8.

Aminoácidos, Péptidos
y Proteínas
8.1. Introducción
 8.1. Introducción

Las Proteínas son

la base de la vida

Alanina, un aminoácido

Enlaces amida

Muchos aminoácidos Péptido o Proteína

8.2. Estructura de los aminoácidos
 8.2. Estructura de los aminoácidos

- Todos los aminoácidos (20) encontrados en las proteínas son a-aminoacidos.

- 19 de los 20 aminoácidos son aminas primarias, RNH2.
- Difieren en la cadena lateral (los sustituyentes unidos al carbono a).
 8.2. Estructura de los aminoácidos

Los aminoácidos existen en disolución acuosa fundamentalmente como iones dipolares o

zwitteriones.

Zwitterión
• En alemán zwitter, significa “hibrido”
• Una molécula dipolar y neutra en la que la carga positiva y negativa no están
adyacentes.

Alanina

Sin carga Zwitterión

 8.2. Estructura de los aminoácidos

Se demuestra que los aminoácidos son zwitteriones porque:

1) Son sales internas
- Tienen elevados momentos dipolares
- Son solubles en agua e insolubles en disolventes hidrocarbonados
- Son sustancias cristalinas con puntos de fusión relativamente elevados

2) Son anfipróticos

Pueden reaccionar como ácidos.

En solución acuosa básica pierden
un protón para formar un anión.

Pueden reaccionar como bases.

En solución acuosa ácida aceptan
un protón para formar un catión.
8.2. Estructura de los aminoácidos
8.2. Estructura de los aminoácidos
8.2. Estructura de los aminoácidos
8.2. Estructura de los aminoácidos
 8.2. Estructura de los aminoácidos

Aminoácidos Esenciales
Los 20 aminoácidos son necesarios para la síntesis de proteínas, pero los seres humanos sólo pueden
sintetizar 10 de ellos. A los otros 10 se les llama aminoácidos esenciales porque deben obtenerse de los
alimentos. Si la dieta no aporta las cantidades necesarias de estos aminoácidos esenciales aparecen
deficiencias en el crecimiento y se tienen problemas en el desarrollo.

- Arginina (Arg) - Triptófano (Trp)

- Treonina (Tre) - Metionina (Met)
- Lisina (Lis) - Histidina (His)
- Valina (Val) - Leucina (Leu)
- Fenilalanina (Fen) - Isoleucina (Ile)
8.3. Puntos Isoeléctricos
 8.3. Puntos isoeléctricos

Bajo pH Alto pH
(protonado) (desprotonado)

Punto Isoeléctrico
(zwitterion neutro)

Ecuación de
Henderson-Hasselbalch
8.3. Puntos isoeléctricos
 8.3. Puntos isoeléctricos

El punto isoeléctrico de cualquier aminoácido es el promedio de las dos constantes de disociación

ácida que incluyen el zwitterion neutro. El pI de un aminoácido que tiene una cadena lateral ionizable
es el promedio de los valores de pKa de los grupos ionizados similarmente
 8.3. Puntos isoeléctricos

pI= pH carga neta cero

pH < pI carga neta positiva pH > pI carga neta negativa

pH bajos pI pH altos

+1 Carga Neta -1
0
 8.3.1. Electroforesis

A cualquier pH tanto los aminoácidos como las proteínas tienen cargas netas diferentes. Aprovechamos estas
diferencias para separar mezclas de aminoácidos ,o de proteínas, en sus constituyentes puros.

Tampón de pH

pH < pI pH = pI pH > pI

- Z=Positiva Z=0 Z=Negativa +

CÁTODO ÁNODO
 8.3.1. Electroforesis

ÁNODO Catión CÁTODO

+ + -
-
+
-
-
Anión La movilidad de los aminoácidos o de las
proteínas dependerá de:
- La intensidad del campo eléctrico
- La relación carga/masa (q/m) del
aminoácido o de la proteína.

V
 8.3.1. Electroforesis

Muestra (mezcla
de aminoácidos)

Ánodo Cátodo
pH pH
Tampón pH

+ V
-

Soporte: papel
El Revelado del cromatograma se
realiza con ninhidrina, que
+

-
reacciona con los aminoácidos
dando manchas de color morado
(purple)
 8.3.1. Electroforesis

Separación de arginina, alanina y ácido

aspártico por electroforesis a pH = 5
8.3.2. Cromatografía de intercambio iónico

También podemos separar una mezcla

de aminoácidos o de proteínas por
cromatografía de Intercambio iónico.

