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Yasumasa Joti, 1 Takaaki Hikima, 2 Yoshinori Nishino, 2, 3 Fukumi Kamada, 4 Saera Hihara, 4, 5
Hideaki Takata, 4, 6 Tetsuya Ishikawa, 2 y Kazuhiro Maeshima 2, 4, 5, *
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Resumen
¿Cómo se empaqueta una cadena larga de ADN genómico en un cromosoma o núcleo mitótico? Se
ha supuesto durante mucho tiempo que la fibra de nucleosoma (cuentas en una cuerda, se refiere
a cuando se desprende para la replicación y codificación), en la que el ADN se envuelve alrededor
de las histonas centrales, se pliega en una fibra de cromatina de 30 nm y una fibra más grande
doblada helicoidalmente. Sin embargo, cuando se observaron células mitóticas humanas
hidratadas congeladas utilizando microscopía crioelectrónica, no se encontraron estructuras de
orden superior que incluyeran fibras de cromatina de 30 nm. Para investigar más a fondo la
estructura de los cromosomas mitóticos, realizamos una dispersión de rayos X de ángulo pequeño
(SAXS), que puede detectar estructuras periódicas en materiales no cristalinos en solución. Los
resultados fueron sorprendentes: no se detectó ninguna característica estructural mayor de 11
nm, incluso a una escala de diámetro cromosómico (~ 1 μm). También encontramos un patrón de
dispersión similar en los núcleos de interfase de las células HeLa en el rango de hasta ~ 275 nm.
Nuestros hallazgos sugieren una característica estructural común en la interfase y las cromatinas
mitóticas: el plegamiento compacto e irregular de las fibras de nucleosomas ocurre sin una
estructura de cromatina de 30 nm.
Palabras clave: fibra de cromatina de 30 nm, cromatina, crio EM, naturaleza fractal, núcleos
interfásicos, plegamiento irregular, cromosomas mitóticos, dispersión de rayos X
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Introducción
En los libros de texto actuales de biología molecular, el empaquetamiento y organización inicial del
ADN en un cromosoma o núcleo a menudo se representa como se muestra en la Figura 1 (por
ejemplo, ref. 1). La suposición actual es que el ADN está envuelto alrededor de las histonas,
formando "nucleosomas" (cuentas en una cuerda), seguido de un nucleosoma que se pliega en
una fibra de cromatina de 30 nm (p. Ej., Referencias 2-5). El famoso modelo de "plegado helicoidal
jerárquico" afirma que la fibra de cromatina de 30 nm se pliega progresivamente en fibras más
grandes (es decir, ~ 100 nm y luego fibras de ~ 200 nm) para formar los cromosomas mitóticos
finales. Una jerarquía similar se cree que existe en los núcleos interfásicos (p. ej., ref. 10).
Figura 1. En el modelo de libro de texto, una molécula de ADN larga se envuelve alrededor de un
octaómero de histona núcleo básico que consiste en proteínas de histona H2A, H2B, H3 y H4, y
forma un nucleosoma con un diámetro de 11 nm. Se ha supuesto durante mucho tiempo que el
nucleosoma está plegado en fibras de cromatina de 30 nm antes de que ocurra la organización de
orden superior de los cromosomas mitóticos o los núcleos interfásicos. Mostramos un modelo
típico de hélice de un inicio entre dos modelos estructurales bien conocidos para fibras de
cromatina de 30 nm: hélice de un inicio (solenoide) y hélice de dos comienzos (zigzag). Las
imágenes se reproducen con modificaciones menores de la referencia 60 con permiso de Elsevier.
Para visualizar los cromosomas mitóticos en un estado cercano al intacto, realizamos microscopía
de crioelectrones (cryo-EM), en colaboración con Eltsov, Frangakis y Dubochet.11 Para cryo-EM,
las células HeLa mitóticas se recolectaron y congelaron por congelación a alta presión. . Luego se
prepararon secciones delgadas a baja temperatura y se observaron. Cryo-EM y el posterior
procesamiento computacional de la imagen no revelaron estructuras de cromatina de 30 nm en
los cromosomas mitóticos, sino más bien una textura desordenada uniforme, argumentando
enérgicamente contra la hipótesis establecida actualmente (ver también las referencias 12 y 13).
