BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA

MOLECULAR I

BLOQUE 1

2022/2023
SERGIO ZANGO RODRÍGUEZ
FACULTAD DE FARMACIA | UAH
TEMA 1. INTRODUCCIÓN AL ESTUDIO DE BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR
La bioquímica es la ciencia que estudia la química de los seres vivos. Consta de 3 áreas: bioquímica estructural,
biología molecular y metabolismo.

- Bioquímica estructural: relaciona la estructura con la función.

- Metabolismo: relaciona los procesos metabólicos que suceden en el organismo y que nos permite
mantenernos vivos.
- Biología molecular: estudia la información de la bioquímica.

IMPORTANCIA DE LA BIOQUÍMICA EN EL GRADO DE FARMACIA

Tiene una importante relación con los medicamentos ya que algunas biomoléculas son componentes activos de
medicamentos (vitaminas, hormonas, azúcares, aminoácidos, etc.). El mecanismo de acción de muchos fármacos se
explica por su interacción con estructuras y procesos bioquímicos (Inhibidores de enzimas como los antibióticos
(penicilina), antipiréticos (ibuprofeno) y agentes quimioterapéuticos (metotrexato)).

Además, permite conocer la metabolización de los fármacos, que repercute en su vida media, su funcionalidad y la
interacción entre ellos mediante la potenciación o anulación de efectos.

Muchos fármacos se sintetizan utilizando técnicas de biología molecular como por ejemplo la insulina, interferones o
anticuerpos.

La terapia génica nos permitirá en el futuro tratar el origen de las enfermedades genéticas, sustituyendo el DNA
alterado por uno normal.

COMPOSICIÓN QUÍMICA DE LOS SERES VIVOS. BI OELEMENTOS

Unos 30 elementos naturales son esenciales para los seres vivos. La mayoría tienen un número atómico bajo. En
función de su abundancia se dividen en:

- Bioelementos primarios o principales (>95%): C, H, O, N. Forman enlaces covalentes, que son los más fuertes.
- Bioelementos secundarios (4.5%): S, P, Mg, Ca, Na, K, Cl
- Oligoelementos (0.1%): Fe, Mn, I, F, Si, Cr, Zn, Li, Mo, etc.

BIOMOLÉCULAS
Los bioelementos se unen entre sí para formar compuestos biológicos de dos tipos:

- Inorgánicos: muy abundantes en el mundo inerte y forman parte de los seres vivos. (Agua, gases como el O 2
o el CO2, y sales)
- Orgánicos: tienen como base al carbono y caracterizan a la materia viva. (Aminoácidos, monosacáridos,
lípidos, nucleótidos, etc.).

Las biomoléculas orgánicas se obtienen sustituyendo átomos de H por diversos grupos funcionales. Muchas de ellas
tienen dos o más tipos de grupos funcionales como el Acetil-Coenzima A.

MACROMOLÉCULAS
Se trata de polímeros, construidos a partir de monómeros elementales obtenidos mediante condensación. Estas
macromoléculas se pueden disgregar en sus monómeros constituyentes mediante hidrólisis.

Las proteínas son grandes biomoléculas obtenidas mediante la condensación de un aminoácido con otro. Se pueden
recuperar los aminoácidos mediante hidrólisis. Están formadas por la unión de 20 aminoácidos diferentes.

Los polisacáridos se sintetizan mediante la unión de monosacáridos, formando cadenas lineales o ramificadas.
Mediante hidrólisis podemos recuperar los monosacáridos.

Los lípidos no forman polímeros. Se agrupan entre sí debido a su insolubilidad en agua. Todo lo que no sea soluble en
agua se va a denominar lípido. Su estructura básica es el ácido graso.

INTERACCIONES DÉBILES
Los constituyentes se unen mediante enlaces covalentes. Debido a las interacciones débiles que se producen entre las
distintas biomoléculas, podemos juntarlas y separarlas fácilmente. Estas interacciones débiles encontramos: enlaces
de hidrógeno, interacciones iónicas, interacciones de Van der Waals e interacciones hidrofóbicas.

El enlace de hidrógeno siempre los veremos en las uniones O-H o N-H. Su energía de enlace es la más alta entre las 4
nombradas anteriormente.

Aunque la energía de estos enlaces individualmente es muy pequeña, en conjunto pueden formar enlaces de una
fuerza mayor, contribuyendo en gran medida a su estructura y función.

Energía de enlace
Nombre Base de la interacción Estructura
KJ/mol
Átomo de H
Enlace de hidrógeno 12-28
compartido

Atracción de cargas
Interacciones iónicas 12-28
opuestas

Interacción de
Interacciones de Van
electrones en 4
der Waals
sustancias no polares
Interacción de
Interacciones sustancias no polares
4-8
hidrofóbicas de en presencia de
agua

INTERACCIONES HIDROFÓBICAS
El sistema agua + moléculas apolares puede estar en dos estados diferentes:

- ESTADO 1: Las dos moléculas apolares están separadas y cada una tiene su propia “jaula” de moléculas de
agua ordenadas alrededor.
- ESTADO 2: Las dos moléculas apolares están juntas, compartiendo una “jaula” de moléculas de agua
ordenadas. El número total de moléculas en la jaula es menor, por lo que algunas moléculas que antes
estaban fijas recuperan su capacidad de movimiento.

Las moléculas apolares se agrupan espontáneamente (Estado 2), ya que el agua las expulsa de su seno, aumentando la
entropía y haciendo que el sistema sea termodinámicamente más estable. Después las moléculas apolares pueden
atraerse mediante interacciones de Van der Waals.

ORGANIZACIÓN JERÁRQUICA DE LOS SERES VIVOS

Los seres vivos son sistemas organizados jerárquicamente; cada nivel descansa sobre el inmediato inferior.

Así, los bioelementos forman biomoléculas. Estas se unen para formar

En los organismos multicelulares hay niveles de organización superior: tejidos, órganos, sistemas y aparatos. En cada
nivel de organización, el conjunto es mayor que la suma de sus partes (propiedades emergentes).

EL AGUA COMO DISOLVENTE

El agua es la molécula más abundante en los seres vivos. Proporciona un entorno fluido en el que se pueden mover las
moléculas y se produce la interacción en los procesos metabólicos.

Tiene 2 propiedades esenciales para la vida:

- Es una molécula polar.

- Sus moléculas pueden interaccionar mediante enlaces de hidrógeno.

Es el disolvente universal de los medios intra- y extracelulares debido a su naturaleza polar y su tendencia a formar
enlaces de hidrógeno. Además, disuelve fácilmente a los componentes iónicos y polares (hidrófilos). Estos compuestos
polares son aquellos formados por grupos cargados polares o capaces de formar enlaces de hidrógeno con el agua (-
COO-, -NH3+, -SH, -COOH, -CO-NH3).

Las moléculas apolares son insolubles en agua (hidrófobas). Estas moléculas son hidrocarburos alifáticos y aromáticos
o sus derivados, que no interaccionan con el agua; y los gases apolares como el O2 y el CO2, que se disuelven mal en
agua.

Las moléculas anfipáticas (regiones polares y apolares) forman agregados, en los que la parte polar queda en contacto
con el agua y la apolar alejado de ella. Algunas moléculas son ácidos grasos y fosfolípidos.

PH Y TAMPONES BIOLÓGICOS
El agua es un electrolito débil, que tiene
una ligera tendencia a ionizarse. Todos
los procesos biológicos son dependientes
del pH, que determina el estado iónico
de las moléculas y, por tanto, su
estructura y actividad. Por ello, los seres
vivos tienen que mantener constante el
pH en los distintos compartimentos:

- pH (sangre) = 7.35-7.45
- pH (intracelular) = 6.8
- pH (estómago) = 1.5-3
- pH (duodeno) = 8-8.5

En los seres vivos se llevan a cabo

reacciones en las que se liberan H+ o OH-
que pueden modificar el pH del medio.
Para mantener constante el pH se utilizan tampones biológicos. Son soluciones acuosas que tienden a resistir cambios
de pH cuando se les añade pequeñas cantidades de ácido o de base (en relación a la concentración del tampón).

