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Unidad 1: Biomoléculas.
a. Monosacáridos:
Al igual que los aldehídos, se posee un enlace C=O, con la diferencia que en las
cetonas este enlace se presenta en el 2 carbono de la cadena de carbonos (C2).
En la imagen se
observa cómo el
O-H ataca al grupo
funcional más
importante, que sería el
aldehído, y lo rompe
con el fin de formar la
cadena cíclica.
Dependiendo la
posición final del OH,
este se denomina 𝜷
(hacia arriba) ó 𝝰
(hacia abajo).
b. Disacáridos:
b.a Sacarosa:
b.c Lactosa:
c. Oligosacáridos:
◾ Son cadenas cortas y ramificadas que van desde 2 hasta 25 carbonos que poseen
◾ Se pueden unir a lípidos (glicolípidos) o a proteínas (glicoproteínas).
varias combinaciones de monosacáridos.
◾
presente.
◾
Peso molecular elevado.
◾
Insolubles en agua.
◾
Poseen función estructural ó de almacenamiento energético.
Dentro de los polisacáridos existen 2 familias: Homopolisacáridos y
Heteropolisacáridos, los cuales se dividen en no ramificados y ramificados.
d.a.a Celulosa:
d.a.b Amilosa:
d.bHomopolisacáridos (ramificados):
d.b.a Amilopectina:
Como se describió anteriormente, el almidón se compone tanto de la
amilosa como de la amilopectina, en este caso la amilopectina consiste
en cadenas largas ramificadas de D-glucosa unidas por enlaces 𝞪1-4
(cadena lineal) y 𝞪1-6 (ramificaciones).
d.c Glucógeno:
El glucógeno es un polímero
glucosídico ramificado, el cual, al
igual que la amilopectina, posee
enlaces 𝞪1-4 (cadena lineal) y
𝞪1-6 (ramificaciones). Sin
embargo, este es más ramificado
y compactado en comparación al
homopolisacárido ramificado del
almidón, pero comparten la función de almacenamiento de energía.
2. LÍPIDOS
◾
con una menor proporción se encuentra también el “O”.
Pueden cumplir 4 funciones en nuestro metabolismo:
◾
carbonada y un grupo metilo (CH3) en el extremo paralelo.
El grupo COOH es ionizable ya que puede poseer cargas ya sean
positivas (+), negativas (-) ó neutra, esta ionización es dependiente del
pH ya que, en medios básicos, puede perder su H+ y en medios ácidos
◾
ganan H+.
La solubilidad con el agua depende de la ionización, si este es COO-,
será más soluble en comparación al COOH.
EJEMPLOS:
b. Lípidos complejos
-b.1 Fosfoglicéridos:
La cabeza del glicerol se encuentra mirando hacia el MEC o el MIC. Mientras que las
cadenas de ácidos grasos están mirando hacia el centro de la membrana plasmática.
-b.2 Esfingolípidos:
b.3 Lipoproteínas:
c. Lípidos asociados:
-c.1 Prostaglandinas:
Los fosfolípidos membranosos provienen del ácido araquidónico, un ácido graso que
se encuentra en la capa externa de la membrana plasmática. Este ácido graso
experimenta modificaciones moleculares a través de la acción enzimática de las COX
(ciclooxigenasas) 1 y 2, las cuales generan diversos grupos de prostaglandinas. Un
ejemplo de cómo las prostaglandinas actúan es su participación en la cascada de
coagulación, donde la formación de prostaglandinas puede provocar dolor en una
lesión cortopunzante. Por esta razón, las prostaglandinas se asocian comúnmente
con el dolor, lo que ha llevado al desarrollo de fármacos inhibidores de la COX, como
el ibuprofeno, para aliviar el dolor.
-c.2 Esteroides:
c.PROTEÍNAS
◾ Cada aminoácido difiere del resto sólo en su radical (son 20 radicales distintos).
(fundamental), grupo carboxilo (fundamental) y de su radical.
◾
- No esenciales (nuestro cuerpo puede sintetizarlos)
Los 20 aminoácidos se dividen en Apolares y Polares.
Alifáticos:
-Aminoácidos polares:
Neutros:
Ácidos:
A pH fisiológico, las cadenas laterales de los aminoácidos ácidos llevan una carga
negativa, ya que han perdido un protón (COOH se convierte en COO-). Dentro de
esta categoría, encontramos el aspartato y el glutamato.
