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HAPTER
Replicación, reparación y
recombinación del ADN C
La capacidad de las células para mantener un alto grado de orden en un universo caótico En este capítulo
depende de la duplicación exacta de grandes cantidades de información genética
transportada en forma química como ADN. Este proceso, llamadoReplicación de ADN, debe EL MANTENIMIENTO DE LAS
ocurrir antes de que una célula pueda producir dos células hijas genéticamente idénticas. SECUENCIAS DE ADN
Mantener el orden también requiere la vigilancia continua y la reparación de esta
información genética, porque el ADN dentro de las células es dañado repetidamente por MECANISMOS DE REPLICACIÓN DEL ADN
sustancias químicas y radiaciones del ambiente, así como por accidentes térmicos y
moléculas reactivas generadas dentro de la célula. En este capítulo, describimos las LA INICIACIÓN Y
máquinas de proteínas que replican y reparan el ADN de la célula. Estas máquinas FINALIZACIÓN DEL ADN
catalizan algunos de los procesos más rápidos y precisos que tienen lugar dentro de las REPLICACIÓN EN CROMOSOMAS
células, y sus mecanismos ilustran la elegancia y eficiencia de la química celular.
Si bien la supervivencia a corto plazo de una célula puede depender de la prevención de cambios en REPARACION DE ADN
su ADN, la supervivencia a largo plazo de una especie requiere que las secuencias de ADN sean
cambiantes durante muchas generaciones para permitir la adaptación evolutiva a circunstancias RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA
cambiantes. Veremos que a pesar de los grandes esfuerzos que hacen las células para proteger su ADN,
ocurren cambios ocasionales en las secuencias de ADN. Con el tiempo, estos cambios proporcionan la
TRANSPOSICIÓN Y
variación genética sobre la que actúan las presiones de selección durante la evolución de los RECOMBINACIÓN CONSERVADORA
organismos. ESPECÍFICA DEL SITIO
Comenzamos este capítulo con una breve discusión de los cambios que ocurren en el ADN a
medida que se transmite de generación en generación. A continuación, analizamos los
mecanismos celulares (la replicación y reparación del ADN) que son responsables de minimizar
estos cambios. Por último, consideramos algunas de las vías más intrigantes que alteran las
secuencias de ADN, en particular, las de la recombinación del ADN, incluido el movimiento
dentro de los cromosomas de secuencias especiales de ADN llamadas elementos transponibles.
los tasa de mutación, la velocidad a la que se producen cambios en las secuencias de ADN, se
puede determinar directamente a partir de experimentos llevados a cabo con una bacteria como
Escherichia coli: Un residente de nuestro tracto intestinal y un organismo de laboratorio de uso
común (ver Figura 1-24). En condiciones de laboratorio,E. coli se divide aproximadamente una
vez cada 30 minutos, y una sola célula puede generar una población muy grande, varios miles de
millones, en menos de un día. En tal población, es posible detectar la pequeña fracción de
bacterias que han sufrido una mutación dañina en un gen en particular, si ese gen no es
necesario para la supervivencia de la bacteria. Por ejemplo, la tasa de mutación de un gen que se
requiere específicamente para que las células utilicen el azúcar lactosa como fuente de energía
puede determinarse haciendo crecer las células en presencia de diferentes
azúcar, como la glucosa, y analizarlos posteriormente para ver cuántos han perdido la
capacidad de sobrevivir con una dieta lactosa. La fracción de genes dañados subestima la
tasa de mutación real porque muchas mutaciones sonsilencio (por ejemplo, los que
cambian un codón pero no el aminoácido que especifica, o los que cambian un aminoácido
sin afectar la actividad de la proteína codificada por el gen). Después de corregir estas
mutaciones silenciosas, se encuentra que un solo gen que codifica una proteína de tamaño
medio (~ 103 pares de nucleótidos codificantes) acumula una mutación (no necesariamente
una que inactive la proteína) aproximadamente una vez de cada 106 Generaciones de
células bacterianas. Dicho de otra manera, las bacterias muestran una tasa de mutación de
aproximadamente tres cambios de nucleótidos por cada 1010 nucleótidos por generación
celular.
Recientemente, ha sido posible medir la tasa de mutación de la línea germinal directamente
en organismos más complejos que se reproducen sexualmente, como los humanos.. En este
caso, se secuenciaron directamente los genomas completos de una familia, padres e hijos, y una
comparación cuidadosa reveló que aproximadamente 70 nuevas mutaciones de un solo
nucleótido surgieron en las líneas germinales de cada descendencia. Normalizada al tamaño del
genoma humano, la tasa de mutación es de un cambio de nucleótido por cada 108 nucleótidos
por generación humana. Esto es una ligera subestimación porque algunas mutaciones serán
letales y, por lo tanto, estarán ausentes de la progenie; sin embargo, debido a que relativamente
poco del genoma humano contiene información crítica, esta consideración sólo tiene un
pequeño efecto sobre la tasa de verdadera mutación. Se estima que ocurren aproximadamente
100 divisiones celulares en la línea germinal desde el momento de la concepción hasta el
momento de la producción de los óvulos y los espermatozoides que pasan a formar la siguiente
generación. Por lo tanto, la tasa de mutación humana, expresada en términos de divisiones
celulares (en lugar de generaciones humanas), es aproximadamente 1 mutación / 1010
nucleótidos / división celular.
A pesar de que E. coli y los seres humanos difieren mucho en sus modos de reproducción y
en sus tiempos de generación, cuando las tasas de mutación de cada uno se normalizan a una
sola ronda de replicación del ADN, ambos son extremadamente bajos y con un factor de tres de
cada uno. Veremos más adelante en el capítulo que los mecanismos básicos que aseguran estas
bajas tasas de mutación se han conservado desde la muy temprana historia de las células en la
Tierra.
Las bajas tasas de mutación son necesarias para la vida tal como la conocemos
Dado que muchas mutaciones son perjudiciales, ninguna especie puede permitirse que se
acumulen a un ritmo elevado en sus células germinales. Aunque la frecuencia de mutación
observada es baja, se cree que limita el número de proteínas esenciales de las que
cualquier organismo puede depender a unas 30.000. Más que esto, la probabilidad de que
al menos un componente crítico sufra una mutación dañina se vuelve catastróficamente
alta. Mediante una extensión del mismo argumento, una frecuencia de mutación diez
veces mayor limitaría un organismo a unos 3000 genes esenciales. En este caso, la
evolución se habría limitado a organismos considerablemente menos complejos que una
mosca de la fruta.
Las células de un animal o una planta que se reproduce sexualmente son de dos tipos: células germinales
y células somáticas. Las células germinales transmiten información genética de padres a hijos;
las células somáticas forman el cuerpo del organismo (Figura 5-1). Hemos visto que las células
germinales deben protegerse contra altas tasas de mutación para mantener la especie. Sin
embargo, las células somáticas de los organismos multicelulares también deben protegerse del
cambio genético para mantener adecuadamente la estructura organizada del cuerpo. Los
cambios de nucleótidos en las células somáticas pueden dar lugar a células variantes, algunas de
las cuales, a través de la selección natural "local", proliferan rápidamente a expensas del resto
del organismo. En un caso extremo, el resultado es la proliferación celular descontrolada que
conocemos como cáncer, una enfermedad que provoca (en Europa y Norteamérica) más del 20%
de las muertes humanas cada año. Estas muertes se deben en gran medida a una acumulación
de cambios en las secuencias de ADN de las células somáticas, como se analiza en el capítulo 20.
Un aumento significativo en la frecuencia de mutaciones presumiblemente causaría un aumento
desastroso en la incidencia de cáncer al acelerar la velocidad a la que surgen las variantes de
células somáticas. Así, tanto para la perpetuación de una especie
MADRE HIJA
con un gran número de genes (estabilidad de las células germinales) y para la prevención del cáncer
resultante de mutaciones en las células somáticas (estabilidad de las células somáticas), los organismos
multicelulares como nosotros dependen de la extraordinariamente alta fidelidad con la que se replican
y mantienen sus secuencias de ADN.
Resumen
En todas las células, las secuencias de ADN se mantienen y replican con alta fidelidad. La tasa de
mutación, aproximadamente un cambio de nucleótido por cada 1010 nucleótidos cada vez que se replica
el ADN, es aproximadamente el mismo para organismos tan diferentes como las bacterias y los
humanos. Debido a esta notable precisión, la secuencia del genoma humano (aproximadamente 3,2 × 10
9 pares de nucleótidos) no cambia o cambia solo por unos pocos nucleótidos cada vez que una célula
humana típica se divide. Esto permite a la mayoría de los seres humanos pasar instrucciones genéticas
precisas de una generación a la siguiente, y también evitar los cambios en las células somáticas que
conducen al cáncer.
plantilla S hebra
5′ 3′
la hélice de ADN expone los grupos donador y aceptor de enlaces de hidrógeno en cada base de
ADN para el apareamiento de bases con el nucleótido libre entrante apropiado, alineándolo para
su polimerización catalizada por enzimas en una nueva cadena de ADN.
La primera enzima polimerizadora de nucleótidos, ADN polimerasa, fue descubierto
en 1957. Se descubrió que los nucleótidos libres que sirven como sustratos para esta
enzima eran desoxirribonucleósidos trifosfatos, y su polimerización en ADN requería
un molde de ADN monocatenario. Figura 5-3 y Figura 5-4 Ilustre el mecanismo
escalonado de esta reacción.
3′ final de la hebra
O
5′ final de la hebra
O
_ CH2
OPO
O
C
O
O GRAMO
_
O PAG O
O
H 2C
O
CEBADOR
PLANTILLA
HEBRA
O HEBRA
_ O CH2
OPO
O A T O
_
PAG O
O
HC O
2
O
OH
O CH2
3′ final de la hebra
O O O
C GRAMO
O
_
_ PAG O
O
OPOPO PO CH2 O
_ _ _ O
O O O
pirofosfato
OH O CH2
A
O
_
PAG O
O
trifosfato de desoxirribonucleósido entrante
O CH2
T O
_
OP O
O
5′ final de la hebra
Figura 5-3 La química de la síntesis de ADN. La adición de un desoxirribonucleótido al extremo 3ʹ 'de una
cadena de polinucleótidos (el hebra de imprimación) es la reacción fundamental por la cual se sintetiza el
ADN. Como se muestra, el apareamiento de bases entre un desoxirribonucleósido trifosfato entrante y una
hebra existente de ADN (elhebra de plantilla) guía la formación de la nueva hebra de ADN y hace que tenga
una secuencia de nucleótidos complementaria. La forma en que el par de bases de nucleótidos
complementarios se muestra en la figura 4-4.
5′ trifosfato
cebador OH +
hebra pirofosfato
5′ 3′ 5′ 3′ 5′ -to-3′
HO OH OH dirección de
crecimiento de la cadena
3′ 5′ 3′ 5′
plantilla
hebra
(A)
(B)
plantilla 5′
hebra
3′
5′
cebador
CORRECTO
hebra
POSICIONAMIENTO NUCLEÓTIDO
DE ENTRAR INCORPORACIÓN
DEOXIRIBONUCLEÓSIDO SEGUIDOS POR EL ADN
TRIFOSFATO TRASLADO
ADN
polimerasa
(C) PAGPAG
Figura 5-4 Síntesis de ADN catalizada por ADN polimerasa. (A) La ADN polimerasa cataliza la adición escalonada de un
desoxirribonucleótido al extremo 3́ -OH de una cadena polinucleotídica, el crecimiento hebra de imprimación que está emparejado con un
existente hebra de plantilla. Por lo tanto, la cadena de ADN recién sintetizada polimeriza en la dirección 5́-a-3ʹ ́ como se muestra también en la
figura anterior. Debido a que cada desoxirribonucleósido trifosfato entrante debe emparejarse con la hebra molde para ser reconocido por la
ADN polimerasa, esta hebra determina cuál de los cuatro desoxirribonucleótidos posibles (A, C, G o T) se agregará. La reacción es impulsada
por un gran cambio de energía libre favorable, causado por la liberación de pirofosfato y su posterior hidrólisis a dos moléculas de fosfato
inorgánico. (B) Estructura de la ADN polimerasa complejada con ADN(naranja), según lo determinado por cristalografía de rayos X (Película 5.1).
La hebra de ADN molde es la hebra más larga y el ADN recién sintetizado es el más corto. (C) Diagrama esquemático de la ADN polimerasa,
basado en la estructura en (B). La geometría adecuada del par de bases de un desoxirribonucleósido trifosfato entrante correcto hace que la
polimerasa se apriete alrededor del par de bases, iniciando así la reacción de adición de nucleótidos (diagrama medio (C)). La disociación del
pirofosfato relaja la polimerasa, lo que permite la translocación del ADN por un nucleótido para que el sitio activo de la polimerasa esté listo
para recibir el siguiente desoxirribonucleósido trifosfato.
REPLICACIÓN
Posteriormente se encontraron intermedios en eucariotas, donde solo tienen 100-200
nucleótidos de longitud.) Se demostró que los fragmentos de Okazaki se polimerizaban
solo en la dirección de la cadena 5ʹ-́a-3ʹ ́ y se unían después de su síntesis para crear
cadenas de ADN largas .
Por lo tanto, una bifurcación de replicación tiene una estructura asimétrica (Figura 5-7).
La cadena hija de ADN que se sintetiza continuamente se conoce como
filamento principal. Su síntesis precede levemente a la síntesis de la hebra hija que se REPLICACIÓN
sintetiza de forma discontinua, conocida comohebra rezagada. Para la hebra rezagada, la
dirección de polimerización de nucleótidos es opuesta a la dirección general del
crecimiento de la cadena de ADN. La síntesis de esta hebra mediante un mecanismo de
"pespunte" discontinuo significa que la replicación del ADN requiere solo el tipo 5ʹ-́a-3ʹ ́ de
ADN polimerasa.
REPLICACIÓN
La alta fidelidad de la replicación del ADN requiere varios
mecanismos de corrección
Como se discutió anteriormente, la fidelidad de copiar el ADN durante la replicación es tal que
solo ocurre un error por cada 1010 nucleótidos copiados. Esta fidelidad es mucho mayor de lo
que cabría esperar de la precisión del emparejamiento de bases complementario. Los pares de
bases complementarios estándar (ver Figura 4-4) no son los únicos posibles. Por ejemplo, con
pequeños cambios en la geometría de la hélice, se pueden formar dos enlaces de hidrógeno
entre G y T en el ADN. Además, las formas tautoméricas raras de las cuatro bases de ADN
ocurren transitoriamente en proporciones de 1 parte a 104 o 105. Estas formas se emparejan
incorrectamente sin un cambio en la geometría de la hélice: la rara forma tautomérica de C se
empareja con A en lugar de G, por ejemplo.
Si la ADN polimerasa no hiciera nada especial cuando ocurriera un emparejamiento
incorrecto entre un desoxirribonucleósido trifosfato entrante y la plantilla de ADN, el nucleótido
incorrecto a menudo se incorporaría en la nueva cadena de ADN, produciendo mutaciones
frecuentes. Sin embargo, la alta fidelidad de la replicación del ADN depende no solo del
emparejamiento de bases inicial, sino también de varios mecanismos de "corrección de pruebas"
que actúan secuencialmente para corregir cualquier emparejamiento inicial que pueda haber
ocurrido.
3′ 3′
5′ 5′
filamento principal
más reciente
5′ sintetizado 5′
5′ 3′ 5′ 3′
3′ ADN 3′ 3′
3′ 5′
5′ 3′
3′ hebra rezagada con
Fragmentos de Okazaki
5′
5′
Figura 5-7 La estructura de una horquilla de replicación de ADN. Izquierda, horquilla de replicación con ADN recién
sintetizado en rojo y flechas que indican la dirección 5ʹ-́a-3ʹ ́ de la síntesis de ADN. Debido a que ambas hebras de ADN
hijas se polimerizan en la dirección 5ʹ-́a-3ʹ ́, el ADN sintetizado en la hebra rezagada debe elaborarse inicialmente como
una serie de moléculas de ADN cortas, llamadasFragmentos de Okazaki, llamado así por el científico que los descubrió.
Bien, la misma bifurcación poco tiempo después. En la hebra rezagada, los fragmentos de Okazaki se sintetizan
secuencialmente, siendo los más cercanos a la bifurcación los más recientes.
