (véase la figura 5-45). Los telómeros
deben distinguirse claramente de estas roturas accidentales; de lo contrario, la célula
intentará "reparar" los telómeros, provocando fusiones cromosómicas y otras anomalías
genéticas. Los telómeros tienen varias características para evitar que esto suceda.
Una nucleasa especializada mastica el extremo 5ʹ de un telómero dejando un extremo
sobresaliente de una sola hebra. Este extremo sobresaliente, en combinación con las
repeticiones de GGGTTA en los telómeros, atrae a un grupo de proteínas que forman un
casquete cromosómico protector conocido comorefugiarse. En particular, la refugio "oculta" los
telómeros de los detectores de daño de la célula que monitorean continuamente el ADN. Cuando
los telómeros humanos se entrecruzan artificialmente y se ven mediante microscopía
electrónica, se observan estructuras conocidas como "t-bucles" en las que el extremo
sobresaliente del telómero se curva hacia atrás y se mete en el ADN dúplex de la secuencia de
repetición del telómero (Figura 5-35). Se cree que los t-bucles están regulados por la proteina y
brindan protección adicional para los extremos de los cromosomas.

hebra padre
3′
TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG
AACCCC
5′ hebra rezagada incompleta, recién sintetizada
TELOMERASE
BINDS
3′
TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG dirección de
AACCCC telómero Figura 5-34 Replicación de telómeros. Aquí se
ACCCCAAC
5′ 3′ 5′ síntesis muestran las reacciones que sintetizan las
TELOMERASE
secuencias repetidas que forman los extremos de
SE EXTIENDE 3′ FIN
telomerasa con plantilla de ARN unido los cromosomas (telómeros) de diversos
(Plantilla de ARN
Síntesis de ADN) organismos eucariotas. El extremo 3ʹ 'de la hebra de
3′ ADN parental se extiende mediante la síntesis de
TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG
ADN con plantilla de ARN; esto permite que la
AACCCC ACCCCAAC
5′ 3′ 5′
cadena de ADN hija incompleta que está
FINALIZACIÓN DE emparejada con ella se extienda en su dirección 5ʹ '.
HILO DE REVESTIMIENTO Se presume que esta hebra rezagada incompleta
POR POLIMERASA DE ADN
está completada por la ADN polimerasa α, que lleva
(Plantilla de ADN
una ADN primasa como una de sus subunidades (
Síntesis de ADN)
3′ Película 5.6). La secuencia de telómeros ilustrada es
TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG la del ciliado.Tetrahymena en el que se
AACCCC CCCCAACCCCAACCCC
5′ descubrieron por primera vez estas reacciones.
ADN polimerasa

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264 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

3′ sobresalir
5′ 3′
3′ 5′
telómero
repite

bucle en t

5′
5′ 3′
3′
intercambio de hebras por 3′ sobresalir
(A) (B)
1 µmetro

La longitud de los telómeros está regulada por células y organismos Figura 5-35 Un t-loop al final de un cromosoma
de mamífero. (A) Micrografía electrónica del ADN
Debido a que los procesos que hacen crecer y encoger cada secuencia de telómeros sólo al final de un cromosoma humano en interfase.
están aproximadamente equilibrados, el extremo de un cromosoma contiene un número El cromosoma se fijó, desprotegió y espesó
artificialmente antes de verlo. El bucle que se ve
variable de repeticiones teloméricas. No es sorprendente que muchas células tengan
aquí tiene aproximadamente 15.000 pares de
mecanismos homeostáticos que mantienen el número de estas repeticiones dentro de un nucleótidos de longitud. (B) Estructura de un t-
rango limitado (Figura 5-36). Sin embargo, en la mayoría de las células somáticas de loop. La inserción del extremo 3ʹ 'de una sola
los seres humanos en división, los telómeros se acortan gradualmente, y se ha propuesto hebra en las repeticiones dúplex se lleva a cabo
y la estructura se mantiene mediante proteínas
que esto proporciona un mecanismo de recuento que ayuda a prevenir la proliferación
especializadas. (De JD Griffith et al.,Celda 97: 503–
ilimitada de células rebeldes en los tejidos adultos. En su forma más simple, esta idea 514, 1999. Con permiso de Elsevier.)
sostiene que nuestras células somáticas comienzan en el embrión con un complemento
completo de repeticiones teloméricas. Estos luego se erosionan a diferentes grados en
diferentes tipos de células. Algunas células madre, en particular las que se encuentran en
los tejidos que deben reponerse a un ritmo elevado durante toda la vida, como la médula
ósea o el revestimiento intestinal, conservan la actividad completa de la telomerasa. Sin
embargo, en muchos otros tipos de células, el nivel de telomerasa se reduce de modo que
la enzima no puede seguir el ritmo de la duplicación cromosómica. Estas células pierden de
100 a 200 nucleótidos de cada telómero cada vez que se dividen. Después de muchas
generaciones de células,senescencia celular replicativa (discutido en el Capítulo 17). En
teoría, tal mecanismo podría proporcionar una protección contra la proliferación celular
incontrolada de células anormales en los tejidos somáticos, por lo que

ayudándonos a protegernos del cáncer.

pequeño

telómero largo telómero


extremo del cromosoma

5′ 3′ 5′ 3′
3′ 5′ 3′ 5′
repeticiones de telómeros
MAYOR NÚMERO DE DIVISIONES CELULARES
fracción de extremos de cromosomas

Figura 5-36 Una demostración de que las células de


levadura controlan la longitud de sus telómeros. En este
experimento, el telómero en un extremo de un
cromosoma particular se hace artificialmente más largo (
izquierda) o mas corto (Derecha) que el promedio.
Después de muchas divisiones celulares, el cromosoma
se recupera y muestra una longitud media de los
telómeros y una distribución de la longitud típica de los
otros cromosomas de la célula de levadura. Se ha
propuesto un mecanismo de retroalimentación similar
para controlar la longitud de los telómeros para las
células de la línea germinal de los animales.
aumento de la longitud de los telómeros aumento de la longitud de los telómeros

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LA INICIACIÓN Y FINALIZACIÓN DE LA REPLICACIÓN DEL ADN EN CROMOSOMAS 265

La idea de que la longitud de los telómeros actúa como una "vara de medir" para contar las
divisiones celulares y, por lo tanto, regular la vida útil del linaje celular se ha probado de varias maneras.
Para ciertos tipos de células humanas cultivadas en cultivo de tejidos, los resultados experimentales
apoyan dicha teoría. Los fibroblastos humanos normalmente proliferan durante aproximadamente 60
divisiones celulares en cultivo antes de experimentar senescencia celular replicativa. Como la mayoría
de las otras células somáticas en humanos, los fibroblastos producen solo niveles bajos de telomerasa y
sus telómeros se acortan gradualmente cada vez que se dividen. Cuando se proporciona telomerasa a
los fibroblastos mediante la inserción de un gen de telomerasa activo, la longitud de los telómeros se
mantiene y muchas de las células continúan proliferando indefinidamente.
Se ha propuesto que este tipo de control de la proliferación celular puede contribuir al
envejecimiento de animales como nosotros. Estas ideas se han probado mediante la producción
de ratones transgénicos que carecen por completo de telomerasa. Los telómeros en los
cromosomas del ratón son aproximadamente cinco veces más largos que los telómeros
humanos y, por lo tanto, los ratones deben criarse durante tres o más generaciones antes de
que sus telómeros se hayan reducido a la longitud humana normal. Por lo tanto, tal vez no sea
sorprendente que las primeras generaciones de ratones se desarrollen normalmente. Sin
embargo, los ratones de generaciones posteriores desarrollan progresivamente más defectos en
algunos de sus tejidos altamente proliferativos. Además, estos ratones muestran signos de
envejecimiento prematuro y tienen una tendencia pronunciada a desarrollar tumores. En estos y
otros aspectos, estos ratones se parecen a los humanos con la enfermedad genética
disqueratosis congénita. Los individuos afectados por esta enfermedad portan una copia
funcional y una no funcional del gen del ARN de la telomerasa; tienen telómeros
prematuramente acortados y típicamente mueren de insuficiencia progresiva de la médula ósea.
También desarrollan cicatrices pulmonares y cirrosis hepática y muestran anomalías en varias
estructuras epidérmicas, incluida la piel, los folículos pilosos y las uñas.
Las observaciones anteriores demuestran que controlar la proliferación celular mediante el
acortamiento de los telómeros representa un riesgo para un organismo, porque no todas las células
que comienzan a perder los extremos de sus cromosomas dejarán de dividirse. Algunos aparentemente
se vuelven genéticamente inestables, pero continúan dividiéndose, dando lugar a células variantes que
pueden conducir al cáncer. Claramente, el uso del acortamiento de los telómeros como mecanismo
regulador no es infalible y, como muchos mecanismos en la célula, parece lograr un equilibrio entre
beneficio y riesgo.

Resumen
Las proteínas que inician la replicación del ADN se unen a las secuencias de ADN en un origen de
replicación para catalizar la formación de una burbuja de replicación con dos horquillas de replicación
que se mueven hacia afuera. El proceso comienza cuando se forma un complejo de ADN-proteína
iniciadora que posteriormente carga una helicasa de ADN en la plantilla de ADN. Luego se agregan
otras proteínas para formar la “máquina de replicación” multienzimática que cataliza la síntesis de ADN
en cada horquilla de replicación.
En bacterias y algunos eucariotas simples, los orígenes de replicación se especifican mediante
secuencias de ADN específicas que tienen solo varios cientos de pares de nucleótidos de longitud. En
otros eucariotas, como los humanos, las secuencias necesarias para especificar un origen de replicación
del ADN parecen estar menos definidas y el origen puede abarcar varios miles de pares de nucleótidos.

Las bacterias suelen tener un solo origen de replicación en un cromosoma


circular. Con velocidades de horquilla de hasta 1000 nucleótidos por segundo,
pueden replicar su genoma en menos de una hora. La replicación del ADN
eucariota tiene lugar en solo una parte del ciclo celular, la fase S. La horquilla de
replicación en eucariotas se mueve unas 10 veces más lentamente que la
horquilla de replicación bacteriana, y los cromosomas eucariotas mucho más
largos requieren muchos orígenes de replicación para completar su replicación
en una fase S, que generalmente dura 8 horas en células humanas. Los
diferentes orígenes de replicación en estos cromosomas eucariotas se activan en
una secuencia, determinada en parte por la estructura de la cromatina, y las
regiones más condensadas de la cromatina suelen comenzar su replicación en
último lugar. Una vez que haya pasado la bifurcación de replicación,
Los eucariotas resuelven el problema de replicar los extremos de sus cromosomas lineales
con una estructura terminal especializada, el telómero, mantenido por un nucleótido especial.

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266 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

enzima polimerizante llamada telomerasa. La telomerasa extiende una de las hebras de ADN al
final de un cromosoma mediante el uso de una plantilla de ARN que es una parte integral de la
propia enzima, produciendo una secuencia de ADN muy repetida que típicamente se extiende
por miles de pares de nucleótidos en cada extremo del cromosoma. Los telómeros tienen
estructuras especializadas que los distinguen de los extremos rotos de los cromosomas, lo que
garantiza que no se reparen por error.

REPARACION DE ADN
Mantener la estabilidad genética que un organismo necesita para su supervivencia requiere no
solo un mecanismo extremadamente preciso para replicar el ADN, sino también mecanismos
para reparar las muchas lesiones accidentales que el ADN sufre continuamente. La mayoría de
estos cambios espontáneos en el ADN son temporales porque se corrigen inmediatamente
mediante un conjunto de procesos que se denominan colectivamente Reparación de ADN. De
las decenas de miles de cambios aleatorios creados todos los días en el ADN de una célula
humana por el calor, los accidentes metabólicos, la radiación de diversos tipos y la exposición a
sustancias en el medio ambiente, solo unos pocos (menos del 0,02%) se acumulan como
mutaciones permanentes en la secuencia de ADN. El resto se elimina con notable eficacia
mediante la reparación del ADN.
La importancia de la reparación del ADN es evidente por la gran inversión que hacen las
células en las enzimas que la llevan a cabo: varios por ciento de la capacidad de codificación de la
mayoría de los genomas se dedica exclusivamente a las funciones de reparación del ADN. La
importancia de la reparación del ADN también se demuestra por el aumento de la tasa de
mutación que sigue a la inactivación de un gen de reparación del ADN. Muchas proteínas
reparadoras del ADN y los genes que las codifican, que ahora sabemos que operan en una
amplia gama de organismos, incluidos los humanos, se identificaron originalmente en bacterias
mediante el aislamiento y caracterización de mutantes que mostraban una mayor tasa de
mutación o una mayor sensibilidad al daño del ADN. agentes.
Estudios recientes sobre las consecuencias de una capacidad disminuida para la reparación del
ADN en humanos han relacionado muchas enfermedades humanas con una reparación disminuida (
Cuadro 5-2). Por lo tanto, vimos anteriormente que los defectos en un gen humano cuyo producto
normalmente funciona para reparar los pares de bases no coincidentes que resultan de los errores de
replicación del ADN pueden conducir a una predisposición heredada a cánceres de colon y algunos
otros órganos, lo que refleja una mayor tasa de mutación. En otra enfermedad humana,

TABLA 5-2 Algunos síndromes humanos heredados con defectos en la reparación del ADN

nombre fenotipo enzima o proceso afectado


MSH2, 3, 6, MLH1, PMS2 Cáncer de colon Reparación de desajustes

Xeroderma pigmentosum (XP) Cáncer de piel, sensibilidad a los rayos UV, anomalías Reparación por escisión de nucleótidos

grupos A – G neurológicas.

Síndrome de Cockayne Sensibilidad a los rayos ultravioleta; anomalías del desarrollo Acoplamiento de la reparación por escisión de nucleótidos
a la transcripción

Variante XP Sensibilidad a los rayos UV, cáncer de piel Síntesis de translesión por ADN polimerasa ν
Ataxia telangiectasia (AT) Leucemia, linfoma, sensibilidad a los rayos γ, inestabilidad del Proteína ATM, una proteína quinasa activada por
genoma roturas de doble cadena

BRCA1 Cáncer de mama y ovario Reparación por recombinación homóloga

BRCA2 Cáncer de mama, ovario y próstata Reparación por recombinación homóloga

Síndrome de Werner Envejecimiento prematuro, cáncer en varios sitios, Accesorio 3ʹ-exonucleasa y ADN helicasa
inestabilidad del genoma usados en reparación

Síndrome de Bloom Cáncer en varios sitios, retraso en el crecimiento, ADN helicasa necesaria para la recombinación
inestabilidad del genoma

Grupos de anemia de Fanconi A-G Anomalías congénitas, leucemia, inestabilidad del Reparación de enlaces cruzados entre cadenas de ADN

genoma

Paciente 46 BR Hipersensibilidad a los agentes que dañan el ADN, ADN ligasa I


inestabilidad del genoma

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REPARACION DE ADN 267

O NUEVA HAMPSHIRE2 O NUEVA HAMPSHIRE2

H H H CH3
norte
C T norte

A
norte norte norte

norte GRAMO CH CH

H2norte norte
norte
O norte H O norte H H norte
norte

O CH2 O CH2 O CH2 O CH2


O O O O

PAGO O correos O correos O correos O


_ _ _ _
O O O O

xeroderma pigmentoso (XP), las personas afectadas tienen una sensibilidad extrema a la Figura 5-37 Un resumen de las alteraciones
espontáneas que requieren reparación del ADN.
radiación ultravioleta porque no pueden reparar ciertos fotoproductos del ADN. Este defecto de
Los sitios en cada nucleótido modificados por
reparación da como resultado una mayor tasa de mutación que conduce a lesiones cutáneas daño oxidativo espontáneo. (flechas rojas),
graves y una mayor susceptibilidad a los cánceres de piel. Finalmente, mutaciones en elBrca1 y ataque hidrolítico (flechas azules)y metilación (
Brca2 genes comprometen un tipo de reparación del ADN conocido como recombinación flechas verdes) se muestran, con el ancho de
homóloga y son una causa de cáncer de mama y ovario hereditario. cada flecha indicando la frecuencia relativa de
cada evento (ver Tabla 5-3). (Después de T.
Lindahl,Naturaleza
Sin la reparación del ADN, el daño espontáneo del ADN cambiaría 362: 709–715, 1993. Con permiso de
rápidamente las secuencias de ADN Macmillan Publishers Ltd.)

Aunque el ADN es un material muy estable, como se requiere para el almacenamiento de


información genética, es una molécula orgánica compleja que es susceptible, incluso en
condiciones normales de células, a cambios espontáneos que conducirían a mutaciones si
no se reparan (Figura 5-37 y ver Cuadro 5-3). Por ejemplo, el ADN de cada

TABLA 5–3 Lesiones endógenas del ADN que surgen y se reparan en un diploide
Célula de mamífero en 24 horas

Lesión de adn número reparado en 24 h

Hidrólisis
Depurinacion 18.000
Despirimidinacion 600
Desaminación de citosina 100
Desaminación de 5-metilcitosina 10
Oxidación

8-oxo G 1500
Pirimidinas saturadas de anillo (timina glicol, hidratos de 2000
citosina)

Productos de peroxidación lipídica (M1G, etheno-A, 1000


etheno-C)

Metilación no enzimática por S-adenosilmetionina


7-metilguanina 6000
3-metiladenina 1200
Metilación no enzimática por poliaminas y péptidos nitrosados
O6-Metilguanina 20–100
Las lesiones de ADN enumeradas en la tabla son el resultado de reacciones químicas normales que tienen
lugar en las células. Las células que están expuestas a sustancias químicas externas y radiación sufren
formas cada vez más diversas de daño en el ADN. (De T. Lindahl y DE Barnes,Arb de resorte frío. Symp.
Quant. Biol.65: 127-133, 2000.)

