CROMATINA

Estructura y función
 Cromatina: estructura y función

• Primera clase • Segunda clase

- "Cromosomas" virales, - Procesos celulares en
bacterianos y eucariotas el contexto de la
- Cromatina: cromatina:
Niveles de compactado: Replicación
Nucleosoma, Regulación de la
expresión génica
Fibras,
Cromosomas en interfase
y mitosis
En eucariotas, procariotas y virus:
ADN asociado a proteínas

* EL ADN CABE DENTRO DE LA CÉLULA

Organismo * ADN PROTEGIDOARN/ADN

Dimensiones DE LESIONES;Longitud
MÁS
ESTABLE
VTM 0.008x 0.3 ARN (simple) 2µm=6.4kb
µm
Fago T4 * ADN ORGANIZADO
0.065x0.1 µm ADN (doble) 55CONTROL
µm=170 kbDE
LAS DIFERENTES FUNCIONES CELULARES
E. coli 1.7x0.65 µm 1 ADN doble 1.3 mm = 4.2
(expresión génica, replicación, recombinación,
x103 kb
separación de cromosomas en la división
H. sapiens 6µm diam.
celular,...) 46 1.8 m = 6 x106
(nucleo) cromosomas kb
ADN doble
 EUCARIOTAS, PROCARIOTAS, VIRUS – ADN
CONDENSADO POR ASOCIACIÓN CON PROTEÍNAS

ADN de ØX174 Cromosomas

eucarióticos en mitosis

Bacteria lisada – ADN

“compacto”
EN VIRUS: ADN o ARN condensado dentro
de las partículas virales por interacciones
inespecíficas con proteínas de la cápside

VMT: ARN en hélice dentro de la

cápside
 CROMOSOMA PROCARIÓTICO
•Cromosomas circulares
•Cromosomas lineales
•Ambos (ej. Agrobacterium tumefaciens)

LISIS

E.coli

Lisis: fibras en forma de bucles unidas a la envoltura rota

de la célula
 CROMOSOMA PROCARIÓTICO

• Dominios en bucles de 40 kb aprox. de ADN superenrrollado;

asociado a proteínas básicas
• No se sabe cómo se mantienen unidos en su base
• Cada dominio es independiente de los otros
 PROTEÍNAS BÁSICAS DETECTADAS EN BACTERIAS
Contenido por Semejanza con
Proteína Composición
células eucariontes
Dímero
HU subunidades a y 40.000 dímeros Histona H2A
b de 9.000 d.
Dímero
subunidades
H 30.000 dímero Histona H2B
idénticas de
28.000 d.
Subunidad a de
10.500 d.
IHF Desconocido Desconocida
Subunidad b de
9.500 d.
Subunidad de
H1 10.000 copias Desconocida
15.000 d.
Monómero de
HLP1 20.000 copias Desconocida
15.000 d.
Sububnidad de
P Desconocido Protaminas
3.000 d.
CROMOSOMA EUCARIÓTICO - CROMATINA
DIFERENTES NIVELES DE
COMPACTADO

6 veces compactado

40 veces compactado

> 1000 veces compactado

> 10000 veces compactado

 CROMATINA - NUCLEOSOMAS
Suspension de nucleos a baja fuerza ionica: lisis y
liberación de fibras de cromatina de 30 nm

FIBRA DE 30 nm

fuerza iónica

FIBRA DE 10 nm
« collar de perlas »

Nucleasa microcóccica
805
605
405
205

Digestión suave con

nucleasa microcóccica:
se obtienen múltiplos de
una determinada unidad
de longitud: Repetición
nucleosomal
Tratamiento más drástico con nucleasa
microcóccica:
1) Se liberan mononucleosomas
2) Se liberan nucleosomas recortados
3) Se liberan cores de histonas
PARTÍCULA NUCLEOSÓMICA CENTRAL
- 146 pb de ADN enrollados alrededor de la PARTÍCULA
NUCLEOSÓMICA CENTRAL o CORE de histonas (2 vueltas)
-Tetrámero de H3 y H4
OCTÁMERO
-2 dímeros de H2A y H2B

6 nm
 NUCLEOSOMA
-146 pb ADN enrollados en el core
-ADN ligador de largo variable
- Histona H1

Especie Repetición Longitud del

nucleosomal ligador
S. cerevisiae 160-165 13-18

Erizo de mar 260 110

(espermatozoide)
D. melanogaster 180 33
Humano 185-200 38-53

EN PROMEDIO
EN LA CROMATINA HAY OTRAS PROTEINAS:

HMGs, protaminas, y todas las enzimas

necesarias para la duplicación, transcripción,
etc. del ADN.
 HISTONAS DEL CENTRALES o del CORE
- Proteínas pequeñas (11- 15 Kda)
- Muy conservadas - RELEVANCIA
- Alta carga + (ricas en Lys y Arg)
- Dominio “pliegue histónico” - 3 hélices- separadas por
asas cortas no estructuradas
- Colas N-terminales ¡¡IMPORTANTES!!
 Contenido en moles % de
Histona Nº residuos Pm Modificación
Lys Arg

H1 213 21.000 27,7 1,4 Fosforilación

Fosforilación,
H2A 129 13.900 10,9 9,3
acetilación

Fosforilación,
H2B 125 13.774 15,2 6,1
acetilación

Acetilación,
H3 135 15.273 9,6 13,3 metilación
fosforilación

Acetilación,
H4 102 11.236 10,8 13,7 metilación
fosforilación
¿Cómo se arma un nucleosoma?: Las histonas se asocian
de manera ORDENADA para formar un nucleosoma

1) Se forman heterodímeros H3-H4

2) Se forma tetrámero H3 - H4
3) Unión al ADN
4) Dos dímeros H2A-H2B son
reclutados
 ESTRUCTURA ATÓMICA DEL NUCLEOSOMA A ALTA RESOLUCIÓN
EJE DIÁDICO

-Tetrámero se une a 60 pb centrales de los 146

-Dímeros H2A-H2B a 30 pb a cada lado de esos 60 pb
-Hélice N-ter de cada H3 contactan 13 pb en cada extremo del ADN
 INTERACCIONES ADN-histonas

- 14 sitios de contacto diferentes, uno por cada vez que el surco menor del
ADN está frente al octámero de histonas
- 142 puentes de hidrógeno (entre a.a. y O del enlace fosfodiéster cerca del
surco menor)
- enlaces por cargas + de histonas y – del ADN
(INTERACCIONES INESPECÍFICAS)
Colas N-terminales de histonas del core dirigen el
enroscado del ADN en sentido levógiro:
 ¿Cómo se disponen los nucleosomas en la fibra
de 10 nm?
2 factores favorecen la ubicación de un nucleosoma:
1) Facilidad para que se curve la doble hélice: secuencias ricas
en AT en surco menor
2) Presencia de proteínas no histonas unidas al ADN con gran
afinidad

- Longitud variable en el genoma

- Posicionamiento dinámico
 Fibra de 30 nm:
Una vez que se forman los nucleosomas, la fibra de 10 nm
se condensa en el siguiente nivel de compactado
 2 modelos para la fibra de 30 nm:

SOLENOIDE
ZIGZAG

ADN
ADN ligador
ligador

INTERVIENEN:
- H1
- Colas N-terminales de las histonas del core
 Histona H1 o ligadora
- Proteína pequeña; un poco más grande que las del core
- Secuencia menos conservada
- Estructura típica

¿Dónde se ubica en el nucleosoma?

Modelos:

Protección de 20 pb adicionales de
ADN de digestión con nucleasa
microcóccica
Al aumentar la concentración salina en presencia de histona H1 se
forma una fibra de 30 nm:
 Las colas N-terminales de las histonas
intervienen en la formación de la fibra de 30 nm

Recordar : Las colas de las histonas son blanco de modificaciones

post-traduccionales
 Compactado en la fibra de 30 nm, un cromosoma
humano aún mediría 0.1 cm = 10 veces más
grande que el núcleo celular!!

Niveles de mayor compactado (?) que varían en el ciclo

celular en respuesta a señales del ciclo celular

Cromatina saliendo
de un núcleo lisado
en interfase Cromosoma
mitótico
 CROMATINA EN INTERFASE
* La cromatina es una estructura fluida y dinámica en la que se deben
"exponer" las secuencias de ADN para que se den los diferentes
procesos celulares.

