De nucleosoma en el cromosoma: una organizacin dinmica de la informacin

gentica
Resumen
la actividad del gen est controlada a diferentes niveles de organizacin de la cromatina,
que implican secuencias genmicas, estructura del nucleosoma, plegables cromatina y
disposicin cromosoma. Estos niveles estn interconectados y se influyen
mutuamente. En el nivel bsico nucleosomas general ocluyen la secuencia de ADN de la
interaccin con las protenas de unin al ADN. Evidentemente, el posicionamiento
nucleosoma es un factor importante en el control de genes y la organizacin de la
cromatina. La comprensin de las reglas biolgicas que rigen la deposicin y la
eliminacin de los nucleosomas hacia y desde la fibra de cromatina es la clave para
comprender la regulacin de genes y la organizacin de la cromatina. En esta revisin
se describen y discuten la relacin entre los diferentes niveles de organizacin de la
cromatina en las plantas y los animales.
Proporcionar informacin u obtener ayuda
Introduccin
El desarrollo de un organismo multicelular implica cambios constantes en la actividad
de los genes de una manera desarrollo- y especfica de tejido. Instrumental para este
proceso es la capacidad del ncleo para modificar su programa de encendido o apagado
de diferentes conjuntos de genes y el cambio de su protena y la composicin de
ARN. Como resultado, la clula puede responder adecuadamente a diferentes estmulos
y, si es necesario, cambiar su identidad. Bajo ciertas condiciones la clula incluso puede
convertirse en un estado menos diferenciado con mayor potencia para desarrollar
diferentes tipos de clulas, que ilustra la plasticidad del programa nuclear en clulas
eucariotas. La comprensin de los mecanismos biolgicos que subyacen nuclear (re)
programacin es un reto importante y uno de los objetivos fundamentales de la ciencia
mdica actual y la biotecnologa.
La cromatina es el componente principal en estos procesos, no slo porque se adapta la
secuencia de ADN con la informacin gentica, pero tambin porque comprende
complejos de ARN y protenas. Una propiedad fundamental de la cromatina es que se
precisa y eficiente embalado con el fin de recuperar la informacin gentica de una
manera precisa en el momento adecuado y en la celda correcta.Configuraciones de
plegado especficas de la fibra de cromatina se ejemplifican mediante interacciones
potenciador-promotor ( Hadjur et al. , 2009 ; Mishiro et al. , 2009 ) y las fbricas de
transcripcin ( Mitchell y Fraser, 2008 ) encontraron en las clulas humanas y por la
formacin de dominios heterocromatnicas como chromocenters en ratn ( Guenatri et
al. , 2004 ) y Arabidopsis ( Fransz et al. , 2002 ). Se distinguen tres niveles principales
de la organizacin de la cromatina: (i) el nucleosoma, donde el ADN se enrolla
alrededor del ncleo de histonas; (ii) la fibra de 30 nm, con una compactacin lineal
estimada de micras 100-200 kb -1 ; (iii) mayores niveles de plegado, que la posicin de
la fibra de cromosoma dentro de un territorio de cromosomas y permitir que la alta
compactacin de los cromosomas en metafase. Estos niveles superiores de plegado son
poco conocidos. Durante las dos ltimas dcadas, un nmero de modelos han sido
presentados para describir de orden superior plegado de fibras de cromatina. Estos
incluyen los modelos de pie y de bucle al azar, que difieren en la frecuencia y la
combinacin de interacciones intra-cromosmicas ( Mateos-Langerak et al. ,

2009 ). Los modelos nos ayudan a entender las propiedades fsicas del polmero de la
cromatina y contribuir a nuestro conocimiento del cromosoma plegables. Sin embargo,
seguimos siendo ignorantes de cmo se establece la organizacin cromosmica. De
qu manera los diferentes niveles de plegado contribuyen a la compactacin de la
cromatina? Cules son los factores de plegado de control cromosoma? Aqu
presentamos una visin general de la organizacin de los cromosomas en el ncleo de la
planta. Dado que la mayora de la informacin en los cromosomas eucariotas se genera
en los sistemas de clulas de mamferos tambin se incluyen datos recientes de la
organizacin de los cromosomas humanos y animales.
estructura de la cromatina
modelos cromatina plegables de bajo nivel
El cromosoma eucariota consiste en una fibra de cromatina de largo que se pliega y se
compacta de tal manera que la secuencia genmica se almacena de manera eficiente,
pero puede ser recuperada a peticin para la transcripcin, replicacin u otras
actividades genmicas. El cuadro general de la fibra de cromatina es un polmero de
nucleosomas, cada uno de los cuales est formado por un octmero de las histonas
cannicas H2A, H2B, H3 y H4, alrededor de la cual un 147-bp hlice de ADN ( Figura
1a ) se envuelve 1,7 veces ( Luger et al. , 1997 ). El nivel ms bajo de la organizacin
de la cromatina es la configuracin "perlas-de-la-cadena ', que se ha observado en
condiciones no fisiolgicas. Sin embargo, no es probable que esta configuracin de los
nucleosomas existe en una clula viva, ya que bajo condiciones fisiolgicas la cadena de
nucleosomas puede formar instantneamente una estructura de 30 nm ( Van Holde,
1988 ; Bednar et al. , 1998 ). La fibra de 30 nm se somete a pasos de plegado
complejos generando mayores niveles de compactacin de la cromatina hasta el
cromosoma en metafase extremadamente condensada. A pesar de aos de extensos
estudios cromosmicos todava somos ignorantes de la organizacin de la cromatina
interna por encima del nivel de 30 nm. Incluso la organizacin de la fibra de 30 nm
sigue siendo un tema de debate ( Maeshima et al. , 2010 ). La visin actual de la fibra
de 30 nm es una disposicin helicoidal con un grado de compactacin de 70-160 micras
kb -1 ( Robinson et al. , 2006 ), para lo cual se han propuesto dos modelos bsicos
( Wu et al. , 2007 ) . La hlice de una sola partida (solenoide) est dispuesto de forma
lineal, mientras que la hlice de dos de partida (zigzag) forma dos filas nucleosomal de
tal manera que la siguiente nucleosomas alternativa de una a la otra fila ( Figura 1b-d ) y
segundo vecino ms cercano nucleosomas se convierten en socios que
interactan. Datos experimentales recientes, incluyendo el anlisis de la estructura
cristalina, revelan dos pilas de nucleosomas, lo que favorece el modelo de zigzag
( Dorigo et al. , 2004 ; Schalch et al. , 2005 ; Grigoriev et al. , 2009 ). Dentro del
modelo de zigzag de dos inicio dos submodelos se distinguen, la "cinta helicoidal 'y el
tipo'-enlazador cruzado ', cada uno que explican las caractersticas diferentes de la fibra
30-nm, dependiendo de la longitud del ADN enlazador, que es el tramo de ADN que
conecta dos nucleosomas adyacentes ( Dorigo et al. , 2004 ; Wu et al. , 2007 ).

Figura 1.