La ADN polimerasa realiza el primer paso de corrección de pruebas justo antes de que se
agregue covalentemente un nuevo nucleótido a la cadena en crecimiento. Nuestro conocimiento
de este mecanismo proviene de estudios de varias ADN polimerasas diferentes, incluida una cebador OH
hebra
producida por un virus bacteriano, T7, que se replica en el interiorE. coli. El nucleótido correcto T
tiene una mayor afinidad por la polimerasa en movimiento que el nucleótido incorrecto, porque
5′ OH
T T T T C OH
el emparejamiento correcto es energéticamente más favorable. Además, después de la unión de
nucleótidos, pero antes de que el nucleótido se agregue covalentemente a la cadena en AAAAAAAAA
3′
crecimiento, la enzima debe sufrir un cambio conformacional en el que su "agarre" se aprieta
alrededor del sitio activo (ver figura 5-4). Debido a que este cambio ocurre más fácilmente con un
C transitoriamente forma pares de
emparejamiento de bases correcto que incorrecto, permite que la polimerasa "verifique dos plantilla bases con A y es incorporada por la
veces" la geometría exacta del par de bases antes de catalizar la adición del nucleótido. Los hebra ADN polimerasa en la cadena del
cebador.
nucleótidos emparejados incorrectamente son más difíciles de agregar y, por lo tanto, es más
probable que se difundan antes de que la polimerasa pueda agregarlos por error.
OH
La siguiente reacción de corrección de errores, conocida como revisión exonucleolítica,
tiene lugar inmediatamente después de los raros casos en los que se añade covalentemente un T T T T C
nucleótido incorrecto a la cadena en crecimiento. Las enzimas ADN polimerasa discriminan en AAAAAAAAA
gran medida los tipos de cadenas de ADN que alargarán: requieren un extremo 3ʹ-́OH
previamente formado y emparejado de bases de unhebra de imprimación (vea la Figura 5-4).
desemparejado 3′ -El extremo OH del
Aquellas moléculas de ADN con un nucleótido mal emparejado (con pares de bases incorrectos) cebador bloquea el alargamiento adicional de
hebra de cebador por ADN
en el extremo 3'-OH de la cadena del cebador no son eficaces como moldes porque la polimerasa
polimerasa
tiene dificultades para extender dicha cadena. Las moléculas de ADN polimerasa corrigen tal
hebra de cebador mal emparejada por medio de un sitio catalítico separado (ya sea en una OH OH
T
subunidad separada o en un dominio separado de la molécula de polimerasa, dependiendo de la C
T T T T
polimerasa). Esta3́ -a-5ʹ Exonucleasa de lectura de prueba corta cualquier residuo no apareado o
A A A A A A A A A
mal apareado en el extremo del cebador, y continúa hasta que se hayan eliminado suficientes
nucleótidos para regenerar un extremo 3-OH con pares de bases correctos que pueda cebar la
síntesis de ADN. De esta manera, la ADN polimerasa funciona como una enzima "autocorregible" 3′ -a-5′ La actividad exonucleasa
unida a la ADN polimerasa se
que elimina sus propios errores de polimerización a medida que avanza a lo largo del ADN ( OH
mastica para crear un 3 pares de
C
Figura 5-8 y Figura 5-9). bases.′ -OH final en la hebra de
imprimación
Las propiedades de autocorrección de la ADN polimerasa dependen de su
requerimiento de un extremo del cebador perfectamente emparejado y aparentemente no OH
T T T T
es posible que una enzima de este tipo inicie la síntesis. de novo, sin imprimación
AAAAAAAAA
existente. Por el contrario, las enzimas ARN polimerasa involucradas en la transcripción de
genes no necesitan un mecanismo de corrección exonucleolítico tan eficiente: los errores
en la fabricación de ARN no se transmiten a la siguiente generación y la molécula de ARN Se reanuda la ADN polimerasa
defectuosa ocasional que se produce no tiene importancia a largo plazo. Por tanto, las ARN el proceso de agregar nucleótidos a
los 3 pares de bases′ -OH final de la
polimerasas pueden iniciar nuevas cadenas de polinucleótidos sin un cebador.
cadena de imprimación
OH
Figura 5-8 Corrección de pruebas exonucleolíticas mediante ADN polimerasa durante la
replicación del ADN. En este ejemplo, una C se incorpora accidentalmente en el extremo 3-OH
T
en crecimiento de una cadena de ADN. La parte de la ADN polimerasa que elimina el OH
nucleótido mal incorporado es un miembro especializado de una gran clase de enzimas, T T T T T
conocidas comoexonucleasas, que escinden los nucleótidos de uno en uno desde los AAAAAAAAA
extremos de los polinucleótidos.
5′
plantilla
hebra
3′
5′ PAG
mi PAG mi
recién
sintetizado
ADN
POLIMERIZAR EDICIÓN
Figura 5-9 Edición por ADN polimerasa. ADN polimerasa complejada con la plantilla de ADN en el modo de
polimerización (izquierda) y el modo de edición (Derecha). Se indican los sitios catalíticos para las reacciones
exonucleolítica (E) y polimerización (P). En el modo de edición, el ADN recién sintetizado se desvincula
transitoriamente de la plantilla y entra en el sitio de edición donde se elimina catalíticamente el nucleótido
agregado más recientemente.
Hay una frecuencia de error de aproximadamente un error por cada 104 eventos de
polimerización tanto en la síntesis de ARN como en el proceso separado de traducción de
secuencias de ARNm en secuencias de proteínas. Esta tasa de error es más de 100.000 veces
mayor que la de la replicación del ADN, donde, como hemos visto, una serie de procesos de
corrección hacen que el proceso sea inusualmente preciso (Tabla 5-1).
Solo la replicación del ADN en la dirección 5ʹ-́a-3ʹ ́ permite una corrección de errores
eficiente
TABLA 5–1 Los tres pasos que dan lugar a la síntesis de ADN de alta fidelidad
1 de cada 1010
El tercer paso, reparación de desajustes dirigida por hebra, se describe más adelante en este capítulo. Para el paso
de polimerización, "errores por nucleótido agregado" describe la probabilidad de que se agregue un nucleótido
incorrecto a la cadena en crecimiento. Para los otros dos pasos, "errores por nucleótido agregado" describe la
probabilidad de que un error no se corrija. Por lo tanto, cada paso reduce la posibilidad de un error final por el
factor que se muestra.
oportunidad de corregir estos errores mediante un proceso llamado reparación de falta de coincidencia dirigida por hebra.
3′HO
Sin embargo, antes de discutir este mecanismo, describimos los otros tipos de proteínas que
funcionan en la bifurcación de replicación.
5′ 3′
5′ fosfato A PAG
3′OH A PPP A PAG
PÁGINAS
3′ 5′
5′ 3′ PASO 1 PASO 2
ATP AMPERIO
usó liberado
Las proteínas especiales ayudan a abrir la doble hélice del ADN frente a la Figura 5-12 La reacción catalizada por la ADN
ligasa. Esta enzima sella un enlace fosfodiéster
horquilla de replicación roto. Como se muestra, la ADN ligasa usa una
molécula de ATP para activar el extremo 5ʹ 'en la
Para que prosiga la síntesis del ADN, la doble hélice del ADN debe abrirse (“derretirse”) antes de
muesca (paso 1) antes de formar el nuevo enlace
la horquilla de replicación para que los desoxirribonucleósidos trifosfatos entrantes puedan (paso 2). De esta manera, la reacción de sellado de
formar pares de bases con las hebras molde. Sin embargo, la doble hélice de ADN es muy estable muescas energéticamente desfavorable se impulsa
en condiciones fisiológicas; los pares de bases están bloqueados en su lugar con tanta fuerza al estar acoplado al
proceso energéticamente favorable de
que se requieren temperaturas cercanas a las del agua hirviendo para separar las dos hebras en
hidrólisis de ATP.
un tubo de ensayo. Por esta razón, se necesitan dos tipos adicionales de proteínas de replicación
(helicasas de ADN y proteínas de unión a ADN de una sola hebra) para abrir la doble hélice y
proporcionar las plantillas de ADN de una sola hebra adecuadas para que las copie la ADN
polimerasa.
ADNhelicasas se aislaron por primera vez como proteínas que hidrolizan el ATP cuando se
unen a cadenas simples de ADN. Como se describe en el Capítulo 3, la hidrólisis de ATP puede
cambiar la forma de una molécula de proteína de una manera cíclica que permite que la proteína
realice un trabajo mecánico. Las helicasas de ADN utilizan este principio para impulsarse
rápidamente a lo largo de una sola hebra de ADN. Cuando encuentran una región de doble
hélice, continúan moviéndose a lo largo de su hebra, separando así la hélice a velocidades de
hasta 1000 pares de nucleótidos por segundo (Figura 5-13 y Figura 5-14).
Las dos hebras de ADN tienen polaridades opuestas y, en principio, una helicasa
podría desenrollar la doble hélice del ADN moviéndose en la dirección 5́-a-3ʹ ́ a lo largo de una 5′ 3′
hebra o en la dirección 3ʹ-́a-5ʹ ́ a lo largo de la otra. De hecho, existen ambos tipos de ADN
helicasa. En los sistemas de replicación mejor entendidos en bacterias, una helicasa que se Helicasa de ADN
mueve de 5ʹ 'a 3ʹ' a lo largo de la plantilla de la hebra rezagada parece tener el papel une
predominante, por razones que se aclararán en breve.
Proteínas de unión a ADN (SSB) de una sola hebra, también llamado proteínas
desestabilizadoras de la hélice, se unen estrecha y cooperativamente al ADN monocatenario
expuesto sin cubrir las bases, que por lo tanto permanecen disponibles como plantillas. Estas
ATP
proteínas no pueden abrir directamente una hélice de ADN larga, pero ayudan a las helicasas a
estabilizar la conformación desenrollada de una sola hebra. Además, a través de la unión ADP + PI
cooperativa, recubren y enderezan las regiones de ADN de una sola hebra, que ocurren de forma
rutinaria en la plantilla de hebra rezagada, evitando así la formación de hélices en horquilla
cortas que se forman fácilmente en el ADN de una hebra (Figura 5-15
y Figura 5-16). Si no se eliminan, estas hélices en horquilla pueden impedir la síntesis de ATP
ADN catalizada por la ADN polimerasa.
ADP + PI
Por sí solas, la mayoría de las moléculas de ADN polimerasa sintetizarán solo una pequeña cadena de
nucleótidos antes de desprenderse de la plantilla de ADN. La tendencia a disociarse rápidamente de una
molécula de ADN permite que una molécula de ADN polimerasa que acaba de
ATP
Figura 5-13 Un ensayo para enzimas helicasa de ADN. Un fragmento de ADN corto se hibrida ADP + PI
con una hebra única de ADN larga para formar una región de doble hélice de ADN. La doble
hélice se funde a medida que la helicasa corre a lo largo de la cadena simple de ADN,
liberando el fragmento corto de ADN en una reacción que requiere la presencia tanto de la
proteína helicasa como de ATP. El rápido movimiento escalonado de la helicasa es impulsado
por su hidrólisis de ATP (que se muestra esquemáticamente en la figura 3-75A). Como se
indicó, muchas helicasas de ADN están compuestas por seis subunidades.
Figura 5-14 La estructura de una helicasa de ADN. (A) Diagrama de la proteína como un 5′
anillo hexamérico dibujado a escala con un tenedor de replicación. (B) Estructura detallada
de la helicasa replicativa del bacteriófago T7, determinada por difracción de rayos X. Seis
subunidades idénticas se unen e hidrolizan el ATP de forma ordenada para impulsar esta
molécula, como un motor rotatorio, a lo largo de una hebra sencilla de ADN que pasa a
través del orificio central.rojo indica moléculas de ATP unidas en la estructura (Película 5.2). 3′
(Código PDB: 1E0J.)
(A)
unico filamento
Proteína de unión al ADN
monómeros
3′
5′ La unión cooperativa de proteínas endereza la región de la cadena.
Figura 5-15 El efecto de las proteínas de unión a ADN monocatenarias (proteínas SSb) sobre la estructura del ADN
monocatenario. Debido a que cada molécula de proteína prefiere unirse junto a una molécula unida previamente, se
forman filas largas de esta proteína en una sola hebra de ADN. Estaenlace cooperativo
endereza la plantilla de ADN y facilita el proceso de polimerización del ADN. Las "hélices en horquilla" que se muestran
en el ADN monocatenario desnudo son el resultado de una coincidencia casual de regiones cortas de secuencia de
nucleótidos complementaria; son similares a las hélices cortas que se forman típicamente en las moléculas de ARN
(véase la figura 1-6).
fosfato de azúcar
columna vertebral del ADN
unico filamento Bases de ADN unico filamento
ADN
3′ 5′
2 millas náuticas
SSB
dominio A dominio B
Figura 5-16 Proteína de unión monocatenaria humana unida al ADN. (A) Vista frontal de los dos dominios de
unión al ADN de la proteína (denominados RPA) que cubren un total de ocho nucleótidos. Tenga en cuenta
que las bases de ADN permanecen expuestas en este complejo proteína-ADN. (B) Diagrama que muestra la
estructura tridimensional, con la hebra de ADN(naranja) visto de frente. (Código PDB: 1JMC.)
Figura 5-17 La abrazadera deslizante regulada que mantiene la ADN polimerasa en el ADN. (A) La estructura de la
proteína clamp de E. coli, según lo determinado por cristalografía de rayos X, con una hélice de ADN agregada para
indicar cómo encaja la proteína alrededor del ADN (Película 5.3). (B) Ilustración esquemática que muestra cómo la
abrazadera (conrojo y amarillo subunidades) se carga en el ADN para que sirva de atadura para una molécula de ADN
polimerasa en movimiento. La estructura del cargador de pinzas.(verde oscuro) se asemeja a una tuerca de tornillo, con
sus roscas que coinciden con las ranuras del ADN de doble hebra. El cargador se une a una molécula de sujeción libre,
forzando un espacio en su anillo de subunidades para que este anillo pueda deslizarse alrededor del ADN. El cargador
de abrazadera, gracias a su estructura de tuerca roscada, reconoce la región de ADN que es de doble hebra y se adhiere
a ella, apretándose alrededor del complejo de una hebra de plantilla con una hebra de elongación (cebador) recién
sintetizada. Lleva la pinza a lo largo de esta región de doble hebra hasta que encuentra el extremo 3ʹ 'del cebador,
momento en el que el cargador hidroliza el ATP y libera la pinza, lo que le permite cerrarse alrededor del ADN y unirse a
la ADN polimerasa. En la reacción simplificada que se muestra aquí, el cargador de pinzas se disocia en una solución una
vez que se ha ensamblado la pinza. En una verdadera bifurcación de replicación, el cargador de pinzas permanece cerca
de la polimerasa de modo que, en la hebra rezagada, esté listo para ensamblar una nueva pinza al comienzo de cada
nuevo fragmento de Okazaki (ver Figura 5-18). (De
XP Kong y col., Celda 69: 425–437, 1992. Con permiso de Elsevier; B, adaptado de BA Kelch
et al., Ciencias 334: 1675–1680, 2011. Con permiso de AAAS. Código PDB: 3BEP.)
(A)
cargador de abrazadera
5′ 5′ 5′
3′
3′ ATP 3′
ATP
ATP
+ ADN
ADP + ADN
polimerasa
+ PAGI
pinza deslizante
Aunque hemos discutido la replicación del ADN como si fuera realizada por una mezcla de
proteínas que actúan todas de forma independiente, en realidad la mayoría de las proteínas se
mantienen juntas en un complejo multienzimático grande y ordenado que sintetiza rápidamente
el ADN. Este complejo puede compararse con una pequeña máquina de coser compuesta de
partes proteicas y alimentada por hidrólisis de nucleósido trifosfato. Como una máquina de
coser, el complejo de replicación probablemente permanece estacionario con respecto a su
entorno inmediato; se puede pensar en el ADN como una larga tira de tela que se pasa
rápidamente a través de él. Aunque el complejo de replicación se ha estudiado más
intensamente enE. coli y varios de sus virus, un complejo muy similar también opera en
eucariotas, como veremos a continuación.
Figura 5-18 resume las funciones de las subunidades de la máquina de replicación. En
la parte delantera de la horquilla de replicación, la helicasa de ADN abre la hélice de ADN.