* Estructura de cromosomas en interfase: cromosomas plumosos,

cromosomas politénicos

* 2 «formas» de cromatina en interfase: EUCROMATINA y

HETEROCROMATINA
CROMOSOMAS “ESPECIALES” EN INTERFASE
CROMOSOMAS PLUMOSOS («lampbrush»)
Cromosomas apareados en premeiosis en oocitos inmaduros de
anfibios – CROMOSOMAS GIGANTES

BUCLES: genes que

se expresan

EJE: cromatina
condensada
(ANDAMIAJE
CROMOSÓMICO)
 CROMOSOMAS POLITENICOS

Cromosomas de larvas de insectos; múltiples ciclos de síntesis

de ADN sin división celular
Los cromosomas homólogos se mantienen unidos, paralelos

-5000 bandas e interbandas

BANDA
-3 a 30 kb = 0.005 a 0.0005 µm
INTERBANDA
- Interbandas: 5 % genoma
- Bandas: > condensación cromatina
y/o > contenido de proteínas
- Patrón reconocible
-Genes en interbandas se expresan
más

D. melanogaster
 CROMOSOMAS POLITENICOS
ECDISONA
Tiempo

CAMBIOS EN LA
EXPRESION GENICA

APARICIÓN DE «PUFFS»: la
cromatina se descomprime y
hay transcripción

MAS ADELANTE VEREMOS LOS MECANISMOS IMPLICADOS EN

ESTA «APERTURA» DE LA CROMATINA
ANILLOS DE BALBIANI (Chironomus tentans):
LO QUE OCURRE EN CROMOSOMAS PLUMOSOS Y POLITENICOS EN
CUANTO A PODRIA SER LO QUE OCURRE EN TODOS LOS
CROMOSOMAS EN INTERFASE
EUCROMATINA Y HETEROCROMATINA
En la cromatina se distinguen zonas más y menos densas
 EUCROMATINA
Estructura menos condensada, compuesta mayormente de
fibra de 30 nm

HETEROCROMATINA
- Forma altamente condensada
- Incluye proteínas adicionales
- Genes no expresados (silenciados) en la mayoría de los
casos; repetidos (tandems) de secuencias cortas
- Mantenimiento de telómeros y centrómeros de cromosomas
TELÓMERO
-Secuencias cortas repetidas
Ej. 5´TTAGGG 3’ (humano)
- Gran parte monocatenario (3’) formando una
estructura especial, resistente a nucleasas
Estructura especial de la cromatina:
- desacetilada
- asociada a proteínas especiales
CENTRÓMERO
- Resistencia en la mitosis; unión a huso durante la
mitosis a través del cinetocoro
- Diferente largo en los diferentes organismos
Ej. levadura: 125 pb
humano: varios miles de Kb
- Secuencias repetidas no características- satélites 
-Histonas desacetiladas, metiladas
Histonas especiales ej CENP-A, variante de H3
(N-terminal con extensión; unión a cinetocoro?)
-Docenas de proteínas asociadas
CROMOSOMAS EN MITOSIS
- Nivel máximo de compactado; los cromosomas se
observan como cuerpos bien definidos
- Asociados a diferentes complejos de proteínas. si
se extraen las histonas, se observa en microscopio
electrónico bucles de ADN unidos a un andamiaje
nuclear (40-90 kb = 10-30 nm)
 Proteínas de andamiaje nuclear:
- topoisomerasa II en base de los lazos : control en
replicacion y transcripción?
- SMCs “Structural maintenance of chromosomes”

SMCs
- COHESINAS
- CONDENSINAS (+ ATP : formación de bucles)
Formación de complejos en forma de anillos
 ORGANIZACIÓN DE LOS
CROMOSOMAS:
BANDEADO DE PROTEÍNAS G
Bandas G: bajo contenido de GC
Bandas R: alto contenido de GC –
genes + transcriptos

Organización mantenida en la
evolución:: IMPORTANTE
La cromatina es una estructura dinámica:porciones
de ésta se descompactan para que tengan lugar
los distintos procesos celulares

- Replicación
- Regulación de la expresión génica
 REPLICACIÓN
En el sitio de replicación la fibra de 30 nm se
desorganiza.
Inmediatamente después de la replicación el
ADN se asocia a nucleosomas.
Nuevos nucleosomas : 2 posibilidades
1) los nucleosomas viejos se desarman y sus
histonas + nuevas histonas forman nuevos
nucleosomas
2) Los cores “viejos” se mantienen

Experimento: Sobrecruzamiento de histonas

Células crecen en presencia de a. a. PESADOS
• Replicación en presencia de a.a. livianos:: histonas
nuevas son livianas
• Se forman octámeros
• Purificación de nucleosomas y fraccionamiento en
gradiente de densidad
 histonas sintetizadas
nucleosoma parental de novo (livianas)

A) Se conservan los B) Se forman octámeros nuevos

octámeros (mezcla de histonas)

