Grupo 4.4: L. Pino, V. Poveda, E. Prado, A. Quintero, E. Ramos, C.

Rangel

Variantes genéticas causales en el

nacimiento de mortinatos
Métodos
Diseño de estudio y participantes
La Red de Investigación en Colaboración sobre Mortinatos (SCRN) del Instituto Nacional de
Salud Infantil y Desarrollo Humano Eunice Kennedy Shriver llevó a cabo el estudio de marzo de
2006 a septiembre de 2008. Los estudios citogenéticos iniciales de esta cohorte se completaron
en 2012, y las muestras de tejido restantes se pusieron a disposición de la SCRN para la
secuenciación del exoma en 2017; el conjunto completo de datos se puso a disposición en mayo
de 2018.
El estudio incluyó fetos con una gestación de 20 semanas o más; en los casos en que los criterios
de datación eran cuestionables, esa ventana se amplió para incluir fetos con una gestación de 18
semanas 0 días a 19 semanas 6 días. En todos los exámenes de casos se incluyó una entrevista
materna normalizada y un resumen detallado de la carta médica. De las 953 participantes
potenciales; 663 se inscribieron y 639 consintieron en participar en el estudio genético. De estas
mujeres, 560 dieron su consentimiento para que los fetos se sometieran a un examen postmortem
parcial o completo.
Preparación del ADN y secuenciación
El ADN se extrajo con el uso de métodos establecidos (Puregene, Qiagen Systems). Los exomas
se capturaron y secuenciaron de acuerdo con protocolos estándar y se procesaron con el uso de
una tubería de bioinformática interna.
Evaluación del diagnóstico molecular
Priorizamos las variantes con características diseñadas para enriquecer para la patogenicidad en
los genes de la enfermedad mendeliana de la base de datos de la Herencia Mendeliana en el
Hombre (OMIM) en línea.
Identificamos dos conjuntos de diagnósticos moleculares en 221 genes que han sido descritos
previamente en el nacimiento de mortinatos y en genes que no han sido descritos previamente
pero que son fuertes candidatos para la expansión del fenotipo. Los diagnósticos moleculares
basados en el laboratorio no siempre coinciden exactamente con el fenotipo esperado y pueden
indicar una expansión fenotípica, en la que se amplía el espectro de fenotipos que se sabe que
están causados por variantes patógenas en un gen específico.
En este estudio, las expansiones del fenotipo se determinaron mediante búsquedas bibliográficas
basadas en casos concretos y se consideraron los genes asociados a trastornos infantiles y adultos
con un mecanismo de enfermedad letal plausible. Los diagnósticos moleculares se clasificaron
como "patógenos" o "probablemente patógenos" según los criterios de la ACMG o "sugeridos"
por un equipo clínico y genético multidisciplinario.
Análisis estadístico
Se realizó un análisis estándar de colapso basado en los genes, en el que se compararon las
variantes de un gen específico en los casos con las variantes del mismo gen en los controles.
También realizamos el mismo análisis de colapso para comparar las variantes en los casos con las
de los controles a través de los genes en categorías específicas de "intolerancia a la variación". Se
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sabe que los genes que albergan pocas variantes funcionales en personas sanas tienen más
probabilidades de causar enfermedades que los genes que llevan muchas variantes funcionales.
Se dice que un gen es "intolerante" si tiene relativamente menos variación genética funcional en
la población general de lo que se espera. Tratamos de evaluar la contribución de los genes
intolerantes a las variantes de pérdida de función mediante el examen de si los fetos nacidos
muertos tenían más probabilidades que las personas no afectadas de ser portadores de variantes
de pérdida de función en esos genes. Utilizamos las anotaciones del Estimador del Efecto de
Transcripción de la Pérdida de Función (LOFTEE), junto con las regiones de baja complejidad,
las variantes estructurales comunes y las duplicaciones segmentarias, para filtrar las variantes de
pérdida de función de "alta confianza" en los casos y controles.
Utilizamos un modelo de regresión logística para comprobar la asociación entre el estado de los
casos y controles y la presencia o ausencia de una variante de pérdida de función en cada grupo
de genes.

Resultados
Población de estudio
De las 560 mujeres que dieron su consentimiento para un examen fetal post mortem parcial o
completo, el ADN estuvo disponible para la secuenciación del exoma en 392 mortinatos. La
secuenciación proporciono datos en 337 casos y la calidad fue adecuada en 296 casos. Se excluyó
50 casos de los análisis posteriores debido a causa definida de muerte fetal como por ejemplo
gestación múltiple, infección, hipertensión materna, complicaciones médicas maternas o cariotipo
o microarreglo patológico previamente identificado.
En los 246 casos restantes, se incluye aquellos con probable enfermedad placentaria, anomalías
del cordón umbilical, complicaciones obstétricas o anomalías estructurales fetales porque las
bases genéticas de tales casos son inciertas.
Rendimiento diagnóstico