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Estructura
y
la
disposicin
de
los
nucleosomas.
(A) Vista superior de nucleosoma que muestra la hlice de ADN (gris) envuelto
alrededor
de
un
octmero
de
histonas
(a
color).
(B) Vista superior del modelo de un solenoide de comenzar helicoidal. Nucleosomas
dispuesto
en
forma
de
espiral.
(C, d) Vista lateral de la configuracin de hlice de dos de inicio. Colas de las histonas
(lneas grises) sobresalen de la nucleosoma (c) y siguientes nucleosomas presentan una
estructura
en
zigzag
(d).
Modificado despus Dorigo et al. (2004) y Pollard y Earnshaw (2002) .
estructura de la cromatina de ADN depende de la longitud de engarce
La duracin media de ADN asociado con uno nucleosoma es la longitud de repeticin
nucleosoma (NRL), de los cuales el ADN enlazador es el componente
variable. Longitudes de enlazador de ADN son por lo general en pasos de 10 pares de
bases, tales como 20, 30 hasta 90 pares de bases ( Wong et al. , 2007), que corresponde
al nmero de pares de bases en una vuelta de rotacin de la hlice de ADN ( Widom,
1992 ). Junto con el ADN nucleosomal (147 bp) que dan lugar a LNR de 167, 177 hasta
237 pb, respectivamente, que corresponden a las longitudes de unidad de repeticin de
muchas clases de repeticin de ADN satlite. La longitud media de engarce de ADN
muestra de tejido y especificidad de especie: (20 pb en la levadura de Lee et al. , 2007 ),
30 pb en Drosophila ( Mavrich et al. , 2008 , 40 pb de mamfero) ( Schones et al. ,
2008 y) 30 pb en Arabidopsis ( Chodavarapu et al. , 2010 ). La unin de las histonas
enlazador (H1, H5) a engarce de ADN en el interior de la fibra induce una compactacin
adicional y la estabilizacin de la fibra de 30 nm, en particular, despus de la
desacetilacin de las histonas del ncleo y en apoyo de los complejos de nucleosoma
remodelacin dependientes de ATP ( Robinson et al. , 2008 ; Li et al. , 2010 ). Sin
embargo, un estudio comparativo entre las matrices de la cromatina con diferentes LNR,
167 y 197, revel que la dependencia de las histonas enlazador para la compactacin es
diferente entre los enlazadores de ADN cortas y largas ( Routh et al. , 2008 ). Ya
enlazador tramos de ADN requieren histonas enlazador para ms de compactacin y
disposicin nucleosoma regular. Por el contrario, la cromatina se extiende con
enlazadores cortos de ADN son menos afectados por las histonas enlazador y dan lugar
a una fibra de cromatina menos compacto ( Routh et al. , 2008 ; Grigoriev et al. ,
2009 ). Evidentemente, la cromatina-enlazador largo se asocia con un estado de la
cromatina reprimida, mientras que la cromatina con enlazadores cortos corresponde a un
estado transcripcionalmente activo. Los cromosomas de levadura altamente activas
tienen tramos de ADN enlazador cortas, mientras que los enlazadores largos de ADN se
han encontrado en la cromatina inactivo tal como en los ncleos spermatid ( Athey et
al. , 1990 ). Por lo tanto, longitud del engarce de ADN es un factor importante en la
estructura y la actividad de la cromatina.
el posicionamiento de nucleosomas est directamente relacionada con la actividad de la
cromatina
La longitud media de engarce de ADN se refleja en el posicionamiento de nucleosomas,
que se define como la probabilidad de que un nucleosoma comienza en un par base dada
en el genoma ( Segal y Widom, 2009 ). Desde nucleosomas generalmente ocluyen
secuencia de ADN de la interaccin con protenas de unin al ADN, tales como
activadores y represores, posicionamiento nucleosoma juega un papel importante en la
activacin y represin de las regiones de cromatina ( Wyrick et al. , 1999 ).En
consecuencia, los factores que regulan la actividad de la cromatina control de

posicionamiento nucleosoma. Se han propuesto una serie de factores para dirigir el

posicionamiento de nucleosomas. Un estudio experimental y computacional demostr
que los genomas codifican una organizacin nucleosoma intrnseca, que apunta a un
cdigo de posicionamiento de nucleosomas en la secuencia de ADN ( Segal et al. ,
2006 ; Kaplan et al. , 2009 ). Sin embargo, la secuencia genmica puede no ser el
principal determinante para el posicionamiento nucleosoma ( Zhang et al. , 2009 ). Hay
pruebas de que la metilacin del ADN a travs de interacciones de protenas en el surco
mayor afecta a la flexibilidad de ADN y por lo tanto el posicionamiento de nucleosomas
( Pennings et al. , 2005 ).Tambin histonas modificaciones puedan afectar a la posicin
local de los nucleosomas. Los estudios de simulacin de oligonucleosome estructuras
revelaron que las colas de las histonas, en particular, de la histona H4, juegan un papel
importante en la compactacin de orden superior de la cromatina ( Arya y Schlick
2006, 2009 ). De hecho, la hiperacetilacin de las histonas aumenta la accesibilidad de
ADN nucleosomal ( Anderson et al. , 2001 ; Manohar et al. , 2009 ). Incluso un solo
evento acetilacin en H4K16 puede evitar la formacin de fibras de cromatina
compactos in vitro ( Shogren-Knaak et al. , 2006 ). Colectivamente, las modificaciones
de las histonas, junto con la metilacin del ADN, factores de transcripcin,
remodeladores de la cromatina y la secuencia de ADN directa de la posicin de los
nucleosomas a lo largo de la fibra y regulan la actividad de las regiones de cromatina.
Hasta hace pocos aos slo regiones de genes limitados podran ser examinados para el
posicionamiento de nucleosomas en relacin a la secuencia y sus efectos sobre la
transcripcin. Al parecer, los promotores muestran una disposicin especfica de los
nucleosomas. El sitio de inicio de transcripcin (TSS) es precedida por una regin libre
de nucleosoma (NFR), que est flanqueado por el posicionamiento de los nucleosomas
conservado relativamente estables que contienen el H2A.Z variante de la histona
( Lee et al. , 2004 ; Raisner . Et al , 2005 ; Yuan et al. , 2005 ). Debido al rpido
desarrollo de tecnologas de procesamiento de alto rendimiento, un gran nmero de
datos de perfiles de la cromatina se han generado, incluyendo el posicionamiento global
nucleosoma. Los mapas de alta resolucin de todo el genoma de la distribucin de
nucleosomas en la levadura ( Lee et al. , 2007 ) y humano ( Schones et al. , 2008 )
demostraron en un genoma de gran escala que los patrones especficos y generales de
ocupacin nucleosoma se correlacionan con la abundancia de transcripcin y tasa de
transcripcin. Los informes confirman la ocurrencia de la NFR en los promotores,
mientras que los cuerpos de genes, especialmente los exones, muestran una alta
densidad de nucleosomas ( Andersson et al. , 2009 ). La NFR se ha encontrado sobre
todo en los genes constitutivos, por ejemplo, los genes que codifican las protenas de la
gluclisis, y est flanqueado por nucleosomas estables en la posicin +1 y -1. El
nucleosoma 1 se encuentra en o cerca de la SAT. Promotores menos activos tales como
los de genes de estrs, por ejemplo, el PHO de genes en la levadura, tienen una NFR
disminuida o estn completamente cubiertas de nucleosomas ( Shivaswamy et al. ,
2008 ). Requieren remodeladores de la cromatina y activadores para aumentar la
accesibilidad del promotor. Un trabajo reciente ha demostrado que la NFR de
promotores activos es probable que sea ocupada en gran medida por los nucleosomas
H3.3 / inestable que contiene H2A.Z-( Jin et al. , 2009 ). Su protocolo de purificacin
permiti el aislamiento de fragmentos de cromatina con nucleosomas inestables, lo que
pareca ser enriquecido para H3.3 y H2A.Z. En este contexto, el trmino "regiones
inestables nucleosomas 'es quizs ms apropiado.
Las plantas muestran caractersticas similares y patrones con respecto al
posicionamiento de nucleosomas. Genoma en todo el posicionamiento de nucleosomas
en relacin con la metilacin del ADN se estudi recientemente en Arabidopsis

