Nombre: Jean Carlos Chiriboga Asignatura: Biología Molecular

Docente: Ing. María Eugenia Román PH. D Fecha:22/2/2023

TALLER
Instrucciones

Paso 1: Entre a la página: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Paso 2: En el casillero “Search” debe estar seleccionado “nucleotide” en el casillero

“for” se indica el organismo y/o gen para el cual se está buscando información. Una vez

que lo indique presionar “Go” para iniciar la búsqueda.

1. En este ejercicio buscaremos si existe algún gen secuenciado para la especie

Heterosigma akashiwo. Para ello en el casillero “for” escribir: heterosigma

akashiwo.

a) ¿Cuántas secuencias de genes hay ingresadas en esta base de datos para este

organismo?

El NCBI describe la existencia de 444211 artículos destinados a este microorganismo.

b) Escriba el código de acceso de 4 de ellas.

Secuencias de gen Código de acceso

RCC1502 LC433616.1

CAW06 LC433619.1

BrRJ4 LC433618.1

Tj01 LC433617.1

c) Averigüe qué tipo de organismo es Heterosigma akashiwo y cuál es su importancia

ecológica y para la acuicultura.

Imagen 1. Heterosigma akashiwo

Fuente: https://www.researchgate.net/figure/LM-of-a-Heterosigma-akashiwo-strain-

SCCAP-K-1549-showing-both-anterior-beating-and_fig7_325173682

Heterosigma akashiwo es un microorganismo clasificado como un alga

microscópica perteneciente a la clase Raphidophyceae, esta especie forma mareas

doradas masivas que afectan la supervivencia de los organismos. Se ha demostrado que

esta alga mata a los peces, compromete el desarrollo de huevos de peces y erizos de

mar, así como a la supervivencia de las ostras. Aunque no todo es malo si se tiene en

cuenta que se está trabajando en biorreactores que producen este microorganismo para

aprovechar sus cualidades sedantes para el salmón. (Soto, 2010)

2.- Considere ahora la secuencia ingresada con el código EF115376 y responda

para ella las siguientes preguntas:

a) ¿Para qué codifica esta secuencia? (en español, escriba una frase coherente)

Esta secuencia codifica para una proteína quinasa sensora (Tsg1)

b) ¿La transcripción de esta secuencia genera un ARN informativo o funcional?

ARN funcional que altera rápidamente los niveles de transcripción dentro del plástico

c) ¿Qué longitud tiene esta secuencia?

693 pb

d) ¿En qué revista científica apareció reportada esta secuencia

En la revista BMC Evolutionary Biology por (Duplessis et al,2007)

e) ¿Cuál es la secuencia aminoacídica de la proteína para la que codifica esta

secuencia?

VVFDLYASTIPSVNQAHKSKMSLKLATFAAALAGASAFVAPNQMGVAKTSSAL
KMSFENELGVQPPLGFWDPLGLLNDADQQRFDRLRYVEIKHGRISMLAILGHIL
TTAGARWPGAVDLSGKTYAEIPAGIKALGALPFAGVCQIVAFIGLIELGFSKCQD
DVAAFCEGKMDEQGWDEAKKDSKRAIELNNGRAAQMGILALMVHETINNDP
YVINSLLGAPVDFNAGF.
3.- Considere ahora la secuencia ingresada con el código AY864034 y responda las

siguientes preguntas:

a) ¿Para qué codifica esta secuencia?

Especies de HAB por PCR

b) ¿La transcripción de esta secuencia genera un ARN informativo o funcional?

Informativo para filogenia.

c) ¿Qué longitud tiene esta secuencia?

638 pb
d) ¿En qué revista científica apareció reportada esta secuencia? (CITA

bibliográfica)

J Phycol, (Bowers et al, 2006)

e) En qué fecha fue enviada la secuencia al GenBank.

20/4/2020

f) Si Ud. quisiera comunicarse con la persona que envió esta secuencia al GenBank

¿a quién y a qué dirección (postal) le escribiría?

Holly A. Bowers, Instituto de Virología Humana, Universidad de Maryland, 725 West

Lombard Street, Baltimore, Maryland 21201, EE. UU.

Correo del autor : oldach@umbi.umd.edu

g) Copie y pegue la secuencia nucleotídica de este código de acceso.

TAGTCCTAGCTGTAAACGATGGATACTAGATGTCGCATGTATCGACCCATGC
GGTATTATAGCTAACGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGAAGTATGCTCGCAAG
AGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGT
GGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGTTTGACATAGTACG
AAGTTTTTTGAAAAAAAAACCACCTTCGGGAACGTACATACAGGTGGTGCA
TGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGC
GTAACCCTTGTTTTTAGTTGCCTTTCGAGGATATTTAGAAAGA
CTGCCGATTATAAATCGGAGGAAGGTAAGGACGACGTCAAGTCATCATGCC
CCTTACACTCTGGGCTACACACGTGCTACATTGGGTGAAACAATAAGTTGCT
AAGTTGCGAAACCAAGCGAATCTTCAAATCTACTCTAAGTTCGGATTGTAG
GCTGCAACTCGCCTACATAAAGATGGAATCGCTAGTAATCGCTGGTCAGCT
ACACAGCGGTGAATCCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCAT
GGAAGCTGGTCACACCCAAAGTCGTTATTCT
Bibliografía

 Soto, F. (2022, octubre 17). Heterosigma akashiwo: el nuevo “amigo” para el

bienestar animal durante el transporte. Salmonexpert
https://www.salmonexpert.cl/microalga/heterosigma-akashiwo-el-nuevo-amigo-
para-el-bienestar-animal-durante-el-transporte/1442011
 Duplessis, M. R., Karol, K. G., Adman, E. T., Choi, L. Y., Jacobs, M. A., &
Cattolico, R. A. (2007). Chloroplast His-to-Asp signal transduction: a potential
mechanism for plastid gene regulation in Heterosigma akashiwo
(Raphidophyceae). BMC evolutionary biology, 7, 70.
https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-70
 Bowers, H. A., Tomas, C., Tengs, T., Kempton, J. W., Lewitus, A. J., & Oldach,
D. W. (2006). RAPHIDOPHYCEAE [CHADEFAUD EX SILVA]
SYSTEMATICS AND RAPID IDENTIFICATION: SEQUENCE ANALYSES
AND REAL-TIME PCR ASSAYS. Journal of phycology, 42(6), 1333–1348.
https://doi.org/10.1111/j.1529-8817.2006.00285.x