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Los enzimas.

Cinética de las
reacciones monosustrato
Contenidos

 Introducción
 Definición y propiedades generales
 Coenzimas y grupos prostéticos
 Nomenclatura y clasificación
 Cinética de las reacciones químicas
 Determinación de la actividad enzimática
 Cinética de las reacciones monosustrato
Definición
Los enzimas son catalizadores biológicos
(generalmente proteínas) que incrementan la velocidad
de las reacciones en las que participan, sin que ellos sufran
cambios y sin modificar la posición de equilibrio del proceso.

A + B ⇔ C + D

reactantes
sustratos productos
Naturaleza de los enzimas

• Proteínas activas • RNA catalíticos

orgánico
APOENZIMA COENZIMA
• Proteínas inactivas + COFACTOR
HOLOENZIMA ión metálico

Los cofactores unidos muy fuertemente


se denominan GRUPOS PROSTÉTICOS
Los cofactores
Ion inorgánico Enzima
Cu2+ Citocromo oxidasa
Fe2+ Catalasa
K+ Piruvato quinasa
Mg2+ Hexoquinasa
Mn2+ Arginasa
Ni2+ Ureasa
Zn2+ Alcohol deshidrogenasa

Los coenzimas
Precursor Coenzima Grupo transferido
Tiamina (Vit B1) Tiamina pirofosfato aldehidos
Riboflavina (Vit B2) FAD electrones
Niacina (Vit B3) NAD+ iones hidruro (:H-)
Piridoxina (Vit B6) Piridoxal fosfato grupos amino
El NAD+

Vitamina B3
(niacina)

NAD+
NADP+
El FAD

Vitamina B2
(riboflavina)

FAD reducido
Propiedades de los enzimas
• Alto poder catalítico (Condiciones de reacción moderadas)

Fe2+ (22 ºC)


2 H2O2 ⇔ 2H2O + O2
catalasa (22 ºC) ↑velocidad x 106
Propiedades de los enzimas

 Especificidad ( por sus sustratos y productos)


• Especificidad de enlace ( fosfatasas, proteasas..)

• Especificidad de grupo ( hexoquinasa..)

• Especificidad absoluta ( aconitasa)

 Regulación (por producto, modif covalente, etc..)


El centro activo
Región del enzima a la que se une el sustrato
(y en ocasiones otras moléculas)

 Regiones relativamente pequeñas del enzima


 Hoyos o hendiduras de naturaleza hidrofóbica con algún residuo polar.
 Son entidades tridimensionales que implican a restos alejados en la estructura primaria.
 Los sustratos se unen débilmente (puentes de H, interac. hidrofóbicas...)
 La especificidad requiere una “forma” de unión del sustrato (contacto en al menos tres sitios).

llave y cerradura (Fischer) ajuste inducido (Koshland)


Nomenclatura y clasificación
 Los nombres triviales (subfijos –asa e -ina y otros términos)

 La clasificación de los enzimas, los nombres sistemáticos


y los códigos EC se basan en la reacción que catalizan EC 1.1.1.1
Clases de enzimas:
1. Oxidorreductasas (procesos Red-Ox)
2. Transferasas (transferencia de grupos excepto e- e hidrógeno)
3. Hidrolasas (rotura de enlaces por adición de agua)
4. Liasas (eliminación de grupos para formar enlaces dobles y viceversa)
5. Isomerasas (reordenaciones intramoleculares)
6. Ligasas (unión de dos moleculas con consumo de enlaces de alta energía)
7. Translocasas (translocación de hidronios, cationes etc. acoplados a procesos catalíticos.)

