Tema 3

Enzimas.
Catálisis y cinética enzimática

1
1. CATALIZADORES BIOLÓGICOS
1.1. Características de la catálisis
2. COFACTORES, COENZIMAS Y VITAMINAS
3. CLASIFICACIÓN Y NOMENCLATURA DE LAS ENZIMAS
4. MECANISMO DE ACCIÓN DE LAS ENZIMAS
4.1. El estado de transición
4.2. El centro activo
4.3. Interacciones en el complejo enzima-sustrato
4.4. Factores que intervienen en la catálisis enzimática
5. CINÉTICA ENZIMÁTICA
5.1. Modelo de Estado Estacionario y ecuación de Michaelis-Menten
5.2. Factores que alteran la actividad enzimática
5.3. Inhibición enzimática
• Inhibición reversible
• Inhibición irreversible
6. REGULACIÓN ENZIMÁTICA
6.1. Alosterismo
6.2. Modificación covalente
6.3. Proteolisis 2
1. LOS CATALIZADORES BIOLÓGICOS SON:
 Casi siempre proteínas  enzimas
 RNA catalítico  ribozimas

1.1. Características de la catálisis enzimática

• Elevada eficacia catalítica de las enzimas: aumento de la velocidad en
factores de 106-1020.

• Las enzimas se recuperan en su estado inicial tras cada ciclo catalítico.

• Son catalizadores específicos (incluso estereoespecíficos).

• Capacidad para la regulación.

3
2. COFACTORES, COENZIMAS Y VITAMINAS
• Componentes no proteicos requeridos para la actividad de la
enzima: cofactor.

Apoenzima (inactiva) + cofactor = holoenzima (activa)

• Dos tipos:
• Iones metálicos: Mg2+, Zn2+, Cu2+, Mn2+, ...
• Coenzimas: Moléculas orgánicas pequeñas, muchas son
derivadas de las vitaminas.

• La carencia de las coenzimas produce enfermedades.

• Muchas vitaminas, que son nutrientes orgánicos requeridos en
pequeñas cantidades en la dieta, son precursores de coenzimas. 4
2. COFACTORES, COENZIMAS Y VITAMINAS (cont.)

5
2. COFACTORES, COENZIMAS Y VITAMINAS (cont.)

6
3. CLASIFICACIÓN Y NOMENCLATURA DE LAS ENZIMAS
Nº Clase Tipo de reacción Ejemplos
Reacciones de oxidación-reducción: Glucosa oxidasa
1 Oxidorreductasas
AH2 + B  A + BH2 (EC 1.1.3.4)
Transferencia de grupos funcionales de Hexoquinasa
2 Transferasas una molécula a otra: (EC 2.7.1.2)
A-B + C  A + B-C
Rupturas hidrolíticas: Carboxipeptidasa A
3 Hidrolasas
A-B + H2O  A-OH + BH (EC 3.4.17.1)
Adición de grupos a dobles enlaces o Piruvato descarboxilasa
formación de dobles enlaces por (EC 4.1.1.1)
4 Liasas eliminación de grupos:
A-B  A + B
Transferencia de grupos dentro de Malato isomerasa
5 Isomerasas moléculas dando formas isoméricas: (EC 5.2.1.1)
AB
Formación de enlaces C-C, C-S, C-O y C-N Piruvato carboxilasa
mediante reacciones de condensación (EC 6.4.1.1)
6 Ligasas acopladas a la hidrólisis de ATP:
A + B (+ ATP)  A-B (+ADP +Pi) 7
3. CLASIFICACIÓN Y NOMENCLATURA DE LAS ENZIMAS (cont.)

Nomenclatura tradicional
ureasa: hidrólisis de urea.
amilasa: hidrólisis de almidón.
DNA polimerasa: polimerización de nucleótidos formando DNA.
tripsina: hidrólisis de enlaces peptídicos.

• Ambigüedad.
• Número creciente de enzimas descubiertas.

