Evidencias genómicas de la compleja
lycopersicum L. var. cerasiforme (SLC), y SLC más tarde
historia de domesticación del tomate
cultivado en América Latina
Resumen El proceso de domesticación de las plantas
suele ser prolongado e implica etapas intermedias poco
exploradas, con importantes implicaciones para las
trayectorias evolutivas de los rasgos de domesticación.
Anteriormente, se pensaba que la historia de la
domesticación del tomate implicaba dos grandes
transiciones: una desde el Solanum pimpinellifolium L.
silvestre hasta un estado intermedio de
semidomesticación, S. lycopersicum L. var. cerasiforme
(SLC) en Sudamérica, y una segunda transición de SLC
hasta una totalmente domesticada S. lycopersicum L. var.
lycopersicum en Mesoamérica. En este estudio
empleamos métodos de genómica de poblaciones para
reconstruir la historia de la domesticación del tomate,
centrándonos en los cambios evolutivos ocurridos en las
etapas intermedias. Nuestros resultados sugieren que el
origen del SLC puede ser anterior a la domesticación, y
que muchos rasgos considerados típicos de los tomates
cultivados surgieron en el SLC sudamericano, pero se
perdieron o disminuyeron una vez que estas formas
parcialmente domesticadas se extendieron hacia el norte.
Es probable que estos rasgos se volvieran a seleccionar
de forma convergente en el tomate cultivado común,
antes de su expansión por todo el mundo. Basándonos
en estos hallazgos, revelamos complejidades en la etapa
intermedia de la domesticación del tomate y
proporcionamos información sobre las trayectorias de los
genes y fenotipos implicados en el síndrome de
domesticación del tomate. Nuestros resultados también
nos permiten identificar germoplasma poco explorado
que alberga alelos útiles para la mejora del cultivo.
Introducción La domesticación de plantas suele implicar
el cultivo inicial de individuos de una especie de planta
silvestre con rasgos deseables, seguido de una fase
posterior de mejora de esos rasgos mediante la cría
selectiva (Gross y Olsen 2010; Meyer y Purugganan
2013). Sin embargo, la historia de domesticación de los
cultivos puede ser a menudo prolongada, y las
poblaciones en etapas intermedias experimentan
múltiples cambios evolutivos, como alteraciones en el
tamaño de la población, hibridación con poblaciones
ancestrales y pérdida de rasgos deseables
(Bagavathiannan y Van Acker 2008). Dichos cambios
evolutivos pueden afectar en gran medida a la variación
genética y fenotípica disponible para cada paso de
domesticación posterior. Centrarse exclusivamente en los
puntos finales de los procesos de dominación puede
oscurecer las trayectorias evolutivas de los rasgos y genes
favorecidos. Para comprender a fondo el ritmo y los
límites de la domesticación es necesario examinar las
etapas intermedias y los cambios evolutivos asociados. El
tomate de cultivo común (Solanum lycopersicum L. var.
lycopersicum; SLL) es el cultivo hortícola de mayor valor
del mundo y un importante organismo modelo para el
desarrollo del fruto. Estudios previos (Blanca et al. 2012,
2015; Lin et al. 2014) han propuesto que S. pimpi-
nellifolium L. (SP) silvestre de frutos rojos fue
domesticado en Sudamérica para dar lugar a S.
dio lugar a SLL en Mesoamérica a través de la im-
portación posterior. La historia de la domesticación del
tomate se describe generalmente como un proceso de
"dos pasos" con un aumento en el tamaño del fruto desde
el SP, del tamaño de un arándano, al SLC, generalmente
del tamaño de una cereza, y luego a los tomates comunes
de frutos muy grandes (Lin et al. 2014) que se consumen
en todo el mundo. Sin embargo, se sabe poco sobre la
historia evolutiva del SLC, que se considera el grupo
intermedio en la domesticación del tomate, pero cuyo
estatus ha sido históricamente controvertido. Durante
años, el término SLC se aplicó a un surtido de formas con
frutos del tamaño de cerezas que incluían SLL escapados
(asilvestrados) en todo el mundo y descendientes híbridos
entre SLL y especies silvestres (Ranc et al. 2008).
Estudios recientes, sin embargo, han revelado que SLC es
un verdadero grupo taxonómico con orígenes en el centro
de Sudamérica (Blanca et al. 2012, 2015). Por lo tanto,
una comprensión exhaustiva de la historia de la
domesticación del tomate requiere un amplio muestreo
de poblaciones nativas de SLC, y exclusión de
germoplasma asilvestrado o hibridizado que represente
vástagos modernos de SLL cultivados. Un obstáculo
relacionado con la comprensión de la historia de la
domesticación del tomate es que la mejora genética
moderna (siglo XX) ha introducido alelos de múltiples
especies silvestres, a veces distantes, en el SLL para
mejorar la resistencia a las enfermedades y otros rasgos
favorables a la industria (Hajjar y Hodgkin 2007). Este
germoplasma introducido puede ocultar los verdaderos
patrones de la historia de la domesticación. Para superar
este obstáculo es necesario muestrear las variedades
locales de SLL en lugar de las variedades mejoradas
modernas, ya que es probable que las variedades locales
se parezcan más a las primeras SLL divergentes. En este
estudio empleamos la secuenciación del genoma
completo, la genómica de poblaciones y un muestreo
exhaustivo de SLL, SLC y SP para reconstruir la historia
de la domesticación del tomate. En particular,
determinamos el papel de SLC en el origen de SLL,
evaluamos el alcance de la diversidad genética y
fenotípica en SLL y sus poblaciones estrechamente
relacionadas, y dilucidamos los cambios genotípicos y
fenotípicos que pueden haber ocurrido en cada paso de
la historia de la domesticación del tomate. Esta
información facilitará la identificación de alelos
beneficiosos para su reintroducción en las variedades
modernas de tomate con el fin de mejorar sus
características agrícolas.