 Sistemas multienzimáticos
 No emplear terminaciones –asa
 Isoenzimas
Nomenclatura y clasificación

Reacción: ATP + creatina  ADP + fosfocreatina


Enzima: - Creatín quinasa
- ATP : creatina fosfotransferasa
- E.C. 2 . 7 . 3 . 2
Creatín quinasa
Comisión de enzimas Fosfotransferasas con N como aceptor
( Enzyme Comission)
Subclase ( Fosfotransferasas)
Clase ( Transferasas )

ATP + H2O + Na+[lado 1] + K+[lado 2] = ADP + fosfato + Na+[lado 2] + K+[lado 1]

Nombre sistemático: ATP phosphohydrolase (P-type, Na+/K+-exchanging)

Código numérico: EC 7.2.2.13


Oxidorreductasas
Catalizan reacciones de oxidación-reducción (transferencia de hidrógeno, oxígeno
o electrones).

Las reacciones deben escribirse en el sentido de la oxidación del substrato


principal

El nombre sistemático está compuesto por el nombre del dador y del aceptor
separados por dos puntos (:), seguido de la palabra oxidorreductasa.

El primer dígito del código


numérico es 1. El segundo
y el tercero se deciden
según la naturaleza del
dador y el aceptor.

L-lactato + NAD+  piruvato + NADH + H+


Nombre sistemático: L-lactato : NAD+ oxidorreductasa
Código numérico EC 1. 1. 1. 27
Nombre trivial: lactato deshidrogenasa
Transferasas
Catalizan reacciones de transferencia de grupos ( que no sean hidrógeno, oxígeno
o electrones) entre sustratos distintos del agua.

A-X + B A + B-X
El segundo número indica el tipo
general de grupo transferido, y el
tercero el grupo transferido
concreto, excepto en el caso de
grupos fosfato (EC2.7.x.y), en
cuyo caso el tercer número
depende del tipo de aceptor.

D-hexosa + ATP  D-hexosa-6P + ADP


Nombre sistemático: ATP : D-hexosa (fosfo)transferasa
Código numérico EC 2. 7. 1. 1
Nombre trivial: hexoquinasa
Hidrolasas
A-B + H2O A-OH + H-B
El segundo dígito indica el tipo
general de enlace atacado, y
el tercero, en general, el tipo
de sustrato, excepto cuando
se trata de peptidasas, en
cuyo caso el tercer número
depende, excepcionalmente,
del mecanismo de reacción o
del tipo de centro activo.

Éster de fosfato + H2O  alcohol + o-fosfato


Nombre sistemático monoéster ortofosfórico hidrolasa
Código numérico EC 3. 1. 3. 1
Nombre trivial: fosfatasa alcalina
Liasas
Catalizan reacciones de ruptura no hidrolítica de enlaces C–C, C–O, C–N (u otros)
con formación de un doble enlace o de anillos. También las de adición de un grupo
a un doble enlace.

A efectos clasificatorios las reacciones se escriben siempre en el sentido de la


ruptura o remoción, de forma que sea una reacción monosustrato.

El segundo número indica el tipo


general de enlace atacado, y el tercero
el grupo eliminado

L- histidina  histamina + CO2


Nombre sistemático L-histidina carboxi-liasa
Código numérico EC 4. 1. 1. 22
Nombre trivial: histidina descarboxilasa
Isomerasas
Catalizan reacciones de reordenación intramolecular

Las oxido reducciones y las transferencias de grupos intramoleculares están


incluidas en esta clase y no en las clase 1 o 2, ya que la molécula completa no
sufre oxidación ni reducción netas, ni se modifica su composición elemental

El segundo dígito indica el tipo


de isomerización y el tercero el
tipo de substrato.

L- alanina  D-alanina
Nombre sistemático alanina racemasa
Código numérico EC 5. 1. 1. 1
Nombre trivial: alanina racemasa
Ligasas
Catalizan reacciones de formación de enlaces con ruptura de un NTP,
siguiendo una de las ecuaciones generales siguientes:

A + B + NTP A-B + NDP + Pi


C + D + NTP C-D + NMP + PPi

El segundo número EC indica


el tipo de enlace formado, al
igual que el tercero que sólo
resulta útil en el caso de
enlaces C–N (EC 6.3.x.y)