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268 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

La célula humana pierde alrededor de 18.000 bases de purina (adenina y guanina) todos
los días porque su norte-Los enlaces glucosilo para hidrolizar la desoxirribosa, una
reacción espontánea llamada depurinación. Del mismo modo, un espontáneo
desaminación de citosina a uracilo en el ADN ocurre a una tasa de aproximadamente 100
bases por célula por día (Figura 5-38). Las bases de ADN también se dañan ocasionalmente
por un encuentro con metabolitos reactivos producidos en la célula, incluidas las formas
reactivas de oxígeno y el donante de metilo de alta energía.S-adenosilmetionina, o por
exposición a productos químicos en el medio ambiente. Asimismo, la radiación ultravioleta
del sol puede producir un enlace covalente entre dos bases pirimidínicas adyacentes en el
ADN para formar, por ejemplo, dímeros de timina (Figura 5-39). Si no se corrige cuando se
replica el ADN, se esperaría que la mayoría de estos cambios conduzcan a la eliminación de
uno o más pares de bases oa una sustitución de pares de bases en la cadena de ADN hija (
Figura 5-40). Las mutaciones luego se propagarían a lo largo de las siguientes
generaciones de células. Una tasa tan alta de cambios aleatorios en la secuencia del ADN
tendría consecuencias desastrosas.

La doble hélice del ADN se repara fácilmente


La estructura de doble hélice del ADN es ideal para la reparación porque lleva dos copias
separadas de toda la información genética, una en cada una de sus dos hebras. Por tanto,
cuando una hebra está dañada, la hebra complementaria conserva una copia intacta de la
misma información, y esta copia se usa generalmente para restaurar las secuencias de
nucleótidos correctas en la hebra dañada.
Una indicación de la importancia de una hélice de doble hebra para el almacenamiento seguro de
información genética es que todas las células la utilizan; sólo unos pocos virus pequeños utilizan ADN o
ARN monocatenario como material genético. Los tipos de procesos de reparación descritos en esta
sección no pueden operar en tales ácidos nucleicos y, una vez dañados, la posibilidad de que ocurra un
cambio permanente de nucleótidos en estos genomas de una sola hebra de virus es muy alta. Parece
que solo los organismos con genomas minúsculos (y, por tanto, objetivos minúsculos para el daño del
ADN) pueden permitirse codificar su información genética.
mación en cualquier molécula que no sea una doble hélice de ADN.

GUANINA

O H2O
norte
H
norte

DEPURINACION H fosfato de azúcar después


H
O norte O depuracion
norte norte

O
O PAGO CH2 H OPO CH2
_ H _ O OH
O norte

O norte
O
H
H
norte
norte norte

H H
GUANINA
CITOSINA
URACIL
H H
DESAMINACIÓN norte H2O O
H H H
norte norte

O H norte O O H norte O
O PAGO CH2
NUEVA HAMPSHIRE3
OPO CH2
_ O _O
O O

ADN ADN
hebra hebra

Figura 5-38 Depurinación y desaminación. Estas reacciones son dos de las reacciones químicas espontáneas más frecuentes que crean graves daños en el ADN de las células. La
depuración puede liberar guanina (que se muestra aquí), así como adenina, del ADN. El tipo principal de reacción de desaminación convierte la citosina en una base de ADN
alterada, uracilo (que se muestra aquí), pero la desaminación también ocurre en otras bases. Estas reacciones normalmente tienen lugar en ADN de doble hélice; por
conveniencia, solo se muestra una hebra.

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REPARACION DE ADN 269

Figura 5-39 El tipo más común de dímero de timina. Este tipo de daño ocurre en el
ADN de las células expuestas a la irradiación ultravioleta (como en la luz solar). Se
formará un dímero similar entre dos bases de pirimidina vecinas (residuos C o T) en PAG O H
el ADN. O C norte

norte C O
C C
El daño al ADN puede eliminarse mediante más de una vía H CH3
PAG
Las células tienen múltiples vías para reparar su ADN utilizando diferentes enzimas O O H
C
que actúan sobre diferentes tipos de lesiones. Figura 5-41 muestra dos de las vías
norte

C O
más comunes. En ambos, el daño se elimina, la secuencia de ADN original es
norte

C C
restaurada por una ADN polimerasa que usa la hebra intacta como plantilla, y una OH H
PAG CH3
C
ruptura restante en la doble hélice es sellada por ADN ligasa (ver figura 5-12). O norte

C O
Las dos vías difieren en la forma en que eliminan el daño del ADN. El primer camino,
norte

C C
llamadoreparación de escisión de base, involucra una batería de enzimas llamadas H CH3
Glicosilasas de ADN, cada uno de los cuales puede reconocer un tipo específico de base
PAG O H
alterada en el ADN y catalizar su eliminación hidrolítica. Existen al menos seis tipos de O C
estas enzimas, incluidas las que eliminan Cs desaminados, As desaminados, diferentes
norte

norte C O
tipos de bases alquiladas u oxidadas, bases con anillos abiertos y bases en las que un
C C
doble enlace carbono-carbono se ha convertido accidentalmente en un carbono. –Enlace H
PAG
CH3
sencillo de carbono. ¿Cómo se detecta una base alterada en el contexto de la doble hélice?
Un paso clave es un "volteo" mediado por enzimas del nucleótido alterado de la hélice, lo
que permite que la ADN glicosilasa sondee todas las caras de la base en busca de daños (
Figura 5-42). Se cree que estas enzimas viajan a lo largo del ADN utilizando un cambio de
base para evaluar el estado de cada base. Una vez que una enzima encuentra la base
dañada que reconoce, elimina esa base de su azúcar.
El "diente faltante" creado por la acción de la ADN glicosilasa es reconocido por una
enzima llamada AP endonucleasa (AP para apurínico o apirimidínico, endo para significar
que la nucleasa se escinde dentro de la cadena polinucleotídica), que corta el esqueleto del
fosfodiéster, después de lo cual se repara el espacio resultante (figura 5-41A). La
depuración, que es con mucho el tipo de daño más frecuente que sufre el ADN, también
deja un azúcar desoxirribosa sin una base. Las depuraciones se reparan directamente
comenzando con la endonucleasa AP, siguiendo la mitad inferior de la ruta.
forma en la Figura 5-41A.

mutado mutado

hebra vieja hebra vieja

T U T T C T
A
A A A A GRAMO A
demonio inate d C T depurinado A

nueva hebra nueva hebra

U una G ha sido un nucleótido AT


T T T C T
A cambiado a una A par ha sido eliminado
A A A GRAMO
T A
GRAMO
T
ADN ADN
REPLICACIÓN REPLICACIÓN
nueva hebra nueva hebra

T C A T T C A T
A GRAMO
T A A GRAMO
T A

hebra vieja hebra vieja

(A) sin alterar (B) sin alterar

Figura 5-40 Cómo las modificaciones químicas de los nucleótidos producen mutaciones. (A) La desaminación de la citosina, si no se corrige, da como resultado la sustitución de
una base por otra cuando se replica el ADN. Como se muestra en la figura 5-38, la desaminación de la citosina produce uracilo. El uracilo se diferencia de la citosina en sus
propiedades de emparejamiento de bases y preferentemente pares de bases con adenina. Por lo tanto, la maquinaria de replicación del ADN agrega una adenina cuando
encuentra un uracilo en la hebra molde. (B) La depurinación puede provocar la pérdida de un par de nucleótidos. Cuando la maquinaria de replicación encuentra una purina
faltante en la hebra molde, puede saltar al siguiente nucleótido completo como se ilustra aquí, produciendo así una deleción de nucleótidos en la hebra recién sintetizada.
Muchos otros tipos de daños en el ADN (figura 5-37), si no se corrigen, también producen mutaciones cuando el ADN se replica.

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270 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

(A) REPARACIÓN DE EXCISIÓN DE BASE (B) REPARACIÓN POR EXCISIÓN DE NUCLEÓTIDOS

dímero de pirimidina
desaminado C

GCTUATCC CTACGGTCTA Connecticut ATGG


5' 5'
unido por hidrógeno unido por hidrógeno
pares de bases pares de bases
3' 3'
CGA GRAMO TAGG GATGCCAGAT Georgia TACC

EXCISIÓN
ADN URACIL NUCLEASE
U GLICOSILASA

CTACGGTCTA Connecticut ATGG

GCT ATCC
Hélice de ADN
con falta GATGCCAGAT Georgia TACC
base
CGA GRAMO TAGG
CGGTCTA Connecticut ATG
ADN
AP ENDONUCLEASE Y
HELICASA
FOSFODIESTERASA
QUITAR EL FOSFATO DE AZÚCAR

GCT ATCC CTA GRAMO

Hélice de ADN Hélice de ADN


con un solo con 12-
brecha de nucleótidos brecha de nucleótidos
CGA GRAMO TAGG GATGCCAGAT Georgia TACC

LA ADN POLIMERASA AGREGA ADN POLIMERASA


NUEVOS NUCLEÓTIDOS, ADN LIGASA PLUS DNA LIGASE
SELLOS NICK

GCT C ATCC CTACGGTCTA Connecticut ATGG

CGA GRAMO TAGG GATGCCAGAT Georgia TACC

Figura 5-41 Una comparación de dos vías principales de reparación del ADN. (A) Reparación de escisión de base. Esta vía comienza con una ADN glicosilasa.
Aquí, la enzima uracilo ADN glicosilasa elimina una citosina desaminada accidentalmente en el ADN. Después de la acción de esta glicosilasa (u otra ADN
glicosilasa que reconoce un tipo diferente de daño), el fosfato de azúcar con la base faltante se corta mediante la acción secuencial de la endonucleasa AP y
una fosfodiesterasa. (Estas mismas enzimas comienzan la reparación de los sitios depurinados directamente). El espacio de un solo nucleótido se llena con
ADN polimerasa y ADN ligasa. El resultado neto es que la U que se creó por desaminación accidental se restaura a una C. AP endonucleasa se llama así
porque reconoce cualquier sitio en la hélice de ADN que contiene un azúcar desoxirribosa con una base faltante; tales sitios pueden surgir por la pérdida
de una purina(apsitios urínicos) o por la pérdida de una pirimidina (apsitios yrimidínicos). (B)Reparación por escisión de nucleótidos. En las bacterias,
después de que un complejo multienzimático ha reconocido una lesión como un dímero de pirimidina (figura 5-39), se hace un corte a cada lado de la
lesión y luego una helicasa de ADN asociada elimina la porción completa de la hebra dañada. La maquinaria de reparación por escisión en bacterias deja la
brecha de 12 nucleótidos que se muestra. En los seres humanos, una vez que se reconoce el ADN dañado, se recluta una helicasa para desenrollar el
dúplex de ADN localmente. A continuación, la nucleasa de escisión entra y se escinde a ambos lados del daño, dejando un espacio de aproximadamente 30
nucleótidos. La maquinaria de reparación por escisión de nucleótidos tanto en bacterias como en humanos puede reconocer y reparar muchos tipos
diferentes de daños en el ADN.

La segunda vía de reparación principal se llama reparación por escisión de nucleótidos. Esta
El mecanismo puede reparar el daño causado por casi cualquier gran cambio en la estructura de
la doble hélice del ADN. Estas "lesiones voluminosas" incluyen las creadas por la reacción
covalente de bases de ADN con hidrocarburos grandes (como el carcinógeno benzopireno, que
se encuentra en el humo del tabaco, el alquitrán de hulla y los gases de escape de diesel), así
como los diversos dímeros de pirimidina (TT, TC, y C-C) causado por la luz solar. En esta vía, un
gran complejo multienzimático escanea el ADN en busca de una distorsión en la doble hélice, en
lugar de un cambio de base específico. Una vez que encuentra una lesión, escinde la columna
vertebral del fosfodiéster de la hebra anormal en ambos lados de la distorsión, y una helicasa de
ADN despega el oligonucleótido monocatenario que contiene la lesión. Luego, la ADN polimerasa
y la ADN ligasa reparan la gran brecha producida en la hélice de ADN (véase la figura 5-41B).

Un proceso alternativo de reparación por escisión de nucleótidos y bases es la reversión


química directa del daño del ADN, y esta estrategia se emplea selectivamente para la rápida

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REPARACION DE ADN 271

Figura 5-42 El reconocimiento de un nucleótido


inusual en el ADN mediante el cambio de base.
La familia de enzimas ADN glicosilasa reconoce
bases inapropiadas específicas en la
conformación mostrada. Cada una de estas
enzimas escinde el enlace glicosilo que conecta
una base reconocida en particular.
(amarillo) al azúcar de la columna vertebral,
eliminándolo del ADN. (A) Modelo de palo; (B) modelo de
llenado de espacio.

(A) (B)

eliminación de determinadas lesiones altamente mutagénicas o citotóxicas. Por ejemplo, la


lesión de alquilaciónO6-metilguanina tiene su grupo metilo eliminado por transferencia
directa a un residuo de cisteína en la propia proteína de reparación, que se destruye en la
reacción. En otro ejemplo, los grupos metilo en las lesiones de alquilación 1-metiladenina y
3-metilcitosina son "quemados" por una desmetilasa dependiente de hierro, con liberación
de formaldehído del ADN metilado y regeneración de la base nativa.

El acoplamiento de la reparación por escisión de nucleótidos a la transcripción garantiza


que el ADN más importante de la célula se repare de manera eficiente

Todo el ADN de una célula está bajo constante vigilancia para detectar daños, y los
mecanismos de reparación que hemos descrito actúan en todas las partes del genoma. Sin
embargo, las células tienen una forma de dirigir la reparación del ADN a las secuencias de
ADN que se necesitan con mayor urgencia. Lo hacen uniendo la ARN polimerasa, la enzima
que transcribe el ADN en ARN como el primer paso en la expresión génica, a la vía de
reparación por escisión de nucleótidos. Como se mencionó anteriormente, este sistema de
reparación puede corregir muchos tipos diferentes de daños en el ADN. La ARN polimerasa
se detiene en las lesiones del ADN y, mediante el uso de proteínas de acoplamiento, dirige
la maquinaria de reparación por escisión a estos sitios. En las bacterias, donde los genes
son relativamente cortos, la ARN polimerasa estancada puede disociarse del ADN; el ADN
se repara y el gen se transcribe nuevamente desde el principio. En eucariotas, donde los
genes pueden ser enormemente largos,

La importancia de la reparación por escisión acoplada a la transcripción se ve en personas


con síndrome de Cockayne, que es causado por un defecto en este acoplamiento. Estos
individuos sufren de retraso en el crecimiento, anomalías esqueléticas, retraso neuronal
progresivo y sensibilidad severa a la luz solar. Se cree que la mayoría de estos problemas surgen
de moléculas de ARN polimerasa que se estancan permanentemente en los sitios de daño del
ADN que se encuentran en genes importantes.

La química de las bases del ADN facilita la detección de daños


La doble hélice del ADN parece óptima para la reparación. Como se señaló anteriormente,
contiene una copia de seguridad de toda la información genética. Igualmente importante, la
naturaleza de las cuatro bases en el ADN hace que la distinción entre bases dañadas y no
dañadas sea muy clara. Por ejemplo, cada posible evento de desaminación en el ADN produce
una base "no natural", que puede ser reconocida y eliminada directamente por una ADN
glicosilasa específica. La hipoxantina, por ejemplo, es la base de purina más simple capaz de
emparejarse específicamente con C, pero la hipoxantina es el producto de desaminación directa
de A (Figura 5-43A). La adición de un segundo grupo amino a la hipoxantina.

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272 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

BASES DE ADN NATURAL BASES DE ADN NO NATURALES

H H
norte
H2O O
H
norte norte
norte norte

H H
norte
norte
H norte
norte H
NUEVA HAMPSHIRE3

adenina hipoxantina

O H2O O
H H
norte norte
norte norte

H H
H
norte
norte norte
norte
norte O

H
NUEVA HAMPSHIRE3
H
guanina xantina

H H
norte
H2O O
H H H
norte norte

H norte O H norte O
NUEVA HAMPSHIRE3

citosina uracilo

O
H3C H
norte

SIN DESAMINACIÓN

H norte O

timina
(A)

H H
norte
H 2O O
H3C H3C H
norte norte

H norte O H norte O
NUEVA HAMPSHIRE3

5-metil citosina timina

(B)

Figura 5-43 La desaminación de nucleótidos de ADN. En cada caso, el átomo de oxígeno que se agrega en esta reacción
con el agua está coloreado rojo. (A) Los productos de desaminación espontánea de A y G son reconocibles como
antinaturales cuando ocurren en el ADN y, por lo tanto, se encuentran y reparan fácilmente. La desaminación de C a U
también se ilustra en la Figura 5-38; T no tiene ningún grupo amino para eliminar. (B) Aproximadamente el 3% de los
nucleótidos C en los ADN de los vertebrados están metilados para ayudar a controlar la expresión génica (discutido en
el Capítulo 7). Cuando estos nucleótidos 5-metil C se desaminan accidentalmente, forman el nucleótido T natural. Sin
embargo, esta T se emparejará con una G en la hebra opuesta, formando un par de bases no emparejadas.