- Columna de Cromatografía
- Tampón de pH
- Relleno
 8.3.2. Cromatografía de intercambio iónico

Tipos de rellenos en Cromatografía de Intercambio Iónico

Negativa Positiva

Celulosa Celulosa
o o
agarosa agarosa

CARBOXIMETILO DIETILAMINOETILO
Grupo CM Grupo DEAE

Intercambio catiónico Intercambio aniónico

 8.3.2. Cromatografía de intercambio iónico

- +- --+ -
+++ + - ++-
Intercambio catiónico

- Se añade tampón (pH = 7 por

-+ positiva
++
ejemplo) para equilibrar la
columna. +-+ positiva
- Se coloca en la cabeza de la --- + negativa
columna la mezcla de moléculas a
separar (aminoácidos o proteínas).
+-+- cero
- Se continúa pasando tampón.
 8.3.2. Cromatografía de intercambio iónico

pH 7
Intercambio catiónico
- +-+ +-+
+++ -+
++ -+ positiva
++
- Las moléculas cargadas
+-+ +++ +-+
- +-+ + positivamente se unen
+-+ positiva
++ al gel quedan retenidas
--- + negativa

Las moléculas sin carga y +-+- cero

--+
-- - cargadas negativamente no se
- + + unen
-- +
- - -- + +--
++ - +
 8.3.2. Cromatografía de intercambio iónico

pH 7
Intercambio catiónico
- +-+ +-+
+++ -+
++ -+ positiva
++
- Las moléculas cargadas
+-+ +++ +-+ positivamente se unen
- +-+ + +-+ positiva
++ al gel quedan retenidas
--- + negativa
Las moléculas sin carga y
cargadas negativamente no se
unen +-+- cero
+ --
- + -- + salen
-- + -
- - - - excluidas
++- -- + ++
 8.3.2. Cromatografía de intercambio iónico

pH 7
Intercambio catiónico
- +-+
+++ -+
++ Las moléculas cargadas -+ positiva
++
-
+-+ +++ +-+ positivamente que han
- +-+ + quedado retenidas se +-+ positiva
++
+-+ eluyen con NaCl
--- + negativa
(Na+ Cl-)
+-+- cero
Los cationes Na+ desplazan
las moléculas cargadas
positivamente
 8.3.2. Cromatografía de intercambio iónico

Na+ Cl- Na+ pH 7

Intercambio catiónico
Na+ Cl-
Las moléculas cargadas -+ positiva
++
Na+ Na+
positivamente que han
-+ quedado retenidas se +-+ positiva
++ -+
++ eluyen con NaCl
-+
++ --- + negativa
-
+ ++
Na + Na +
(Na+ Cl-)
+-+ +-+- cero
Na+
Los cationes Na+ desplazan
+-+
- las moléculas cargadas
+-+ + + positivamente
+-+
Na+
 8.3.2. Cromatografía de intercambio iónico

pH > 7 Intercambio catiónico

- +-+
+++ -+
++ -+ positiva
++
- +-+ Las moléculas retenidas tambien
+ + + +-+ pueden eluirse aumentando el
- +
+-+ + + pH, porque a un pH > 7 ocurrirá: +-+ positiva
+-+
pH > 7 --- + negativa
+-+ +-+-
+-+- cero
pH > 7
-+
++ +-+
 8.3.2. Cromatografía de intercambio iónico

Intercambio catiónico
+-+ pH > 7
+-+ - +-+
++- -+ positiva
+-+- +- +- Las moléculas retenidas tambien ++
+ + pueden eluirse aumentando el
- -- pH, porque a un pH > 7 las +-+ positiva
+
++- + - ocurrirá:
++- --- + negativa
pH > 7
+-+ +-+-
+-+- cero
pH > 7
-+
++ +-+
 8.3.2. Cromatografía de intercambio iónico

pH > 7 Intercambio catiónico

Las moléculas retenidas tambien -+ positiva

++
+-+ pueden eluirse aumentando el
+-+ pH, porque a un pH > 7 las +-+ positiva
- +-+ ocurrirá:
++
+-+ pH > 7 --- + negativa
+-+ +-+-
+-+- +-+- +-+- cero
-- pH > 7
+ -+ +-+
+-+- + +- - ++
+
8.4. Síntesis de aminoácidos
 8.4. Síntesis de aminoácidos

Reacción de
a-bromoácidos con NH3

Síntesis del
amidomalonato

Aminación Reductiva
de a-Cetoácidos
 8.4. Síntesis de aminoácidos

Síntesis de Gabriel

Síntesis
de
Strecker
8.5. Síntesis de aminoácidos
enantioméricamente puros
8.5. Síntesis de aminoácidos enantioméricamente puros

Todas las síntesis químicas que hemos visto en el apartado anterior generan,
inevitablemente, mezclas racémicas de ambos aminoácidos (el R y el S).

