PRÁCTICA 1.

DISEÑO DE PRIMERS
(CEBADORES) PARA LA
AMPLIFICACIÓN DEL ADN
MEDIANTE PCR
Asignatura:
Biología Molecular y Citogenética

Evaluación:
Segunda
 ÍNDICE

1. FUNDAMENTO TEÓRICO

2. OBJETIVO

3. FUNDAMENTO PRÁCTICO

4. EJERCICIO PRÁCTICO
 1. FUNDAMENTO TEÓRICO
• Los primers, cebadores u oligonucleótidos son moléculas
cortas de una sola hebra de ADN (15-40 pb).
• Son secuencias específicas que se ligarán a una
secuencia deseada de ADN.
• La ADN polimerasa requiere primers para iniciar la
replicación.
• Son elaborados comercialmente y pueden diseñarse
mediante herramientas bioinformáticas para unirse con
cualquier secuencia de ADN.
• Cuanto más largos sean los primers, mayor será su
especificidad y selectividad (15 40pb).
Criterios para diseñar Primers
• Especificidad: Asegurar que la secuencia
complementaria en el ADN sea única.
• Longitud: 17-28 bases.
• Composición de bases: el contenido de G+C debe estar
entre el 50-65%.
• La Tm (parecida a la temperatura de hibridación) debe
estar en el rango de 50-65ºC.
• Las Tm de los primers no deben diferenciarse más de 2-
3ºC entre sí.
• Minimizar en la medida de lo posible la formación de
estructuras secundarias (horquillas y dímeros).
 2. OBJETIVO
• Aprender a diseñar parejas de cebadores
para la amplificación de ADN por PCR
mediante herramientas bioinformáticas.
3. FUNDAMENTO PRÁCTICO

1. DESCARGAR
2. DISEÑO DE 3. VALIDACIÓN
LA SECUENCIA
LA PAREJA DE DE LA PAREJA
DEL GEN DE
PRIMERS DE PRIMERS
INTERÉS

ENSEMBL: PRIMER3PLUS: PRIMER-BLAST

(NCBI):
https:// http://
www.ensembl.org/ www.bioinformatics.nl/ https://
index.html cgi-bin/primer3plus/ www.ncbi.nlm.nih.g
primer3plus.cgi ov/tools/primer-
 4. EJERCICIO PRÁCTICO
• Diseña una pareja de cebadores para
amplificar el exón 9 del gen APC humano.
Para ello, debes seguir los siguientes pasos:
1. Entrar en la base de datos ensembl y descarga
la secuencia del gen APC.
I. En la búsqueda, seleccionar el genoma Human
(Homo sapiens) y escribir APC en el cuadro de
búsqueda.
II. Posteriormente, pinchar en el transcrito
ENST00000257430.8 y seguidamente en la
columna de la izquierda en Exons.
III. Finalmente darle a Download sequence.
2. Copiar la secuencia del exón 9 de APC y pegarla
en la herramienta Primer3plus (Bioinformatics).
Darle al cuadro verde: “Pick primers”.
3. Validar la pareja de cebadores obtenida en
Primer-BLAST de NCBI.
I. Pegar la secuencia del cebador forward en el cuadro
correspondiente.
II. Hacer lo mismo con el cebador reverse.
III. Pinchar en el cuadro azul “Get primers”.
4. Una vez validados, tenéis que copiar la
secuencia y las características de cada uno de los
cebadores (Tabla resumen de Primer-BLAST) en
vuestro cuaderno de prácticas.