Nomenclatura sistemática (identifica el sustrato y el tipo de reacción):

Ejemplo:
ATP + D-glucosa  ADP + D-glucosa 6-fosfato

ATP: D-hexosa 6-fosfotransferasa (nombre sistemático)

hexoquinasa (nombre tradicional)
8
3. CLASIFICACIÓN Y NOMENCLATURA DE LAS ENZIMAS (cont.)
El nombre de cada enzima puede ser identificado por un código
numérico, encabezado por las letras EC (Enzyme Commission), seguidas
de cuatro dígitos separados por puntos.
Primer dígito: clase.
Segundo dígito: subclase (tipo de sustrato, donador de
electrones, enlace afectado).
Tercer dígito: aspectos específicos de la reacción (sustrato, grupo
funcional, etc.).
Cuarto dígito: número que ocupa la enzima dentro de la
subclase.
Carboxipeptidasa A (peptidil-L-aminoácido hidrolasa)
EC 3.4.17.1
Clase: 3  Hidrolasas.
Subclase: 4  Enlace peptídico
17  metalocarboxipeptidasas.
9
Nº de orden: 1
4. MECANISMO DE ACCIÓN DE LAS ENZIMAS
A….B….C
4.1. El estado de transición
La transformación de los
sustratos en productos se
produce a través de un estado de
transición (intermedio entre S y
P) en el que se están rompiendo A-B + C
determinados enlaces y
formándose otros.
Ej.
A-B + C A + B-C
A + B-C

Las enzimas aceleran las reacciones químicas al disminuir la energía de

activación asociada al estado de transición. 10
4. MECANISMO DE ACCIÓN DE LAS ENZIMAS (cont.)
4.2. El centro activo

Responsable de la especificidad
y capacidad catalítica de las
enzimas.

Fijación de un sustrato al sitio activo de una enzima (quimotripsina) 11

4. MECANISMO DE ACCIÓN DE LAS ENZIMAS (cont.)
4.3. Interacciones en el complejo enzima-sustrato

Modelo de la llave y la
cerradura (Fisher, 1890)

Teoría del ajuste inducido

(Koshland y Neet, 1968)

12
4. MECANISMO DE ACCIÓN DE LAS ENZIMAS (cont.)
4.3. Interacciones en el complejo enzima-sustrato (cont.)

D-glucosa

Antes de la unión de glucosa

Después de la unión de glucosa

Cambio conformacional inducido en la hexoquinasa

13
 4. MECANISMO DE ACCIÓN DE LAS ENZIMAS (cont.)
4.4. Factores que intervienen en la catálisis enzimática
Presencia de grupos reactivos

 Catálisis ácido-base general: Transferencia de protones

desde o hacia el sustrato.

Tipos de catálisis
enzimática  Catálisis covalente: Enlace covalente transitorio entre
enzima y sustrato.

 Catálisis por iones metálicos: Orientando el sustrato,

estabilizando cargas, facilitando reacciones de
oxidorreducción o cambiando la polaridad de ciertos
enlaces.
14
4. MECANISMO DE ACCIÓN DE LAS ENZIMAS (cont.)
4.4. Factores que intervienen en la catálisis enzimática (cont.)
Presencia de grupos reactivos (cont.)

15
 4. MECANISMO DE ACCIÓN DE LAS ENZIMAS (cont.)
4.4. Factores que intervienen en la catálisis enzimática (cont.)
Presencia de grupos reactivos (cont.)

Catálisis ácido-base general y covalente en una proteasa

Fig. 8-10. Feduchi (2011). Ed. Panamericana

16
4. MECANISMO DE ACCIÓN DE LAS ENZIMAS (cont.)
4.4. Factores que intervienen en la catálisis enzimática (cont.)
Presencia de grupos reactivos (cont.)
Catálisis acido-base general y catálisis por iones metálicos

Enolasa

17
5. CINÉTICA ENZIMÁTICA

• Estudio de las velocidades de reacción (reacciones catalizadas

por enzimas) y de los cambios que sufren dichas velocidades en
respuesta a modificaciones de los parámetros ambientales.

La velocidad de la reacción enzimática varía con la concentración

de sustrato

• Una enzima hipotética cataliza la reacción SP.

• La velocidad de la reacción desciende al convertirse S en P.
• La tangente a tiempo 0 define la velocidad inicial.