Básicos:
La segunda constante de disociación que se altera es la del grupo amino, con un pKa
de pH 8.4. Una vez que el grupo carboxilo se ha disociado, la estructura del
aminoácido cambia, y su carga neta es cero. Sin embargo, cuando la solución alcanza
un pH de 8.4, el grupo amino pasa de NH3+ a NH2, perdiendo un protón y dando
como resultado una carga neta de -1. Este valor de -1 se mantiene en el intervalo de
pH de 8.4 a 14.
Si les cuesta esa imagen trancas, les dejo el esquema de la profe acá abajito muak
Como mencioné anteriormente, los valores netos comúnmente siguen la secuencia de
+1 → 0 → -1, aunque no siempre es así. Hay 7 aminoácidos que pueden tener un
radical con la capacidad de perder su carga positiva. Esto implica que también tienen
una constante de disociación conocida como "pKar" (la "r" representa radical). No es
necesario que memoricen estos valores, ya que se les proporcionará el valor de pKar
en las pruebas, pero es importante que sepan cómo calcularlo. Como mencioné antes,
esto puede modificar el valor neto del aminoácido, pasando de +1 → +2. Por lo tanto,
cuando se les pregunte sobre la carga, deben considerar estas posibles
modificaciones.
Sin embargo, a veces la situación no es tan sencilla. Les recomiendo practicar este
tipo de ejercicios con frecuencia, ya que suelen aparecer en las pruebas. Existe una
variación de este ejercicio que puede ser complicada, en la que te proporcionan el pH
de la solución y te indican que tiene un radical con carga. Por ejemplo, si tenemos un
aminoácido con un radical de histamina (pKar 6) pero la solución se encuentra a un
pH de 7.9, habrá una disociación tanto del grupo carboxilo (a pH 2.4) como del
radical (a pH 6). Pero, ¿qué sucede con el grupo amino? En este caso, el grupo amino
no alcanza su constante de disociación porque la solución no llega a un pH de 8.4.
Como resultado, la carga del aminoácido permanece en 0 en lugar de cambiar a -1
(pasa de +2 → +1 [pKa1] y de +1 → 0 [pKar]).
-Estructura primaria:
Es un polímero lineal de aminoácidos, los cuales se mantienen unidos gracias a un
enlace peptídico (covalente). Cada estructura primaria posee una secuencia única, la
cual la diferencia de las otras proteínas. Contiene la información necesaria para
definir la estructura nativa de la proteína y la función que ésta cumplirá.
Dato freak: la masa de una proteína se mide en dalton [1aa =110 Da].
1) Posee carácter parcial de doble enlace, esto se produce gracias al “O” que
posee carga parcial negativa y el “N” carga parcial positiva generando un
dipolo eléctrico.
2) Su conformación es trans.
3) Es plano y rígido, por lo que no puede rotar libremente. Su rotación se
determina por el C𝜶. Imaginen su brazo, su región antebraquial es un enlace
peptídico, su codo es el C𝜶 y su región braquial es otro enlace peptídico, si
comienzan a realizar movimientos de supinación, pronación, extensión y
flexión de su antebrazo, lo que se mueve en realidad es su codo, pasa
exactamente lo mismo en el enlace peptídico.
-Estructura secundaria:
Se denomina como una conformación local de una parte específica del polipéptido la
cual se mantiene gracias a la presencia de puentes de hidrógeno. De este tipo de
estructura existen 2 conformaciones: Alfa hélice y Beta plegada.
Alfa hélice:
En esta estructura no actúan los radicales de los aminoácidos, debido a que los
radicales cumplen su función en la estructura terciaria o nativa.
-Estructura terciaria:
Los enlaces iónicos son de carácter polar, por lo que se encuentran en el exterior de
la proteína, se da entre radicales con carga positiva y negativa siendo el claro ejemplo
la unión entre el grupo amino (NH3+) y el ácido carboxílico (COO-).
-Estructura cuaternaria:
- Hemoglobina.
- Hexoquinasa.
- Mioglobina.
- Lactato deshidrogenasa.
Esta estructura está conformada por los mismos enlaces que mantienen la estructura
terciaria empaquetada siendo los más comunes puentes disulfuros, puentes de
hidrógeno, interacciones hidrofóbicas y enlaces iónicos.
- Prealbúmina.
- Hexoquinasa .
