UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE YUCATÁN

FACULTAD DE QUÍMICA

Químico Farmacéutico Biólogo

Laboratorio de Biociencias

Práctica 6
Análisis bioinformático para el diseño de primers
para genes específicos y evaluación de la expresión
de genes por medio de la PCR in silico

Equipo 2:
Aguilar Ventura Oscar Jesús
Alva Bacab Dana Itzel
Cervera García Ingrid Denisse
Tuz Loeza Leydi Marlene

20/05/2021
Objetivo.
1. Realizar análisis bioinformático para el diseño de un par de primers
específicos para gen de interés.
2. Realizar una corrida de PCR in silico con los primers diseñados para el gen
de interés y el gen constitutivo.

Antecedentes

La Bioinformática es la aplicación de tecnologías computacionales a la gestión y

análisis de datos biológicos también puede definirse, de manera general, como la
aplicación de tecnologías computacionales y la estadística a la gestión y análisis de
datos biológicos. El núcleo principal de estas técnicas se encuentra en la utilización
de recursos computacionales para solucionar o investigar problemas sobre escalas
de tal magnitud que sobrepasan el discernimiento humano.
La investigación en biología computacional se solapa a menudo con la biología de
sistemas. Una constante en proyectos de bioinformática y biología computacional es
el uso de herramientas matemáticas para extraer información útil de datos
producidos por técnicas biológicas de alta productividad, como la secuenciación del
genoma. En particular, el montaje o ensamblado de secuencias genómicas de alta
calidad desde fragmentos obtenidos tras la secuenciación del ADN a gran escala es
un área de alto interés. Otros objetivos incluyen el estudio de la regulación genética
para interpretar perfiles de expresión génica utilizando datos de chips de ADN o
espectrometría de masas.
El objetivo principal de las técnicas bioinformáticas se encuentra en la utilización de
recursos computacionales para solucionar o investigar problemas sobre escalas de
tal magnitud que sobrepasan el discernimiento humano.
Su objetivo es profundizar sobre el análisis e interpretación de los distintos tipos de
datos:
● Secuencias de genomas
● Secuenciación de transcriptomas
● Genotipado de poblaciones

La PCR es una técnica in vitro utilizada para amplificar enzimáticamente una región
determinada de ácido desoxirribonucleico (ADN), delimitada por dos fragmentos de
secuencias cortas de ADN llamados iniciadores. La PCR es apta para el análisis de
expresión génica, evolución molecular, genética de poblaciones, genómica,
medicina forense entre otros. Para llevar a cabo la reacción de PCR es necesario
utilizar iniciadores. Antes de utilizar los iniciadores, es imprescindible analizar la
secuencia de cada uno, previo a la realización de la reacción de PCR en el
laboratorio, para así, conseguir experimentos exitosos.
Los iniciadores deben cumplir ciertos requisitos que son necesarios para ser
considerados como óptimos, como: Longitud, especificidad, temperatura de fusión y
temperatura de alineamiento
La PCR In Silico se refiere a las herramientas computacionales utilizadas para
calcular los resultados teóricos de reacción en cadena de la polimerasa (PCR)
utilizando un conjunto determinado de imprimaciones (sondas) para amplificar las
secuencias de ADN de un genoma secuenciado o transcriptoma. Estas
herramientas se utilizan para optimizar el diseño de imprimaciones para secuencias
de ADN objetivo o cDNA. La optimización de imprimación tiene dos objetivos:
eficiencia y selectividad.

La eficiencia implica tener en cuenta factores tales como el contenido de GC, la

eficiencia de la unión, la complementariedad, la estructura secundaria y el punto de
recocido y fusión (Tm). La primera selectividad requiere que los pares de
imprimación no se unan fortuitamente a sitios aleatorios distintos del objetivo de
interés, ni los pares de imprimación deben unirse a las regiones conservadas de una
familia genética. Si la selectividad es deficiente, un conjunto de imprimaciones
amplificará varios productos además del objetivo de interés.
El Centro Nacional para la Información Biotecnológica 1(en inglés: National Center
for Biotechnology Information [NCBI]) es parte de la Biblioteca Nacional de Medicina
de Estados Unidos, una rama de los Institutos Nacionales de Salud. Almacena y
constantemente actualiza la información referente a secuencias genómicas en
GenBank, un índice de artículos científicos referentes a biomedicina, biotecnología,
bioquímica, genética y genómica en PubMed, una recopilación de enfermedades
genéticas humanas en OMIM, además de otros datos biotecnológicos de relevancia
en diversas bases de datos.