Sin embargo, las observaciones de cryo-EM se limitaron a examinar una porción de un cromosoma
porque el grosor de la sección era de solo ~ 70 nm, lo que puede haber impedido la observación
de estructuras jerárquicas regulares en los cromosomas.
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Para examinar la naturaleza del pico de 30 nm observado por SAXS, los cromosomas aislados
fueron examinados por cryo-EM. Como se señaló anteriormente, no se observaron estructuras de
cromatina de 30 nm dentro de los cromosomas.15 Sin embargo, las imágenes de cryo-EM
mostraron inesperadamente que la superficie del cromosoma estaba recubierta con gránulos
densos en electrones del tamaño de ribosomas. 15 Transferencia de Western e inmunotinción con
anticuerpos específicos confirmó que había ribosomas contaminantes en la superficie
cromosómica15. Los ribosomas se apilaban regularmente a una separación de ~ 30 nm.15
Eliminamos los ribosomas de la superficie del cromosoma lavando con un tampón isotónico que
contiene poliamina y EDTA (tampón A; véanse las referencias 19, 21 y 22) 15, manteniendo el
tamaño y la forma de los cromosomas15. Sorprendentemente, en los cromosomas, SAXS no
detectó picos de 30 nm, aunque quedaron otros picos procedentes de una estructura interna de
nucleosomas.
Informes anteriores han sugerido que los núcleos de eritrocitos de pollo, que están casi
completamente silenciados transcripcionalmente, contienen fibras de cromatina de 30 nm23,24;
por lo tanto, estos fueron utilizados como controles positivos. Los análisis SAXS y cryo-EM
demostraron estructuras de fibra de cromatina de 30 nm en núcleos de eritrocitos de pollo, que
carecían de ribosomas.15 Por lo tanto, deberíamos haber detectado fibras de 30 nm en los
cromosomas mitóticos humanos si estuvieran presentes. Con base en los datos combinados SAXS
y cryo-EM, concluimos que las fibras de cromatina de 30 nm plegadas regularmente no están
presentes en los cromosomas mitóticos humanos.
Luego consideramos cómo se organiza la fibra del nucleosoma en un cromosoma mitótico. Debido
a que la condensina26 y la topoisomerasa IIα, 27 que son esenciales para la condensación
cromosómica, forman un eje en el cromosoma22,28-32 (Fig. 2D), asumimos que aseguran
globalmente las fibras de nucleosomas alrededor del centro cromosómico. Localmente, una fibra
nucleosómica se pliega de manera irregular hacia el centro cromosómico (Fig. 2D). Además, un
sitio genómico se incorpora de forma aleatoria en una región amplia, pero no reproducible,
específica en el cromosoma durante el proceso de condensación. Esta visión es consistente con la
observación del grupo de Belmont de que las posiciones tridimensionales de los loci genómicos
marcados con GFP mostraron una variabilidad intrínseca entre las cromátidas hermanas en el
cromosoma.33
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De acuerdo con nuestro hallazgo, los núcleos de interfase en la mayoría de los tipos de células
eucariotas superiores examinadas por cryo-EM no contienen fibra de cromatina de 30 nm (p. Ej.,
Referencias 16, 34 y 35). Usando una combinación de una técnica de captura de conformación
cromosómica (3C) y modelado de polímeros, Dekker también descubrió que la cromatina en un
dominio transcripcionalmente activo en la levadura no formaba una fibra compacta de 30 nm, sino
que se extendía con una disposición bastante suelta de nucleosomas .36 Más recientemente, el
grupo Bazett-Jones hizo una observación similar por imagen espectroscópica de electrones (ESI),
proporcionando mapeo de fósforo y nitrógeno con suficiente contraste y resolución para visualizar
fibras de nucleosomas de 10 nm.37,38 Aunque el cryo-EM y ESI, ambos métodos basados en EM,
examinan solo una porción limitada de núcleos, nuestro estudio SAXS corrobora la noción de que
las fibras de cromatina de 30 nm están ausentes en la cromatina interfásica.