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REPARACION DE ADN 273

produce G, que no puede formarse a partir de A por desaminación espontánea y cuyo


producto de desaminación (xantina) es igualmente único.
Como se discutió en el capítulo 6, se cree que el ARN, en una escala de tiempo
evolutiva, sirvió como material genético antes que el ADN, y parece probable que el código
genético se transportara inicialmente en los cuatro nucleótidos A, C, G y U. Esto plantea la
pregunta de por qué la U en ARN fue reemplazada en ADN por T (que es 5-metil U). Hemos
visto que la desaminación espontánea de C lo convierte en U, pero que este evento se
vuelve relativamente inofensivo por la uracil DNA glicosilasa. Sin embargo, si el ADN
contuviera U como base natural, el sistema de reparación no podría distinguir un C
desaminado de un U natural.
Se produce una situación especial en el ADN de vertebrados, en el que se
metilan nucleótidos C seleccionados en secuencias CG específicas que se asocian
con genes inactivos (que se comenta en el capítulo 7). La desaminación
accidental de estos nucleótidos C metilados produce el nucleótido natural T
(figura 5-43B) en un par de bases que no coinciden con una G en la hebra de
ADN opuesta. Para ayudar a reparar los nucleótidos C metilados desaminados,
una ADN glicosilasa especial reconoce un par de bases no emparejadas que
implican a T en la secuencia TG y elimina la T. Este mecanismo de reparación del
ADN debe ser relativamente ineficaz, sin embargo, porque los nucleótidos C
metilados son sitios excepcionalmente comunes para mutaciones en ADN de
vertebrados. Llama la atención que, aunque solo alrededor del 3% de los
nucleótidos del ADN humano están metilados,

Las ADN polimerasas especiales de translesión se utilizan en emergencias


Si el ADN de una célula sufre un daño grave, los mecanismos de reparación que hemos discutido
a menudo son insuficientes para hacerle frente. En estos casos, se pone en juego una estrategia
diferente, que conlleva algún riesgo para la célula. Las ADN polimerasas replicativas de alta
precisión se detienen cuando encuentran ADN dañado y, en casos de emergencia, las células
emplean polimerasas de respaldo versátiles, pero menos precisas, conocidas como
polimerasas de translesión, para replicar a través del daño del ADN.
Las células humanas tienen siete polimerasas de translesión, algunas de las cuales pueden
reconocer un tipo específico de daño en el ADN y agregar correctamente el nucleótido necesario
para restaurar la secuencia inicial. Otros solo hacen "buenas suposiciones", especialmente
cuando la base de la plantilla ha sufrido daños importantes. Estas enzimas no son tan precisas
como las polimerasas replicativas normales cuando copian una secuencia de ADN normal. Por un
lado, las polimerasas de translesión carecen de actividad de corrección de pruebas
exonucleolítica; además, muchos discriminan mucho menos que la polimerasa replicativa al
elegir qué nucleótido incorporar inicialmente. Es de suponer que por esta razón, a cada
polimerasa de translesión se le da la oportunidad de añadir sólo uno o unos pocos nucleótidos
antes de que la polimerasa replicativa de alta precisión reanude la síntesis de ADN.

A pesar de su utilidad para permitir la replicación del ADN muy dañado, estas polimerasas de
translesión, como se señaló anteriormente, plantean riesgos para la célula. Probablemente sean
responsables de la mayoría de las mutaciones por sustitución de bases y deleción de un solo
nucleótido que se acumulan en los genomas; aunque generalmente producen mutaciones al
copiar el ADN dañado (véase la figura 5-40), es probable que también creen mutaciones, a un
nivel bajo, en el ADN no dañado. Claramente, es importante que la célula regule estrictamente
estas polimerasas, liberándolas solo en los sitios de daño del ADN. Queda por descubrir
exactamente cómo sucede esto para cada translesión polimerasa, pero se da un modelo
conceptual enFigura 5-44. El principio de este modelo se aplica a muchos de los procesos de
reparación del ADN analizados en este capítulo: dado que las enzimas que llevan a cabo estas
reacciones son potencialmente peligrosas para el genoma, deben ponerse en juego únicamente
en los sitios de daño.

Las roturas de doble hebra se reparan de manera eficiente

Un tipo de daño del ADN especialmente peligroso ocurre cuando ambas hebras de la doble
hélice se rompen, sin dejar una hebra de plantilla intacta para permitir una precisión

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274 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

pinza deslizante Daño en el ADN Figura 5-44 Las ADN polimerasas de


translesión pueden utilizar plantillas dañadas.
5′ De acuerdo con este modelo, la célula
3′ reconoce que una polimerasa replicativa
estancada en un sitio de daño en el ADN
modificaciones covalentes necesita ser rescatada. Enzimas especializadas
a la abrazadera deslizante cuando modifican covalentemente la pinza deslizante
la polimerasa se encuentra (por lo general, está ubiquitilada; consulte la
Daño en el ADN
figura 3-69) que libera la ADN polimerasa
replicativa y, junto con el ADN dañado, atrae
una polimerasa de translesión específica para
ese tipo de daño. Una vez que se pasa por alto
el ADN dañado, se elimina la modificación
covalente de la pinza, la polimerasa de
ADN replicativo translesión se disocia y la polimerasa
polimerasa liberada
replicativa vuelve a entrar en juego.

carga de polimerasa de translesión por


factores de ensamblaje

translesion de ADN
polimerasa

Síntesis de ADN

eliminación de modificaciones covalentes, recarga de replicativo


ADN polimerasa, la síntesis de ADN continúa

reparar. Las radiaciones ionizantes, los errores de replicación, los agentes oxidantes y otros
metabolitos producidos en la célula provocan roturas de este tipo. Si estas lesiones no se
reparan, rápidamente conducirían a la descomposición de los cromosomas en fragmentos más
pequeños y a la pérdida de genes cuando la célula se divide. Sin embargo, se han desarrollado
dos mecanismos distintos para hacer frente a este tipo de daño (Figura 5-45). El más simple de
entender esunión final no homóloga, en el que los extremos rotos simplemente se unen y se
vuelven a unir mediante ligación de ADN, generalmente con la pérdida de nucleótidos en el sitio
de unión (Figura 5-46). Este mecanismo de unión de extremos, que puede verse como una
solución "rápida y sucia" para la reparación de roturas de doble hebra, es común en las células
somáticas de mamíferos. Aunque un cambio en la secuencia del ADN (una mutación) se produce
en el sitio de la rotura, tan poco del genoma de los mamíferos es esencial para la vida que este
mecanismo es aparentemente una solución aceptable al problema de volver a unir cromosomas
rotos. Cuando un ser humano alcanza la edad de 70 años, la célula somática típica contiene más
de 2000 de tales "cicatrices", distribuidas por todo su genoma, que representan lugares donde el
ADN ha sido reparado de manera inexacta por la unión de extremos no homólogos. Pero la
unión de extremos no homólogos presenta otro peligro: debido a que no parece haber ningún
mecanismo para garantizar que los dos extremos que se unen estuvieran originalmente uno al
lado del otro en el genoma, La unión de extremos no homólogos puede generar ocasionalmente
reordenamientos en los que un cromosoma roto se une covalentemente a otro. Esto puede
resultar en cromosomas con dos centrómeros y cromosomas que carecen de centrómeros por
completo; ambos

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REPARACION DE ADN 275

(A) UNIÓN FINAL NO HOMÓLOGA (B) RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA Figura 5-45 Dos formas de reparar roturas de doble
hebra. (A) La unión de extremos no homólogos
rotura de doble hebra altera la secuencia de ADN original cuando se
repara un cromosoma roto. La degradación inicial
5′ 5′ de los extremos rotos del ADN es importante
3′ 3′ hermana
porque los nucleótidos en el sitio de la rotura inicial
cromátidas
a menudo están dañados y no pueden ligarse. La
unión de extremos no homólogos generalmente
procesamiento de
procesamiento de 5′ tiene lugar cuando las células aún no han duplicado
Termina el ADN
termina por nucleasa su ADN.
(B) La reparación de roturas de doble cadena
mediante recombinación homóloga es más difícil de
lograr, pero restaura la secuencia de ADN original.
Por lo general, tiene lugar después de que el ADN se
ha duplicado (cuando hay una plantilla dúplex
terminar uniéndose
homólogo disponible) pero antes de que la célula se haya
recombinación dividido. Los detalles de la vía de recombinación
homóloga se presentan en la siguiente sección (ver
figura 5-48).

eliminación de la secuencia de ADN

Daño reparado con precisión usando


cromátida hermana como plantilla

los tipos de cromosomas aberrantes se desagregan durante la división celular. Como se


discutió anteriormente, la estructura especializada de los telómeros evita que los extremos
naturales de los cromosomas se confundan con ADN roto y se "repare" de esta manera.
En el ADN recién replicado se produce un tipo mucho más preciso de reparación de roturas
de doble hebra (figura 5-45B). Aquí, el ADN se repara utilizando la cromátida hermana como
plantilla. Esta reacción es un ejemplo derecombinación homóloga, y consideramos su
mecanismo más adelante en este capítulo. La mayoría de los organismos emplean tanto la unión
de extremos no homólogos como la recombinación homóloga para reparar roturas de doble
hebra en el ADN. La unión de extremos no homólogos predomina en los seres humanos; La
recombinación homóloga se usa solo durante y poco después de la replicación del ADN (en
S y G2 fases), cuando las cromátidas hermanas están disponibles para servir como plantillas.

rotura de doble hebra en el ADN

FIN DEL RECONOCIMIENTO POR


Ku HETERODÍMEROS
Figura 5-46 Unión final no homóloga. (A) La proteína
Ku, un heterodímero que capta los extremos rotos
del cromosoma, desempeña un papel central. Las
proteínas adicionales que se muestran son
necesarias para mantener unidos los extremos rotos
mientras se procesan y finalmente se unen
PROTEÍNAS ADICIONALES
covalentemente. (B) Estructura tridimensional de un
heterodímero Ku unido al final de un fragmento de
PROCESAMIENTO DE LOS EXTREMOS DE ADN
(B) ADN dúplex. La proteína Ku también es esencial para
la unión de V (D) J, un proceso de recombinación
específico mediante el cual se genera diversidad de
anticuerpos y receptores de células T en las células B
y T en desarrollo (se analiza en el capítulo 24). La
unión V (D) J y la unión de extremos no homólogos
SÍNTESIS DE REPARACIÓN LIMITADA muestran muchas similitudes en el mecanismo, pero
la primera se basa en roturas específicas de doble
Ligadura hebra producidas deliberadamente por la célula.

(B, de JR Walker, RA Corpina y


el ADN reparado generalmente ha sufrido una deleción
J. Goldberg, Naturaleza 412: 607–614,
de nucleótidos 2001. Con permiso de Macmillan.
(A) Publishers Ltd.)

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276 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

El daño del ADN retrasa la progresión del ciclo celular


Acabamos de ver que las células contienen múltiples sistemas enzimáticos que pueden
reconocer y reparar muchos tipos de daños en el ADN (Película 5.7). Debido a la importancia de
mantener el ADN intacto y sin daños de generación en generación, las células eucariotas tienen
un mecanismo adicional que maximiza la efectividad de sus enzimas de reparación del ADN:
retrasan la progresión del ciclo celular hasta que se completa la reparación del ADN. Como se
discutió en detalle en el Capítulo 17, la progresión ordenada del ciclo celular se detiene si se
detecta ADN dañado y se reinicia cuando el daño ha sido reparado. Por lo tanto, en las células de
mamíferos, la presencia de daño en el ADN puede bloquear
entrada deG1 en la fase S, puede ralentizar la fase S una vez que ha comenzado, y puede bloquear
la transición de G2 fase a fase M. Estos retrasos facilitan la reparación del ADN al
proporcionar el tiempo necesario para que la reparación se complete.
El daño del ADN también resulta en un aumento de la síntesis de algunas enzimas
reparadoras del ADN. Esta respuesta depende de proteínas de señalización especiales que
detectan el daño del ADN y regulan positivamente las enzimas apropiadas de reparación
del ADN. La importancia de este mecanismo es revelada por el fenotipo de los humanos
que nacen con defectos en el gen que codifica elProteína ATM. Estos individuos tienen la
enfermedadataxia telangiectasia (A), cuyos síntomas incluyen neurodegeneración,
predisposición al cáncer e inestabilidad del genoma. La proteína ATM es una cinasa grande
necesaria para generar las señales intracelulares que hacen sonar la alarma en respuesta a
muchos tipos de daño espontáneo del ADN (figura 17-62) y, por lo tanto, los individuos con
defectos en esta proteína sufren los efectos de las lesiones del ADN no reparadas. .

Resumen
La información genética se puede almacenar de manera estable en secuencias de ADN solo porque un
gran conjunto de enzimas reparadoras de ADN escanean continuamente el ADN y reemplazan cualquier
nucleótido dañado. La mayoría de los tipos de reparación del ADN dependen de la presencia de una
copia separada de la información genética en cada una de las dos hebras de la doble hélice del ADN.
Por lo tanto, una lesión accidental en una hebra puede cortarse mediante una enzima reparadora y una
hebra corregida resintetizada por referencia a la información en la hebra no dañada.

La mayor parte del daño a las bases del ADN se elimina mediante una de las dos vías
principales de reparación del ADN. En la reparación por escisión de la base, la base
alterada se elimina mediante una enzima ADN glicosilasa, seguida de la escisión del fosfato
de azúcar resultante. En la reparación por escisión de nucleótidos, una pequeña sección de
la hebra de ADN que rodea el daño se elimina de la doble hélice de ADN como
oligonucleótido. En ambos casos, la brecha que queda en la hélice de ADN se llena
mediante la acción secuencial de la ADN polimerasa y la ADN ligasa, utilizando la hebra de
ADN no dañada como plantilla. Algunos tipos de daño del ADN pueden repararse mediante
una estrategia diferente: la reversión química directa del daño, que se lleva a cabo
mediante proteínas reparadoras especializadas. Cuando el daño del ADN es excesivo, se
utiliza una clase especial de ADN polimerasas inexactas, llamadas polimerasas de
translesión, para evitar el daño.
Otros sistemas de reparación críticos, basados en la unión de extremos no homólogos o en la
recombinación homóloga, vuelven a sellar las roturas accidentales de doble hebra que se producen en
la hélice del ADN. En la mayoría de las células, un nivel elevado de daño al ADN provoca un retraso en el
ciclo celular, lo que asegura que el daño al ADN se repare antes de que la célula se divida.

RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA
En las dos secciones anteriores, discutimos los mecanismos que permiten que las secuencias de
ADN en las células se mantengan de generación en generación con muy pocos cambios. En esta
sección, exploramos más a fondo uno de los mecanismos de reparación del ADN, un conjunto
diverso de reacciones conocidas colectivamente comorecombinación homóloga. La característica
clave derecombinación homóloga (también conocido como recombinación general) es un
intercambio de hebras de ADN entre un par de ADN dúplex homólogo

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RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA 277

secuencias, es decir, segmentos de doble hélice que son muy similares o idénticos en la
secuencia de nucleótidos. Este intercambio permite que un tramo de ADN dúplex actúe como
plantilla para restaurar la información perdida o dañada en un segundo tramo de ADN dúplex.
Debido a que la plantilla para la reparación no se limita a la hebra complementaria a la que
contiene el daño, la recombinación homóloga puede reparar muchos tipos de daño del ADN. Es,
por ejemplo, la forma principal de reparar con precisión las roturas de doble hebra, como se
presentó en la sección anterior (consulte la Figura 5-45B). Las roturas de doble hebra pueden ser
el resultado de la radiación y las sustancias químicas reactivas, pero la mayoría de las veces
surgen de las horquillas de replicación del ADN que se atascan o rompen independientemente
de cualquier causa externa. La recombinación homóloga corrige con precisión estos accidentes
y, Debido a que ocurren durante casi todas las etapas de la replicación del ADN, este mecanismo
de reparación es esencial para todas las células en proliferación. La recombinación homóloga es
quizás el mecanismo de reparación del ADN más versátil disponible para la célula; la naturaleza
“polivalente” de la reparación recombinacional probablemente explica por qué su mecanismo y
las proteínas que lo llevan a cabo se han conservado en prácticamente todas las células de la
Tierra.
Además, veremos que la recombinación homóloga juega un papel especial en los
organismos que se reproducen sexualmente. Durante la meiosis, un paso clave en la producción
de gametos (espermatozoides y óvulos), cataliza el intercambio ordenado de bits de información
genética entre los cromosomas maternos y paternos correspondientes (homólogos) para crear
nuevas combinaciones de secuencias de ADN en los cromosomas que se transmiten a la
descendencia.