L- glutamato + H3N + ATP  L-glutamina + ADP + o-fosfato


Nombre sistemático L-glutamato:amonio ligasa (formadora de ADP)
Código numérico EC 6. 3. 1. 2
Nombre trivial: glutamina sintetasa
Translocasas
Aceleran procesos de translocación de solutos

Number Name
EC 7.1 Catalysing the translocation of hydrons
EC 7.1.1 Linked to oxidoreductase reactions
EC 7.1.2 Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate
EC 7.1.3 Linked to the hydrolysis of diphosphate
EC 7.2 Catalysing the translocation of inorganic cations
EC 7.2.1 Linked to oxidoreductase reactions
EC 7.2.2 Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate
EC 7.2.4 Linked to decarboxylation
EC 7.3 Catalysing the translocation of inorganic anions and their chelates
EC 7.3.2 Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate
EC 7.4 Catalysing the translocation of amino acids and peptides
EC 7.4.2 Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate
EC 7.5 Catalysing the translocation of carbohydrates and their derivatives
EC 7.5.2 Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate
EC 7.6 Catalysing the translocation of other compounds
EC 7.6.2 Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate

ATP + H2O + Na+[side 1] + K+[side 2] = ADP + phosphate + Na+[side 2] + K+[side 1]


Systematic name: ATP phosphohydrolase (P-type, Na+/K+-exchanging)
EC 7.2.2.13
Determinación de la actividad enzimática

 Medir la variación en la concentración de sustrato o producto (velocidad inicial)

 Sustratos o productos deben poseer una cualidad diferencial medible.

 Uso de reacciones acopladas

Glucosa oxidasa
Glucosa + H2O + O2  Ac. Glucónico + H2O2
ABTS RED
Peroxidasa
ABTS OX
H2O

 Métodos convencionales : Continuos o discontinuos (Muestreo).


Cinética de las reacciones químicas

La cinética se ocupa del estudio de la velocidad de las reacciones


y de los factores que la afectan

En una reacción sencilla A → B

La velocidad (v) en un momento dado, en el sentido que señala la


flecha, se define como el cambio de concentración de un reactante o
producto por unidad de tiempo:
v2
x
d[B] -d[A] v1x
v= =
dt dt
[B] v0 > v1 > v2

velocidad inicial v0
x
t
Velocidad y reacciones de 1er orden

k
Una reacción del tipo A → B
Se dice que es de 1er orden porque v ∝ k [A]
Las unidades de las k de primer orden son s-1 Cte de velocidad

Por tanto -d [A]/d t = k A


Reordenando -k d t = d [A] /[ A] e integrando -k t = Ln [A] /[A0]
Ln[A] = Ln[A0] -kt

De esas expresiones podemos calcular


el tiempo mitad (vida media)
LnA0
t1/2 = Ln2/k = 0,693/k
-k
LnA
La vida media no depende de la [A]
t
Velocidad y reacciones de 2º orden

Una reacción del tipo 2A → P es de segundo orden.


v = k [A]2 Las unidades de las k de segundo orden son M-1 s-1

En este caso 1/[A] = 1/[A0] + k t

tenemos la ecuación de una recta si representamos 1/[A] frente a t

En este caso el tiempo mitad (vida media) t1/2 = 1/k [A0]

La vida media depende de la [A0]

Una reacción del tipo A+B→ C+D


También es de 2º orden porque v = k [A] [B]
En el caso de que uno de los dos reactantes sea el agua
(eg: A + H2O → )
Se dice que es de pseudo primer orden dada la magnitud de la concentración del agua
¿Cómo actúan los enzimas?

k
Para una reacción simple S→ P
tenemos que v = k [S]
Para acelerar la reación, los enzimas aumentan
el valor de k (obviamente no cambian la [S])

¿Cómo?
‡/RT
Según la ecuación de Arrhenius k = cte. e-G
cte. preexponencial = factores espaciales y frecuencia de colisión
R = constante universal de los gases
T = temperatura de la reacción (en ºK)

G‡ = energía de activación
La energía de activación

Estado de transición (activado)

Afecta a la velocidad
∆G‡ (no catalizada) (al ↓ ∆G‡ ↑ k )

∆G‡ (reac. catalizada)

SUSTRATO
Energía libre

Afecta al sentido de
∆G la reacción pero no
a su velocidad.