Resolución de mezclas racémicas de aminoácidos

- Por Métodos Químicos

- Por Métodos Enzimáticos

- Por Métodos Biológicos

Producción Selectiva de aminoácidos

 8.5.1. Resolución de mezclas racémicas.

Resolución Química de mezclas racémicas

Aminoácido-(R)
Base-(S) Sal-(R,S) + Sal-(S,S)
+
Aminoácido-(S) (diastereómeros)
(enantiómeros)

Sal-(R,S) Sal-(S,S)
HCl HCl

Cl– +HBase-(S)
Cl– +HBase-(S)
+ +
Aminoácido-(R) Aminoácido-(S)
 8.5.1. Resolución de mezclas racémicas.

Resolución de una mezcla racémica de D,L-Valina

Brucina
 8.5.1. Resolución de mezclas racémicas.

Resolución Biológica
D-Aminoácido Sistema Biológico
+ D-Aminoácido
L-Aminoácido (Excretado)

(Mezcla Racémica)

Resolución enzimática

Carboxi-
peptidasa

Mezla R,S AminoácidoS Aminoácido R

Mezla R,S
N-acetilado
 8.5.2. Produción selectiva de aminoácidos.

Producción Selectiva de aminoácidos

La producción selectiva de solo uno de los enantiómeros
(habitualmente el L) puede realizarse de tres maneras:

- Por Síntesis Enatioselectiva

- Por Métodos Enzimáticos

- Por Métodos Biológicos

8.6. Reacciones de los
aminoácidos
8.6. Reacciones de los aminoácidos.

Esterificación

Aminoéster
Sal de amonio inestable
estable

Acilación
 8.6. Reacciones de los aminoácidos.

Acilación
Las reacciones siguientes muestran el uso de un anhídrido (el di-ter-butil dicarbonato) y el de un haluro de ácido
(cloruro de carbobenzoxilo o bencilcloroformato), como agentes acilantes del grupo amino. Ambos compuestos
son muy utilizados en la síntesis de péptidos como protectores del grupo amino (t-BOC o simplemente BOC en el
primer caso y Cbz en el segundo).
 8.6. Reacciones de los aminoácidos.

Comportamiento frente al calor

Permite distinguir a-aminoácidos de los ,  y .
R O
NH2 NH2
calor
R CH COOH + R CH COOH H N N H Dicetopip eracina

O R

NH2
calor ácido a,-insaturado
R CH CH2 COOH R CH CH COOH + NH3

NH2
calor -lactama
R CH CH2 CH2 COOH R O
N
H

NH2
calor -lactama
R CH CH2 CH2 CH2 COOH R
N
H O
8.7. Péptidos y Proteínas
8.7. Péptidos y proteínas
 8.7. Péptidos y proteínas

Por tanto, utilizando sólo los 20 aminoácidos naturales existirán:

- 20 x 20 = (20)2 = 400 Dipéptidos

- 20 x 20 x 20 = (20)3 = 8000 Tripéptidos
- …………
- (20)50 = 1065 proteínas de sólo 50 aminoácidos

La larga secuencia repetitiva de átomos –N–CH–CO–que forman una cadena continua es la estructura
primaria o esqueleto de las proteínas.

Para dibujar y escribir los péptidos se utiliza la siguiente convención:

- el aminoácido N-terminal (el que tiene libre el grupo amino, –NH2) se dibuja a la izquierda.

- el aminoácido C-terminal (el que tiene libre el grupo carboxilo, –COOH) se dibuja a la derecha.

- los nombres de los péptidos se indican utilizando las abreviaturas de los aminoácidos constituyentes
separadas por guiones y en el orden en que se encuentran en el péptido:

Alanilserina se escribe Ala-Ser (o A-S)

Serilalanina se escribe Ser-Ala (o S-A)

 8.7. Péptidos y proteínas

La Bradiquinina es un nonapéptido cuyo nombre sería:

arginilprolilprolil………………………………………………………………………..…arginina

Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg
8.8. Enlaces covalentes
en los Péptidos
8.8. Enlaces covalentes en los péptidos
 8.8. Enlaces covalentes en los péptidos

Las uniones disulfuro RS-SR es otro tipo de enlace covalente que aparece
frecuentemente en las cadenas peptídicas.
- Se forman entre dos resíduos de cisteína.
- Permiten la aproximación y unión de dos cadenas de péptidos.
- Crea hélices dentro de una misma cadena.