Resultados
Delimitación de la población. Generamos nuevas
secuencias de genoma completo para 166 muestras, que
representan SP en toda su área de distribución nativa en
América del Sur y SLC en toda su área de distribución
nativa en América del Sur y Mesoamérica, junto con
variedades locales de SLL de Mesoamérica, que
anteriormente no habían sido suficientemente
muestreadas (tabla suplementaria 1, Material
suplementario en línea). Analizamos estos datos recién
generados con 394 secuencias genómicas de tomate
publicadas anteriormente (Aflitos et al. 2014; Lin et al.
2014), que comprendían principalmente SLL de todo el
mundo, pero también algunas SP y SLC. Excluimos las
secuencias publicadas que no cumplían nuestros criterios
de calidad o identidad (véase Materiales y Métodos), en
particular, descartando las muestras con >25% de datos
faltantes, SLL con introducciones silvestres conocidas de
prácticas modernas de mejora, y accesiones dudosas
designadas como SLC pero con orígenes de fuera de las
Américas. Nuestro conjunto final incluía 295 accesiones,
49 SP de Sudamérica, 153 SLC de Sudamérica y
Mesoamérica, 92 accesiones SLL de Mesoamérica y otros
lugares, y una accesión de S. pennellii Correll incluida
como outgroup. Se identificó un total de 23.797.503
polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), incluyendo
300.687 SNPs sinónimos y 357.572 SNPs no sinónimos,
alineando las secuencias con el genoma de referencia del
SLL ("Heinz 1706", build SL2.50) (Sato et al. 2012).
También obtuvimos 4.303.329 indels pequeños (≤10
pb).
Detectamos un número moderado de inserciones grandes
(>10 pb; véase Materiales y métodos) comunes o fijas en
SLC y SLL, pero en gran medida ausentes en SP, pero un
número sorprendentemente bajo de genes afectados por
estas inserciones (tabla suplementaria 2, Material
suplementario en línea). Utilizamos un conjunto de datos
de SNPs cuádruples degenerados (4D) para reconstruir la
filogenia de las 295 accesiones, y una estructura
poblacional estimada utilizando SNPs de genoma
completo (fig. 1a, figs. suplementarias. 1 y 2 y tabla 3,
Material suplementario en línea). Como se ha
documentado anteriormente para las especies de tomate
de frutos de color, los niveles de diversidad genética son
bajos, lo que conduce a ramas cortas, en particular en SLL
(fig. suplementaria 1, Material suplementario en línea). No
obstante, observamos una gran congruencia entre los
conglomerados definidos filogenéticamente, los
resultados de la estructura de la población, el origen
geográfico predominante y las designaciones de grupo
(SP, SLC o SLL) en los datos del pasaporte (fig. 1a). Sólo
unas pocas accesiones identificadas como SLL en los
datos de pasaporte se resolvieron fuera de la agrupación
filogenética SLL, ocurriendo dentro de agrupaciones de
accesiones SLC y probablemente indicando
introgresiones modernas no reconocidas; estas
accesiones se excluyeron de los análisis posteriores.
También identificamos algunas accesiones etiquetadas
como SLC que se resolvían dentro de los conglomerados
SP. Éstas tendían a ser genéticamente heterogéneas
según los análisis de estructura, eran de origen
geográfico variable y estaban alejadas de todas las demás
SLC en su ubicación filogenética, lo que tal vez indicaba
orígenes diversos a través de la mezcla. Debido a nuestra
incapacidad para asignar de forma fiable estas accesiones
a cualquier población, las excluimos de nuestros análisis
posteriores. El resto de las muestras se clasificaron en
nueve poblaciones bien definidas, basándose en criterios
combinados de fitogenia, estructura, origen geográfico y
datos de pasaporte; estas designaciones están
respaldadas además por resultados congruentes de un
análisis de componentes principales (ACP; fig. 1c).
Nuestros resultados sugieren tres poblaciones de SP
fuertemente diferenciadas, según los análisis de
estructura y FST (Weir y Cockerham 1984) (fig. 1d). La
diferenciación entre los SP ecuatorianos del norte y del
sur (SP NECU y SP SECU; FST = 0,50) sugiere la existencia
de una barrera al flujo genético, consistente con que el
SP SECU se limita a regiones montañosas, y el SP NECU
ocurre principalmente en zonas costeras (fig. 1b). A
diferencia del SP ecuatoriano, el SP peruano (SP PER)
incorpora accesiones con pertenencia poblacional única,
así como otras que tienen cierta similitud genética con el
SP SECU, lo que sugiere flujo genético o ascendencia
compartida entre estos grupos. Nuestros criterios
detectaron cinco poblaciones de SLC, con diversos grados
de heterogeneidad genética y estructura poblacional (fig.
1a y d) y un rango geográfico más amplio en comparación
con SP (fig. 1b). Distinguimos tres grupos de SLC
principalmente sudamericanos: un grupo heterogéneo
con cierta similitud genética a las poblaciones de SP,
basada en la estructura, y distribuido principalmente en
la región amazónica de Ecuador (SLC ECU), un grupo
peruano que se da principalmente en las laderas
orientales de los Andes (SLC PER), y un grupo más
localizado y genéticamente homogéneo en el norte de
Perú (SLC San Martín). Un grupo de accesiones de SLC
procedentes principalmente de México, Centroamérica y
el norte de Sudamérica (SLC MEX-CA- NSA) y otro grupo
que se da predominantemente en México (SLC MEX)
representan las poblaciones más septentrionales de SLC.
A pesar de la similitud en la estructura de la población
(fig. 1a), SLC San Martín, SLC MEX-CA-NSA, y SLC MEX
son geográficamente distintos y se diferencian entre sí de
forma similar basándose en FST en cuanto a otros grupos
de SLC (fig. 1d). Además, la mayoría de los SLL forman un
conglomerado separado, caracterizado por longitudes de
rama muy cortas, a pesar de tener una estructura de
población similar con tres grupos SLC (fig. 1a y fig.
suplementaria 1, Material suplementario en línea). De
todos los grupos SLC, SLC MEX tiene el nivel más bajo de
diferenciación poblacional con SLL (FST ¼ 0.21). Dentro
de SLL, observamos un subgrupo mayoritariamente
mexicano y otro con accesiones latinoamericanas y otras
variedades cultivadas consumidas en todo el mundo (fig.