CURVA DE TITULACIÓN DE UN ÁCIDO DÉBIL CON BASE FUERTE

Preparamos una disolución 0,1 M
de ácido acético (AH), como el
ácido acético se encuentra
parcialmente disociado tendrá
un pH ácido. Se añade sosa (base
fuerte) 0,1 M y se estudia como
varía el pH.

Comenzamos con un pH ácido, a

medida que añadimos sosa,
vamos comprobando cómo varía
el pH (gráfica):

- Aumenta de forma rápida al

principio.
- Llega a una “meseta” que,
aunque se añadan grandes
cantidades de sosa, aumenta
poco el pH.
- Por último, vuelve a aumentar
rápidamente con poca cantidad
de sosa.
De esta curva sacamos dos informaciones:

- El pKa del grupo que se está valorando: en el punto medio [AH] = [A-] → Ka = [H+] → - logKa = -log [H+] →
pKa = pH
- Cantidades equivalentes de un ácido débil y su base conjugada se resisten a los cambios de pH. En conjunto
se comportan como un tampón.

Un tampón está formado por cantidades equivalentes de un ácido débil y

su base conjugada; o una base débil y su ácido conjugado. Se preparan a
partir de un ácido débil y una de sus sales; o una base débil y una de sus
sales.

El ácido acético en agua se va a disociar en función de su

constante de disociación. El acetato sódico en disolución se
disocia completamente.

Por efecto del ion común [A-], el equilibrio de disociación del

ácido acético se desplaza hacia la izquierda. A efectos prácticos
tenemos todo el ácido sin disociar:

AH ↔ A - + H+

Tenemos toda la concentración analítica de ácido añadida y

toda la concentración analítica del acetato.

Se añade sosa [OH]-, lo que va a suceder es que la base añadida

va a reaccionar con los protones del medio formando agua.
Como estamos quitando portones, el equilibrio se desplazará
desde el ácido hacia el acetato (base conjugada). Va a ir
disminuyendo la concentración de ácido y va a ir aumentando
la concentración de base conjugada, en estas condiciones, el
sistema va a resistirse a los cambios del pH. Va a cambiar muy
poco el pH.

Se añade ácido [H]+, lo que va a suceder es que se desplaza el equilibrio hacia la izquierda, los protones añadidos se
combinan con acetato, por lo que se formará ácido acético. Va a variar poco el pH.

¿CÓMO VARÍA EL PH EN FUNCIÓN DE LA [AH] Y LA [A - ] DEL TAMPÓN?

Se observan 3 curvas de
valoración de 3 ácidos
débiles distintos en
distintas regiones. Un
tampón no es capaz de
controlar el pH en todo
el intervalo, si no que
únicamente es capaz de
mantener el pH en un
rango pequeño,
aproximadamente una
unidad alrededor del
pKa.

Por ejemplo, la curva de

valoración azul (ácido
acético-acetato) tiene un
pKa = 4,76, por lo que este tampón lo podemos utilizar para tamponar desde 3,76 – 5,76. En cuanto salimos de esta
unidad, el pH varía mucho.

TAMPÓN FOSFATO
El tampón fosfato es un tampón
intracelular, debido a que en el interior de
las células hay mucho fosfato mientras que
fuera hay poco.

Cuando el ácido fosfórico se disocia (subimos el pH) se comienza a liberar protones al medio (3 protones que son los
que dispone el ion fosfato), cada uno con su valor específico de pKa. En el interior de nuestras células necesitamos un
rango específico de pH, por lo tanto, el pKa que nos interesa es el del recuadro rojo (tamponar nuestras células).

TAMPÓN BICARBONATO
El tampón bicarbonato es un tampón
extracelular, estamos usando el ácido
carbónico en equilibrio con el bicarbonato
(pKa = 6,1). La cantidad de ácido carbónico
que tenemos en sangre y líquidos intersticiales está relacionado con la
cantidad de CO2 (g) que tengamos disuelto en el organismo, el cual generará el bicarbonato en el organismo mediante
la acción de la anhidrasa carbónica.

En la sangre mantenemos un pH de 7,4 que se sale del rango de una unidad que puede mantener el tampón del pKa.
Al ser el pKa=6,1 + log 20 (relación ácido carbónico-bicarbonato en sangre) = 7,4.

Es un tampón que se organiza como un sistema abierto, no es constante en la sangre; a la sangre se le añade hidroxilo,
tal como hemos dicho, en esa relación que tenemos de bicarbonato-ácido carbónico cuando añadimos al tampón los
hidroxilos.

PROTEÍNAS
Se encargan de mantener el pH tanto en el medio intra como extracelular. Son el principal tampón biológico. Las
proteínas tendrán grupos químicos que dependiendo del pH pueden estar o no protonados y contribuirán a mantener
el pH.
TEMA 2. INTRODUCCIÓN AL ESTUDIO DE LAS PROTEÍNAS. AMINOÁCIDOS.
CONCEPTO DE PROTEÍNA
Son los responsables del funcionamiento de los seres vivos, están presentes en todas las células, son polímeros
lineales, formadas por la combinación de 22 aminoácidos, 20 de ellos son los principales; tendrán un grupo amino y un
grupo carboxilo. Se construyen a partir del DNA y cada tipo de proteína tiene una estructura definida y función propia.

CLASIFICACIÓN DE LAS PROTEÍNAS

Se pueden clasificar:

- Según la composición química:

o Simples o holoproteínas: para cumplir su función solo tiene en su composición aminoácidos.
o Conjugadas o heteroproteínas: para cumplir su función tiene en su composición otros componentes
además de los aminoácidos. Puede ser un componente orgánico o inorgánico.
▪ Glicoproteínas: contienen glúcidos en su estructura.
▪ Lipoproteínas: contienen lípidos en su estructura.
▪ Nucleoproteínas: contienen nucleótidos en su estructura.
▪ Metaloproteínas: para que sea funcional debe tener unido un ion metálico. Ejemplo:
hemoglobina.
- Según estructura:
o Proteínas globulares: estructura más o menos esféricas. Suelen ser solubles. Ejemplo: hemoglobina
y protrombina.
o Proteínas fibrosas: estructura distendida. Se colocan paralelas y unas sobre otras, formando una
fibra. Ejemplo: colágeno y fibroína.
- Según solubilidad:
o Albúminas: proteína soluble en agua o disolución salina diluida. Coagulan con calor. Ejemplo:
ovoalbúmina.
o Globulinas: proteínas solubles en concentraciones salinas con concentraciones más elevadas.
Ejemplo: alfa, beta y gamma globulinas, anticuerpos, etc.
o Prolaminas: proteínas solubles en alcohol. Son metálicas.
o Glutelinas: proteínas solubles en ácidos o bases diluidos. Son metálicas.
o Escleroproteínas: proteínas insolubles en la gran mayoría de disolventes. En general,
escleroproteína=proteína fibrosa=proteína estructural.

FUNCIÓN DE LAS PROTEÍNAS

- Estructurales: confieren fuerza y soporte a una estructura biológica. Ejemplo: colágeno, elastina, etc.
- Catalizadoras: aumentan la velocidad con la que se llevan a cabo reacciones biológicas. Ejemplo:
deshidrogenasas, isomerasas, etc.
- Reguladoras: controlan el funcionamiento del organismo. Ejemplo: insulina, glucagón, etc.
- Defensa: Ejemplo: hemoglobina, citocromos, etc.
- Transporte: transportan sustancias en el interior y exterior celular. Ejemplo:
- Reserva: Ejemplo: ovoalbúmina, lactoalbúmina, etc.
- Motiles: se encargan del movimiento de la propia célula o del conjunto. Ejemplo: actina, miosina, etc.
- Otras: anticongelantes, etc.

AMINOÁCIDOS
 Carbono alfa al que tenemos unido un radical,
un hidrógeno, un amino y un carboxilo.

Si el carbono alfa está unido a 4 radicales

diferentes, hablamos de carbono asimétrico,
puesto que hay varias formas de colocar la
molécula.

Forma estereoisómeros, concretamente

enantiómeros, que son imágenes especulares
superponible.

