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http://es.wikipedia.org/wiki/Enzima
Introducción
En bioquímica, se llaman enzimas las sustancias de naturaleza proteica que
catalizan reacciones químicas, siempre que sea termodinámicamente
posible (si bien no pueden hacer que el proceso sea más
termodinámicamente favorable). En estas reacciones, las enzimas actúan
sobre unas moléculas denominadas sustratos, las cuales se convierten en
diferentes moléculas, los productos. Casi todos los procesos en las células
necesitan enzimas para que ocurran en tasas significativas. A las reacciones
mediadas por enzimas se las denomina reacciones enzimáticas.
Estructura de la triosafosfato
isomerasa. Conformación en
forma de diagrama de cintas
rodeado por el modelo de
relleno de espacio de la
proteína. Esta proteína es una
eficiente enzima involucrada en
el proceso de transformación
de azúcares en energía en las
células.
Debido a que las enzimas son extremadamente selectivas con sus sustratos
y su velocidad crece sólo con algunas reacciones de entre otras
posibilidades, el conjunto (set) de enzimas sintetizadas en una célula
determina el metabolismo que ocurre en cada célula. A su vez, esta síntesis
depende de la regulación de la expresión génica.
Como todos los catalizadores, las enzimas funcionan aumentando y
disminuyendo la energía de activación (ΔG‡) de una reacción, de forma que
se acelera sustancialmente la tasa de reacción. Las enzimas no alteran el
balance energético de las reacciones en que intervienen, ni modifican, por lo
tanto, el equilibrio de la reacción, pero consiguen acelerar el proceso incluso
millones de veces. Una reacción que se produce bajo el control de una
enzima, o de un catalizador en general, alcanza el equilibrio mucho más
deprisa que la correspondiente reacción no catalizada.
Las Enzimas- 1
Al igual que ocurre con otros catalizadores, las enzimas no son consumidas
por las reacciones que ellas catalizan, ni alteran su equilibrio químico. Sin
embargo, las enzimas difieren de otros catalizadores por ser más
específicas. Las enzimas catalizan alrededor de 4.000 reacciones
bioquímicas distintas. [1] No todos los catalizadores bioquímicos son
proteínas, pues algunas moléculas de ARN son capaces de catalizar
reacciones (como el fragmento 16S de los ribosomas en el que reside la
actividad peptidil transferasa).
La actividad de las enzimas puede ser afectada por otras moléculas. Los
inhibidores enzimáticos son moléculas que disminuyen o impiden la
actividad de las enzimas, mientras que los activadores son moléculas que
incrementan la actividad. Asimismo, gran cantidad de enzimas requieren de
cofactores para su actividad. Muchas drogas o fármacos son moléculas
inhibidoras. Igualmente, la actividad es afectada por la temperatura, el pH,
la concentración de la propia enzima y del sustrato y otros factores físico-
químicos.
Algunas enzimas son usadas comercialmente, por ejemplo, en la síntesis de
antibióticos y productos domésticos de limpieza. Además, ampliamente
utilizadas en variados procesos industriales, como son la fabricación de
alimentos, destinción de jeans o producción de biocombustibles.
1. Etimología e historia
Desde finales del siglo XVIII y principios del siglo XIX, se conocía la
digestión de la carne por las secreciones del estómago [2] y la conversión
del almidón en azúcar por los extractos de plantas y la saliva. Sin embargo,
no había sido identificado el mecanismo. [3]
En el siglo XIX, cuando se estaba estudiando la fermentación del azúcar en
el alcohol con levaduras, Louis Pasteur llegó a la conclusión de que esta
fermentación era catalizada por una fuerza vital contenida en las células de
la levadura, llamadas fermentos, e inicialmente se pensó que solo
funcionaban con organismos vivos. Escribió que "la fermentación del alcohol
es un acto relacionado con la vida y la organización de las células de las
levaduras, y no con la muerte y la putrefacción de las células". [4]
En 1878 el fisiólogo Wilhelm Kühne (1837-1900) acuñó el término enzima,
que viene del griego ενζυμον "en levadura", para describir este proceso. La
palabra enzima fue usada después para referirse a sustancias inertes como
el pepsin. Por otro lado, la palabra "fermento" solía referirse a la actividad
química producida por organismos vivientes.