1a). Nuestros resultados concuerdan con las hipótesis
previas de un origen de SLL en México, tras una
propagación hacia el norte de SLC al norte de secuencia
precisa de los acontecimientos se analiza más adelante.
Historia de la población. Estimamos el desequilibrio de
ligamiento (LD) en cada población identificada
basándonos en el promedio de r*2 para SNPs en un radio
de 1.000 kb entre sí (fig. suplementaria 3, Material
suplementario en línea). Los valores más bajos de LD se
observaron en SP PER y SLC MEX. Además, observamos
LD muy elevados en SP SECU, lo que puede atribuirse al
submuestreo de esta población debido a la falta de del
conocimiento previo de cierta diferenciación entre las
poblaciones de SP en el sur y el norte de Ecuador.
También calculamos los niveles de diversidad genética en
todo el genoma (tabla 1) para probar la posibilidad de
eventos de cuello de botella en las principales etapas de
la historia de la domesticación del tomate, como se ha
sugerido anteriormente (Lin et al. 2014; Blanca et al.
2015). La diversidad genética en SLC ECU es
relativamente alta y comparable a la de las poblaciones
SP. Esto sugiere que la transición de SP a SLC puede no
haber implicado un evento de cuello de botella, aunque
el contacto secundario entre SP y SLC ECU también podría
explicar esta observación. En concordancia con un estudio
anterior (Lin et al. 2014), los niveles de diversidad
nucleotídica (p) son un orden de magnitud más bajos en
SLL, lo que concuerda con los cuellos de botella
asociados a la domesticación. Sin embargo, la theta de
Watterson (HW) en SLL es comparable con la de otras
poblaciones de SLC (tabla 1). Para explorar más a fondo
la demografía, calculamos la D de Tajima media para cada
población, y observamos que SLL tiene una D de Tajima
mucho más negativa que cualquier otro grupo (tabla 1),
lo que indica una abundancia de alelos raros.
El hecho de que el exceso de alelos raros se deba
probablemente a alelos derivados de baja frecuencia
queda confirmado por las comparaciones del espectro de
frecuencias de sitios (SFS) entre poblaciones (fig.
suplementaria 4, Material suplementario en línea). Al
explorar la procedencia de estos alelos raros,
identificamos diez accesiones SLL con pequeños signos
de mezcla de SP o SLC en nuestro análisis de estructura
(fig. 1a), que contienen de forma exclusiva el 49% de los
alelos raros. Según los datos de pasaporte, se trata en su
mayoría de cultivares modernos (Aflitos et al. 2014; Lin
et al. 2014), que probablemente contengan
introgresiones exóticas obtenidas a través de la mejora
contemporánea y que habían superado nuestra selección
inicial de variedades mejoradas modernas. Tras excluir
estas accesiones, el SLL seguía teniendo una D de Tajima
sustancialmente negativa (tabla 1) y una SFS sesgada (fig.
suplementaria 4, Material suplementario en línea), lo que
indica que la prevalencia de alelos raros también se da en
las variedades autóctonas y en los cultivares de SLL
menos improbados. De los alelos raros en estas
accesiones de SLL restantes, el 31% eran exclusivos de
SLL, y el resto segregaban en SLC y/o SP. Esto sugiere
que muchos alelos raros en el conjunto de cultivares
autóctonos/no mejorados de SLL se adquirieron a partir
de la variación existente en SLC, unos pocos proceden de
grupos silvestres como SP, pero una parte sustancial
puede ser nueva. Estos resultados se ven respaldados por
la presencia de una elevada proporción de alelos privados
derivados en SLL con frecuencias principalmente bajas. La
acumulación de alelos nuevos de baja frecuencia podría
deberse a la mutación durante la expansión de la
población a medida que el cultivo se extendía por todo el
mundo o a la relajación de la selección natural que
permite la acumulación de mutaciones deletéreas (Moyers
et al. 2017).
Sin embargo, no podemos descartar completamente la
posibilidad de que haya habido una pequeña mezcla
genética de algunas variedades de tomate con grupos
distantes no examinados. Para investigar el orden de
divergencia entre las poblaciones de tomate definidas
anteriormente y la posibilidad de flujo genético entre
ellas, utilizamos una herramienta llamada TreeMix (v1.13).
Usamos todos los SNP disponibles y descubrimos que una
topología sin flujo génico (m= 0) explica el 98% de la
variación en los datos de SNP. Este árbol tiene un fuerte
soporte de ramas, excepto un soporte moderado en el
orden de divergencia de SLC San Martín, SLC PER, y SLC
MEX-CA- NSA. Al permitir un evento de flujo genético,
observamos un mayor ajuste del modelo (99%), pero un
menor soporte bootstrap para algunos de los nodos de
la topología del árbol resultante (fig. 2b). Los modelos
con más eventos de flujo genético, hasta m = 10, no
mejoraron sustancialmente el ajuste, y sólo el evento de
flujo genético entre SP PER y SLC PER tuvo un apoyo
consistentemente alto en todos los modelos, por tanto,
tomamos el m = 1 como el modelo más fiable. Tanto el
modelo m = 0 como el m = 1 confirman una estrecha
relación entre SLL y SLC MEX, pero los dos modelos
difieren en la posición de SLC PER. Además, el clado que
incluye SLC MEX-CA-NSA, SLC MEX y SLL tiene un soporte
bootstrap más bajo en el modelo con un evento de flujo
genético, lo que indica incertidumbre en la colocación de
SLC MEX-CA-NSA. Utilizamos una prueba de cuatro
taxones menos parametrizada (Green et al. 2010) que se
basa en frecuencias alélicas medias por población para
evaluar el evento de flujo genético sugerido por TreeMix
y distinguirlo de un posible polimorfismo ancestral. Lo de-
visamos de forma que la relación probada fuera
consistente tanto con el modelo m = 0 como con el m =
1 (fig. 2c). Se observó un flujo genético significativo
(26%, valor P < 0,00001) entre SP PER y SLC PER,
consistente con la firma de mezcla observada en los
resultados de la estructura poblacional (fig. 1a). Para
evaluar la trayectoria evolutiva de los alelos típicos de
SLL, calculamos la frecuencia alélica derivada media
(ADAF) en cada población para SNPs con alelos diferentes
entre el genoma de referencia (un SLL) y el outgroup S.