La recombinación homóloga tiene características comunes en todas las células

La visión actual de la recombinación homóloga como un mecanismo crítico de reparación del ADN en
todas las células evolucionó lentamente desde su descubrimiento original como un componente clave
en el proceso especializado de meiosis en plantas y animales. El reconocimiento posterior de que la
recombinación homóloga también ocurre en organismos unicelulares hizo que los análisis
tomoleculares fueran mucho más susceptibles. Por lo tanto, la mayor parte de lo que sabemos sobre la
bioquímica de la recombinación genética se derivó originalmente de estudios de bacterias,
especialmente deE. coli y sus virus, así como de experimentos con eucariotas simples como las
levaduras. Para estos organismos con tiempos de generación cortos y genomas relativamente
pequeños, fue posible aislar un gran conjunto de mutantes con defectos en sus procesos de
recombinación. A continuación, se identificó la proteína alterada en cada mutante y, finalmente, se
estudió bioquímicamente. Se han encontrado parientes cercanos de estas proteínas en eucariotas más
complejos, incluidas las moscas., ratones y humanos, y más recientemente, también ha sido posible
analizar directamente la recombinación homóloga en estas especies. Estos estudios revelan que los
procesos fundamentales que catalizan la recombinación homóloga son comunes a todas las células.

Guías de apareamiento de bases de ADN Recombinación homóloga

El sello distintivo de la recombinación homóloga es que tiene lugar solo entre dúplex de ADN que
tienen extensas regiones de similitud de secuencia (homología). No es sorprendente que el
apareamiento de bases subyazca a este requisito, y dos dúplex de ADN que están
experimentando recombinación homóloga "muestrean" la secuencia de ADN de cada uno al
participar en un apareamiento de bases extenso entre una sola hebra de un dúplex de ADN y la
hebra sencilla complementaria del otro. No es necesario que la combinación sea perfecta, pero
debe ser muy cercana para que la recombinación homóloga tenga éxito.
En su forma más simple, este tipo de interacción de emparejamiento de bases se puede imitar en
un tubo de ensayo permitiendo que una doble hélice de ADN se vuelva a formar a partir de sus hebras
simples separadas. Este proceso, llamadoRenaturalización de ADN o hibridación, ocurre cuando una
colisión aleatoria rara yuxtapone secuencias de nucleótidos complementarias en dos cadenas simples
de ADN coincidentes, lo que permite la formación de un tramo corto de doble hélice entre ellas. Este
paso de nucleación de hélice relativamente lenta es seguido por un paso de "cierre de cremallera" muy
rápido, ya que la región de doble hélice se extiende para maximizar el número de interacciones de
emparejamiento de bases (Figura 5-47).

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278 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

interacciones no emparejadas interacciones de emparejamiento

A
A
B
A A A A A
A
A
B C
B B B B
B B
B HÉLICE RÁPIDO
D A
C NUCLEACION CREMALLERAS
C C C C C C
C
mi B
D D D D D D D
D
C
mi mi mi mi
mi mi mi mi
D

mi

La hibridación de ADN puede crear una región de doble hélice de ADN que consta de Figura 5-47 Hibridación de ADN. Las hélices dobles
de ADN pueden volver a formarse a partir de sus
hebras que se originan a partir de dos moléculas de ADN dúplex diferentes siempre que
hebras separadas en una reacción que depende de
sean complementarias, o casi. Como veremos en breve, la formación de dicha molécula la colisión aleatoria de dos hebras de ADN
híbrida, conocida como heterodúplex, es una característica esencial de la recombinación complementarias. La gran mayoría de tales
homóloga. La hibridación del ADN y la formación de heterodúplex también es la base de colisiones no son productivas, como se muestra a la
muchos de los métodos utilizados para estudiar las células, y analizaremos estos usos en el izquierda, pero algunas dan como resultado una
región corta donde se han formado pares de bases
capítulo 8.
complementarios (nucleación de hélice). Una
Casi todo el ADN de una célula viva tiene la forma estable de doble hélice, por lo que la cremallera rápida conduce a la formación de una
reacción que se muestra en la figura 5-47 rara vez ocurre en vivo. En cambio, como veremos, la doble hélice completa. A través de este proceso de
recombinación homóloga se produce a través de un conjunto de reacciones cuidadosamente prueba y error, una hebra de ADN encontrará su
controladas que permiten que dos dúplex de ADN muestreen las secuencias de cada uno sin socio complementario incluso en medio de millones
de hebras de ADN que no coinciden.
disociarse completamente en hebras simples.

La recombinación homóloga puede reparar sin problemas las roturas de doble


hebra en el ADN
Vimos en la sección anterior que la unión de extremos no homólogos ocurre sin una
plantilla y generalmente deja una mutación en el sitio en el que se repara una rotura de
doble hebra. Por el contrario, la recombinación homóloga puede reparar las roturas de
doble cadena con precisión, sin pérdida o alteración de nucleótidos en el sitio de
reparación. Para que la recombinación homóloga realice este trabajo de reparación, el
ADN roto debe acercarse al ADN homólogo pero intacto, que puede servir como plantilla
para la reparación. Por esta razón, la recombinación homóloga a menudo ocurre justo
después de la replicación del ADN, cuando las dos moléculas de ADN hijas se encuentran
juntas y una puede servir como plantilla para la reparación de la otra. Como veremos, el
proceso de replicación del ADN en sí crea un riesgo especial de accidentes que requieran
este tipo de reparación.
La vía más simple a través de la cual la recombinación homóloga puede reparar rupturas de
doble hebra se muestra enFigura 5-48. En esencia, el dúplex de ADN roto y el dúplex de plantilla
llevan a cabo una "danza de hebra" de modo que una de las hebras dañadas puede utilizar la
hebra complementaria del dúplex de ADN intacto como plantilla para la reparación. Primero, los
extremos del ADN roto son masticados o "resecados" por nucleasas especializadas para producir
extremos salientes de 3ʹ ́ de una sola hebra. El siguiente paso esintercambio de hilos (también
llamado invasión de hebras), durante el cual uno de los extremos 3́ de una sola hebra de la
molécula de ADN dañada se abre paso en el dúplex molde y lo busca en busca de secuencias
homólogas a través del emparejamiento de bases. Describimos esta notable reacción en detalle
en la siguiente sección. Una vez que se establece el emparejamiento de bases estable (que
completa el paso de intercambio de hebras), una ADN polimerasa precisa extiende la hebra
invasora utilizando la información proporcionada por la molécula de plantilla no dañada,
restaurando así el ADN dañado. Los últimos pasos —desplazamiento de la hebra, síntesis de
reparación adicional y ligadura— restauran las dos hélices dobles del ADN original y completan
el proceso de reparación. La recombinación homóloga se asemeja a otras reacciones de
reparación del ADN en que una

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RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA 279

rotura de doble hebra Figura 5-48 Mecanismo de reparación de rotura


5′ de doble hebra por recombinación homóloga.
3′ hija Este es el método preferido para reparar roturas
ADN dúplex
de doble cadena de ADN que surgen poco
3′ moléculas
5′ después de que el ADN se ha replicado, mientras
que las moléculas de ADN hijas todavía se
DIGESTOS NUCLEARES 5′
EXTREMOS DE HILOS ROTOS mantienen juntas. En general, la recombinación
homóloga se puede considerar como una serie
5′ 3′ 5′ flexible de reacciones, y la ruta exacta difiere de
3′ 5′ 3′
un caso a otro. Por ejemplo, la duración del
3′ "parche" de reparación puede variar
5′ considerablemente según el grado de
INTERCAMBIO DE CADENAS POR procesamiento de 5ʹ ́ y la síntesis de ADN nuevo,
EMPAREJAMIENTO DE BASE COMPLEMENTARIO
indicado enverde.
5′
3′ 5′ 5′

3′
5′
REPARAR LA POLIMERASA SINTETIZA EL ADN (VERDE)
USANDO ADN NO DAÑADO COMO PLANTILLA
5′ 3′
3′ 5′ 5′

3′
5′
LIBERACIÓN DE HILO INVASOR; DOBLE
HÉLICE ROTO RE-FORMADO
5′ 5′
3′ 5′
3′
5′
LA SÍNTESIS DE ADN CONTINÚA USANDO
HILOS DE ADN DAÑADO COMO PLANTILLA
5′
3′

3′
5′
LIGACIÓN DE ADN

5′
3′
3′
5′

LA ROTURA DE DOBLE HILO SE REPARA CON PRECISIÓN

La ADN polimerasa utiliza una plantilla prístina para restaurar el ADN dañado. Sin embargo, en
lugar de utilizar la hebra complementaria de la pareja como plantilla, como ocurre en la mayoría
de las rutas de reparación del ADN, la recombinación homóloga explota una hebra
complementaria de un dúplex de ADN separado.

El intercambio de hebras se realiza mediante la proteína RecA / Rad51


De todos los pasos de la recombinación homóloga, el intercambio de hebras es el más difícil de
imaginar. ¿Cómo la cadena simple invasora extrae rápidamente un dúplex de ADN para la
homología? Una vez que se encuentra la homología, ¿cómo ocurre el intercambio? ¿Cómo se
supera la estabilidad inherente de la plantilla de doble hélice?
Las respuestas a estas preguntas provienen de estudios bioquímicos y estructurales de
la proteína que realiza estas hazañas, llamadas RecA en E. coli y Rad51 en prácticamente
todos los organismos eucariotas. Para catalizar el intercambio de hebras, RecA primero se
une cooperativamente a la hebra única invasora, formando un filamento de proteína-ADN
que fuerza al ADN a una configuración inusual: grupos de tres nucleótidos consecutivos se
mantienen como si estuvieran en una doble hélice de ADN convencional pero, entre
trillizos adyacentes, la columna vertebral del ADN no se retuerce y se estira (Figura 5-49).
Este inusual filamento de proteína-ADN luego se une al ADN dúplex

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280 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

RecA Figura 5-49 Invasión de cadenas catalizada por la


proteína proteína RecA. Nuestra comprensión de esta
ATP reacción se basa en parte en estructuras
determinadas por estudios de difracción de rayos X
de RecA unida a ADN monocatenario y bicatenario.
Estas estructuras de ADN (que se muestran sin la
proteína RecA) están en el lado izquierdo del
ADN monocatenario en
diagrama. Comenzando en la parte superior, la
Forma enlazada a RecA
RecA unida a ATP se asocia con el ADN de una sola
hebra, manteniéndolo en una forma alargada
donde grupos de tres bases están separados entre
sí por una columna vertebral estirada y retorcida.
En el siguiente paso, la hebra sencilla unida a RecA
Dúplex de ADN
se une al ADN dúplex, desestabilizándolo y
permitiendo que la hebra única muestree su
ADN heterodúplex en
secuencia a través del emparejamiento de bases,
Forma enlazada a RecA
ADP tres bases a la vez. Si no se encuentra ninguna
+ coincidencia, la hebra sencilla de ADN unida a RecA
PAGI se disocia rápidamente y comienza una nueva
búsqueda. Si se encuentra una coincidencia
extensa, la estructura se desmonta mediante
hidrólisis de ATP, dando como resultado la
+ disociación de RecA y el intercambio de una sola
Heterodúplex de ADN hebra de ADN por otra, formando así un
heterodúplex. (Código PDB: 3CMX.)

de una manera que estira el dúplex, desestabilizándolo y facilitando la separación de los hilos. La hebra
única invasora puede entonces muestrear la secuencia del dúplex mediante apareamiento de bases
convencional. Este muestreo se produce en bloques de triplete de nucleótidos: si se encuentra una
coincidencia de triplete, se muestrea el triplete adyacente, y así sucesivamente. De esta manera, los
desajustes conducen rápidamente a la disociación y solo un tramo extendido de emparejamiento de
bases (al menos 15 nucleótidos) estabiliza la hebra invasora y conduce al intercambio de hebras.

RecA hidroliza ATP, y los pasos descritos anteriormente requieren que cada monómero de
RecA a lo largo del filamento esté en estado unido a ATP. Sin embargo, la búsqueda en sí misma
no requiere hidrólisis de ATP; en cambio, el proceso se produce por simple colisión molecular, lo
que permite muestrear rápidamente muchas secuencias potenciales. Sin embargo, una vez que
se completa la reacción de intercambio de hebras, es necesaria la hidrólisis de ATP para
desmontar RecA del complejo de moléculas de ADN. En este punto, las ADN polimerasas de
reparación y la ADN ligasa pueden completar el proceso de reparación, como se muestra en la
figura 5-48.

La recombinación homóloga puede rescatar horquillas de replicación de ADN


rotas
Aunque reparar con precisión las roturas de doble hebra, que pueden surgir de la radiación o
reacciones químicas, es una función crucial de la recombinación homóloga, quizás su papel más
importante sea rescatar las horquillas de replicación del ADN atascadas o rotas. Muchos tipos de
eventos pueden hacer que se rompa una bifurcación de replicación, y aquí consideramos solo un
ejemplo: una muesca de una sola hebra o un espacio en la hélice de ADN parental justo antes de
una bifurcación de replicación. Cuando el tenedor llega a esta lesión, se deshace, lo que resulta
en un cromosoma hijo roto y otro intacto. La horquilla rota se puede reparar sin problemas (
Figura 5-50) utilizando las mismas reacciones básicas de recombinación homóloga que
discutimos anteriormente para la reparación de roturas de doble cadena. Con ligeras
modificaciones, el conjunto de reacciones representadas en las Figuras 5-48 y 5-50, conocidas
colectivamente como recombinación homóloga, puede reparar con precisión muchos tipos
diferentes de daños en el ADN.

Las células regulan cuidadosamente el uso de la recombinación homóloga en la


reparación del ADN

Aunque la recombinación homóloga resuelve perfectamente el problema de reparar con


precisión las roturas de doble hebra y otros tipos de daños en el ADN, sí presenta

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RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA 281

Figura 5-50 Reparación de una horquilla de replicación rota mediante recombinación replicación
homóloga. Cuando una bifurcación de replicación en movimiento encuentra una rotura de tenedor
Nick de ADN
una sola hebra, colapsará, pero puede repararse mediante recombinación homóloga. El
proceso utiliza muchas de las mismas reacciones que se muestran en la Figura 5-48 y sigue 5′
3′
los mismos pasos básicos.Verde Las hebras representan la nueva síntesis de ADN que tiene
lugar después de que se rompe la horquilla de replicación. Esta vía permite que la MOVIMIENTO DE
HORQUILLA DE REPLICACIÓN
bifurcación se mueva más allá del sitio que se cortó en la plantilla original utilizando el
dúplex no dañado como plantilla para sintetizar el ADN. (Adaptado de MM Cox,Proc. Natl
Acad. Sci. Estados Unidos98: 8173–8180, 2001. Con permiso de la Academia Nacional de 5′
Ciencias.) 3′

ROTURAS DE HORQUILLA DE REPLICACIÓN

5′
algunos peligros para la célula, ya que a veces "repara" el daño utilizando la parte 3′
incorrecta del genoma como plantilla. Por ejemplo, a veces un cromosoma humano roto se 5′
3′
"repara" utilizando el homólogo del otro padre en lugar de la cromátida hermana como
plantilla. Debido a que los cromosomas maternos y paternos difieren en la secuencia de DEGRADOS NUCLEAS
ADN en muchas posiciones a lo largo de su longitud, este tipo de reparación puede 5′ FIN DEL HILO ROTO
convertir la secuencia del ADN reparado de la secuencia materna a la paterna o viceversa. 5′
3′
El resultado de este tipo de recombinación errante se conoce como 5′
pérdida de heterocigosidad. Puede tener graves consecuencias si el homólogo utilizado para la 3′

reparación contiene una mutación perjudicial, porque el evento de recombinación destruye la


copia "buena". La pérdida de heterocigosidad, aunque rara, es un paso crítico en la formación de INTERCAMBIO DE HILOS

muchos cánceres (discutido en el Capítulo 20). SÍNTESIS DE ADN


Las células hacen todo lo posible para minimizar el riesgo de accidentes de este tipo; de
hecho, casi todos los pasos de la recombinación homóloga están cuidadosamente regulados. Por
5′
ejemplo, el primer paso, el procesamiento de los extremos rotos, se coordina con el ciclo celular: 3′
las enzimas nucleasas que llevan a cabo este proceso se activan (en parte, por
forilación) solo en el S y G2 fases del ciclo celular, cuando un dúplex hijo (ya sea como un ROTURA DEL HILO
cromosoma parcialmente replicado o una cromátida hermana completamente replicada) ADN ADICIONAL
SÍNTESIS
puede servir como plantilla para la reparación (consulte la Figura 5-50). La proximidad de los dos
cromosomas hijos desfavorece el uso de otras secuencias del genoma en el proceso de
5′
reparación. 3′
La carga de RecA o Rad52 en los extremos del ADN procesado y la posterior reacción
de intercambio de hebras también están estrictamente controladas. Aunque estas HORQUILLA DE REPLICACIÓN
REINICIO
proteínas solas pueden llevar a cabo estos pasosin vitro, se necesita una serie de proteínas
accesorias, incluida Rad52, en las células eucariotas para garantizar que la recombinación
homóloga sea eficiente y precisa (Figura 5-51). Existen muchas de estas proteínas 5′
3′
accesorias, y sigue siendo un misterio cómo coordinan y controlan exactamente la
recombinación homóloga. Sabemos que las enzimas que catalizan la reparación
recombinacional se producen a niveles relativamente altos en eucariotas y se dispersan BLOQUEO PARA SUPERAR LA REPLICACIÓN

por todo el núcleo en forma inactiva. En respuesta al daño del ADN, convergen
rápidamente en los sitios del daño del ADN, se activan y forman "fábricas de reparación"
donde aparentemente muchas lesiones se juntan y reparan (Figura 5-52).
En el capítulo 20, veremos que tanto una recombinación homóloga excesiva como una escasa
pueden provocar cáncer en los seres humanos, la primera a través de la reparación utilizando la
plantilla "incorrecta" (como se describe anteriormente) y la segunda a través de una mayor tasa de
mutación causada por una reparación ineficaz del ADN. . Claramente, se ha desarrollado un delicado
equilibrio que mantiene este proceso bajo control en el ADN no dañado, al mismo tiempo que le
permite actuar de manera eficiente y rápida sobre las lesiones del ADN tan pronto como surgen.
No es sorprendente que las mutaciones en los componentes que llevan a cabo y
regulan la recombinación homóloga sean responsables de varias formas hereditarias de
cáncer. Dos de ellas, las proteínas Brca1 y Brca2, se descubrieron por primera vez porque

Figura 5-51 Estructura de una porción de la proteína Rad52. Esta estructura en forma de nuez
se compone de 11 subunidades. El ADN de una sola hebra se ha modelado en el surco
profundo que corre a lo largo de la superficie de la proteína. Rad52 ayuda a cargar Rad51 en
el ADN de una sola hebra para formar el filamento de nucleoproteína que lleva a cabo el
intercambio de hebras. Rad52 también actúa más tarde para volver a formar la doble hélice y
completar la reacción de recombinación homóloga. (De
MR Singleton y col., Proc. Natl Acad. Sci. Estados Unidos99: 13492-13497,
2002. Con permiso de la Academia Nacional de Ciencias).

