SEMINARIO BIOQUÍMICA III

C2

1. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones sobre las DNA polimerasas de E. coli es

correcta?
1. Todas tienen a la vez actividad exonucleasa de 3'-›5' y de 5'-> 3'.
2. Polimerizan en dirección 5' a 3' para sintetizar una hebra y de 3' a 5' para
sintetizar la hebra complementaria
3. Las polimerasas I y III requieren a la vez un cebador y un molde.
4. La polimerasa i permanece unida al molde hasta que se ha añadido un número
muy grande de nucleótidos.
5. La especificidad de la reacción de la polimerasa es inherente a la naturaleza de
las polimerasas.

2. En las moléculas de tRNA con frecuencia aparecen bases inusuales y pares de

bases no-Watson-Crick. ¿Qué base se apareará más probablemente con
hipoxantina?
1. Adenina
2. Citosina
3. Guanina
4. Uracilo
5. Ribotimina

3. Los siguientes factores participan en el desenrollamiento y separación de las

hebras del DNA para su replicación EXCEPTO
1. La tendencia de las superhélices negativas a desenrollarse parcialmente.
2. La desestabilización de los pares de bases complementarios por las helicasas.
3. La acción de las topoisomerasas. Cibera tensice
4. La actividad enzimática de las proteínas SSB.
5. La energía en forma de ATP.

4. Un investigador encontró que una hebra de un gen pequeño secuenciado en el

Proyecto Genoma Humano, contiene 20 A, 25 G, 30 C y 22 T. ¿Qué cantidad de
cada base se encuentra en la molécula de doble hebra completa?
1. A = 40, G = 50, C = 60, T = 44
2. A = 44, G = 60, C = 50, T = 40
3. A = 45, G = 45, C = 52, T = 52
4. A= 50, G = 47, C = 50, T = 47
5. A = 42, G = 55, C = 55, T = 42

5. la transcripción en los genes eucarióticos requiere no solo la presencia de un

promotor, sino también normalmente la presencia de intensificadores.
1. Es una secuencia consenso del DNA localizada allí donde se une inicialmente la
RNA polimerasa.
2. Estimula la transcripción tanto en procariotas como en eucariotas.
3. Puede situarse en lugares diferentes en genes diferentes.
4. Es una proteína que al unirse al DNA aumenta los niveles de transcripción de un
gen o grupo de genes.
5. Funciona uniéndose a la RNA polimerasa.
6. Indicar la opción correcta:
1. El genoma humano es el de mayor tamaño dentro de los eucariotas
2. Los genes eucariotas contienen secuencias no codificantes llamadas exones
3. Los virus presentan un genoma complejo que codifica cientos de proteínas
4. El genoma de un organismo varia su tamaño con la edad y el estado metabólico
del organismo
5. La mayor parte del DNA se encuentra en el núcleo, pero también contienen
DNA ciertos orgánulos celulares.

7. ¿Qué significa que la DNA polimerasa de organismos procariotas es altamente

procesiva?
1. Que tiene una actividad 3' a 5' endonucleasa.
2. Que tiene actividad 5' a 3' exonucleasa
3. Que se asocia y disocia rápidamente del DNA.
4. Que añade un gran número de nucleótidos sin disociarse del molde.
5. Que comete pocos errores durante la síntesis del DNA

8. En la replicación del DNA en los eucariotas:

1. El proceso tiene lugar a lo largo de todo el ciclo celular.
2. Sólo se forma un replisoma porque hay un solo origen de replicación.
3. La helicasa se disocia del DNA tan pronto se forma la burbuja de iniciación.
4. La DNA polimerasa a tiene actividad exonucleasa de 3' -› 5'.
5. La DNA polimerasa 8 sintetiza las cadenas líder y rezagada del DNA nuclear.

9. Los factores de transcripción generales:

1. Son necesarios para el inicio de la transcripción en eucariotas
2. Son proteínas específicas de los organismos procariotas.
3. Son proteínas que ayudan a separar la cadena de RNA recién transcrita.
4. Son proteínas necesarias para la terminación de la transcripción en eucariotas.
5. Son proteínas que se unen a secuencias del DNA activando o inhibiendo la
unión de la RNA-polimerasa.

10. ¿Cuál es correcta con respecto a la DNA-ligasa?

1. Solo existe en eucariotas es necesaria para unir los exones.
2. Cataliza la formación de un enlace covalente entre el OH en 3' de un nucleótido
y el fosfato en 5' de otro.
3. Consume una molécula de ATP para llevar a cabo su función.
4. Une los fragmentos de Okazaki entre sí y con la hebra continua.
5. Todas las afirmaciones son ciertas. A

11. El compuesto que consiste en ribosa unida por un enlace N-glucosídico al N-9
de adenina es:
1. Un nucleótido de purina.
2. Un nucleótido de pirimidina.
3. Adenosin-monofosfato.
4. Adenosina
5. Ácido adenílico
12. Las bases de ácidos nucleicos:
1. Absorben la luz ultravioleta con un máximo a 280 nm
2. Son todas aproximadamente del mismo tamaño.
3. Son relativamente hidrófilas.
4. Son más o menos planas.
5. Los pesos moleculares de los dos pares de bases son idénticos.

13. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones acerca del proceso de la replicación en

procariotas es correcto?
1. Las helicasas catalizan el desenrollamiento del DNA.
2. Las proteínas de iniciación de la replicación sintetizan el RNA cebador.
3. La primasa produce la apertura de la doble hélice de DNA.
4. Las SSB eliminan los superenrollamientos.
5. Las topoisomerasas mantienen separadas las cadenas del DNA

14. En la síntesis del RNA:

1. Se requiere un cebador para iniciar la síntesis.
2. Cualquiera de las dos cadenas de un gen estructural puede transcribirse ya que
contienen la misma información.
3. Una proteína puede estar codificada por solo dos genes uno en cada cromosoma
homólogo.
4. El RNA sintetizado es idéntico a la cadena molde y complementario a la cadena
codificante de DNA.
5. En las células eucariotas los genes son discontinuos y contienen secuencias que
no aparecen en los mRNAs.

15. El DNA altamente repetitivo:

1. Es común a bacterias y mamíferos.
2. Está uniformemente distribuido por todo el genoma.
3. Codifica enzimas que catalizan procesos metabólicos importantes.
4. Es muy abundante en centrómeros y telómeros.
5. Son secuencias largas de aproximadamente 300 pares de bases.

16. ¿Cuántas variantes de las histonas aparecen en las células humanas? ¿En qué
differen unas de otras? Las protaminas son pequeñas proteínas que toman el lugar
de las histonas durante la espermatogénesis en los vertebrados. ¿Qué aminoácidos
es probable que sean abundantes en las protaminas?
HI, H2A, H2B, H3 y H4. Se diferencian por su el número de aminoácidos y el
contenido en Arg y Lys.

Dado que interactúan estrechamente con el DNA, las protaminas deben ser ricas
en aminoácidos básicos. De hecho, son particularmente ricas en arginina.

17. Comparar y contrastar la terminación dependiente de ρ independiente de ρ de

la transcripción en procariotas.
La terminación se produce en ambos como consecuencia de la combinación de
dos factores o mecanismos: la detención o pausa de la RNA polimerasa y la
desestabilización del híbrido R/A:DNA.
 En la terminación independiente de ρ, hay una región en el molde de DNA que
se transcribe en secuencias autocomplementarías, que permiten la formación de
una estructura en horquilla seguida de una serie de adenilatos que se transcriben
como uridilatos al final de/ RNA. Esto produce una inestabilización del híbrido
RNA-DNA y la disociación de/ RNA y la de la RNA polimerasa del molde de
DNA.

En la terminación dependiente de ρ, la proteína ρ, se une a secuencias

específicas del RNA. Tiene una actividad RNA-DNA helicasa dependiente de
ATP y destruye el híbrido RNA-DNA formado durante la transcripción.

18. Explicar por qué una DNA polimerasa que pudiese sinterizar D. en dirección
3'-» 5'tendria una desventaja selectiva, incluso si tuviera actividad de corrección
5'-> 3'.
Los nucleótidos se añadirían en una hebra de polinucleótidos por ataque del 3-
OH del nucleótido entrante sobre el grupo trifosfato 5' de la hebra en formación,
con eliminación de PPi. La eliminación por hidrólisis de un nucleótido mal
apareado por la actividad de la exonucleasa 5'-› 3' dejaría solamente un grupo
OH o un monofosfato en el extremo 5' de la cadena de DNA. Esto requeriría un
paso más de activación antes de que pudiese comenzar la elongación de la
cadena.

19, ¿Por qué no hay mutantes de la Pol I que carezcan por completo de actividad
exonucleasa 5'-> 31?
La actividad exonucleasa 5' -› 3'es esencial para la replicación del DNA porque
elimina los cebadores de RNA y los reemplaza con DNA. La ausencia de esta
actividad serla mortal.

20. Describir cómo la temperatura de fusión, em para un DNA bicentenario

depende de su composición de nucleótidos. Una solución de DNA se calienta
lentamente hasta que se alcanza la tm ¿Cuál es la estructura probable de las
moléculas de DNA a esta temperatura?
En general, cuanto mayor es la proporción de G y C, mayor es la temperatura de
fusión, tm. Se requiere más energía térmica para romper los tres enlaces de
hidrógeno que contienen pares G-C que para romper los dos enlaces de
hidrógeno que contienen pares A-T.