Dos moléculas de ADN polimerasa trabajan en la bifurcación, una en la hebra principal y
otra en la hebra retrasada. Mientras que la molécula de ADN polimerasa de la cadena
principal puede operar de forma continua, la molécula de ADN polimerasa de la cadena
retrasada debe reiniciarse a intervalos cortos, utilizando un cebador de ARN corto
elaborado por una molécula de ADN primasa. La estrecha asociación de todos estos
componentes proteicos aumenta la eficiencia de la replicación y es posible gracias al
plegamiento de la hebra rezagada, como se muestra en la figura 5-18A. Esta disposición
también facilita la carga de la pinza de polimerasa cada vez que se sintetiza un fragmento
de Okazaki: el cargador de pinza y la molécula de ADN polimerasa de hebra retrasada se
mantienen en su lugar como parte de la máquina de proteínas incluso cuando se
desprenden de su plantilla de ADN. Las proteínas de replicación se unen así en un solo gran
recién
sintetizado
5′ hebra principal-
hebra
3′ plantilla ADN polimerasa en
filamento principal
pinza deslizante
de los padres
y cargador de pinzas
Hélice de ADN
3′
5′ (B)
recién sintetizado
ADN monocatenario filamento principal
ADN primasa
proteína de unión
Helicasa de ADN
hebra rezagada
plantilla
5′ de los padres
3′ recién ADN
ADN polimerasa
sintetizado
ARN en la hebra rezagada recién 5′ hélice
rezagado
cebador (acaba de terminar un sintetizado
nuevo Okazaki hebra
Fragmento de Okazaki) hebra
(A) fragmento
(C)
Figura 5-18 Un tenedor de replicación bacteriana. (A) Este diagrama esquemático muestra una vista actual de la disposición de las proteínas de replicación en una
bifurcación de replicación cuando se sintetiza el ADN. El ADN de hebra retrasada se pliega para llevar la molécula de polimerasa de ADN de hebra retrasada a un
complejo con la molécula de ADN polimerasa de hebra principal. Este plegado también acerca el extremo 3́ de cada fragmento de Okazaki completado al sitio de inicio
del siguiente fragmento de Okazaki. Debido a que la molécula de ADN polimerasa de hebra rezagada permanece unida al resto de las proteínas de replicación, se
puede reutilizar para sintetizar sucesivos fragmentos de Okazaki. En este diagrama, está a punto de soltar su fragmento de ADN completo y pasar al cebador de ARN
que se acaba de sintetizar. Las proteínas adicionales (no mostradas) ayudan a mantener juntos los diferentes componentes proteicos del tenedor,Película 5.4 y Película
5.5). (B) Una micrografía electrónica que muestra la máquina de replicación del bacteriófago T4 mientras se mueve a lo largo de una plantilla que sintetiza el ADN
detrás de él. (C) En el dibujo se da una interpretación de la micrografía: observe especialmente el bucle de ADN en la hebra rezagada. Aparentemente, las proteínas de
replicación se desprendieron parcialmente de la parte delantera de la horquilla de replicación durante la preparación de esta muestra para microscopía electrónica. (B,
cortesía de Jack Griffith; ver PD Chastain et al.,J. Biol. Chem.278: 21276–21285, 2003.)
unidad (masa molecular total> 106 daltons), lo que permite que el ADN se sintetice en
ambos lados de la horquilla de replicación de manera coordinada y eficiente.
En la hebra rezagada, la máquina de replicación de ADN deja una serie de fragmentos
de Okazaki sin sellar, que aún contienen el ARN que preparó su síntesis en sus extremos 5ʹ
'. Como se discutió anteriormente, este ARN se elimina y el espacio resultante se llena con
enzimas de reparación del ADN que operan detrás de la horquilla de replicación (ver Figura
5-11).
Como se dijo anteriormente, las bacterias como E. coli son capaces de dividirse una vez cada 30
minutos, lo que hace que sea relativamente fácil seleccionar grandes poblaciones para encontrar
una célula raremutante que esté alterada en un proceso específico. Una clase interesante de
mutantes consiste en aquellos con alteraciones en los llamadosgenes mutantes, que aumentan
considerablemente la tasa de mutación espontánea. No es sorprendente que uno de esos
mutantes produzca una forma defectuosa de la exonucleasa de corrección de prueba 3ʹ-́ a-5ʹ 'que
es parte de la enzima ADN polimerasa (véanse las Figuras 5-8 y 5-9). La ADN polimerasa mutante
ya no se corrige de manera efectiva, y muchos errores de replicación que de otro modo se
habrían eliminado se acumulan en el ADN.
El estudio de otros E. coli mutantes que exhiben tasas de mutación anormalmente altas ha
descubierto un sistema de corrección de pruebas que elimina los errores de replicación cometidos por
la polimerasa que han sido omitidos por la exonucleasa de corrección de pruebas. Estareparación de
desajustes dirigidos a hebra El sistema detecta el potencial de distorsión en la hélice del ADN debido
al desajuste entre pares de bases no complementarios.
Si el sistema de corrección de pruebas simplemente reconociera una falta de coincidencia en
el ADN recién replicado y corrigiera aleatoriamente uno de los dos nucleótidos no coincidentes,
"corregiría" por error la hebra de la plantilla original para que coincida con el error exactamente
la mitad de las veces, y por lo tanto no reduciría la tasa de error general. Para ser eficaz, este
sistema de lectura de prueba debe ser capaz de distinguir y eliminar el nucleótido no
emparejado solo en la hebra recién sintetizada, donde se produjo el error de replicación.
El mecanismo de distinción de hebras utilizado por el sistema de corrección
de E. coli depende de la metilación de residuos A seleccionados en el ADN. Los
grupos metilo se agregan a todos los residuos A en la secuencia GATC, pero no
hasta algún tiempo después de que A se haya incorporado a una cadena de ADN
recién sintetizada. Como resultado, las únicas secuencias de GATC que aún no se
han metilado están en las nuevas hebras justo detrás de una bifurcación de
replicación. El reconocimiento de estas GATC no metiladas permite que las
nuevas cadenas de ADN se distingan transitoriamente de las antiguas, según sea
necesario, si sus emparejamientos erróneos deben eliminarse de forma
selectiva. El proceso de tres pasos implica el reconocimiento de una hebra recién
sintetizada, la escisión de la porción que contiene el emparejamiento incorrecto
y la resíntesis del segmento extirpado utilizando la hebra antigua como plantilla.
A medida que una bifurcación de replicación se mueve a lo largo del ADN de doble hebra, crea lo que se
ha llamado el "problema de enrollamiento". Las dos hebras parentales, que se enrollan una alrededor
de la otra, deben desenrollarse y separarse para que se produzca la replicación. Por cada 10 pares de
nucleótidos replicados en la bifurcación, se debe desenrollar una vuelta completa de la doble hélice
parental. En principio, este desenrollado se puede lograr girando rápidamente todo el cromosoma por
delante de una horquilla en movimiento; sin embargo, esto es energéticamente altamente desfavorable
(particularmente para cromosomas largos) y, en cambio, el ADN en frente de una horquilla de
replicación se sobreenrolla (Figura 5-20). El sobreenrollamiento, a su vez, es continuamente aliviado por
proteínas conocidas comoTopoisomerasas de ADN.
Una ADN topoisomerasa puede verse como una nucleasa reversible que se agrega
covalentemente a un fosfato de la cadena principal del ADN, rompiendo así un enlace
fosfodiéster en una hebra de ADN. Esta reacción es reversible y el enlace fosfodiéster se vuelve a
formar cuando la proteína se va.
Un tipo de topoisomerasa, llamado topoisomerasa I, produce un pecado transitorio
rotura de hebra gle; Esta ruptura en la columna vertebral del fosfodiéster permite que las dos
secciones de la hélice de ADN a cada lado de la muesca giren libremente entre sí, utilizando el
enlace fosfodiéster en la hebra opuesta a la muesca como punto de giro (Figura 5-21). Cualquier
tensión en la hélice del ADN impulsará esta rotación en la dirección que alivia la tensión. Como Figura 5-20 El "problema del enrollamiento"
resultado, la replicación del ADN puede ocurrir con la rotación de solo una pequeña longitud de que surge durante la replicación del ADN.
(A) Para una horquilla de replicación bacteriana que se
hélice, la parte que está justo delante de la bifurcación. Debido a que el enlace covalente que une
mueve a 500 nucleótidos por segundo, la hélice de ADN
la proteína de ADN topoisomerasa con un ADN fosfato retiene
parental delante de la horquilla debe girar a 50
revoluciones por segundo. (B) Si los extremos de la doble
ADN tipo I
CH2 topoisomerasa
con tirosina en
el sitio activo
HO
OH
OH
OH
Figura 5-22 La reacción de paso de hélice de ADN catalizada por la topoisomerasa II de ADN. A
diferencia de las topoisomerasas de tipo I, las enzimas de tipo II hidrolizan el ATP (rojo), que
se necesita para liberar y restablecer la enzima después de cada ciclo. Las topoisomerasas de
dos ADN circulares
tipo II se limitan en gran medida a la proliferación de células en eucariotas; en parte por esa hélices dobles
razón, han sido dianas efectivas para los medicamentos contra el cáncer. Algunos de estos que están entrelazados
fármacos inhiben la topoisomerasa II en el tercer paso de la figura y, por lo tanto, producen
altos niveles de roturas de doble hebra que matan a las células que se dividen rápidamente. El topoisomerasa II
pequeñocírculos amarillos representan los fosfatos en la columna vertebral del ADN que se
unen covalentemente a la topoisomerasa (ver Figura 5-21).
rotura de doble hebra en la hélice. Estas enzimas son activadas por sitios en los topoisomerasa
cromosomas donde dos hélices dobles se cruzan entre sí, como las generadas por el reconoce el
enredo y
superenrollamiento frente a una horquilla de replicación (ver Figura 5-20). Una vez que una hace un reversible
molécula de topoisomerasa II se une a dicho sitio de cruce, la proteína usa la hidrólisis de 2 ATP
apego covalente
a las dos hebras
ATP para realizar el siguiente conjunto de reacciones de manera eficiente: (1) rompe una
opuestas de una de las
doble hélice de manera reversible para crear una “puerta” de ADN; (2) hace que la segunda dobles hélices (naranja)
doble hélice cercana pase a través de esta abertura; y (3) luego vuelve a sellar la ruptura y creando un doble
hebra de rotura y
se disocia del ADN. En los puntos de cruce generados por el superenrollamiento, el paso formando una puerta de proteína
otro modo surgirían durante la replicación del ADN. Este papel está muy bien ilustrado pasar la segunda hélice de ADN.
Resumen
La replicación del ADN tiene lugar en una estructura en forma de Y llamada horquilla de
replicación. Una enzima ADN polimerasa autocorregible cataliza la polimerización de nucleótidos
en un 5ʹ-́To-3ʹ ́ dirección, copiando una hebra de plantilla de ADN con notable fidelidad. Dado que
las dos hebras de una doble hélice de ADN son antiparalelas, este 5́-a-3ʹ La síntesis de ADN
origen de replicación
puede tener lugar de forma continua en solo una de las hebras en una bifurcación de replicación
(la hebra principal). En la hebra rezagada, los fragmentos cortos de ADN se deben hacer
mediante un proceso de "pespunte". Debido a que la ADN polimerasa autocorrectora no puede
iniciar una nueva cadena, estos fragmentos de ADN de hebra retrasada son cebados por APERTURA LOCAL
DE LA HÉLICE DE ADN
moléculas cebadoras de ARN cortas que posteriormente se borran y se reemplazan con ADN.
La replicación del ADN requiere la cooperación de muchas proteínas. Estos incluyen (1) ADN
polimerasa y ADN primasa para catalizar la polimerización de nucleósido trifosfato; (2) ADN
helicasas y proteínas monocatenarias de unión a ADN (SSB) para ayudar a abrir la hélice de ADN
para que pueda copiarse; (3) ADN ligasa y una enzima que degrada los cebadores de ARN para
sellar juntos los fragmentos de ADN de cadena rezagada sintetizados de manera discontinua; y PRIMER DE ARN
SÍNTESIS
(4) ADN topoisomerasas para ayudar a aliviar los problemas de enrollamiento helicoidal y enredo
del ADN. Muchas de estas proteínas se asocian entre sí en una bifurcación de replicación para
formar una "máquina de replicación" altamente eficiente, a través de la cual se coordinan las
actividades y los movimientos espaciales de los componentes individuales.
FILAMENTO PRINCIPAL
SÍNTESIS DE ADN
LA INICIACIÓN Y FINALIZACIÓN DE LA COMIENZA
adecuado de la vida de la célula. También discutimos algunos de los problemas especiales que
debe superar la maquinaria de replicación en las células eucariotas. Estos incluyen la necesidad
de replicar las moléculas de ADN enormemente largas que se encuentran en los cromosomas
eucariotas, así como la dificultad de copiar moléculas de ADN que están estrechamente filamento principal hebra rezagada
de tenedor 1 de tenedor 2
complejadas con las histonas en los nucleosomas.
HORQUILLA 1 HORQUILLA 2
Figura 5-24 Replicación del ADN de un genoma bacteriano. Se necesita E. coli replicación
unos 30 minutos para duplicar su genoma de 4,6 × 106 pares de nucleótidos. Por origen
simplicidad, no se muestran fragmentos de Okazaki en la hebra rezagada. Lo que
sucede cuando las dos bifurcaciones de replicación se acercan y chocan al final del
ciclo de replicación no se comprende bien, aunque las máquinas de replicación se
desmontan como parte del proceso.
Las posiciones en las que se abre por primera vez la hélice de ADN se denominan orígenes de replicación
comienza
replicación (Figura 5-23). En células simples como las de bacterias o levaduras, los orígenes se
especifican mediante secuencias de ADN de varios cientos de pares de nucleótidos de longitud. Este
ADN contiene secuencias cortas que atraen proteínas iniciadoras y tramos de ADN que son
especialmente fáciles de abrir. En la figura 4-4 vimos que un par de bases AT se mantiene unido por
menos enlaces de hidrógeno que un par de bases GC. Por lo tanto, el ADN rico en pares de bases AT es
relativamente fácil de separar, y las regiones de ADN enriquecidas en pares de bases AT se encuentran
típicamente en los orígenes de replicación.
Aunque el proceso básico de iniciación de la horquilla de replicación que se muestra en la
figura 5-23 es fundamentalmente el mismo para las bacterias y los eucariotas, la forma detallada
en que se realiza y regula este proceso difiere entre estos dos grupos de organismos. Primero
consideramos el caso más simple y mejor entendido de las bacterias y luego pasamos a la
situación más compleja que se encuentra en las levaduras, los mamíferos y otros eucariotas.
origen de replicación de los padres Figura 5-25 Las proteínas que inician la replicación
Hélice de ADN del ADN en bacterias. El mecanismo mostrado fue
establecido por estudios in vitro con mezclas de
Secuencia rica en AT VINCULACIÓN DEL INICIADOR proteínas altamente purificadas. ParaE. coli La
PROTEÍNAS PARA replicación del ADN, la principal proteína iniciadora,
ORIGEN DE LA REPLICACIÓN la helicasa y la primasa son las proteínas dnaA, dnaB
Y DESESTABILIZACIÓN y dnaG, respectivamente. En el primer paso, varias
proteínas iniciadoras
DE LA SECUENCIA RICA
moléculas de la proteína iniciadora se unen a
secuencias de ADN específicas en el origen de la
replicación y desestabilizan la doble hélice formando
ADN helicasa unida a la una estructura compacta en la que el ADN se
proteína de carga de helicasa
CARGA DE ADN envuelve firmemente alrededor de la proteína. A
HELICASES continuación, dos helicasas son introducidas por
proteínas que cargan helicasas (las proteínas dnaC),
que inhiben las helicasas hasta que se cargan
correctamente en el origen de la replicación. Las
proteínas de carga de helicasa evitan que las hélices
de ADN replicativas entren de manera inapropiada
helicasa
ACTIVACIÓN DE HELICASAS en otros tramos de ADN de una sola hebra en el
cargando
proteína genoma bacteriano. Con la ayuda de la proteína de
unión de una sola hebra (no mostrada), las helicasas
cargadas abren el ADN, lo que permite que las
primasas entren y sinteticen los cebadores iniciales.
De esta manera, se puede determinar tanto la velocidad como la dirección del movimiento de la
Una sola enzima, la Represa metilasa, es
horquilla de replicación (Figura 5-27). A partir de la velocidad a la que las pistas de ADN replicado
responsable de metilar todos los E. coli
aumentan de longitud con el aumento del tiempo de marcado, se estima que las horquillas de Secuencias GATC. Un retraso en la metilación
replicación eucariotas viajan a aproximadamente 50 nucleótidos por segundo. Esto es después de la replicación de las secuencias GATC
aproximadamente veinte veces más lento que la velocidad a la que se mueve la horquilla de replicación también es utilizado por elE. coli sistema de
corrección de errores de emparejamiento para
bacteriana, posiblemente reflejando la mayor dificultad de replicar el ADN que está empaquetado de
distinguir la cadena de ADN recién sintetizada de la
manera apretada en la cromatina. cadena de ADN parental; en ese caso, las secuencias
Un cromosoma humano de tamaño medio contiene una única molécula de ADN lineal de relevantes de GATC están dispersas por todo el
aproximadamente 150 millones de pares de nucleótidos. Tomaría 0.02 segundos / nucleótido × 150 × 10 cromosoma y no están unidas por la Seq A.
6 nucleótidos = 3,0 × 106 segundos (aproximadamente 35 días) para replicar dicha molécula de ADN de
un extremo a otro con una única horquilla de replicación que se mueve a una velocidad de 50
nucleótidos por segundo. Como era de esperar, por lo tanto, los experimentos autorradiográficos que
acabamos de describir revelan que muchas bifurcaciones, que pertenecen a burbujas de replicación
separadas, se mueven simultáneamente en cada cromosoma eucariota.