∆G no cambia por
PRODUCTOS acción del enzima.

Progreso de la reacción
Factores que contribuyen al valor de ΔG‡

1) Entropía (grado de desorden) de las moléculas en solución

2) La capa de solvatación del agua unida por puentes de hidrogeno


que rodea y estabiliza las biomoléculas

3) La distorsión de los sustratos requerida en muchas reacciones

4) La necesidad de alineamiento de los grupos funcionales catalíticos


en el enzima

Se puede utilizar la energía de fijación (∆GB ) de los sustratos al


enzima para superar todas estas barreras.
¿Por qué disminuye la energía de activación?
1) Entropía (grado de desorden) de las moléculas en solución
ΔGB “ordena” los sustratos en la orientación correcta
(colisiones productivas)
2) La capa de solvatación del agua unida por puentes de
hidrogeno que rodea y estabiliza las biomoléculas
Interacciones enzima-sustrato reemplazan los enlaces de
hidrogeno entre el sustrato y el agua

3) La distorsión de los sustratos requerida en muchas reacciones


ΔGB compensa termodinámicamente las distorsiones del sustrato
4) La necesidad de alineamiento de los grupos funcionales
catalíticos en el enzima
El enzima puede experimentar un cambio en la conformación
cuando de fija el sustrato (encaje inducido)
¿Cómo se consigue ↓ ∆G‡ ?
El enzima estabiliza (menor energía) el estado de transición.
debido a la unión del sustrato al centro activo para formar complejos enzima-sustrato (ES).

Hay pruebas de la existencia de los complejos ES:


• Observación directa al ME
• Cristalografía de rayos X
• Técnicas espectroscópicas
• Datos cinéticos.
SATURACIÓN POR SUSTRATO

v v

[S] [S]

Reacción no catalizada Reacción catalizada


RNA polimerasa
del virus Norwalk
Valoración de la actividad enzimática
La actividad de los enzimas se estima en función de la velocidad de
la reacción que catalizan en condiciones óptimas de pH,
temperatura y [S] saturante.
k
Esto es debido a que si la reacción es del tipo E +S →
Entonces v = k [E] [S]

Por tanto la velocidad v será proporcional a [E]

[E]

Esto explica que las unidades de actividad enzimática tienen dimensiones de velocidad
Unidades de actividad enzimática

1 Unidad Internacional (U): cantidad de enzima capaz de


transformar 1µmol de sustrato/min en condiciones óptimas de
pH, Tª y [S] saturante.

1 Unidad del sistema internacional (katal): cantidad de enzima


capaz de transformar 1mol de sustrato/s en condiciones
óptimas de pH, Tª y [S] saturante.

La actividad específica relaciona las unidades de actividad


enzimática con la cantidad de proteína total de la muestra.

Sus unidades se expresan como U/mg ó katal/kg


La actividad específica indica el grado de pureza

A B

A. Cuando la abundancia de la proteína enzimática (bolas rojas) respecto al total de


proteínas (bolas totales) es baja la actividad específica es baja.

- B. Cuando el grado de purificación aumenta (disminuye el nivel de proteína no


enzimática en el total), la actividad específica es alta.

Cuando la proteína está totalmente pura (toda la proteína es el enzima) la actividad


específica es máxima.
Factores que afectan a la velocidad de
las reacciones catalizadas por enzimas
V

Temperatura: la frecuencia de la interacción


entre enzima y sustrato aumenta en función de
la frecuencia del movimiento de las moléculas,
la cual es dependiente de la temperatura.