Tienen actividad óptica, es decir, si ponemos

en un tubo una disolución con un
estereoisómero e incidimos un rayo de luz
polarizada, cuando pasa a través de la
disolución, el plasma de la luz polarizada gira
en una dirección. Si gira hacia la derecha se denomina dextrógiro (+) y si gira a la izquierda se denomina levógiro (-).

Para establecer la configuración del centro quiral se utiliza el sistema D-L. Se proyecta la molécula en el plano con las
siguientes condiciones:

- La cadena carbonada se sitúa en vertical, con la parte más oxidada arriba.

- Los grupos que no integran la cadena carbonada quedan
en horizontal.

El isómero L presenta el grupo NH2 a la izquierda y el D a la

derecha.

D y L no tiene nada que ver con dextrógiro y levógiro.

Los aminoácidos que forman las proteínas pertenecen a la

serie L.

*A nosotros nos interesa tener el carboxilo y el amino en la

horizontal, por el tema del enlace peptídico.

Los aminoácidos son sustancias anfóteras, es decir, tienen dos grupos que dependiendo del pH del medio pueden
estar o no protonados. Sus pKa son de entre 2 y 9-10, por tanto, a pH fisiológico los aminoácidos aparecen en forma
de ion dipolar.

pH muy bajo (1) pH medio (primero desprotona el ácido; 2) pH alto (ambos grupos desprotonados; 9-10)

AMINOÁCIDOS PROTEICOS

NOMENCLATURA
 - Nombre vulgar: Ejemplo: Glicina.
- Código de 3 letras: Ejemplo: Gly.
- Código de 1 letra: G.

Los aminoácidos proteicos son aquellos que se insertan en las proteínas siguiendo el código genético.

La interacción de las proteínas con la luz ultravioleta se debe a la presencia de aminoácidos aromáticos.
Dos cisteínas unidas mediante puentes de azufre quedan unidas en un aminoácido llamado cistina.

El ácido glutámico y el ácido aspártico tienen las cadenas ácidas. Se diferencian de la asparagina y la glutamina en el
grupo terminal (amida-carboxilo).
Hay dos aminoácidos proteicos más, la selenocisteína, que es un aminoácido que está muy extendido en seres vivos.
Está en muy pocas proteínas, y se inserta siguiendo el código genético. Está codificado en el RNAm por el codón UGA,
que normalmente es una señal de parada.

La pirrolisina es un aminoácido derivado de la lisina, se encuentra en arqueobacterias y está codificado en el RNAm

por el codón UAG, que es, normalmente, una señal de parada.

COMPORTAMIENTO ÁCIDO-BASE DE LOS AMINOÁCIDOS

CURVA DE VALORACIÓN DE LA GLICINA

Se disuelve en agua y se lleva con HCl a un pH muy bajo (que tienda a 0). Se estudia como varía el pH al añadir NaOH.

Cuando el pH es muy próximo a 0, al añadir base varía el pH hasta que llega a un punto (azul) en el que le cuesta subir
al pH. Pasado este punto, varía mucho el pH hasta llegar a otro punto en el que le cuesta subir al pH otra vez (azul).

En el punto 1, tenemos las moléculas de esa forma, cuya carga es +1. El hidroxilo reacciona con los H del agua y se
desprotona el grupo carboxilo. Poco a poco se van disociando todas las moléculas, hasta llegar al punto 2.

En el punto 2 tenemos la mitad de las moléculas con grupo carboxilo y la otra mitad de las moléculas desprotonadas.
En esta primera parte se valora la desprotonación del grupo carboxilo.

En el punto 3 tenemos todas las moléculas con el grupo carboxilo desprotonado. Si seguimos añadiendo NaOH, se va a
seguir desprotonando, comenzando así la desprotonación de los grupos aminos, llegando así al punto 4.

En el punto 4 tenemos la mitad de las moléculas con el grupo amino y la otra mitad de las moléculas desprotonadas
completamente. Si seguimos añadiendo NaOH se siguen desprotonando moléculas y por tanto todas las moléculas de
glicina quedarán desprotonadas.

En el punto 5 tenemos todas las moléculas están desprotonadas. En el punto 1 el aminoácido tiene carga neta +1, en
el punto 3 tiene carga neta 0 y en el punto 5 tiene carga neta -5.

De esta curva, podemos extraer informaciones importantes:

- Extraer el valor del pKa de los grupos que se están valorando. Para ello nos fijamos en los puntos 2 y 4. En
esos puntos tenemos la mitad de las moléculas protonadas y la otra mitad desprotonadas. Teniendo así las
condiciones de un tampón. (Mitad de base débil y mitad de ácido conjugado y viceversa).

En el punto 2 se encuentran en equilibrio la glicina con carga neta +1 y la glicina con carga neta 0. Lo mismo
sucede en el punto 4 con la glicina con carga neta 0 y glicina con carga neta -1.

Se suele usar pK1 para los carboxilos y pK2 para los aminos.

- Los aminoácidos tienen capacidad tamponante, ya que tienen una unidad de pH alrededor de los valores de
pKa de los grupos disociables.

- Los pKas de los grupos disociables están muy influenciados por el entorno químico en que se encuentran.
Para ello se valoran los aminoácidos, pero sin el grupo amino. Es decir, se comparan con una molécula
equivalente que no tenga el grupo amino, que produce una interferencia con el grupo carboxilo. También se
puede realizar al revés.
 Se puede observar que los ácidos y las bases de los aminoácidos son mucho más ácidos que las de ácidos y bases
convencionales. Se puede observar comparando la glicina con el ácido acético (2,34-4,8) y la glicina con la
metilamina (9,6-10,6).

- Se puede observar también la relación entre la carga eléctrica neta del aminoácido y el pH del medio en el
que se encuentre. En el punto 3 tenemos la totalidad del aminoácido como ion dipolar y con carga neta 0. El
pH en el que esto se produce se corresponde con el punto isoeléctrico del aminoácido. El punto isoeléctrico
es el valor de pH en el que tienes al aminoácido completamente como ion dipolar.

En el caso de la glicina el pKi y el pKj corresponden con pK1 y pK2, pero en los aminoácidos que se disocian en su
cadena lateral la cosa se complica un poco más.

Importante saber si el valor del pH es igual al punto isoeléctrico. En ese caso el aminoácido no tiene carga. Si el pH
es inferior al punto isoeléctrico, el aminoácido tiene carga positiva. Si el pH es superior al punto isoeléctrico,
entonces el aminoácido tiene carga negativa.

En el ejemplo de la glicina, en el valor de pH 5,97 el aminoácido tiene carga neta 0. Con un pH menor, tendrá
carga positiva; en cambio, con un pH mayor, tendrá carga negativa.

CURVA DE VALORACIÓN DE AMINOÁCIDOS CON GRUPOS RADICALES DISOCIABLES

Estos aminoácidos van a presentar 4 formas iónicas y tienen curvas de valoración con 3 mesetas. Se puede calcular,
por tanto, el pKa de los 3 grupos ionizables (pK1 , pK2 y pKR). Tienen 3 regiones de tamponamiento.
El grupo más ácido es el grupo que se va a desprotonar antes.

En el caso del glutamato el alfa-carboxilo (carboxilo unido a carbono alfa) siempre va a ser el primero en
desprotonarse (pH = 2,19 | forma 0). Después se desprotona el grupo carboxilo que no pertenece al carbono alfa (pH
= 4,25 | forma -1). Finalmente, se desprotona el grupo amino. Para calcular el punto isoeléctrico se cogen los dos
equilibrios en los que intervenga la forma neutra. En este caso de +1 a 0 y de 0 a -1, por tanto, se coge el pK1 y el pKR.

- Si los aminoácidos están libres, solo la His puede tamponar a

pH neutro. Cuando se estudian los diversos aminoácidos, solo
el grupo R de la Histidina (pKR de 6) puede llegar a tamponar a
pH neutro (aunque muy justo). Pero cuando los aminoácidos
forman parte de las proteínas, los valores de pKa de los grupos
R pueden modificarse sensiblemente por la influencia
electrostática de otros grupos próximos. Así, el grupo imidazol
de la Histidina tiene un pKR de entre 6,5 y 7,4; y es el principal
responsable del poder tamponante de las proteínas.

