QUÍMICA ORGÁNICA Y BIO-ORGÁNICA

PROFESOR CICUTA FERNANDO

603-604

AMINOÁCIDOS
Y PROTEÍNAS
 AMINOÁCIDOS
Desde el punto de vista químico, los aminoácidos (AA) son ácidos orgánicos con un grupo amino en posición alfa.
Según esta definición, los cuatro sustituyentes del carbono alfa (Ca) en un aminoácido son:
 el grupo carboxilo
 un grupo amino
 un átomo de hidrógeno
 una cadena lateral R, que es característica de cada AA

En todos los AA proteicos, excepto en la glicina (Gly), el carbono a es asimétrico y

por lo tanto, son ópticamente activos. Esto indica que existen dos
enantiómeros (isómeros ópticos), uno de la serie D y otro de la serie L . Los AA
proteicos son invariablemente de la serie L.
Otra característica importante de los aminoácidos es que son anfóteros. Esto
quiere decir que cuando están disueltos en agua acuosa, los aminoácidos son
capaces de ionizarse como un ácido cuando el pH es básico, como una base
cuando el pH es ácido o como un ácido y una base a la vez cuando el pH es
neutro.
 AMINOÁCIDOS
¿SINTETIZABLES POR EL HOMBRE?
De los 20 AA proteicos codificables, la mitad pueden
ser sintetizados por el hombre, pero el resto no, y
por lo tanto deben ser suministrados en la dieta:
son los AA esenciales.
Además, en recién nacidos el AA His es esencial
porque su organismo todavía no ha madurado lo
suficiente como para poder sintetizarlo.
 A.A. CODIFICADOS

Los A.A. presentan dos sistemas de

nomenclatura:
1° Un sistema clásico de tres letras, que permite
la representación de la estructura primaria
mediante el enlace de cada triplete de letras
mediante guiones, disponiendo a la izquierda al
A.A. N-terminal y a la derecha al A.A. C-terminal.
2° Un sistema más actual, de una sola letra,
utilizado en genética molecular para la formación
de base de datos, permitiendo la representación
de la estructurar primaria de la proteína con
letras consecutivas, sin guiones y manteniendo el
criterio de orden anterior.
CADENA CARBONADA LATERAL

En la fórmula estructural de un α-aminoácido; el grupo "R" representa la cadena

lateral que difiere entre los distintos aminoácidos.
Se distinguen los siguientes grupos:

a) Aminoácidos con grupo R no polar (alifáticos y aromáticos).

b) Aminoácidos con grupo R polar sin carga .
c) Aminoácidos con grupo R con carga positiva.
d) Aminoácidos con grupo R con carga negativa.
CADENA CARBONADA LATERAL
a) Aminoácidos con grupo R no polar (alifáticos y aromáticos).
CADENA CARBONADA LATERAL
b) Aminoácidos con grupo R polar sin carga .

c) Aminoácidos con grupo R con carga positiva y con grupo R con carga negativa
CARÁCTER ANFÓTERO Y PUNTO ISOELÉCTRICO

La presencia de grupos acido (-COOH) y básico (-NH2) otorga a los aminoácidos

unas propiedades ácido base características.
En medios ácidos fuertes, tanto el grupo amino como el grupo ácido se encuentran
protonados y el aminoácido tiene la siguiente forma:

Al subir el pH se desprotona el grupo más ácido, H de menor pKa, formándose una

especie neutra llamada Zwitterión
 CARÁCTER ANFÓTERO Y PUNTO ISOELECTRICO

Cuando el aminoácido se encuentra en medios básicos pierde el protón del grupo amino, dando
lugar a la especie desprotonada.