Materiales

Programa (sitio web) Equipo

Bases de datos: National Center for Computadora con internet

Biotechnology Infomation
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Programa de alineamiento de
secuencias: Clustal Omega
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

Programa para diseño de primers:

Primer3web http://primer3.ut.ee/

Programa para una corrida de PCR in

silico:
http://insilico.ehu.es/mini_tools/PCR/
Metodología
Resultados
> AF495728.1 ARNm de Prunus persica ent-kaureno oxidasa, cds parciales
GATTGGCGAGACTTCCTCCCTTACCTGAGATGGGTTCCCAATAAGAGCTTAGAAATGAAAATTCAGAGAC
TCTATACCCGCAGGAGTGCAGTAATGAATGCCCTGATCGATGATCGGAAGAAGGGAATTGCTTCAGGAGA
GGAACTAAATTGTTATACCGACTACTTGCTTTCTGAAGCAAAAACGCTTACATCAGAGCAAATAGCTATG
TTGCTTTGGGAGACGATTATCGAGACAGCGGATACAACATTGGTAACAACAGAATGGGCTATGTATGAAA
TTGCTAAAGATTCAAACCGACAGGGTCGTCTCTATCAAGAAATCCAAAATGTTTGTGGATCCAACAAGAT
CACTGAGGAACATTTGTCCCAACTGCCATACCTGAGTGCTGTTTTCCATGAAACTCTAAGGAAGCACAGT
CCAGCTCCAATAGTTCCTTTAAGATATGCACATGAAGATACCCAATTAGGAGGTTACTATGTTCCTGCTG
GATCAGAGATTGCTATTAATATATACGGGTGCAGCATGGACAAGAATCAATGGGAAAGCCCTGGAGAATG
GAAGCCGGAGAGATTTTTGGAGCCAAAATACGATCCAATGGATTTGTACAAGACCATGGCATTTGGAGCT
GGAAAGAGGGTTTGTGCTGGTTCTCTTCAGGCAATGCTAATAGCCTGCACCACAATTGGTAGGCTGGTGC
AGGAGTTTGAGTGGAAGCTGAGAGATGGAGAGGAAGAAAATGTTGATACTGTTGGGCTCACCACTCACAA
ACTCCACCCAATGCATGCCATCCTAAAACCAAGAAATTAGCCTCGAACCTCGTTTCTGTTCCAAGCCCAC
AAGTTGTTTGTGGCTGAGGCTTTTGCGTTGCTTGTTGCCTAGACTTTCTTATCTTTTGCTTTTTCTAAAT
TTAAGATGATTCTGGGCTTTATCAACTCCGTTATGCCATCTGAAGAATAAATGTAATCACACAGGTGAAT
AACTTATGAAATATTTCTGGTGAATGGATAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Primer 1: AACTGCCATACCTGAGTGCT
Primer 2: TCCATGCTGCACCCGTATAT

List of amplicons: position in sequence, length and sequence

370 160
AACTGCCATACCTGAGTGCTGTTTTCCATGAAACTCTAAGGAAGCACAGTCCAG
CTCCAATAGTTCCTTTAAGATATGCACATGAAGATACCCAATTAGGAGGTTACTA
TGTTCCTGCTGGATCAGAGATTGCTATTAATATATACGGGTGCAGCATGGA
Discusiones
Las técnicas convencionales de PCR han evolucionado a lo largo del tiempo, estos
avances han ido de la mano con la tecnología y modernización de las técnicas
bioquímicas avanzando a grandes pasos para la determinación de procesos
simulados y digitalizados, en esta práctica utilizamos varias de estas herramientas
como por ejemplo el PCR in silico nos permitió realizar y secuenciar una cadena de
ADN, resaltando los primers reverse y forward de igual forma nos ayuda a saber a
qué temperaturas debemos correr esta cadena y conocer el tamaño de la secuencia
(1027 pb)

Conclusiones
El acceso a distintas secuencias de ADN permite compartir gran cantidad de
información acerca de estas mismas, y de igual forma el poder secuenciar diferentes
cadenas da paso a la creación de primers e iniciadores, que nos permite ajustarnos
a nuestros objetivos y características únicas al momento de trabajar con nuestras
propias secuencias.
Una de estas herramientas que hizo que todo esto fuera posible es el acceso a la
base de datos por medio del análisis bioinformático para el diseño de primers y
genoma; la modernización y la digitalización de los procesos de trabajo de los genes
específicos, permite la realización de varias comparaciones y búsquedas de forma
rápida y eficientes, de igual forma el reducir los tiempos utilizados para la realización
de dichos trabajos permite la enorme caracterización de cada uno de ellos
reduciendo el costo y la utilización de productos.

Preguntas
¿Qué equipo ocuparé para dicho experimento?
Se utilizará para la visualización de la cadena del PCR, una electroforesis en gel

¿Qué matriz utilizaré para resolver el producto de PCR?

Se utilizará una matriz de gel de polisacáridos (agarosa) junto con una solución
amortiguadora.

¿En qué concentración de la matriz trabajaré?

De acuerdo al tamaño de la secuencia a correr, que en este caso son de 1027 pb se
utilizará una concentración de gel de agarosa de 2.0%

¿Con qué se debe teñir el material genético para visualizar el fragmento del gen de
interés?
Para su visualización se adicionará un colorante específico como el bromuro de
etidio o el SYBR Green

referencias
1. http://labsergen.langebio.cinvestav.mx/genomics/?services=bioinformatics
2. https://www.utm.mx/edi_anteriores/temas64/T64_E01_Analisis.pdf
3. Boutros, P.C.; Okey, A.B. (2004). "PUNS: PCR de silico transcripómico y
genómico para un diseño de imprimación mejorado".
4. Cañedo Andalia, Rubén; Rodríguez Labrada, Roberto; Vázquez Mojena,
Yaimeé (2009-04-XX). «Centro Nacional para la Información Biotecnológica
de los Estados Unidos: un palacio de la información para la medicina
molecular»
5. http://bioinf.ibun.unal.edu.co/documentos/primers/primer.php