AMINOÁCIDOS POCO COMUNES Y NO PROTEICOS

En las proteínas hay aproximadamente 150 aminoácidos
diferentes. Hay 22 aminoácidos proteicos (los que se insertan
en la proteína siguiendo el código genético). El resto de los
aminoácidos son los denominados “aminoácidos raros o
poco frecuentes” y se forman por modificación post
traduccional.
TEMA 3. ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTEÍNAS
ENLACE PEPTÍDICO
Los aminoácidos se unen entre sí mediante enlaces covalentes de tipo amida llamados enlaces peptídicos debido a
que nos permiten formar péptidos y proteínas. Se denomina péptido a la formación de hasta cincuenta aminoácidos
dividiéndose en oligopéptidos (de tamaño pequeño menor a 20 aminoácidos) y polipéptido (péptido grande entre 20-
50 aminoácidos) y proteína a la formación de más de cincuenta aminoácidos, siendo sencillas (de una sola cadena), de
subunidades múltiples (varias cadenas de aminoácidos, iguales o diferentes) y conjugadas (con una parte no proteica
pudiendo ser sencillas o con varias subunidades).

En la célula la formación del enlace

peptídico está acoplado a la hidrólisis
de ATP (exergónica) en el ribosoma.

La variación de energía libre que tiene

en condiciones estándar no es
espontánea; en el organismo, la unión de los aminoácidos se produce en el ribosoma y se acopla a la hidrólisis del ATP.

En la unión de aminoácidos (enlaces

peptídicos) durante la formación de
enlaces amida desaparecen el grupo
amino y el grupo carboxilo de todos los
aminoácidos, excepto en el primero y
en el último. Al añadir aminoácidos hay
que añadirlos a un aminoácido que
tiene libre el grupo amino hacia el
aminoácido que tiene libre el grupo
carboxilo (hacia la izquierda).

Para nombrarlo, los aminoácidos que lo componen se nombran con la terminación -il, excepto el último aminoácido
que se nombra entero. Otra forma es ir poniendo del grupo amino al carboxilo el código de tres o una letra.

CARACTERÍSTICAS DEL ENLACE PEPTÍDICO

El enlace C-N es estable gracias a la formación de un híbrido de resonancia. Así el enlace peptídico es polar y puede
formar puentes de hidrógeno y el enlace C-N tiene un 30-40% de carácter de doble enlace. Por tanto:

1. El grupo -NH- del enlace peptídico no se ioniza (disocia) a ningún valor de pH.

2. El enlace C-N es más corto que un enlace sencillo (debido a que tiene carácter parcial de doble enlace).
 3. El enlace C-N es rígido.

4. En la mayoría de los casos los Cα de los

aminoácidos están en posición trans con
respecto al enlace C-N. Sólo en los enlaces
aminoácido-Prolina es frecuente que los Cα
estén en cis

El esqueleto polipeptídico de una proteína puede

visualizarse como una serie de planos rígidos
consecutivos que comparten un punto: el Cα. La
única libertad de giro se sitúa en los enlaces entre el
N y el Cα, y entre el Cα y el C carbonílico, que son
enlaces sencillos puros. Según como se dispongan
los átomos en torno a esos enlaces sencillos, los planos
consecutivos pueden orientarse de diversas formas unos
respecto a otros, dando lugar a diversos plegamientos.

Para poder describir sistemáticamente el plegamiento,

se han definido dos ángulos de torsión en el esqueleto
polipeptídico. Un ángulo de torsión se describe con 4
átomos, e indica el giro en torno al enlace sencillo que
une los dos átomos centrales. Los ángulos de torsión
toman valores de 0º a 180º

definición de los ángulos de torsión φ (phi) y  (psi)

Ángulo de torsión φ Ángulo de torsión 

(phi) (C’-N-Cα-C’) mide (psi) (N-Cα-C’-N) mide
La determinación de todos los ángulos φ y  de una
el giro en torno al el giro en torno al
cadena polipeptídica permite describir sistemáticamente
enlace sencillo que une enlace sencillo que une
el plegamiento, es decir, la estructura tridimensional
el Cα con el N del plano el Cα con el C’ del plano
que adopta la proteína.
anterior anterior

Si los valores son repetitivos, se adoptarán

estructuras regulares (hélices, hojas plegadas,
etc.). Si los valores no son repetitivos, las
estructuras no serán geométricas.
En un péptido o proteína, no todas las combinaciones de valores de los ángulos fi y psi están permitidos, a causa de
interferencias estéricas.

El diagrama de Ramachandran define las combinaciones de fi y psi que teóricamente están permitidas. Las proteínas
suelen adoptar estos valores.

Una cadena polipeptídica podría tener muchas conformaciones posibles, ya que hay muchos valores permitidos para
sus ángulos fi y psi. De todas ellas adoptará la más favorable desde el punto de vista energético: en la que haya menor
impedimento estérico y menor repulsión electrostática. Es por esto por lo que cada cadena polipeptídica solo adopta
una estructura tridimensional.

COMPORTAMIENTO ÁCIDO-BASE DE LOS PÉPTIDOS

Puede predecirse el comportamiento ácido-base de un péptido o proteína a
partir de sus grupos amino y carboxilo terminales, y los grupos R ionizables que
posea. Pero los valores de pKa de los grupos pueden ser muy diferentes de los
que tienen en los aminoácidos libres. Cada péptido posee curvas de valoración
características, y un punto isoeléctrico en el cual no tiene carga.

PÉPTIDOS CON ACTIVIDAD BIOLÓGICA

- Hormonas: insulina (30 aminoácidos + 21 aminoácidos) y el glucagón (29 aminoácidos).
- Antibióticos: gramidicina S (9 aminoácidos cíclico).
- Venenos: α-Amanitina (8 aminoácidos cíclico).
- Antioxidantes: Glutatión (ꙋ-glutamil-cisteinil-glicina).
No tienen por qué tener cadenas largas para ser importantes.

ESTRUCTURA PRIMARIA: RELACIÓN ESTRUCTURA -FUNCIÓN

La estructura primaria es la secuencia de aminoácidos de una proteína, y está codificada en el DNA. Determina el
modo en que la proteína se pliega u la estructura tridimensional que adopta. Además, determina su función.

Proteínas con funciones distintas tienen secuencias distintas y por tanto estructura tridimensional diferente. Las
proteínas de diferentes especies que tienen la misma función, sus secuencias son parecidas, pero no idénticas.

Las mutaciones en el DNA que cambian la secuencia de aminoácidos de una proteína pueden modificar su función.

El conocimiento de la secuencia de aminoácidos permite:

- Clasificar las proteínas en familias (>25% de secuencia idéntica).

- Predecir la función de una proteína. Para ello se compara su secuencia con la base de datos y si se encuentra
una secuencia muy parecida, la función se podrá predecir ya que será también muy parecida a la proteína
que se encuentre en la base de datos.
- Detectar secuencias relacionadas con funciones específicas (localización celular, unión de sustratos, etc.).
Para la localización celular, se puede realizar encontrando una región del DNA común a muchas proteínas.
- Conocer relaciones genéticas y evolutivas.

Hemoglobina: Tenemos una proteína primera. De ella parte una hemoglobina vegetal. Posteriormente, van a aparecer
las hemoglobinas animales.

ETAPAS EN LA SECUENCIACIÓN CLÁSICA DE PROTEÍNAS

1. Determinar la composición de aminoácidos de la proteína. Normalmente se realiza una hidrólisis química con
HCl 6 M a 110ºC. Después se separan mediante cromatografía de intercambio iónico. Cada fracción se hace
reaccionar con ninhidrina o fluorescamina. La intensidad de color o fluorescencia es proporcional a la
concentración de aminoácidos. La identidad de cada aminoácido está determinada por la fracción en que se
recoge. En función de la posición donde salga el aminoácido, sabremos qué aminoácido es. La altura
determinará la cantidad de aminoácido.
2. Conocer el número de cadenas polipeptídicas: determinar el aminoácido N-terminal. Se trata con un reactivo
para determinar el N-terminal. Para marcar el N-terminal del aminoácido se usa normalmente cloruro de
dabsilo. Este compuesto cuando lo juntas con la proteína se va a unir covalentemente al grupo amino
terminal de la proteína en cuestión, y solamente a ese. Una vez lo tengo unido realizamos la hidrólisis
química de los enlaces con HCl 6M a 110ºC. Los aminoácidos se separan mediante cromatografía de
intercambio iónico y se procede a identificar los aminoácidos marcados. El N-terminal se verá marcado por el
cloruro de dabsilo. El número de aminoácidos marcados indica el número de cadenas polipeptídicas de la
proteína.

