Dra.

Laura Morales Lara

Otoño 2023

2º Cuestionario Bioquímica 1 FAR

1. Definición de proteína

Una proteína es una molécula compleja que se encuentra en todas las células vivas. Está
compuesta por una o más cadenas largas de aminoácidos, cuya secuencia corresponde a la
secuencia de ADN del gen que la codifica. Las proteínas son vitales para la mayoría de los
trabajos que realizan las células y son necesarias para mantener la estructura, función y
regulación de los tejidos y órganos del cuerpo. Las proteínas se pueden describir según su
amplia gama de funciones en el cuerpo, como las enzimas proteicas, algunas se utilizan
para el almacenamiento de energía, otras para transportar y algunas con fines
estructurales.

2. Tamaño de un oligopéptido, ejemplos de péptidos con función biológica.

Una proteína es una molécula compleja que se encuentra en todas las células vivas. Está
compuesta por una o más cadenas largas de aminoácidos, cuya secuencia corresponde a la
secuencia de ADN del gen que la codifica. Las proteínas son vitales para la mayoría de los
trabajos que realizan las células y son necesarias para mantener la estructura, función y
regulación de los tejidos y órganos del cuerpo. Las proteínas se pueden describir según su
amplia gama de funciones en el cuerpo, como las enzimas proteicas, algunas se utilizan
para el almacenamiento de energía, otras para transportar y algunas con fines
estructurales.

• Amanitinas: péptidos cíclicos tomados de carpóforos de varias especies diferentes

de hongos. Son potentes inhibidores de las ARN polimerasas en la mayoría de las
especies eucarióticas, impiden la producción de ARNm y la síntesis de proteínas.
Estos péptidos son importantes en el estudio de la transcripción.

• Antipain: un oligopéptido producido por varias bacterias que actúa como un

inhibidor de la proteasa.

• Ceruletida: un decapéptido específico que se encuentra en la piel de Hyla caerulea,

la rana arbórea verde australiana. La ceruletida tiene mucho en común con
respecto a la acción y la composición de la colecistoquinina. Estimula la secreción
gástrica, biliar y pancreática; y cierto músculo liso. Se utiliza para inducir
pancreatitis en modelos animales experimentales.

3. Para qué se utiliza la centrifugación diferencial?

Se utiliza para diferenciar orgánulos y otras partículas subcelulares por sus velocidades de
sedimentación. En una situación típica en la que se utiliza la centrifugación diferencial para
estudiar procesos biológicos celulares (por ejemplo, distribución de orgánulos), primero se
desliza una muestra de tejido para cortar las membranas celulares y dejar salir los
orgánulos y el citosol. A continuación, el lisado se somete a repetidas centrifugaciones. Las
partículas que son capaces de disolverse con una determinada fuerza centrífuga durante
un período de tiempo determinado.

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4. ¿para qué es útil la centrifugación al equilibrio?

La centrifugación de equilibrio en gradiente es una técnica utilizada para separar

partículas subcelulares por su densidad.

5. ¿Para qué se emplea el método de diálisis y por qué es importante considerar realizarla?

La diálisis es una técnica común de laboratorio en bioquímica que se utiliza para separar
moléculas en una solución por la diferencia en sus índices de difusión o presión osmótica a
través de una membrana semipermeable.. La diálisis es importante porque permite la
separación de moléculas grandes, como proteínas, ADN o polisacáridos, de moléculas más
pequeñas, como agua, sales y otras moléculas pequeñas. Esta técnica se utiliza
comúnmente para purificar proteínas y eliminar la sal de una solución de proteína.

6. Para llevar a cabo un proceso de purificación, menciona que características de la proteína

se toman en cuenta para realizar un proceso de purificación.

7. ¿Cómo se puede eluir una proteína de interés de una cromatografía de afinidad?

La elución de una proteína de interés de una cromatografía de afinidad se logra mediante

la adición de un ligando competitivo o mediante un cambio en las condiciones del tampón,
como el pH, la fuerza iónica o la polaridad. El ligando competitivo se une al sitio de unión
de la proteína en la matriz cromatográfica, desplazando así la proteína de interés y
liberándola en el medio circundante. La elución no específica se logra mediante un
cambio en las condiciones del tampón que altera la interacción entre la proteína y la
matriz cromatográfica.

8. Fundamento del Enfoque Isoeléctrico

Esta técnica se basa en el desplazamiento de las moléculas en un gradiente de pH, donde

las moléculas anfotéricas, como los aminoácidos, se separan en un medio en el que existe
una diferencia de potencial y un gradiente de pH.