- Piruvato quinasa.
- Inmunoglobulinas.
- Hemoglobina.
- Insulina.
-Albúmina:
Proteína más abundante de la sangre y representa
cerca de ¼ de la síntesis proteica del hígado, posee
una gran presencia de alfa hélice y dentro de sus
funciones encontramos:
- Transporte de Ac.Grasos, bilirrubina,
fármacos y hormonas endocrinas.
- Mantiene el volumen sanguíneo (P°
Osmótica capilar).
-Insulina:
Hormona peptídica producida en el páncreas por las células 𝜷
de los islotes de Langerhans la cual se encarga de mantener los
niveles de glucosa sanguínea en el rango normal (60-100 mg/glucosa). Su estructura
consta de 2 cadenas peptídicas unidas mediante 3 puentes disulfuro, 1 intracatenario
y 2 extracatenarios.
Fibrilares:
Son moléculas con forma de varilla que se forman mediante unidades repetitivas
simples, las que se ensamblan para formar fibras, se asocian con funciones
estructurales y protectoras, además de ser hidrofóbicas. Dentro de esta familia se
encuentran:
- Queratina.
- Colageno.
- Elastina.
- Queratina:
-Colágeno:
-Denaturación:
Los agentes reductores son los encargados de destruir los enlaces disulfuros que
mantienen estable a la estructura nativa, debido a que este enlace es de tipo
oxidativo, al agregar H+, este produce la ruptura del enlace, perdiendo de esta
manera la estructura nativa.
La temperatura juega un papel crucial sobre todo cuando hablamos de enzimas, esto
debido a que las enzimas poseen un rango de temperaturas en las que trabajan
óptimamente, normalmente oscila entre los 36-37°C, sin embargo si se aumenta la
temperatura los enlaces pueden ceder, perdiendo de esta manera todas las
estructuras hasta llegar a la primaria, la cual necesita de temperaturas sobre los
120°C para ser destruido.
-Hidrólisis:
Cada hemoproteína posee una afinidad por unirse al oxígeno a su estructura, esta se
grafica de manera en la que en el eje “y” o de las ordenadas se encuentra la
saturación de O2, mientras que en el eje “x” o de las abscisas se ubica la presión de O2
(pO2) la cual se mide en “mmhg” o “torr”. Este gráfico se lee de la siguiente manera:
-Cooperatividad de la hemoglobina:
-Alosterismo en hemoglobina:
Los factores que alteran la afinidad por el O2, se representan con una modificación de
la curva que se representó en el gráfico anterior, estos factores desplazan la curva
hacia la izquierda aumentando la afinidad o desplazando la curva hacia la derecha
disminuyendo la afinidad.
1° ley en el humano
Son reacciones químicas que requieren de energía para que puedan ocurrir, son
denominadas como reacciones endergónicas. Ejemplos de este tipo de reacción
son la fotosíntesis.
- Energía libre de gibbs negativa (𝚫G<0) (espontánea)
Relación 𝚫G vs K[eq]
A+B ⥧ C+D
c d a b
Keq = [C] [D] / [A] [B]
Enzimas
Cofactores
Es un componente no proteico,
termoestable y con baja masa
molecular que se asocia
principalmente a metales inorgánicos
(cobre, hierro, potasio, magnesio, etc.)
Otorgan una mejor superficie de
anclaje para el sustrato.
Un ejemplo común de este tipo de
cofactores es el manganeso (Mn+2), el
cual es el activador de la enzima
arginasa, esta enzima es una de las cuantas que actúan en el ciclo de la urea, para ser
activada si o si depende de este cofactor. Otro caso es el del Zinc (Zn2+) que es el
activador de la anhidrasa carbónica, enzima que se ubica en los glóbulos rojos
catalizadora de la conversión del CO2 a HCO-3 .
Coenzimas
Grupo prostético
5) Isomerasas: Catalizan
reordenamientos intramoleculares, la
enzima más conocida de esta familia
es la topoisomerasa.
6) Ligasas: Son similares a las Liasas, con la diferencia que las Ligasas usan una
molécula de ATP.
