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MOLECULAR APLICADA AL DIAGNOSTICO DE
ENFERMEDADES INFECCIOSAS Y DIAGNOSTICO GENETICO
FLUJO DE TRABAJO EN DX MOLECULAR
COMPRENDEREMOS………..
1.‐ TOMA DE MUESTRAS
2.‐ EXTRACCION DE ADN ‐ ARN
3.‐ AMPLIFICACION DE ADN ‐ PCR (Reacción en Cadena de la
Polimerasa)
PCR PUNTO FINAL y PCR TIEMPO REAL
3.‐ ELECTROFORESIS CAPILAR
Análisis de fragmentos de ADN y Secuenciación de ADN
TOMA DE MUESTRAS
OPCIONES DE MUESTRAS COMO FUENTE DE
ADN
Sangre líquida con EDTA
• Sobre EDTA
• No usar HEPARINA
• Volumen de 2 a 5 ml
• Transporte en cadena de frio: 4 °C
Sangre seca sobre tarjeta FTA o papel filtro
• No requiere anticoagulante
• Cantidad 4 a 5 gotas de sangre
• Transporte a temperatura ambiente
Hisopado Bucales
• No requiere conservantes
• Es importante secar la muestra para evitar proliferación bacteriana
• Cantidad 2 hisopos por persona
• Hisopos de algodón y poliéster (video)
• Transporte a temperatura ambiente
TEJIDOS
• No requiere conservantes
• Es importante la refrigeración si es fresco como una biopsia
• Cantidad 0,5 a 2 g
• Podria ser tejido en bloques de parafina
• Transporte en cadena de frio
EXTRACCION DE ADN Y ARN PARA SU
ESTUDIO EN BIOLOGIA MOLECULAR
COMPRENDEREMOS………..
1.‐ TOMA DE MUESTRAS
2.‐ EXTRACCION DE ADN ‐ ARN
3.‐ AMPLIFICACION DE ADN ‐ PCR (Reacción en Cadena de la
Polimerasa)
PCR PUNTO FINAL y PCR TIEMPO REAL
3.‐ ELECTROFORESIS CAPILAR
Análisis de fragmentos de ADN y Secuenciación de ADN
EXTRACCION DE ADN?....
Sangre
Semen
Saliva
Orina
Pelo
Diente
Hueso
Tejido
APLICACIONES DE LA EXTRACCION DEL ADN
PCR (polymerase chain reaction)
RFLP (restriction fragment length polymorphism)
Southern Blotting
Secuenciación de ADN
RUPTURA DE LA MEMBRANA
PROTOCOLOS
• Extraer
• Purificar
Muestra pequeña
Buen resultado del análisis Muestra degradada
Muestra contaminada
INDICIOS MINIMOS……………….
TIPOS DE PROTOCOLOS DE EXTRACCION
2.‐ FLUOROMETRIA
3.‐ POR PCR EN TIEMPO REAL
EXTRACCION DE ADN ROBOTIZADA
AutoMate Express™
Forensic DNA
Extraction System
Microlab STAR y NIMBUS Line
Microlab Nimbus ICL Forense
Métodos en columna
1.‐ TOMA DE MUESTRAS
2.‐ EXTRACCION DE ADN ‐ ARN
3.‐ AMPLIFICACION DE ADN ‐ PCR (Reacción en Cadena de la
Polimerasa)
PCR PUNTO FINAL y PCR TIEMPO REAL
3.‐ ELECTROFORESIS CAPILAR
Análisis de fragmentos de ADN y Secuenciación de ADN
QUE ES LA PCR
Historia
• 1985 – se crea la técnica
molecular conocida como
“PCR”
• Kary B. Mullis, Coorporacion
CETUS
– Premio Nobel en Química
1993
PCR: reacción para amplificar un segmento específico de ADN
COMPONENTES DE LA PCR
Estabilizadores Tampon
ADN MOLDE
Nucleotidos
dNTPs
LA PCR
Componentes del sistema de PCR: ADN molde
El ADN molde puede ser de cadena sencilla o doble, circular o lineal. En
caso de desear amplificar una secuencia de ARN se debe utilizar
primeramente una transcriptasa reversa.