( Chodavarapu et al. , 2010 ). Uso de secuenciacin de alto rendimiento de los

fragmentos-nucleosoma asociado en combinacin con sus datos de bisulfato de
secuenciacin a una resolucin de un solo nucletido los autores descubrieron una
periodicidad de 10 pb ms de ADN nucleosoma-atado en los perfiles de citosina
metilados, independientemente del contexto de la secuencia de la citosina (CG, CHG,
CHH). Esto significa que la metilacin tiene lugar probablemente a nucleosomal ADN
en lugar de engarce de ADN. De hecho, las regiones del cuerpo gen, en los exones
particulares, son ms altos ADN metilado y contienen ms nucleosomas que flanquean
las regiones ( Andersson et al. , 2009 ; Chodavarapu et al. , 2010 ). Evidentemente,
las metiltransferasas de ADN preferentemente se dirigen a ADN nucleosoma unida, lo
que sugiere que el posicionamiento nucleosoma controla la metilacin del
ADN. Patrones similares se observaron en el ADN nucleosomal humana, lo que indica
que la metilacin del ADN nucleosoma controlado se conserva entre las plantas y los
seres humanos. De hecho, la metilacin cuerpo de genes se ha demostrado que es una
caracterstica altamente conservada en las plantas y los seres humanos ( Feng et al. ,
2010 ; Zemach et al. , 2010 ).
variante de la histona H2A.Z contrarresta la metilacin del ADN
Una marca destacada de promotores en eucromatina es la variante H2A.Z histona, que
se ha encontrado en las regiones promotoras de casi todos los genes, activas e inactivas
( Raisner et al. , 2005 ). La variante de la histona generalmente se encuentra en los
nucleosomas que flanquean la NFR. Se ha propuesto que H2A.Z sirve como un factor
antisilencing para antagonizar el cambio de eucromatina activo a inactivo
heterocromatina ( Meneghini et al. , 2003 ). Sin embargo, H2A.Z puede tambin estar
implicada en el silenciamiento de la heterocromatina, por ejemplo en combinacin con
la protena heterocromatina HP1- ( Fan et al. , 2004 ). Esto sugiere que H2A.Z tiene
funciones opuestas en la regulacin de genes. Usando una alta resolucin (300 pb)
enfoque chip-chip, Guillemette et al. (2005)demostraron que H2A.Z se asocia
preferentemente con los promotores de los genes de levadura inactivos y concluir que la
incorporacin H2A.Z induce la cromatina para contrapesar los genes de transcripcin
activacin.
Las plantas no son diferentes de la levadura y los seres humanos con respecto a la
funcin H2A.Z. H2A.Z Arabidopsis se deposita, al igual que en otros organismos, en el
nucleosoma 1 ( Zilberman et al. , 2008), lo que subraya la idea de un nucleosoma
conservado en o cerca de la SAT. La incorporacin se lleva a cabo por el remodelador
de la cromatina ATPasa SWR1 y promueve la competencia transcripcional del
gen. Sorprendentemente, H2A.Z estuvo ausente de los rganos de genes metilados y
transposones metilados. Sorprendentemente, hay un patrn opuesto de la metilacin del
ADN a lo largo del genoma en comparacin con la distribucin H2A.Z. Al parecer, las
dos marcas de la cromatina son mutuamente exclusivos rasgos epigenticos. Mediante
el anlisis de los patrones de H2A.Z incorporacin y el ADN metilado en mutantes
especficos, que participan, ya sea en funcin de la cromatina, los autores concluyen que
la metilacin del ADN excluye H2A.Z incorporacin, mientras H2A.Z a su vez protege
el ADN de la metilacin y por lo tanto de silenciamiento de genes. Esto confirma la
observacin de que H2A.Z se encuentra en promotores activos, o promotores que estn
a punto de actividad, mientras que el cuerpo gen contiene el ADN metilado ( Cokus et
al. , 2008 ; Feng et al. , 2010 ; Maunakea et al. , 2010 ; Zemach et al. , 2010 ).
organizacin de los cromosomas en el ncleo en interfase
La posicin y orientacin del territorio cromosoma dependen de muchos factores

El embalaje eficiente de fibras largas de ADN en un espacio pequeo nuclear y la

recuperacin precisa de la informacin gentica a travs de despliegue local de la
cromatina es crucial para un organismo para gestionar el genoma. Nucleosoma densidad
afecta a la rigidez de la fibra de cromatina y, en consecuencia cambia las propiedades de
plegado de la cromosoma. A partir de una fibra de ADN desnudo a la fibra 30-nm
medios de compactacin de aproximadamente 40 veces y una disminucin de tres veces
en la rigidez ( Ostashevsky, 2002 ). Plegable y la flexin de la fibra de cromatina ser
ms limitada hacia niveles de orden superior de organizacin del cromosoma, con el
cromosoma en metafase como el estado ltimo de compactacin cromosoma. Los
principios biolgicos de posicionamiento nucleosoma subyacente es probable que
gobernar la organizacin de orden superior de fibras de cromatina y el patrn de
plegamiento de cromosomas enteros. Cmo cromosomas estn organizados
espacialmente en el ncleo de la clula depende de una multitud de factores, como el
tamao de los cromosomas, la distribucin de la heterocromatina lo largo del
cromosoma lineal, el espacio nuclear, secuencia de ADN y la actividad del gen, pero
tambin los antecedentes genticos y (a) factores biticos externos ( vea abajo).
Los cromosomas ocupan subdominios nucleares distintas, conocidas como cromosoma
territorios (CTS).El primer concepto de un TC se propuso hace unos 100 aos
por Boveri (1909) , pero se estableci hace slo dos dcadas en las clulas humanas
( Lichter y col. , 1988 ; Manuelidis y Borden, 1988 ) utilizando fluorescencia in
situ hibridacin (FISH) con sondas de ADN de cromosoma especfico. En las plantas de
los dominios especficos del cromosoma se observaron primero en las lneas de adicin
monosmicas utilizando genmico in situ de hibridacin (revisado en Schubert et al. ,
2001 ).Cromosomas de la planta individual se visualizaron inicialmente en Arabidopsis
utilizando sondas de ADN especficos del cromosoma cromosoma artificial bacteriano
(BAC) ( Lysak et al. , 2001 ; Peinka . Et al , 2004 ) y ms tarde en especies crucferas
relacionadas ( Berr et al. , 2006 ; Lysak et al. , 2006 ). En los miembros de otras
familias de plantas, tales como Medicago , arroz ( Oryza sativa ) y tomate ( Solanum
lycopersicum ), cromosoma especfico BAC-FISH se aplic con xito para detectar
subregiones pequea cromosmicas ( Kulikova et al. , 2001 ; Nagaki . Et al ,
2004 ; Szinay et al. , 2010 ).
En el interior del territorio de las regiones del cromosoma del centrmero y telmeros
ocupan posiciones especficas. Mientras que las regiones centrmero se encuentran
generalmente cerca de la periferia nuclear, la posicin de los telmeros vara no slo
entre especies diferentes, sino tambin entre las etapas del ciclo celular. Por ejemplo, en
clulas humanas (3.000 Mb) los centrmeros o bien se unen a la membrana nuclear o
son ms interna en el ncleo, dependiendo de la fase del ciclo celular ( Solovei et al. ,
2004 ), mientras que los telmeros son dinmicas en el interior de el ncleo
( Molenaar et al. , 2003 ). Las especies de plantas con una pantalla genoma grande una
configuracin Rabl de sus cromosomas con centrmeros y telmeros situarse de cara
polos opuestos del ncleo como una reliquia de la anafase tarda de la mitosis anterior
( Figura 2 ; Rawlins et al. , 1991 ; Aragn-Alcaide et al. , 1997 ). Sin embargo,
estudios comparativos con varias especies de plantas sugieren que un tamao mnimo
cromosoma en lugar de las cuentas tamao del genoma para la orientacin Rabl ( Dong
y Jiang, 1998 ). Por ejemplo, en Crepis capillaris (1C = 2,000 Mb, n = 3) de los
cromosomas tienen una configuracin Rabl, mientras que los cromosomas en el maz
( Zea mays ; 1C = 2,540 Mb, n = 10) no lo hacen, a pesar de la mayor tamao de su
genoma . La explicacin ms plausible para esta discrepancia es
que Crepis cromosomas (aproximadamente 670 Mb) son significativamente ms
grandes que el tamao medio de un cromosoma de maz (aproximadamente 250