En 1897 Eduard Buchner comenzó a estudiar la habilidad de los extractos
de levadura para fermentar azúcar debido a la ausencia de células vivientes
de levadura. En una serie de experimentos en la Universidad Humboldt de
Berlín, encontró que el azúcar era fermentada inclusive cuando no había
elementos vivos en los cultivos de células de levaduras. [5] Llamó a la
enzima que causa la fermentación de la sacarosa, “zimasa”. [6] En 1907
recibió el Premio Nobel de Química "por sus investigaciones bioquímicas y el
haber descubierto la fermentación libre de células". Siguiendo el ejemplo de
Buchner, las enzimas son usualmente nombradas de acuerdo a la reacción
que producen. Normalmente, el sufijo "-asa" es agregado al nombre del
sustrato (p. ej., la lactasa es la enzima que degrada lactosa) o al tipo de
reacción (p. ej., el ADN polimerasa forma polímeros de ADN).
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Tras haber mostrado que las enzimas pueden funcionar fuera de una célula
viva, el próximo paso era determinar su naturaleza bioquímica. En muchos
de los trabajos iniciales se notó que la actividad enzimática estaba asociada
con proteínas, pero algunos científicos (como el premio Nobel Richard
Willstätter) argumentaban que las proteínas eran simplemente el transporte
para las verdaderas enzimas y que las proteínas per se no eran capaces de
realizar catálisis." Sin embargo, en 1926, James B. Sumner demostró que la
enzima ureasa era una proteína pura y la cristalizó. Summer hizo lo mismo
con la enzima catalasa en 1937. La conclusión de que las proteínas puras
podían ser enzimas fue definitivamente probada por John Howard Northrop
y Wendell Meredith Stanley, quienes trabajaron en diversas enzimas
digestivas como la pepsina (1930), la tripsina y la quimotripsina. Estos tres
científicos recibieron el Premio Nobel de Química en 1946. [7]
El descubrimiento de que las enzimas podían ser cristalizadas permitía que
sus estructuras fuesen resueltas mediante técnicas de cristalografía y
difracción de rayos X. Esto se llevó a cabo en primer lugar con la lisozima,
una enzima encontrada en las lágrimas, la saliva y los huevos, capaces de
digerir la pared de algunas bacterias. La estructura fue resuelta por un
grupo liderado por David Chilton Phillips y publicado en 1965. [8] Esta
estructura de alta resolución de lisozimas, marcó el comienzo en el campo
de la biología estructural y el esfuerzo por entender cómo las enzimas
trabajan a un nivel molecular.
2. Estructuras y mecanismos de acción:
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proceso de catálisis, o de unir pequeñas moléculas, como los sustratos o
productos (directos o indirectos) de la reacción catalizada. Estas uniones
pueden incrementar o disminuir la actividad enzimática, dando lugar así a
una regulación por retroalimentación.
Al igual que las demás proteínas, las enzimas se componen de una cadena
lineal de aminoácidos que se pliegan durante el proceso de traducción para
dar lugar a una estructura terciaria tridimensional de la enzima, susceptible
de presentar actividad. Cada secuencia de aminoácidos es única y por tanto
da lugar a una estructura única, con propiedades únicas. En ocasiones,
proteínas individuales pueden unirse a otras proteínas para formar
complejos, en lo que se denomina estructura cuaternaria de las proteínas.
La mayoría de las enzimas, al igual que el resto de las proteínas, pueden
ser desnaturalizadas si se ven sometidas a agentes desnaturalizantes como
el calor, los pHs extremos o ciertos compuestos como el SDS. Estos agentes
destruyen la estructura terciaria de las proteínas de forma reversible o
irreversible, dependiendo de la enzima y de la condición.
