Cuantificación de DNA genómico en nanodrop

EQUIPO [ng/μL] A260 A280 260/280 260/230

1 1128.0 22.560 11.786 1.91 2.02
2 231.0 4.626 4.655 0.99 2.97
3 286.0 5.721 3.081 1.86 1.95
4 2440.0 48.807 26.624 1.83 1.73
5 209.0 4.191 4.416 0.95 0.36
6 33.6 0.672 0.400 1.68 0.73

Corrimiento electroforético de DNA genómico a 90 V/ 35 minutos.

MTM 1 2 3 4 5 6
CONDICIONES DE MEZCLA DE REACCIÓN Y AMPLIFICACIÓN DE PCR
1. PCR O25b (trpA 427pb; pabB 347pb)

Mezcla de reacción Condiciones de Amplificación

Volumen μL
1. MasterMix 6.25
2. Fw-pabB 0.8 Desnaturalización inicial: 95 °C / 5min
3. Rev-pabB 0.8 35 ciclos
Desnaturalización: 95 °C /1 min
4. Fw-trpA 0.8 Alineamiento: 65 °C /1 min
5. Rev-trpA 0.8 Extensión: 72 °C / 1.30 min
Extensión final: 72 °C / 5 min
6. MgCl2 0.375 4°C / ∞ min
7. H2O 0.675
8. DNA 2.0
Volfinal 12.5

CONDICIONES DE MEZCLA DE REACCIÓN Y AMPLIFICACIÓN DE PCR

2. Grupo filogenético (chuA 279 pb; yjaA 211 pb; TSPE4 152 pb)

Mezcla de reacción Condiciones de Amplificación

Volumen μL
1. MasterMix 6.25
2. Fw-chuA 0.7
Desnaturalización inicial: 95 °C / 5min
3. Rev-chuA 0.7
25 ciclos
4. Fw-yjaA 0.7 Desnaturalización: 95 °C /1 min
Alineamiento: 55 °C /1 min
5. Rev-yjaA 0.7
Extensión: 72 °C / 2.0 min
6. Fw-TSPE4 0.7 Extensión final: 72 °C / 5 min
4°C / ∞ min
7. Rev-TSPE4 0.7
8. H2O 1.05
9. DNA 1.0
Volfinal 12.5
CONDICIONES DE MEZCLA DE REACCIÓN Y AMPLIFICACIÓN DE PCR
3. PCR multiplex (hlyA 789 pb; iutD 602 pb; fimH 508 pb)

Mezcla de reacción Condiciones de Amplificación

Volumen μL
1. MasterMix 6.25
2. Fw-hlyA 0.7
Desnaturalización inicial: 95 °C / 5min
3. Rev-hlyA 0.7
25 ciclos
4. Fw-iutD 0.7 Desnaturalización: 95 °C /1 min
Alineamiento: 55.5 °C /1 min
5. Rev-iutD 0.7
Extensión: 72 °C / 2.0 min
6. Fw-fimH 0.7 Extensión final: 72 °C / 5 min
4°C / ∞ min
7. Rev-fimH 0.7
8. H2O 1.05
9. DNA 1.0
Volfinal 12.5

CONDICIONES DE MEZCLA DE REACCIÓN Y AMPLIFICACIÓN DE PCR

4. ERIC-PCR

Mezcla de reacción Condiciones de amplificación

Volúmen μL
Master Mix 6.25 Desnaturalización inicial: 94 °C / 2min
ERIC-1 0.5 30 ciclos
Desnaturalización: 94 °C /1 min
ERIC-2 0.5 Alineamiento: 52 °C /1 min
MgCl2 0.7 Extensión: 72 °C / 4.0 min
Extensión final: 72 °C / 5 min
H2O 3.55 4°C / ∞ min
DNA 1.0
Volfinal 12.5
CONDICIONES DE MEZCLA DE REACCIÓN Y AMPLIFICACIÓN DE PCR
5. PCR multiplex (motB 864 pb; tosA 589 pb; fliC 349 pb)

Mezcla de reacción Condiciones de amplificación

Volumen μL
1. MasterMix 5.0
2. Fw-motB 0.8
3. Rev-motB 0.8 Desnaturalización inicial: 95 °C / 2min
4. Fw-tosA 0.8 30 ciclos
Desnaturalización: 95 °C /30 seg
5. Rev-tosA 0.8 Alineamiento: 48 °C /1 min
6. Fw-fliC 0.8 Extensión: 72 °C / 3.0 min
Extensión final: 72 °C / 5 min
7. Rev-fliC 0.8 4°C / ∞ min
8. MgCl2 1.2
9. H2O 2.2
9. DNA 1.0
Volfinal 14.2

CONDICIONES DE MEZCLA DE REACCIÓN Y AMPLIFICACIÓN DE PCR

6. ERIC-PCR

Mezcla de reacción Condiciones de amplificación

Volúmen μL
Master Mix 6.25 Desnaturalización inicial: 94 °C / 2min
ERIC-1 0.5 30 ciclos
Desnaturalización: 94 °C /1 min
ERIC-2 0.5 Alineamiento: 52 °C /1 min
MgCl2 0.7 Extensión: 72 °C / 4.0 min
Extensión final: 72 °C / 5 min
H2O 3.55 4°C / ∞ min
DNA 1.0
Volfinal 12.5