INGENIERÍA METABÓLICA DE BACTERIAS

Entre los compuestos generados por la industria química, destacan los

combustibles aromáticos con un gran número de aplicaciones en los sectores
farmacéutico, alimentario y energético. Esto permite la producción de compuestos
aromáticos y útiles con un costo de producción relativamente bajo. Por estas
razones, ha surgido el interés en la investigación tecnológica para producir
compuestos útiles mediante procesos contaminantes que no dependan del
petróleo. Todos los seres vivos tienen la capacidad de realizar sustancias
químicas porque poseen proteínas especializadas llamadas enzimas que
funcionan como catalizadores.
La biotecnología estudia y explota la capacidad catalítica natural de este
organismo para generar procesos biológicos útiles. El conjunto de reacciones
químicas que ocurren en a se denomina metabolismo. Sin embargo, en su estado
natural, las células no producen grandes cantidades de compuestos útiles
industrialmente. Por eso, es necesario modificarlos para que adquieran tal
habilidad, para que se conviertan en fábricas químicas.
El campo de la biotecnología relacionado con el estudio y modificación del
metabolismo es la ingeniería de vías metabólicas. Esta se puede definir como la
modificación racional y de las reacciones que constituyen el metabolismo de un
organismo, con el fin de mejorar sus propiedades o su productividad. La parte
central de la figura muestra la relación entre la información genética contenida en
el genoma de una célula, las proteínas y su efecto sobre el metabolismo.
El dogma central de la biología que dicta que la información genética fluye desde
el ácido desoxirribonucleico al ácido ribonucleico y finalmente a las proteínas. El
metabolismo es un proceso celular en el que interviene un gran número de
proteínas diferentes. La célula tiene mecanismos para coordinar qué proteínas y
cuántas se necesitan dependiendo de las condiciones externas. Cualquier célula
microbiana típica tiene el potencial genético en el genoma para sintetizar un
número considerable de proteínas. En el caso de la bacteria Escherichia coli, se
estima que se trata de casi 4400 proteínas diferentes. El control sobre las
proteínas que se sintetizan se produce principalmente a nivel de la síntesis de
ARN. Hay proteínas, llamadas reguladores, que facilitan o impiden la transcripción
de un gen.
Así, gracias a la regulación genética, la célula tiene mecanismos para controlar
que solo se sinteticen las proteínas necesarias para una determinada condición
ambiental. La posibilidad de modificar el metabolismo directamente es el
conocimiento actual de las reacciones químicas que producen las enzimas que
catalizan estas reacciones y los genes que las codifican. Siendo el metabolismo
una red muy grande y compleja de reacciones, se necesitan metodologías para
analizarlo cuantitativamente.
Una aplicación importante de la ingeniería genética ha sido el desarrollo de cepas
bacterianas capaces de producir grandes cantidades de proteínas terapéuticas
como la insulina y la hormona del crecimiento. La biología estructural y las
técnicas de ADN recombinante se han aplicado al estudio y modificación de
proteínas, desarrollando así la ingeniería de proteínas. La ingeniería de proteínas
generalmente se aplica al mejoramiento de enzimas.
Este tipo de estudio es posible porque prácticamente todas las sustancias
químicas que componen el metabolismo de E. coli. Se sabe que aproximadamente
994 enzimas y 794 metabolitos participan en el metabolismo de esta bacteria. La
complejidad del metabolismo ha generado la necesidad de métodos de estudio
específicos, basados en enfoques teóricos experimentales. Uno de estos métodos
es el diseño de modelos de metabolismo celular in silico, es decir simulados en un
ordenador. Este tipo de estudio ha sido muy valioso para ayudar a comprender
cuáles son los límites teóricos de la capacidad de producción de determinados
metabolitos y cuáles son las distribuciones de flujo que permiten alcanzar dicho
resultado. La determinación de los flujos metabólicos en una célula viva es otro
enfoque para el estudio del metabolismo celular.
La glucosa se introduce en un cultivo bacteriano y, como resultado del
metabolismo, sus átomos de carbono pasan a formar parte de la mayoría de los
componentes celulares. El aumento de la disponibilidad metabólica de
intermediarios del metabolismo central son los precursores del metabolito a
producir. Estos puntos representan la serie de análisis y modificaciones a realizar
para generar una cepa de producción por IVM. La vía para la síntesis de
compuestos aromáticos es uno de los metabolitos esenciales, así como un gran
número de los denominados secundarios en bacterias y plantas.
Actualmente, la mayoría de los compuestos aromáticos utilizados en productos
químicos y alimentos se obtienen mediante procesos químicos, utilizando
derivados del petróleo como materia prima. Gracias a la ingeniería genética de
proteínas y vías, es posible desarrollar cepas bacterianas capaces de sintetizar
moléculas útiles, hasta ahora únicas obtenidas por síntesis. Estas cepas
bacterianas utilizarán glucosa u otras fuentes renovables de carbono como
materia prima en procesos biotecnológicos contaminantes.
Siguiendo este esquema, ha sido posible generar cepas de E. coli que tiene la
capacidad de sintetizar proteínas humanas para uso terapéutico. En el caso de los
compuestos aromáticos, ya existen ejemplos de cómo se pueden ampliar las vías
naturales de para que este microorganismo pueda sintetizar nuevos compuestos.
