Grupo. 441. Matrícula. 1904946. Nombre.

Saldívar Valadez Iris Camila

Universidad Autónoma de Nuevo León

Facultad de Ciencias Biológicas
Bioinformática
3er Parcial Problemas
Dr. José María Viader Salvado

Las tanasas (tanin acil hidrolasas) son enzimas que catalizan la hidrólisis de taninos presentes en
las hojas de té y se emplean en la producción de bebidas a base de té (tés listos para beber). Las
tanasas provenientes de hongos del género Aspergillus son enzimas extracelulares con alta
actividad específica por lo que se las considera adecuadas para ser usadas en la producción de té
soluble o bebidas a base de té. Sin embargo, los niveles de producción de su fuente natural (hongos
del género Aspergillus) son bajos, por lo que se está estudiando su producción como proteína
recombinante empleando levaduras como células hospederas.

Herramienta
Bioinformática
 PDBsum
 ProtParam
 NetNGlyc 1.0 server

Datos de Salida
Datos de entrada
 Observacion de la
Secuencia aminoacidica de
tanasa de Aspergillus en
clasificacion estructural de la
formato FASTA. tanasa de Aspergillus.
 Masa molecular en Da de la
tanasa de Aspergillus.
 Sitios de glicosilación.

Interpretación de resultados
 La tanasa de Aspergillus SI cuenta con
puentes disulfuro.
 Tiene una masa molecular de 41054.36 Da lo
que sería 41kDa.
 Se altera la masa molecular por la
glicosilación que puede llegar a tener.
1.Escribir en formato Fasta la secuencia de una tanasa de Aspergillus

KVTVTYTHTGKGDKVVVKYALPAPSDFKNRFYVAGGGGFSLSSDATGGLEYGAASGATDAGYDAFS
YSYDEVVLYGNGSINWDATYMFGYQALGEMTKIAKPLTRGFYGLSSDKKIYTYYEGCSDGGREGMS
QVQRWGDEYDGVIAGAPAFRFAQQQVHHVFPATIEHTMDYYPPPCELDKIVNATIEACDPLDGRTD
GVVSRTDLCMLNFNLTSIIGEPYYCAAENYTSLGFGFSKRAEGSTTSYQPAQNGSVTAEGVALAQAI
YDGLHDSNGKRAYLSWQIAAELSDGDTEYDSTTDSWTLSIPSTGGEYVTKFVQLLNIDNLENLDNVA
YDTLVEWMNIGMIRYIDSLQTTIPDLTTFQKSGGKMIHYHGESD

2.Si se hace un análisis por SDS-PAGE de la enzima recombinante, ¿se esperaría obtener un
resultado diferente si se realiza la electroforesis tratando o sin tratar previamente la enzima con beta-
mercaptoetanol? Nota: el beta-mercaptoetanol rompe puentes disulfuro.

Proceso.
Buscar en GenBank la secuencia
aminoacídica en cuestión.
Seleccionar la secuencia aminoacídica en formato FAST y colocarla en PDBsum
para la búsqueda
Las tanasas SI tienen puentes de disulfuro.

Interpretación de resultados.
Se buscó la secuencia aminoacídica de la tanasa de Aspergillus para proceder a seleccionarla y
colocarla en PDBsum y encontrar en código de acceso. Al momento de observar el resultado de
PDBsum, se puede saber que SI hay puentes de disulfuro. Los Observar los sitios de glicosilación
que se puede concluir que si hay un resultado diferente si se realiza la electroforesis tratando o sin
tratar previamente la enzima con beta-mercaptoetanol.
3.¿Cuál es la masa molecular teórica de la enzima recombinante evaluada por SDS-PAGE con
previo tratamiento con beta-mercaptoetanol?

Proceso.
Volver a seleccionar la secuencia
aminoacídica y colocarla en ProtParam
Molecular weight se divide entre 1000

Interpretación de resultados.
Se volvió a seleccionar la secuencia aminoacídica de la tanasa de Aspergillus y se colocó en
ProtParam. Se corrió el programa para dar un resultado de 41054.36 Da lo que seria. Este resultado
se convierte en 41 kDa dividiendo 41054.36 entre 1000. Se redondea y se obtiene como resultado
final 41 kDa..

4.Sin embargo, la masa molecular obtenida en el experimento anterior es mayor al valor teórico. Dar
una justificación a este hecho experimental apoyándose en análisis bioinformáticos

Proceso.
Ingresar secuencia aminoacidica en NetNGlyc
Observar sitios de glicosilación

Interpretación de resultados.
La masa molecular de la tanasa de Aspergillus obtenida en el experimento puede ser mayor a la
teórica puede afectar la glicosilación. Cuenta con 5 sitios potencial para la glicosilación. Para esto se
comprobó, seleccionando nuevamente la secuencia aminoacídica de Aspergillus y colocándola en la
herramienta bioinformática NetNGlyc, donde se obtuvo como resultado la predicción de 5 sitios
posibles de glicosilación.

5. ¿Qué aminoácidos (abreviatura y número) es probable que interaccionen con el sustrato?

Proceso e interpretación de resultados.
En la página de PDBsum se puede ver un apartado que se llama “Metals” ahí es donde se pueden
observar que aminoácidos son probables que interaccionen con el sustrato. Fueron los siguientes:
Asp 280, Asp 276, Val 282, Asp 273, Lys 278, CA 604, HOH 813.

Abreviatura Posición
Asp 280
Asp 276
Val 282
CA 604
Asp 273
Lys 278
HOH 813