Cinética de las enzimas
-Velocidad de reacción:
-Cinética de Lineweaver-Burk
*En este tipo de gráficos y cálculos , sugiero memorizar los eventos, si les dicen que la
afinidad bajó, aumenta el Km, disminuye el 1/Km y el intercepto del eje x se desplaza
hacia la derecha el caso contrario si la afinidad aumenta, disminuye el Km, aumenta
el 1/Km y el intercepto se desplaza hacia la izquierda. Si les dicen que Vmax
disminuyó, el 1/Vmax aumenta por lo que el intercepto del eje y se va para arriba y al
contrario, si les dicen que la V/max aumenta, el 1/Vmax disminuye y el intercepto del
eje y de desplaza hacia abajo.
-Inhibición reversible
*Tabla resumen:
Regulación enzimática
◾
- Responder ante cambios ambientales.
Existen 5 tipos de regulación para las enzimas las cuales son cooperatividad,
alosterismo, isoenzimas, modificaciones covalentes y escisión proteolítica.
-Cooperatividad:
-Isoenzimas:
Ocurre cuando una enzima agrega un grupo funcional que se une de manera
reversible mediante un enlace covalente a otra enzima cambiando sus propiedades
catalíticas. Las modificaciones más importantes son la fosforilación y
desfosforilación catalizadas por quinasas y fosfatas respectivamente.
-Escisión proteolítica:
Metabolismo anabólico
Metabolismo catabólico
Además de los pares óxido-reducción excite el par energético compuesto por ATP y
ADP los cuales se encargan de otorgar energía mediante sus catálisis.
-Adenosin TriFosfato (ATP) y Adenosin DiFosfato (ADP):
Reacciones acopladas
Existen moléculas que son más negativas que por ejemplo la fosfocreatina,
fosfoenolpiruvato, etc.
En TODAS las reacciones redox existen agentes reductores y agentes oxidantes. Los
agentes reductores como norma general reducen a otra molécula mediante su propia
oxidación, por lo que entrega e-, mientras que un agente oxidante oxida a otra
molécula gracias a su propia reducción adquiriendo e-. Cabe destacar que NUNCA
JAMÁS 2 especies se oxidan o reducen al mismo tiempo.
Dentro de las reacciones redox hay algo conocido como el potencial de reducción
(Ered) que corresponde a una medida electroquímica medida en volts (v) que nos
indica la tendencia de una molécula a oxidarse. No todas las moléculas tienden a
reducirse , por lo que el Ered es lo mismo que el -Eox que corresponde al potencial de
oxidación, la misma cosa pero con un signo negativo. Matemáticamente hablando
una molécula que presenta valores electroquímicos positivos indican que la molécula
tiende a reducirse por lo que posee un mejor agente oxidante, mientras que valores
negativos nos indican que es propensa a reducirse ya que posee mejores agentes
oxidantes.
Reacciones redox y energía libre
En la siguiente imagen se representa una reacción redox, como bien saben para
poder desarrollar este tipo de reacciones debemos dividirla en una semi reacción
oxidativa y una semi reacción reductora, la verdad de las cosas es que no volvimos a
ver toda la química y el balanceo eterno de las rx redox pero si la sumatoria de
valores electroquímicas.
-Digestión de carbohidratos:
A pesar de que los porcentajes son desiguales, TODAS estas formas de carbohidratos
deben pasar por procesos enzimáticos para que llegar a la forma más pequeña que
sería la glucosa, la cual será absorbida a nivel intestinal.
-Digestión de proteínas:
-Digestión de lípidos:
1) Sales biliares.
2) AG libres.
3) Monoglíceros.
4) Colesterol libre.
5) Vitaminas liposolubles.
6) Fosfolípidos.
7) Lisofosfolípidos.
Rutas metabólicas:
Para poder empezar a definir y conocer cómo es que funciona la formación de ATP
mediante ciertos procesos, cómo es que nuestro cuerpo procesa las proteínas y qué es
lo que sucede con ellas entre otras cosas, primero debemos definir ciertos conceptos
que serán clave para la comprensión de dichas rutas o procesos metabólicos.
-Glicemia:
Destinos de la glucosa
Una vez la glucosa es ingresada al torrente sanguíneo esta puede ser metabolizada de
muchas maneras para formar piruvato (glicólisis), glucógeno (glucogenogénesis),
ribosa 5 fosfato (via de las pentosas) entre otras cosas.