Inc. Temperatura (°C)


V
pH: el estado de ionización de los
grupos catalíticos y de unión del sitio
activo del enzima dependen del pH
del medio.

pH
Factores que afectan a la velocidad de
las reacciones catalizadas por enzimas
S

Concentración de sustratos S
S
I S
I
Activadores I I S
E

Inhibidores
I
I
I I
Dependencia de la velocidad de la
concentración del sustrato

Vmax [ST]
v=
Km
[ST] +

v Ecuación de Michaelis-Menten

kcat[ET] [ST]
v=
[ST] + Km
[ST]
El modelo del equilibrio (Henri & Brown)
k1 k2
para una reacción del tipo E + S → ES → E + P
k-1

La velocidad de aparición de productos será v = k2 [ES] (1)


y en condiciones de saturación por sustrato donde [ES] = [ET]
alcanzaremos el valor máximo de la velocidad Vmax = k2 [ET] (2)
En el EQUILIBRIO tendremos: k1 [E] [S] = k-1 [ES] (3)
[E] [S] k-1
Ks=
[ES]
= k1
(4)

Si sabemos que [ET] = [E] + [ES] (5)


Tomando el valor de [E] de (5) sustituyendo en la ecuación (4) y despejando el valor de [ES] :

[ET] [S] k2 [ET] [S] Vmax [S]


[ES] = Sustituyendo en (1) v= v=
[S] + Ks [S] + Ks [S] + Ks
El modelo del estado estacionario
(Briggs & Haldane)

k1 k2
para una reacción del tipo E + S → ES → E + P
(k-2)
k-1

El cambio de [ES] respecto al tiempo será:

d [ES]/d t = k1 [E] [S] - k2 [ES] - k-1 [ES]


El modelo del estado estacionario
(Briggs & Haldane)
k1 k2
E + S → ES → E + P
k-1
La velocidad de aparición de productos será v = k2 [ES] (1)
y en condiciones de saturación por sustrato donde [ES] = [ET]
alcanzaremos el valor máximo de la velocidad Vmax = k2 [ET] (2)

En el estado ESTACIONARIO tendremos: k1 [E] [S] = k2 [ES] + k-1 [ES] (3)

Si sabemos que [ET] = [E] + [ES] (4)


Tomando el valor de [E] de (4) sustituyendo en la ecuación (3) y despejando el valor de [ES] :

[ET] [S] k2 [ET] [S] Vmax [S]


[ES] = Sustituyendo en (1) v= v=
(5)
[S] +
k-1+ k2
[S] +
k-1+ k2 [S] + Km
k1
? k1
Ecuación de
Km Michaelis-Menten
Cte. de Michaelis
[E] [S] k-1 [E] [S] k-1+ k2
Ks=
[ES]
= k1
Km =
[ES]
=
k1
Mecanismos más complejos

Dos intermediarios

Tres intermediarios

Dos productos
Significado de Vmax y kcat

Cuando [S] es saturante > 50-100 Km Vmax = kcat [ET]

kcat (cte. aparente de 1er orden ) = Vmax/ [ET]

kcat (s –1) Número de recambio ó Actividad catalítica molar

Número de moléculas de sustrato transformadas en producto


por unidad de tiempo por una molécula de enzima, en condiciones
óptimas de pH, temperatura y cantidad saturante de sustrato.

1/kcat indica la duración de un ciclo catalítico


Significado de Km
Es característica de un enzima y su sustrato y no depende de la [E]

Sus valores oscilan entre 10nM y 0,1 M (normalmente entre 1 µM y 10mM)

Tiene unidades de concentración (M)

• Solamente en el modelo del equilibrio coincide con la constante de disociación Ks del complejo ES

• En los demás modelos la Km depende de relaciones entre distintas constantes de velocidad.

• Puede considerarse como una constante de disociación aparente del enzima respecto al sustrato o
productos. Es indicativa de la afinidad por sustratos y/o productos.