Mb). La comparacin de tamao de los cromosomas y el tamao del genoma de

diferentes especies de plantas ahora sugiere que el tamao de los cromosomas crtico
para una configuracin Rabl es de alrededor de 500 Mb. Tamao de los cromosomas,
sin embargo, no es el nico factor que controla la orientacin y la posicin de los
cromosomas. En especies con relativamente pequeos cromosomas diferentes
disposiciones de los telmeros se han reportado ( Figura 2 ). En Arabidopsis (150 Mb)
los telmeros son alrededor del nucleolo, mientras que los centrmeros se localizan en
dominios de heterocromatina visibles, conocidas como chromocenters, que se
encuentran en la periferia nuclear ( Fransz et al. , 2002 ). Los telmeros en tomate (950
Mb), sin embargo, estn en el borde de las islas heterocromatnicas perifricos que se
adaptan a los centrmeros ( Fransz de 2004 ), mientras que en el arroz (490 Mb) los
telmeros y centrmeros se dispersan alrededor de la periferia nuclear ( Prieto et al . ,
2004 ). En la levadura de panadero ( Saccharomyces cerevisiae ; 16 MB) centrmeros
tambin estn en la periferia opuesta a la nucleolo, mientras que los telmeros son en la
periferia cerca de los poros nucleares ( Jin et al. , 2000 ; Saez-Vasquez y Gadal,
2010 ). Algunas especies con cromosomas pequeos, incluso mostraron cromosomas
orientadas-rable. Los cromosomas de S.cerevisiae mostrar una orientacin Rabl-como
con una forma de V tpica y los extremos de los telmeros en clster. Los telmeros, sin
embargo, no son necesariamente en el polo opuesto a los centrmeros ( Bystricky et
al. , 2005 ). La orientacin Rabl de Drosophila cromosomas se investig en ncleos
atpicos: gigante ncleos polytene ( Hochstrasser et al. , 1986 y las clulas
embrionarias). El primer grupo est formado por cromosomas endorreduplicados,
mientras que el segundo carece de una fase G1. En otras Drosophila clulas los
cromosomas muestran una orientacin no Rabl ( Csink y Henikoff, 1998 ). Del mismo
modo, algunas clulas en el arroz, tales como clulas de los vasos del xilema, muestran
una configuracin Rabl de cromosomas. Esto puede explicarse por endorreduplicacin
de las clulas del xilema ( Prieto et al. , 2004 ), se asemeja a la organizacin polytenic
de los ncleos de las glndulas salivales en Drosophila . Aparentemente, aparte de
tamao de los cromosomas que hay ms factores que afectan la organizacin a gran
escala de los cromosomas.

Figura 2.
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Representaciones esquemticas de distribucin heterocromatina lo largo de la
organizacin lineal cromosoma territorio cromosoma (CT) y 4 ', 6-diamidino-2fenilindol (DAPI) se tieron los ncleos de las plantas con diferentes tamaos de
cromosomas.
Todas las plantas tienen sus centrmeros (rojo) hacia el nuclear periferia, rodeado de la
heterocromatina pericntrica (gris oscuro), mientras que los telmeros (verde) ocupan
diferentes posiciones. Los ejes cromosmicas (lneas onduladas) corren de centrmero
al telmero. Las plantas con cromosomas grandes, tales como Hordeum vulgare ,
muestran una orientacin tpica Rabl con centrmeros y telmeros en polos opuestos del
ncleo. La mayor parte de la CT est ocupada por la heterocromatina. Las plantas con
una disposicin de tipo de tomate ( Solanum lycopersicum ) tienen sus telmeros en el
borde de las islas heterocromatnicas. El tipo de Arabidopsis tiene los telmeros cerca
del nuclolo. El tipo de arroz ( Oryza sativa ) tiene segmentos de heterocromatina ms
difusos a lo largo de los brazos y los telmeros son hacia la periferia nuclear.

Se han propuesto restricciones estricas debido al espacio limitado para jugar un papel
importante en la direccin de la organizacin general de la cromatina durante la
interfase. Usando una nueva vivo entcnica de etiquetado que implica la
fotoactivacin, Muller et al. (2010) supervisado un cromosoma humano individual en
las clulas vivas y demostr un descondensacin general rpida del cromosoma mittico
a la entrada en G1 en un factor de 2,5. La mayor parte de la forma de cromosomas y el
territorio fue colocado dentro de 2 h. Esto se atribuy a un equilibrio entre la expansin
del cromosoma y las limitaciones espaciales impuestas por los cromosomas de los
alrededores y la envoltura nuclear.Del mismo modo, se propusieron caractersticas
morfolgicas, tales como la regin organizadora nucleolar (NOR) que contiene genes
ribosmicos, forma nuclear, nivel endopolyploidy y volumen nuclear a disposicin
cromosoma directa en Arabidopsis ( Schubert y Oud, 1997 , Berr y Schubert,
2007 ).Estos datos fueron corroborados mediante simulaciones computacionales de
Arabidopsis cromosomas, lo que demuestra que el espacio nuclear afecta a la
organizacin y la posicin de los cromosomas ( de Nooijer et al. , 2009 ). Tamao
nuclear tambin ha sido propuesto para desempear un papel en un caso ms especial de
posicionamiento cromosoma. Los cromosomas en la retina de mamferos nocturnos
muestran un patrn invertido en comparacin con otras clulas ( Solovei et al. ,
2009 ). En lugar de tener una posicin perifrica de los segmentos de heterocromatina
se localizan en el centro nuclear, donde probablemente soportan la funcin de las
clulas de la retina en la transmisin de la luz, mediante la transformacin del ncleo
invertida en lentes de recogida.
disposicin territorio cromosoma refleja la organizacin lineal de los cromosomas
Sobre la base de la posicin nuclear de los telmeros y centrmeros podemos inferir
patrones de un cromosoma suponiendo que mezcla de diferentes territorios
cromosmicos plegable est ausente o limitada a la periferia del territorio ( Branco y
Pombo, 2006 ; Cremer et al. , 2006 ). El CT de un cromosoma orientado a Rabl tiene
una forma similar a un tubo en el que el eje de cromosomas se extiende desde un
telmero en un polo al polo opuesto con el centrmero y de nuevo al polo de los
telmeros ( Figura 2 ). Los dos brazos de un cromosoma se estn ejecutando en paralelo
de una manera en forma de V con sus telmeros en un radio relativamente cerca. En
ambos ncleos de tomate telmeros y centrmeros estn en una isla
heterocromatina. Esto es probablemente debido a la asociacin de los bloques
heterocromticas alrededor de los centrmeros y en la regin subtelomrica ( Ramanna
y Prakken, 1967 ; Zhong et al. , 1998 ). En Arabidopsis la CT se encuentra entre la
envoltura nuclear y el nuclolo. Los dos brazos son o bien paralelo en una forma de V o
localizar en los lados opuestos del centrmero. Esto est bien ilustrado en un estudio por
TAC, donde los dos brazos del cromosoma 2 estn pintadas de manera diferente ( Berr
y Schubert, 2007 ). Curiosamente, un examen minucioso de las imgenes revela que no
hay mezcla de los dos territorios de los brazos, se asemeja a la situacin en clulas de
mamfero cuando diferentes partes de un mismo cromosoma no muestran ninguna o
poca mezcla ( dietzel et al. , 1998 ; Goetze et al. , 2007 ). Rice contiene pequeas
cromomeros dispersos a lo largo de los brazos de cromosomas ( Cheng et al. ,
2001 ). Esta puede ser la razn por la que el arroz no se muestra chromocenters
discretas durante la interfase (JHdeJ, datos no publicados).
regiones de repeticin homlogas en lugar de los cromosomas homlogos se asocian
durante la interfase