2. 1. Especificidad
Las enzimas suelen ser muy específicas tanto del tipo de reacción que
catalizan como del sustrato involucrado en la reacción. La forma, la carga y
las características hidrofílicas/hidrofóbicas de las enzimas y los sustratos
son los responsables de dicha especificidad. Las enzimas también pueden
mostrar un elevado grado de estereoespecificidad, regioselectividad y
quimioselectividad. [13]
Algunas de estas enzimas que muestran una elevada especificidad y
precisión en su actividad son aquellas involucradas en la replicación y
expresión del genoma. Estas enzimas tienen eficientes sistemas de
comprobación y corrección de errores, como en el caso de la ADN
polimerasa, que cataliza una reacción de replicación en un primer paso,
para comprobar posteriormente si el producto obtenido es el correcto. [14]
Este proceso, que tiene lugar en dos pasos, da como resultado una media
de tasa de error increíblemente baja, en torno a 1 error cada 100 millones
de reacciones en determinadas polimerasas de mamíferos. [15] Este tipo de
mecanismos de comprobación también han sido observados en la ARN
polimerasa, [16] en la ARNt aminoacil sintetasa [17] y en los ribosomas.
[18]
Aquellas enzimas que producen metabolitos secundarios son denominadas
promiscuas, ya que pueden actuar sobre una gran variedad de sustratos.
Por ello, se ha sugerido que esta amplia especificidad de sustrato podría ser
clave en la evolución y diseño de nuevas rutas biosintéticas. [19]
2. 1. 1. Modelo de la "llave-cerradura"
Las enzimas son muy específicas, esto fue sugerido por Emil Fisher en
1894. Con base en sus resultados dedujo que ambas moléculas (enzima y
sustrato) poseen complementariedad geométrica, cuyas formas encajan
exactamente una con otra. [20] Esto es citado comúnmente como "la llave-
cerradura", refiriéndose a la enzima como una especie de cerradura y al
sustrato como una llave que encaja de forma perfecta en la cerradura,
como se observa en la figua. Sin embargo, si bien este modelo explica la
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especificidad de las enzimas, falla al explicar la estabilización del estado de
transición que las enzimas logran.
El modelo llave-
cerradura supone que la
estructura del sustrato y
la del centro activo son
complementarias, de la
misma forma que una
llave encaja en una
cerradura. Este modelo
es válido en muchos
casos, pero no es
siempre correcto.
En algunos casos, el
centro activo
adopta la
conformación
idónea sólo en
presencia del
sustrato. La unión
del sustrato al
centro activo del
enzima
desencadena un
cambio
conformacional que
da lugar a la
formación del
producto.
2. 2. Modulación alostérica
Los cambios alostéricos (zonas de la enzima diferentes al sitio activo)
permiten un cambio estructural de la proteína en respuesta a la unión de
efectores. La modulación puede ser directa, cuando el efector se une
directamente a sitios de unión en la enzima, o indirecta, donde el efector se
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une a otra proteína o a una subunidad proteíca que interactúa con la enzima
alostérica y que influencia la actividad catalítica.
3. Clasificación
Existe una clasificación normalizada con 6 categorías principales
dependiendo de la reacción que catalice la enzima. Cada enzima está
clasificada mediante su número EC.
3. 1. Oxirreductasas
Catalizan reacciones de oxidorreducción o redox. Precisan la colaboración de
las coenzimas de oxidorreducción (NAD+, NADP+, FAD) que aceptan o
ceden los electrones correspondientes; tras la acción catalítica, estas
coenzimas quedan modificadas en su grado de oxidación, por lo que deben
ser transformadas antes de volver a efectuar la reacción catalítica.
Ejemplos: deshidrogenasas, peroxidasas.
3. 2. Transferasas
Transfieren grupos activos (obtenidos de la ruptura de ciertas moléculas) a
otras sustancias receptoras. Suelen actuar en procesos de interconversión
de monosacáridos, aminoácidos, etc.