B) gradiente de
A) dos densidades densidades

B) parece ser
la correcta
In vivo el ensamblaje de los nucleosomas no es un
proceso espontáneo.
Se requieren chaperonas histónicas (ej. CAF-I,
RCAF)
CROMATINA Y TRANSCRIPCIÓN

POSICIONAMIENTO DE NUCLEOSOMAS:
A veces es un estorbo, a veces una ventaja:
depende de dónde queden los sitios de
unión de factores transcripcionales

Si quedan escondidos, la cromatina deberá

ser modificada para que los factores de
transcripción puedan actuar.
POSICIONAMIENTO DE LOS NUCLEOSOMAS
POSICIONAMIENTO EXTRÍNSECO:
El primer nucleosoma se posiciona en un determinado
lugar, por secuencia o por proteína unida al ADN. El resto
determinado por el primero

200 pb
PROMOTORES “PREPOSICIONADOS”

- Sitios de unión de factores de transcripción expuestos

sobre el nucleosoma o en ADN ligador
- Genes constitutivos suelen ser de este tipo
Ej.: Promotor del gen hsp26 de D. melanogaster (respuesta
al shock térmico)

(A) pol II

HSE GAGA GAGA HSE TATA

transcripción
(B)
TFIID pol II
HSTF

interacción
 ¿Qué pasa si los sitios de unión de factores
de transcripción en un promotor NO están
accesibles?

- Modificaciones de la estructura de la cromatina

asociados a transcripción se han observado in
vitro e in vivo
- Esas modificaciones, ¿son necesarias para la
transcripción o son consecuencia de la misma?
Se ha demostrado que en algunos promotores el
“remodelado” de la cromatina puede tener lugar
aún en ausencia de transcripción
EJEMPLO: Promotor de PHO5 de S. cerevisiae
-2 -1

a PHO2 b TATA

carencia de fosfato
PHO4
PHO2
transcripción

TBP
pol II
PHO2 TATA
PERO....
¿Cómo se remodela la cromatina?

1) COMPLEJOS REMODELADORES DE LA
CROMATINA ATP-dependientes
2) MODIFICACIONES POST-TRADUCCIONALES
DE LAS HISTONAS
A) B)
Swi-Snf
SWI/SNF
TBP

TATA
TATA

TBP

SWI/SNF
SWI/SNF transcripción
TBP

TATA
TATA

transcripción
SWI/SNF
TBP

TATA
MODIFICACIONES POST-TRADUCCIONALES DE LAS
HISTONAS DEL CORE

-Lisinas y Serinas de histonas del core sufren

acetilación, metilación, fosforilación, ubiquitinación....
- Mutaciones causan alteraciones de la expresión:
Ej. H4: *dominio R (aa 17 a 29) : implicado en represión
*dominio A (aa 1 a 16) : implicado en activación
-Modo de acción:
1) modificación de la interacción con ADN (carga)
2) Lugares de unión para proteínas
“Código de histonas”
SWI/SNF
 DESACETILACIÓN DE HISTONAS
- Grandes complejos proteicos
- Reclutados a determinados promotores por
represores específicos

1) Ume6 se una a promotor; interacción con Sin3

2) Sin3 es parte de complejo con RPD3 (HDAC)
 COMPLEJOS DE ACCIÓN REPRESIVA -
SILENCIAMIENTO
Complejos de proteínas que establecen estructuras muy
organizadas de la cromatina (de tipo de heterocromatina)
Ej. telómeros de S. cerevisiae

1) Rap1 se une a
telómeros
2) Rap1 recluta Sirs
3)Interacción con
histonas hipoacetiladas
4) Sirs se agregan
 Las figuras de esta presentación han sido extraídas de:
- Lewin, B. 2004. Genes VIII. Pearson Prentice-Hall.

-Watson, J.D. et al. 2004. Molecular Biology of the Gene. 5ª ed. Pearson Benjamin-
Cummings.

-Lodish, H. et al. 1999. Molecular Cell Biology. 4a ed. W.H. Freeman & Co.
- Alberts, B. et. al. 2002. Molecular Biology of the Cell. 4a ed. Garland Publishers
-Travers, A. (1999) “The location of linker histone in the nucleosome”;
TIBS 24: 4.
- Thoma, F.; Koller. T.H. and Klug A. (1979) “Involvement of the histone H1 in the
organization of the nucleosome and of the salt-dependent superstructures of
chromatin”.
J. Cell. Biol. 83; 403