El desarrollo de la pintura en Arabidopsis cromosoma tiene las frecuencias de

asociacin de cromosomas para ser monitorizados. El uso de pintura diferencial de los
cinco cromosomas, Peinka et al. (2004) inform que el acuerdo de lado a lado del
cromosoma territorios heterlogos se produce al azar de los cromosomas 1, 3 y 5,
mientras que los cromosomas 2 y 4 se asocian entre s ms de lo esperado en la base de
la agrupacin aleatoria. Esto es probablemente debido a la presencia de la NOR que a
menudo est estrechamente relacionado con el nucleolo. Estos datos corroboran la
asociacin no aleatoria de chromocenters que contienen la NI ( Fransz et al. , 2002 ) y
apoyan la idea de la heterocromatina 'pegajosa'. Los NOR heterocromatnicas en los
cromosomas 2 y 4, que se asignan cerca de los telmeros distales, de hecho co-localizar
con la heterocromatina pericentric que flanquea sus respectivos centrmeros formacin
de un chromocenter. Por otra parte, en tndem homloga transgenes repetitivas
preferentemente se asocian entre s y con la heterocromatina en lugar de con las
regiones eucromatina normales ( Peinka et al. , 2005 ). Las frecuencias de asociacin,
sin embargo, pueden variar dependiendo de construccin, la posicin de insercin
cromosmica, tipo celular y el nmero y la repeticin de las inserciones ( Jovtchev et
al. , 2008 ). En todos los casos asociacin heterocromatina ha demostrado ser un factor
importante en la organizacin de nivel superior de los cromosomas.
Heterocromatina en las especies de plantas de pequea genoma a menudo se agrupan en
chromocenters
Chromocenters son dominios de heterocromatina discretos. Ellos se distinguen
fcilmente bajo el microscopio, debido a la fuerte transicin a la eucromatina
circundante, lo que probablemente refleja la organizacin de los dominios de
heterocromatina y eucromatina a lo largo del cromosoma lineal ( de Jong et al. ,
1999 ). En un estudio de 67 especies de plantas de diferentes familias Ceccarelli et
al. (1998) observado chromocenters discretos, el nmero y tamao de las cuales variaba
entre plantas y durante el desarrollo. En la mayora de las especies el nmero mximo
de chromocenters se corresponde con el nmero de cromosomas, que apunta a un
importante bloque de heterocromatina por cromosoma. Dado que muchas plantas
contienen varios bloques de heterocromatina a lo largo del brazo del cromosoma lineal,
podemos concluir que estas regiones de repeticin ricos estn asociados entre s durante
la interfase. Por otra parte, el nmero medio de chromocenters es siempre menor que el
nmero de cromosomas, lo que sugiere que chromocenters de diferentes cromosomas se
asocian. Esto est bien ilustrado por Arabidopsis, que tiene un promedio de ocho
chromocenters distintas y bien definidas por ncleo ( Fransz et al. , 2002 ). Dado que
las clulas diploides en Arabidopsis tienen 10 cromosomas ( n = 5), de tres a cuatro
chromocenters se asocian generalmente. Curiosamente, en el 88% de los asociados
chromocenters los dos centrmeros de los cromosomas muestran una seal de FISH en
el centro de la chromocenter en lugar de dos puntos separados (P. Pavlova, JH de Jong y
PF Fransz, Wageningen University Research y la Universidad de Amsterdam, los Pases
Bajos, datos no publicados). Esto apunta a la fusin de las dos chromocenters y sugiere
un contacto ntimo entre los territorios cromosmicos correspondientes. Chromocenters
en Arabidopsis contienen la mayora de las repeticiones genmicas, incluyendo los
transposones, el tndem vestida centromrica 180 pb de repeticin y genes ribosomales
( Fransz et al. , 2002 ). En consecuencia, chromocenters estn muy decoradas con
marcas epigenticas tpicos para la cromatina inactivos tales como la metilacin del
ADN y dimethylation histona H3K9 y monometilacin ( Soppe et al. ,
2002 ; Jasencakova et al. , 2003 ; Probst et al. , 2003 ), sino tambin con H3K9me1,
H3K27me1, H3K27me2 y H4K20me1 ( Lindroth et al. , 2004 ; Mathieu et al. ,

2005 ; Naumann et al. , 2005 ). El H3K27me3 marca represivo no est en

chromocenters, pero en el eucromatina gen rico circundante, ya que est implicado en la
represin de los genes, especialmente genes asociados con el desarrollo.
Tiene organizacin territorio cromosoma corresponde con la actividad genoma?
La organizacin nuclear de la CT tiene implicaciones para la localizacin subnuclear de
la actividad de los genes y la organizacin de otros componentes en el ncleo. Por
ejemplo, una especie como la cebada tiene cromosomas grandes que consisten
principalmente en los segmentos de heterocromatina y una pequea regin subtelomere
acomodar la mayor parte de los genes. En consecuencia, los factores moleculares de la
cromatina y relacionados activos se encuentran hacia el polo de los telmeros, mientras
que los factores relacionados con la heterocromatina se posicionan hacia el polo
opuesto.Replicacin en cebada se inicia en la regin nucleolar y productos de los polos
de los telmeros al centrmero poste, siguiendo el eje eucromatina-heterocromatina
( Jasencakova et al. , 2001 ). El desplazamiento de la actividad de replicacin en el
ncleo es diferente en Arabidopsis donde el CT rodea la chromocenter perifrica
( Jasencakova et al. , 2003 ).
Adems, la distribucin de las marcas epigenticas represivas tales como la metilacin
del ADN y H3K9me es diferente entre las especies que difieren en el genoma y / o
tamao de los cromosomas, lo que refleja las diferentes posiciones nucleares de
cromatina activa e inactiva. Un estudio comparativo de la distribucin de las marcas
epigenticas en 24 especies de plantas result en dos patrones diferentes de histona
H3K9me2: (i) una fuerte H3K9me2 restringido a los dominios de heterocromatina
constitutiva, y (ii) la distribucin nuclear uniforme de H3K9me2 ( Houben et al. ,
2003 ) . El patrn de distribucin de H3K9me2 parece corresponder al tamao del
genoma. Las especies con un tamao de genoma de hasta aproximadamente 500 Mb
tienen un patrn de tipo 1, mientras que un patrn de tipo 2 se observa en las especies
con un genoma ms grande. Sin embargo, la distribucin lineal de secuencias de
repeticin tambin afecta el patrn H3K9me2, ya que el arroz (490 Mb), con
repeticiones dispersas a lo largo de los brazos del cromosoma, muestra una distribucin
al azar, mientras que Ricinus communis(515 Mb), con segmentos de heterocromatina
discretos, muestra distintos dominios de H3K9me2.
En Arabidopsis regiones ricas en genes muestran las marcas epigenticas de la
cromatina activa como H3K4me3, la acetilacin de histonas ( Soppe et al. ,
2002 ; Jasencakova et al ., 2003 ) y la variante de la histona H2A.Z ( Encaja et al. ,
2007 sino tambin epigenticos) marcas de genes silentes como H3K27me3
( Naumann et al. , 2005 ) y la protena de heterocromatina (LHP1 Libault et al. ,
2005 ).De hecho pintura cromosoma con BAC ricos en genes que cubren casi la
totalidad del genoma slo mostr etiquetado chromocenters fuera, lo que indica que la
mayora de los genes de Arabidopsis, activos y silenciosos, no estn en chromocenters
( Fransz et al. , 2006 ). Si las regiones eucromatina en otras especies tambin estn
vacos de transposones queda por investigar.
Los cromosomas tienen una organizacin de bucle y mostrar las interacciones de largo
alcance
Una caracterstica generalmente aceptada de la organizacin de los cromosomas es la
formacin de estructuras de bucle. Todos los modelos de cromosomas publicados
incluyen configuraciones de bucles de cromatina en uno u otro nivel de organizacin de
los cromosomas ( Munkel et al. , 1999 ; Mateos-Langeraka et al. , 2009 ). Bucles de
cromatina se han asociado con varias caractersticas del genoma, en particular en el

contexto de la actividad de los genes. Regiones de la cromatina puede bucle de una