Ejemplos: transaminasas, quinasas.
3. 3. Hidrolasas
Verifican reacciones de hidrólisis con la consiguiente obtención de
monómeros a partir de polímeros. Actúan en la digestión de los alimentos,
previamente a otras fases de su degradación. La palabra hidrólisis se deriva
de hidro 'agua' y lisis 'disolución'
Ejemplos: glucosidasas, lipasas, esterasas.
3. 4. Isomerasas
Actúan sobre determinadas moléculas obteniendo de ellas sus isómeros de
función o de posición, es decir, catalizan la racemizacion y cambios de
posición de un grupo en determinada molécula obteniendo formas
isoméricas. Suelen actuar en procesos de interconversión.
Ejemplo: epimerasas (mutasa).
3. 5. Liasas
Catalizan reacciones en las que se eliminan grupos (H2O, CO2 y NH3) para
formar un doble enlace o añadirse a un doble enlace, capaces de catalizar la
reducción en un sustrato. El sustrato es una molécula, la cual, se une al
sitio activo de la enzima para la formación del complejo enzima-sustrato. El
mismo, por acción de la enzima, es transformado en producto y es liberado
del sitio activo, quedando libre para recibir otro sustrato.
Ejemplos: descarboxilasas, liasas.
3. 6. Ligasas
Realizan la degradación o síntesis de los enlaces denominados "fuertes"
mediante al acoplamiento a sustancias de alto valor energético (como el
ATP).
Ejemplos: sintetasas, carboxilasas.
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4. Activadores
Algunas enzimas necesitan para su actividad iones inorgánicos específicos
que reciben el nombre de activadores. Los activadores que se necesitan con
más frecuencia son los iones de hierro, cobre, manganeso, magnesio,
cobalto y zinc. De ordinario, sólo un ion funciona con una determinada
enzima, pero en ciertos casos se pueden sustituir ciertos iones por otros,
persistiendo una actividad enzimática satisfactoria.
5. Inhibidores
Las moléculas que regulan la actividad enzimática inhibiendo su actividad
pueden clasificarse en reversibles e irreversibles. Las irreversibles se unen
covalentemente a la enzima y son útiles en farmacología (penicilina,
aspirina).
Las reversibles pueden clasificarse, a su vez, en competitivas y no
competitivas. Las competitivas modifican la Km del enzima ya que se unen
al centro activo de éste e impiden la unión con el sustrato (se necesitará
más para activar las enzimas). Las no competitivas, se unen a otro lugar de
la enzima, modificando la Vmáx. (velocidad en que se forma producto por
unidad de tiempo) ya que al unirse, el enzima queda inactivada.
6. Aplicaciones industriales
Las enzimas son utilizadas en la industria química y en otras aplicaciones
industriales en donde se requiere el uso de catalizadores muy
especializados. Una de las aplicaciones industriales en las que se usan
enzimas es en la industria de los detergentes biológicos, ya que estos en su
mayoría contienen enzimas tales como la amilasa, la lipasa y en algunos
casos la celulosa, que de acuerdo a un uso específico ayudan a eliminar la
gran mayoría de manchas e imperfecciones en algunas pieles. Sin embargo,
las enzimas en general están limitadas en el número de reacciones que han
evolucionado a catálisis y también por su falta de estabilidad en solventes
orgánicos y a altas temperaturas. Consecuentemente, la ingeniería de las
proteínas es un área de investigación activa que involucra intentos de crear
nuevas enzimas con novedosas propiedades, ya sea por diseño racional o
por evolución in vitro. [23] [24]
Inhibidor enzimático
Los inhibidores enzimáticos son moléculas que se unen a enzimas y
disminuyen su actividad. Puesto que el bloqueo de una enzima puede matar
a un organismo patógeno o corregir un desequilibrio metabólico, muchos
medicamentos actúan como inhibidores enzimáticos. También son usados
como herbicidas y pesticidas. Sin embargo, no todas las moléculas que se
unen a las enzimas son inhibidores; los activadores enzimáticos se unen a
las enzimas e incrementan su actividad.