pennellii. Observamos un aumento gradual de la ADAF
comparando SP con SLC y SLC con SLL, así como una
ADAF similar en SLC MEX-CA- NSA y en SLC San Martín
(fig. 2d). Estos resultados apoyan a SLC MEX como el
pariente más cercano y posiblemente antepasado directo
de SLL. También estimamos las fechas de divergencia de
los principales acontecimientos en la historia de la
domesticación del tomate utilizando “dadi” (Gutenkunst
et al. 2009). Evaluamos modelos que tenían en cuenta el
flujo genético en diferentes puntos de divergencia, así
como modelos que incorporaban cambios en el tamaño
de la población (fig. 8 suplementaria, Material
suplementario en línea), y descubrimos que los modelos
complejos solían estar más respaldados estadísticamente
, lo que sugiere que los estudios anteriores pueden haber
subestimado los tiempos de divergencia en la historia de
la domesticación del tomate. Según nuestros resultados,
SLC probablemente divergió de SP hace ~78 mil años (ka;
+-ka). La divergencia inicial de los grupos septentrionales
se estimó en 13 +- 2 ka, con una divergencia posterior
del grupo SLC MEX + SLL de casi 10 +- 1 ka. Estimamos
que el origen de SLL ocurrió ~7 ka, sin expansión en el
tamaño de la población de SLL (nu2 = 0,35) sugiriendo
que la extrema D de Tajima en SLL puede ser más
impulsada por la acumulación de mutaciones deletéreas
durante el proceso de domesticación. Cabe señalar que
las complejidades generales de las historias de
domesticación de cultivos, que a menudo implican
expansiones de la población, cuellos de botella y
contactos secundarios, así como una fuerte selección
positiva que puede tener grandes efectos genéticos a
través de la vinculación, hacen que sea especialmente
difícil ajustar modelos demográficos. A pesar de nuestros
esfuerzos por incorporar estos factores en nuestros
modelos de la historia de la domesticación del tomate,
advertimos de que existen incertidumbres inherentes a
nuestras estimaciones de fechas, como ilustran los valores
residuales obtenidos.
Nuestros análisis sugieren una historia poblacional
compleja para el tomate cultivado y sus parientes.
Basándonos en los resultados combinados de todos los
análisis de historia poblacional aquí presentados,
proponemos el siguiente escenario para la domesticación
del tomate (fig. 3). El SLC probablemente divergió del SP
hace más de 78 ka, una fecha anterior a las estimaciones
de la presencia humana en Sudamérica y Mesoamérica, y
probablemente se debió a una divergencia natural y no a
un evento de domesticación. La alta heterogeneidad
genética en la ECU del SLC se debe probablemente a
polimorfismos ancestrales y/o al flujo de genes tras el
proceso de divergencia con el SP, según el modelo “dadi”
mejor soportado. Posteriormente, el SLC parece haberse
extendido hacia Perú (SLC PER y SLC San Martín),
experimentando el SLC PER un flujo génico local con el
SP PER. Entre 10 y 13 ka, se originaron el SLC MEX CA-
NSA, y el SLC MEX seguido de su propagación hacia el
norte hasta Mesoamérica. No podemos distinguir
fácilmente si estos dos grupos SLC se extendieron hacia
el norte de forma independiente o si divergieron entre sí
después de su migración hacia el norte, pero la presencia
de algunas accesiones de cada grupo en América del Sur
podría indicar extensiones separadas hacia el norte. El
tomate cultivado común (SLL) y el SLC MEX parecen haber
divergido ~7 ka, con una porción del SLL llevada
posteriormente a Europa, desde donde se propagó a
otros países del mundo. Aunque la propagación hacia el
norte del SLC y el origen del SLL coinciden con la
presencia humana en Mesoamérica y Sudamérica y
pueden haber sido mediados por humanos, el momento
del origen del SLC en Sudamérica plantea dudas sobre el
papel de los humanos en el origen de este grupo.
Evolución de los rasgos asociados al síndrome de
domesticación del tomate. Para entender cómo han
cambiado los fenotipos de los frutos a lo largo de la
historia de la domesticación del tomate, hemos medido
varios rasgos importantes para la mejora del tomate y el
atractivo para el consumidor (Paran y Van Der Knaap
2007; Huang y van der Knaap 2011) en nuestro conjunto
original de accesiones secuenciadas. Es evidente que las
accesiones comunes de tomate cultivado (SLL) han
experimentado cambios radicales en comparación con los
fenotipos de tomate silvestre (SP), con frutos que en
promedio tienen pericarpos más gruesos, más lóculos,
menor peso seco, niveles más bajos de betacaroteno,
sólidos solubles y ácido cítrico, y niveles más altos de
ácido málico (fig. 4). Muchos de estos fenotipos de SLL
(aunque no todos; véase, por ejemplo, ácido málico)
también son evidentes en cierto grado en las poblaciones
sudamericanas de SLC, lo que es consistente con que la
transición de SP a SLC representó un evento de
domesticación en el que se favorecieron muchas de las
mismas tendencias fenotípicas que en SLL.
Curiosamente, para muchos de estos rasgos de
domesticación, parece haber un patrón en forma de N- (o
И-) al considerar las medianas de los rasgos para las
poblaciones en el orden de la transición de SP a SLC y la
posterior expansión geográfica desde América del Sur
hasta Mesoamérica. Es decir, tomando el modelo de
historia poblacional que hemos sugerido anteriormente
(fig. 3), y asumiendo que los rasgos fenotípicos actuales
de la población reflejan aquellos en el momento de la
divergencia, la tendencia sugiere una transición general
de fenotipos de silvestre a domesticado en las
poblaciones de SLC en América del Sur (SLC ECU, SLC
PER y SLC San Martín), una reversión a fenotipos más
parecidos a los silvestres en las poblaciones de SLC del
norte (SLC MEX-CA-NSA y SLC MEX), y finalmente una
segunda transición de fenotipos de silvestre a
domesticado en el SLL. Esta tendencia también sugiere
que la expansión de SLC hacia el norte de América del Sur
y Mesoamérica pudo haber relajado la selección artificial
para rasgos preferidos por los humanos o favorecido
fenotipos más parecidos a los silvestres, quizás como una
necesidad de adaptación a las condiciones locales en
latitudes más altas.