La Vasopresina, un nonapéptido, es una hormona

antidiurética que se encuentra en la glándula
pituitaria. Observa que el extremo C-terminal de la
vasopresina se encuentra como amida primaria.
 8.8. Enlaces covalentes en los péptidos

Los puentes disulfuros

son, en gran medida,
los responsables de la
forma tridimensional
de las proteínas.

polipéptido puentes disulfuro:

forman enlaces entrecruzados
en un polipéptido

Cadena A

Cadena B

Insulina
 8.9. Determinación de la
Estructura de los Péptidos
 8.9. Determinación de la estructura de los péptidos

Para determinar la estructura de un péptido, o una proteína debemos responder las siguientes preguntas:

1. ¿Cuales son los aminoácidos presente en el péptido?

2. ¿Cuantos hay de cada uno de ellos?
3. ¿Cual es la secuencia de los aminoácidos en la cadena peptídica?

Y para responderlas, las actuaciones que debemos realizar son:

1. Rotura de los puentes disulfuro.

2. Determinación de la composición de aminoácidos
3. Secuenciación partiendo del extremo N-terminal
4. Secuenciación partiendo del extremo C-terminal
5. Hidrólisis parcial
 8.9.1. Rotura de los puentes disulfuro

Antes de comenzar con los análisis propiamente dichos, es necesario romper en el péptido, o en la
proteína, todos los enlaces disulfuro, protegiéndolos para evitar que vuelvan a formarse.
 8.9.2. Determinación de la composición de aminoácidos.

Una vez rotos los enlaces disulfuro y protegidos los –SH, se rompen los enlaces amida del péptido hirviéndolo en
HCl 6 M durante 24 horas, de manera que garanticemos la transformación completa del péptido en sus
aminoácidos constituyentes. Se separan y detectan utilizando técnicas cromatográficas. La integración de las
áreas de las señales nos da la proporción de los distintos aminoácidos.
 8.9.3. Secuenciación partiendo del extremo N-terminal.

Método
de
Sanger

Degradación
de
Edman
 8.9.3. Secuenciación partiendo del extremo N-terminal.

Mecanismo de la
Degradación de Edman
 8.9.4. Secuenciación partiendo del extremo C-terminal.

Análisis Enzimático de Resíduos C-terminales.

El mejor método disponible en la actualidad para el análisis de resíduos C-terminales es el uso de las enzimas
denominadas Carboxipeptidasas (exopeptidasas).

- La Carboxipeptidasa A rompe específicamente aminoácidos C-terminales que no sean arginina (Arg) o lisina (Lys).

- La Carboxipeptidasa B rompe específicamente aminoácidos C-terminales que sean arginina (Arg) o lisina (Lys)..
 8.9.5. Hidólisis parcial.
Hidrólisis Ácida
La hidrólisis parcial de un péptido se puede realizar por medios químicos con ácido acuoso, o enzimáticos. La
hidrólisis ácida no es selectiva y lleva a una mezcla más o menos aleatoria de fragmentos pequeños. El análisis de
los aminoácidos del péptido angiotensina II muestra la existencia de ocho aminoácidos diferentes en cantidades
equimolares; Arg, Asp, His, Ile, Phe, Pro, Tyr y Val. La hidrólisis parcial de la angiotensina II con ácido clorhídrico
diluido produjo los fragmentos siguientes:

(1) Asp-Arg-Val-Tyr (2) Ile-His-Pro (3) Pro-Phe (4) Val-Tyr-Ile-His

¿Cuál es la secuencia de aminoácidos en la angiotensina II?

Asp-Arg-Val-Tyr

Para responder a la pregunta Val-Tyr-Ile-His

anterior situamos en columna los
fragmentos. La secuencia del
péptido se manifiesta cuando
identificamos las regiones de
Ile-His-Pro
solapamiento.
Pro-Phe

Asp-Arg-Val-Tyr -Ile-His-Pro-Phe
 8.9.5. Hidólisis parcial.

La hidrólisis enzimática es muy específica. Se realiza utilizando

endopeptidasas que son enzimas que catalizan la ruptura de
Hidrólisis Enzimática enlaces péptídicos que no se encuentran al final de la cadena
peptídica.

