UNIVERSIDAD POPULAR AUTÓNOMA DEL

ESTADO DE PUEBLA

ACTIVIDAD
“PROTEIN DATA BANK (PDB)”

ALUMNA:
JACQUELINE MORALES SÁNCHEZ

ASIGNATURA
BIOTECNOLOGÍA DE LOS ALIMENTOS

OTOÑO 2021

CATEDRATICA:
IRMA FABIOLA BAUTISTA FIGUEIRAS

LICENCIATURA NUTRICIÓN

FECHA DE ENTREGA: 10 DE OCTUBRE DE 2021

INDICE
INTRODUCCIÓN ............................................................................................................... 3
DESARROLLO .................................................................................................................. 3
CONCLUSIONES .............................................................................................................. 9
REFERENCIAS ............................................................................................................... 10
INTRODUCCIÓN

En los últimos años, la biotecnología ha experimentado grandes avances que se

han visto reflejados en muchas de sus aplicaciones industriales, como en la
obtención de productos químicos, en la industria alimentaria y farmacéutica.
Los procesos catalizados por enzimas en la industria son cada día más numerosos,
ya que presentan una serie de ventajas frente a los catalizadores convencionales
no biológicos. (Rivera & García, 2007)
Según Rivera & García (2007) “Las enzimas son los catalizadores de las reacciones
de los sistemas biológicos, cuyas dos principales características son la extrema
especificidad y la increíble velocidad de reacción”.
Las enzimas se usan extensivamente en la industria: proteasas y lipasas se incluyen
en detergentes; amilasas y glucosa isomerasas se utilizan en la obtención de
jarabes de glucosa o fructosa a partir de maíz. Todas ellas presentan una gran
eficiencia cuando son empleadas en la industria (Cheetham, 1995).
Las enzimas microbianas son más usadas que las enzimas derivadas de plantas o
animales, por la variedad de actividades catalíticas, la posibilidad de producir
grandes cantidades empleando manipulación genética y el rápido crecimiento de
los microorganismos. Las enzimas microbianas presentan mayor estabilidad que las
enzimas extraídas de plantas y animales; así mismo su producción es más
conveniente y segura (Wiseman, 1995).

DESARROLLO
1. IDENTIFICA COMO ESTA ESTRUCTURADA LA BUSQUEDA DE ENZIMAS DE
ACUERDO A LOS NUMEROS EC Y DESCRIBELA.
La clasificación de enzimas (EC) se basa en las recomendaciones del Comité de
Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular
(IUBMB). El PDB asigna números de EC (Comisión de Enzimas) a cadenas de
proteínas en estructuras de acuerdo con el tipo de reacción química catalizada,
donantes específicos y receptores de grupos químicos que participan en las
reacciones, etc., todos basados en información de UniProtKB, GenBank, KEGG o
son los autores. El navegador incluye enzimas a las que se les ha asignado un
número EC.
La clasificación EC agrupa las enzimas que realizan las mismas funciones
enzimáticas o relacionadas. El navegador EC se usa para explorar enzimas que
tienen funciones similares, forma de enzima y/o arreglos de aminoácidos que
realizan la reacción enzimática. También se puede utilizar para identificar y explorar
estructuras de enzimas que tienen funciones similares pero diferentes formas y/o
mecanismos de reacción enzimática.
Los usuarios pueden navegar por un nombre de clase EC, escribiendo un nombre
de enzima específico o un número EC (parcial o completo) en el cuadro de
búsqueda en la parte superior de la página.
Puede escribir 1 dígito en el primer campo (la clase de enzima), 1 o 2 dígitos en el
segundo y tercer campo (subclase y subclase) y hasta 3 dígitos en el cuarto campo.
Por ejemplo, puede escribir 1.2.1.26 para obtener la entrada ENZYME
correspondiente.
También puede ingresar un número EC parcial para obtener una lista de todas las
entradas ENZIMAS cuyos números EC comienzan con el patrón dado.