La cantidad de ADN molde a utilizar depende de la muestra de partida.
Demasiada cantidad de ADN puede inhibir la reacción de PCR.
Componentes del sistema de PCR: cebadores
Las ADN polimerasas termoestables presentan las siguientes
características:
Polimerizan en dirección 5’→ 3’.
Necesitan de un extremo 3’‐OH libre para comenzar la
polimerización.
Incorporan dNTPs por complementariedad en una cadena
que sirve de molde.
Necesitan la presencia de Mg para funcionar.
Son capaces de resistir altas temperaturas por períodos
considerables.
Componentes del sistema de PCR: polimerasa
termoestable
Existe una variedad de enzimas con características diferentes, según
la finalidad de la PCR a realizar.
ADN polimerasa Vida media A) B) C)
(95ºC)
Taq (Thermus aquaticus) 40 + ‐ ‐
A) Actividad exonucleasa 5’ → 3’.
B) Actividad exonucleasa 3’ → 5’.
C) Actividad de transcriptasa inversa.
Componentes del sistema de PCR: solución
buffer y MgCl
Se utiliza un buffer Tris‐HCl, de pH 8,4 (tº amb).
La concentración de MgCl influye directamente en la actividad
de la polimerasa, y es uno de los parámetros a ajustar:
Si la concentración de Mg2+ es deficiente, ↓ la eficiencia de la
enzima.
Si la concentración de Mg2+ es excesiva, ↑ la polimerización
inespecífica.
Conc de ADN molde de partida.
La concentración ideal de MgCl Conc. y longitud de cebadores.
varía entre 0,5‐5mM,
dependiendo de: Long. del amplicón.
Conc. de dNTPs.
Componentes del sistema de PCR: dNTPs
Generalmente se utilizan concentraciones equimolares de los
4 dNTPs (dATP, dCTP, dGTP, dTTP) en concentraciones que
varían entre 200 – 250 μM de c/u.
Concentraciones mayores a 4mM inhiben la PCR por
quelación de Mg2+.
Protocolo típico de una reacción de PCR.
5’ 3’
-T A C G
-A T G C A T G C A T G C * *
Cortos primers de ADN específicos hibridizan con la cadena que
tiene que ser copiada
Reacción en cadena de la
polimerasa ‐ PCR
Síntesis por DNA polimerasa
5’ 3’
-T A C G T
-A T G C A T G C A T G C *
*
Reacción en cadena de la
polimerasa ‐ PCR
Síntesis por DNA polimerasa
5’ 3’
-T A C G T A
-A T G C A T G C A T G C *
*
Reacción en cadena de la
polimerasa ‐ PCR
Síntesis por DNA polimerasa
5’ 3’
-T A C G T A C
-A T G C A T G C A T G C * *
Reacción en cadena de la
polimerasa ‐ PCR
Síntesis por DNA polimerasa
5’ 3’
-T A C G T A C G
-A T G C A T G C A T G C * *
Reacción en cadena de la
polimerasa ‐ PCR
Síntesis por DNA polimerasa
5’ 3’
-T A C G T A C G T
-A T G C A T G C A T G C * *
PRINCIPIO DE LA TECNICA DE LA PCR
1989 Kary Mullis – Premio Novel de Química 1993
1. 90 a 95 °C ADN molde
DESNATURALIZACION
90 Desnaturalización 94º C
1 min
80
Primers
70
60 Extensión 72º C
1 min
50 35 ciclos
40 Hibridación 56º C
30 1 min
20
Polimerasa
dNTP
Detección
VERITTI
AMPLIFICACION EXPONENCIAL
AMPLIFICACION EXPONENCIAL
SECUENCIA
CONCENSO MENOR
Procesamiento
Protocolo general
1º ciclo 5’/94ºC
2º‐34º ciclo 1’/94ºC 2’/50ºC 3’/72ºC
último ciclo 60’/72ºC
Aplicaciones de la PCR
• Diagnosis de enfermedades
• Establecimiento de la huella genética
• Aislamiento de genes
• Secuenciación
• Mutagénesis
• Amplificación de RNA: RT‐PCR (trascriptasa inversa)
• Amplificación de secuencias adyacentes: PCR inversa
• PCR en tiempo real
Pérdida de eficiencia de PCR
Fase de
Fase lag meseta Factores que llevan a la
pérdida de eficiencia de PCR
luego de varios ciclos:
[ADN]
Disminución de actividad
de la polimerasa.