regin condensada cuando los genes se activan, como los Hox genes en mamferos
( Chambeyron y Bickmore de 2004 ; Morey et al. , 2009 ). Los pequeos bucles de
hasta 100 kb se forman cuando los potenciadores y promotores fsicamente interactan
para estimular la expresin de genes tales como el locus -globina en mamferos
( Tolhuis et al. , 2002 ). La formacin de estructuras de bucle tambin se ha informado
en situaciones represivas y puede desempear un papel importante en el silenciamiento
de genes. Por ejemplo, el grupo Polycomb complejos (PcG) mantener el estado
silencioso de las regiones de genes del desarrollo. A travs de interacciones de largo
alcance, objetivos PcG distantes pueden agruparse en dominios de la cromatina
reprimida, mientras que en las regiones entre los bucles de forma ( Tiwari et al. ,
2008 ). Del mismo modo, loci genmicos pueden interactuar en la lmina nuclear, una
red fibrilar en el lado interno de la membrana nuclear en animales, dando lugar a un
ambiente represivo de la cromatina ( Guelen et al. , 2008 ).
Bucles de cromatina son difciles de visualizar, con la excepcin de cromosoma en
escobilla en ovocitos de anfibios. Slo con la tecnologa FISH y suficiente resolucin es
posible visualizar una estructura de bucle de la cromatina ( Fransz et al. , 2002 ; Byrd y
Corces, 2003 ; Heng et al. , 2004 ). En general, la presencia de bucles se deduce a
travs de pruebas indirectas. Por ejemplo, en Arabidopsis los NOR subtelomricas en
2S y 4S cromosoma armas co-localizar con sus regiones de heterocromatina pericentric
en chromocenters, mientras que las regiones ricas en genes en el medio estn en gran
medida fuera del chromocenter. Por lo tanto, los brazos cortos forman una estructura de
bucle de aproximadamente 2 Mb si las secuencias intermedias estn fuera del
chromocenter. En muchas clulas, sin embargo, loci intersticial tambin asociarse con
chromocenters, dando lugar a mltiples bucles ms pequeos ( Fransz et al. ,
2002 ). Basndose en estos datos se propuso el modelo chromocenter-bucle para
describir la organizacin de un territorio cromosoma en Arabidopsis ( Figura 3d ): a
chromocenter repeticin rica de la que emanan bucles eucromatina. Esta organizacin
refleja la distribucin de los genes y se repite a lo largo de los brazos cromosmicos
lineales. Los brazos cromosmicos son ricos en genes (20-35 por 100 kb) y contienen
muy pocos elementos transposones (menos del 5 por 100 kb), mientras que las regiones
pericentromeric son pobres en genes (menos del 5 por 100 kb) ( Figura 4 ) . La
organizacin de bucle implica puntos de anclaje de los bucles de eucromatina a la
chromocenter. En este punto de vista, es tentador especular que los pocos transposones a
lo largo de la asociada con los brazos repeticiones pericentric y anclar los bucles
euchromatic a los dominios de heterocromatina. Si esto es cierto, entonces la
distribucin de elementos transposn largo de los brazos cromosmicos sugiere tamaos
de bucle de cromatina que abarca 100 kb a 2 Mb, lo que corresponde a los datos de
pescado los ncleos en interfase de Arabidopsis ( Fransz et al. , 2002 ).

Figura 3.
Abierta en la figura espectador

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Organizacin cambios chromocenter de bucle en los ncleos de Arabidopsis con
cromatina
decondensed
en
protoplastos
cultivados.
Las imgenes (a, b, e, f, i, j) muestran 4 ', 6-diamino-2-fenilindol (DAPI) teidas
ncleos y fluorescente in situ hibridacin (FISH) seales de 45S rDNA (verde) y 5S
ADNr
(rojo)
genes.

(a-d) situacin condensado con ADNr 45S y 5S ADNr co-localizado en el cromosoma

territorio chromocenter 4. (d) muestra una chromocenter de bucle tpica arreglo de
repeticiones
(de
color)
y
bucles
eucromatina
(gris
claro).
(e-h) decondensed situacin con menos y ms pequeos chromocenters. El
subtelomricas 45S rDNA y pericentric loci 5S ADNr del cromosoma 4 ya no son colocalizadora. En consecuencia, el 45S rDNA no forma un bucle ms.
(I-l) chromocenters totalmente decondensed. Slo las matrices de larga repeticin de los
genes 45S rDNA de los cromosomas 2 y 4 permanecen parcialmente condensados y colocalizar a un dominio, azul, repita los centrmeros, verde, 45S rDNA, rojo, 5S ADNr,
prpura, transposones.

Figura 4.
Abierta en la figura espectador

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Diagrama de dispersin que muestra la distribucin de los genes (azul) y transposones
(TES),
rosa
largo
del
cromosoma
lineal
4
de
Arabidopsis.
Los genes ribosomales al final subtelomrico del brazo corto no estn incluidos (datos
deftp://arabidospis.org ) .
Estructuras de bucle implican la asociacin ntima entre loci distante sin la participacin
de secuencias intermedias. La tecnologa de captura de cromosoma conformacin (3C)
es una poderosa herramienta para el estudio de la formacin de bucle de la cromatina,
ya que identifica las asociaciones fsicas entre loci distante a lo largo del genoma
( Dekker et al. , 2002 ; Tolhuis et al. , 2002 ). La tcnica se basa en la reticulacin de
protenas interactuantes o complejos de la cromatina adyacentes por la fijacin de
formaldehdo, seguido por el corte de las hebras de ADN con enzimas de restriccin y
ligacin de sus extremos libres. La secuencia de los fragmentos de ADN ligado
representa dos loci que se asocian fsicamente en el complejo de protena. El lee incluir
loci del genoma proximal y distante. Las tcnicas basadas-3C han sido ampliamente
adoptadas para investigar no slo los bucles y las interacciones de largo alcance, sino
tambin los patrones de plegado a gran escala de la cromatina ( Fullwood y Ruan,
2009 ; Lieberman-Aiden et al. , 2009 , Palstra de 2009 ).
Recientemente, la tcnica de 3C se ha aplicado con xito en plantas para revelar la
cromatina bucle en elb1 locus en el maz ( Louwers et al. , 2009 ). El b1 gen, que
participan en la pigmentacin roja de las hojas de cscara y otros tejidos, es regulado
por un conjunto de siete repeticiones en tndem ubicado aproximadamente a 100 kb
aguas arriba de la b1 gen. Las repeticiones funcionan como un promotor de la
transcripcin. Sin embargo, el mecanismo molecular subyacente el efecto de las
repeticiones en la b1gen no estaba claro. Utilizando la tecnologa de 3C los autores
demostraron una interaccin fsica entre las repeticiones reguladoras y
la b1 gen. Adems, una secuencia intermedia tambin parece estar implicado en la
regulacin de b1 . Los resultados indican una estructura multiloop requerida para
aumentar la expresin de la b1 gen.
Cmo sitios cromatina estn atados a un solo lugar y se mantienen unidos para formar
una estructura de bucle sigue siendo una pregunta sin respuesta en la biologa
celular. Sin embargo, una fuerte evidencia ahora est disponible para indicar que la
matriz nuclear y secuencias asociadas juegan un papel importante en la formacin de
bucle. La matriz nuclear se ha propuesto como una red altamente dinmico de las
protenas que interacta con la cromatina para facilitar dominios de la actividad local o