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282 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

las mutaciones en sus genes conducen a una frecuencia mucho mayor de cáncer de mama. (A)
Debido a que estas mutaciones causan una reparación ineficaz por recombinación homóloga, la
acumulación de daño en el ADN puede, en una pequeña proporción de células, dar lugar a un
cáncer. Brca1 regula un paso temprano en el procesamiento de extremos rotos; sin él, dichos
extremos no se procesan correctamente para la recombinación homóloga y, en cambio, se
reparan de manera inexacta por la vía de unión de extremos no homólogos (véase la figura 5-45).
Brca2 se une a la proteína Rad51, evitando su polimerización en el ADN y, por lo tanto, (B)
manteniéndola en forma inactiva hasta que se necesite. Normalmente, tras el daño del ADN,
Brca2 ayuda a llevar la proteína Rad51 rápidamente a los sitios de daño y, una vez en su lugar, a
liberarla en su ADN monocatenario de forma activa.

La recombinación homóloga es fundamental para la meiosis

Hemos visto que la recombinación homóloga comprende un grupo de reacciones que (C)
incluyen procesamiento de extremos rotos, intercambio de hebras, síntesis limitada de
ADN y ligación, para intercambiar secuencias de ADN entre dos hélices dobles de
secuencia de nucleótidos similar. Habiendo discutido su papel en la reparación precisa del
ADN dañado, ahora pasamos a la recombinación homóloga como un medio para generar
moléculas de ADN que portan nuevas combinaciones de genes como resultado del
intercambio deliberado de material entre diferentes cromosomas. Aunque esto ocurre
ocasionalmente por accidente en las células mitóticas (y a menudo es perjudicial), es una 1 µmetro

parte frecuente y necesaria de la meiosis, que ocurre en organismos que se reproducen


Figura 5-52 Experimento que demuestra la rápida
sexualmente como hongos, plantas y animales.
localización de proteínas reparadoras en roturas de
Aquí, la recombinación homóloga ocurre como parte integral del proceso por el cual doble hebra del ADN. Los fibroblastos humanos se
los cromosomas se dividen en células germinales (espermatozoides y óvulos en animales). irradiaron con rayos X para producir roturas de doble
Discutimos el proceso de la meiosis en detalle en el Capítulo 17; En las siguientes hebra de ADN. Antes de que los rayos X golpearan las
secciones, discutimos cómo la recombinación homóloga durante la meiosis produce células, se pasaban a través de una rejilla
microscópica con “barras” que absorben rayos X
cromosomascruce y conversión genética, resultando en cromosomas híbridos que
espaciadas a 1 µm de distancia. Esto produjo un
contienen información genética tanto de los homólogos maternos como paternos (Figura patrón rayado de daño en el ADN, lo que permitió una
5-53). Tanto el cruce como la conversión génica se generan mediante mecanismos de comparación del ADN dañado y no dañado en el
recombinación homólogos que, en su esencia, se parecen a los utilizados para reparar mismo núcleo. (A) ADN total en un núcleo de

roturas de doble hebra. fibroblasto teñido con el tinte DAPI. (B) Sitios de
síntesis de ADN nuevo debido a la reparación del
daño del ADN, indicado por la incorporación de BudR
La recombinación meiótica comienza con una rotura programada de doble (un análogo de timidina) y tinción posterior con
anticuerpos marcados con fluorescencia para BudR(
hebra
verde).
La recombinación homóloga en la meiosis comienza con un trazo audaz: una proteína (C) Localización del complejo Mre11 en el ADN
dañado según lo visualizan los anticuerpos
especializada (llamada Spo11 en la levadura en ciernes) rompe ambas hebras de la doble hélice
contra la subunidad Mre11 (rojo). Mre11 es una
de ADN en uno de los cromosomas recombinantes (Figura 5-54). Como una topoisomerasa, nucleasa que procesa el ADN dañado en
Spo11, después de catalizar esta reacción, permanece unida covalentemente a la preparación para la recombinación homóloga
(véase la figura 5-48). (A), (B) y (C) se procesaron
30 minutos después de la irradiación x. (De BE
Nelms et al.,Ciencias 280: 590–
sitio del gen sitio de 592, 1998. Con permiso de AAAS.)
conversión Transversal

CROMOSOMA
Figura 5-53 El cruce de cromosomas ocurre en la
DUPLICACIÓN
Y MEIOSIS meiosis. La meiosis es el proceso por el cual una
célula diploide con un célula diploide da lugar a cuatro células germinales
par de homólogos
haploides, como se describe en detalle en el
cromosomas
Capítulo 17. La meiosis produce células germinales
en las que la información genética paterna y
materna (rojo y azul) se ha reordenado mediante
la meiosis produce células
haploides con cromosomas cruces de cromosomas. Además, se producen
que se han cruzado y se han muchas regiones cortas de conversión génica, como
sometido a una conversión genética se indica.

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RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA 283

5′
3′ emparejado

homólogo
3′ cromosomas
5′

Spo11 Nucleasa Mre11


complejo

UN CROMOSOMA
CORTE Y EXTREMOS PROCESADOS

5′
3′

3′
5′
MÁS PROCESAMIENTO
DE 5′ TERMINA POR NUCLEASE

5′ 3′ 5′
3′ 5′ 3′

3′
5′
Proteína similar a RecA
cataliza hebra
intercambio

5′
3′

3′
5′

SÍNTESIS DE ADN

5′
3′

3′
5′

VÍAS ALTERNATIVAS
CAPTURA DE LIBERARSE DE
SEGUNDA HILA HILO INVASOR

5′ 5′
3′ 3′
3′ 3′
5′ 5′
ADICIONAL ADICIONAL
SÍNTESIS DE ADN SÍNTESIS DE ADN

5′ 5′
3′ 3′
3′ 3′
5′ 5′

ADN ADICIONAL Ligadura


SÍNTESIS SEGUIDA POR Figura 5-54 Recombinante homóloga ination
LIGACIÓN DE ADN durante la meiosis puede generar cruces de
5′ 5′ cromosomas. Una vez que la proteína Spo11
doble 3′ 3′ específica de la meiosis y el complejo Mre11
dia festivo
3′ 3′ rompen el ADN dúplex y procesan los extremos,
unión 5′ 5′ la recombinación homóloga puede continuar por
CROMOSOMAS SIN CRUCE vías alternativas. Uno (lado derecho de la figura)
se parece mucho a la reacción de reparación de
rotura de doble hebra que se muestra en la
5′
3′ figura 5-48 y da como resultado cromosomas
que se han “reparado” pero no se han cruzado.
3′
5′ El otro (lado izquierdo con hebras rotas como se
muestra en elflechas azules) pasa a través de
CORTE DE HILOS DE ADN
una unión doble de Holliday y produce dos
EN LAS FLECHAS
cromosomas que se han cruzado. Durante la
5′ meiosis, se produce una recombinación
3′
homóloga entre los cromosomas homólogos
3′ maternos y paternos cuando se mantienen
5′
estrechamente unidos (figura 17-54).
CROMOSOMAS CON CRUCE

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284 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

abierto
formulario

rama
migración

(A) (B) (C) (D)

ADN (vea la Figura 5-21). Luego, una nucleasa especializada degrada rápidamente los extremos Figura 5-55 Un cruce de Holliday. La estructura
inicialmente formada (A) generalmente se dibuja con
unidos por Spo11, eliminando la proteína junto con el ADN y dejando los extremos de una sola
dos hebras que se cruzan, como en la Figura 5-54. Una
hebra de 3ʹ que sobresalen.
isomerización de la unión de Holliday
En este punto, muchas de las reacciones de recombinación se parecen a las descritas (B) produce una estructura simétrica abierta que
anteriormente para la reparación de roturas de doble cadena; de hecho, algunas de las mismas está unida por proteínas especializadas.
proteínas se utilizan para ambos procesos. Sin embargo, varias proteínas específicas de la (C) Estas proteínas "mueven" las uniones de Holliday
mediante un conjunto coordinado de reacciones de
meiosis las dirigen a realizar sus tareas de manera algo diferente, lo que da como resultado los
migración ramificada (ver Figura 5-57 y
resultados distintivos observados para la meiosis. Otra diferencia importante es que, en la Película 5.8). (D) Estructura del cruce de Holliday
meiosis, la recombinación se produce preferentemente entre homólogos cromosómicos en la forma abierta representada en (B). El cruce
maternos y paternos en lugar de entre los dúplex de ADN idénticos recién replicados que se de Holliday lleva el nombre del científico que

emparejan en la reparación de rotura de doble hebra. En las secciones que siguen, describimos propuso por primera vez su formación.
(Código PDB: 1DCW.)
con más detalle aquellos aspectos de la recombinación homóloga que son especialmente
importantes para la meiosis.

3′
Las uniones de Holliday se forman durante la meiosis punto de ramificación
5′
De especial importancia en la meiosis es un intermedio conocido como Holliday junc- 5′ 3′
ción o intercambio de hebras cruzadas (Figura 5-55). Cada cruce de Holliday puede adoptar
múltiples conformaciones y un conjunto especial de proteínas de recombinación se une a, y 3′ 5′
ATP dirección de
estabiliza así el isómero simétrico abierto. migración de sucursales

Las proteínas especializadas que se unen a las uniones de Holliday pueden catalizar una reacción ADP
5′ 3′
conocida como migración de sucursales (Figura 5-56), por lo que el ADN se envía a través de
la unión de Holliday rompiendo y reformando continuamente pares de bases (Figura 5-57). De
esta manera, las proteínas de la unión de Holiday utilizan la hidrólisis de ATP para expandir la
región del ADN heterodúplex creado inicialmente por la reacción de intercambio de hebras. En la
ATP
meiosis, las regiones heterodúplex a menudo "migran" miles de nucleótidos desde el sitio
original de la ruptura de la doble hebra. Como se muestra en la Figura 5-54, las uniones de ADP 3′
5′
Holliday generalmente ocurren en pares, conocidas como uniones dobles de Holliday.

La recombinación homóloga produce tanto cruces como no


cruces durante la meiosis Figura 5-56 Vista simplificada de la migración de
sucursales. En la migración de ramas, los pares de bases
Como se muestra en la figura 5-54, hay dos resultados básicos de la recombinación homóloga se rompen y forman continuamente a medida que se

durante la meiosis. En los seres humanos, aproximadamente el 90% de las roturas de doble mueve el punto de ramificación. Aunque la migración de
ramas puede ocurrir espontáneamente en moléculas de
hebra producidas durante la meiosis se resuelven como no cruzados (ver el lado derecho de la
ADN desnudas, el proceso es ineficaz y la rama se mueve
figura 5-54). Aquí, los dos dúplex de ADN originales se separan entre sí en una forma alterada hacia adelante y hacia atrás al azar. En la célula, la
excepto por una región de heterodúplex que se formó cerca del sitio de la ruptura de la doble migración de las ramas se lleva a cabo utilizando proteínas
hebra original. Este conjunto de reacciones se asemeja al descrito anteriormente para la especializadas e hidrólisis de ATP para garantizar que,
como se muestra, la rama se mueva rápidamente y en una
reparación de roturas de doble hebra (véase la figura 5-48).
dirección. Como se muestra en la Figura 5-57, las
El otro resultado es más profundo: se forma una doble unión de Holliday y es escindida por
migraciones de ramas a menudo ocurren en las uniones
enzimas especializadas para crear una Transversal (vea el lado izquierdo de la Figura 5-54). Las de Holliday, donde se acoplan dos reacciones de migración
dos porciones originales de cada cromosoma corriente arriba y corriente abajo de ramas.

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RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA 285

EL ADN SE MUEVE Figura 5-57 Movimiento de ramas catalizado por


enzimas en un cruce de Holliday por migración de
RuvB RuvA RuvB ramas. En E. coli, un tetrámero de la proteína RuvA (
verde) y dos hexámeros de la proteína RuvB (
amarillo) unirse a la forma abierta de la unión. La
proteína RuvB, que se asemeja a las helicasas
hexaméricas utilizadas en la replicación del ADN
(figura 5-14), usa la energía de la hidrólisis del ATP
para enrollar el ADN rápidamente a través de la
ADN unión de Holliday, extendiendo la región del
MOVIMIENTOS
heterodúplex como se muestra. La proteína RuvA
ADN FUERA
MOVIMIENTOS
coordina este movimiento, enhebrando las hebras
FUERA de ADN para evitar que se enreden. (Códigos PDB:
1IXR, 1C7Y.)

EL ADN SE MUEVE

de las dos uniones de Holliday se intercambian, creando dos cromosomas


que se han cruzado.
¿Cómo decide la célula qué roturas de doble hebra inducidas por Spo11 resolver como
cruces? La respuesta aún no se conoce, pero sabemos que la decisión es importante. Los
relativamente pocos cruces que se forman se distribuyen a lo largo de los cromosomas de
tal manera que un cruzamiento en una posición inhibe el cruzamiento en las regiones
vecinas. Denominadocontrol de cruce, este mecanismo regulador fascinante pero poco
entendido asegura la distribución más o menos uniforme de los puntos de cruce a lo largo
de los cromosomas. También asegura que cada cromosómeno, sin importar cuán pequeño
sea, se somete al menos a un cruce en cada meiosis. Para muchos organismos, ocurren
aproximadamente dos cruces por cromosoma durante cada meiosis, uno en cada brazo.
Como se analiza en detalle en el capítulo 17, estos cruces desempeñan una función
mecánica importante en la segregación adecuada de los cromosomas durante la meiosis.

Ya sea que un evento de recombinación meiótica se resuelva como un cruce


o no, la maquinaria de recombinación deja atrás un región heterodúplex
donde una hebra con la secuencia de ADN del homólogo paterno se empareja con una
hebra del homólogo materno (Figura 5-58). Estas regiones heterodúplex pueden tolerar
un pequeño porcentaje de pares de bases no emparejados y, debido a la migración de las
ramas, a menudo se extienden por miles de pares de nucleótidos. Los muchos eventos no
cruzados que ocurren en la inmeiosis producen así sitios dispersos en las células
germinales donde se han pegado secuencias cortas de ADN de un homólogo en el otro
homólogo. Las regiones heterodúplex marcan sitios de potencialconversión genética—
Donde los cuatro cromosomas haploides producidos por la meiosis contienen tres copias
de una secuencia de ADN de un homólogo y sólo una copia de esta secuencia del otro
homólogo (ver Figura 5-53), como se explica a continuación.

sitio de conversión genética sitio de cruce

heterodúplex heterodúplex

Figura 5-58 Se formaron heterodúplex durante la meiosis. El ADN heterodúplex está presente en sitios de
recombinación que se resuelven como cruces o no cruzados. Debido a que las secuencias de ADN de los
cromosomas maternos y paternos difieren en muchas posiciones a lo largo de sus longitudes, los heterodúplex a
menudo contienen una pequeña cantidad de desajustes de pares de bases.

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286 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

Figura 5-59 Conversión genética causada por la corrección de desajustes. En este heterodúplex generado durante
la meiosis cubre el sitio en el gen
proceso, el ADN heterodúplex se forma en los sitios de recombinación homóloga
X donde rojo y
entre los cromosomas maternos y paternos. Si las secuencias de ADN materno y
los alelos azules difieren
paterno son levemente diferentes, la región del heterodúplex incluirá algunos pares
de bases que no coinciden, que luego pueden corregirse mediante la maquinaria de
reparación de las mismas (figura 5-19). Tal reparación puede "borrar" secuencias de
nucleótidos en la hebra paterna o materna. La consecuencia de esta reparación de REPARACIÓN INCORRECTA

desajustes es la conversión de genes, detectada como una desviación de la PORCIÓN DE EXCISOS


segregación de copias iguales de alelos maternos y paternos que ocurre DE HILO AZUL
normalmente en la meiosis.