18
5. CINÉTICA ENZIMÁTICA (cont.)
La velocidad de la reacción enzimática varía con la concentración
de sustrato (cont.)

v0 = d[P]/dt = - d[S]/dt

19
 5. CINÉTICA ENZIMÁTICA (cont.)
La velocidad de la reacción enzimática varía con la concentración
de sustrato (cont.)
• Se estudian velocidades iniciales: v0
• v0 cuando [S] >> [ET].
• Si el tiempo es suficientemente corto, [S]  constante.

[S]   [E].
Vmáx  [ES]  la enzima está saturada
con su sustrato.

 [S]  aumento lineal de v0  velocidad de 1º orden respecto a [ES].

 [S]  valor constante de v0  velocidad de orden cero. 20
5. CINÉTICA ENZIMÁTICA (cont.)
5.1. Modelo de Estado Estacionario y ecuación de Michaelis-Menten
Expresión matemática del comportamiento hiperbólico

k1 k2
E+S ES E+P
k -1

La ecuación de velocidad para la formación del producto es:

v0 = k2[ES]

Estado estacionario
En las condiciones experimentales [S]>>>[E]. Una vez E y S se mezclan,
la concentración de ES permanece constante hasta que prácticamente
todo el sustrato se ha convertido en producto: Estado estacionario.
[Leonor Michaelis (1875-1949) y Maud Menten (1879-1960)]
21
Estado estacionario (cont.)
Briggs y Haldane (1925): d[ES] /dt = 0

d[ES] / dt = 0

En cualquier momento:
[E] T = [E] + [ES]

0 Tiempo
Estado Estado estacionario.
pre-estacionario. ES constante
Formación de ES
Fig. 11-14. Mathews, 3ª ed. 22
Addison Wesley
Estado estacionario (cont.)

k1  k2
Km, constante de Michaelis Km 
k1

v0 = k2[ES]

La velocidad máxima se obtiene cuando la enzima está saturada: [E]T = [ES]

Vmax = k2[E]T

Vmax[S]
v0 
[S]  Km Ecuación de
Michaelis-Menten
23
24
¿Qué representa Km?
k1  k2
Km 
k1

Vmax[S]
v0  Cuando v0 = Vmax/2  [S] = Km
[S]  Km

Vmax Vmax [S] 1 [S]

= ; = ; [S] + Km = 2[S] ;
2 [S] + Km 2 [S] + Km

2[S] – [S] = Km ; [S] = Km

25
¿Qué representa Km? (cont.)
• Km es la concentración de sustrato a la cual la velocidad de la
reacción es la mitad de la velocidad máxima. Unidades de
concentración.
• Indica cómo de eficientemente una enzima selecciona su sustrato y
lo convierte en producto.
• En la practica, Km se suele emplear como una medida de la afinidad
de la enzima por su sustrato. Se aproxima a la constante de
disociación (KS) de ES cuando k2<<k-1.
• En general: Km  KS
k1 [E][S]
Km  
k1 [ES]
26
 Número de recambio = constante catalítica = kcat
Vmáx = kcat [E]T
Indica cómo de rápido opera una enzima una vez
que ha seleccionado y unido su sustrato, es decir
Vmáx cómo de rápido el complejo ES se convierte en E + P.
kcat =
[E]T
k1 k2
Para el esquema E + S ES E+P kcat = k2
k -1
Constante de velocidad de
primer orden. Unidades: t-1

kcat: número de moléculas de sustrato convertidas en producto en una

unidad de tiempo, por una molécula de enzima, cuando la enzima está
saturada por el sustrato.

27
Número de recambio = constante catalítica (cont.)

28
kcat/Km, eficiencia catalítica

• Es un reflejo de la combinación de los dos acontecimientos: unión

del sustrato y catálisis (conversión del sustrato en producto).
• A veces se conoce como constante de especificidad.
• Cuando [S] << Km, y considerando Vmáx = kcat [E]T, entonces:

kcat
v0  [E]T [S]
Km

• kcat/Km es la constante de velocidad de la conversión de E + S en E + P.

• Constante de segundo orden. Unidades: M-1s-1

29
 kcat/Km indica la eficiencia catalítica (cont.)