Se llama pH isoeléctrico o punto isoelectrico al pH en el que la concentración de Zwitterión es

máxima (el aminoácido no presenta carga neta).
Otra definición de punto isoelectrico es: pH al que la concentración de especies protonadas y
desprotonadas se iguala.
CARÁCTER ANFÓTERO Y PUNTO ISOELÉCTRICO

El pH isoelectrico se calcula como

media de pK 1 y pK,2, o pK R es
decir, la media de los pKas de las
etapas que forman y
descomponen el Zwitterión.
 ENLACE PEPTÍDICO

El enlace peptídico es una unión covalente tipo amida

sustituida que se da al reaccionar el grupo amino de un
aminoácido con el grupo carboxilo de otro aminoácido con
desprendimiento de una molécula de agua.
Por ser el enlace peptídico una unión "cabeza-cola" (grupo
amino con grupo carboxilo) un dipéptido conserva siempre
un grupo amino libre, que puede reaccionar con el grupo
carboxilo de otro aminoácido, y un grupo carboxilo libre,
que puede reaccionar con el grupo amino de otro
aminoácido.
 ENLACE PEPTÍDICO

Los péptidos se clasifican según el número de restos

de aminoácidos que los forman, se denominan
respectivamente dipéptidos, tripéptidos,
tetrapéptidos y en general cuando el número de
aminoácidos implicados es menor o igual a 10
decimos que se trata de un oligopéptido, cuando es
mayor que 10 decimos que se trata de un
polipéptido y si el número de AA es mayor, se habla
de proteínas. En los seres vivos se pueden encontrar
proteínas formadas por más de 1000 AA.
Cuando los AA se encuentran formando parte de
una cadena polipeptídica se suelen
denominar residuos, para diferenciarlos de su forma
libre.
A partir del esqueleto se proyectan las cadenas
laterales, responsables de sus propiedades químicas.
 OLIGOPÉPTIDOS PEPTÍDICO
A la hora de nombrar un oligopéptido se considera como AA principal al que conserva el grupo
carboxilo. El resto de los AA se nombran como sustituyentes, comenzando por el AA que ocupa el
extremo amino. Por ejemplo, el tripéptido de la figura es Ser-Tyr-Cys se denominará seril-tirosil-
cisteína.
 ENLACE PEPTÍDICO: SECUENCIACIÓN