9. Fundamento del Electroforésis Bidimensional.

La electroforesis bidimensional es una técnica de separación de moléculas biológicas que

combina el enfoque isoeléctrico y la electroforesis en gel de poliacrilamida con SDS. Esta
técnica permite separar proteínas de masa molecular idéntica que difieren en su pI o
proteínas con valores de pI similares pero con diferentes masas moleculares.

10. Menciona 3 factores que es necesario conocer si es que la proteína a purificar es una
enzima.

Para purificar una enzima, es necesario conocer los siguientes factores:

Actividad enzimática: La actividad enzimática se define como la cantidad de enzima que

produce la transformación de un micromol de sustrato por minuto a 25°C.

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Especificidad: La especificidad se refiere a la capacidad de la enzima para catalizar una

reacción específica. La especificidad de una enzima se puede medir mediante la actividad
específica, que es el número de unidades enzimáticas por miligramo de proteína.

Estabilidad: La estabilidad se refiere a la capacidad de la enzima para mantener su

actividad catalítica bajo diferentes condiciones, como cambios de pH, temperatura y
concentración de iones.

11. Mencionar 2 criterios por medio de los cuales se puede determinar que una proteína
(enzima) tiene un alto grado de pureza.

Actividad específica: La actividad específica es el número de unidades enzimáticas por

miligramo de proteína. La actividad específica constituye una medida de la pureza
enzimática.

Relación A280/A260: La relación A280/A260 se utiliza para medir la pureza de las

proteínas y se basa en la absorción de luz a 280 nm y 260 nm. Una relación A280/A260
mayor a 1,8 indica que la muestra está libre de contaminantes como ácidos nucleicos.

12. Enumera en un orden correcto los pasos necesarios para determinar la secuencia
aminoacídica de una proteína.

1. Hidrólisis: La proteína se hidroliza en sus aminoácidos constituyentes mediante el

uso de ácido clorhídrico o enzimas específicas.

2. Separación: Los aminoácidos se separan mediante cromatografía en papel,

cromatografía líquida o cromatografía de intercambio iónico.

3. Identificación: Cada aminoácido se identifica mediante la realización de pruebas

específicas, como la prueba de ninhidrina.

4. Ordenamiento: Los aminoácidos se ordenan en función de su posición en la

cadena polipeptídica mediante el uso de técnicas como la secuenciación de
Edman.

13. Haz un breve resumen de la clasificación de las proteínas por su Composición, Solubilidad,
Forma y Función.

Las proteínas son moléculas esenciales en la química de la vida. Se pueden clasificar de

diversas maneras, aquí te presento algunas:

Composición: Las proteínas se pueden clasificar según su composición química. Por

ejemplo, las proteínas simples están formadas solo por aminoácidos, mientras que las
proteínas conjugadas contienen un grupo prostético no peptídico.

Solubilidad: Las proteínas también se pueden clasificar según su solubilidad en agua. Las
proteínas globulares son solubles en agua y tienen una forma esférica y compacta,
mientras que las proteínas fibrosas son insolubles en agua y tienen una forma alargada.
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Forma: Las proteínas también se pueden clasificar según su forma. Las proteínas fibrosas
tienen una forma alargada, mientras que las proteínas globulares tienen una forma
esférica y compacta.

Función: Las proteínas también se pueden clasificar según su función biológica. Por
ejemplo, las enzimas son proteínas que catalizan reacciones químicas específicas, mientras
que las hormonas son proteínas que regulan procesos fisiológicos.

14. Definición de grupo prostético y ejemplos.

Un grupo prostético es un fragmento no aminoacídico que forma parte de una proteína y

se encuentra firmemente unido a ella. Las proteínas que contienen grupos prostéticos se
denominan heteroproteínas o proteínas conjugadas, mientras que las proteínas que no los
contienen se llaman holoproteínas.

Grupo hemo: Es una molécula de naturaleza porfirínica que posee en su estructura

átomos de hierro capaces de unirse de manera reversible al oxígeno o de ceder y tomar
electrones. Es el grupo prostético de la hemoglobina, proteína encargada del transporte
de oxígeno y dióxido de carbono.

Biotina: Es una vitamina hidrofílica del complejo B que participa en el metabolismo de

distintas biomoléculas, entre estas la gluconeogénesis, catabolismo de aminoácidos y
síntesis de lípidos. Actúa como grupo prostético de diversas enzimas, como la acetil–CoA
carboxilasa (de las formas encontradas en la mitocondria y en el citosol), piruvato
carboxilasa, propionil–CoA carboxilasa y la b–metilcrotonil–CoA carboxilasa.