SÍNTESIS DE ADN
LLENA BOCA, CREANDO
La recombinación homóloga a menudo da como resultado la conversión de genes UNA COPIA
ADICIONAL DEL ALELO
En los organismos que se reproducen sexualmente, es una ley fundamental de la genética ROJO DEL GEN X
que, además del ADN mitocondrial, que se hereda solo a través de la madre, cada padre
hace una contribución genética igual a la descendencia. Un conjunto completo de genes gen X
nucleares se hereda del padre y un conjunto completo se hereda de la madre. La base de
esta ley es la distribución precisa de los cromosomas a las células germinales (óvulos y
espermatozoides) que tiene lugar durante la meiosis. Así, cuando una célula diploide de un
padre sufre meiosis para producir cuatro células germinales haploides, exactamente la
mitad de los genes distribuidos entre estas cuatro células deben ser maternos (genes
heredados de la madre de este padre) y la otra mitad paternos (genes heredados del padre
de este padre). padre). En algunos organismos (hongos, por ejemplo), es posible recuperar
y analizar los cuatro gametos haploides producidos a partir de una bymeiosis de una sola
célula. Los estudios en tales organismos han revelado casos raros en los que la parcelación
de genes viola las reglas genéticas estándar. Ocasionalmente, por ejemplo, la meiosis
produce tres copias de la versión materna de un gen y solo una copia del alelo paterno. Las
versiones alternativas del mismo gen se denominan
alelos, y es la divergencia de su distribución esperada durante la meiosis lo que se conoce como
conversión genética. Los estudios genéticos muestran que solo pequeñas secciones de ADN
generalmente se someten a conversión genética y, en muchos casos, solo se cambia una parte
de un gen.
Varias vías en la célula pueden conducir a la conversión de genes, pero una de las más
importantes surge de una consecuencia particular de la recombinación durante la meiosis.
Hemos visto que tanto los cruces como los no cruzados producen regiones heterodúplex de
ADN. Si las dos cadenas que componen una región heterodúplex no tienen secuencias de
nucleótidos idénticas, se forman pares de bases que no coinciden, y estos a menudo se reparan
mediante el sistema de reparación de la falta de coincidencia de la célula (véase la figura 5-19).
Sin embargo, el sistema de reparación de desajustes no puede distinguir entre las hebras
paterna y materna y elegirá aleatoriamente la hebra que se utilizará como plantilla. Como
consecuencia, un alelo se perderá y el otro se duplicará (Figura 5-59), lo que resulta en una
"conversión" neta de un alelo al otro. Así, la conversión de genes, originalmente considerada
como una misteriosa desviación de las reglas de la genética, puede verse como una
consecuencia directa de los mecanismos de recombinación homóloga.

Resumen
La recombinación homóloga describe un conjunto flexible de reacciones que dan como
resultado el intercambio de secuencias de ADN entre un par de moléculas de ADN dúplex
idénticas o casi idénticas. En todas las células, este proceso es esencial para la reparación
sin errores del daño cromosómico, en particular las roturas de doble hebra y las horquillas
de replicación rotas o estancadas. La recombinación homóloga también es responsable del
cruce de cromosomas que ocurre durante la meiosis. La recombinación homóloga tiene
lugar a través de una variedad de vías, pero tienen en común un paso de intercambio de
hebras en el que una sola hebra de un dúplex de ADN invade un segundo dúplex y se
empareja con una hebra mientras desplaza a la otra. Esta reacción, catalizada por la familia
de proteínas RecA / Rad51, sólo puede ocurrir si la hebra invasora puede formar un tramo
corto de pares de nucleótidos consecutivos con una de las hebras del dúplex. Este requisito
asegura que la recombinación homóloga se produzca solo entre secuencias de ADN
idénticas o muy similares.

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TRANSPOSICIÓN Y RECOMBINACIÓN CONSERVADORA ESPECÍFICA DEL LUGAR 287

Cuando se utiliza como mecanismo de reparación, se produce una recombinación homóloga


entre una molécula de ADN dañada y su molécula hermana recientemente duplicada, y el dúplex
no dañado actúa como plantilla para reparar la copia dañada sin problemas.
En la inmeiosis, la recombinación homóloga se inicia mediante roturas bicatenarias
deliberadas y cuidadosamente reguladas y se produce preferentemente entre los
cromosomas homólogos en lugar de las cromátidas hermanas recién replicadas. El
resultado puede ser dos cromosomas que se han cruzado (es decir, cromosomas en los
que el ADN en cada lado del sitio de apareamiento de ADN se origina a partir de dos
homólogos diferentes) o dos cromosomas que no se cruzan. En el último caso, los dos
cromosomas resultantes son idénticos a los dos homólogos originales, excepto por
cambios relativamente menores en la secuencia de ADN en el sitio de recombinación.

TRANSPOSICIÓN Y RECOMBINACIÓN CONSERVADORA


ESPECÍFICA DEL LUGAR
Hemos visto que la recombinación homóloga puede resultar en el intercambio de
secuencias de ADN entre cromosomas. Sin embargo, el orden de los genes en los
cromosomas que interactúan normalmente permanece igual después de la recombinación
homóloga, ya que las secuencias de recombinación deben ser muy similares para que
ocurra el proceso. En esta sección, describimos dos tipos muy diferentes de recombinación:
transposición (también llamado recombinación transposicional) y recombinación
conservadora específica del sitio—Que no requieren regiones sustanciales de homología
de ADN. Estos dos tipos de reacciones de recombinación pueden alterar el orden de los
genes a lo largo de un cromosoma y pueden causar tipos inusuales de mutaciones que
introducen bloques completos de secuencia de ADN en el genoma.
La transposición y la recombinación conservadora específica del sitio se dedican en gran
medida a mover una amplia variedad de segmentos especializados de ADN, denominados
colectivamente elementos genéticos móviles—De una posición en un genoma a otra. Veremos
que los elementos genéticos móviles pueden variar en tamaño desde unos pocos cientos hasta
decenas de miles de pares de nucleótidos, y cada uno normalmente lleva un conjunto único de
genes. A menudo, uno de estos genes codifica una enzima especializada que cataliza el
movimiento de solo ese elemento, lo que hace posible este tipo de recombinación.
Prácticamente todas las células contienen elementos genéticos móviles (conocidos
informalmente como "genes saltarines"). Como se explicó en el Capítulo 4, a lo largo de escalas
de tiempo evolutivas, han tenido un efecto profundo en la configuración de los genomas
modernos. Por ejemplo, casi la mitad del genoma humano se puede rastrear hasta estos
elementos (ver Figura 4-62). Con el tiempo, la mutación aleatoria ha alterado sus secuencias de
nucleótidos y, como resultado, solo unas pocas de las muchas copias de estos elementos en
nuestro ADN todavía están activas y son capaces de moverse. El resto son fósiles moleculares
cuya existencia proporciona pistas sorprendentes sobre nuestra historia evolutiva.
Los elementos genéticos móviles a menudo se consideran parásitos moleculares (también se
denominan "ADN egoísta") que persisten porque las células no pueden deshacerse de ellos;
ciertamente han estado cerca de invadir nuestro propio genoma. Sin embargo, los elementos
móviles del ADN pueden proporcionar beneficios a la célula. Por ejemplo, los genes que llevan
son a veces ventajosos, como en el caso de la resistencia a los antibióticos en las células
bacterianas, que se analiza a continuación. El movimiento de elementos genéticos móviles
también produce muchas de las variantes genéticas de las que depende la evolución, porque,
además de moverse a sí mismos, los elementos genéticos móviles ocasionalmente reorganizan
secuencias vecinas del genoma del huésped. Así, las mutaciones espontáneas observadas en
Drosophila, los seres humanos y otros organismos a menudo se deben al movimiento de
elementos genéticos móviles. Si bien muchas de estas mutaciones serán perjudiciales para el
organismo, algunas serán ventajosas y pueden extenderse por toda la población. Es casi seguro
que gran parte de la variedad de vida que vemos a nuestro alrededor surgió originalmente del
movimiento de elementos genéticos móviles.
En esta sección, presentamos elementos genéticos móviles y describimos los mecanismos
que les permiten moverse alrededor de un genoma. Veremos que algunos de estos elementos se
mueven a través de mecanismos de transposición y otros a través de una recombinación
conservadora específica de sitio. Empezamos por la transposición, ya que hay muchos más
ejemplos conocidos de este tipo de movimiento.

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288 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

Mediante la transposición, los elementos genéticos móviles pueden insertarse en


cualquier secuencia de ADN

Los elementos móviles que se mueven por transposición se denominan transposones, o


elementos transponibles. En la transposición, una enzima específica, generalmente codificada
por el transposón mismo y típicamente llamadatransposasa, actúa sobre secuencias de ADN
específicas en cada extremo del transposón, lo que hace que se inserte en un nuevo sitio de ADN
objetivo. La mayoría de los transposones son solo modestamente selectivos en la elección de su
sitio objetivo y, por lo tanto, pueden insertarse en muchas ubicaciones diferentes en un genoma.
En particular, no existe un requisito general para la similitud de secuencia entre los extremos del
elemento y la secuencia objetivo. La mayoría de los transposones se mueven solo en raras
ocasiones. En las bacterias, donde es posible medir la frecuencia con precisión, los transposones
generalmente se mueven una vez cada 105 divisiones celulares. Un movimiento más frecuente
probablemente destruiría el genoma de la célula huésped.
Sobre la base de su estructura y mecanismo de transposición, los transposones se
pueden agrupar en tres grandes clases: Transposones de solo ADN, retrotransposones de
tipo retrovírico, y Retrotransposones no retrovirales. Las diferencias entre ellos se
describen brevemente en Cuadro 5-4, y cada clase se discutirá por turno.

Los transposones que solo contienen ADN pueden moverse mediante un mecanismo de

cortar y pegar

Transposones de solo ADN, llamados así porque existen solo como ADN durante su movimiento,
predominan en las bacterias y son en gran parte responsables de la propagación de la resistencia a los
antibióticos en las cepas bacterianas. Cuando los antibióticos como la penicilina y la estreptomicina
estuvieron disponibles por primera vez en la década de 1950, la mayoría de las bacterias que causaban
enfermedades humanas eran susceptibles a ellos. Ahora, la situación es diferente: los antibióticos como
la penicilina (y sus derivados modernos) ya no son efectivos contra muchas cepas bacterianas
modernas, incluidas las que causan gonorrea y neumonía bacteriana. La propagación de la resistencia a
los antibióticos se debe en gran medida a los genes.

TABLA 5–4 Tres clases principales de elementos transponibles


Descripción y estructura de la clase enzimas especializadas Modo de movimiento ejemplos
requerido para el movimiento

Transposones de solo ADN

Repeticiones cortas invertidas en cada extremo Transposasa Se mueve como ADN, ya sea Elemento P (Drosophila), Ac-
mediante cortar y pegar o Ds (maíz), Tn3 y Tn10
vías replicativas (E. coli), Tam3 (boca de dragón)

Retrotransposones de tipo retrovírico

Repeticiones de terminales largas (LTR) Transcriptasa inversa e Se mueve a través de un Copia (Drosophila),
repetidas directamente en cada extremo integrasa intermedio de ARN cuyo Ty1 (levadura), THE1 (humano),
la producción es impulsada Bs1 (maíz)
por un promotor en la LTR

Retrotransposones no retrovirales

AAAA
TTTT

Poli A en el extremo 3ʹ de la transcripción de ARN; Transcriptasa inversa y Se mueve a través de un Elemento F (Drosophila),
5ʹ el final suele estar truncado endonucleasa intermedio de ARN que es L1 (humano), Cin4 (maíz)
a menudo sintetizado a
partir de un promotor vecino

Estos elementos varían en longitud desde 1000 hasta aproximadamente 12,000 pares de nucleótidos. Cada familia contiene muchos miembros, solo algunos de los cuales se enumeran aquí.
Algunos virus también pueden entrar y salir de los cromosomas de la célula huésped mediante mecanismos de transposición. Estos virus están relacionados con las dos primeras clases de
transposones.

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TRANSPOSICIÓN Y RECOMBINACIÓN CONSERVADORA ESPECÍFICA DEL LUGAR 289

Figura 5-60 Tres de los muchos transposones de solo


IS3
ADN que se encuentran en las bacterias. Cada uno
de estos elementos móviles de ADN contiene un gen
gen transposasa
que codifica un transposasa, una enzima que lleva a
AmpR
cabo las reacciones de rotura y unión del ADN
Tn3 necesarias para que el elemento se mueva. Cada
transposón también lleva secuencias cortas de ADN
(indicadas enrojo) que son reconocidos solo por la
gen transposasa
TetR transposasa codificada por ese elemento y son
necesarios para el movimiento del elemento.
Tn10
Además, dos de los tres elementos móviles
mostrados portan genes que codifican enzimas que
2 KB inactivan los antibióticos ampicilina.(AmpR) -un
derivado de penicilina y tetraciclina (TetR). Se cree
que codifican enzimas inactivadoras de antibióticos que se transportan en transposones (Figura que el elemento transponible Tn10, que se muestra
5-60). Aunque estos elementos móviles pueden transponerse sólo dentro de las células que ya en el diagrama inferior, evolucionó a partir del
los portan, pueden moverse de una célula a otra a través de otros mecanismos conocidos aterrizaje fortuito de dos elementos móviles mucho
más cortos a cada lado de un gen de resistencia a la
colectivamente como transferencia horizontal de genes (ver Figura 1-19). Una vez introducido en
tetraciclina.
una nueva célula, un transposón puede insertarse en el genoma y transmitirse fielmente a todas
las células de la progenie a través de los procesos normales de replicación del ADN y división
celular.
Los transposones de solo ADN pueden reubicarse de un sitio donante a un sitio objetivo al
transposición de cortar y pegar (Figura 5-61). Aquí, el transposón se extrae literalmente de un
punto del genoma y se inserta en otro. Esta reacción produce una breve duplicación de la
secuencia de ADN diana en el sitio de inserción; estas secuencias repetidas directas que
flanquean el transposón sirven como registros convenientes de eventos de transposición
previos. Estas "firmas" a menudo proporcionan pistas valiosas para identificar transposones en
las secuencias del genoma.
Cuando un transposón de solo ADN de cortar y pegar se extrae de su ubicación
original, deja un “agujero” en el cromosoma. Esta lesión se puede curar perfectamente
mediante la reparación de rotura de doble cadena recombinacional (véase la figura 5-48),
siempre que el cromosoma se haya replicado recientemente y esté disponible una copia
idéntica de la secuencia del huésped dañada. Alternativamente, una reacción de unión de
extremos no homóloga puede volver a sellar la rotura; en este caso, la secuencia de ADN
que flanqueaba originalmente el transposón se altera, lo que produce una mutación en el
sitio cromosómico del que se extrajo el transposón (figura 5-45).
Sorprendentemente, se ha descubierto que el mismo mecanismo utilizado para escindir los
Figura 5-61 Transposición de cortar y pegar. Los
transposones de cortar y pegar del ADN opera en el desarrollo del sistema inmunológico de
transposones de solo ADN se pueden reconocer en
transposón en donante los cromosomas por las "secuencias de ADN
cromosoma A repetidas invertidas" (rojo)
presente en sus extremos. Estas secuencias, que
pueden ser tan cortas como 20 nucleótidos, son todo
lo que se necesita para que el ADN entre ellas sea
transpososoma transpuesto por la enzima transposasa particular
transposasa asociada con el elemento. El movimiento de cortar y
monómeros donante roto donante reincorporado
pegar de un elemento transponible de solo ADN de
cromosoma A cromosoma A
un sitio cromosómico a otro comienza cuando la
transposasa une las dos secuencias de ADN
invertidas, formando un bucle de ADN. La inserción
corto invertido
en el cromosoma objetivo, también catalizada por la
repetir secuencias
transposasa, se produce en un sitio aleatorio
mediante la creación de roturas escalonadas en el
cromosoma objetivo.(puntas de flecha púrpura).
3′ 5′ Después de la reacción de transposición, los huecos
de una sola hebra creados por las roturas
5′ 3′
escalonadas son reparados por la ADN polimerasa y
cromosoma B objetivo
la ligasa. (negro). Como resultado, el sitio de
inserción está marcado por una breve repetición
directa de la secuencia de ADN diana, como se
muestra. Aunque la rotura del cromosoma del
integrado donante(verde) se repara, este proceso a menudo
transposón
altera la secuencia de ADN, provocando una
3′ 5′
mutación en el sitio original del elemento
5′ 3′ transponible extirpado (no mostrado).
repeticiones directas cortas del ADN diana
secuencias en el cromosoma B

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290 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

vertebrados, catalizando los reordenamientos del ADN que producen diversidad de


anticuerpos y receptores de células T. Conocido comoV (D) J recombinación, este proceso
se discutirá en el Capítulo 24. Encontrada sólo en vertebrados, la recombinación V (D) J es
una novedad evolutiva relativamente reciente, pero se cree que se deriva de los
transposones mucho más antiguos de cortar y pegar.