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la proteasa, el ritonavir. La estructura
de la proteasa se muestra mediante
cintas de color rojo, azul y amarillo,
mientras que el inhibidor es
representado por una estructura de
esferas y varillas cerca del centro de
la proteasa. Modelos creado a partir
del PDB 1HXW.
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Los inhibidores reversibles se unen a las enzimas mediante interacciones no
covalentes tales como los puentes de hidrógeno, las interacciones
hidrofóbicas y los enlaces iónicos. Los enlaces débiles múltiples entre el
inhibidor y el sitio activo se combinan para producir una unión fuerte y
específica. Al contrario de lo que ocurre con el sustrato y los inhibidores
irreversibles, los inhibidores reversibles generalmente no experimentan
reacciones químicas cuando se unen a la enzima y pueden ser eliminados
fácilmente por dilución o por diálisis.
1. 1. Tipos de inhibidores reversibles
Inhibición competitiva: el
sustrato (S) y el inhibidor
(I) compiten por el sitio
activo.
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2. Inhibidores irreversibles
3. Control metabólico
Los inhibidores enzimáticos son también importantes a nivel del control
metabólico. Muchas de las rutas metabólicas que tienen lugar en la célula
son inhibidas por metabolitos que controlan la actividad enzimática
mediante procesos de regulación alostérica o inhibición por sustrato. A
modo de ejemplo cabe destacar la regulación alostérica de la glucólisis. Esta
ruta catbólica consume glucosa y produce ATP, NADH y piruvato. Una de las
etapas clave en la regulación de la glucolisis es la reacción catalizada por la
fosfofructoquinasa-1 (PFK1). Cuando los niveles de ATP aumentan, el ATP
se une a un sitio alostérico de la PFK1, con lo que se reduce la actividad de
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la enzima, la glucolisis se inhibe y los niveles de ATP se reducen de nuevo.
Este control por retroalimentación negativa (feedback negativo) ayuda a
mantener los niveles de ATP constantes en la célula. Sin embargo, las rutas
metabólicas no están únicamente reguladas por medio de la inhibición, la
activación enzimática es igualmente importante. La enzima PFK1 presenta
activadores alostéricos, como son la fructosa 2,6-bifosfato y el ADP. [32]
La inhibición enzimática fisiológica también puede ser producida por
inhibidores proteicos específicos. Este mecanismo se puede observar en el
páncreas, donde se sintetizan multitud de precursores de enzimas
digestivas denominadas zimógenos. Muchos de ellos son activados por la
tripsina, una proteasa, por lo que es muy importante inhibir la actividad de
la tripsina en el páncreas con el fin de prevenir fenómenos de autodigestión.
Uno de los mecanismos para mantener la tripsina inactiva es la producción
de un potente y específico inhibidor de tripsina en el páncreas. Este
inhibidor se une con una alta afinidad a la tripsina, previniendo así su
actividad. [33] Aunque el inhibidor de tripsina es una proteína, no es
hidrolizado por la propia tripsina, ya que elimina las moléculas de agua de
su centro activo y desestabiliza el estado de transición. [34] Otros ejemplos
de inhibidores enzimáticos fisiológicos son el inhibidor barstar, cuya función
es inhibir la actividad de una ribonucleasa bacteriana denominada barnasa,
[35] y los inhibidores de las protein-fosfatasas. [36]
3.1. Inhibidores de la acetilcolinesterasa
La acetilcolinesterasa (AChE) es una enzima que se encuentra en los
animales, desde los insectos hasta los humanos. Es esencial en la actividad
que desempeñan las neuronas, ya que su función consiste en la ruptura del
neurotransmisor acetilcolina en sus constituyentes, acetato y colina. Es una
caso único entre los neurotransmisores, ya que la mayoría de ellos, como la
serotonina, la dopamina o la noradrenalina, son reabsorbidos en la brecha
sináptica. Existe un amplio número de inhibidores de la AChE que son
utilizados tanto en el campo de la medicina como en el campo de la
agricultura. Algunos de estos inhibidores son reversibles, como el
[[edrofonio], la fisostigmina, y la neostigmina, los cuales son utilizados en
el tratamiento de la miastenia gravis y en la aplicación de anestesia. Los
pesticidas del tipo carbamato son otro ejemplo de inhibidores reversibles de
la AChE. Como ejemplo de inhibidores irreversibles de la AChE caben
destacar los insecticidas organofosforados, como el malathion, el paratión y
los clorpirifos.