Siguiendo esta estrategia, se han construido cepas de E. coli, el repertorio
metabólico de compuestos derivados de la vía aromática es limitado. Contar ahora
con cepas bacterianas capaces de producirlas a partir de glucosa, abre la
posibilidad de desarrollar tecnologías biológicas sostenibles no contaminantes. Sin
embargo, si consideramos todos los organismos que tienen un camino, es posible
observar la gran diversidad de los que se derivan de él. Además del papel que
desempeñan estos compuestos en el primario del organismo, se han identificado
funciones protectoras frente a patógenos o depredadores, así como una función
en las plantas.
Entre los compuestos aromáticos que tienen un papel protector se encuentran las
melaninas. En el caso de la extracción a de cultivos de cepas naturales que
producen melanina, el principal problema es el bajo rendimiento.
Finalmente, la producción de melaninas sintéticamente es un proceso costoso
debido al bajo rendimiento de la síntesis de los precursores utilizados. Debido a
las limitaciones de los métodos descritos anteriormente, existe interés en el
desarrollo de cepas microbianas modificadas que permitan la síntesis de melanina
químicamente homogénea con una alta tasa de producción. Los métodos
desarrollados a partir de estas nuevas cepas tuvieron un éxito limitado porque
estas cepas no se modificaron para producir en exceso compuestos aromáticos.
Esto se puede lograr manipulando el metabolismo central del carbono, es decir,
canalizando la glucosa hacia la formación de precursores de aminoácidos
aromáticos y desregulando la vía de producción de tirosina. El acoplamiento de la
producción de melanina con la generación de tirosina requerirá la aplicación de
nuevas estrategias de ingeniería de rutas metabólicas para lograr un proceso de
alto rendimiento.
El etanol anhidro o etanol combustible es un combustible excelente que también
se puede utilizar como agente oxigenante para combustibles o como sustituto de
la gasolina. El etanol combustible se produce mediante tecnologías biológicas a
partir de materiales renovables, no es contaminante ya que su uso no aumenta la
concentración neta de dióxido de carbono en la atmósfera. Por tanto, el uso del
etanol carburante no propicia el incremento de temperatura ni el cambio climático
en el planeta. Existen tecnologías ahora consolidadas y bien desarrolladas para
producir etanol combustible. Estas tecnologías utilizan sacarosa de caña en Brasil
y glucosa de almidón de maíz como fuente de carbono. México no es
autosuficiente en la producción de además, más de ocho millones de toneladas de
cereal son importadas cada año para satisfacer las necesidades directas de la
población, o indirectamente a través del engorde de ganado para el consumo
humano. Por lo tanto, esta materia prima no es viable para el etanol combustible.
Por otro lado, si bien México produce sacarosa en exceso y la exporta, este
azúcar de la caña de azúcar tampoco es una materia prima viable para producir
etanol.
Debido a su abundancia y su capacidad de renovación sostenible, las materias
primas más viables para la producción de biocombustibles resultan ser los
azúcares presentes en los residuos agroindustriales, y su bajo costo o cero es otro
factor que favorece su uso. Los residuos de la industria azucarera y
potencialmente cualquier residuo son sustratos menos costosos, pero más
complejos que la glucosa y sacarosa, y pueden convertirse en útiles mediante
procesos de fermentación. Técnica y económicamente, se debe realizar hidrólisis
de la fracción de hemicelulosa, generando jarabes que contengan arabinosa y
glucosa, e hidrólisis de fracción enzimática celulósica, para generar glucosa y
celobiosa.
La mayoría de los microorganismos en la naturaleza lo utilizan para llevar a cabo
sus actividades metabólicas. Los microorganismos más eficientes en la producción
de etanol, la levadura Saccharomyces cerevisiae y la bacteria Zymomonas
mobilis, utilizan únicamente glucosa, sacarosa y fructosa para producir etanol,
pero no tienen la capacidad de metabolizan xilosa, arabinosa y celobiosa, o
cualquiera de ellas. Las cepas de bacterias de levadura se pueden diseñar y
cultivar para metabolizar y canalizar el flujo esquelético a la formación de etanol a
partir de pentosas como la xilosa y la arabinosa. Desde un punto de vista técnico e
industrial, las cepas más exitosas fueron las construidas por IVM a partir de E. coli
mediante la introducción de vías foráneas para producir etanol.
Actualmente varios grupos en el mundo, incluyendo el nuestro de ingeniería
metabólica en el Instituto de Biotecnología de la UNAM, estamos tratando de
mejorar cepas como la descrita anteriormente.
Los principales objetivos son obtener mayores concentraciones de etanol en
menor tiempo, realizar la hidrólisis de la fracción celulósica del bagazo de caña en
el mismo reactor para que fermenten al mismo tiempo tanto las pentosas y
hexosas, provenientes de la fracción hemicelulósica, como la glucosa, obtenida de
la hidrólisis de la celulosa.
En mi opinión esta es una de las ramas más interesantes y que más se deberían
estudiar dado su importancia tanto de estudio como para uso industrial. Es de
suma importancia la modificación de las cepas para producción de algún
metabolito, para realizar investigación de enfermedades o simplemente como
producción de uso industrial, pero para lograr esto se requiere de mucha
colaboración tecnológica y científica. Son procesos muy interesantes, la ingeniería
de vías metabólicas ya que requiere de muchos estudios para lograr mejorar estas
cepas.