A partir de aquí hay que asumir que la proteína tiene varias cadenas polipeptídicas.
3. Separar las cadenas polipeptídicas (si hay más de una).
a. Si están unidas por interacciones débiles con un cambio de pH suele ser suficiente para separarlas. Si
no, se trata con sustancias muy polares como la urea 8M o la guanidina 6M o concentraciones altas
de sal.
b. Si están unidas por puentes de azufre, se deben romper mediante oxidación-reducción. Este tipo de
unión es un enlace covalente, difícil de romper.
i. Reducción: tratamos con mercaptoetanol, que separa los dos aminoácidos. Para que esos
grupos no se vuelvan a unir se añade iodoacetato.
ii. Oxidación: tratamos con ácido perfórmico, que oxida a los azufres y obtenemos los dos
aminoácidos por separado.
4. Cortar cada cadena en fragmentos pequeños y determinar su secuencia. Se realiza en los secuenciadores
automáticos, que pueden secuenciar con precisión hasta péptidos de 50 aminoácidos. Si la cadena es mayor,
hay que fragmentarla y separar los péptidos obtenidos ya que, si la cadena es mayor que 50 los resultados no
son muy fiables. Para separarlas se puede realizar mediante ruptura química o enzimática.

Reactivo Lugar de ruptura

Lado carboxilo de los residuos de
Bromuro de cianógeno
metionina
Ruptura química Hidroxilamina Enlaces asparagina-glicina
Lado amino de los residuos de
2-Nitro-5-tiocianobenzoato
cisteína
Lado carboxilo de residuos de
Tripsina
lisina y arginina
Trombina Lado carboxilo de la arginina
Lado carboxilo de la tirosina,
Ruptura enzimática Quimiotripsina triptófano, fenilalanina, leucina y
metionina
Lado amino del aminoácido C-
Carboxipeptidasa A terminal (salvo arginina, lisina o
prolina)
El bromuro de cianógeno corta detrás del aminoácido que nos está diciendo. (Lado carboxilo de metionina es
en el lado carboxilo de la metionina. A partir de ahí ya ha cortado.)
El 2-nitro-5-tiocianobenzoato corta justo delante del aminoácido que nos está diciendo. (Lado amino de
cisteína es en el lado amino de la cisteína. La cisteína no se cuenta porque corta justo antes de llegar a ella).
 En la secuenciación de los fragmentos se utiliza la degradación de Edman. El péptido, unido a un soporte
sólido, se hace reaccionar con fenilisotiocianato. Se libera al medio un derivado cíclico del aminoácido N-
terminal que se identifica por cromatografía de intercambio iónico. El péptido se acorta en un residuo. El
proceso se repite hasta liberar todos los aminoácidos, permitiendo conocer la secuencia.

Aquí está el problema de por qué los secuenciadores sólo pueden hacer cadenas de hasta 50 sin
equivocación.
5. Repetir el paso 4, usando un procedimiento de corte diferente. Esto hace que no sepamos muy bien cómo
colocar la cadena porque coinciden 2 aminoácidos. Para ello, se corta con otro tipo de técnica.
Este no es el mismo ejemplo, pero con el primer corte, ambos empiezan y acaban con cisteína y lisina.
Hacemos un segundo corte con quimiotripsina y nos da 3 péptidos, permitiéndonos comparar los 3 péptidos
con los 2 anteriores y podemos fabricar la cadena completa sin errores.
 Si la proteína tiene varias cadenas polipeptídicas, se secuencian cada una de ellas de la misma forma. Por
último, habría que localizar la posición de los puentes de azufre intracatenarios, así como los que unan
distintas cadenas.
6. Reconstruir la secuencia de cada cadena a partir de la superposición de fragmentos obtenidos con los dos
cortes.

OTROS MÉTODOS DE SECUENCIACIÓN

- Predicción de la secuencia de la proteína a partir de secuencias de DNA/RNA.

En la actualidad, la secuenciación de ácidos nucleicos es más rápida y sencilla que la de proteínas. Por ello, la
secuencia de aminoácidos de una proteína también se puede determinar indirectamente a partir de la secuencia del
ARNm o del ADN que la codifica.

- Espectrometría de masas.

EJERCICIO:

a) La hidrólisis con HCl 6M a 110ºC seguida del análisis de aminoácidos indica la presencia de Gly, Leu, Phe y Tyr
en una proporción molar 2:1:1:1. El peso molecular del péptido es 560.
El peso molecular medio de un aminoácido = 110.
560/110 = 5,09 | Hay 5 aminoácidos. Según la proporción molar tenemos 2 Gly, 1 Leu, 1 Phe y 1 Tyr.
b) El tratamiento con cloruro de dabsilo seguido de hidrólisis completa y cromatografía de intercambio iónico,
indicó la presencia de un dansil derivado de Tyr.
El residuo amino terminal es Tyr.
H3N+-Tyr-X-X-X-X-COOH
c) La digestión con quimiotripsina dio lugar a Tyr y Leu libre y un tripéptido que contenía Phe y Gly en
proporción 1:2.
La quimiotripsina corta del lado carboxilo de residuos de Phe, Tyr, Trp, Met y Leu. El tripéptido tiene que ser
Gly-Gly-Phe.
Gly-Phe|-Gly
Phe|-Gly-Gly Es por este motivo por el que el aminoácido correcto es Gly-Gly-Phe.
Gly-Gly-Phe|
El péptido sería:
H3N-Tyr|-Leu|-Gly-Gly-Phe-COOH o H3N-Tyr|-Gly-Gly-Phe|-Leu-COOH
TEMA 4.
Una proteína se sintetiza en los ribosomas en forma lineal, con una secuencia de aminoácidos que está codificada en
el DNA. A medida que se va formando, la proteína se pliega, adoptando una estructura tridimensional: la proteína
funcional (proteína nativa). Esta conformación está determinada por las interacciones entre su secuencia de
aminoácidos y el ambiente acuoso de la célula (con sus condiciones de pH, fuerza iónica y temperatura), de manera
que se alcance la máxima estabilidad de la molécula y el mínimo de energía libre. Para cada secuencia (estructura
primaria), sólo existe una conformación (estructura tridimensional) favorecida.

NIVELES ESTRUCTURALES DE UNA PROTEÍNA

Secuencia Estructura primaria: secuencia. Enlaces implicados: enlaces peptídicos.

Estructura secundaria: plegamiento local. Enlaces implicados: enlaces de hidrógeno entre
enlaces peptídicos.
Conformación
Estructura terciaria: plegamiento global de la cadena. Enlaces implicados: enlaces de hidrógeno,
interacciones electrostáticas, interacciones hidrofóbicas y puentes de azufre entre 2 cisteínas.
Estructura cuaternaria: asociación entre diversas cadenas peptídicas por fuerzas débiles para
formar una proteína activa.
Asociación
Asociación supramolecular: asociación de estructuras cuaternarias estabilizadas por diversas
fuerzas, incluidos los enlaces covalentes.

ESTRUCTURAS SECUNDARIAS
El esqueleto de una proteína es una secuencia ligada de planos rígidos. Deendiendo de los valores de psi y fi,
adoptarán una conformación diferente. Si los ángulos fi y psi tienen valores repetitivos de un segmento de la proteína,
se obtienen estructuras secundarias regulares. Las más frecuentes son alfa-hélice, hoja plegada-beta, hélice de
colágeno, giros beta y giros gamma. Si no adopta valores repetitivos, la estructura es al azar.