Para nombrar polipéptidos y proteínas, se recurre

a nombres triviales que, en la mayoría de los casos,
hacen referencia a su función.
Se denomina secuencia de un péptido o de una
proteína al orden de los AA que lo integran. La
secuencia viene determinada por:
1.- qué AA forman del péptido o proteína
2.- el orden en que están ensamblados
 CADENAS POLIPEPTÍDICAS
● Los términos polipéptido y proteína no siempre son
equivalentes, puesto que algunas proteínas están
formadas por más de una cadena polipeptídica. Es el
caso de la hemoglobina. En este caso:
• cada polipéptido no se considera como una proteína,
sino como una subunidad de una proteína, y está
representado de un color distinto en la figura; el
término proteína se refiere a la asociación funcional de
las 4 subunidades.
• Consideraremos a las proteinas oligoméricas, como
aquellas que están formadas por varias cadenas
polipeptídicas, por lo que los términos cadena
polipeptídica y proteína no pueden considerarse
sinónimos en todos los casos.
 CARACTERÍSTICAS ESPECIALES DEL ENLACE
PEPTÍDICO
● El enlace peptídico (-CO-NH-) se representa
normalmente como un enlace sencillo. Sin
embargo, posee una serie de características que lo
aproximan más a un doble enlace. Los enlaces C-O
y N-C del enlace peptídico tienen características
intermedias entre el enlace sencillo y el enlace
doble. De hecho, las distancias interatómicas
medidas en los enlaces C-O y C-N son intermedias
entre las del enlace sencillo y el doble enlace. Esta
disposición atómica está estabilizada por
resonancia de forma que los seis átomos implicados
en la formación del enlace peptídico están
contenidos en el mismo plano.
 CARACTERÍSTICAS ESPECIALES DEL ENLACE
PEPTÍDICO. CONSECUENCIAS.
● Otra consecuencia importante de la
resonancia es que incrementa la
polaridad del enlace peptídico y se
establece un momento dipolar . Por este
motivo, cada enlace peptídico puede
participar en dos puentes de hidrógeno.
En uno de ellos, el grupo -NH- actúa
como donador de hidrógeno y en el otro,
el grupo -CO- actúa como receptor de
hidrógeno. Esta propiedad contribuye
notablemente al plegamiento
tridimensional de las proteínas.
CARACTERÍSTICAS ESPECIALES DEL ENLACE
PEPTÍDICO. CONSECUENCIAS.
● El carácter parcial de doble enlace impide la libre rotación del enlace que une los
átomos de C y N en el enlace peptídico. Esta rigidez del doble enlace limita las
posibilidades conformacionales de los péptidos. Existen dos configuraciones posibles:
● Configuración cis: los dos Ca se sitúan del mismo lado del doble enlace
● Configuración trans: los dos Ca se sitúan a distinto lado del doble enlace
 CARACTERÍSTICAS ESPECIALES DEL ENLACE PEPTÍDICO.
CONSECUENCIAS.
● En cada AA, el Ca puede establecer dos ángulos de torsión con los planos de los
dos enlaces peptídicos contiguos: los llamados f (ɸ) y y (Ψ) :
● el ángulo phi (ɸ) es la rotación en torno al enlace Ca-N
● el ángulo psi (Ψ) es la rotación en torno al enlace C-Ca
● Como estos son los únicos grados de libertad que presenta la estructura, la
conformación de la cadena polipéptidica queda completamente definida cuando
se conocen los valores de ɸ y de Ψ para cada AA.
● En la estructura de un péptido o de una proteína, cada AA presenta un valor de
ɸ y otro de Ψ determinados. Es el tamaño físico de los átomos o grupos de
átomos presentes en las cadenas laterales el que determina los posibles valores
que pueden adoptar los ángulos phi (ɸ) y psi (Ψ).
● Cuando se representan los valores de phi (f) y psi (y) de cada AA se distinguen
tres valores "permitidos" de los ángulos de torsión que no dan lugar a
impedimentos estéricos en la estructura.
● Estas regiones corresponden a los dos tipos de elementos estructurales
mayoritarios presentes en las proteínas: la estructura β y la α-hélice.
ANÁLISIS DE RESIDUOS N-TERMINALES:
DEGRADACIÓN DE EDMAN
Degradación de EDMAN Marcar el aa N-terminal con
fenilisotiocianato (PITC) en medio alcalino (se forma el
derivado feniltiocarbanilo) Se hidroliza el enlace peptídico
entre los residuos 1 y 2 (medio ácido anhidro fuerte) Se
identifica el derivado del residuo N-terminal por HPLC El
resto del polipéptido sigue intacto por lo que puede repetirse
el proceso para determinar el 2º aminoácido Por repetición
continuada puede secuenciarse el polipéptido desde el
extremo N-terminal
 PROTEÍNAS: HÉLICE-Α
En la hélice-α el esqueleto de la cadena polipeptídica se
encuentra arrollado de manera compacta alrededor del eje
longitudinal de la molécula, y los grupos R de los distintos
restos aminoácidos sobresalen de esta estructura helicoidal,
que tiene forma de escalera de caracol.
El rasgo más sobresaliente de esta estructura es que todos los
grupos peptídicos de los diferentes restos aminoácidos quedan
enfrentados en la relación geométrica adecuada para formar
puentes de hidrógeno entre sí; estos puentes se establecen
entre el oxígeno del grupo carboxilo de cada residuo
aminoácido y el hidrógeno del grupo amino que se encuentra
cuatro residuos más allá en dirección carboxi-terminal (algo
más de una vuelta completa de hélice). Así, cada vuelta
sucesiva de la hélice α se mantiene unida a las vueltas
adyacentes mediante varios puentes de hidrógeno
intracatenarios que, actuando cooperativamente,
proporcionan a la estructura una considerable estabilidad.
PROTEÍNAS: CONFORMACIÓN Β
● En la conformación β, también llamada hoja plegada, el esqueleto de la cadena polipeptídica se dispone en zig-
zag con los grupos R de los distintos aminoácidos proyectándose alternativamente a uno y otro lado de dicho
esqueleto. Muchas de estas cadenas colocadas paralelamente unas a otras forman una estructura que recuerda a
una hoja de papel plegada, en la que los grupos R de los aminoácidos se encuentran sobresaliendo por ambas
caras de dicha hoja. En este caso, los grupos peptídicos de los diferentes restos aminoácidos establecen puentes
de hidrógeno con los de las cadenas vecinas (puentes de hidrógeno intercatenarios).
 HÉLICE-Α VS. CONFORMACIÓN Β