Ahora existen métodos mucho más rápidos y sofisticados para monitorear el
inicio de la replicación del ADN y rastrear el movimiento de las horquillas de
replicación del ADN en todos los genomas. Un método utiliza microarrays de
ADN, cuadrículas del tamaño de un sello postal con cientos de miles de
fragmentos de secuencias de ADN conocidas. Como veremos en detalle en el
Capítulo 8, cada fragmento de ADN diferente se coloca en una posición única en
la micromatriz y, por lo tanto, los genomas completos se pueden representar de
Figura 5-27 Los experimentos que
manera ordenada. Si una muestra de ADN de un grupo de células en replicación demostraron el patrón en el que se forman
se divide y se hibrida con una micromatriz que representa el genoma de ese las horquillas de replicación y se mueven en
organismo, se puede determinar la cantidad de cada secuencia de ADN. Debido los cromosomas eucariotas. El nuevo ADN
a que un segmento de un genoma que se ha replicado contendrá el doble de producido en células humanas en cultivo se
marcó brevemente con un pulso de timidina
ADN que un segmento no replicado,Figura 5-28).
altamente radiactiva ( 3H-timidina).
Los experimentos de este tipo han demostrado lo siguiente: (1) Aproximadamente 30.000– (A) En este experimento, las células se lisaron y el
Se utilizan 50.000 orígenes de replicación cada vez que se divide una célula humana. (2) El ADN se estiró sobre un portaobjetos de vidrio que
genoma humano tiene muchos más orígenes potenciales (quizás diez veces más) que este, y los posteriormente se cubrió con una emulsión
diferentes tipos de células utilizan diferentes conjuntos de orígenes. Esto puede permitir que una fotográfica. Después de varios meses, se desarrolló
la emulsión, revelando una línea de granos de plata
célula coordine sus orígenes activos con otras características de sus cromosomas, como cuál
sobre el ADN radiactivo. losmarrón El ADN de esta
figura se muestra solo para ayudar con la
50 µmetro interpretación de la autorradiografía; el ADN no
etiquetado es invisible en tales experimentos. (B)
ADN
Este experimento fue el mismo excepto que una
origen de replicación incubación adicional en medio sin marcar permitió
que se replicara ADN adicional, con un nivel más
ETIQUETA CON 3H-TIMIDINA bajo de radiactividad. Se encontró que los pares de
DURANTE 10 MINUTOS huellas oscuras en (B) tenían granos de plata que se
estrechaban en direcciones opuestas, lo que
demuestra un movimiento de horquilla bidireccional
(A)
desde un origen de replicación central donde se
granos de plata
forma una burbuja de replicación (ver Figura 5-23).
AÑADIR MEDIO SIN ETIQUETA PARA Se cree que una bifurcación de replicación se
10 MINUTOS PARA REDUCIR NIVELES DE
detiene sólo cuando encuentra una bifurcación de
RECIÉN INCORPORADOS 3H-TIMIDINA
replicación que se mueve en la dirección opuesta o
cuando llega al final del cromosoma; de esta
(B) manera, todo el ADN finalmente se replica.
los genes se expresan. Los orígenes en exceso también proporcionan "copias de seguridad" en caso de
que falle un origen primario. (3) Al igual que las bacterias, las horquillas de replicación se forman en
pares y crean una burbuja de replicación a medida que se mueven en direcciones opuestas alejándose
de un punto de origen común, deteniéndose solo cuando chocan de frente con una horquilla de
replicación que se mueve en la dirección opuesta o cuando llegar a un cromosoma final. De esta
manera, muchas horquillas de replicación operan de forma independiente en cada cromosoma y, sin
embargo, forman dos hélices de ADN hijas completas.
En eucariotas, la replicación del ADN tiene lugar durante solo una parte
+
del ciclo celular
Cuando crecen rápidamente, las bacterias replican su ADN de forma casi continua. Por el METRO
contrario, la replicación del ADN en la mayoría de las células eucariotas ocurre solo
durante una parte específica del ciclo de división celular, llamadaFase de síntesis de ADN o
GRAMO2
Fase S (Figura 5-29). En una célula de un mamífero, la fase S suele durar unas 8 horas; en
células eucariotas más simples, como las levaduras, la fase S puede ser tan corta como 40
minutos. Al final, cada cromosoma se ha replicado para producir dos copias completas, GRAMO1
Parece que el orden en el que se activan los orígenes de la replicación depende, en parte, de
la estructura de la cromatina en la que residen los orígenes. En el capítulo 4 vimos que la
heterocromatina es un estado particularmente condensado de la cromatina, mientras que la
eucromatina, donde ocurre la mayor parte de la transcripción, tiene una conformación menos
condensada. La heterocromatina tiende a replicarse muy tarde en la fase S, lo que sugiere que el
momento de la replicación está relacionado con el empaquetamiento del ADN en la cromatina.
Sin embargo, una vez iniciadas, las bifurcaciones de replicación parecen moverse a velocidades
comparables a lo largo de la fase S, por lo que el grado de condensación cromosómica parece influir en
el momento en el que se inician las bifurcaciones de replicación, en lugar de su velocidad una vez
formadas.
S PAG
PAG
PAG
PAG
FINALIZACIÓN DE
REPLICACIÓN DEL ADN
PAG
GRAMO2
PAG
Las proteína quinasas que desencadenan la replicación del ADN evitan simultáneamente el
ensamblaje de nuevos complejos prerreplicativos hasta que la siguiente fase M reinicia todo el
ciclo (para más detalles, véanse las págs. 974–975). Hacen esto, en parte, fosforilando el ORC, lo
que lo hace incapaz de aceptar nuevas helicasas. Esta estrategia proporciona una única ventaja
de oportunidad para que se formen complejos prerreplicativos (G1 fase, cuando la actividad de la
quinasa es baja) y una segunda ventana para que se activen y posteriormente
desmontado (fase S, cuando la actividad quinasa es alta). Debido a que estas dos fases del ciclo
celular son mutuamente excluyentes y ocurren en un orden prescrito, cada origen de replicación
puede dispararse una y solo una vez durante cada ciclo celular.
A pesar de esto, un ORC humano que es muy similar al ORC de levadura se une a los
orígenes de replicación e inicia la replicación del ADN en humanos. Muchas de las otras proteínas
que funcionan en el proceso de iniciación en la levadura también tienen funciones centrales en
los seres humanos. Por lo tanto, parece probable que los mecanismos de iniciación humana y de
levadura sean similares en esquema, pero la estructura de la cromatina, la actividad
transcripcional o alguna propiedad del genoma distinta de una secuencia de ADN específica
tiene el papel central en la atracción de ORC y en la especificación de los orígenes de replicación
de los mamíferos. Estas ideas también podrían ayudar a explicar cómo una determinada célula
de mamífero elige cuál de los muchos orígenes posibles utilizar cuando replica su genoma y
cómo esta elección podría diferir de una célula a otra. Claramente, tenemos mucho por descubrir
sobre el proceso fundamental de iniciación de la replicación del ADN.
Varios aspectos adicionales de la replicación del ADN son específicos de los eucariotas.
Como se discutió en el capítulo 4, los cromosomas eucariotas están compuestos de
mezclas aproximadamente iguales de ADN y proteínas. Por lo tanto, la duplicación de
cromosomas requiere no solo la replicación del ADN, sino también la síntesis y ensamblaje
de nuevas proteínas cromosómicas en el ADN detrás de cada horquilla de replicación.
Aunque estamos lejos de comprender este proceso en detalle, estamos empezando a
aprender cómo se duplica la unidad fundamental del empaquetamiento de la cromatina, el
nucleosoma. La célula requiere una gran cantidad de nueva proteína histona,
aproximadamente igual en masa al ADN recién sintetizado, para producir los nuevos
nucleosomas en cada ciclo celular. Por esta razón, la mayoría de los organismos eucariotas
poseen múltiples copias del gen para cada histona. Las células de vertebrados, por
ejemplo, tienen alrededor de 20 conjuntos de genes repetidos,
A diferencia de la mayoría de las proteínas, que se producen de forma continua, las histonas se
sintetizan principalmente en la fase S, cuando el nivel de ARNm de histonas aumenta aproximadamente
cincuenta veces como resultado tanto del aumento de la transcripción como de la disminución de la
degradación del ARNm. Los principales ARNm de histonas se degradan en cuestión de minutos cuando
la síntesis de ADN se detiene al final de la fase S. El mecanismo depende de las propiedades especiales
de los extremos 3́ de estos ARNm, como se discutió en el Capítulo 7. Por el contrario, las proteínas
histonas en sí son notablemente estables y pueden sobrevivir durante toda la vida de una célula. El
estrecho vínculo entre la síntesis de ADN y la síntesis de histonas parece reflejar un mecanismo de
retroalimentación que monitorea el nivel de histona libre para garantizar que la cantidad de histona
producida coincida exactamente con la cantidad de nuevo ADN sintetizado.
A medida que avanza una horquilla de replicación, debe pasar a través de los nucleosomas
parentales. En la célula, la replicación eficiente requiere complejos de remodelación de cromatina (que
se analizan en el capítulo 4) para desestabilizar las interfaces ADN-histona. Con la ayuda de tales
complejos, las horquillas de replicación pueden transitar de manera eficiente incluso la cromatina
altamente condensada.
A medida que una horquilla de replicación pasa a través de la cromatina, las histonas se
desplazan transitoriamente dejando a su paso alrededor de 600 pares de nucleótidos de ADN no
nucleosómico. El restablecimiento de nucleosomas detrás de una bifurcación en movimiento
ocurre de una manera intrigante. Cuando un nucleosoma es atravesado por una horquilla de
replicación, el octámero de histonas parece romperse en un tetrámero H3-H4 y dos dímeros H2A-
H2B (discutidos en el Capítulo 4). El tetrámero H3-H4 permanece débilmente asociado con el
ADN y se distribuye al azar a uno u otro dúplex hijo, pero los dímeros H2A-H2B se liberan
completamente del ADN. Los tetrámeros de H3-H4 recién hechos se agregan al ADN recién
sintetizado para llenar los "espacios", y los dímeros H2A-H2B, la mitad de los cuales son viejos y
la otra mitad nuevos, se agregan al azar para completar los nucleosomas (Figura 5-32). La
formación de nuevos nucleosomas detrás de una horquilla de replicación tiene una consecuencia
importante para el proceso de replicación del ADN en sí. Como la ADN polimerasa δ sintetiza de
manera discontinua la hebra rezagada (véanse págs. 253-254), la longitud de cada fragmento de
Okazaki está determinada por el punto en el que la ADN polimerasa δ es bloqueada por un
nucleosoma recién formado. Este estrecho acoplamiento entre la duplicación del nucleosoma y
la replicación del ADN explica por qué la longitud de los fragmentos de Okazaki en eucariotas (~
200 nucleótidos) es aproximadamente la misma que la longitud de la repetición del nucleosoma.
Las secuencias de ADN de los telómeros son reconocidas por proteínas de unión al
ADN específicas de secuencia que atraen una enzima, llamada telomerasa, que repone
estas secuencias cada vez que una célula se divide. La telomerasa reconoce la punta de
una secuencia de repetición de ADN de telómero existente y la alarga en la dirección 5ʹ-́a-3ʹ
́, utilizando una plantilla de ARN que es un componente de la enzima misma para sintetizar
nuevas copias de la repetición (Figura 5-33). La porción enzimática de la telomerasa se
asemeja a otrastranscriptasas inversas, proteínas que sintetizan ADN mediante una
plantilla de ARN, aunque, en este caso, el ARN de la telomerasa también aporta grupos
funcionales para hacer más eficiente la catálisis. Después de la extensión de la hebra de
ADN parental por la telomerasa, las ADN polimerasas convencionales pueden completar la
replicación de la hebra rezagada en el extremo del cromosoma, utilizando estas
extensiones como plantilla para sintetizar la hebra complementaria (Figura 5-34).
hebra padre
3′
TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG
AACCCC
5′ hebra rezagada incompleta, recién sintetizada
TELOMERASE
BINDS
3′
TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG dirección de
AACCCC telómero Figura 5-34 Replicación de telómeros. Aquí se
ACCCCAAC
5′ 3′ 5′ síntesis muestran las reacciones que sintetizan las
TELOMERASE
secuencias repetidas que forman los extremos de
SE EXTIENDE 3′ FIN
telomerasa con plantilla de ARN unido los cromosomas (telómeros) de diversos
(Plantilla de ARN
Síntesis de ADN) organismos eucariotas. El extremo 3ʹ 'de la hebra de
3′ ADN parental se extiende mediante la síntesis de
TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG
ADN con plantilla de ARN; esto permite que la
AACCCC ACCCCAAC
5′ 3′ 5′
cadena de ADN hija incompleta que está
FINALIZACIÓN DE emparejada con ella se extienda en su dirección 5ʹ '.
HILO DE REVESTIMIENTO Se presume que esta hebra rezagada incompleta
POR POLIMERASA DE ADN
está completada por la ADN polimerasa α, que lleva
(Plantilla de ADN
una ADN primasa como una de sus subunidades (
Síntesis de ADN)
3′ Película 5.6). La secuencia de telómeros ilustrada es
TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG la del ciliado.Tetrahymena en el que se
AACCCC CCCCAACCCCAACCCC
5′ descubrieron por primera vez estas reacciones.
ADN polimerasa
3′ sobresalir
5′ 3′
3′ 5′
telómero
repite
bucle en t
5′
5′ 3′
3′
intercambio de hebras por 3′ sobresalir
(A) (B)
1 µmetro
La longitud de los telómeros está regulada por células y organismos Figura 5-35 Un t-loop al final de un cromosoma
de mamífero. (A) Micrografía electrónica del ADN
Debido a que los procesos que hacen crecer y encoger cada secuencia de telómeros sólo al final de un cromosoma humano en interfase.
están aproximadamente equilibrados, el extremo de un cromosoma contiene un número El cromosoma se fijó, desprotegió y espesó
artificialmente antes de verlo. El bucle que se ve
variable de repeticiones teloméricas. No es sorprendente que muchas células tengan
aquí tiene aproximadamente 15.000 pares de
mecanismos homeostáticos que mantienen el número de estas repeticiones dentro de un nucleótidos de longitud. (B) Estructura de un t-
rango limitado (Figura 5-36). Sin embargo, en la mayoría de las células somáticas de loop. La inserción del extremo 3ʹ 'de una sola
los seres humanos en división, los telómeros se acortan gradualmente, y se ha propuesto hebra en las repeticiones dúplex se lleva a cabo
y la estructura se mantiene mediante proteínas
que esto proporciona un mecanismo de recuento que ayuda a prevenir la proliferación
especializadas. (De JD Griffith et al.,Celda 97: 503–
ilimitada de células rebeldes en los tejidos adultos. En su forma más simple, esta idea 514, 1999. Con permiso de Elsevier.)
sostiene que nuestras células somáticas comienzan en el embrión con un complemento
completo de repeticiones teloméricas. Estos luego se erosionan a diferentes grados en
diferentes tipos de células. Algunas células madre, en particular las que se encuentran en
los tejidos que deben reponerse a un ritmo elevado durante toda la vida, como la médula
ósea o el revestimiento intestinal, conservan la actividad completa de la telomerasa. Sin
embargo, en muchos otros tipos de células, el nivel de telomerasa se reduce de modo que
la enzima no puede seguir el ritmo de la duplicación cromosómica. Estas células pierden de
100 a 200 nucleótidos de cada telómero cada vez que se dividen. Después de muchas
generaciones de células,senescencia celular replicativa (discutido en el Capítulo 17). En
teoría, tal mecanismo podría proporcionar una protección contra la proliferación celular
incontrolada de células anormales en los tejidos somáticos, por lo que
pequeño
5′ 3′ 5′ 3′
3′ 5′ 3′ 5′
repeticiones de telómeros
MAYOR NÚMERO DE DIVISIONES CELULARES
fracción de extremos de cromosomas
La idea de que la longitud de los telómeros actúa como una "vara de medir" para contar las
divisiones celulares y, por lo tanto, regular la vida útil del linaje celular se ha probado de varias maneras.
Para ciertos tipos de células humanas cultivadas en cultivo de tejidos, los resultados experimentales
apoyan dicha teoría. Los fibroblastos humanos normalmente proliferan durante aproximadamente 60
divisiones celulares en cultivo antes de experimentar senescencia celular replicativa. Como la mayoría
de las otras células somáticas en humanos, los fibroblastos producen solo niveles bajos de telomerasa y
sus telómeros se acortan gradualmente cada vez que se dividen. Cuando se proporciona telomerasa a
los fibroblastos mediante la inserción de un gen de telomerasa activo, la longitud de los telómeros se
mantiene y muchas de las células continúan proliferando indefinidamente.