HÉLICE ALFA
El esqueleto polipeptídico se enrolla hacia la derecha alrededor de un eje imaginario, y los grupos R de los residuos
sobresalen perpendiculares al eje de la hélice.
Esta distribución produce el mínimo de interacciones
estéricas entre grupos R, que pueden ser voluminosos.

Hay 3,6 residuos por vuelta. La estructura se repita cada 5

vueltas (3,6 x 5 = 18).

Se estabiliza por la formación de puentes de hidrógeno entre

el oxígeno carbonílico del residuo i y el -NH- del i+4.

Todos los enlaces peptídicos participan en la formación de la

hélice y cada vuelta está unida a las adyacentes por 3 o 4
puentes de hidrógeno.

Todos los enlaces de hidrógeno apuntan en la misma

dirección.

Los grupos R afectan a la estabilidad:

- Grupos cargados: desestabilizan si cargas del mismo signo están próximas, por su repulsión electrostática.
Cargas opuestas, estabilizan.
- Grupos muy voluminosos: si están próximos desestabilizan por impedimentos estéricos.
- Grupos aromáticos: si están próximos estabilizan por interacciones hidrofóbicas.
- La prolina, no posee -NH- capaz de formar enlace de hidrógeno por lo que no permite la formación de esta
estructura.
- La glicina tiene más flexibilidad que los otros aminoácidos, y no suele estar en las alfa-hélices.

En proteínas globulares suele tener de 4 a 36 aminoácidos, es decir, de 1 a 10 vueltas.

En proteínas fibrosas puede abarcar toda su longitud.

HÉLICE DE COLÁGENO
Es una hélice levógira con 3,3 aminoácidos por vuelta. Sólo está presente en el
colágeno, que es la proteína más abundante de los mamíferos. Es consecuencia
de la repetición Gly-X-Pro o Gly-X-4-OH-Pro en la secuencia. En posición X es
frecuente encontrar Lys y OH-Lys.

Se estabiliza por la repulsión estérica de los anillo de prolina, que alcanzan su

máxima separación en esta hélice.

HOJA PLEGADA BETA

El esqueleto de las cadenas polipeptídicas plegadas en zig-zag se dispone de manera adyacente. Se estabiliza por
puentes de hidrógeno entre enlaces peptídicos de esos segmentos contiguos. Los grupos R de los distintos
aminoácidos quedan perpendiculares al plano que define la hoja, de forma alternante por encima y por debajo.

Las cadenas polipeptídicas adyacentes de una hoja plegada beta pueden ser paralelas (misma orientación) o
antiparalelas (orientaciones opuestas). Los patrones de formación de puentes de hidrógeno son diferentes.
La alineación antiparalela es un poco más estable. En proteínas globulares pueden tener de 2 a 22 cadenas, con gasta
15 residuos. En proteínas fibrosas, toda su longitud se puede plegar en una hoja.

Los grupos R afectan a la estabilidad. Cuando dos o más hojas se encuentran muy empaquetadas (frecuente en
algunas proteínas), los grupos R de los aminoácidos de las superficies en contacto deben ser pequeños.

GIROS BETA
Conectan tramos sucesivos de hélices alfa y/o beta.

Forman un giro de 180o en el que están involucrados 4

residuos, con el primero formando un puente de hidrógeno
con el cuarto.

Como el aminoácido 2 o el 3 suele aparecer glicina, porque

es pequeño y flexible. También puede aparecer prolina.

Suelen estar en la superficie de las proteínas, donde los

aminoácidos centrales pueden formar enlaces de hidrógeno
con el agua.

GIROS GAMMA
Conectan tramos sucesivos de hélices alfa y/o beta.
Forman un giro de 180o en el que están involucrados 3 residuos, con el
primero formando un puente de hidrógeno con el tercero. El segundo
residuo es prolina.

Son menos frecuentes.

ESTRUCTURAS ALEATORIAS (IRREGULARES O BUCLES)

Cuando un segmento carece de combinación repetitiva de fi o psi, la estructura resultante no tiene un patrón
geométrico.
Debido a las interacciones entre grupos R, a los puentes de azufre y las interacciones impuestas por cofactores, se
adopta una conformación determinada.

Las estructuras irregulares son menos ordenadas que las demás, son simplemente más difícil de describir.

ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS
Los motivos son combinaciones de estructuras secundarias y las conexiones entre ellas que, con frecuencia,
desempeñan funciones semejantes en diferentes proteínas.

Las cadenas de más de 200 aminoácidos se

pliegan en regiones compactas que están
conectadas por un segmento flexible. Estas
unidades se llaman dominios. Con
frecuencia cada dominio tiene una función
diferente en la proteína.

ESTRUCTURA TERCIARIA
Es la estructura tridimensional global de la proteína con una sola cadena.

- En las proteínas con estructura

globular se combinan distintos
tipos de estructura secundaria.
Son solubles en agua. Cumplen
muchos papeles en la célula.
- En las proteínas con estructura
fibrosa domina un único tipo
de estructura secundaria.
Forman fibras alargadas y son
insolubles en agua. Tienen
función estructural.

FUERZAS QUE DESESTABILIZAN LA ESTRUCTURA TERCIARIA

Las fuerzas que desestabilizan a la estructura terciaria son:

1. Puentes disulfuro (entre residuos de

cisteína).
2. Interacciones electrostáticas entre
cargas.
3. Puentes de hidrógeno.
4. Interacciones hidrofóbicas y fuerzas
de Van der Waals (entre grupos
apolares).
5. Interacciones con cofactores (parte
no proteica).

DESNATURALIZACIÓN-RENATURALIZACIÓN
La desnaturalización es la pérdida de la estructura
tridimensional de una proteína conservando la
primaria. La proteína pierde su función.

El agente primordial es el calor, pero también se

produce por cambios de pH, tratamiento con
disolventes orgánicos, con compuestos polares
como la urea, con reductores de puentes de azufre
como el mercaptoetanol y detergentes. Todos ellos
alteran las interacciones que mantienen la
estructura tridimensional.

Su consecuencia es la pérdida de solubilidad. Los aminoácidos hidrófobos salen al exterior e interaccionan entre sí
formando agregados que precipitan.

Algunas proteínas globulares desnaturalizadas son capaces de

recuperar su estructura y su actividad biológica si se elimina el
agente desnaturalizante. Indica que la información para adoptar
la estructura tridimensional está en la secuencia de aminoácidos.

PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS
El plegado de una proteína está favorecido energéticamente en condiciones fisiológicas
(∆𝐺0 < 0).

Las proteínas se pliegan de forma jerarquizada, con la formación rápida de estructuras

secundarias locales (1), que se unen rápidamente entre sí para formar dominios (2) y,
finalmente, se ajusta la conformación de los dominios para obtener la proteína nativa activa
(3). El tiempo necesario está entre ms a s.
PROTEÍNAS QUE AYUDAN AL PLEGAMIENTO
El plegamiento espontáneo sólo es válido para un reducido número de proteínas pequeñas y muy estables. La
mayoría, para poder plegarse correctamente requieren ayuda.

Las proteínas que ayudan al plegamiento son:

- Chaperonas moleculares: interaccionan con polipéptidos parcialmente plegados, facilitando microentornos

en los que pueda tener lugar el plegamiento correcto.
- Proteína disulfuro isomerasa: cataliza la formación de enlaces disulfuro entre los residuos de cisteína
correctos.
- Péptido prolil-cis-trans-isomerasa: cataliza la interconversión entre los isómeros cis y trans de los enlaces
peptídicos en que participa la prolina (sin enzima la isomerización es muy lenta), permitiendo el plegamiento
correcto.

ESTRUCTURA CUATERNARIA
Se trata de proteínas que tienen más de una cadena polipeptídica, y cada uno de sus polipéptidos es una subunidad.
La unión se realiza con una cierta simetría, y las subunidades ocupan puntos equivalentes geométricamente. Está
estabilizada por fuerzas débiles, de corto alcance, por lo que las superficies en contacto deben ser complementarias.
Es un estado de equilibrio entre asociación-disociación por la acción de factores externos. Permite los fenómenos de
cooperatividad y alosterismo.

Ejemplo de proteína globular: Hemoglobina.