Dos tipos de proteínas de origen animal particularmente

abundantes son: las queratinas y los colágenos. Ambas son
proteínas insolubles que desempeñan importantes funciones
de tipo estructural en los animales superiores. Existen dos
tipos de queratinas de diferente dureza y consistencia, las α-
queratinas (por ejemplo las que abundan en el pelo o en las
uñas) y las β-queratinas (telas de araña, seda, etc.) y con
posterioridad se descubrió la estructura secundaria del
colágeno, la cual se denominó hélice del colágeno.
DIFERENCIAS ENTRE QUERATINA Y COLÁGENO

● La queratina es una proteína estructural que se encuentra en el integumento de los vertebrados. El integumento es la
cobertura natural de un organismo o un órgano, como su piel, corteza, concha, o cáscara. Es, después del colágeno, el
biopolímero natural más importante encontrado en los animales. Los materiales queratinizados tienen diferentes
morfologías que dependen de su función. Abarcan desde capas impermeables, como el caparazón de una tortuga, hasta
materiales estructuralmente robustos muy resistentes como los cuernos. La queratina es eficiente en tensión -lana- y en
compresión -pezuñas-.
● El colágeno se encuentra en los huesos, dientes y tejidos conectivos. Ambas proteínas contienen una secuencia de
aminoácidos bien definida y polipéptidos con hélice alfa, es decir, plegados en el espacio en forma de hélice dextrógira.
Eso es debido a que contienen grandes cantidades de dos de los aminoácidos, glicina y alanina, que son los que hacen
posible esa estructura de α-hélice.

● En la queratina, dos cadenas de polipéptidos -α-queratina- giran juntas formando una espiral. En el colágeno son 3 las α-
hélices de polipéptidos -tropocolágeno- que giran juntas ensamblándose para formar la fibrilla de colágeno.
QUERATINA
●
Este aminoácido contiene azufre -S- en un grupo
conocido químicamente como tiol, -SH, capaz de
producir enlaces covalentes, de los enlaces más
fuertes entre moléculas, formando puentes
disulfuro, -S-S-. Este enlace puede formarse tanto
entre las cadenas de polipéptidos como uniendo
otras moléculas de la matriz. Las queratinas
pueden clasificarse como “duras” o “blandas”
dependiendo de la cantidad de azufre que
contienen. Las blandas contienen menos por lo
que pueden formar menos entrecruzamientos
entre moléculas. Este tipo de queratina se
encuentra casi exclusivamente en la piel.
ESTRUCTURA DE LAS DIFERENTES QUERATINAS
Estructura de las diferentes queratinas
Los mamíferos tienen aproximadamente 30 variantes de α-queratinas como principales constituyentes del cabello, uñas, pezuñas, cuernos,
plumas y la capa epidérmica de la piel. En reptiles y pájaros, las garras, escamas, plumas y picos están formados por β-queratina, que es más
resistente que la forma α, y está configurada en una disposición de hoja plegada.
Estructura de la α-queratina
En ella se pueden identificar diferentes regiones distintas:
1) Cadena de hélice α
2) Dos polipéptidos de queratina forman una bobina
enrollada
3) Protofilamentos formados por dos filas escalonadas de
bobinas enrolladas enlazadas cabeza-cola
4) Protofilamentos que dimerizan para formar una
protofibrilla, 8 de ellos forman un filamento intermedio.
Estructura de la β-queratina
En este caso, las cadenas de proteínas permanecen unidas
por un enlace mucho más débil que el anterior, el enlace por
puentes de hidrógeno.
Las hojas dobladas están formadas por cadenas de proteínas
antiparalelas. Estas cadenas se unen por puentes de
hidrógeno. Las cadenas β enlazadas forman unas superficies
planas rígidas que están ligeramente dobladas, formando
una disposición de láminas plegadas. Si la forma α se estira,
se transformará en la forma β, que es reversible hasta
aproximadamente un 30% de deformación.