Interesantemente, algunos fenotipos que comúnmente se
cree que son rasgos de domesticación, como el menor
contenido de tomatina (Zhu et al. 2018), parecen no ser
el resultado de ningún proceso de domesticación en los
tomates, sino que es más probable que estén asociados
con la preferencia local o la adaptación local, ya que los
niveles son más altos en un solo grupo SP (SP SECU) y
muestran una mayor varianza en las poblaciones
peruanas SLC y en SLL. Del mismo modo, el licopeno, el
pigmento responsable del color rojo de los frutos del
tomate, parece haber aumentado su contenido en el
origen del SLC, pero no muestra una tendencia marcada
en el origen del SLL.
Para cada uno de los fenotipos observados, obtuvimos las
variantes con mayor correlación mediante estudios de
asociación de todo el genoma (GWAS). Nuestras variantes
más significantes se localizaban a menudo dentro o cerca
de genes candidatos plausibles conocidos o nuevos, lo
que sugiere que los resultados de nuestro GWAS revelan
loci causales o estrechamente vinculados para muchos de
los rasgos analizados (tabla 2). Por ejemplo, la
concentración de sólidos solubles (Brix) se correlacionó
con un SNP sin sentido (Asn a Asp) dentro de Lin5
(Solyc09g010080), que codifica para una beta-
fructofuranosidasa, una invertasa extracelular implicada
en el metabolismo de la sacarosa, y que previamente se
ha implicado en cambios en el contenido de azúcar en la
domesticación del tomate. El número de lóculos está
asociado con el factor de transcripción WUSCHEL, que
está implicado en el destino de las células madre (Munos
et al. 2011). El ácido málico se asoció con un indel aguas
arriba de Solyc06g072840, que codifica para una
proteína 1 inducida por peróxido de hidrógeno, un gen
altamente expresado en frutos y semillas de tomate y
parte de una red de coexpresión implicada en el ciclo de
Krebs (CoNekT 2019), a través de la cual el ácido málico
se convierte en ácido cítrico, por lo que es un candidato
probable para el rasgo.
En varios casos, la tendencia en forma de N- (o И-) que
observamos en los fenotipos también se refleja en la
distribución genotípica de los alelos correlacionados con
cada fenotipo (fig. 4), lo que indica que los "alelos de
domesticación" derivados aumentaron en frecuencia
durante los orígenes tanto del SLC como del SLL, pero
disminuyeron en frecuencia en los grupos SLC del norte.
Sin embargo, se observaron algunas excepciones a esta
tendencia genotípica, como que SLC MEX- CA-NSA y SLC
MEX ganaron un alelo nuevo asociado con un mayor
contenido medio de glucosa, y un aumento en la
frecuencia de un alelo nuevo o raro asociado con un
mayor promedio de ácido málico en SLL. La tendencia
para el ácido cítrico, por el contrario, está correlacionada
con el aumento de la frecuencia de un alelo derivado raro
en las poblaciones del norte de SLC que parece haber
desaparecido en SLL.
También examinamos ocho genes candidatos que se sabe
que controlan fenotipos subyacentes a la variación de
rasgos del fruto en tomates cultivados y que también
pueden estar asociados a la domesticación, como la forma
del fruto (OVATE y OFP20), el peso del fruto (CNR, KLUH
y CSR), el número de lóculos (WUSCHEL y CLV3) o la
inflorescencia articulada (MADS1). Las distribuciones de
genotipos de alelos causales para estos genes también
revelan una tendencia en forma de N- (o N-), similar a la
tendencia anterior, para CNR, WUSCHEL y MADS1, lo que
sugiere que las distribuciones genotípicas se vieron
afectadas por los orígenes de SLC y SLL, y la expansión
hacia el norte de SLC. De manera similar a la tendencia
descrita anteriormente, estos alelos causales previamente
asociados con la domesticación del tomate parecen haber
sido reducidos en frecuencia en el SLC mesoamericano,
pero permanecieron como parte de la variación
permanente en estos grupos. Nuestros resultados
también revelaron que CSR, que ha demostrado ser un
importante contribuyente al peso de la fruta (Mu et al.
2017), desempeñó un papel en el origen de SLL, pero no
de SLC. La comparación de las distribuciones de
frecuencias alélicas de CNR, WUSCHEL y MADS1 con
nuestros resultados de ADAF (fig. 2d) revela que, aunque
a nivel de todo el genoma, SLC MEX y SLC MEX-CA-NSA
son grupos altamente derivados entre los SLC, ambos
grupos parecen haber experimentado una reversión a
alelos ancestrales para múltiples loci asociados con
rasgos de domesticación de la fruta.
Basándonos en estos resultados y en la historia
poblacional inferida, hacemos varias inferencias sobre la
evolución de los tomates domesticados. En primer lugar,
la antigua divergencia entre SLC y SP sugiere que SLC se
originó en Ecuador como especie silvestre (fig. 3). Sin
embargo, dada la prevalencia de fenotipos de
domesticación en el SLC sudamericano y los datos de
pasaporte que indican el uso humano actual, la selección
posterior probablemente fue mediada por el hombre y
favoreció varios rasgos de fruta similares a los
favorecidos en el SLL. También inferimos que las
condiciones experimentadas a medida que el SLC se
extendía hacia el norte condujeron, en promedio, a
fenotipos frutales más silvestres y, a veces, a inversiones
en las frecuencias alélicas. Es probable que estos SLC
mesoamericanos sean capaces de sobrevivir en estado
salvaje a pesar de los distintos grados de asociación con
hábitats creados por el hombre. Por último, deducimos
que durante la transición de SLC a SLL en México se
produjo un evento de redomesticación a partir de
ancestros que, en promedio, eran fenotípicamente más
silvestres que los SLC sudamericanos. Tal evento de
redomesticación no fue necesariamente de novo, ya que
parece haber implicado la reselección o reutilización de
alelos ancestrales de domesticación que se redujeron en
frecuencia pero persistieron en SLC durante su expansión
hacia el norte. Así pues, la historia de la domesticación
del tomate abarca una etapa intermedia compleja y
multifacética, en la que diversas poblaciones ancestrales
de SLC experimentaron destinos genotípicos y fenotípicos
contrastados.