Algunos virus utilizan un mecanismo de transposición para


trasladarse a los cromosomas de la célula huésped
Ciertos virus se consideran elementos genéticos móviles porque utilizan mecanismos de
transposición para integrar sus genomas en el de su célula huésped. Sin embargo, a diferencia
de los transposones, estos virus codifican proteínas que empaquetan su información genética en
partículas de virus que pueden infectar otras células. Muchos de los virus que se insertan en un
cromosoma del hospedador lo hacen empleando uno de los dos primeros mecanismos
enumerados en el cuadro 5-4; es decir, comportándose como transposones de solo ADN o como
retrotransposones de tipo retrovírico. De hecho, gran parte de nuestro conocimiento de estos
mecanismos proviene de estudios de virus particulares que los emplean.
La transposición tiene un papel clave en el ciclo de vida de muchos virus. Los más notables
son losretrovirus, que incluyen el virus del SIDA humano, VIH. Fuera de la célula, un retrovirus
existe como un genoma de ARN monocatenario empaquetado en una capa de proteína ocápside
junto con un virus codificado la transcriptasa inversa enzima. Durante el proceso de
infección, el ARN viral ingresa a una célula y se convierte en una molécula de ADN de doble
hebra por la acción de esta enzima crucial, que es capaz de polimerizar el ADN en un ARN o
en una plantilla de ADN (Figura 5-62). El términoretrovirus se refiere a la capacidad del
virus para revertir el flujo habitual de información genética, que normalmente va del ADN
al ARN (consulte la figura 1-4).
Una vez que la transcriptasa inversa ha producido una molécula de ADN de doble hebra, las
secuencias específicas cercanas a sus dos extremos son reconocidas por un virus codificado

INTEGRACIÓN
DE COPIA DE ADN
EN EL ANFITRIÓN

CROMOSOMA ADN integrado


ADN

ADN

LA TRANSCRIPTASA INVERSA ARN


HACE ADN / ARN Y
ENTONCES ADN / ADN ADN
DOBLE HÉLICE

TRANSCRIPCIÓN

ARN
muchos
ARN ARN
sobre copias
marcha atrás

transcriptasa
TRADUCCIÓN
cápside

proteína de la cápside MONTAJE DE MUCHOS


NUEVO INFECCIOSO
+ PARTÍCULAS DE VIRUS
ENTRAR A
proteína de la envoltura
CELDA Y PÉRDIDA
DE SOBRE +

la transcriptasa inversa

Figura 5-62 El ciclo de vida de un retrovirus. El genoma del retrovirus consta de una molécula de ARN. (azul) que normalmente tiene una longitud de entre 7.000 y 12.000
nucleótidos. Está empaquetado dentro de una cápside de proteína, que está rodeada por una envoltura a base de lípidos que contiene proteínas de envoltura codificadas por virus.(
verde). Dentro de una célula infectada, la enzima transcriptasa inversa. (circulo rojo) primero hace una copia de ADN de la molécula de ARN viral y luego una segunda cadena de
ADN, generando una copia de ADN de doble cadena del genoma de ARN. La integración de esta doble hélice de ADN en el cromosoma del huésped es luego catalizada por una
enzima integrasa codificada por el virus. Esta integración es necesaria para la síntesis de nuevas moléculas de ARN viral por parte de la ARN polimerasa de la célula huésped, la
enzima que transcribe el ADN en ARN (que se analiza en el capítulo 6).

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TRANSPOSICIÓN Y RECOMBINACIÓN CONSERVADORA ESPECÍFICA DEL LUGAR 291

transposasa llamada integrase. Luego, la integrasa inserta el ADN viral en el


cromosoma mediante un mecanismo similar al que utilizan los transposones de solo
ADN de cortar y pegar (figura 5-61).

Los retrotransposones de tipo retrovírico se asemejan a los retrovirus, pero carecen de


una capa proteica

Una gran familia de transposones llamada retrotransposones de tipo retrovírico (véase el


cuadro 5-4) entran y salen de los cromosomas mediante un mecanismo similar al que utilizan los
retrovirus. Estos elementos están presentes en organismos tan diversos como levaduras, moscas
y mamíferos; a diferencia de los virus, no tienen la capacidad intrínseca de abandonar su célula
residente, sino que se transmiten a todos los descendientes de esa célula a través de los
procesos normales de replicación del ADN y división celular. El primer paso en su transposición
es la transcripción de todo el transposón, produciendo una copia de ARN del elemento que suele
tener varios miles de nucleótidos de longitud. Esta transcripción, que la célula huésped traduce
como ARN mensajero, codifica una enzima transcriptasa inversa. Esta enzima produce una copia
de ADN de doble hebra de la molécula de ARN a través de un intermedio híbrido ARN-ADN,
reflejando con precisión las primeras etapas de la infección por un retrovirus (véase la figura
5-62). Como un retrovirus, la molécula de ADN lineal de doble hebra luego se integra en un sitio
en el cromosoma usando una enzima integrasa que también está codificada por el elemento. La
estructura y los mecanismos de estas integrasas se parecen mucho a los de las transposasas de
transposones de solo ADN.

Una gran fracción del genoma humano está compuesta por


L1 elemento en
retrotransposones no retrovirales cromosoma
5′ AAA 3′
3′ TTT 5′
Una fracción significativa de muchos cromosomas de vertebrados está formada por secuencias
L1 ARN
de ADN repetidas. En los cromosomas humanos, estas repeticiones son en su mayoría versiones SÍNTESIS
mutadas y truncadas deretrotransposones no retrovirales, el tercer tipo principal de L1 ARN
5′ AAA
transposón (cuadro 5-4). Aunque la mayoría de estos transposones en el genoma humano son
SÍNTESIS DE REVERSA
inmóviles, algunos conservan la capacidad de moverse. Movimientos relativamente recientes del
TRANSCRIPTASE /
Elemento L1 (a veces denominado LINE o elemento nuclear intercalado largo) se han ENDONUCLEASE
identificado, algunos de los cuales resultan en enfermedades humanas; por ejemplo, un tipo
particular de hemofilia es el resultado de unaL1 inserción en el gen que codifica la proteína de se une a
coagulación sanguínea Factor VIII (véase la figura 6-24). L1 ARN
Los retrotransposones no retrovirales se encuentran en muchos organismos y se mueven a
5′ AAA
través de un mecanismo distinto que requiere un complejo de una endonucleasa y una
transcriptasa inversa. Como se ilustra enFigura 5-63, el ARN y la transcriptasa inversa tienen un Escisión de
PRIMER HILO
papel mucho más directo en el evento de recombinación que en los retrotransposones de tipo
DEL ADN OBJETIVO
retrovírico descritos anteriormente.
5′
La inspección de la secuencia del genoma humano revela que la mayor parte de los AA
A
retrotransposones no retrovirales, por ejemplo, las muchas copias del Alu elemento, un ADN objetivo 3′
3′ 5′
miembro de la familia SINE (elemento nuclear corto intercalado), no portan sus propios 5′ 3′
genes de endonucleasa o transcriptasa inversa. No obstante, se han amplificado con éxito PREPARADO POR ADN

para convertirse en componentes principales de nuestro genoma, presumiblemente


MARCHA ATRÁS

TRANSCRIPCIÓN
pirateando enzimas codificadas por otros transposones. Juntos, los LINE y SINE constituyen
5′
más del 30% del genoma humano (ver Figura 4-62); existen AA
TTTA
500.000 copias del primero y más de un millón del segundo. 5′
3′

Figura 5-63 Transposición por un retrotransposón no retroviral.


MULTIPASO
Transposición de la L1 elemento (rojo) comienza cuando una endonucleasa unida a la L1 la
PATHWAY PRODUCE
transcriptasa inversa (verde) y el L1 ARN (azul) corte el ADN objetivo en el punto en el que se SEGUNDA CADENA DE ADN
producirá la inserción. Esta escisión libera un extremo de ADN 3'-OH en el ADN diana, que
luego se usa como cebador para el paso de transcripción inversa que se muestra. Esto genera
una copia de ADN de una sola hebra del elemento que está directamente vinculado al ADN 3′ TTT 5′
5′ AAA 3′
objetivo. En reacciones posteriores, el procesamiento adicional de la copia de ADN de una
sola hebra da como resultado la generación de una nueva copia de ADN de doble hebra delL1
L1 Copia de ADN en una nueva
elemento que se inserta en el sitio del nick inicial.
posición en el genoma

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292 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

Diferentes elementos transponibles predominan en diferentes


organismos
Hemos descrito varios tipos de elementos transponibles: (1) transposones de solo ADN, cuyo
movimiento se basa en reacciones de ruptura y unión del ADN; (2) retrotransposones de tipo
retrovírico, que también se mueven a través de la rotura y unión del ADN, pero donde el ARN
tiene un papel clave como molde para generar el sustrato de recombinación del ADN; y (3)
retrotransposones no retrovirales, en los que una copia de ARN del elemento es fundamental
para la incorporación del elemento en el ADN diana, actuando como una plantilla directa para un
evento de transcripción inversa de ADN cebado por diana.
Curiosamente, los diferentes tipos de transposones predominan en diferentes organismos. Por
ejemplo, la gran mayoría de los transposones bacterianos son tipos de solo ADN, y también están
presentes algunos relacionados con los retrotransposones no retrovirales. En las levaduras, los
principales elementos móviles son los retrotransposones de tipo retrovírico. EnDrosophila, Se
encuentran todos transposones basados en ADN, retrovirales y no retrovirales. Finalmente, el genoma
humano contiene los tres tipos de transposones, pero como se analiza a continuación, sus historias
evolutivas son sorprendentemente diferentes.

Las secuencias del genoma revelan los tiempos aproximados en los que
se han movido los elementos transponibles
La secuencia de nucleótidos del genoma humano proporciona un rico registro fósil de la
actividad de los transposones a lo largo de períodos de tiempo evolutivos. Al comparar
cuidadosamente las secuencias de nucleótidos de los aproximadamente 3 millones de
remanentes de elementos transponibles en el genoma humano, ha sido posible reconstruir
ampliamente los movimientos de los transposones en los genomas de nuestros ancestros
durante los últimos cientos de millones de años. Por ejemplo, los transposones de solo ADN
parecen haber estado muy activos mucho antes de la divergencia de los humanos y los monos
del Viejo Mundo (hace 25-35 millones de años), pero debido a que gradualmente acumularon
mutaciones inactivadoras, han estado inactivos en el linaje humano desde ese momento. . Del
mismo modo, aunque nuestro genoma está plagado de reliquias de retrotransposones de tipo
retrovírico, ninguno parece estar activo en la actualidad. Se cree que solo una sola familia de
retrotransposones retrovirales se ha transpuesto en el genoma humano desde la divergencia
entre humanos y chimpancés hace aproximadamente 6 millones de años. Los retrotransposones
no retrovirales también son antiguos, pero a diferencia de otros tipos, algunos todavía se
mueven en nuestro genoma, como se mencionó anteriormente. Por ejemplo, se estima quede
novo movimiento de un Alu El elemento se ve una vez de cada 100 a 200 nacimientos humanos.
El movimiento de los retrotransposones no retrovirales es responsable de una pequeña pero
significativa fracción de nuevas mutaciones humanas, quizás dos mutaciones de cada mil.

La situación actual es significativamente diferente. Aunque los genomas del ratón y el humano
contienen aproximadamente la misma densidad de los tres tipos de transposones, ambos tipos de
retrotransposones todavía se están transponiendo activamente en el genoma del ratón y son
responsables de aproximadamente el 10% de las nuevas mutaciones.
Aunque solo estamos comenzando a comprender cómo los movimientos de los
transposones han dado forma a los genomas de los mamíferos actuales, se ha propuesto que los
estallidos en la actividad de transposición podrían haber sido responsables de eventos críticos de
especiación durante la radiación de los linajes de mamíferos de un ancestro común. , un proceso
que comenzó hace aproximadamente 170 millones de años. En la actualidad, solo podemos
preguntarnos cómo muchas de nuestras cualidades exclusivamente humanas surgieron de la
actividad pasada de los muchos elementos genéticos móviles cuyos restos se encuentran hoy
dispersos por nuestros cromosomas.

La recombinación conservadora específica del sitio puede reorganizar


reversiblemente el ADN

Un tipo diferente de mecanismo de recombinación, conocido como recombinación


conservadora específica del sitio, reorganiza otros tipos de elementos de ADN móviles. En
esta vía, la rotura y la unión ocurren en dos sitios especiales, uno en cada ADN participante.

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TRANSPOSICIÓN Y RECOMBINACIÓN CONSERVADORA ESPECÍFICA DEL LUGAR 293

B A

INTEGRACIÓN A B
(A)
X Y EXCISIÓN X Y

A B B A
(B)

INVERSIÓN

A B

Figura 5-64 Dos tipos de reordenamiento de ADN producidos por recombinación conservadora específica de
sitio. La única diferencia entre las reacciones en (A) y (B) es la orientación relativa de los dos sitios cortos de
ADN (indicada por flechas) en el que se produce un evento de recombinación específico del sitio.
(A) A través de una reacción de integración, una molécula de ADN circular puede incorporarse a una segunda
molécula de ADN; por la reacción inversa (escisión), puede salir para volver a formar el círculo de ADN original.
Muchos virus bacterianos entran y salen de los cromosomas del huésped de esta manera.
(B) La recombinación conservadora específica de sitio también puede invertir un segmento específico de ADN en un
cromosoma. Un ejemplo bien estudiado de inversión del ADN a través de la recombinación específica de un sitio ocurre
en la bacteria.Salmonella typhimurium, un organismo que es una de las principales causas de intoxicación alimentaria
en humanos; Como se describe en la siguiente sección, la inversión de un segmento de ADN cambia el tipo de flagelo
que produce la bacteria.

molécula. Dependiendo de las posiciones y orientaciones relativas de los dos sitios de


recombinación, puede ocurrir la integración del ADN, la escisión del ADN o la inversión del ADN (
Figura 5-64). La recombinación conservadora específica del sitio se lleva a cabo mediante
enzimas especializadas que rompen y vuelven a unir dos hélices dobles de ADN en secuencias
específicas en cada molécula de ADN. El mismo sistema enzimático que une dos moléculas de
ADN a menudo puede desarmarlas nuevamente, restaurando con precisión la secuencia de las
dos moléculas de ADN originales (véase la figura 5-64A).
La recombinación conservadora específica de sitio a menudo se usa por ADNvirus para
mover sus genomas dentro y fuera de los genomas de sus células huésped. Cuando se integra
en el genoma del huésped, el ADN viral se replica junto con el ADN del huésped y se transmite
fielmente a todas las células descendientes. Si la célula huésped sufre daño (por ejemplo, por
irradiación UV), el virus puede revertir la reacción de recombinación específica del sitio, extirpar
su genoma y empaquetarlo en una partícula de virus. De esta manera, muchos virus pueden
replicarse pasivamente como un componente del genoma del hospedador, pero también
pueden "abandonar el barco que se hunde" al extirpar sus genomas y empaquetarlos en una
capa protectora hasta que se encuentre una nueva célula hospedante sana.
Varias características distinguen la recombinación conservadora específica de sitio de la
transposición. En primer lugar, la recombinación conservadora específica del sitio requiere
secuencias de ADN especializadas tanto en el ADN del donante como del receptor (de ahí el
término específico del sitio). Estas secuencias contienen sitios de reconocimiento para la
recombinasa particular que catalizará la transposición. Por el contrario, la transposición solo
requiere que el transposón tenga una secuencia especializada; para la mayoría de los
transposones, el ADN receptor puede ser de cualquier secuencia. En segundo lugar, los
mecanismos de reacción son fundamentalmente diferentes. Las recombinasas que catalizan la
recombinación conservadora específica de sitio se asemejan a las topoisomerasas en el sentido
de que forman enlaces covalentes transitorios de alta energía con el ADN y utilizan esta energía
para completar los reordenamientos del ADN (véase la figura 5-21). Por lo tanto, todos los
enlaces de fosfato que se rompen durante un evento de recombinación se restauran cuando se
completa (de ahí el término conservador). La transposición, por el contrario, no se realiza a
través de un intermedio proteína-ADN unido covalentemente, y este proceso deja huecos en el
ADN que deben ser reparados por las ADN polimerasas.