Identificaron diagnósticos moleculares en 9 de 246 casos de mortinatos a través de siete genes

que se han descrito previamente en mortinatos, también 6 casos con diagnósticos moleculares en
seis genes de la enfermedad que son fuertes candidatos para la expansión del fenotipo. Informaron
un rendimiento diagnóstico acumulativo de 6,1%, con 15 de 246 casos de mortinatos que
recibieron un diagnóstico molecular en un gen de enfermedad conocido. Otros 6 casos tenían un
genotipo "sugestivo" en un gen de mortinato conocido o en un gen candidato para la expansión
del fenotipo. Con la inclusión de variantes sugestivas en el rendimiento diagnóstico, 21 de 246 de
los casos recibieron un diagnóstico molecular probable. De los 15 casos con un diagnóstico
molecular seguro, 6 (40,0%) tenían un trastorno del desarrollo multisistémico y 5 (33,3%) tenían
un trastorno cardíaco aislado. Los 13 casos con una anomalía estructural tenían más
probabilidades de recibir un diagnóstico molecular que los casos sin una anomalía estructural. Sin
embargo, no encontraron diferencias significativas en la frecuencia de diagnóstico entre los casos
con una causa probable de muerte por INCODE y los casos con una causa inexplicable.

Hallazgos de diagnóstico a nivel de caso

Se produjo un diagnóstico molecular recurrente en PTPN11, que está asociado con el síndrome
de Noonan. Una de las variantes de sentido erróneo identificadas en PTPN11, que predijo la
sustitución de ala-nueve por treonina en la posición 72, es un punto caliente para la leucemia
mielomonocítica juvenil aislada.
Las variantes de la línea germinal que causan el síndrome de Noonan no ocurren como variantes
somáticas causales en la LMMJ. Variantes somáticas en PTPN11 que causan la LMMJ puede
tener una actividad de ganancia de función más fuerte que las asociadas con el síndrome de
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Noonan y se ha especulado que provocan la muerte embrionaria si las variantes son de línea
germinal.
Encontraron algunos casos con variantes de pérdida de función en genes en los que se sabe que
los alelos sin sentido causan enfermedad posnatal en los bebés. Identificaron una variante de
cambio de marco ultra rara en SMC3, un gen en el que se ha informado que las variantes sin
sentido causan una forma leve del síndrome de Cornelia de Lange. variante novedosa de cambio
de fotograma en FBN2, en el que se sabe que las variantes sin sentido causan aracnodactilia
contractural congénita. Dada la fuerte selección contra las variantes de pérdida de función en
estos genes y la falta de variación de pérdida de función en la población con enfermedad posnatal,
sospechamos que las variantes de pérdida de función en estos genes causaron la muerte fetal.

Análisis de casos y controles basados en la población

Se necesitarán tamaños de muestra más grandes para determinar asociaciones significativas entre
la variación en los genes individuales y la muerte en el útero debido a la heterogeneidad genética
del fenotipo de mortinato.
Se sabe que la mayoría de las variantes patogénicas con pérdida de función en 241 muestras de
casos y las variantes genéticas sin sentido causan el síndrome de Noonan.
Al tener en cuenta la frecuencia de portadores de control, estimamos que las variantes de pérdida
de función en genes intolerantes contribuyeron al riesgo de muerte fetal en aproximadamente el
7,2% de los casos. No encontraron diferencias significativas en la carga de las variantes de pérdida
de función entre los casos con una causa probable de muerte por INCODE y aquellos con una
causa inexplicable en este grupo de Genes.
Luego dividieron la señal de riesgo de pérdida de función sobre la base de una asociación con la
enfermedad de OMIM. Encontraron que el enriquecimiento de variantes de pérdida de función en
genes intolerantes en la cohorte de mortinatos se concentró en genes sin una asociación de
enfermedad OMIM existente.
Este enriquecimiento de variantes de pérdida de función en genes que actualmente no están
asociados con ninguna enfermedad conocida (genes no OMIM) es similar al enriquecimiento en
genes que ya se sabe que causan una enfermedad humana.
En consecuencia, estimamos que el 5,5% de los casos de mortinatos se explican potencialmente
por variantes de pérdida de función en estos nuevos genes candidatos para enfermedades. El
porcentaje correspondiente de genes portadores de una mutación con pérdida de función en los
controles fue del 25,5%.

Discusión
Análisis previos demuestran que el 8.5% de los mortinatos no presentaron alteraciones ni
cromosómicas ni maternas, y un 18% fue producto de causas genéticas conocidas. Muchos de
estos estudios tuvieron rendimiento limitado por la falta de información fenotípica parenteral. Se
descarta la idea de pérdida de la función de genes por el hecho de que estos genes producen
enfermedades en niños nacidos vivos.
Estudios de secuenciación previos han informado la presencia de un enriquecimiento de genes
con pérdida de la función en mortinatos, pero se desconoce las patologías causadas por dichos
genes en humanos.
Estudios revelaron que la mitad de los genes asociados a muertes fetales son necesarios para la
sobrevida del ratón intraútero, lo que respalda la importancia de estos genes en la sobrevida del
feto humano.
Los estudios lanzan que un número de las muertes es producto de genes patógenos que afectan a
bebés y adultos, y otro número similar de casos asociados a pérdida de función de genes
importantes en la supervivencia intrauterina, sin embargo, no se sabe su asociación con la muerte
fetal o enfermedad posnatal.
La secuenciación del exoma en la muerte fetal puede detectar la presencia de diversos genes que
son incompatibles con la supervivencia en el útero y una mejor compresión en la identificación
de estos genes nos llevaría a reducir las muertes fetales.