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Encontramos que ambos patrones de dispersión siguen la relación ley de potencia entre la
intensidad de dispersión y el vector de dispersión S en un amplio rango (Fig. 4C; ref. 15). Esta
propiedad de dispersión sugiere una naturaleza fractal 39, aunque no podemos descartar la
posibilidad de que otras formas de organización puedan conducir a un patrón de dispersión
similar. La relación ley de potencia continúa hasta ~ 1,000 nm en cromosomas mitóticos y ~ 275
nm en cromatina interfásica (Fig. 4C y E en la referencia 15). Esto sugiere que la cromatina mitótica
e interfásica tiene características estructurales comunes que son similares a muchos aumentos, al
menos en un rango de hasta ~ 275 nm. De acuerdo con este hallazgo, recientemente se obtuvo
evidencia de una estructura fractal de la cromatina interfásica humana40-43 (véase también la ref.
44).
La similitud de dispersión también está de acuerdo con nuestra idea de que la interfase y la
cromatina mitótica son localmente indistinguibles17 (ver también las referencias 45-46). Incluso
en los núcleos interfásicos, ya se forman numerosos dominios de cromatina como "gotas de
cromatina líquida" (Fig. 4D). Para el ensamblaje cromosómico, dichos dominios de cromatina se
pliegan juntos, presumiblemente por condensinas y / u otros factores proteicos, para crear una
forma cromosómica en forma de barra.17 Los dominios de cromatina en la interfase se
identificaron originalmente como focos de replicación que contenían ~ 1 Mbp de la región del
genoma utilizando marcado de pulso.47-49 Los dominios se han analizado adicionalmente
mediante microscopía de superresolución50 y ensayo Hi-C51 (un método para estudiar la
arquitectura tridimensional de los genomas). Recientemente se informó que los dominios están
correlacionados con estructuras de glóbulos fractales.52 El glóbulo fractal, que fue identificado por
Lieberman-Aiden et al. usando el ensayo Hi-C, 41 es una estructura interesante, en la cual las
fibras de cromatina están poco enredadas.41,42
Consistentemente, se ha informado que las regiones de heterocromatina típicas en núcleos de
plantas o mamíferos que han sido visualizadas por cryo-EM son muy similares a los cromosomas
mitóticos.34,35 En conjunto, la cromatina interfásica y los cromosomas mitóticos tienen
organizaciones locales similares (p. Ej., Dominios de cromatina, gotas líquidas de cromatina o
glóbulos fractales), que muestran plegamiento irregular compacto de fibras de nucleosomas sin
una fibra de cromatina de 30 nm (Figs. 2D y 4D), 4D), aunque con diferente morfología a escala
micrométrica.
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Aunque sugerimos que la fibra de cromatina de 30 nm está casi ausente en las células mitóticas e
interfásicas, puede haber tramos cortos de fibras de 30 nm o pequeñas cantidades de otras
jerarquías plegadas regularmente en las células.15,53 Además, aclare “30- Se han observado fibras
de cromatina nm ”bajo el microscopio (p. ej., referencias 24 y 54-59). ¿Por qué? Una posible
explicación es la siguiente: la formación de una fibra de 30 nm requiere la unión selectiva de
nucleosomas, que son vecinos cercanos en la cadena de ADN (asociación nucleosómica intrafibra).
Una manera simple de construir una asociación nucleosómica intrafibra es el "aislamiento de las
fibras nucleosómicas". Tal aislamiento podría ocurrir bajo condiciones diluidas, como en los
sistemas in vitro, en los cuales las interacciones entre las fibras nucleosómicas son insignificantes.