represin. Bioqumicamente, la matriz nuclear se define como la fraccin que queda

despus de la extraccin elevada de sal, mientras que la estructura del nucleosoma se
interrumpe. Las secuencias que co-purifican con protenas de la matriz son ricas en AT y
se denominan la regin de unin a la matriz (MAR) o la regin de unin en andamio
(SAR). MAR / SAR co-localizar con aislantes tales como el elemento de gitano
( Nabirochkin et al. , 1998 ) y las secuencias de CTCF vinculante ( Dunn et al. ,
2003 ), ambos de los cuales median interacciones genmicas a travs de asociacin con
secuencias distantes y forman estructuras de bucle . Como consecuencia, la regin
interior del bucle est protegido de la influencia de las secuencias flanqueantes de la
cromatina. CTCF es un factor de transcripcin multi-zinc-finger que se sabe que
bloquea la actividad de promotor de genes en humanos mediante la unin a secuencias
diana en entre el potenciador y el gen. Recientemente, se ha demostrado CTCF para
reclutar cohesinas, que se requiere para la cohesin de cromtidas hermanas, en los
sitios diana de la cromatina ( Wendt et al. , 2008 ; Hadjur et al. , 2009 ; Nativio et al. ,
2009 ).Se propone que el complejo de CTCF-cohesin conecta dos secuencias de ADN y
estabiliza una estructura de bucle.
Una explosin de bsqueda no revel protenas CTCF-como en Arabidopsis ( Heger et
al. , 2009 ). Sin embargo, la accin de los factores de la transcripcin planta
ASIMETRICO leaves1 (AS1) y AS2 en el silenciamiento de la KNOX gen se asemeja a
la accin CTCF en las clulas humanas. El complejo AS1-AS2 se une a dos secuencias
especficas en el KNOX promotor para formar una estructura de bucle que
reprime KNOX expresin durante el desarrollo de la hoja ( Guo et al. , 2008 ). La
interaccin implica el factor remodelador de la cromatina IPER. Del mismo modo, la
accin implica CTCF remodelacin de la cromatina factores dependientes de ATP
( Fu et al. , 2008 ). Aqu CTCF proporciona un punto de anclaje para el
posicionamiento de nucleosomas, uniendo as dos niveles de organizacin de la
cromatina (nucleosomas y bucles). Desde CTCF vinculante es sensible a la metilacin
del ADN y la metilacin del ADN es dirigida por ocupacin nucleosoma, se deduce que
la cromatina bucle est controlado por el posicionamiento de nucleosomas, que a su vez
est regulada por la secuencia de ADN y modificaciones epigenticas.
Dinmica de compactacin de la cromatina
Descondensacin y recondensacin de los dominios de heterocromatina
Chromocenters representan los dominios de uno o ms bloques de heterocromatina y
pueden ser visualizados con 4 ', 6-diamino-2-fenilindol (DAPI) y C-bandas. De acuerdo
con Brown (1966) que contienen heterocromatina constitutiva, que permanece
condensa todo el ciclo celular. Chromocenters Arabidopsis son los dominios de banda
C-positivo ( Ambros y Schweizer, 1976 ) y por lo tanto se consideran heterocromatina
constitutiva. Sin embargo, cuando las clulas del mesfilo diferenciadas se transforman
en protoplastos y se ponen en cultivo, descondensacin a gran escala de dominios de
heterocromatina se produce en la mayora de los ncleos despus de algunas horas
( Tessadori et al. , 2007a ). El proceso va acompaado de descondensacin de las
principales repetir arrays con una tasa de descompactacin hasta 14 veces. Incluso el
dispuestas en tndem centromrica 180 pb regiones de repeticin se someten
descondensacin drstica. El fenmeno es una reminiscencia de la "fase de dispersin
duradera corto 'donde todos heterocromatina desaparece en los ncleos ( Barlow,
1976 ). Estos datos sugieren que la heterocromatina constitutiva no se condensa como
permanentemente como supusimos ( Figura 3 ). Si tenemos en cuenta un grado de
compactacin para los dominios de heterocromatina de aproximadamente 1 Mb m -

( Fransz et al. , 2002 ), a continuacin, en protoplastos que puede desplegarse a

aproximadamente 71 kb m -1 , que cae dentro de la gama de compactacin del 30 nm
fibra (70 a 160 kb m -1 ). Un nivel similar de la compactacin se control para algunas
regiones eucromatina en los ncleos de las hojas. Aparentemente, todo de la cromatina
en una clula puede adoptar diferentes grados de compactacin de la metafase muy
condensada (16 Mb m -1 ) hasta el nivel de la fibra de 30 nm en la cromatina en interfase
decondensed de protoplastos (70 kb m -1 ). Descompactacin a gran escala de la
cromatina es, sin embargo, no se limita a los protoplastos, ya que se encontraron
observaciones similares de descondensacin heterocromatina aunque menos
pronunciado durante los cambios de desarrollo, tales como el desarrollo de las plntulas
( Mathieu et al. , 2003 ) y la transicin floral ( Tessadori et al. , 2007b ), pero tambin
en los mutantes que afectan remodelacin de la cromatina, tales como los mutantes de
metilacin del ADN ddm1 , un dependiente de ATP de la cromatina remodelador, Met1 ,
un ADN metiltransferasa ( Soppe et al. , 2002 ), y hda6, una histona desacetilasa
( Probst et al. , 2004 ). Elddm1-5 mutante, que carece de niveles detectables
de ddm1 transcripciones muestra un fenotipo de la cromatina grave, en la que se
decondensed todo heterocromatina pericntrica incluyendo la repeticin del centrmero
180 pb ( MITTELSTEN Scheid et al. , 2002 ; Probst et al. , 2003 ). Indica el
importante papel de la cromatina remodelador ddm1 en la formacin de dominios de
heterocromatina.Recientemente, descondensacin de la cromatina se ha observado en
situaciones de estrs biticos y abiticos, tales como infeccin bacteriana ( Pavet et al. ,
2006 , bajo la luz) ( Tessadori et al. , 2009 ; van Zanten et al. , 2010a ) y las altas
temperaturas ( Peinka et al. , 2010 ). Los datos sugieren que a gran escala de la
cromatina descompactacin acompaa los cambios en el programa nuclear en respuesta
a una transicin de desarrollo o (a) las condiciones de estrs bitico. Por otra parte,
descompactacin de la cromatina es un proceso reversible. Chromocenter reconstitucin
se produce a los pocos das o momento de la reversin a la situacin original. Esto est
bien ilustrado en un experimento con poca luz donde las plantas de 3 semanas de edad,
fueron privados de los niveles normales de luz (200 mol m -2 seg -1 ), mediante la
transferencia de 15 mol m -2 s -1 durante 4 das y regres a las condiciones normales de
luz ( van Zanten et al. , 2010a ). El porcentaje de ncleos con contenido normal de
heterocromatina se redujo de 80 a 10%, a favor de un fenotipo heterocromatina
reducida, y volvi a 80% despus de aumentar la luz a las condiciones normales. Al
parecer, descondensacin a gran escala es un estado transitorio de la cromatina en
respuesta a las condiciones cambiantes. Curiosamente, re-formacin de chromocenters
se produce a travs de un proceso de pasos secuenciales, en el que las matrices ms
largas de repeticiones en tndem (genes 45S rDNA) estn primero condensada, seguidos
por series en tndem ms pequeas (repeticiones centrmero y los genes 5S ADNr) y
finalmente el transposn dispersa elementos ( Tessadori et al. , 2007a ). Se sugiere que
la longitud de la repeticin es un factor importante en la formacin de chromocenter.
La luz afecta compactacin de la cromatina
Cromatina inducida por la luz (de) la compactacin se controla a travs criptocromo
(CRY) y fitocromo (PHY) fotorreceptores, ya que sus mutantes no muestran o
reduccin limitada de la heterocromatina bajo estrs de poca luz ( van Zanten et al. ,
2010a ). Los autores sugieren que la estabilizacin de CRY2 con poca luz desencadena
descondensacin de la cromatina. Se propuso un papel similar para CRY2 durante la
transicin floral ( Tessadori et al. , 2007b ). Ambas observaciones sugieren una va de
sealizacin relativamente corto, ya que el fotorreceptor la luz azul se encuentra
constitutivamente el interior del ncleo ( Guo et al. , 1999 ). Por otra parte, CRY2 se

