Contenido

1. INTRODUCCIÓN..................................................................................................................... 2
2. OBJETIVOS .............................................................................................................................. 3
2.1. Objetivo General ............................................................................................................... 3
2.2. Objetivos Específicos......................................................................................................... 3
3. MARCO TEÓRICO ................................................................................................................. 3
3.1. Software Snap Gene .......................................................................................................... 3
3.2. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI) ..................................... 4
3.3. ADN Y ARN ....................................................................................................................... 5
3.4. Electroforesis ..................................................................................................................... 5
3.5. Gel de Agarosa................................................................................................................... 6
4. METODOLOGÍA ..................................................................................................................... 6
5. RESULTADOS ........................................................................................................................ 11
6. CONCLUSIÓNES ................................................................................................................... 11
7. CUESTIONARIO.................................................................................................................... 12
8. REFERENCIAS ...................................................................................................................... 16
Referencias ........................................................................................................................................ 16
1. INTRODUCCIÓN

La electroforesis en geles de agarosa es una de las metodologías más utilizadas en el

laboratorio en todo lo relacionado con el trabajo con ácidos nucleicos. Mediante la

electroforesis podemos separar fragmentos de ADN y ARN en función de su tamaño,

visualizarlos mediante una sencilla tinción, y de esta forma determinar el contenido de

ácidos nucleicos de una muestra, teniendo una estimación de su concentración y grado

de entereza. Podemos además extraer del gel los fragmentos de ADN que sean de interés,

para posteriormente utilizarlos en diferentes aplicaciones.

SnapGene proporciona una forma sencilla y segura de planificar, visualizar y documentar

los procedimientos diarios de biología molecular. El software tiene una interfaz intuitiva

que puede realizar visualización de secuencias de ADN, anotación de secuencias, edición

de secuencias, clonación, visualización de proteínas y simulación de métodos de

clonación comunes.

Esta práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa

SNAP GENE utilizando los datos del articulo científico. Del articulo utilizamos las cebas

bacterianas aisladas que se encontraron en las muestras de agua contaminada y suelo

contaminado lo cual obtuvimos 13 cepas bacterianas seguidamente cada una fue buscada

en el sitio web del NCBI seguidamente cada secuencia de cada bacteria fue guarda en

una carpeta y luego se abrió el programa que se instaló el SNAPGENE y ahí se abrió

cada una de las 13 cepas bacterianas guardadas donde pudimos observar la recolección

de la secuencia de su ADN, para después obtener el fundamento de la técnica de

electroforesis, usando el programa SnapGene.

2. OBJETIVOS

2.1. Objetivo General

Realizar una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa

SnapGene con los datos del articulo científico ´´Aislamiento de baterías con

potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada

por petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú´´

2.2. Objetivos Específicos

• Analizar los conceptos básicos como el uso de los programas de simulación,

además de conocer el software SnapGene y el NCBI.

• Definir los términos de la técnica de electroforesis en el gel agarosa

• Analizar las secuencias presentadas en el artículo en la página web NCBI con la

asimilación del gel agarosa en el programa SnapGene.

3. MARCO TEÓRICO

3.1. Software Snap Gene

El software a utilizar Snap Gene admite una gran cantidad de formatos de archivo.

Como resultado, sus científicos pueden cambiar por completo a Snap Gene sin perder

datos, o pueden continuar usando software heredado junto con Snap Gene sin

conflictos.

Aprovechen el eficiente manejo de datos de Snap Gene para escanear grandes

secuencias de ADN con miles de características anotadas. Visualización de la

proteína Vea las múltiples vistas de una secuencia de proteínas. Personaliza la

 visualización de regiones, sitios, enlaces y colores de secuencia. Edición de

secuencia intuitiva Edita fácilmente las secuencias de ADN y proteínas.

Snap Gene genera automáticamente un registro de cada edición de secuencia y

procedimiento de clonación, por lo que no perderá la pista de cómo se hizo una

construcción, incluso después de que un miembro del laboratorio se vaya SnapGene

genera automáticamente un registro de cada edición de secuencia y procedimiento

de clonación, por lo que no perderá la pista de cómo se hizo una construcción, incluso

después de que un miembro del laboratorio se vaya.

3.2. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI)

El Centro Nacional para la Información Biotecnológica es parte de la Biblioteca

Nacional de Medicina de Estados Unidos, una rama de los Institutos Nacionales de

Salud. Almacena y constantemente actualiza la información referente a secuencias

genómicas en GenBank, un índice de artículos científicos referentes a biomedicina,

biotecnología, bioquímica, genética y genómica en PubMed, una recopilación de

enfermedades genéticas humanas en OMIM, además de otros datos biotecnológicos

de relevancia en diversas bases de datos. Todas las bases de datos del NCBI están

disponibles en línea de manera gratuita, y son accesibles usando el buscador.