Se ha propuesto que este tipo de control de la proliferación celular puede contribuir al
envejecimiento de animales como nosotros. Estas ideas se han probado mediante la producción
de ratones transgénicos que carecen por completo de telomerasa. Los telómeros en los
cromosomas del ratón son aproximadamente cinco veces más largos que los telómeros
humanos y, por lo tanto, los ratones deben criarse durante tres o más generaciones antes de
que sus telómeros se hayan reducido a la longitud humana normal. Por lo tanto, tal vez no sea
sorprendente que las primeras generaciones de ratones se desarrollen normalmente. Sin
embargo, los ratones de generaciones posteriores desarrollan progresivamente más defectos en
algunos de sus tejidos altamente proliferativos. Además, estos ratones muestran signos de
envejecimiento prematuro y tienen una tendencia pronunciada a desarrollar tumores. En estos y
otros aspectos, estos ratones se parecen a los humanos con la enfermedad genética
disqueratosis congénita. Los individuos afectados por esta enfermedad portan una copia
funcional y una no funcional del gen del ARN de la telomerasa; tienen telómeros
prematuramente acortados y típicamente mueren de insuficiencia progresiva de la médula ósea.
También desarrollan cicatrices pulmonares y cirrosis hepática y muestran anomalías en varias
estructuras epidérmicas, incluida la piel, los folículos pilosos y las uñas.
Las observaciones anteriores demuestran que controlar la proliferación celular mediante el
acortamiento de los telómeros representa un riesgo para un organismo, porque no todas las células
que comienzan a perder los extremos de sus cromosomas dejarán de dividirse. Algunos aparentemente
se vuelven genéticamente inestables, pero continúan dividiéndose, dando lugar a células variantes que
pueden conducir al cáncer. Claramente, el uso del acortamiento de los telómeros como mecanismo
regulador no es infalible y, como muchos mecanismos en la célula, parece lograr un equilibrio entre
beneficio y riesgo.
Resumen
Las proteínas que inician la replicación del ADN se unen a las secuencias de ADN en un origen de
replicación para catalizar la formación de una burbuja de replicación con dos horquillas de replicación
que se mueven hacia afuera. El proceso comienza cuando se forma un complejo de ADN-proteína
iniciadora que posteriormente carga una helicasa de ADN en la plantilla de ADN. Luego se agregan
otras proteínas para formar la “máquina de replicación” multienzimática que cataliza la síntesis de ADN
en cada horquilla de replicación.
En bacterias y algunos eucariotas simples, los orígenes de replicación se especifican mediante
secuencias de ADN específicas que tienen solo varios cientos de pares de nucleótidos de longitud. En
otros eucariotas, como los humanos, las secuencias necesarias para especificar un origen de replicación
del ADN parecen estar menos definidas y el origen puede abarcar varios miles de pares de nucleótidos.
enzima polimerizante llamada telomerasa. La telomerasa extiende una de las hebras de ADN al
final de un cromosoma mediante el uso de una plantilla de ARN que es una parte integral de la
propia enzima, produciendo una secuencia de ADN muy repetida que típicamente se extiende
por miles de pares de nucleótidos en cada extremo del cromosoma. Los telómeros tienen
estructuras especializadas que los distinguen de los extremos rotos de los cromosomas, lo que
garantiza que no se reparen por error.
REPARACION DE ADN
Mantener la estabilidad genética que un organismo necesita para su supervivencia requiere no
solo un mecanismo extremadamente preciso para replicar el ADN, sino también mecanismos
para reparar las muchas lesiones accidentales que el ADN sufre continuamente. La mayoría de
estos cambios espontáneos en el ADN son temporales porque se corrigen inmediatamente
mediante un conjunto de procesos que se denominan colectivamente Reparación de ADN. De
las decenas de miles de cambios aleatorios creados todos los días en el ADN de una célula
humana por el calor, los accidentes metabólicos, la radiación de diversos tipos y la exposición a
sustancias en el medio ambiente, solo unos pocos (menos del 0,02%) se acumulan como
mutaciones permanentes en la secuencia de ADN. El resto se elimina con notable eficacia
mediante la reparación del ADN.
La importancia de la reparación del ADN es evidente por la gran inversión que hacen las
células en las enzimas que la llevan a cabo: varios por ciento de la capacidad de codificación de la
mayoría de los genomas se dedica exclusivamente a las funciones de reparación del ADN. La
importancia de la reparación del ADN también se demuestra por el aumento de la tasa de
mutación que sigue a la inactivación de un gen de reparación del ADN. Muchas proteínas
reparadoras del ADN y los genes que las codifican, que ahora sabemos que operan en una
amplia gama de organismos, incluidos los humanos, se identificaron originalmente en bacterias
mediante el aislamiento y caracterización de mutantes que mostraban una mayor tasa de
mutación o una mayor sensibilidad al daño del ADN. agentes.
Estudios recientes sobre las consecuencias de una capacidad disminuida para la reparación del
ADN en humanos han relacionado muchas enfermedades humanas con una reparación disminuida (
Cuadro 5-2). Por lo tanto, vimos anteriormente que los defectos en un gen humano cuyo producto
normalmente funciona para reparar los pares de bases no coincidentes que resultan de los errores de
replicación del ADN pueden conducir a una predisposición heredada a cánceres de colon y algunos
otros órganos, lo que refleja una mayor tasa de mutación. En otra enfermedad humana,
TABLA 5-2 Algunos síndromes humanos heredados con defectos en la reparación del ADN
Xeroderma pigmentosum (XP) Cáncer de piel, sensibilidad a los rayos UV, anomalías Reparación por escisión de nucleótidos
grupos A – G neurológicas.
Síndrome de Cockayne Sensibilidad a los rayos ultravioleta; anomalías del desarrollo Acoplamiento de la reparación por escisión de nucleótidos
a la transcripción
Variante XP Sensibilidad a los rayos UV, cáncer de piel Síntesis de translesión por ADN polimerasa ν
Ataxia telangiectasia (AT) Leucemia, linfoma, sensibilidad a los rayos γ, inestabilidad del Proteína ATM, una proteína quinasa activada por
genoma roturas de doble cadena
Síndrome de Werner Envejecimiento prematuro, cáncer en varios sitios, Accesorio 3ʹ-exonucleasa y ADN helicasa
inestabilidad del genoma usados en reparación
Síndrome de Bloom Cáncer en varios sitios, retraso en el crecimiento, ADN helicasa necesaria para la recombinación
inestabilidad del genoma
Grupos de anemia de Fanconi A-G Anomalías congénitas, leucemia, inestabilidad del Reparación de enlaces cruzados entre cadenas de ADN
genoma
H H H CH3
norte
C T norte
A
norte norte norte
norte GRAMO CH CH
H2norte norte
norte
O norte H O norte H H norte
norte
xeroderma pigmentoso (XP), las personas afectadas tienen una sensibilidad extrema a la Figura 5-37 Un resumen de las alteraciones
espontáneas que requieren reparación del ADN.
radiación ultravioleta porque no pueden reparar ciertos fotoproductos del ADN. Este defecto de
Los sitios en cada nucleótido modificados por
reparación da como resultado una mayor tasa de mutación que conduce a lesiones cutáneas daño oxidativo espontáneo. (flechas rojas),
graves y una mayor susceptibilidad a los cánceres de piel. Finalmente, mutaciones en elBrca1 y ataque hidrolítico (flechas azules)y metilación (
Brca2 genes comprometen un tipo de reparación del ADN conocido como recombinación flechas verdes) se muestran, con el ancho de
homóloga y son una causa de cáncer de mama y ovario hereditario. cada flecha indicando la frecuencia relativa de
cada evento (ver Tabla 5-3). (Después de T.
Lindahl,Naturaleza
Sin la reparación del ADN, el daño espontáneo del ADN cambiaría 362: 709–715, 1993. Con permiso de
rápidamente las secuencias de ADN Macmillan Publishers Ltd.)
TABLA 5–3 Lesiones endógenas del ADN que surgen y se reparan en un diploide
Célula de mamífero en 24 horas
Hidrólisis
Depurinacion 18.000
Despirimidinacion 600
Desaminación de citosina 100
Desaminación de 5-metilcitosina 10
Oxidación
8-oxo G 1500
Pirimidinas saturadas de anillo (timina glicol, hidratos de 2000
citosina)
La célula humana pierde alrededor de 18.000 bases de purina (adenina y guanina) todos
los días porque su norte-Los enlaces glucosilo para hidrolizar la desoxirribosa, una
reacción espontánea llamada depurinación. Del mismo modo, un espontáneo
desaminación de citosina a uracilo en el ADN ocurre a una tasa de aproximadamente 100
bases por célula por día (Figura 5-38). Las bases de ADN también se dañan ocasionalmente
por un encuentro con metabolitos reactivos producidos en la célula, incluidas las formas
reactivas de oxígeno y el donante de metilo de alta energía.S-adenosilmetionina, o por
exposición a productos químicos en el medio ambiente. Asimismo, la radiación ultravioleta
del sol puede producir un enlace covalente entre dos bases pirimidínicas adyacentes en el
ADN para formar, por ejemplo, dímeros de timina (Figura 5-39). Si no se corrige cuando se
replica el ADN, se esperaría que la mayoría de estos cambios conduzcan a la eliminación de
uno o más pares de bases oa una sustitución de pares de bases en la cadena de ADN hija (
Figura 5-40). Las mutaciones luego se propagarían a lo largo de las siguientes
generaciones de células. Una tasa tan alta de cambios aleatorios en la secuencia del ADN
tendría consecuencias desastrosas.
GUANINA
O H2O
norte
H
norte
O
O PAGO CH2 H OPO CH2
_ H _ O OH
O norte
O norte
O
H
H
norte
norte norte
H H
GUANINA
CITOSINA
URACIL
H H
DESAMINACIÓN norte H2O O
H H H
norte norte
O H norte O O H norte O
O PAGO CH2
NUEVA HAMPSHIRE3
OPO CH2
_ O _O
O O
ADN ADN
hebra hebra
Figura 5-38 Depurinación y desaminación. Estas reacciones son dos de las reacciones químicas espontáneas más frecuentes que crean graves daños en el ADN de las células. La
depuración puede liberar guanina (que se muestra aquí), así como adenina, del ADN. El tipo principal de reacción de desaminación convierte la citosina en una base de ADN
alterada, uracilo (que se muestra aquí), pero la desaminación también ocurre en otras bases. Estas reacciones normalmente tienen lugar en ADN de doble hélice; por
conveniencia, solo se muestra una hebra.
Figura 5-39 El tipo más común de dímero de timina. Este tipo de daño ocurre en el
ADN de las células expuestas a la irradiación ultravioleta (como en la luz solar). Se
formará un dímero similar entre dos bases de pirimidina vecinas (residuos C o T) en PAG O H
el ADN. O C norte
norte C O
C C
El daño al ADN puede eliminarse mediante más de una vía H CH3
PAG
Las células tienen múltiples vías para reparar su ADN utilizando diferentes enzimas O O H
C
que actúan sobre diferentes tipos de lesiones. Figura 5-41 muestra dos de las vías
norte
C O
más comunes. En ambos, el daño se elimina, la secuencia de ADN original es
norte
C C
restaurada por una ADN polimerasa que usa la hebra intacta como plantilla, y una OH H
PAG CH3
C
ruptura restante en la doble hélice es sellada por ADN ligasa (ver figura 5-12). O norte
C O
Las dos vías difieren en la forma en que eliminan el daño del ADN. El primer camino,
norte
C C
llamadoreparación de escisión de base, involucra una batería de enzimas llamadas H CH3
Glicosilasas de ADN, cada uno de los cuales puede reconocer un tipo específico de base
PAG O H
alterada en el ADN y catalizar su eliminación hidrolítica. Existen al menos seis tipos de O C
estas enzimas, incluidas las que eliminan Cs desaminados, As desaminados, diferentes
norte
norte C O
tipos de bases alquiladas u oxidadas, bases con anillos abiertos y bases en las que un
C C
doble enlace carbono-carbono se ha convertido accidentalmente en un carbono. –Enlace H
PAG
CH3
sencillo de carbono. ¿Cómo se detecta una base alterada en el contexto de la doble hélice?
Un paso clave es un "volteo" mediado por enzimas del nucleótido alterado de la hélice, lo
que permite que la ADN glicosilasa sondee todas las caras de la base en busca de daños (
Figura 5-42). Se cree que estas enzimas viajan a lo largo del ADN utilizando un cambio de
base para evaluar el estado de cada base. Una vez que una enzima encuentra la base
dañada que reconoce, elimina esa base de su azúcar.
El "diente faltante" creado por la acción de la ADN glicosilasa es reconocido por una
enzima llamada AP endonucleasa (AP para apurínico o apirimidínico, endo para significar
que la nucleasa se escinde dentro de la cadena polinucleotídica), que corta el esqueleto del
fosfodiéster, después de lo cual se repara el espacio resultante (figura 5-41A). La
depuración, que es con mucho el tipo de daño más frecuente que sufre el ADN, también
deja un azúcar desoxirribosa sin una base. Las depuraciones se reparan directamente
comenzando con la endonucleasa AP, siguiendo la mitad inferior de la ruta.
forma en la Figura 5-41A.
mutado mutado
T U T T C T
A
A A A A GRAMO A
demonio inate d C T depurinado A
T C A T T C A T
A GRAMO
T A A GRAMO
T A
Figura 5-40 Cómo las modificaciones químicas de los nucleótidos producen mutaciones. (A) La desaminación de la citosina, si no se corrige, da como resultado la sustitución de
una base por otra cuando se replica el ADN. Como se muestra en la figura 5-38, la desaminación de la citosina produce uracilo. El uracilo se diferencia de la citosina en sus
propiedades de emparejamiento de bases y preferentemente pares de bases con adenina. Por lo tanto, la maquinaria de replicación del ADN agrega una adenina cuando
encuentra un uracilo en la hebra molde. (B) La depurinación puede provocar la pérdida de un par de nucleótidos. Cuando la maquinaria de replicación encuentra una purina
faltante en la hebra molde, puede saltar al siguiente nucleótido completo como se ilustra aquí, produciendo así una deleción de nucleótidos en la hebra recién sintetizada.
Muchos otros tipos de daños en el ADN (figura 5-37), si no se corrigen, también producen mutaciones cuando el ADN se replica.
dímero de pirimidina
desaminado C
EXCISIÓN
ADN URACIL NUCLEASE
U GLICOSILASA
GCT ATCC
Hélice de ADN
con falta GATGCCAGAT Georgia TACC
base
CGA GRAMO TAGG
CGGTCTA Connecticut ATG
ADN
AP ENDONUCLEASE Y
HELICASA
FOSFODIESTERASA
QUITAR EL FOSFATO DE AZÚCAR
Figura 5-41 Una comparación de dos vías principales de reparación del ADN. (A) Reparación de escisión de base. Esta vía comienza con una ADN glicosilasa.
Aquí, la enzima uracilo ADN glicosilasa elimina una citosina desaminada accidentalmente en el ADN. Después de la acción de esta glicosilasa (u otra ADN
glicosilasa que reconoce un tipo diferente de daño), el fosfato de azúcar con la base faltante se corta mediante la acción secuencial de la endonucleasa AP y
una fosfodiesterasa. (Estas mismas enzimas comienzan la reparación de los sitios depurinados directamente). El espacio de un solo nucleótido se llena con
ADN polimerasa y ADN ligasa. El resultado neto es que la U que se creó por desaminación accidental se restaura a una C. AP endonucleasa se llama así
porque reconoce cualquier sitio en la hélice de ADN que contiene un azúcar desoxirribosa con una base faltante; tales sitios pueden surgir por la pérdida
de una purina(apsitios urínicos) o por la pérdida de una pirimidina (apsitios yrimidínicos). (B)Reparación por escisión de nucleótidos. En las bacterias,
después de que un complejo multienzimático ha reconocido una lesión como un dímero de pirimidina (figura 5-39), se hace un corte a cada lado de la
lesión y luego una helicasa de ADN asociada elimina la porción completa de la hebra dañada. La maquinaria de reparación por escisión en bacterias deja la
brecha de 12 nucleótidos que se muestra. En los seres humanos, una vez que se reconoce el ADN dañado, se recluta una helicasa para desenrollar el
dúplex de ADN localmente. A continuación, la nucleasa de escisión entra y se escinde a ambos lados del daño, dejando un espacio de aproximadamente 30
nucleótidos. La maquinaria de reparación por escisión de nucleótidos tanto en bacterias como en humanos puede reconocer y reparar muchos tipos
diferentes de daños en el ADN.
La segunda vía de reparación principal se llama reparación por escisión de nucleótidos. Esta
El mecanismo puede reparar el daño causado por casi cualquier gran cambio en la estructura de
la doble hélice del ADN. Estas "lesiones voluminosas" incluyen las creadas por la reacción
covalente de bases de ADN con hidrocarburos grandes (como el carcinógeno benzopireno, que
se encuentra en el humo del tabaco, el alquitrán de hulla y los gases de escape de diesel), así
como los diversos dímeros de pirimidina (TT, TC, y C-C) causado por la luz solar. En esta vía, un
gran complejo multienzimático escanea el ADN en busca de una distorsión en la doble hélice, en
lugar de un cambio de base específico. Una vez que encuentra una lesión, escinde la columna
vertebral del fosfodiéster de la hebra anormal en ambos lados de la distorsión, y una helicasa de
ADN despega el oligonucleótido monocatenario que contiene la lesión. Luego, la ADN polimerasa
y la ADN ligasa reparan la gran brecha producida en la hélice de ADN (véase la figura 5-41B).