La tripsina cataliza la hidrólisis

de péptidos en el lado del
carboxilo de los aminoácidos
básicos (Arg, Lys).

La quimotripsina solo rompe en el lado

del carboxilo de los aminoácidos con
sustituyentes aromáticos (Phe, Tyr, Trp).

La eslastasa solo rompe en el lado del

carboxilo de aminoácidos pequeños
(Gly, Ala).
 8.9.5. Hidólisis parcial.

Hidrólisis por Bromuro de Cianógeno

El Bromuro de cianógeno rompe selectivamente
las uniones amidas en el lado del carboxilo de los
resíduos de metionina.

Mecanismo de la
hidrólisis por Bromuro
de Cianógeno
8.10. Síntesis de Péptidos
8.10. Síntesis de péptidos.
8.10. Síntesis de péptidos.
8.10. Síntesis de péptidos.
 8.10. Síntesis de péptidos.

La insulina se compone de dos cadenas que suman un total de 51 aminoácidos unidos por puentes disulfuro.
Su estructura fue determinada por Frederick Sanger, quién en 1958 recibió el Premio Nobel de Química por
su trabajo.
8.11. Síntesis automatizada de
péptidos: el método en fase
sólida de Merrifield
8.11. Síntesis automatizada de péptidos:
el método en fase sólida de Merrifield
 8.11. Síntesis automatizada de péptidos:
el método en fase sólida de Merrifield

Con el primer aminoácido unido a la resina, se realiza una secuencia repetitiva

de cuatro etapas para construir un péptido.
8.11. Síntesis automatizada de péptidos:
el método en fase sólida de Merrifield
8.12. Estructura de las Proteínas
 8.12. Estructura de las proteínas

- La estructura primaria de una proteína simplemente es la secuencia de

aminoácidos.

- La estructura secundaria de una proteína describe cómo los segmentos

del esqueleto del péptido se orientan en un patrón regular.

- La estructura terciaria describe cómo toda la molécula de proteína se

enrolla en una forma tridimensional global.

- La estructura cuaternaria describe cómo las moléculas de proteínas

diferentes se integran para producir estructuras agregadas grandes.
 8.12. Estructura de las proteínas

(b) Estructura de la mioglobina, una

(a) La estructura secundaria helicoidal proteína globular pequeña que contiene 153
de las proteínas. residuos de aminoácidos, con extensas
regiones helicoidales.
 8.12. Estructura de las proteínas

Una lámina -plegada difiere de una hélice a en que se extiende la cadena de péptido en vez enrollarse y los
puentes de hidrógeno ocurren entre los residuos de las cadenas adyacentes.
 8.12. Estructura de las proteínas

La mayor parte de las proteínas globulares tienen conformaciones rizadas (loop)

Por ejemplo, la concanavalina A consiste Carboxipeptidasa A

en dos cadenas idénticas de 237 Segmentos de hélices-a en color morado
residuos, cada una con regiones extensas Láminas plegadas en : flechas planas verdes
de láminas antiparalelas.
 8.12. Estructura de las proteínas

La estructura terciaria describe cómo toda la molécula de proteína se enrolla

en una forma tridimensional global
 8.12. Estructura de las proteínas

Debido a que la estructura terciaria de una proteína globular es sostenida delicadamente por atracciones
intramoleculares débiles, con frecuencia es suficiente un cambio ligero en la temperatura o el pH para
desestabilizar la estructura y ocasionar que la proteína se desnaturalice. La desnaturalización ocurre bajo
condiciones tan suaves que la estructura primaria permanece intacta pero la estructura terciaria se desdobla de
una forma globular específica a una cadena enrollada aleatoriamente.

La desnaturalización se acompaña por cambios en las propiedades físicas y biológicas. La solubilidad se

disminuye drásticamente, como ocurre cuando se cocina la clara de huevo y las albúminas se desdoblan y
coagulan. La mayor parte de las enzimas también pierden toda actividad catalítica cuando se desnaturalizan, dado
que para su acción se requiere una estructura terciaria definida con precisión.
 8.12. Estructura de las proteínas

La estructura cuaternaria describe cómo las moléculas de proteínas diferentes

se integran para producir estructuras agregadas grandes.

posibles estructuras cuaternarias de un hexámero

Hemoglobina humana (Pm :~ 64.500)

COO COO

N N
Fe
Consta de 4 cadenas peptídicas
N N
(globinas) dos alfa (azules) y
dos beta (rojas), que se unen a
4 grupos hemo (verdes).
Hemo
(Fe-protoporfirina IX)