Límite impuesto por la velocidad a la que E y S pueden difundir conjuntamente en una disolución
acuosa.

30
Determinación experimental de Km y Vmáx
En una curva hiperbólica es difícil estimar el limite máximo de la curva (Vmax)
Linealización de la ecuación de Michaelis-Menten
Representación de Lineweaver-Burk (doble inversa)

1 Km 1 1
 
v0 Vmáx [S] Vmáx

1 Km 1 1
 
v0 Vmáx [S] Vmáx

y = m x + b 31
5.2. Factores que alteran la actividad enzimática
Concentración de enzima
- Unidad de actividad enzimática (U): cantidad de enzima capaz de
transformar 1,0 mol de sustrato por minuto a 25 C en condiciones
óptimas.
- Actividad específica (U/mg): número de unidades enzimáticas por mg
de proteína purificada. Es una medida de la pureza del preparado.
- Velocidad o actividad enzimática (U/ml): número de unidades de
enzima por mililitro de proteína.

Bolas: moléculas de cualquier proteína

Bolas rojas: moléculas de enzima
Ambos cilindros: mismas unidades de actividad
Cilindro de la derecha mayor actividad específica

Fig. 8-17. Feduchi (2011). Ed. Panamericana 32

 5.2. Factores que alteran la actividad enzimática (cont.)

Temperatura
Un aumento de temperatura
conduce a un aumento de la
velocidad de la reacción hasta que
se sobrepasa la temperatura de
desnaturalización.
Fig. 8-18. Feduchi (2011).

pH Ed. Panamericana

Los cambios de pH pueden alterar el

estado de ionización de las cadenas
laterales.
Pueden alterar tanto la unión del
sustrato como la catálisis.
El intervalo de pH en el que cambia la
actividad puede dar alguna pista sobre
33
el tipo de aminoácido implicado.
5.3. INHIBICIÓN ENZIMÁTICA

• Inhibición: Disminución de la actividad de una enzima por acción

de un inhibidor. Muchos compuestos farmacéuticos son inhibidores
(ej. aspirina).

– Irreversible:
• El inhibidor se une fuertemente a la enzima.

– Reversible:
• El inhibidor se une a la enzima por enlaces débiles, y el complejo EI
se encuentra en equilibrio con las formas libres.
- Inhibición competitiva
- Inhibición no competitiva
- Inhibición acompetitiva

34
 INHIBICIÓN REVERSIBLE Inhibición competitiva
k1 k2
k-1 [E][I ]
KI  [I]
[EI]   1
KI
[E]T = [E] + [ES] + [EI]
X

 El inhibidor tiene una estructura

similar al sustrato y compite con él
Vmáx[S ]
por el centro activo de la enzima. v0 
 [I ] 
 Cuando ocupa el centro activo Km 1   [S ]
impide la fijación del sustrato.  KI 
 La inhibición puede revertirse
Vmáx[S]
simplemente por la adición de más v0 
sustrato. Km [S]
 Km,ap aumenta y Vmáx no varía.
35
Inhibición competitiva

Vmáx[S ]
v0  Vmáx[S ]
 [I ]  v0 
Km 1   [S ] Km, ap  [S ]
Km,ap  KI 
[I]
Km,ap = Km (1+ )
KI

36
Inhibición competitiva

37
 Inhibición no competitiva

[E][I ] [ES][I ]
KI  K 'I 
[EI] [ESI]

KI  KI [I]
  1
KI

 El inhibidor se fija tanto a la Vmáx[S ]

enzima como al complejo ES. v0 
 [I ]   [I ] 
Km 1   1 [S ]
 La inhibición no puede  KI   KI 
revertirse por la adición de más
sustrato.

 Vmáx,ap disminuye y Km no
cambia. 38
 Inhibición no competitiva
k1 k2
[E]T = [E] + [ES] + [EI] + [ESI]
k-1

Vmax,ap
X

Vmax[S]
v0 
[S]  Km Vmáx ·[S ]
v0  
Km  [S ] Vmax,ap[S ]
v0 
[S ]  Km
Vmáx
Vmáx, ap  Vmáx
 Vmáx, ap =
[I]
(1+ ) 39
KI
Inhibición no competitiva

40
Inhibición no competitiva

1

Km

41
 Inhibición acompetitiva

[ES][I ]
KI 
[ESI]

 El inhibidor se une a un sitio

diferente al centro activo.