Disminución de la
disponibilidad de dNTPs y
cebadores.
Disminución de la
Nº de ciclo disponibilidad de Mg2+,
para el funcionamiento de
Fase la enzima.
exponencial
Tipos de PCR.
• PCR‐semicuantitativa
• PCR‐cuantitativa (PCR‐en tiempo
real)
• RT‐PCR
• PCR‐multiplex.
• PCR‐anidada.
• PCR‐alelo específica.
PCR cuantitativa: PCR en Tiempo Real
Permite cuantificar el producto obtenido a partir de cada
muestra mientras se lleva a cabo la amplificación.
El equipo se compone de un termociclador y un lector de
fluorescencia, adosados a un equipo de recolección de datos
(ordenador).
Para la cuantificación se
establece un valor de corte
(valor umbral) de fluorescencia
emitida por las muestras. Una
muestra con mayor
concentración inicial de ADN
blanco necesitará menos ciclos
para alcanzar dicho valor
umbral.
RT‐PCR
Se parte de una muestra de ARN.
Se realiza primero una transcripción reversa, para obtener
DNA copia y luego se realiza la reacción de PCR.
PCR multiplex
Permite amplificar distintos blancos a la vez en una muestra.
Se utilizan 2, 3 o más pares de cebadores.
PCR anidada
Consiste en amplificar un blanco con un par de cebadores, y en una reacción
posterior amplificar una fracción interna del fragmento previamente
amplificado.
Aumenta la especificidad de amplificación.
PCR alelo específica
Se diseñan cebadores que hibridan específicamente con el alelo wild type o
con el mutado.
Permite la identificación de individuos que presenten dos alelos normales,
de portadores de mutación, y de individuos con dos alelos mutados.
VENTAJAS
FIDELIDAD
SENSIBILIDAD
ESPECIFICIDAD
AUTOMATIZACIÓN
APLICACIONES
Enfermedades hereditarias
Enfermedades autoinmunes
OncologÍa
Medicina forense
Arqueología
Organización del laboratorio de biología molecular
ÁREA DE PREPARACIÓN DE MUESTRAS
ÁREA DE AMPLIFICACIÓN
ÁREA DE DETECCIÓN DE PRODUCTOS
LIMITACIONES DE LA PCR CONVENCIONAL
Intensas optimizaciones
Baja sensibilidad
Baja resolución
No automatizado
Vista linear Vista log
100 1000
90 platô
80
70
60 100
50
linear
40
30 10
20
exponencial
10
0 1
1 10 20 30 40 1 10 20 30 40
ciclos ciclos
Marcadores de DNA específico
ej. SYBR Green I
R
R = FAM
T T
VIC T
TET
R Q Q = donador
T A G C C T G A C G A GT A C G A C C T T A G C C T G A C G A G
A T C G G A C T G C T CA T G C T G G A A T C G G A C T G C T C A T G C T G G A A T C G G A C T G C T C
Taq Polimerase:
una enzima, con dos atividades
•5´-3´DNA Polimerase
•5´-3´Exonuclease (atividad TaqMan )
Curvas de Amplificación
COMPRENDEREMOS………..
1.‐ TOMA DE MUESTRAS
2.‐ EXTRACCION DE ADN ‐ ARN
3.‐ AMPLIFICACION DE ADN ‐ PCR (Reacción en Cadena de la
Polimerasa)
PCR PUNTO FINAL y PCR TIEMPO REAL
3.‐ ELECTROFORESIS CAPILAR
Análisis de fragmentos de ADN y Secuenciación de ADN
ELECTROFORESIS CAPILAR
DIAGNOSTICO
MOLECULAR
DIAGNOSTICO MOLECULAR
‐ Detección de algún componente o molécula
del patógeno: DNA, RNA o Proteína.