asocia con la cromatina ( Cutler et al. , 2000 ) e interacta con CIB1, un factor de
transcripcin, que se une a secuencias de promotor ( Liu et al. , 2008 ). Adems, CRY2
reprime el complejo COP1 / DET / FUS fotomorfognesis va el dedo anular de la
ubiquitina ligasa COP1 ( Wang et al. , 2001 ). Curiosamente, el componente DET1 se
une a la cola no acetilada N-terminal de la histona H2B ncleo y se supone que facilitar
un estado condensado de la cromatina ( Benvenuto et al. , 2002 ). Basndose en estos
resultados, se sugiere que los fotorreceptores control de compactacin de la cromatina a
travs de un complejo de protenas de la cromatina ( Tessadori et al. , 2007b ; van
Zanten et al. , 2010a ), que puede contener miembros de complejos de ligasa E3 como
COP1, que interacta con nuclear fotorreceptores ( Yi y Deng, 2005 ). El complejo de
protenas de la cromatina tambin puede contener hda6, que tambin participa en la
compactacin de la cromatina regulados por la luz ( Tessadori et al. , 2009 ).
Compactacin de la cromatina es independiente de las marcas epigenticas?
Los cambios en la cromatina son generalmente acompaados por cambios epigenticos
en marcas de histona o la metilacin del ADN. Sorprendentemente, no se observaron
alteraciones a gran escala en H3K9me2 o 5-metil citosina durante descondensacin de
la cromatina en protoplastos ( Tessadori et al. , 2007a ), lo que sugiere que la
compactacin de la cromatina y descondensacin puede ocurrir independientemente de
estas marcas. Recientemente, tres estudios de diferentes laboratorios han demostrado
que el estrs por calor a las plantas de Arabidopsis reactiva transcripcional elementos
silenciosos con poca o ninguna alteracin de las marcas epigenticas para silenciar
( Lang-Mldek et al. , 2010 ; Peinka et al. , 2010 ; Tittel-Elmer et al. , 2010 ). En
todos los casos la activacin de los transgenes y repetir elementos endgenos se produjo
sin prdida de la metilacin del ADN. Adems, H3K9me2, H3K27me2 y H3K27me3 no
se vio afectado ( Tittel-Elmer et al. , 2010 ), mientras que aumenta la acetilacin de
histonas. Sorprendentemente, el aumento de la actividad de los genes por el estrs por
calor se acompaa de prdida de la organizacin chromocenter y descondensacin de la
cromatina. Adems, se observ una prdida dramtica de la histona H3 y H4, indicando
el agotamiento de los nucleosomas ( Lang-Mldek et al. , 2010 ; Peinka et al. ,
2010 ).Similar a la respuesta de baja iluminacin, el estado inducido por el calor es
reversible, ya que la recuperacin de los resultados de estrs trmico en la restauracin
de la carga nucleosoma y el silenciamiento de genes. Estos datos sugieren que las
condiciones ambientales pueden hacer caso omiso de control epigentico de la actividad
de los genes, al menos de forma transitoria. La respuesta al estrs de calor puede ser
considerado como un mecanismo molecular con un control directo sobre el
posicionamiento de nucleosomas sin interferencia significativa de factores reguladores
epigenticos.
Recientemente se ha demostrado que la expresin del gen regulado por temperatura es
controlada por el H2A.Z variante de la histona ( Kumar y Wigge, 2010 ). A baja
temperatura (17 C) nucleosomas H2A.Z estn obligados justo aguas abajo de la SAT
en muchos genes activos e inactivos de Arabidopsis.En esta situacin, la actividad
transcripcional de un gen se mantiene sin cambios. Elevando la temperatura a 27 C da
lugar a inestabilidad trmica en el nucleosoma H2A.Z, dando lugar a una disminucin
de la ocupacin H2A.Z en el SAT y un cambio en la actividad del gen. Esto ocurre en
los genes sensibles a la temperatura tales como el FT gen, que est implicado en el
tiempo de floracin.Plantas deficientes en ARP6, un componente del complejo de
remodelacin SWR1, que establece la deposicin H2A.Z, son incapaces de responder a
cambios de temperatura, debido a que los nucleosomas contienen la histona H2A
cannica. En el mismo estudio se obtuvieron resultados similares con S. cerevisiae . Los

datos implican que los nucleosomas H2A.Z median la respuesta thermosensory tanto en
plantas como la levadura. En comparacin con el ADN en nucleosomas que contienen
H2A, el ADN en nucleosomas H2A.Z es ms bien envueltos, pero de una manera
dependiente de la temperatura.Esto permite que un mecanismo directo de la cromatina
para responder a las fluctuaciones de temperatura.
No est claro si existe una relacin causal entre la prdida de los nucleosomas a partir
de elementos de transcripcin individuales y la descondensacin a gran escala de la
cromatina que implica dominios enteros heterocromatina. Los dos niveles de
organizacin de la cromatina estn conectados fsicamente, pero no necesariamente
relacionados causalmente. La recuperacin del choque trmico no condujo a
recompactacin heterocromatina ( Peinka et al. , 2010 ), mientras que
descondensacin inducida por la luz de chromocenters no cambi nucleosoma densidad
en regiones de repeticin ( van Zanten et al. , 2010b ).
Las clulas en los mamferos son menos sensibles a los cambios ambientales en
comparacin con las plantas. Sin embargo, podemos encontrar un equivalente de
chromocenter re-formacin en la diferenciacin celular durante los grandes
interruptores de desarrollo. Por ejemplo, tras la fertilizacin del vulo de ratn hay una
reorganizacin dinmica de dominios de heterocromatina con ausencia completa de
chromocenters. La configuracin modificada implica los mayores y menores
repeticiones satlite, que se asignan a la regin pericentromere y centrmero,
respectivamente ( Probst et al. , 2007 ). Re-formacin de chromocenters comienza en la
etapa de embrin de dos clulas. Curiosamente, recondensacin de la heterocromatina
pericntrica se asocia con la actividad transcripcional de los principales repeticiones
satlite ( Probst et al. , 2010 ). Por otra parte, la transcripcin de las repeticiones se
produce precisamente cuando se estn formando chromocenters y son esenciales para el
desarrollo adecuado del embrin de ratn.
Conclusiones y perspectivas
Los organismos eucariotas tienen su informacin gentica y epigentica almacena en
una construccin de polmero de nucleosomas que se renen continuamente numerosos
complejos de protenas diferentes. Estos interactan con la secuencia genmica para
proteger, reparar y replicar el ADN o para recuperar la informacin correcta en el
momento adecuado y en el lugar correcto. Los componentes bsicos tales como
histonas, modificadores de la cromatina y otras protenas de la cromatina son altamente
conservadas entre todos los eucariotas. Lo mismo puede decirse de los mecanismos
moleculares que rigen la accesibilidad de la secuencia de ADN. Esto se ejemplifica por
la estructura del nucleosoma, el posicionamiento nucleosoma y los patrones de plegado
de orden superior de la cromatina, tales como la formacin de bucle, sino tambin la
metilacin del ADN nucleosoma controlado en Arabidopsis y las clulas humanas.
El significado biolgico preciso de la cromatina descompactacin a gran escala en las
plantas an no se ha dilucidado, pero est probablemente relacionado con la
reorganizacin de la cromatina y la reordenacin de la accesibilidad de ADN en
respuesta a un cambio en el desarrollo o una situacin de estrs. Dado que las plantas
son organismos ssiles y no puede escapar de las cambiantes condiciones ambientales
que deben responder de una manera rpida y adecuada a travs del programa
nuclear.descondensacin de la cromatina puede ser parte del mecanismo que facilita tal
respuesta.

Las diferencias en la organizacin nuclear de cromosomas entre los organismos estn

determinados por la secuencia genmica, sino tambin por el tamao del genoma y la
distribucin de las repeticiones y los genes a lo largo de la secuencia lineal. La
cromatina es muy dinmico en los diferentes niveles de organizacin. Cmo las
diferentes configuraciones, tales como estructuras de bucle, se relacionan con la
actividad del genoma Actualmente est siendo investigado con diferentes tcnicas. El
desarrollo de la secuenciacin de inmunoprecipitacin de la cromatina (ChIP-seq), 3C y
mtodos relacionados, en combinacin con la tecnologa de secuenciacin masiva en
paralelo nos permite analizar en unos perfiles de todo el genoma escala de la cromatina,
interacciones de la cromatina de largo alcance y los patrones de cromosoma plegables
en gran genoma organismos ( Lieberman-Aiden et al. , 2009 ). Los grandes conjuntos
de datos requieren gran cantidad de herramientas bioinformticas para transformar de
manera eficiente los datos en informacin y, posteriormente, en los modelos con el fin
de comprender plenamente la relacin estructura-funcin de los cromosomas.
Expresiones de gratitud