• Puede también definirse como la [S] para la que v = Vmax/2


Significado de kcat/Km

k
luego v = cat [E][S]
Km

kcat
Km
Es una cte aparente de velocidad (2º orden)

Refleja la EFICIENCIA CATALITICA

k-1+ k2 kcat k2 k1 k1 k2
Si Km = Km
= Recordemos que E + S → ES → E + P
k1 k-1+ k2
k-1
La relación kcat / Km tiene un valor máximo

cuando k2 >>> k-1

Cuando NO SE CUMPLE la hipotesis de equilibrio El valor máximo de k1 es del orden 107 – 109 M-1s-1

Entonces kcat / Km ≈ k1 Sirve para discriminar entre los modelos


de reacción simples (equilibrio y estado estacionario).
Valores de afinidad ( Km ), actividad molecular ( kcat )
y eficacia catalítica ( kcat / Km )
de algunos enzimas

Enzima Km (M) kcat (s-1) kcat /Km (M-1 s-1)

Acetilcolinesterasa 9 x10-5 1,4 x 104 1,6 x 108

Fumarasa 5 x10-6 8 x 102 1,6 x 108

Anhidrasa carbónica 3 x10-2 4 x 105 1,3 x 107

Catalasa 1,2 4 x 107 3,3 x 107

Quimotripsina 5 x10-3 102 2 x 104

Lisozima 5 x10-6 0,5 1 x 105


Significado de kcat/Km
Indicador de especificidad (o preferencia) por distintos sustratos

kcat1 kcat2
v1 = [E1][S1] v2 = [E2][S2]
Km1 Km2

En una mezcla de ambas [E1] = [E2]

V1 kcat1/Km1 [S1]
= Si además hacemos que [S1] = [S2]
V2 kcat2/Km2 [S2]

V1 kcat1/Km1
=
V2 kcat2/Km2
La relación de Haldane
Para una reacción catalizada en el equilibrio

v+ kcat+/Km+ [Seq]
=
v- kcat-/Km- [Peq]

Dado que en el equilibrio v+ = v-

[Peq] kcat+/Km+
Keq = = -
[Seq] kcat /Km-
Cálculo de Km y Vmax
Al representar V frente a [S] tenemos La ecuación de Lineweaver - Burk
Vmax
1 Km 1 1
= +
v Vmax [S] Vmax

v Vmax [S] 1 pendiente x


Vmax/2 v=
[S] + Km v x
x
x
x
x

Km [S]
- 1 1
Vmax Km [S]
si [S] <<<<< Km v= [S]
Km

Hay otras ecuaciones derivadas de la de M-M


Luego v ∝ [S] (primer orden)
Eadie-Hofstee
si [S] >>>>> Km V = Vmax Vmax
v =- Km v
+Vmax
[S]
Luego v no depende de [S] (orden cero) v - Km

v
[S]
Limitaciones de las linealizaciones
El error experimental
Cuando no se cumple [ET] «« [ST]
(El método de Dixon)
Resumen
 La Vmax no es una “constante”, es la máxima velocidad inicial
para una concentración dada de enzima

 La k2 ( kcat), llamada número de recambio o actividad molecular (s-1),


es una constante característica de cada enzima.
Puede calcularse a partir de la Vmax y la [ET].

 La Km , tiene unidades de [S] es un indicio de la “afinidad”


del enzima por sus sustratos.

 La relación kcat/ Km permite evaluar la EFICIENCIA de los enzimas.


Los enzimas muy eficientes tiene valores del orden 107 – 109 M-1s-1
Metas de conocimiento
 Terminología y propiedades de los enzimas y cofactores.
 Características generales del centro activo y teorías que explican la
especificidad de los enzimas.

 Generalidades sobre nomenclatura y clasificación de enzimas. Código


numérico. Nombres sistemáticos y triviales.

 Conceptos básicos sobre cinética de las reacciones químicas. Orden


de reacción, velocidad inicial, energía libre de activación.

 Valoración de la actividad de los enzimas. Unidades enzimáticas.

 Cinética de reacciones monosustrato. Modelos del equilibrio y del estado


estacionario. La ecuación de Michaelis-Menten.

 Representaciones gráficas, calculo y significado de Km, Vmax, kcat.

 Eficacia catalítica. La relación de Haldane.

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