Las moléculas de DNA están parcialmente desnaturalizadas; en cada molécula,

aproximadamente e/ 50% del DNA es monocatenario y el 50% es de doble
hélice. Las regiones monocatenarias, que aparecen como "burbujas" dentro de
las moléculas, son aquellas que se desnaturalizaron a temperaturas más bajas
debido a su mayor contenido de pares de bases A-T.

21, ¿Qué factores aseguran la fildelidad de la replicación durante la síntesis de la

hebra conductora? ¿Cabe esperar que la hebra retardada se sintetice con la misma
fidelidad? Justificar la respuesta.
• Apareamiento de bases de Watson-Crick entre el molde y la hebra conductora
• Estabilización hidrofóbica entre los pares de bases apilados en el interior
• Corrección de pruebas, eliminación de nucleótidos insertados erróneamente
 La hebra retardada tiene los mismos mecanismos para asegurar la fidelidad, pero
debido a que se necesitan realizar muchas más procesos de síntesis de cebadores
eliminación de los mismos, normalmente el número de errores es mayor.

22. Describir brevemente el proceso de iniciación de la transcripción en eucariotas.

Para la iniciación de la transcripción en eucariotas se necesita un gran número de
proteínas denominadas factores de transcripción (TF), que se unen a sitios
específicos del DNA, tanto en la región del promotor como en regiones
próximas (proximal) o más alejadas del mismo (distal). Los TF son necesarios
para la unión del complejo de transcripción y para la determinación de los genes
que han de transcribirse. En eucariotas hay tres RNApol. con diferentes
promotores, pero para que los TF reconozcan y se unan a los sitios específicos
del DNA, el grado de condensación de la cromatina debe modificarse dejando
accesibles esas regiones para la acción de las RNApol.

23. La replicación del DNA no tiene lugar en ausencia de las ribonucleótidos ATP,
CTP, GTP y UTP. Proponer una explicación.
La replicación de DNA necesita de los RNA cebadores. Sin los ribonucleótidos
apropiados, dichos cebadores no pueden sintetizarse.

24. Además de las estructuras helicoidales estándar de bases apareadas, el DNA

puede formar estructuras cruciformes. Dibuje la estructura cruciforme formada
por el DNA de secuencia TCAAGTCCACGGTGGACTTGC.

25, Mediante una representación esquemática de un gen procariótico como la

mostrada a continuación, indicar que regiones estarían probablemente implicadas
en los siguientes procesos; a) La RNA polimerasa forma un "complejo abierto" b)
La RNA polimerasa se une primero al DNA c) El enzima núcleo es suficiente para
la catálisis (d) E factor sigma () probablemente sería liberado.
a) Entre -10 y +1
b) -35
c) +10
d) +10

CUESTIONARIO FINAL

1. ¿Cuál es incorrecta?
1. EL DNA lleva la información genética para la síntesis de DNA y de RNA.
2. Los enzimas que sintetizan RNA se denominan RNA polimerasas, son
semejantes a las DNA polimerasas, pero no requieren moléculas iniciadoras.
3. En células eucariotas se han descubierto tres RNA polimerasas I, II y III.
4. Para que se inicie el proceso de transcripción el ARN porta varias señales.
5. Todos los genes del mismo cromosoma se transcriben de la misma cadena de
DNA.

2. La RNA polimerasa de E. coli (enzima central sola) tiene todas las siguientes
propiedades excepto que:
1. reconoce secuencias de inicio específicas en el DNA.
2. puede extender una cadena de RNA e iniciar una nueva cadena.
 3. es necesaria para la síntesis de mRNA, rRNA y tRNA
4. en E. coli produce un polímero de RNA que comienza con un 5'-trifosfato.
5. requiere cuatro ribonucleósidos trifosfatos y una plantilla de DNA.

3. ¿Cuál de los siguientes compuestos es un nucleótido?

1. Uridina.
2. Ácido citidílico.
3. Timidina.
4. Xantina.
5. Citosina.

4. Con respecto al proceso de replicación de organismos eucariotas, ¿cuál de las

siguientes afirmaciones es correcta?
1. Es completa, precisa, flexible, semiconservativa y unidireccional.
2. La velocidad de replicación es mayor que en organismos procariotas, por lo que
los procariotas presentan múltiples orígenes de replicación.
3. La DNApol α sintetiza un cebador de DNA.
4. La DNApol  es la encargada de la replicación del DNA nuclear.
5. La DNApol δ, además de su actividad polimerasa 5'a 3', presenta actividad
exonucleasa 3' a 5'.

5. El tRNA;
1. Es responsable de la transferencia del mRNA desde el núcleo al citoplasma
2. Tiene aproximadamente 1.150 nucleótidos
3. Es de cadena doble
4. Contiene muchas bases modificadas o poco comunes
5. Se distinguen por la secuencia del extremo 3'