15. Enumera las características del enlace peptídico

El enlace peptídico es una unión covalente que se forma entre el grupo carboxilo de un
aminoácido y el grupo amino del siguiente. Algunas de las características del enlace
peptídico son las siguientes.

• El enlace peptídico es más corto que un enlace sencillo normal.

• Tiene 60% de enlace doble y se estabiliza por medio de resonancia.

• No se encuentran giros libres en este tipo de enlace.

• Es un enlace covalente entre el grupo amino de un aminoácido y el grupo carboxilo

de otro aminoácido.

• El enlace C-N que se encuentra uniendo a dos aminoácidos es más corto que otros
enlaces C-N.

• Los cuatro átomos del enlace se hallan en un mismo plano, con el oxígeno y el
nitrógeno en posición trans.

• Los seis átomos implicados en la formación del enlace peptídico están contenidos
en el mismo plano.
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• El enlace peptídico posee mayor polaridad y tiene un momento dipolar.

• Cada enlace peptídico puede llegar a participar en dos puentes de hidrógeno.

16. Indica entre que átomos se encuentran descritos los ángulos de enlace  y .

Los ángulos de enlace  y  .se refieren a los ángulos de torsión que se encuentran entre
los átomos de carbono α y los átomos adyacentes en la cadena polipeptídica. El ángulo j se
refiere al ángulo de torsión alrededor del enlace Cα-N, mientras que el ángulo y se refiere
al ángulo de torsión alrededor del enlace Cα-C.

17. Nombre del Gráfico en el que se relaciona el valor de los ángulos de enlace  y  y cuál es
su utilidad.

18. Describe las características de las Estructuras Primaria, Secundaria ,Terciaria y Cuaternaria.

Las proteínas son moléculas complejas que tienen una estructura tridimensional única. La
estructura de una proteína se puede dividir en cuatro niveles: primario, secundario,
terciario y cuaternario.

• La estructura primaria es la secuencia lineal de aminoácidos que componen la

proteína.

• La estructura secundaria se refiere a la disposición tridimensional de los

aminoácidos adyacentes. Las estructuras secundarias comunes incluyen hélices
alfa y láminas beta.

• La estructura terciaria se refiere a la disposición tridimensional completa de la

proteína. Esta estructura es el resultado de las interacciones entre los aminoácidos
que componen la proteína.

• La estructura cuaternaria se refiere a la disposición tridimensional de las

subunidades individuales que componen una proteína compleja.

Es importante tener en cuenta que estos niveles no son independientes entre sí, sino que
están interconectados y se influyen mutuamente.

19. Menciona las características de la alfa-hélice y qué tipo de interacciones optimizan esta
estructura.

La hélice alfa es una estructura secundaria de las proteínas que se caracteriza por la forma
espiralada en la que se encuentran dispuestos los aminoácidos, que parecen ordenarse
alrededor de un eje longitudinal imaginario con los grupos R hacia el exterior de este.

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20. Menciona factores que estabilizan la alfa-hélice, los aminoácidos que la inestabilizan y los
que la rompen.

La estabilización de la hélice alfa se debe a los puentes de hidrógeno que se forman entre
el grupo amino (-NH) y el grupo carbonilo (-C=O) de los residuos aminoacídicos
adyacentes. Estos puentes de hidrógeno son paralelos al eje longitudinal imaginario de la
hélice y optimizan su estabilidad. Además, las interacciones hidrofóbicas entre los grupos
R no polares también contribuyen a la estabilización de la hélice alfa.

21. Menciona características de la estructura hoja beta-plegada y los aminoácidos que

comúnmente la conforman.

La hoja beta-plegada es otra estructura secundaria de las proteínas que se caracteriza por
la disposición plana de las cadenas polipeptídicas. La hoja beta-plegada es una estructura
rígida y plana que se encuentra en muchas proteínas, como la seda y la fibronectina. Los
aminoácidos que comúnmente conforman la hoja beta-plegada son aquellos que tienen
cadenas laterales pequeñas, como Gly, Ala y Ser. Además, los aminoácidos con cadenas
laterales grandes, como Phe y Tyr, también pueden formar parte de la hoja beta-plegada.

22. ¿En qué tipo de proteínas son predominantes los giros  y cuál es su función ó papel?

Los giros beta son secuencias cortas de la cadena polipeptídica que conectan dos
estructuras secundarias diferentes, como una hélice alfa y una hoja beta-plegada. Estos
giros son importantes para la estabilización de la estructura terciaria de las proteínas, ya
que permiten cambios bruscos de dirección en la cadena polipeptídica y se encuentran en
la superficie de las proteínas.

23. ¿Qué efecto ejerce la prolina cuando está presente en una cadena polipeptídica?