-Glicólisis:
-Regulación de la glicólisis:
Como todo proceso que ocurre en nuestro organismo se debe regular para mantener
un equilibrio,la glicólisis de no ser regulada produciría piruvato de manera
descontrolada lo que es patológico de no ser controlado. La regulación de este
proceso se lleva a cabo sobre las 3 enzimas críticas correspondientes a la
hexoquinasa, fosfofructoquinasa 1 y piruvato quinasa, sin embargo el proceso de
regulación en general se lleva a cabo gracias a la acción hormonal y de manera
alostérica.
Hormonalmente la glicólisis se regula gracias a la acción de la insulina y del
glucagón, la insulina tanto en el hígado como en el músculo esquelético va a activar
la glicólisis mientras que el glucagón sólo actúa sobre el hígado inhibiendo este
proceso. Adicionalmente a esta hormonas, la adrenalina sintetizada en la glándula
suprarrenal actúa sobre el hígado y sobre el músculo esquelético, si actúa sobre el
hígado esta va a inhibir junto con el glucagón mientras que si actúa sobre el músculo
esquelético esta activa el proceso junto con la insulina.
Alostéricamente la regulación se produce gracias a la acción sobre las 3 enzimas
críticas que ya mencionamos anteriormente.
La piruvato quinasa al igual que la PFK1 puede poseer tanto una regulación
alostérica como hormonal. Alostéricamente se activará con la fructosa-1,6-bifosfato y
se inhibe con ATP, Acetil-Coa y ácidos grasos debido a que un aumento de alguno de
los 3 elementos previos produce una estimulación de las vías anabólicas lo que a
futuro hará que haya un aumento descontrolado de la cantidad de ATP formado por
estas vías, por lo que al no poder almacenarse debe ser inhibido.
La regulación hormonal se da con la insulina, glucagón y adrenalina las cuales
actuarán a nivel hepático. La insulina activa la piruvato quinasa ya que recolecta
glucosa que debe ser transformada en energía, mientras que el glucagón y la
adrenalina o epinefrina inhiben la acción de esta enzima.
Ocurre siempre que nuestras células estén ante una falta de oxígeno, por lo que
nuestras células no pueden producir la oxidación del piruvato en Acetil-Coa (moneda
de entrada al ciclo de krebs) y se denomina como “fermentación” que consiste en
formar ATP pero sin necesidad del oxígeno y al igual que la formación de Acetil-Coa
se lleva a cabo en el citosol. Son 2 los tipos de fermentación: láctica y alcohólica.
-Respiración aeróbica:
Ciclo de Krebs.
Hay reacciones que reponen intermediarios del ciclo de krebs que fueron sustraídos
para ser usados en otros procesos, principalmente estos sustratos corresponden al
oxalacetato y malato. La enzima más importante que produce estos sustratos para ser
devueltos al ciclo es la Piruvato Carboxilasa.
- Glicólisis: 2 NADH.
- Oxidación del piruvato: 2 NADH.
- Ciclo de krebs: 6 NADH y 2 FADH2.
- Glicólisis: 2 ATP.
- Ciclo de krebs: 2 ATP.
Al sumar todos los ATPs que se obtienen tenemos un total de 32 ATP como resultado
de la respiración celular.
Existen diferentes tipos de inhibidores que van a actuar sobre la cadena respiratoria,
fosforilación oxidativa y algunos desacopladores de la fosforilación oxidativa.
Gluconeogénesis.
Para poder pasar de piruvato a glucosa es realizar un glicólisis inversa, sin embargo
como bien sabemos hay reacciones de carácter irreversible en este proceso como
viene siendo la reacción número 1, 3 y 10 por lo que necesitamos realizar las
conocidas reacciones rodeo que nos permiten un by-pass de las reacciones
mencionadas.
La gluconeogénesis al ser una glicólisis inversa se ocupan los mismos elementos que
la glicólisis.
2 piruvato + 4 ATP + 2 GTP + 2 NADH + 4 H2O →glucosa + 4 ADP + 2 GDP + 6Pi+ 2 NAD+ + 2 H+
(a la izquierda lo que se usa para la gluconeogénesis y a la derecha los productos de la
misma).
Esta manera de sintetizar glucosa es bastante costosa, por lo mismo solo se lleva a
cabo en momentos donde no obtenemos nutricionalmente al glucosa y debemos
recurrir a precursores que se encuentran en nuestro cuerpo cumpliendo funciones
distintas. Cabe destacar que NUNCA la glicólisis se estará llevando a cabo al mismo
tiempo que la gluconeogénesis.
-Regulación glicólisis/gluconeogénesis