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294 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

segmento invertible Figura 5-65 Cambio de expresión génica por


inversión de ADN en bacterias.
promotor H2 represor promotor H1 Transcripción alterna de dos genes de flagelina
en un Salmonela La bacteria es causada por un
(A)
SOBRE SOBRE SOBRE APAGADO evento conservador de recombinación
específico del sitio que invierte un pequeño
bloques represores
segmento de ADN que contiene un promotor.
ARN Síntesis de H1
(A) En una orientación, el promotor activa la
transcripción del H2 el gen de la flagelina, así
CONSERVADOR como el de una proteína represora que
H2 represor
ESPECÍFICO DEL SITIO
proteína proteína bloquea la expresión del H1
RECOMBINACION
gen de la flagelina. Los promotores y represores
se describen en detalle en el Capítulo 7; aquí
promotor H2 represor promotor H1 notamos simplemente que se necesita un
promotor para expresar un gen en proteína y que
(B) un represor impide que esto suceda.
APAGADO APAGADO SOBRE SOBRE
(B) Cuando el promotor se invierte, ya no se
segmento invertible enciende H2 o el represor, y el H1 En su lugar,
ARN se expresa el gen, que de ese modo se libera
de la represión. La reacción de inversión
requiere secuencias de ADN específicas.(rojo)
H1 y una enzima recombinasa que está
proteína
codificada en el segmento de ADN invertible.
Este sitio específico
El mecanismo de recombinación se activa solo en
raras ocasiones (aproximadamente una de cada 105
divisiones celulares). Por tanto, la producción de
La recombinación conservadora específica del sitio se puede utilizar para activar o una u otra flagelina tiende a heredarse fielmente
en cada clon de células.
desactivar genes

Muchas bacterias utilizan la recombinación conservadora específica del sitio para controlar
la expresión de genes particulares. Un ejemplo bien estudiado ocurre enSalmonela
bacterias y se conoce como variación de fase. El cambio en la expresión génica resulta de
la inversión ocasional de un fragmento de ADN específico de 1000 pares de nucleótidos,
provocado por una recombinasa conservadora específica de sitio codificada en elSalmonela
genoma. Este cambio altera la expresión de la proteína de la superficie celular flagelina,
para la cual la bacteria tiene dos genes diferentes (Figura 5-65). La inversión del ADN
cambia la orientación de un promotor (una secuencia de ADN que dirige la transcripción
de un gen) que se encuentra dentro del segmento de ADN invertido. Con el promotor en
una orientación, las bacterias sintetizan un tipo de flagelina; con el promotor en la otra
orientación, sintetizan el otro tipo. La reacción de recombinación es reversible, lo que
permite que las poblaciones bacterianas cambien de un lado a otro entre los dos tipos de
flagelina. Las inversiones ocurren solo en raras ocasiones, y debido a que tales cambios en
el genoma se copiarán fielmente durante todos los ciclos de replicación subsiguientes, los
clones completos de bacterias tendrán un tipo de flagelina u otro.
La variación de fase ayuda a proteger la población bacteriana contra la respuesta
inmune de su huésped vertebrado. Si el huésped produce anticuerpos contra un tipo de
flagelina, algunas bacterias cuyas flagelinas hayan sido alteradas por inversión genética
aún podrán sobrevivir y multiplicarse.

Las recombinasas bacterianas conservadoras específicas del sitio se han convertido en


herramientas poderosas para los biólogos celulares y del desarrollo

Al igual que muchos de los mecanismos utilizados por las células y los virus, los científicos han
puesto en práctica la recombinación de sitios específicos para estudiar una amplia variedad de
problemas. Para descifrar las funciones de genes y proteínas específicos en organismos
multicelulares complejos, se utilizan técnicas de ingeniería genética para producir gusanos,
moscas y ratones que portan un gen que codifica una enzima de recombinación específica de un
sitio más un ADN diana cuidadosamente diseñado con los sitios de ADN que reconoce esta
enzima. En un momento apropiado, el gen que codifica la enzima se puede activar para
reorganizar la secuencia de ADN diana. Tal reordenamiento se usa ampliamente para eliminar
un gen específico en un tejido particular de un organismo multicelular (Figura 5-66). Es
particularmente útil cuando el gen de interés juega un papel clave en el desarrollo temprano de
muchos tejidos, y una eliminación completa del gen de la línea germinal causaría la muerte.

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TRANSPOSICIÓN Y RECOMBINACIÓN CONSERVADORA ESPECÍFICA DEL LUGAR 295

EN TEJIDO ESPECÍFICO (p. Ej., HÍGADO)

Gen de la recombinasa Cre gen de interés

GEN EN
Sitio LoxP Sitio LoxP

ARNm

Cre recombinasa hecha


solo en las células del hígado

gen de interés eliminado del cromosoma


y se pierde a medida que las células del hígado se dividen

EN OTROS TEJIDOS, EL GEN DE INTERÉS SE EXPRESA NORMALMENTE

Gen de la recombinasa Cre gen de interés

GEN DESACTIVADO
Sitio LoxP Sitio LoxP
promotor específico de tejido
ARNm
(p. ej., promotor activo solo en hígado)

proteína de interés

Figura 5-66 Cómo se usa una enzima de recombinación conservadora específica de sitio de bacterias para
eliminar genes específicos de tejidos de ratón particulares. Este enfoque requiere la inserción de dos moléculas
de ADN especialmente diseñadas en la línea germinal del animal. El primero contiene el gen de una
recombinasa (en este caso, la Cre recombinasa del bacteriófago P1) bajo el control de un promotor específico
de tejido, lo que asegura que la recombinasa se exprese solo en ese tejido. La segunda molécula de ADN
contiene el gen de interés flanqueado por sitios de reconocimiento (en este caso, sitios LoxP) para la
recombinasa. El ratón está diseñado para que sea la única copia de este gen. Por lo tanto, si la recombinasa se
expresa solo en el hígado, el gen de interés se eliminará allí,
y solo ahí. La reacción que elimina el gen es la misma que se muestra en la figura 5-64A. Como se describe en el
Capítulo 7, se conocen muchos promotores específicos de tejido; además, muchos de estos promotores están activos

LO QUE NO SABEMOS W
solo en momentos específicos del desarrollo. De esta forma, es posible estudiar el efecto de eliminar genes
específicos en diferentes momentos durante el desarrollo de cada tejido.

• ¿Cómo compite la replicación del ADN con


todos los demás procesos que ocurren
simultáneamente en los cromosomas,
muy temprano en el desarrollo. La misma estrategia también puede usarse para expresar de manera incluida la reparación del ADN y
inapropiada cualquier gen específico en un tejido de interés; aquí, la deleción desencadenada une un ¿transcripción?
fuerte promotor transcripcional al gen de interés. Con esta herramienta, en principio, se puede
determinar la influencia de cualquier proteína en cualquier tejido deseado de un animal intacto. • ¿Cuál es la base de la baja frecuencia de errores
en la replicación del ADN observados en todas
las células? ¿Es esto lo mejor que pueden hacer
las células dada la velocidad de replicación y los
Resumen
límites de la difusión molecular? ¿Se seleccionó
Los genomas de casi todos los organismos contienen elementos genéticos móviles que pueden esta tasa de mutación en la evolución para
moverse de una posición en el genoma a otra mediante procesos de recombinación de sitio específico proporcionar variación genética?

de transposición o conservadores. En la mayoría de los casos, este movimiento es aleatorio y ocurre con
una frecuencia muy baja. Los elementos genéticos móviles incluyen transposones, que se mueven
• Las células tienen solo una forma fundamental
dentro de una sola célula (y sus descendientes), además de aquellos virus cuyos genomas pueden
de replicar el ADN, pero muchas formas
integrarse en los genomas de sus células huésped.
diferentes de repararlo. ¿Existen todavía otras
Hay tres clases de transposones: los transposones de solo ADN, los retrotransposones de
formas no descubiertas que tienen las células
tipo retrovírico y los retrotransposones no retrovirales. Todos menos el último tienen parientes para reparar el ADN?
cercanos entre los virus. Aunque los virus y los elementos transponibles pueden verse como
parásitos, muchos de los nuevos arreglos de secuencias de ADN que producen sus eventos de • ¿Los muchos transposones "muertos" en
recombinación específicos del sitio han jugado un papel importante en la creación de la variación el genoma humano proporcionan algún
genética crucial para la evolución de células y organismos. beneficio a los humanos?

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296 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

PROBLEMAS Los cebadores de ARN que fabrica se reemplazan con ADN elaborado
por una polimerasa con mayor fidelidad. Esto es un desperdicio. Sería
más eficiente energéticamente si una ADN polimerasa hiciera una
¿Qué afirmaciones son verdaderas? Explica por qué o por qué no.
copia precisa en primer lugar ".
5–1 Las diferentes células de su cuerpo rara vez tienen
genomas con la secuencia de nucleótidos idéntica. 5-9 Si la ADN polimerasa requiere un cebador perfectamente
emparejado para agregar el siguiente nucleótido, ¿cómo es posible que los
5-2 En E. coli, donde la horquilla de replicación viaja a 500 nucleótidos mal emparejados "escapen" de este requisito y se conviertan
pares de nucleótidos por segundo, el ADN por delante de la en sustratos para las enzimas reparadoras de desajustes?
horquilla, en ausencia de topoisomerasa, tendría que rotar a casi
3000 revoluciones por minuto. 5-10 El laboratorio al que se unió está estudiando el ciclo de
vida de un virus animal que utiliza ADN circular de doble
5-3 En una burbuja de replicación, la misma hebra de ADN hebra como genoma. Su proyecto es definir la ubicación del
parental sirve como hebra molde para la síntesis de la hebra principal (los) origen (s) de la replicación y determinar si la replicación
en una bifurcación de replicación y como plantilla para la síntesis de procede en una o ambas direcciones lejos de un origen
hebra retrasada en la otra bifurcación. (replicación unidireccional o bidireccional). Para lograr su
objetivo, rompió las células infectadas con el virus, aisló los
5-4 Cuando las bifurcaciones de replicación bidireccional de orígenes
genomas virales en replicación, los escindió con una nucleasa
adyacentes se encuentran, una hebra principal siempre se encuentra con una
de restricción que corta el genoma en un solo sitio para
hebra retrasada.
producir una molécula lineal a partir del círculo y examinó las
5-5 Todos los mecanismos de reparación del ADN dependen de moléculas resultantes en el electrón. microscopio. Algunas de
la existencia de dos copias de la información genética, una en cada las moléculas que observó se ilustran esquemáticamente en
uno de los dos cromosomas homólogos. Figura Q5-1. (Tenga en cuenta que es imposible distinguir la
orientación de una molécula de ADN en relación con otra en
el microscopio electrónico).
Analice los siguientes problemas.
Debe presentar sus conclusiones al resto del
5-6 Para determinar la reproducibilidad de las mediciones laboratorio mañana. ¿Cómo responderá a las dos preguntas
de la frecuencia de mutación, realice el siguiente experimento. que le planteó su asesor? ¿Existe un origen de replicación
Inocula cada uno de los 10 cultivos con un soloE. coli bacteria, único y único o varios orígenes? ¿La replicación es
deje que los cultivos crezcan hasta que cada uno contenga 106 unidireccional o bidireccional?
células, y luego mida la cantidad de células en cada cultivo que llevan
una mutación en su gen de interés. Los resultados iniciales le molécula original

sorprendieron tanto que repitió el experimento para confirmarlos.


Ambos conjuntos de resultados muestran la misma variabilidad
burbujas
extrema, como se muestra enTablaQ5–1. Suponiendo que la tasa de
mutación es constante, ¿por qué supone que hay tanta variación en
las frecuencias de las células mutantes en
¿culturas diferentes?

TABLA Q5–1 Frecuencias de células mutantes en múltiples


culturasproblema 5-6)

Cultivo (células mutantes / 106 células)

Experimentar 1 2 345 6 7 8 9 10
Formas "H"
1 4 0 257 1 2 32 0 0 2 1
Figura Q5-1 De los padres
2 128 0 1 4 0 0 66 5 0 2 y formas de replicación de
un virus animal (problema
5-10).
5-7 Las enzimas de reparación de ADN reparan
preferentemente las bases no emparejadas en la cadena de ADN
5-11 Está investigando la síntesis de ADN en células de cultivo de
recién sintetizada, utilizando la cadena de ADN antigua como
tejidos, utilizando 3H-timidina para marcar radiactivamente las
plantilla. Si, en cambio, los desajustes se repararan sin tener en
horquillas de replicación. Al romper las células de manera que se
cuenta qué hebra sirvió como plantilla, ¿la reparación de
puedan estirar algunas de las hebras de ADN, las hebras de ADN muy
desajustes reduciría los errores de replicación? ¿Un sistema de
largas se pueden aislar intactas y examinarlas. Se superpone el ADN
reparación de desajustes produciría menos mutaciones, más
con una emulsión fotográfica y se expone durante 3 a 6 meses, un
mutaciones o el mismo número de mutaciones que sin ninguna
procedimiento conocido como autorradiografía. Debido a que la
reparación? ? Explique sus respuestas.
emulsión es sensible a las emisiones radiactivas, la3El ADN marcado
5-8 Discuta la siguiente afirmación: “Primase es una enzima con H aparece como huellas de granos de plata. Porque el
descuidada que comete muchos errores. Eventualmente, el estiramiento colapsa la replicación

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CAPÍTULO 5 PROBLEMAS AL FINAL DEL CAPÍTULO 297

(A) Las estimaciones basadas en la frecuencia de roturas en fibroblastos


humanos primarios sugieren que a los 70 años, cada célula somática
humana puede portar unas 2000 mutaciones inducidas por NHEJ
debido a una reparación inexacta. Si estas mutaciones se
distribuyeran aleatoriamente por el genoma, ¿cuántos genes
(B) codificadores de proteínas esperaría que se vieran afectados?
¿Esperaría que la función celular se vea comprometida? ¿Por qué o
por qué no? (Suponga que el 2% del genoma (1,5% codificante de
proteínas y 0,5% regulador) es información crucial).

5-14 Dibuje la estructura de la unión doubleHolliday que


50 µmetro
resultaría de la invasión de la hebra por ambos extremos del
dúplex roto en el dúplex homólogo intacto que se muestra en
Figura Q5-2 Investigación autorradiográfica de la replicación del ADN en células
cultivadas (problema 5-11). (A) Adición de3Timidina marcada con H inmediatamente
Figura Q5-3. Etiquete el extremo izquierdo de cada hebra en
después de la liberación del bloque de sincronización. (B) Adición de3Timidina marcada la unión de Holiday 5ʹ ́ o 3ʹ ́ para que la relación con los
con H 30 minutos después de la liberación del bloqueo sincronizador. dúplex parental y recombinante sea clara. Indique cómo se
utilizaría la síntesis de ADN para llenar los huecos de una sola
hebra en su unión doble de Holliday.

burbujas, los dúplex hijos se encuentran uno al lado del otro


5′ 3′
y no se pueden distinguir entre sí. Figura Q5-3 Un dúplex roto con colas
Pretrata las células para sincronizarlas al comienzo monocatenarias listo para invadir un
de la fase S. En el primer experimento, suelta el bloque de 5′ 3′ dúplex homólogo intacto (problema
sincronización y agrega3H-timidina inmediatamente. 5-14).

Después de 30 minutos, lava las células y cambia el medio


para que la concentración total de timidina sea la misma que
antes, pero solo un tercio de ella es radiactiva. Después de 15
5-15 Además de corregir los desajustes de ADN, el sistema de
minutos más, prepara el ADN para la autorradiografía. Los
reparación de desajustes funciona para evitar que tenga lugar la
resultados de este experimento se muestran enFigura Q5-2A
recombinación homóloga entre secuencias similares pero no
. En el segundo experimento, suelta el bloque de
idénticas. ¿Por qué la recombinación entre secuencias similares
sincronización y luego espera 30 minutos antes de agregar
pero no idénticas plantearía un problema para las células
3H-timidina.Después de 30 minutos en presencia de3H-
humanas?
timidina, una vez más cambia el medio para reducir la
concentración de timidina radiactiva e incubar las células 5-16 Cre recombinasa es una enzima específica de un sitio que
durante 15 minutos más. Los resultados del segundo cataliza la recombinación entre dos sitios de ADN de LoxP. Cre
experimento se muestran enFigura Q5-2B. recombinasa empareja dos sitios LoxP en la misma orientación,
UNA. Explique por qué, en ambos experimentos, algunas regiones de
rompe ambos dúplex en el mismo punto en cada sitio LoxP y une
las huellas son densas con granos plateados (oscuras), mientras que otras
los extremos con nuevos socios para que cada sitio LoxP se
son menos densas (claras).
regenere, como se muestra esquemáticamente enFigura Q5–4A.
B. En el primer experimento, cada pista tiene una central
Basado en este mecanismo, prediga la disposición de secuencias
sección oscura con secciones claras en cada extremo. En el segundo
que serán generadas por recombinación específica de sitio
experimento, la sección oscura de cada pista tiene una sección clara
mediada por Cre para cada uno de los dos ADN mostrados en
en un solo extremo. Explique la razón de esta diferencia.
Figura Q5–4B.
C. Estime la tasa de movimiento de la horquilla (μm / min) en
estos experimentos. ¿Concuerdan las estimaciones de los dos
(A)
experimentos? ¿Puede usar esta información para medir
cuánto tiempo tomaría replicar todo el genoma? ROTURA REUNIRSE CON

5-12 Si compara la frecuencia de las dieciséis posibles


secuencias de dinucleótidos en el E. coli y genomas humanos,
no hay diferencias notables excepto por un dinucleótido, 5́ (B)
-CG-3ʹ.́ La frecuencia de dinucleótidos CG en el genoma a antes de Cristo D a antes de Cristo D
humano es significativamente menor que en E. coli
y significativamente más bajo de lo esperado por casualidad.
Figura Q5–4 Recombinación específica de sitio mediada por recombinasa Cre
¿Por qué supone que los dinucleótidos CG están
(problema 5-16). (A) Representación esquemática de la recombinación específica del
subrepresentados en el genoma humano? sitio Cre / LoxP. Las secuencias de LoxP en el ADN están representadas por
triangulos que están coloreadas para que el evento de recombinación específico del sitio
5-13 Con la edad, se cree que las células somáticas acumulan
pueda seguirse más fácilmente. En realidad, sus secuencias de ADN
"cicatrices" genómicas como resultado de la reparación inexacta de las Son identicos. (B) Sustratos de ADN que contienen dos arreglos de sitios
roturas de doble hebra por unión de extremos no homólogos (NHEJ). LoxP.

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298 Capítulo 5: Replicación, reparación y recombinación del ADN

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