INTENTA REALIZAR UNA BUSQUEDA YA SEA POR NOMBRE (EN INGLES) O

POR UN NUMERO EC. DESCRIBE TU EXPERIENCIA
1. Yo entré a la página: https://enzyme.expasy.org/ donde me apareció un apartado
donde podías buscar las enzimas por número, por clase, por nombre, por
compuesto químico, por cofactor y por comentarios.

2. Después decidí buscar por nombre, coloqué en el buscador “aldehyde reductase”

y enseguida me redireccionó a varias entradas donde tuve que elegir una; en mi
caso la primera, que tenía el número EC 1.1.1.1.
Me parece que está es una técnica muy practica para obtener información acerca
de las enzimas, ya que además de la organización y facilidad al hacer las
búsquedas, se encuentra información sumamente relevante.
COLOCA LOS DATOS ENCONTRADOS
Dentro de los datos que podemos encontrar son: el nombre aceptado oficial de la
enzima, su nombre alternativo, reacciones catalizadas, cofactor o cofactores,
comentarios acerca de sus funciones o de cómo es que actúa y algunas referencias.
ENTRA AL GRUPO DE LAS HIDROLASAS, BUSCA EL NUMERO EC PARA LAS
GLICOSILASAS, CUANTAS ENZIMAS HAY EN ESTE GRUPO
Después de entrar al grupo de hidrolasas y seleccionar glicosilasas, aparece que
en ese grupo hay 7542 entradas poliméricas.

Después encontré que el número de clasificación de este grupo es 3.2; así que lo
busqué.

Cuando busqué la enzima por su número EC, me aparecieron 50 enzimas en esa

clasificación.
COPIA Y PEGA LA IMAGEN TRIDIMENSIONAL DE LA ENZYMA CON NUMERO
EC 3.4.22.2 COLOCA SU NOMBRE, Y DESCRIBE SU FUNCION
ENCONTRARAS VARIAS ESTRUCTURAS (ELIJE UNA) CON SUS ARTICULOS
INDEXADOS.

La enzima con el número EC 3.4.22.2 es la Papaína.

La papaína (EC 3.4.22.2) es una enzima proteolítica, cuya estructura tridimensional
ha sido determinada por difracción de rayos X a una resolución de 2.8 A (Drenth, J.,
Jansonius, JN, Koekoek, R., Swen, HM, y Wothers, BG (1968), Nature (Londres)
218, 929-932). El sitio activo es un surco en la superficie molecular en el que el
grupo sulfhidrilo esencial de la cisteína-25 está situado junto al anillo imidazol de la
histidina-159.
Esta enzima proviene del látex de la papaya (Carica papaya). Es inhibido por el
compuesto E-64 y proteínas de la familia de las cistatinas. Pertenece a la familia de
las peptidasas C1 y anteriormente su número EC era 3.4.4.10.
Su reacción catalizada es la hidrólisis de proteínas con amplia especificidad por
enlaces peptídicos, pero con preferencia por un aminoácido que lleve una cadena
lateral hidrófoba grande en la posición P2. No acepta Val en P1 '.

¿CUANTOS ARTICULOS ENCONTRASTE SOBRE ESTA ENZYMA?

33 artículos.

CONCLUSIONES
Me parece que el tipo de paginas como el PDB, son de suma importancia en
disciplinas como la biotecnología, ya que facilitan tanto la búsqueda de información
como el análisis de su estructura 3D, que como se menciona en varias entradas de
esta página: es el único sitio donde se pueden encontrar.
En el caso del Expasy, a mí me pareció un sitio muy fácil de usar y que presenta
una base de datos con información clara y resumida acerca del tipo de enzima que
estes buscando.
REFERENCIAS
-Rivera-Pérez, C., & García-Carreño, F. (2007). Enzimas Lipolíticas y su Aplicación
en la Industria del Aceite. BioTecnología, 11(2), 37-45.
-Protein Data Bank (2021). Clasificación de enzimas. Disponible en:
https://www.rcsb.org/docs/search-and-browse/browse-options/enzyme-
classification
-Protein Data Bank (2021). Navegador de clasificación de enzimas. Disponible en:
https://www.rcsb.org/search/browse/ec
-Expasy (2021). ENZYME. Enzyme nomenclature data base. Disponible en:
https://enzyme.expasy.org/