Señales genómicas de selección durante la historia de la
domesticación del tomate.
Se realizaron varios análisis para identificar las regiones
genómicas sometidas a una fuerte selección positiva
durante cada una de las principales etapas de la historia
de la domesticación del tomate. Las posibles regiones de
barrido selectivo se identificaron en función de la
reducción en todo el genoma de la diversidad media de
nucleótidos (ratio p), la diferenciación genética (FS ) y la
desviación de la SFS de la neutralidad, calculada mediante
SweeD (Pavlidis et al. 2013) entre poblaciones
ancestrales y descendientes. Las regiones significativas se
definieron como aquellas dentro de los valores del 2%
superior para al menos dos estadísticos. Nuestros análisis
altamente conservadores fueron diseñados para disminuir
la posibilidad de falsos positivos, y se utilizaron para
revelar señales de barridos selectivos durante 1) el origen
de SLC, comparando SP con SLC ECU, 2) la propagación
hacia el norte de SLC, comparando el SLC sudamericano
(SLC ECU-PER-San Martín) con las extensiones hacia el
norte de SLC (SLC MEX- CA-NSA y SLC MEX), y 3) el origen
de SLL, comparando SLC MEX con SLL.
El origen de SLC parece haber implicado un número
mucho mayor de barridos putativos (133) en comparación
con cualquier otro grupo (SLC MEX-CA-NSA: 54, SLC
MEX: 91, y SLL: 55. Esto sugiere que el origen del SLC
implicó la selección sobre más rasgos o rasgos con más
genes subyacentes que cualquier otro evento principal en
la historia evolutiva del tomate domesticado. El
enriquecimiento de términos de la ontología génica (GO)
entre los genes que aparecen en las regiones de barrido
no reveló tendencias claras en las transiciones
examinadas. La transición original de SP a SLC incluye
varios términos relacionados con el transporte intracelular
y la reparación del ADN, pero el significado biológico de
la selección en estos genes no es obvio. Algunos términos
GO posiblemente relacionados con la maduración del
fruto estaban sobrerrepresentados en barridos
específicos de la expansión hacia el norte de SLC, como
"proceso metabólico de carbohidratos" y "proceso
catabólico de macromoléculas de la pared celular". Al
menos una de las extensiones hacia el norte (el origen del
SLC MEX) tiene múltiples términos GO relacionados con
la defensa de las plantas ("proceso catabólico de la
quitina", "regulación de la vía de señalización mediada
por ácido salicílico" y "regulación de la respuesta de
defensa"), lo que quizá indica la necesidad de adaptarse
a nuevas presiones bióticas. La diversidad de términos
sobrerrepresentados en la transición de SLC a SLL sugiere
que ningún proceso biológico dominó el paisaje de
selección durante el origen de los tomates cultivados
modernos. A continuación, examinamos si algún loci
asociado con nuestros rasgos frutales examinados se
solapaba con las regiones de barrido. Aunque el locus
exacto al que se dirige la selección no puede
determinarse únicamente a partir de los datos de
barridos, el solapamiento entre los resultados de los
GWAS y los de los barridos sugiere qué rasgos pueden
haber sido moldeados por la selección positiva durante la
evolución del tomate, y en algunos casos puede
vincularse a genes candidatos conocidos. Con nuestros
estrictos criterios de filtrado de barridos, encontramos
barridos asociados con picos GWAS sólo para peso seco,
número de lóculos, sólidos solubles y ácido cítrico. La
selección positiva parece haber impulsado el aumento del
peso seco y del número de lóculos observado en el origen
del SLC, y puede haberse dirigido al bien estudiado gen
candidate WUSCHEL. Por el contrario, los sólidos solubles
son el rasgo más asociado con la selección durante el
evento de redomesticación que condujo al SLL.
Curiosamente, los loci asociados tanto con el tamaño del
fruto (número de lóculos) como con el sabor (ácido cítrico)
se solapan con barridos en ambos eventos de expansión
hacia el norte del SLC, lo que sugiere que algunos
cambios fenotípicos observados en esta expansión
pueden haber sido impulsados por la selección más que
por la deriva. Notablemente, de los rasgos examinados
con patrones en forma de N, ninguno dio señales de
selección tanto durante la domesticación inicial del SLC
como durante la redomesticación del SLL, sugiriendo que
no toda la convergencia fenotípica entre estos eventos
fue necesariamente impulsada por la selección, o que la
selección para un rasgo frutal dado no fue igualmente
fuerte para ambos eventos. Sin embargo, si se adoptan
estándares más laxos para detectar barridos, como un
corte del 5%, genes bien conocidos que afectan a
aspectos del desarrollo del fruto (por ejemplo, WUSCHEL)
o a la estructura de la inflorescencia (por ejemplo,
MADS1), aparecen cerca de los barridos tanto en los
orígenes del SLC como en la redomesticación del SLL.