 El inhibidor solamente se une

Vmáx[S ]
cuando el centro activo está v0 
ocupado por el sustrato.  [I ] 
Km  1 [S ]
 KI 
 Vmáx,ap disminuye y Km,ap
disminuye.

42
Inhibición acompetitiva
k1 k2

k-1
[E]T = [E] + [ES] + [ESI]

Vmax,ap
X

Vmax,ap[S ]
v0  Km,ap
[S ]  Km,ap

Vmax[S]
v0 
Vmáx, ap =
Vmáx
Km, ap =
Km [S]  Km
[I] [I]
(1+ ) (1+ )
KI KI 43
Inhibición acompetitiva

44
Inhibición acompetitiva

45
 46
Fig. 8-20. Feduchi (2011). Ed. Panamericana
INHIBICIÓN IRREVERSIBLE
• Compuestos que se combinan con algún grupo funcional de la enzima
que es esencial para su actividad. También pueden destruirlo. O forman
una asociación, covalente o no covalente, muy estable, con la enzima. Ej.:

Inhibición irreversible de la quimotripsina por diisopropilfluorofosfato (DIFP):

Lehninger, 2ª ed. Tema 8

La aspirina es un inhibidor irreversible de las ciclooxigenasas:

47
6. REGULACIÓN ENZIMÁTICA
Un organismo debe regular las actividades catalíticas de las enzimas para:
- Coordinar procesos metabólicos.
- Responder a los cambios del medio.
- Crecer y diferenciarse en forma ordenada.

Dos formas de regulación:

1.- Control de la disponibilidad de enzima.
2.- Control de la actividad de la enzima, por medio de
alteraciones de la conformación o la estructura.

En todas las rutas metabólicas  una o varias enzimas fijan la velocidad

de la secuencia global  la reacción más lenta, la limitante de la
velocidad. Son las ENZIMAS REGULADORAS. 48
6. REGULACIÓN ENZIMÁTICA (cont.)

• La actividad de estas enzimas varía en respuesta a señales

metabólicas.
• Moléculas señal = metabolitos de peso molecular bajo o
cofactores  Efectores o moduladores.
• Las enzimas reguladoras pueden ser de dos tipos:
ENZIMAS ALOSTÉRICAS  Unión no covalente, reversible,
del metabolito regulador (modulador o efector).
ENZIMAS REGULADAS POR MODIFICACIÓN COVALENTE 
Unión covalente, reversible, del modulador.
• Los efectores  se unen a centros específicos diferentes a los
centros catalíticos: los centros alostéricos o reguladores. 49
6. REGULACIÓN ENZIMÁTICA (cont.)
6.1. Alosterismo

Enzimas alostéricas:
• Oligómeros (hay algunas excepciones) en los que la conformación de
una subunidad influye en la estructura terciaria de las otras y por lo
tanto en la afinidad por el sustrato.

• Cada monómero puede estar en dos estados:

Estado tenso (T): incapaz de unir sustrato o lo une con una afinidad
muy pequeña.
Estado relajado (R): con afinidad alta por el sustrato.

• Las enzimas alostéricas con varios moduladores  un centro

regulador para cada uno de ellos.
50
6. REGULACIÓN ENZIMÁTICA (cont.)
6.1. Alosterismo (cont.)

NO REGULADAS: ALOSTÉRICAS:
• Menor tamaño. • Mayor tamaño.
• Menor número de subunidades. • Mayor número de subunidades.
• Curva hiperbólica (Km). • Curva sigmoidea (K0.5).

51
6. REGULACIÓN ENZIMÁTICA (cont.)
6.1. Alosterismo (cont.)

• Efecto homotrópico: la unión de una

molécula de sustrato influye sobre la unión
de las siguientes moléculas de sustrato:
Cooperatividad.

• Suele ser regulación positiva.