(A) (B)
Todo el ADN de una célula está bajo constante vigilancia para detectar daños, y los
mecanismos de reparación que hemos descrito actúan en todas las partes del genoma. Sin
embargo, las células tienen una forma de dirigir la reparación del ADN a las secuencias de
ADN que se necesitan con mayor urgencia. Lo hacen uniendo la ARN polimerasa, la enzima
que transcribe el ADN en ARN como el primer paso en la expresión génica, a la vía de
reparación por escisión de nucleótidos. Como se mencionó anteriormente, este sistema de
reparación puede corregir muchos tipos diferentes de daños en el ADN. La ARN polimerasa
se detiene en las lesiones del ADN y, mediante el uso de proteínas de acoplamiento, dirige
la maquinaria de reparación por escisión a estos sitios. En las bacterias, donde los genes
son relativamente cortos, la ARN polimerasa estancada puede disociarse del ADN; el ADN
se repara y el gen se transcribe nuevamente desde el principio. En eucariotas, donde los
genes pueden ser enormemente largos,
H H
norte
H2O O
H
norte norte
norte norte
H H
norte
norte
H norte
norte H
NUEVA HAMPSHIRE3
adenina hipoxantina
O H2O O
H H
norte norte
norte norte
H H
H
norte
norte norte
norte
norte O
H
NUEVA HAMPSHIRE3
H
guanina xantina
H H
norte
H2O O
H H H
norte norte
H norte O H norte O
NUEVA HAMPSHIRE3
citosina uracilo
O
H3C H
norte
SIN DESAMINACIÓN
H norte O
timina
(A)
H H
norte
H 2O O
H3C H3C H
norte norte
H norte O H norte O
NUEVA HAMPSHIRE3
(B)
Figura 5-43 La desaminación de nucleótidos de ADN. En cada caso, el átomo de oxígeno que se agrega en esta reacción
con el agua está coloreado rojo. (A) Los productos de desaminación espontánea de A y G son reconocibles como
antinaturales cuando ocurren en el ADN y, por lo tanto, se encuentran y reparan fácilmente. La desaminación de C a U
también se ilustra en la Figura 5-38; T no tiene ningún grupo amino para eliminar. (B) Aproximadamente el 3% de los
nucleótidos C en los ADN de los vertebrados están metilados para ayudar a controlar la expresión génica (discutido en
el Capítulo 7). Cuando estos nucleótidos 5-metil C se desaminan accidentalmente, forman el nucleótido T natural. Sin
embargo, esta T se emparejará con una G en la hebra opuesta, formando un par de bases no emparejadas.
A pesar de su utilidad para permitir la replicación del ADN muy dañado, estas polimerasas de
translesión, como se señaló anteriormente, plantean riesgos para la célula. Probablemente sean
responsables de la mayoría de las mutaciones por sustitución de bases y deleción de un solo
nucleótido que se acumulan en los genomas; aunque generalmente producen mutaciones al
copiar el ADN dañado (véase la figura 5-40), es probable que también creen mutaciones, a un
nivel bajo, en el ADN no dañado. Claramente, es importante que la célula regule estrictamente
estas polimerasas, liberándolas solo en los sitios de daño del ADN. Queda por descubrir
exactamente cómo sucede esto para cada translesión polimerasa, pero se da un modelo
conceptual enFigura 5-44. El principio de este modelo se aplica a muchos de los procesos de
reparación del ADN analizados en este capítulo: dado que las enzimas que llevan a cabo estas
reacciones son potencialmente peligrosas para el genoma, deben ponerse en juego únicamente
en los sitios de daño.
Un tipo de daño del ADN especialmente peligroso ocurre cuando ambas hebras de la doble
hélice se rompen, sin dejar una hebra de plantilla intacta para permitir una precisión
translesion de ADN
polimerasa
Síntesis de ADN
reparar. Las radiaciones ionizantes, los errores de replicación, los agentes oxidantes y otros
metabolitos producidos en la célula provocan roturas de este tipo. Si estas lesiones no se
reparan, rápidamente conducirían a la descomposición de los cromosomas en fragmentos más
pequeños y a la pérdida de genes cuando la célula se divide. Sin embargo, se han desarrollado
dos mecanismos distintos para hacer frente a este tipo de daño (Figura 5-45). El más simple de
entender esunión final no homóloga, en el que los extremos rotos simplemente se unen y se
vuelven a unir mediante ligación de ADN, generalmente con la pérdida de nucleótidos en el sitio
de unión (Figura 5-46). Este mecanismo de unión de extremos, que puede verse como una
solución "rápida y sucia" para la reparación de roturas de doble hebra, es común en las células
somáticas de mamíferos. Aunque un cambio en la secuencia del ADN (una mutación) se produce
en el sitio de la rotura, tan poco del genoma de los mamíferos es esencial para la vida que este
mecanismo es aparentemente una solución aceptable al problema de volver a unir cromosomas
rotos. Cuando un ser humano alcanza la edad de 70 años, la célula somática típica contiene más
de 2000 de tales "cicatrices", distribuidas por todo su genoma, que representan lugares donde el
ADN ha sido reparado de manera inexacta por la unión de extremos no homólogos. Pero la
unión de extremos no homólogos presenta otro peligro: debido a que no parece haber ningún
mecanismo para garantizar que los dos extremos que se unen estuvieran originalmente uno al
lado del otro en el genoma, La unión de extremos no homólogos puede generar ocasionalmente
reordenamientos en los que un cromosoma roto se une covalentemente a otro. Esto puede
resultar en cromosomas con dos centrómeros y cromosomas que carecen de centrómeros por
completo; ambos
(A) UNIÓN FINAL NO HOMÓLOGA (B) RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA Figura 5-45 Dos formas de reparar roturas de doble
hebra. (A) La unión de extremos no homólogos
rotura de doble hebra altera la secuencia de ADN original cuando se
repara un cromosoma roto. La degradación inicial
5′ 5′ de los extremos rotos del ADN es importante
3′ 3′ hermana
porque los nucleótidos en el sitio de la rotura inicial
cromátidas
a menudo están dañados y no pueden ligarse. La
unión de extremos no homólogos generalmente
procesamiento de
procesamiento de 5′ tiene lugar cuando las células aún no han duplicado
Termina el ADN
termina por nucleasa su ADN.
(B) La reparación de roturas de doble cadena
mediante recombinación homóloga es más difícil de
lograr, pero restaura la secuencia de ADN original.
Por lo general, tiene lugar después de que el ADN se
ha duplicado (cuando hay una plantilla dúplex
terminar uniéndose
homólogo disponible) pero antes de que la célula se haya
recombinación dividido. Los detalles de la vía de recombinación
homóloga se presentan en la siguiente sección (ver
figura 5-48).
Resumen
La información genética se puede almacenar de manera estable en secuencias de ADN solo porque un
gran conjunto de enzimas reparadoras de ADN escanean continuamente el ADN y reemplazan cualquier
nucleótido dañado. La mayoría de los tipos de reparación del ADN dependen de la presencia de una
copia separada de la información genética en cada una de las dos hebras de la doble hélice del ADN.
Por lo tanto, una lesión accidental en una hebra puede cortarse mediante una enzima reparadora y una
hebra corregida resintetizada por referencia a la información en la hebra no dañada.
La mayor parte del daño a las bases del ADN se elimina mediante una de las dos vías
principales de reparación del ADN. En la reparación por escisión de la base, la base
alterada se elimina mediante una enzima ADN glicosilasa, seguida de la escisión del fosfato
de azúcar resultante. En la reparación por escisión de nucleótidos, una pequeña sección de
la hebra de ADN que rodea el daño se elimina de la doble hélice de ADN como
oligonucleótido. En ambos casos, la brecha que queda en la hélice de ADN se llena
mediante la acción secuencial de la ADN polimerasa y la ADN ligasa, utilizando la hebra de
ADN no dañada como plantilla. Algunos tipos de daño del ADN pueden repararse mediante
una estrategia diferente: la reversión química directa del daño, que se lleva a cabo
mediante proteínas reparadoras especializadas. Cuando el daño del ADN es excesivo, se
utiliza una clase especial de ADN polimerasas inexactas, llamadas polimerasas de
translesión, para evitar el daño.
Otros sistemas de reparación críticos, basados en la unión de extremos no homólogos o en la
recombinación homóloga, vuelven a sellar las roturas accidentales de doble hebra que se producen en
la hélice del ADN. En la mayoría de las células, un nivel elevado de daño al ADN provoca un retraso en el
ciclo celular, lo que asegura que el daño al ADN se repare antes de que la célula se divida.
RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA
En las dos secciones anteriores, discutimos los mecanismos que permiten que las secuencias de
ADN en las células se mantengan de generación en generación con muy pocos cambios. En esta
sección, exploramos más a fondo uno de los mecanismos de reparación del ADN, un conjunto
diverso de reacciones conocidas colectivamente comorecombinación homóloga. La característica
clave derecombinación homóloga (también conocido como recombinación general) es un
intercambio de hebras de ADN entre un par de ADN dúplex homólogo
secuencias, es decir, segmentos de doble hélice que son muy similares o idénticos en la
secuencia de nucleótidos. Este intercambio permite que un tramo de ADN dúplex actúe como
plantilla para restaurar la información perdida o dañada en un segundo tramo de ADN dúplex.
Debido a que la plantilla para la reparación no se limita a la hebra complementaria a la que
contiene el daño, la recombinación homóloga puede reparar muchos tipos de daño del ADN. Es,
por ejemplo, la forma principal de reparar con precisión las roturas de doble hebra, como se
presentó en la sección anterior (consulte la Figura 5-45B). Las roturas de doble hebra pueden ser
el resultado de la radiación y las sustancias químicas reactivas, pero la mayoría de las veces
surgen de las horquillas de replicación del ADN que se atascan o rompen independientemente
de cualquier causa externa. La recombinación homóloga corrige con precisión estos accidentes
y, Debido a que ocurren durante casi todas las etapas de la replicación del ADN, este mecanismo
de reparación es esencial para todas las células en proliferación. La recombinación homóloga es
quizás el mecanismo de reparación del ADN más versátil disponible para la célula; la naturaleza
“polivalente” de la reparación recombinacional probablemente explica por qué su mecanismo y
las proteínas que lo llevan a cabo se han conservado en prácticamente todas las células de la
Tierra.
Además, veremos que la recombinación homóloga juega un papel especial en los
organismos que se reproducen sexualmente. Durante la meiosis, un paso clave en la producción
de gametos (espermatozoides y óvulos), cataliza el intercambio ordenado de bits de información
genética entre los cromosomas maternos y paternos correspondientes (homólogos) para crear
nuevas combinaciones de secuencias de ADN en los cromosomas que se transmiten a la
descendencia.
La visión actual de la recombinación homóloga como un mecanismo crítico de reparación del ADN en
todas las células evolucionó lentamente desde su descubrimiento original como un componente clave
en el proceso especializado de meiosis en plantas y animales. El reconocimiento posterior de que la
recombinación homóloga también ocurre en organismos unicelulares hizo que los análisis
tomoleculares fueran mucho más susceptibles. Por lo tanto, la mayor parte de lo que sabemos sobre la
bioquímica de la recombinación genética se derivó originalmente de estudios de bacterias,
especialmente deE. coli y sus virus, así como de experimentos con eucariotas simples como las
levaduras. Para estos organismos con tiempos de generación cortos y genomas relativamente
pequeños, fue posible aislar un gran conjunto de mutantes con defectos en sus procesos de
recombinación. A continuación, se identificó la proteína alterada en cada mutante y, finalmente, se
estudió bioquímicamente. Se han encontrado parientes cercanos de estas proteínas en eucariotas más
complejos, incluidas las moscas., ratones y humanos, y más recientemente, también ha sido posible
analizar directamente la recombinación homóloga en estas especies. Estos estudios revelan que los
procesos fundamentales que catalizan la recombinación homóloga son comunes a todas las células.
El sello distintivo de la recombinación homóloga es que tiene lugar solo entre dúplex de ADN que
tienen extensas regiones de similitud de secuencia (homología). No es sorprendente que el
apareamiento de bases subyazca a este requisito, y dos dúplex de ADN que están
experimentando recombinación homóloga "muestrean" la secuencia de ADN de cada uno al
participar en un apareamiento de bases extenso entre una sola hebra de un dúplex de ADN y la
hebra sencilla complementaria del otro. No es necesario que la combinación sea perfecta, pero
debe ser muy cercana para que la recombinación homóloga tenga éxito.
En su forma más simple, este tipo de interacción de emparejamiento de bases se puede imitar en
un tubo de ensayo permitiendo que una doble hélice de ADN se vuelva a formar a partir de sus hebras
simples separadas. Este proceso, llamadoRenaturalización de ADN o hibridación, ocurre cuando una
colisión aleatoria rara yuxtapone secuencias de nucleótidos complementarias en dos cadenas simples
de ADN coincidentes, lo que permite la formación de un tramo corto de doble hélice entre ellas. Este
paso de nucleación de hélice relativamente lenta es seguido por un paso de "cierre de cremallera" muy
rápido, ya que la región de doble hélice se extiende para maximizar el número de interacciones de
emparejamiento de bases (Figura 5-47).
A
A
B
A A A A A
A
A
B C
B B B B
B B
B HÉLICE RÁPIDO
D A
C NUCLEACION CREMALLERAS
C C C C C C
C
mi B
D D D D D D D
D
C
mi mi mi mi
mi mi mi mi
D
mi
La hibridación de ADN puede crear una región de doble hélice de ADN que consta de Figura 5-47 Hibridación de ADN. Las hélices dobles
de ADN pueden volver a formarse a partir de sus
hebras que se originan a partir de dos moléculas de ADN dúplex diferentes siempre que
hebras separadas en una reacción que depende de
sean complementarias, o casi. Como veremos en breve, la formación de dicha molécula la colisión aleatoria de dos hebras de ADN
híbrida, conocida como heterodúplex, es una característica esencial de la recombinación complementarias. La gran mayoría de tales
homóloga. La hibridación del ADN y la formación de heterodúplex también es la base de colisiones no son productivas, como se muestra a la
muchos de los métodos utilizados para estudiar las células, y analizaremos estos usos en el izquierda, pero algunas dan como resultado una
región corta donde se han formado pares de bases
capítulo 8.
complementarios (nucleación de hélice). Una
Casi todo el ADN de una célula viva tiene la forma estable de doble hélice, por lo que la cremallera rápida conduce a la formación de una
reacción que se muestra en la figura 5-47 rara vez ocurre en vivo. En cambio, como veremos, la doble hélice completa. A través de este proceso de
recombinación homóloga se produce a través de un conjunto de reacciones cuidadosamente prueba y error, una hebra de ADN encontrará su
controladas que permiten que dos dúplex de ADN muestreen las secuencias de cada uno sin socio complementario incluso en medio de millones
de hebras de ADN que no coinciden.
disociarse completamente en hebras simples.
3′
5′
REPARAR LA POLIMERASA SINTETIZA EL ADN (VERDE)
USANDO ADN NO DAÑADO COMO PLANTILLA
5′ 3′
3′ 5′ 5′
3′
5′
LIBERACIÓN DE HILO INVASOR; DOBLE
HÉLICE ROTO RE-FORMADO
5′ 5′
3′ 5′
3′
5′
LA SÍNTESIS DE ADN CONTINÚA USANDO
HILOS DE ADN DAÑADO COMO PLANTILLA
5′
3′
3′
5′
LIGACIÓN DE ADN
5′
3′
3′
5′
La ADN polimerasa utiliza una plantilla prístina para restaurar el ADN dañado. Sin embargo, en
lugar de utilizar la hebra complementaria de la pareja como plantilla, como ocurre en la mayoría
de las rutas de reparación del ADN, la recombinación homóloga explota una hebra
complementaria de un dúplex de ADN separado.
de una manera que estira el dúplex, desestabilizándolo y facilitando la separación de los hilos. La hebra
única invasora puede entonces muestrear la secuencia del dúplex mediante apareamiento de bases
convencional. Este muestreo se produce en bloques de triplete de nucleótidos: si se encuentra una
coincidencia de triplete, se muestrea el triplete adyacente, y así sucesivamente. De esta manera, los
desajustes conducen rápidamente a la disociación y solo un tramo extendido de emparejamiento de
bases (al menos 15 nucleótidos) estabiliza la hebra invasora y conduce al intercambio de hebras.
RecA hidroliza ATP, y los pasos descritos anteriormente requieren que cada monómero de
RecA a lo largo del filamento esté en estado unido a ATP. Sin embargo, la búsqueda en sí misma
no requiere hidrólisis de ATP; en cambio, el proceso se produce por simple colisión molecular, lo
que permite muestrear rápidamente muchas secuencias potenciales. Sin embargo, una vez que
se completa la reacción de intercambio de hebras, es necesaria la hidrólisis de ATP para
desmontar RecA del complejo de moléculas de ADN. En este punto, las ADN polimerasas de
reparación y la ADN ligasa pueden completar el proceso de reparación, como se muestra en la
figura 5-48.