En particular, en condiciones de poca sal con MgCl2 1–2 mM, las fibras de nucleosomas pueden
repeler suavemente entre sí y formar fácilmente una fibra de cromatina de 30 nm (p. Ej.,
Referencias 55 y 58). En las observaciones EM convencionales, dicha formación podría
estabilizarse aún más a través de la reticulación química (p. Ej., Fijación de glutaraldehído) y la
contracción resultante de la deshidratación del alcohol durante la preparación de la muestra.60 El
aislamiento de las fibras nucleosómicas también puede ocurrir cuando las fibras nucleosómicas se
eliminan del dominio de la cromatina. o territorio cromosómico para la transcripción (Fig. 4D,
arriba).
Además, los tipos de células específicas tienen núcleos que contienen fibras de cromatina de 30
nm aparentes, que incluyen esperma de estrella de mar, 24,61 eritrocitos de pollo23,24,62 y
células fotorreceptoras de ratón.63 Aunque la formación de una fibra de 30 nm requiere
asociación nucleosómica intrafibra , las asociaciones de nucleosomas entre fibras se consideran
dominantes en las células (Figs. 2D y 4D) .11,60 Las fibras de nucleosomas están altamente
interdigitadas, de modo que se impide que formen fibras de cromatina de 30 nm, lo que conduce
al plegamiento irregular de las fibras de nucleosomas. (estructuras de tipo polímero fundido) (Figs.
2D y 4D) .11,15,60 En algunas células específicas que contienen las fibras regulares de cromatina
de 30 nm, puede existir un mecanismo único para aumentar la asociación de nucleosomas
intrafibra, presumiblemente a través de modificaciones específicas de histonas o la unión de
proteínas específicas.
En conclusión, la cromatina interfásica y los cromosomas mitóticos tienen organizaciones locales
similares (p. Ej., Dominios de cromatina, gotas de cromatina líquida o glóbulos fractales). Las
organizaciones muestran un plegado compacto e irregular de fibras nucleosómicas sin una fibra de
cromatina de 30 nm. Aunque el término "irregular" o "desordenado" podría dar la impresión de
que las organizaciones son probablemente irrelevantes funcionalmente, el plegamiento irregular
implica menos restricción física y mayor dinamismo, lo que lleva a un alto grado de accesibilidad al
ADN.15 La organización irregular puede tener varias ventajas en procesos biológicos dirigidos por
plantillas en núcleos interfásicos, incluida la transcripción de ARN y la replicación, reparación y
recombinación de ADN.
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Expresiones de gratitud
Agradecemos a los doctores M. Eltsov, K. Ito, Y. Takahashi, A.S. Frangakis y N. Imamoto, quienes
contribuyeron al trabajo publicado en el EMBO Journal. También agradecemos a T. Fujisawa, T.
Hayakawa y J. Dubochet por el soporte técnico y S. Tamura por la asistencia técnica. Agradecemos
a T. Uchiumi por el anticuerpo anti-P, y a I. Hiratani, T. Cremer, A. Sasaki, S. Nozaki, M. Yamamoto,
M. Nakasako, S. Nair y J. Hansen por sus útiles discusiones y apoyo. . Este trabajo fue apoyado por
una subvención de ayuda para una subvención MEXT y JST CREST. S.H. y H.T. eran compañeros de
JSPS. Los experimentos de radiación sincrotrón se realizaron en BL29XU y BL45XU en SPring-8 con
la aprobación de RIKEN (Propuesta No. 20120023).
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Notas
Nishino Y, Eltsov M, Joti Y, Ito K, Takata H, Takahashi Y, et al. Los cromosomas mitóticos humanos
consisten predominantemente en fibras nucleosómicas plegadas irregularmente sin una
estructura de cromatina de 30 nm EMBO J 2012 31 1644 53 doi: 10.1038 / emboj.2012.35.
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Notas al pie