• No siguen la cinética de Michaelis-

Menten.

52
Fig. 11-32. Mathews, 3ª ed. Addison Wesley
6. REGULACIÓN ENZIMÁTICA (cont.)
6.1. Alosterismo (cont.)

Efecto heterotrópico:
(+ activador)
- Efectores positivos  Estabilizan la (no activador
ni inhibidor)
forma R: activadores  aumentan la
velocidad de la reacción enzimática. (+ inhibidor)

- Efectores negativos  Estabilizan la

forma T: inhibidores  disminuyen la
velocidad de la reacción.

53
Inhibición por retroalimentación (= retroinhibición = feed-back): en algunas
rutas metabólicas el producto final de la ruta es un efector alostérico
negativo de la enzima que cataliza la primera etapa de la ruta.
Aspartato carbamoiltransferasa (ATCasa): Un ejemplo de enzima alostérica.
Biosíntesis de pirimidinas.

Fig. 11-36. Mathews, 3ª ed.

Addison Wesley

CTP estabiliza el estado T (menos

activo). 54
 Aspartato carbamoiltransferasa: Un ejemplo de enzima alostérica (cont.)

Dos trímeros catalíticos.

Tres dímeros reguladores.

Fig. 11-37. Mathews, 3ª ed.

Addison Wesley

55
6. REGULACIÓN ENZIMÁTICA
6.2. Modificación covalente

56
 6. REGULACIÓN ENZIMÁTICA (cont.)
6.2. Modificación covalente (cont.)

Glucógeno fosforilasa
(glucosa)n + Pi  (glucosa)n-1 + glucosa-1-fosfato
GLUCÓGENO GLUCÓGENO
ACORTADO

• Los grupos modificadores se

(adrenalina)
unen covalentemente.

• Se unen y se eliminan de la
enzima reguladora por acción
de otras enzimas.

57
6. REGULACIÓN ENZIMÁTICA (cont.)
6.2. Modificación covalente (cont.)

• Las fosforilaciones constituyen la gran mayoría de las

modificaciones reguladoras conocidas.
• Puede haber un único sitio de fosforilación, varios o incluso
docenas.

Proteínas quinasas: catalizan la unión de grupos fosforilo a

residuos de aminoácidos específicos de las proteínas.

Proteínas fosfatasas: catalizan la eliminación de los grupos

fosforilo.

58
6. REGULACIÓN ENZIMÁTICA (cont.)
6.3. Proteolisis
• Activación de una enzima por escisión proteolítica.
• Muchas enzimas adquieren su plena actividad cuando se pliegan
espontáneamente en sus formas tridimensionales específicas. Por el
contrario las formas plegadas de otras enzimas permanecen inactivas
hasta que se activan por escisión de uno o varios enlaces peptídicos
específicos. Las formas inactivas se llaman zimógenos o proenzimas.
 La escisión no necesita de una fuente de energía.
 La activación proteolítica sólo tiene lugar una vez (es irreversible).
 Proteasas del estómago y páncreas.

Ejemplos
 Enzimas digestivas
 Coagulación sanguínea
 Algunas hormonas proteicas, por ejemplo insulina
59
 La proteína fibrosa colágeno
6. REGULACIÓN ENZIMÁTICA (cont.)
6.3. Proteolisis (cont.)

La tripsina corta entre:

Arg15 - Ile16.

La quimotripsina π es activa y
actúa sobre otras moléculas
de quimotripsina π separando
dos dipéptidos y originando
quimotripsina α que es la
forma estable. Las tres
cadenas resultantes están
unidas por puentes disulfuro.

60
Activación de quimotripsina a partir de su precursor quimotripsinógeno.
6. REGULACIÓN ENZIMÁTICA (cont.)
6.3. Proteolisis (cont.)

Pepsinógeno
(inactivo)

Pepsina libre a pH bajo

42 restos
aminoacídicos
Pepsina
(activa)

61
Enlaces de ayuda:

https://www.youtube.com/watch?v=JmTB7QvN9BE

https://www.youtube.com/watch?v=SqjVB8WT1xo

https://www.youtube.com/watch?v=LK5HzcAOmyA

62