3. 2. Venenos naturales
Tanto algunos animales como algunas plantas son capaces de sintetizar una
amplia gama de sustancias venenosas de diverso origen: metabolitos
secundarios, péptidos y proteínas, que pueden actuar como inhibidores
enzimáticos. Las toxinas naturales suelen ser pequeñas moléculas orgánicas
con tanta diversidad que probablemente existan inhibidores para la mayoría
de los procesos metabólicos. [37] Dicha inhibición puede producirse a
diferentes niveles en la célula: inhibición de receptores de membrana, de
canales iónicos o de proteínas estructurales. Por ejemplo, el paclitaxel
(taxol), una molécula orgánica obtenida del tejo (Taxus), se une con una
elevada afinidad a los dímeros de tubulina, impidiendo así el proceso de
polimerización de los microtúbulos, crucial, entre otras cosas, en la división
celular. [38]
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Muchos de estos venenos naturales actúan como neurotoxinas capaces de
causar parálisis que pueden llevar a la muerte, pudiendo ser utilizados como
estrategia defensiva frente a los depredadores o como sistema de caza en la
captura de presas. Algunos de estos inhibidores naturales, a pesar de sus
características tóxicas, son muy valorados por sus potenciales usos
terapéuticos cuando son administrados en dosis adecuadas. [39] Como
ejemplo de neurotoxina cabe destacar los glicoalcaloides, obtenidos a partir
de las plantas pertenecientes a la familia Solanaceae (entre las que se
incluyen la patata, el tomate y la berenjena), que son inhibidores de la
acetilcolinesterasa. La inhibición de esta enzima causa un aumento
descontrolado de los niveles del neurotransmisor acetilcolina, lo que
conlleva parálisis muscular y muerte. La neurotoxicidad también puede ser
el resultado de la inhibición de receptores, como en el caso de la atropina,
obtenida a partir de la especie Atropa belladonna, que funciona como un
antagonista competitivo de los receptores muscarínicos de acetilcolina. [40]
Aunque muchas de las toxinas naturales son metabolitos secundarios,
algunas son péptidos o proteínas. Como ejemplo cabe destacar a la toxina
peptídica alfa-amanitina, encontrada en los hongos de la especie Amanita
phalloides, que es un potente inhibidor enzimático capaz de impedir la
actividad de la ARN polimerasa II en la transcripción del ADN. [41] Otra
toxina peptídica es la microcistina, encontrada en ciertas algas y capaz de
inhibir ciertas protein-fosfatasas. [42] Esta toxina puede contaminar las
reservas de agua si las algas que la producen alcanzan determinados
niveles de concentración. Se ha demostrado su alto potencial carcinogénico
y su capacidad de causar hemorragia hepática aguda y muerte tras una
exposición a altas dosis. [43]
Las proteínas también pueden llegar a ser venenos naturales, como es el
caso del inhibidor de tripsina (discutido anteriormente) encontrado en
algunas legumbres. Menos comunes son las enzimas tóxicas. Este tipo de
enzimas actúan como inhibidores irreversibles de dianas enzimáticas que
modifican químicamente sus sustratos enzimáticos. Un ejemplo es el ricino,
una proteína tóxica extremadamente potente, que se encuentra en la planta
Ricinus communis. Esta enzima es una glicosidasa que inactiva a los
ribosomas. Como el ricino es un inhibidor catalítico irreversible, esto
permite que tan solo una molécula de ricino pueda matar una célula. [44]
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