Figura 5-50 Reparación de una horquilla de replicación rota mediante recombinación replicación
homóloga. Cuando una bifurcación de replicación en movimiento encuentra una rotura de tenedor
Nick de ADN
una sola hebra, colapsará, pero puede repararse mediante recombinación homóloga. El
proceso utiliza muchas de las mismas reacciones que se muestran en la Figura 5-48 y sigue 5′
3′
los mismos pasos básicos.Verde Las hebras representan la nueva síntesis de ADN que tiene
lugar después de que se rompe la horquilla de replicación. Esta vía permite que la MOVIMIENTO DE
HORQUILLA DE REPLICACIÓN
bifurcación se mueva más allá del sitio que se cortó en la plantilla original utilizando el
dúplex no dañado como plantilla para sintetizar el ADN. (Adaptado de MM Cox,Proc. Natl
Acad. Sci. Estados Unidos98: 8173–8180, 2001. Con permiso de la Academia Nacional de 5′
Ciencias.) 3′
5′
algunos peligros para la célula, ya que a veces "repara" el daño utilizando la parte 3′
incorrecta del genoma como plantilla. Por ejemplo, a veces un cromosoma humano roto se 5′
3′
"repara" utilizando el homólogo del otro padre en lugar de la cromátida hermana como
plantilla. Debido a que los cromosomas maternos y paternos difieren en la secuencia de DEGRADOS NUCLEAS
ADN en muchas posiciones a lo largo de su longitud, este tipo de reparación puede 5′ FIN DEL HILO ROTO
convertir la secuencia del ADN reparado de la secuencia materna a la paterna o viceversa. 5′
3′
El resultado de este tipo de recombinación errante se conoce como 5′
pérdida de heterocigosidad. Puede tener graves consecuencias si el homólogo utilizado para la 3′
por todo el núcleo en forma inactiva. En respuesta al daño del ADN, convergen
rápidamente en los sitios del daño del ADN, se activan y forman "fábricas de reparación"
donde aparentemente muchas lesiones se juntan y reparan (Figura 5-52).
En el capítulo 20, veremos que tanto una recombinación homóloga excesiva como una escasa
pueden provocar cáncer en los seres humanos, la primera a través de la reparación utilizando la
plantilla "incorrecta" (como se describe anteriormente) y la segunda a través de una mayor tasa de
mutación causada por una reparación ineficaz del ADN. . Claramente, se ha desarrollado un delicado
equilibrio que mantiene este proceso bajo control en el ADN no dañado, al mismo tiempo que le
permite actuar de manera eficiente y rápida sobre las lesiones del ADN tan pronto como surgen.
No es sorprendente que las mutaciones en los componentes que llevan a cabo y
regulan la recombinación homóloga sean responsables de varias formas hereditarias de
cáncer. Dos de ellas, las proteínas Brca1 y Brca2, se descubrieron por primera vez porque
Figura 5-51 Estructura de una porción de la proteína Rad52. Esta estructura en forma de nuez
se compone de 11 subunidades. El ADN de una sola hebra se ha modelado en el surco
profundo que corre a lo largo de la superficie de la proteína. Rad52 ayuda a cargar Rad51 en
el ADN de una sola hebra para formar el filamento de nucleoproteína que lleva a cabo el
intercambio de hebras. Rad52 también actúa más tarde para volver a formar la doble hélice y
completar la reacción de recombinación homóloga. (De
MR Singleton y col., Proc. Natl Acad. Sci. Estados Unidos99: 13492-13497,
2002. Con permiso de la Academia Nacional de Ciencias).
las mutaciones en sus genes conducen a una frecuencia mucho mayor de cáncer de mama. (A)
Debido a que estas mutaciones causan una reparación ineficaz por recombinación homóloga, la
acumulación de daño en el ADN puede, en una pequeña proporción de células, dar lugar a un
cáncer. Brca1 regula un paso temprano en el procesamiento de extremos rotos; sin él, dichos
extremos no se procesan correctamente para la recombinación homóloga y, en cambio, se
reparan de manera inexacta por la vía de unión de extremos no homólogos (véase la figura 5-45).
Brca2 se une a la proteína Rad51, evitando su polimerización en el ADN y, por lo tanto, (B)
manteniéndola en forma inactiva hasta que se necesite. Normalmente, tras el daño del ADN,
Brca2 ayuda a llevar la proteína Rad51 rápidamente a los sitios de daño y, una vez en su lugar, a
liberarla en su ADN monocatenario de forma activa.
Hemos visto que la recombinación homóloga comprende un grupo de reacciones que (C)
incluyen procesamiento de extremos rotos, intercambio de hebras, síntesis limitada de
ADN y ligación, para intercambiar secuencias de ADN entre dos hélices dobles de
secuencia de nucleótidos similar. Habiendo discutido su papel en la reparación precisa del
ADN dañado, ahora pasamos a la recombinación homóloga como un medio para generar
moléculas de ADN que portan nuevas combinaciones de genes como resultado del
intercambio deliberado de material entre diferentes cromosomas. Aunque esto ocurre
ocasionalmente por accidente en las células mitóticas (y a menudo es perjudicial), es una 1 µmetro
roturas de doble hebra. fibroblasto teñido con el tinte DAPI. (B) Sitios de
síntesis de ADN nuevo debido a la reparación del
daño del ADN, indicado por la incorporación de BudR
La recombinación meiótica comienza con una rotura programada de doble (un análogo de timidina) y tinción posterior con
anticuerpos marcados con fluorescencia para BudR(
hebra
verde).
La recombinación homóloga en la meiosis comienza con un trazo audaz: una proteína (C) Localización del complejo Mre11 en el ADN
dañado según lo visualizan los anticuerpos
especializada (llamada Spo11 en la levadura en ciernes) rompe ambas hebras de la doble hélice
contra la subunidad Mre11 (rojo). Mre11 es una
de ADN en uno de los cromosomas recombinantes (Figura 5-54). Como una topoisomerasa, nucleasa que procesa el ADN dañado en
Spo11, después de catalizar esta reacción, permanece unida covalentemente a la preparación para la recombinación homóloga
(véase la figura 5-48). (A), (B) y (C) se procesaron
30 minutos después de la irradiación x. (De BE
Nelms et al.,Ciencias 280: 590–
sitio del gen sitio de 592, 1998. Con permiso de AAAS.)
conversión Transversal
CROMOSOMA
Figura 5-53 El cruce de cromosomas ocurre en la
DUPLICACIÓN
Y MEIOSIS meiosis. La meiosis es el proceso por el cual una
célula diploide con un célula diploide da lugar a cuatro células germinales
par de homólogos
haploides, como se describe en detalle en el
cromosomas
Capítulo 17. La meiosis produce células germinales
en las que la información genética paterna y
materna (rojo y azul) se ha reordenado mediante
la meiosis produce células
haploides con cromosomas cruces de cromosomas. Además, se producen
que se han cruzado y se han muchas regiones cortas de conversión génica, como
sometido a una conversión genética se indica.
5′
3′ emparejado
homólogo
3′ cromosomas
5′
UN CROMOSOMA
CORTE Y EXTREMOS PROCESADOS
5′
3′
3′
5′
MÁS PROCESAMIENTO
DE 5′ TERMINA POR NUCLEASE
5′ 3′ 5′
3′ 5′ 3′
3′
5′
Proteína similar a RecA
cataliza hebra
intercambio
5′
3′
3′
5′
SÍNTESIS DE ADN
5′
3′
3′
5′
VÍAS ALTERNATIVAS
CAPTURA DE LIBERARSE DE
SEGUNDA HILA HILO INVASOR
5′ 5′
3′ 3′
3′ 3′
5′ 5′
ADICIONAL ADICIONAL
SÍNTESIS DE ADN SÍNTESIS DE ADN
5′ 5′
3′ 3′
3′ 3′
5′ 5′
abierto
formulario
rama
migración
ADN (vea la Figura 5-21). Luego, una nucleasa especializada degrada rápidamente los extremos Figura 5-55 Un cruce de Holliday. La estructura
inicialmente formada (A) generalmente se dibuja con
unidos por Spo11, eliminando la proteína junto con el ADN y dejando los extremos de una sola
dos hebras que se cruzan, como en la Figura 5-54. Una
hebra de 3ʹ que sobresalen.
isomerización de la unión de Holliday
En este punto, muchas de las reacciones de recombinación se parecen a las descritas (B) produce una estructura simétrica abierta que
anteriormente para la reparación de roturas de doble cadena; de hecho, algunas de las mismas está unida por proteínas especializadas.
proteínas se utilizan para ambos procesos. Sin embargo, varias proteínas específicas de la (C) Estas proteínas "mueven" las uniones de Holliday
mediante un conjunto coordinado de reacciones de
meiosis las dirigen a realizar sus tareas de manera algo diferente, lo que da como resultado los
migración ramificada (ver Figura 5-57 y
resultados distintivos observados para la meiosis. Otra diferencia importante es que, en la Película 5.8). (D) Estructura del cruce de Holliday
meiosis, la recombinación se produce preferentemente entre homólogos cromosómicos en la forma abierta representada en (B). El cruce
maternos y paternos en lugar de entre los dúplex de ADN idénticos recién replicados que se de Holliday lleva el nombre del científico que
emparejan en la reparación de rotura de doble hebra. En las secciones que siguen, describimos propuso por primera vez su formación.
(Código PDB: 1DCW.)
con más detalle aquellos aspectos de la recombinación homóloga que son especialmente
importantes para la meiosis.
3′
Las uniones de Holliday se forman durante la meiosis punto de ramificación
5′
De especial importancia en la meiosis es un intermedio conocido como Holliday junc- 5′ 3′
ción o intercambio de hebras cruzadas (Figura 5-55). Cada cruce de Holliday puede adoptar
múltiples conformaciones y un conjunto especial de proteínas de recombinación se une a, y 3′ 5′
ATP dirección de
estabiliza así el isómero simétrico abierto. migración de sucursales
Las proteínas especializadas que se unen a las uniones de Holliday pueden catalizar una reacción ADP
5′ 3′
conocida como migración de sucursales (Figura 5-56), por lo que el ADN se envía a través de
la unión de Holliday rompiendo y reformando continuamente pares de bases (Figura 5-57). De
esta manera, las proteínas de la unión de Holiday utilizan la hidrólisis de ATP para expandir la
región del ADN heterodúplex creado inicialmente por la reacción de intercambio de hebras. En la
ATP
meiosis, las regiones heterodúplex a menudo "migran" miles de nucleótidos desde el sitio
original de la ruptura de la doble hebra. Como se muestra en la Figura 5-54, las uniones de ADP 3′
5′
Holliday generalmente ocurren en pares, conocidas como uniones dobles de Holliday.
durante la meiosis. En los seres humanos, aproximadamente el 90% de las roturas de doble mueve el punto de ramificación. Aunque la migración de
ramas puede ocurrir espontáneamente en moléculas de
hebra producidas durante la meiosis se resuelven como no cruzados (ver el lado derecho de la
ADN desnudas, el proceso es ineficaz y la rama se mueve
figura 5-54). Aquí, los dos dúplex de ADN originales se separan entre sí en una forma alterada hacia adelante y hacia atrás al azar. En la célula, la
excepto por una región de heterodúplex que se formó cerca del sitio de la ruptura de la doble migración de las ramas se lleva a cabo utilizando proteínas
hebra original. Este conjunto de reacciones se asemeja al descrito anteriormente para la especializadas e hidrólisis de ATP para garantizar que,
como se muestra, la rama se mueva rápidamente y en una
reparación de roturas de doble hebra (véase la figura 5-48).
dirección. Como se muestra en la Figura 5-57, las
El otro resultado es más profundo: se forma una doble unión de Holliday y es escindida por
migraciones de ramas a menudo ocurren en las uniones
enzimas especializadas para crear una Transversal (vea el lado izquierdo de la Figura 5-54). Las de Holliday, donde se acoplan dos reacciones de migración
dos porciones originales de cada cromosoma corriente arriba y corriente abajo de ramas.
EL ADN SE MUEVE
heterodúplex heterodúplex
Figura 5-58 Se formaron heterodúplex durante la meiosis. El ADN heterodúplex está presente en sitios de
recombinación que se resuelven como cruces o no cruzados. Debido a que las secuencias de ADN de los
cromosomas maternos y paternos difieren en muchas posiciones a lo largo de sus longitudes, los heterodúplex a
menudo contienen una pequeña cantidad de desajustes de pares de bases.
Figura 5-59 Conversión genética causada por la corrección de desajustes. En este heterodúplex generado durante
la meiosis cubre el sitio en el gen
proceso, el ADN heterodúplex se forma en los sitios de recombinación homóloga
X donde rojo y
entre los cromosomas maternos y paternos. Si las secuencias de ADN materno y
los alelos azules difieren
paterno son levemente diferentes, la región del heterodúplex incluirá algunos pares
de bases que no coinciden, que luego pueden corregirse mediante la maquinaria de
reparación de las mismas (figura 5-19). Tal reparación puede "borrar" secuencias de
nucleótidos en la hebra paterna o materna. La consecuencia de esta reparación de REPARACIÓN INCORRECTA
SÍNTESIS DE ADN
LLENA BOCA, CREANDO
La recombinación homóloga a menudo da como resultado la conversión de genes UNA COPIA
ADICIONAL DEL ALELO
En los organismos que se reproducen sexualmente, es una ley fundamental de la genética ROJO DEL GEN X
que, además del ADN mitocondrial, que se hereda solo a través de la madre, cada padre
hace una contribución genética igual a la descendencia. Un conjunto completo de genes gen X
nucleares se hereda del padre y un conjunto completo se hereda de la madre. La base de
esta ley es la distribución precisa de los cromosomas a las células germinales (óvulos y
espermatozoides) que tiene lugar durante la meiosis. Así, cuando una célula diploide de un
padre sufre meiosis para producir cuatro células germinales haploides, exactamente la
mitad de los genes distribuidos entre estas cuatro células deben ser maternos (genes
heredados de la madre de este padre) y la otra mitad paternos (genes heredados del padre
de este padre). padre). En algunos organismos (hongos, por ejemplo), es posible recuperar
y analizar los cuatro gametos haploides producidos a partir de una bymeiosis de una sola
célula. Los estudios en tales organismos han revelado casos raros en los que la parcelación
de genes viola las reglas genéticas estándar. Ocasionalmente, por ejemplo, la meiosis
produce tres copias de la versión materna de un gen y solo una copia del alelo paterno. Las
versiones alternativas del mismo gen se denominan
alelos, y es la divergencia de su distribución esperada durante la meiosis lo que se conoce como
conversión genética. Los estudios genéticos muestran que solo pequeñas secciones de ADN
generalmente se someten a conversión genética y, en muchos casos, solo se cambia una parte
de un gen.
Varias vías en la célula pueden conducir a la conversión de genes, pero una de las más
importantes surge de una consecuencia particular de la recombinación durante la meiosis.
Hemos visto que tanto los cruces como los no cruzados producen regiones heterodúplex de
ADN. Si las dos cadenas que componen una región heterodúplex no tienen secuencias de
nucleótidos idénticas, se forman pares de bases que no coinciden, y estos a menudo se reparan
mediante el sistema de reparación de la falta de coincidencia de la célula (véase la figura 5-19).
Sin embargo, el sistema de reparación de desajustes no puede distinguir entre las hebras
paterna y materna y elegirá aleatoriamente la hebra que se utilizará como plantilla. Como
consecuencia, un alelo se perderá y el otro se duplicará (Figura 5-59), lo que resulta en una
"conversión" neta de un alelo al otro. Así, la conversión de genes, originalmente considerada
como una misteriosa desviación de las reglas de la genética, puede verse como una
consecuencia directa de los mecanismos de recombinación homóloga.
Resumen
La recombinación homóloga describe un conjunto flexible de reacciones que dan como
resultado el intercambio de secuencias de ADN entre un par de moléculas de ADN dúplex
idénticas o casi idénticas. En todas las células, este proceso es esencial para la reparación
sin errores del daño cromosómico, en particular las roturas de doble hebra y las horquillas
de replicación rotas o estancadas. La recombinación homóloga también es responsable del
cruce de cromosomas que ocurre durante la meiosis. La recombinación homóloga tiene
lugar a través de una variedad de vías, pero tienen en común un paso de intercambio de
hebras en el que una sola hebra de un dúplex de ADN invade un segundo dúplex y se
empareja con una hebra mientras desplaza a la otra. Esta reacción, catalizada por la familia
de proteínas RecA / Rad51, sólo puede ocurrir si la hebra invasora puede formar un tramo
corto de pares de nucleótidos consecutivos con una de las hebras del dúplex. Este requisito
asegura que la recombinación homóloga se produzca solo entre secuencias de ADN
idénticas o muy similares.