 El NCBI ofrece además algunas herramientas bioinformáticas para el análisis de

secuencias de ADN, ARN y proteínas, siendo BLAST una de las más usadas.

3.3. ADN Y ARN

El ARN y el ADN son polímeros formados por largas cadenas de nucleótidos. Un

nucleótido está formado por una molécula de azúcar (ribosa en el ARN o

desoxirribosa en el ADN) unido a un grupo fosfato y una base nitrogenada. Las bases

utilizadas en el ADN son la adenina (A), citosina (C), guanina (G) y timina (T). En

el ARN, la base uracilo (U) ocupa el lugar de la timina.

Son moléculas relativamente sencillas, pero determinan en gran parte las

características que nos diferencian como especie y, hasta cierto punto, como

individuos. La organización básica de los nucleótidos que los componen determinan

la formación de proteínas.

3.4. Electroforesis

La electroforesis es una técnica para la separación de moléculas según la movilidad

de estas en un campo eléctrico a través de una matriz porosa, la cual finalmente las

separa por tamaños moleculares y carga eléctrica, dependiendo de la técnica que se

use. La técnica clásica utiliza una tira recubierta de una sustancia porosa impregnada

de un electrolito. Sus extremos se sumergen en dos depósitos independientes que

contienen ambos al electrolito y están unidos a los electrodos del generador de

 corriente. La muestra se deposita en forma de un pequeño trazo transversal en la tira.

La distancia de migración se mide en relación un marcador interno. Las placas son

reveladas con sales de plata, azul de Coomassie, o reactivos en particular.

3.5. Gel de Agarosa

Los geles se comportan como un tamiz molecular y permiten separar moléculas

cargadas en función de su tamaño y forma. Así, moléculas de DNA de diferente

tamaño van a emigrar de forma distinta en una electroforesis en gel de agarosa.

La electroforesis en gel de agarosa se utiliza comúnmente para separar moléculas

en función de su carga, tamaño y forma. Se trata de un medio de separación

especialmente eficaz para las biomoléculas cargadas como el ADN, el ARN y las

proteínas.

4. METODOLOGÍA

• Para la presente practica utilizaremos el programa SNAP GENE para realizar una

SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA utilizando datos del

articulo científico "Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis

 de comunidades bacterianas de zona impactada por petróleo en Condorcanqui -

Amazonas – Perú”. El programa ya debe estar previamente instalada en su equipo.

• Primero abriremos la página del NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, en el cual

descargaremos las siguientes secuencias de acuerdo al artículo “Aislamiento de

bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona

impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”

• Procedemos a descargamos cada una de las secuencias mencionadas anteriormente,

clicando en Enviar a, expediente, formato FASTA y finalmente en crear un archivo.

• Ya guardada todas las secuencias.

• Abrimos el software SnapGene, click en OPEN, luego OPEN FILES, seleccionamos

las secuencias guardadas, e insertamos.

• Para añadir las otras secuencias restantes clicamos en “TOOLS”, luego EN

SIMULATE AGAROSE GEL. Esto nos llevará a una nueva ventana donde

agregaremos las demás secuencias.

• Aplicaremos el 1.0 % de agarosa.

• Adjuntamos las secuencias restantes haciendo click en los números, luego en

CHOOSE DNA SEQUENCES, abrimos la secuencia que sigue.

• Se puede observar cómo nos apareció y hacemos este paso con las 13 cepas

bacterianas aisladas (secuencias que hemos guardado en la carpeta).

5. RESULTADOS

• Insertadas las 13 especies estudiadas del artículo, gracias a la simulación con gel de

agarosa podemos apreciar el comportamiento de los 13 nucleótidos.

6. CONCLUSIÓNES

En el programa SnapGene se realizó con 13 cepas bacterianas las cuales pudimos hacer

la simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa, fue fácil de

manipular con las respectivas indicaciones, en el cual el total de muestras escogidas

permitió dar a conocer el grafico de las bandas, la asimilación de gel agarosa permitió la

separación de cadenas en tamaños pequeños en el grafico en unidad de kb, también se

pudo reconocer las secuencias de genes específicas con las enzimas de restricción

identificadas en el proceso final.

La electroforesis en gel es una técnica utilizada para separar fragmentos de ADN según

su tamaño. Además, las muestras de ADN se cargan en pozos (ranuras) en un extremo de

un gel y se aplica una corriente eléctrica para arrastrarlas a través del gel.
 Conocer este programa y saber las funciones que puede realizar es muy importante para

los estudiantes y también términos como gel agarosa y electroforesis fue crucial para

entablar los objetivos, el procedimiento y por ende las conclusiones finales de la práctica.