- Estructura primaria: 2 cadenas α de 141 aminoácidos y 2

cadenas β de 146.
- Estructura secundaria: en α-hélice, con algunos giros y
secuencia al azar en cadena.
- Estructura terciaria: cada cadena se une a un grupo hemo y,
al considerar todas las estructuras secundarias y las
interacciones entre los grupos R, adopta una estructura
globular.
- Estructura cuaternaria: las 4 cadenas se asocian entre sí
mediante interacciones no covalentes, para formar la
proteína activa.
TEMA 5. RELACIÓN ENTRE ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS. NIOGLOBINA Y
HEMOGLOBINA. COLÁGENO.
Todas las células del organismo necesitan O2 para obtener energía y producen CO2.

La hemoglobina transporta oxígeno a los tejidos, en donde puede utilizarse directamente en las mitocondrias.

La mioglobina almacena y facilita la difusión del oxígeno en los tejidos, para utilizarlo cuando la demanda de oxígeno
es más intensa.

La hemoglobina transporta parte del CO2 hacia los pulmones y, además, contribuye al tamponamiento de la sangre.

ESTRUCTURA DE LA MIOGLOBINA
Almacena oxígeno. Es muy abundante en el músculo esquelético y cardiaco. Es una proteína conjugada formada por:

- Parte proteica: globina.

- Grupo prostético: hemo.

PARTE PROTEICA
Está compuesta por 153 aminoácidos, con una estructura tridimensional
compacta. El 75 % de los aminoácidos están en 8 segmentos de α-hélice (A-H).

Los aminoácidos con grupo R apolar están hacia el interior y los que tienen
grupo R polar están en el exterior, menos 2 restos de histidina (E7 y F8).
Además, es soluble en agua.

GRUPO HEMO
Tiene una parte orgánica (protoporfirina IX), y una inorgánica (Fe2+). El Fe2+
tiene 6 enlaces de coordinación, 4 con los N de la porfirina y 2 perpendiculares:
con la histidina F8, que es un punto de unión del hemo a la cadena peptídica, y
en el otro que se une el oxígeno.

La histidina E7 forma un enlace de hidrógeno con el oxígeno unido.

UNIÓN DEL OXÍGENO A LA MIOGLOBINA

La curva de unión de oxígeno es hiperbólica. En los tejidos la mioglobina capta oxígeno de la hemoglobina de la
sangre. Cuando el consumo de oxígeno en los tejidos aumenta, disminuye la concentración de oxígeno libre. La
mioglobina libera el oxígeno almacenado.
REQUERIMIENTOS DE UNA PROTEÍNA DE TRANSPORTE DE OXÍGENO
Una proteína con un solo centro de unión para el sustrato
tiene una curva de saturación hiperbólica. No es adecuada
para el transporte.

Si une el oxígeno con alta afinidad, no descarga bien en los

tejidos. Si une el oxígeno con baja afinidad, no carga bien de
los pulmones.

La hemoglobina es una proteína oligomérica con 4 centros de

unión de oxígeno, y una curva de saturación sigmoide (forma
de S).

Carga bien el oxígeno a la concentración que existe en los

pulmones (PO2 = 100 mmHg), y lo descarga a la
concentración que existe en los tejidos (PO2 = 26-30 mmHg).
Por tanto, es adecuada para el transporte de O2.

ESTRUCTURA DE LA HEMOGLOBINA
Es una proteína globular con 4 subunidades, iguales dos a dos.

- Hemoglobina A1 (HbA1): α2β2

La cadena α tiene 141 aminoácidos, mientras que, la cadena
β tiene 146. La estructura tridimensional de las cadenas es
similar a la mioglobina, aunque con diferente composición
de aminoácidos. Cada una de las subunidades contiene un
grupo hemo. Las 4 subunidades adoptan una disposición
tetraédrica en el espacio.
- Hemoglobina A2 (HbA2): α2δ2.
- Hemoglobina fetal (HbF): α2ꙋ2.
UNIÓN DE OXÍGENO A LA HEMOGLOBINA

La curva de saturación sigmoidea indica que la afinidad de la hemoglobina por el O2 va variando con la pO2.

COOPERATIVIDAD
A baja presión de oxígeno, la curva tiene una
pendiente baja (poca afinidad): el aumento de la
presión de oxígeno produce un pequeño
incremento de la saturación.

Al ir aumentando la presión de oxígeno aumenta la

pendiente (alta afinidad): pequeños cambios en la
presión de oxígeno producen grandes cambios en la
saturación.
Este comportamiento se debe al fenómeno de la
cooperatividad que es propio de las proteínas con
varios centros de unión.
 - Cooperatividad: cuando la unión de una molécula de sustrato en un centro afecta a la unión de la misma
molécula a otros centros similares de la proteína. Puede ser:
o Positiva: la unión del primer sustrato facilita la unión del siguiente.
o Negativa: la unión del primer sustrato dificulta la unión del siguiente.

El oxígeno se une a la hemoglobina con cooperatividad positiva. Cuando una molécula de oxígeno se une a una
subunidad de la hemoglobina “transmite información a las otras subunidades”. Estas responden aumentando su
afinidad por unirse al oxígeno. Así, la afinidad de la hemoglobina por el oxígeno aumenta a medida que se van
uniendo las moléculas. Este comportamiento lo tiene la hemoglobina que consta de 4 subunidades con 4 centros de
unión, pero no la mioglobina, ya que sólo tiene un sitio de unión.

MECANISMO DE LA UNIÓN DE OXÍGENO A LA HEMOGLOBINA

La hemoglobina puede estar en dos conformaciones:

- Tensa (T): con numerosas interacciones electrostáticas y puentes de hidrógeno entre las subunidades, que
impiden su movimiento. Tiene baja afinidad por el oxígeno. Se encuentra en un ambiente sin oxígeno.
- Relajada (R): tiene menos interacciones electrostáticas y puentes de hidrógeno entre las subunidades, que
tienen mayor libertad de movimiento. Tiene alta afinidad por el oxígeno. Se encuentra en un ambiente con
oxígeno.

Los cambios conformacionales en la hemoglobina están inducidos por la unión de oxígeno. En el estado desoxi el Fe2+
está situado fuera del anillo de porfirina abombado. Al unirse el oxígeno, el Fe2+ es más pequeño, debido al
reordenamiento electrónico, cesa el abombamiento y el Fe2+ se desplaza al centro del anillo de porfirina.
Como el Fe2+ está unido a la histidina F8, arrastra hacia dentro la hélice F, y ésta al resto de la cadena peptídica,
provocando un cambio conformacional en toda la subunidad que ha unido oxígeno. El cambio de conformación se
produce tanto en la unión del oxígeno a la mioglobina como a la hemoglobina.

En la mioglobina, con una sola unidad, no tiene consecuencias. Pero en la hemoglobina, al cambiar la conformación
de esa subunidad, cambia su relación espacial con las otras.

Para que las cuatro permanezcan juntas, las otras subunidades modifican su estructura tridimensional. Ese cambio de
conformación las aproxima a la forma R (de alta afinidad), de manera que la unión de las siguientes moléculas de
oxígeno se hace más fácilmente.

MODELOS CONCERTADO Y SECUENCIAL

Se han producido 2 modelos teóricos para explicar esos cambios de conformación.

MODELO SECUENCIAL O ASIMÉTRICO

La transición de tensa a relajada ocurre en varios pasos. En ausencia de oxígeno toda la hemoglobina está en estado
T. La proteína es flexible. La unión de oxígeno a una subunidad T produce un cambio de conformación a R que se
transmite parcialmente a las subunidades adyacentes, acercándolas a la conformación que deberían tener en el
estado R y, por tanto, aumentando su afinidad por el oxígeno.
MODELO CONCERTADO O SIMÉTRICO
La transición de tensa a relajada ocurre en 1 solo paso. En ausencia de oxígeno, la hemoglobina existe en 2 estados
que están en equilibrio, pero muy desplazado hacia el estado tensa. El oxígeno se une preferentemente a las pocas
moléculas en estado relajada, desplazando el equilibrio. Las subunidades están conectadas de tal manera que todas
cambian de conformación a la vez.