La prolina es conocida por su capacidad para formar giros y plegamientos estructurales en

las proteínas, lo que ayuda a estabilizar la estructura tridimensional de la proteína. La
estructura rígida y cerrada de la prolina hace que sea difícil una interacción fuerte con
otros aminoácidos, lo que puede ser beneficioso para mantener la estabilidad estructural
de la proteína.

24. Haz una tabla en donde escribas las características de Estructura Secundaria y Propiedades
de las proteínas fibrosas Queratina, Fibroina de seda y Colágeno

Proteína Estructura Secundaria Propiedades

Queratina α-hélice, enlaces cruzados Dureza y flexibilidad

por puentes S-S

Fibroina de seda Conformación β, filamentos Alta fuerza de tensión

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suaves, flexibles

Colágeno Triple hélice, cadenas de No se estira, matriz ósea

polipéptidos con enlaces X-
ados por direcciones
diferentes, alta fuerza de
tensión

25. Tipo de enlaces covalentes que brindan mayor fuerza en proteínas alfa-queratina.

La alfa-queratina presenta en sus cadenas de aminoácidos residuos (monómeros) de

cisteína, los cuales constituyen puentes disulfuro, lo que se denomina grupo cistina.

Los puentes disulfuro proporcionan la rigidez y resistencia a la queratina alfa. Por lo tanto,
los enlaces covalentes que brindan mayor fuerza en proteínas alfa-queratina son los
enlaces disulfuro.

26. Estructura secundaria particular que se presenta en el colágeno, y aminoácidos

particulares que la conforman.

La estructura secundaria del colágeno es una triple hélice. Cada cadena de polipéptidos
que forma el colágeno está compuesta por una secuencia repetitiva de aminoácidos, en la
que aproximadamente un tercio de los residuos son glicina, un cuarto son prolina o
hidroxiprolina, y el resto son otros aminoácidos. La glicina es importante para mantener la
estructura helicoidal del colágeno, mientras que la prolina y la hidroxiprolina son
necesarias para formar los enlaces X-ados que estabilizan la triple hélice.

27. ¿Qué puede suceder si se incrementa el número de entrecruzamientos en la proteína del

colágeno?

A medida que aumenta el número de entrecruzamientos, la solubilidad del colágeno

disminuye, lo que puede afectar su capacidad para realizar sus funciones biológicas.
Además, el aumento de los entrecruzamientos puede afectar la capacidad del colágeno
para interactuar con otras proteínas y moléculas en el cuerpo. Sin embargo, es importante
tener en cuenta que el colágeno es una molécula compleja y que los efectos del aumento
de los entrecruzamientos pueden variar según el tipo de colágeno y el tejido en el que se
encuentra.

28. ¿Qué estructura compacta más a una cadena polipeptídica la estructura alfa-hélice o la
hoja -plegada?

hoja -plegada

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29. Elabora una Tabla en donde enumeres los factores que afectan a una proteína y como la
afectan.

Factor Cómo afecta a la proteína

Concentraciones de
macromoléculas y
compuestos de baja masa Pueden causar cambios y/o agregación
molecular conformacionales en las proteínas12.
Puede afectar la carga de los residuos de
aminoácidos en la proteína, lo que puede alterar
pH su estructura y función1.
Puede afectar las interacciones electrostáticas
entre los residuos de aminoácidos en la proteína,
Fuerza iónica lo que puede alterar su estructura y función1.
Puede afectar las interacciones no covalentes
entre los residuos de aminoácidos en la proteína,
Temperatura lo que puede alterar su estructura y función31.

30. Explica el significado de proteína nativa

La proteína nativa es una proteína que se encuentra en su conformación funcional

plegada, que es la más estable. Cuando una proteína no ha sufrido ningún cambio en su
interacción con el disolvente, se dice que presenta una estructura nativa.

31. Elabora una Tabla en donde enumeres los factores que afectan la solubilidad de las
proteínas y como estos factores las afectan.

Factor Cómo afecta a la solubilidad de las proteínas

El pH puede afectar la carga de los residuos de aminoácidos en
pH la proteína, lo que puede alterar su estructura y solubilidad1.
Las temperaturas más altas pueden aumentar la solubilidad de
Temperatur las proteínas, pero el calor excesivo puede provocar su
a desnaturalizació.
La concentración de iones en la solución puede afectar las
Fuerza interacciones electrostáticas entre los residuos de aminoácidos
iónica en la proteína, lo que puede alterar su estructura y solubilidad.
Concentraci Las concentraciones más altas de proteínas pueden provocar
ón de una disminución en la solubilidad debido a la agregación y/o
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proteínas cambios conformacionales.