También exploramos si nuestros barridos podían
proporcionar pistas sobre la diversidad de fenotipos
distintos de los relacionados con el tamaño del fruto en
cada etapa de la historia del tomate. Aunque los datos de
barrido no permiten determinar el gen exacto al que se
dirige la selección en cada región, centramos nuestro
examen en genes con funciones supuestamente
conocidas. Así, en el origen de SLC a partir de SP,
encontramos genes en regiones de barrido implicados en
la tolerancia al frío (MPK2; Lv et al. 2017), el desarrollo
floral (SlDEF; De Martino et al. 2006), el desarrollo del
fruto (ETR2, SlOFP21, SlSUN14 y TBG3; Klee y Tieman
2002; Huang et al. 2013; Eda et al. 2016), la tolerancia
a la sequía (SlAGO4A y WAT1; Huang et al. 2016; Lee et
al. 2018). Estos genes pueden tener funciones
potenciales en la adaptación de SLC ECU a un entorno
más boscoso que el típico de SP. El origen de SLC MEX-
CA-NSA, un grupo con una amplia distribución y notable
colonización de la costa occidental seca de México, está
asociado a un barrido que incluye un gen de tolerancia a
la sequía (CAT1; Li et al. 1998). Por el contrario, los genes
asociados con la resistencia a la disfacilidad o la defensa
son más evidentes en los barridos en el origen de SLC
MEX, por ejemplo SOLYC02G031790, NBS-IRR y
GAME12 (Itkin et al. 2013), en consonancia con la
sobrerrepresentación del término GO, y posiblemente
implicando la adaptación al crecimiento bajo diferentes
ambientes bióticos a medida que los tomates se movían
hacia el norte. Los genes notables bien estudiados
asociados con las regiones de barrido específicas de la
redomesticación de SLL a partir de ancestros silvestres
incluyen LIN7, una invertasa de pared celular que puede
ser importante para la fertilidad (Slugina et al. 2018). Por
último, observamos que si se relajan nuestros estrictos
criterios de filtrado de barridos, se puede considerar que
muchos más genes previamente caracterizados muestran
signos de selección durante la historia de dominación del
tomate. Por ejemplo, detectamos señales de selección
más débiles, es decir, basadas en estadísticas de barrido
único, para regiones que contienen numerosos genes
bien estudiados implicados en el metabolismo de la
resistencia a enfermedades secundarias, los relojes
circadianos, la fotosíntesis y el desarrollo y morfología del
fruto.
Discusiones.
Hemos reconstruido una posible historia de
domesticación de los grupos de tomates, centrándonos
especialmente en la poco explorada etapa intermedia
representada por el SLC. Hemos descubierto que el SLC
se originó en Ecuador probablemente como una especie
silvestre a lo largo de 78 ka (78 mil años antes del
presente), probablemente como un evento de vicarianza
(separación debido a cambios en la geografía o el
ambiente) que separó a las poblaciones SP más costeras
del SLC emergente del interior. Curiosamente, a pesar de
la edad de este origen SLC y la evidencia de flujo de
genes de SP en SLC PER, los SLC sudamericanos
generalmente muestran rasgos de fruta consistentes con
el síndrome de domesticación del tomate (definido como
rasgos que vemos en SLL), incluyendo tendencias hacia
frutos de mayor tamaño que SP, pericarpos más gruesos,
más lóculos, menor ácido cítrico, menores sólidos
solubles, y menor beta-caroteno. Aunque es posible que
la selección natural haya dado forma a los rasgos frutales
presentes en las SLC sudamericanas, especulamos que es
improbable que la selección natural se superponga con
las preferencias humanas hasta tal punto.
Desafortunadamente, se sabe muy poco de los animales
dispersores de los SLC en Sudamérica para determinar si
estos rasgos frutales podrían haber sido impulsados por
la selección mediada por animales. El examen de los datos
de los pasaportes sugiere que la mayoría de las
accesiones de SLC sudamericanas han sido recolectadas
en áreas de influencia humana, incluso cuando la
evidencia directa de cultivo intencionado sólo es evidente
a veces, con algunas SLC recolectadas vendidas en
mercados, pero la mayoría procedentes de entornos como
patios traseros y bordes de campos. Los grupos
intermedios con evidencias de uso humano no son poco
comunes en cultivos, y también se han reportado para
chiles, Capsicum annuum L. (Aguilar-Mel'endez et al.
2009). Dado esto, proponemos que el uso humano
consistente del SLC puede haber moldeado la evolución
de la fruta en el SLC sudamericano, pero sólo después de
que el SLC divergiera naturalmente del SP. Esta selección
humana puede haber llevado a las SLC sudamericanas al
punto en que las plantas domesticadas han superado en
número a las SLC puramente silvestres. En apoyo de
nuestra hipótesis, cuando dividimos el grupo SLC ECU en
dos grupos según nuestro árbol filogenético (fig. 1a), un
clado presenta un tamaño medio de fruto más pequeño y
se asemeja más al fenotipo típico de SP. Sin embargo,
este clado también presenta una estructura de población
más compartida con SP, lo que dificulta separar los
efectos de un posible flujo genético en los fenotipos. No
obstante, observamos que nuestros análisis no
detectaron un flujo genético significativo entre los grupos
SP más distantes y SLC ECU, lo que sugiere que la
similitud se debe probablemente a polimorfismos
ancestrales compartidos. Aunque las accesiones de SLC
que presentan rasgos consistentes con la domesticación
son persistentes en Sudamérica, notablemente, estos
rasgos se redujeron una vez que el SLC se extendió hacia
el norte. Las poblaciones de SLC del norte de Sudamérica,
Centroamérica y México tienen, en promedio, frutos más
pequeños, con menos lóculos, pericarpos más delgados y
niveles más altos de betacaroteno y ácido cítrico que los
SLC sudamericanos. Dado que los orígenes de estos
grupos se remontan a unos 10-13 ka, es posible que la
propagación hacia el norte fuera llevada a cabo por los
humanos, ya fuera de forma intencionada o no, como
acompañante de las malas hierbas. Podría ser que los
rasgos de domesticación se redujeran porque estas
poblaciones de SLC se volvieron más asilvestradas, es
decir, menos asociadas a los humanos o seleccionadas
por ellos, a medida que se extendían hacia el norte. Sin
embargo, a pesar de la reducción de los rasgos de