El comportamiento real de la unión del oxígeno, a la hemoglobina es más complejo de lo que explican cualquiera de
los dos modelos, y muestra características de ambos.

UNIÓN DE OTROS LIGANDOS A LA HEMOGLOBINA

La unión del oxígeno a la hemoglobina es cooperativa: la afinidad de la hemoglobina por el oxígeno aumenta a
medida que se van uniendo más moléculas de oxígeno. Se explica con el modelo secuencial.

La hemoglobina es una proteína alostérica, es decir, su afinidad por el oxígeno se altera por otros compuestos que no
actúan directamente sobre el grupo hemo, sino que se unen en otro lugar de la proteína. Se explica con el modelo
concertado.

Los efectores alostéricos son: el CO2 y el H+, que provocan el efecto Bohr; y el 2,3-biofosfoglicerato (2,3-BPG).

Los efectos de estas moléculas son aditivos y todos ellos disminuyen la afinidad de la hemoglobina por el oxígeno, es
decir, desplazan las curvas de saturación hacia la derecha.

EFECTO BOHR
Se trata de la regulación de la unión del oxígeno a la hemoglobina por los H + y el CO2.

Como consecuencia del metabolismo, se están

liberando H+ en los glóbulos rojos provocando
una bajada local del pH. Cuanto mayor sea la
actividad del tejido mayor será la bajada.
 Al bajar el pH, las dos histidinas en posición C-
terminal de las cadenas beta (pKa aproximadamente
7) captan H+ y adquieren carga +1. Esto les permite
formar nuevas interacciones electrostáticas con
grupos de carga -1, estando más unidas entre sí las
subunidades.

Se produce el cambio conformacional de la

hemoglobina hacia el estado tensa, disminuyendo la
afinidad por el oxígeno.

Al disminuir el pH la hemoglobina libera más oxígeno

a los tejidos que más lo necesitan.

El incremento en la [H+] debido a la formación del carbamato contribuye a la bajada local del pH (efecto anterior).

Los grupos NH2-terminal que forman carbamatos adquieren carga negativa. Esto les permite formar 4 interacciones
electrostáticas adicionales entre las subunidades. Se produce el cambio conformacional de la hemoglobina hacia el
estado tensa, disminuyendo la afinidad por el oxígeno.

Los H+ y el CO2 aumentan aún más la eficiencia de transporte de oxígeno por la hemoglobina al aumentar la descarga.
EFECTO DEL 2-3-BIOFOSFOGLICERATO
La hemoglobina purificada tiene
mucha mayor afinidad por el
oxígeno que la hemoglobina en
los glóbulos rojos. Se debe a la
presencia de BPG, un producto
de la glucólisis con mucha carga -
1, que está em concentración
elevada y disminuye la afinidad
de la hemoglobina por el
oxígeno.

Una molécula de BPG se une en el canal central entre subunidades en la forma tensa. En el estado R, el canal es más
estrecho y no cabe.

A medida que la sangre pasa por los tejidos se va descargando de oxígeno. A la desoxi-hemoglobina se le une BPG,
desplazando el equilibrio hacia la forma tensa, liberando más oxígeno.

ADAPTACIONES FISIOLÓGICAS
- El CO2 y los H+ actúan de forma rápida para facilitar el intercambio de oxígeno y CO2 en los tejidos y los
pulmones. Los tejidos más activos metabólicamente (producen más CO2 y H+) reciben más oxígeno.
- Cambios en la afinidad por el BPG o en su concentración permiten la adaptación a cambios de la
disponibilidad de oxígeno.

Consecuencias fisiológicas:

1. Permite la transferencia de oxígeno de la madre

al feto: la hemoglobina fetal tiene menor afinidad
por el BPG que la hemoglobina de un adulto, por
ello la hemoglobina fetal une el oxígeno con
mayor afinidad, permitiendo captar el oxígeno
que se libera de la hemoglobina de la madre.
2. Adaptación a la hipoxia: el CO se une a la
hemoglobina con mucha mayor afinidad que el
oxígeno, desplazando a este. En la sangre de
fumadores, una parte de la hemoglobina une CO
y no es funcional. Se compensa aumentando la
concentración de BPG para disminuir la afinidad
de la hemoglobina por el oxígeno. Así, aunque se
transporta menos oxígeno, se libera mejor.
 3. Adaptación a la altitud: a medida que se asciende la
concentración de oxígeno en el aire es menor. Por
tanto, la hemoglobina puede cargar menos oxígeno a
nivel de los pulmones y lleva menos a los tejidos.
La concentración de BPG en los glóbulos rojos
aumenta con la altitud, favoreciendo una mayor
liberación de _ a los tejidos (varias horas). También
aumenta la síntesis de hemoglobina para poder
transportar más oxígeno (días).

RELACIÓN ESTRUCTURA -FUNCIÓN EN EL COLÁGENO

- Estructura primaria: cadenas de 1.000 aminoácidos en las que se repite la secuencia Gly-X-Pro o Gly-X-4-OH-
Pro.
- Estructura secundaria: hélice levógira de 3,3 residuos por vuelta. Estabilizada por enlaces de hidrógeno (OH-
Pro) y repulsión entre los anillos de prolina.
- Estructura terciaria: plegamiento global de la cadena en hélice levógira adoptando una conformación
extendida (salvo en los extremos, que se eliminan).
- Estructura cuaternaria: tres cadenas levógiras se asocian formando una triple hélice dextrógira. Se estabiliza
por enlaces débiles (enlaces de hidrógeno entre grupos -NH- de la glicina de una hebra y grupos -CO- de las
 otras hebras. También entre OH-Pro) y algunos covalentes (entre Lys y OH-
Lys en posición X). Se denomina tropocolágeno.
- Asociación supramolecular: las moléculas de tropocolágeno se asocian entre
sí, mediante enlaces covalentes entre residuos de Lys y OH-Lys en la posición
X. Esto permite formar fibras muy ligeras y con gran resistencia a la
tensión.

SÍNTESIS DEL COLÁGENO

La hidroxilación de la prolina requiere
Vitamina C. Su deficiencia impide que se
forme la triple hélice, y produce
escorbuto.

La hidroxilación de la lisina permite el

extenso entrecruzamiento que se
produce en las fibras de colágeno
mientras se ensamblan en el espacio
extracelular. Su deficiencia produce
latirismo, con un colágeno muy frágil.

La adición de disacáridos (glucosa y

galactosa) a la cadena de colágeno se
cree que interviene dirigiendo la
ordenación de las fibrillas.

En el tropocolágeno, cada tercer residuo

de una de las hélices se sitúa muy cerca
de las otras dos cadenas. Estos contactos
tan próximos, que se dan a lo largo del
eje central de la triple hélice, dejan un
espacio tan pequeño que solamente cabe
el hidrógeno de la cadena lateral de la
glicina. Cualquier otra grupo R más
voluminoso separaría las tres hebras.

En el tropocolágeno el enrollamiento de
la triple hélice es opuesta al de las
cadenas polipeptídicas individuales, lo
que permite el empaquetamiento más
íntimo posible entre las 3 cadenas. Esto proporciona una
gran fuerza de tensión, sin capacidad de estiramiento. Las
fibras de colágeno pueden soportar hasta 1.000 veces su
propio peso, y tienen que más fuerza de tensión que un cable
de acero de idéntica sección, al convertir la fuerza de tensión
longitudinal en fuerza de compresión lateral que se soporta
con mayor facilidad.

Las moléculas de tropocolágeno se asocian para formar

fibras, cuya resistencia se refuerza gracias a los
entrecruzamientos covalentes entre las 3 cadenas del
tropocolágeno y entre unos tropocolágenos y otros. A
diferencia de la mayoría de las proteínas, que están
entrecruzadas por puentes disulfuro, en el colágeno, que no
poseen cisteína, están entrecruzadas a través de las cadenas
laterales de Lys e OH-Lys modificadas.

El “desplazamiento” de las moléculas de tropocolágeno en

las fibras, da lugar a un patrón estriado cuando se estudian
al microscopio electrónico.

Se encuentra en el tejido conjuntivo de tendones, cartílagos, la matriz de los huesos y la córnea del ojo.