Los transposones que solo contienen ADN pueden moverse mediante un mecanismo de
cortar y pegar
Transposones de solo ADN, llamados así porque existen solo como ADN durante su movimiento,
predominan en las bacterias y son en gran parte responsables de la propagación de la resistencia a los
antibióticos en las cepas bacterianas. Cuando los antibióticos como la penicilina y la estreptomicina
estuvieron disponibles por primera vez en la década de 1950, la mayoría de las bacterias que causaban
enfermedades humanas eran susceptibles a ellos. Ahora, la situación es diferente: los antibióticos como
la penicilina (y sus derivados modernos) ya no son efectivos contra muchas cepas bacterianas
modernas, incluidas las que causan gonorrea y neumonía bacteriana. La propagación de la resistencia a
los antibióticos se debe en gran medida a los genes.
Repeticiones cortas invertidas en cada extremo Transposasa Se mueve como ADN, ya sea Elemento P (Drosophila), Ac-
mediante cortar y pegar o Ds (maíz), Tn3 y Tn10
vías replicativas (E. coli), Tam3 (boca de dragón)
Repeticiones de terminales largas (LTR) Transcriptasa inversa e Se mueve a través de un Copia (Drosophila),
repetidas directamente en cada extremo integrasa intermedio de ARN cuyo Ty1 (levadura), THE1 (humano),
la producción es impulsada Bs1 (maíz)
por un promotor en la LTR
Retrotransposones no retrovirales
AAAA
TTTT
Poli A en el extremo 3ʹ de la transcripción de ARN; Transcriptasa inversa y Se mueve a través de un Elemento F (Drosophila),
5ʹ el final suele estar truncado endonucleasa intermedio de ARN que es L1 (humano), Cin4 (maíz)
a menudo sintetizado a
partir de un promotor vecino
Estos elementos varían en longitud desde 1000 hasta aproximadamente 12,000 pares de nucleótidos. Cada familia contiene muchos miembros, solo algunos de los cuales se enumeran aquí.
Algunos virus también pueden entrar y salir de los cromosomas de la célula huésped mediante mecanismos de transposición. Estos virus están relacionados con las dos primeras clases de
transposones.
INTEGRACIÓN
DE COPIA DE ADN
EN EL ANFITRIÓN
ADN
TRANSCRIPCIÓN
ARN
muchos
ARN ARN
sobre copias
marcha atrás
transcriptasa
TRADUCCIÓN
cápside
la transcriptasa inversa
Figura 5-62 El ciclo de vida de un retrovirus. El genoma del retrovirus consta de una molécula de ARN. (azul) que normalmente tiene una longitud de entre 7.000 y 12.000
nucleótidos. Está empaquetado dentro de una cápside de proteína, que está rodeada por una envoltura a base de lípidos que contiene proteínas de envoltura codificadas por virus.(
verde). Dentro de una célula infectada, la enzima transcriptasa inversa. (circulo rojo) primero hace una copia de ADN de la molécula de ARN viral y luego una segunda cadena de
ADN, generando una copia de ADN de doble cadena del genoma de ARN. La integración de esta doble hélice de ADN en el cromosoma del huésped es luego catalizada por una
enzima integrasa codificada por el virus. Esta integración es necesaria para la síntesis de nuevas moléculas de ARN viral por parte de la ARN polimerasa de la célula huésped, la
enzima que transcribe el ADN en ARN (que se analiza en el capítulo 6).
TRANSCRIPCIÓN
pirateando enzimas codificadas por otros transposones. Juntos, los LINE y SINE constituyen
5′
más del 30% del genoma humano (ver Figura 4-62); existen AA
TTTA
500.000 copias del primero y más de un millón del segundo. 5′
3′
Las secuencias del genoma revelan los tiempos aproximados en los que
se han movido los elementos transponibles
La secuencia de nucleótidos del genoma humano proporciona un rico registro fósil de la
actividad de los transposones a lo largo de períodos de tiempo evolutivos. Al comparar
cuidadosamente las secuencias de nucleótidos de los aproximadamente 3 millones de
remanentes de elementos transponibles en el genoma humano, ha sido posible reconstruir
ampliamente los movimientos de los transposones en los genomas de nuestros ancestros
durante los últimos cientos de millones de años. Por ejemplo, los transposones de solo ADN
parecen haber estado muy activos mucho antes de la divergencia de los humanos y los monos
del Viejo Mundo (hace 25-35 millones de años), pero debido a que gradualmente acumularon
mutaciones inactivadoras, han estado inactivos en el linaje humano desde ese momento. . Del
mismo modo, aunque nuestro genoma está plagado de reliquias de retrotransposones de tipo
retrovírico, ninguno parece estar activo en la actualidad. Se cree que solo una sola familia de
retrotransposones retrovirales se ha transpuesto en el genoma humano desde la divergencia
entre humanos y chimpancés hace aproximadamente 6 millones de años. Los retrotransposones
no retrovirales también son antiguos, pero a diferencia de otros tipos, algunos todavía se
mueven en nuestro genoma, como se mencionó anteriormente. Por ejemplo, se estima quede
novo movimiento de un Alu El elemento se ve una vez de cada 100 a 200 nacimientos humanos.
El movimiento de los retrotransposones no retrovirales es responsable de una pequeña pero
significativa fracción de nuevas mutaciones humanas, quizás dos mutaciones de cada mil.
La situación actual es significativamente diferente. Aunque los genomas del ratón y el humano
contienen aproximadamente la misma densidad de los tres tipos de transposones, ambos tipos de
retrotransposones todavía se están transponiendo activamente en el genoma del ratón y son
responsables de aproximadamente el 10% de las nuevas mutaciones.
Aunque solo estamos comenzando a comprender cómo los movimientos de los
transposones han dado forma a los genomas de los mamíferos actuales, se ha propuesto que los
estallidos en la actividad de transposición podrían haber sido responsables de eventos críticos de
especiación durante la radiación de los linajes de mamíferos de un ancestro común. , un proceso
que comenzó hace aproximadamente 170 millones de años. En la actualidad, solo podemos
preguntarnos cómo muchas de nuestras cualidades exclusivamente humanas surgieron de la
actividad pasada de los muchos elementos genéticos móviles cuyos restos se encuentran hoy
dispersos por nuestros cromosomas.
B A
INTEGRACIÓN A B
(A)
X Y EXCISIÓN X Y
A B B A
(B)
INVERSIÓN
A B
Figura 5-64 Dos tipos de reordenamiento de ADN producidos por recombinación conservadora específica de
sitio. La única diferencia entre las reacciones en (A) y (B) es la orientación relativa de los dos sitios cortos de
ADN (indicada por flechas) en el que se produce un evento de recombinación específico del sitio.
(A) A través de una reacción de integración, una molécula de ADN circular puede incorporarse a una segunda
molécula de ADN; por la reacción inversa (escisión), puede salir para volver a formar el círculo de ADN original.
Muchos virus bacterianos entran y salen de los cromosomas del huésped de esta manera.
(B) La recombinación conservadora específica de sitio también puede invertir un segmento específico de ADN en un
cromosoma. Un ejemplo bien estudiado de inversión del ADN a través de la recombinación específica de un sitio ocurre
en la bacteria.Salmonella typhimurium, un organismo que es una de las principales causas de intoxicación alimentaria
en humanos; Como se describe en la siguiente sección, la inversión de un segmento de ADN cambia el tipo de flagelo
que produce la bacteria.
Muchas bacterias utilizan la recombinación conservadora específica del sitio para controlar
la expresión de genes particulares. Un ejemplo bien estudiado ocurre enSalmonela
bacterias y se conoce como variación de fase. El cambio en la expresión génica resulta de
la inversión ocasional de un fragmento de ADN específico de 1000 pares de nucleótidos,
provocado por una recombinasa conservadora específica de sitio codificada en elSalmonela
genoma. Este cambio altera la expresión de la proteína de la superficie celular flagelina,
para la cual la bacteria tiene dos genes diferentes (Figura 5-65). La inversión del ADN
cambia la orientación de un promotor (una secuencia de ADN que dirige la transcripción
de un gen) que se encuentra dentro del segmento de ADN invertido. Con el promotor en
una orientación, las bacterias sintetizan un tipo de flagelina; con el promotor en la otra
orientación, sintetizan el otro tipo. La reacción de recombinación es reversible, lo que
permite que las poblaciones bacterianas cambien de un lado a otro entre los dos tipos de
flagelina. Las inversiones ocurren solo en raras ocasiones, y debido a que tales cambios en
el genoma se copiarán fielmente durante todos los ciclos de replicación subsiguientes, los
clones completos de bacterias tendrán un tipo de flagelina u otro.
La variación de fase ayuda a proteger la población bacteriana contra la respuesta
inmune de su huésped vertebrado. Si el huésped produce anticuerpos contra un tipo de
flagelina, algunas bacterias cuyas flagelinas hayan sido alteradas por inversión genética
aún podrán sobrevivir y multiplicarse.
Al igual que muchos de los mecanismos utilizados por las células y los virus, los científicos han
puesto en práctica la recombinación de sitios específicos para estudiar una amplia variedad de
problemas. Para descifrar las funciones de genes y proteínas específicos en organismos
multicelulares complejos, se utilizan técnicas de ingeniería genética para producir gusanos,
moscas y ratones que portan un gen que codifica una enzima de recombinación específica de un
sitio más un ADN diana cuidadosamente diseñado con los sitios de ADN que reconoce esta
enzima. En un momento apropiado, el gen que codifica la enzima se puede activar para
reorganizar la secuencia de ADN diana. Tal reordenamiento se usa ampliamente para eliminar
un gen específico en un tejido particular de un organismo multicelular (Figura 5-66). Es
particularmente útil cuando el gen de interés juega un papel clave en el desarrollo temprano de
muchos tejidos, y una eliminación completa del gen de la línea germinal causaría la muerte.
GEN EN
Sitio LoxP Sitio LoxP
ARNm
GEN DESACTIVADO
Sitio LoxP Sitio LoxP
promotor específico de tejido
ARNm
(p. ej., promotor activo solo en hígado)
proteína de interés
Figura 5-66 Cómo se usa una enzima de recombinación conservadora específica de sitio de bacterias para
eliminar genes específicos de tejidos de ratón particulares. Este enfoque requiere la inserción de dos moléculas
de ADN especialmente diseñadas en la línea germinal del animal. El primero contiene el gen de una
recombinasa (en este caso, la Cre recombinasa del bacteriófago P1) bajo el control de un promotor específico
de tejido, lo que asegura que la recombinasa se exprese solo en ese tejido. La segunda molécula de ADN
contiene el gen de interés flanqueado por sitios de reconocimiento (en este caso, sitios LoxP) para la
recombinasa. El ratón está diseñado para que sea la única copia de este gen. Por lo tanto, si la recombinasa se
expresa solo en el hígado, el gen de interés se eliminará allí,
y solo ahí. La reacción que elimina el gen es la misma que se muestra en la figura 5-64A. Como se describe en el
Capítulo 7, se conocen muchos promotores específicos de tejido; además, muchos de estos promotores están activos
LO QUE NO SABEMOS W
solo en momentos específicos del desarrollo. De esta forma, es posible estudiar el efecto de eliminar genes
específicos en diferentes momentos durante el desarrollo de cada tejido.
de transposición o conservadores. En la mayoría de los casos, este movimiento es aleatorio y ocurre con
una frecuencia muy baja. Los elementos genéticos móviles incluyen transposones, que se mueven
• Las células tienen solo una forma fundamental
dentro de una sola célula (y sus descendientes), además de aquellos virus cuyos genomas pueden
de replicar el ADN, pero muchas formas
integrarse en los genomas de sus células huésped.
diferentes de repararlo. ¿Existen todavía otras
Hay tres clases de transposones: los transposones de solo ADN, los retrotransposones de
formas no descubiertas que tienen las células
tipo retrovírico y los retrotransposones no retrovirales. Todos menos el último tienen parientes para reparar el ADN?
cercanos entre los virus. Aunque los virus y los elementos transponibles pueden verse como
parásitos, muchos de los nuevos arreglos de secuencias de ADN que producen sus eventos de • ¿Los muchos transposones "muertos" en
recombinación específicos del sitio han jugado un papel importante en la creación de la variación el genoma humano proporcionan algún
genética crucial para la evolución de células y organismos. beneficio a los humanos?
PROBLEMAS Los cebadores de ARN que fabrica se reemplazan con ADN elaborado
por una polimerasa con mayor fidelidad. Esto es un desperdicio. Sería
más eficiente energéticamente si una ADN polimerasa hiciera una
¿Qué afirmaciones son verdaderas? Explica por qué o por qué no.
copia precisa en primer lugar ".
5–1 Las diferentes células de su cuerpo rara vez tienen
genomas con la secuencia de nucleótidos idéntica. 5-9 Si la ADN polimerasa requiere un cebador perfectamente
emparejado para agregar el siguiente nucleótido, ¿cómo es posible que los
5-2 En E. coli, donde la horquilla de replicación viaja a 500 nucleótidos mal emparejados "escapen" de este requisito y se conviertan
pares de nucleótidos por segundo, el ADN por delante de la en sustratos para las enzimas reparadoras de desajustes?
horquilla, en ausencia de topoisomerasa, tendría que rotar a casi
3000 revoluciones por minuto. 5-10 El laboratorio al que se unió está estudiando el ciclo de
vida de un virus animal que utiliza ADN circular de doble
5-3 En una burbuja de replicación, la misma hebra de ADN hebra como genoma. Su proyecto es definir la ubicación del
parental sirve como hebra molde para la síntesis de la hebra principal (los) origen (s) de la replicación y determinar si la replicación
en una bifurcación de replicación y como plantilla para la síntesis de procede en una o ambas direcciones lejos de un origen
hebra retrasada en la otra bifurcación. (replicación unidireccional o bidireccional). Para lograr su
objetivo, rompió las células infectadas con el virus, aisló los
5-4 Cuando las bifurcaciones de replicación bidireccional de orígenes
genomas virales en replicación, los escindió con una nucleasa
adyacentes se encuentran, una hebra principal siempre se encuentra con una
de restricción que corta el genoma en un solo sitio para
hebra retrasada.
producir una molécula lineal a partir del círculo y examinó las
5-5 Todos los mecanismos de reparación del ADN dependen de moléculas resultantes en el electrón. microscopio. Algunas de
la existencia de dos copias de la información genética, una en cada las moléculas que observó se ilustran esquemáticamente en
uno de los dos cromosomas homólogos. Figura Q5-1. (Tenga en cuenta que es imposible distinguir la
orientación de una molécula de ADN en relación con otra en
el microscopio electrónico).
Analice los siguientes problemas.
Debe presentar sus conclusiones al resto del
5-6 Para determinar la reproducibilidad de las mediciones laboratorio mañana. ¿Cómo responderá a las dos preguntas
de la frecuencia de mutación, realice el siguiente experimento. que le planteó su asesor? ¿Existe un origen de replicación
Inocula cada uno de los 10 cultivos con un soloE. coli bacteria, único y único o varios orígenes? ¿La replicación es
deje que los cultivos crezcan hasta que cada uno contenga 106 unidireccional o bidireccional?
células, y luego mida la cantidad de células en cada cultivo que llevan
una mutación en su gen de interés. Los resultados iniciales le molécula original
Experimentar 1 2 345 6 7 8 9 10
Formas "H"
1 4 0 257 1 2 32 0 0 2 1
Figura Q5-1 De los padres
2 128 0 1 4 0 0 66 5 0 2 y formas de replicación de
un virus animal (problema
5-10).
5-7 Las enzimas de reparación de ADN reparan
preferentemente las bases no emparejadas en la cadena de ADN
5-11 Está investigando la síntesis de ADN en células de cultivo de
recién sintetizada, utilizando la cadena de ADN antigua como
tejidos, utilizando 3H-timidina para marcar radiactivamente las
plantilla. Si, en cambio, los desajustes se repararan sin tener en
horquillas de replicación. Al romper las células de manera que se
cuenta qué hebra sirvió como plantilla, ¿la reparación de
puedan estirar algunas de las hebras de ADN, las hebras de ADN muy
desajustes reduciría los errores de replicación? ¿Un sistema de
largas se pueden aislar intactas y examinarlas. Se superpone el ADN
reparación de desajustes produciría menos mutaciones, más
con una emulsión fotográfica y se expone durante 3 a 6 meses, un
mutaciones o el mismo número de mutaciones que sin ninguna
procedimiento conocido como autorradiografía. Debido a que la
reparación? ? Explique sus respuestas.
emulsión es sensible a las emisiones radiactivas, la3El ADN marcado
5-8 Discuta la siguiente afirmación: “Primase es una enzima con H aparece como huellas de granos de plata. Porque el
descuidada que comete muchos errores. Eventualmente, el estiramiento colapsa la replicación
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