‐ Se considera como diagnóstico directo.
‐ Actualmente son los sistemas de diagnóstico
con mayor especificidad, mayor sensibilidad,
y mayor rapidez.
DIAGNOSTICO DE ENFERMEDADES GENETICAS
•Cromosoma 21: Síndrome de Down (trisomía)
•Cromosoma 18: Síndrome de Edwards (trisomía)
•Cromosoma 13: Síndrome de Patau (trisomía)
•Cromosomas sexuales X e Y:
• Síndrome de Turner: X0 (monosomía)
• Síndrome de Klinefelter: XXY
• Otras aneuploidías: XXX; XYY
Muestras: Sangre, líquido amniotico y vellosidades corionicas
Resultados en 7 días
PROCEDIMIENTO
EXTRACCION
DE ADN
Amplificación Electroforesis
capilar
Toma de
muestras
RESULTADO POR ELECTROFORESIS CAPILAR
DIAGNOSTICO DE ENFERMEDADES INFECCIOSAS
DIAGNOSTICO DE ENFERMEDADES INFECCIOSAS
Problemas / Desventajas :
- Algunos parásitos son morfológicamente indistinguibles entre sí
- escondidos entre los tejidos
- baja sensibilidad
- patógenos difíciles de cultivar,
- contaminación de los cultivos con hongos
- toma mayor tiempo para que crezcan los patógenos en cultivo.
II. Detección indirecta por presencia de anticuerpos
Problemas / Desventaja
‐ no discrimina infección presente o pasada
‐ reacciones cruzadas (por determinantes
antigénicos compartidos por diferentes
microorganismos)
Tuberculosis (Tb)
• Para el diagnóstico de la Tuberculosis se utiliza:
La baciloscopía o tinción de bacilos ácido‐alcohol resistentes (BAAR) en
frotis de la muestra
Para confirmar la enfermedad activa, el aislamiento por cultivo de las
micobacterias presentes en el esputo del paciente.
• Sin embargo, estas pruebas tienen limitaciones en especificidad, sensibilidad y
plazos de tiempo requeridos para obtener el resultado.
DIAGNÓSTICO MOLECULAR DE TUBERCULOSIS
• Teóricamente es posible detectar desde 1 bacilo
• Detección en muestras con baja carga bacteriana
(paucibacilares)
• Detección del bacilo en estadios tempranos de la infección
• Diagnóstico de TB en pocas horas (7 a 8 horas)
• Aumento de sensibilidad y rapidez en la detección en
muestras extrapulmonares, facilitando un tratamiento precoz.
• Permite hacer una detección de TB en niños, que por
métodos tradicionales es muy dificil
• Evitar tratamientos empíricos donde los métodos
tradicionales no son muy efectivos (TB renal, intestinal)
INFECCIONES RESPIRATORIAS DETECTADAS POR PORPCR EN
TIEMPO REAL
Mycobacterium tuberculosis
Virus sincitial respiratorio.
Mycoplasma pneumoniae y Chlamydia pneumoniae
Resultados en 24 a 48 horas
“DETECCION DE VIRUS DEL PAPILOMA HUMANO POR
TECNICAS DE BIOLOGIA MOLECULAR ‐ ADN EN EL
DIAGNOSTICO DE CANCER DE CUELLO UTERINO”
PREVENCION DEL CACU
PRUEBAS PARA SU DETECCION
Existe una asociación de más del 99% entre el VPH y el cáncer de cuello de útero.
Se han encontrado más de 100 tipos de VPH, de los cuales 13 son considerados de
alto riesgo oncogénico.