domesticación, los SLC en el norte de Sudamérica y
Mesoamérica siguen estando asociados en gran medida
con entornos creados por el hombre, aunque no siempre
bajo cultivo intencionado, por ejemplo, dentro de los
campos de maíz en México (Chacón y Gliessman 1982;
Casas et al. 2016). Alternativamente, mientras se
extendían hacia el norte, los tomates se habrían
encontrado con condiciones bióticas y abióticas asociadas
a latitudes más altas, como cambios de temperatura,
disponibilidad de agua o patógenos. Por tanto, la
selección de genes que respondieran a estas nuevas
condiciones podría haber impuesto costes u optado por
la preferencia humana, reduciendo algunos rasgos de
domesticación. Al menos algunos de los rasgos frutales
que estudiamos, como el ácido cítrico y el número de
lóculos, están asociados a barridos selectivos en los
grupos SLC septentrionales, lo que sugiere que los rasgos
fueron moldeados por la selección positiva impuesta por
las nuevas condiciones ambientales más que por la
selección relajada y la deriva. Asimismo, la aparición de
algunos genes asociados con la resistencia a
enfermedades y la tolerancia al estrés abiótico en los
barridos de estos grupos apoya un papel de la selección
durante las expansiones hacia el norte. En conjunto,
nuestro árbol de poblaciones, la identidad de los grupos
de SLC que se han extendido hacia el norte, nuestras
estimaciones de fechas de divergencia para las
migraciones septentrionales y para el origen de SLL, los
niveles estimados de diversidad genética y el análisis
ADAF, son coherentes con SLC MEX como probable
ancestro directo de SLL. Así, el origen del tomate
cultivado común, SLL, alrededor de 7 ka, probablemente
implicó la reselección de rasgos de domesticación a partir
de SLC, fenotípicamente más silvestre. Nuestra
interpretación de la historia de la domesticación del
tomate podría verse alterada si los fenotipos
poblacionales actuales de los grupos SLC difieren en gran
medida de las poblaciones ancestrales en el momento de
la divergencia. A pesar de la ausencia (por lo que
sabemos) de datos arqueológicos sobre los fenotipos del
tomate en el pasado, nuestro escenario de
redomesticación se ve reforzado por la presencia de dos
poblaciones mesoamericanas de SLC separadas con
distribuciones fenotípicas similares para muchos de los
rasgos de domesticación. Esto sugiere que el proceso de
propagación hacia el norte, que debió preceder a los
orígenes del SLL, conllevó obligatoriamente cambios
fenotípicos cada vez que se producía. Como alternativa,
hemos considerado escenarios en los que el SLL
evolucionó directamente, como un evento de mejora, a
partir del SLC sudamericano (SLC PER o SLC San Martín)
con el SLC MEX como un derivado asilvestrado del SLL o
del SLC sudamericano. Sin embargo, los orígenes
independientes de SLC MEX y SLL a partir de SLC
sudamericano no son compatibles con nuestros árboles
de población mejor soportados (fig. 2a y b), y SLC MEX
como derivado asilvestrado de SLL no es consistente con
los mayores niveles de diversidad genética en SLC MEX
(tabla 1), los resultados de ADAF (fig. 2d), o el mayor
rango geográfico de SLC MEX en Latinoamérica (fig. 1b).
Curiosamente, a pesar del amplio rango geográfico de los
grupos mesoamericanos de SLC, que se extiende hasta el
norte de Sudamérica, el SLL cultivado parece haber
surgido sólo en México. Este evento parece haber
ocurrido en el este de México, en un área
geográficamente distinta de la presencia del SLC MEXCA-
NSA en México.
Nuestro escenario de un origen del SLL a partir de
ancestros del SLC MEX es consistente con los argumentos
presentados por Jenkins (1948) de que la asociación del
SLC con ambientes humanos, así como la abundancia de
nombres nativos para formas pequeñas de SLC "tipo
maleza" en México, en contraste con la escasez de
nombres para el tomate cultivado común más grande (es
decir, SLL), apoyan un establecimiento más antiguo de
estas "formas de maleza" en Mesoamérica, a partir de las
cuales el tomate cultivado fue domesticado
posteriormente. Esta reselección de rasgos de
domesticación puede ser considerada esencialmente
como un evento de redomesticación, que fue permitido
por la variación permanente que mantuvo alelos de
domesticación de baja frecuencia para algunos rasgos,
originalmente del SLC sudamericano, en el SLC
mesoamericano.

Conclusiones. Los resultados proporcionados en este

estudio pueden aplicarse en un contexto más amplio al
estudio de la dinámica de la domesticación y de la
evolución convergente, dada la presencia de rasgos
similares en SLC y SLL sudamericanos y las similitudes
entre los dos grupos de SLC que se extendieron hacia el
norte. Basándonos en múltiples líneas de evidencia
proporcionadas en este estudio, revelamos las
complejidades en las etapas intermedias de la historia de
la domesticación del tomate y abogamos por un muestreo
más amplio y un mayor cuidado en la definición de las
poblaciones consideradas intermedias en la historia de la
domesticación de cualquier cultivo. Recientemente, un
enfoque similar reveló complejidades en la domesticación
del maíz con la mejora en América del Sur después de
una domesticación parcial en México, así como la
diversificación independiente de algunos linajes
semidomesticados en razas autóctonas en México y más
allá (Grimaldo et al. 2018). Los múltiples cambios
evolutivos entre grupos revelados al explorar las etapas
intermedias de la domesticación del tomate también
tienen implicaciones directas para la mejora de los
cultivos. Por ejemplo, el mayor contenido de betacaroteno
en el SLC mexicano (fig. 4) lo convierte en un grupo
atractivo en el que explotar variantes genéticas para
mejorar los niveles de este antioxidante en los tomates
cultivados. Del mismo modo, la ganancia de nuevos alelos
para la glucosa en los grupos SLC del norte (fig. 4)
proporcionan una fuente única de variantes para un rasgo
correlacionado con la preferencia gustativa humana
(Tieman et al. 2017). Estos conocimientos pueden ayudar
a los mejoradores a identificar estos "alelos perdidos"
para introducirlos en las variedades modernas de tomate,
mejorando así los rasgos deseables desde el punto de
vista agrícola.