Grupo 441.

1904946 Saldívar Valadez, Iris Camila

Universidad Autónoma de Nuevo León
Facultad de Ciencias Biológicas
Curso de Bioinformática
Evidencia 3
Al amplificar por RT-PCR un extracto de RNA total de hepatopáncreas del camarón Penaeus
vannamei con oligo-dT (etapa de RT) y posteriormente con iniciadores dirigidos al inicio y final
de la zona codificante del cDNA (ADNc) del tripsinógeno de camarón (etapa de PCR) se obtiene una
única banda en un gel de agarosa.
1. Calcular el tamaño teórico de la banda obtenida en el gel de electroforesis.
2. Describir un procedimiento a realizar en el laboratorio que pudiera asegurar con alta certeza
que la banda obtenida corresponde al cDNA (ADNc) de camarón (emplear conocimientos
vistos en el curso de bioinformática).

Herramienta
Bioinformática
• WebCutter 2.0
• NEBcutter

Datos de entrada Datos de Salida

Opciones de búsqueda de • Mapa de corte enzimatico
enzima y tabla alfabética con
enzimas cualificadas.
• De 1 a 2 cortes
• Enzima o enzimas
• DNA linear
rainbow de uso frecuente
• Destacar rainbow (para WebCutter 2.0)
(para WebCutter • Simulación de gel de
2.0) electroforesis después de
• Buscar entre todas realizar un “custom
las enzimas de la digest” con la enzima
base de datos deseada. (NEBcutter)

Interpretación de resultados
De acuerdo a los resultados de WebCutter 2.0, se
encuentra la enzima de uso frecuente Pstl, que
corta en la posición 488, esperando la formación
de dos bandas: 488 y 274 pb formando los 762
totales del producto de PCR.
Obtención de la secuencia nucleotídica codificante (acorde al CDS reportado en NCBI) del
tripsinógeno.

Configuración de búsqueda WebCutter 2.0

Tabla resultante de la digestión en WebCutter 2.0. Véase PstI en color.

Configuración en NEBcutter

Resultados obtenidos de NEBcutter, utilizando customdigest para PstI. (Gel y Mapa)

Dr. José María Viader Salvado Junio, 2022.