DETECCIÓN MOLECULAR DE HPV POR
PCR EN TIEMPO REAL
Resultados en 24 a 48 horas
Detectamos 24
cepas de alto riesgo
16, 18
26, 30, 31, 33, 34, 35, 39, 45, 51, 52, 53,
56, 58, 59, 66, 67, 68, 69, 70 73, 82 y 97
DETECCION DE INFECCIONES DE TRANSMISION
SANGUINEA POR PCR EN TIEMPO REAL
o Virus de Hepatitis B (HBV) y carga viral
o Virus de Hepatitis C (HCV) y carga viral
o Genotipificación de Virus de Hepatitis C
Resultados en 24 a 48 horas
INFECCIONES DE
TRANSMISION SEXUAL
DETECTADAS POR
PCR EN TIEMPO REAL
• Detección de Neisseria gonorrhoeae .
• Detección de Chlamydia trachomatis
• Ureaplasma urealyticum
• Candida albicans/C.glabrata/C.krusei
Resultados en 24 a 48 horas
INFECCIONES DE GASTROINTESTINALES DETECTADAS POR PCR EN
TIEMPO REAL
• Detección de Helicobacter pylori
Resultados en 24 a 48 horas
PCR EN TIEMPO REAL PARA:
Detección del virus de
influenza A/B (H1N1, H3N2)
Resultados en 24 a 48 horas
Panel respiratorio para detectar 24
microorganismos:
Influenza A, Influenza A (H1N1) swl,
Influenza B, Rhinovirus, Coronavirus
(NL63,229E, OC43, HKU1), Parainfluenza
(1,2,3,4) , Metapneumovirus humano
(A/B), Bocavirus, Virus sincitial
respiratorio (A/B), Adenovirus,
Enterovirus, Parechovirus, Mycoplasma
pneumoniae, Chlamydia pneumoniae,
Staphylococcus aureus, Streptpcoccus
penumoniae y Haemophilus influenzae
Tipo B
Resultados en 24 a 48 horas
DETECCIÓN MOLECULAR POR PCR EN
TIEMPO REAL
Resultados en 24 a 48 horas
Enfermedades infecciosas y Trasplantes por PCR en Tiempo Real
Resultados en 24 a 48 horas
EMPLEO DEL ADN EN CRIMINALISTICA
PRUEBA DE
ADN¡¡¡¡
IDENTIFICACION
DE PATERNIDAD A TRAVES DEL
ADN
Explícame esto o
realizaré un ADN
FUNDAMENTO DE LA PRUEBA DE ADN PARA PATERNIDAD
PRUEBAS DE ADN CON MUESTRAS DISCRETAS
Procedimiento:
Toma de Muestras: Supuesto Padre, madre y supuesto hijo
Secuencia paralela, masiva o de nueva
generación (NGS)
• La secuencia de ácidos nucleicos permite establecer el orden de los
nucleótidos presentes en las moléculas de ADN o ARN a estudiar,
razón por la cual, su uso ha aumentado en los últimos años
exponencialmente en investigaciones y laboratorios clínicos
alrededor del mundo; es así como la NGS se ha implementado
gracias a la posibilidad que brinda de realizar secuencia masiva y
paralela de millones de fragmentos del ADN y/o ARN presente en la
muestra, con el empleo de tecnología de punta, a muy bajo costo y
con un muy alto rendimiento, por lo que se pudo amplificar un
genoma completo en un solo día.
• La NGS tiene alta aplicación en estudios epidemiológicos gracias a
las ventajas ofrecidas, como es el uso de genomas completos para
establecimiento de relaciones filogenéticas entre especies,
identificación de posibles recombinaciones y marcadores
epidemiológicos que aportan a la identificación de posibles
mutaciones en una población, por ello, es considerada como una
tecnología revolucionaría en estudios epidemiológicos aplicados a
la ciencia básica, investigación traslacional, diagnóstico clínico,
agronomía, ciencia forense y ciencia aplicada.
• Este tipo de secuencia también conocida como No‐Sanger, está
disponible en diferentes plataformas o formatos que permiten la
generación de datos con ventajas y desventajas propias de cada
casa matriz.
• Ventajas: calidad de los datos obtenidos a partir de las secuencias,
la robustez y el bajo ruido presente en el cromatograma; como
desventajas se han reportado la disponibilidad de un laboratorio
con capacidad bioinformática que garantice la calidad en obtención
e interpretación de los datos.
MUCHAS GRACIAS……