7. CUESTIONARIO

Indique diferencias entre el AND y ARN

Algunas de las diferencias entre ADN y ARN, por ejemplo, que el ADN es de cadena

doble y el ARN de cadena simple. Otras diferencias:

¿Qué es el SnapGene y como nos serviría en ingeniería ambiental?

SnapGene es el primer software de biología molecular, genera automáticamente un

registro de cada edición de secuencia y procedimiento de donación. Asimismo, nos

permite la visualización de secuencias de ADN, la anotación de secuencias, la edición de

secuencias, la clonación, la visualización de proteínas y la simulación de métodos de

clonación comunes.
En la ingeniería ambiental nos serviría, por ejemplo, para disponer de de

microorganismos suficientes con potencial biorremediador, esto gracias a la clonación

como proceso estipulante del software en reconocimiento

¿Qué es el GEN 16s y para qué tipos de microorganismos sería útil?

El ARN ribosomal 16S, conocidos como genes del ARNr 16S, y se utilizan para la

reconstrucción de filogenias debido a sus bajas tasas de evolución.

Esta molécula ha sido reconocida como un poderoso marcador universal debido a que se

encuentra en todos los organismos conocidos. Su estructura parece mantenerse por largos

periodos de tiempo y, como su función no ha cambiado, los cambios en la secuencia

probablemente son aleatorios.

El gen ARNr 16S ha demostrado ser de gran utilidad para describir y caracterizar las

comunidades microbianas marinas, especialmente los organismos no cultivados. Las

nuevas técnicas de secuenciación han contribuido al incremento exponencial de registro

de secuencias, aunque parciales, del ARNr 16S como elemento de código de barras para

microorganismos. Consecuentemente, ha sido necesaria una revisión de conceptos y

métodos de clasificación taxonómica para estos organismos.

Describir el proceso de electroforesis para ADN

La electroforesis es un método de separación de biomoléculas como el ADN o ARN de

acuerdo a su tamaño, permitiendo además su aislamiento cortando la zona de interés. La

electroforesis en ácidos nucleicos es muy versátil, porque permite una observación

directa de cada fragmento separado directamente en el gel, ya que, su tinción mediante

un compuesto llamado bromuro de etidio, hace visible al ADN o ARN (fluoresce)

mediante la emisión de luz ultravioleta. Cuando una corriente eléctrica se aplica sobre el

gel de agarosa el ADN tiene una carga negativa y migra hacia el ánodo (polo positivo).
¿Qué es la agarosa?

La agarosa es un polímero lineal compuesto de residuos alternantes de D-galactosa y 3,6-

anhidro-L-galactosa unidos por enlaces glucosídicos α(13) y β(14). Las cadenas del

polímero de agarosa forman fibras helicoidales, que al solidificar forma una malla

tridimensional de canales con diámetros entre 50 y >200 nm (Kirkpatrick 1990).

La agarosa es un producto natural que forma una matriz inerte y no tóxica que supone

una herramienta indispensable en gran cantidad de técnicas de biología molecular,

bioquímica y biología celular. Su uso más extendido es para construir geles que permitan

separar moléculas de ADN mediante electroforesis, además de ser utilizada para fijar

moléculas a su estructura como anticuerpos, antígenos y enzimas. Igualmente se utiliza

para el cultivo celular y en microbiología.

¿Qué es un marcador de peso molecular, cuáles son sus tipos?

Los marcadores de peso molecular para ADN son una herramienta utilizada durante la

electroforesis para conocer el tamaño estimado de un fragmento y es comúnmente usada

en laboratorios de biología molecular, al igual que, en áreas como la medicina, la

agricultura, la industria, entre otras.

Existen dos tipos de marcadores moleculares: los marcadores bioquímicos y los

marcadores de ADN. Los marcadores bioquímicos incluyen a las proteínas y las

isoenzimas o aloenzimas y constituyen la primera generación de marcadores moleculares.

8. REFERENCIAS

Referencias
EDVOTEK. (2018). Principios y práctica de la electroforesis en gel de agarosa . Obtenido de
https://www.edvotek.com

Fierro, F. F. (s.f.). Electroforesis de ADN. Mexico: Universidad Autónoma Metropolitana.

Lawrence C. Brody, P. (s.f.). Nucleotido. Obtenido de NIH: https://www.genome.gov

Mora, D. A., & Rodríguez, A. S. (Octubre de 2017). Access Medicina. Obtenido de Electroforesis:
https://accessmedicina.mhmedical.com

NCBI. (s.f.). Obtenido de Centro Nacional de Informacion Biotecnologica:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov

Rodicio, M. d. (2004). Identificación bacteriana mediante secuenciación del ARNr 16S. España:
Universidad de Oviedo.

Salud, C. d. (27 de Octubre de 2017). ADN y ARN concepto, diferencias y funciones. Obtenido de
https://www.universidadviu.com/pe