Síntesis de proteínas, procesamiento y regulación.

Una vez sintetizadas la mayoría de las células pueden ser reguladas, en respuesta a señales extracelulares, ya sea por
modificaciones covalentes o mediane la asociación con otras moléculas. Además, el nivel de proteínas en la célula se
regula a través de una degradación de proteínas diferencial.

Traducción del ARNm.

Las proteínas se sintetizan a partir de un molde de ARNm mediante un proceso altamente conservado. Todos los
ARNm se leen en sentido 5’ a 3’ y las cadenas polipeptídicas se sintetizan desde el extremo amino terminal al
carboxilo terminal. Cada aminoácido viene codificado por tres bases (un codón) en el ARNm., de acuerdo con el
carácter casi universal del código genético. Esta traducción tiene lugar en los ribosomas, siendo los ARNt los
adaptadores entre el molde de ARNm y los aminoácidos incorporados a la proteína, entonces, requiere la interacción
entre los ARNm, ARNt y ARNr, además de otras proteínas.

ARN de transferencia.

Cada uno de los 20 aminoácidos debe ser alineado con su

correspondiente codón del ARNm molde. Todas las células
contienen un ARNt que funciona como adaptador entre ambas.
Estos ARNt tienen una longitud de aprox. 80 nucleótidos con una
estructura en forma de hoja de trébol, por la complementariedad
entre distintas regiones de la molécula. Estos presentan dos regiones
distintas. Todos poseen una secuencia CCA en su extremo 3’, el cual
se unen los aminoácidos covalentemente a la ribosa de la adenosina
terminal. La secuencia del ARNm es reconocida por el lazo
anticodón en el otro extremo de la molécula de ARNt plegada, el
cual se une al codón adecuado mediante complementariedad de bases.

La incorporación de los aminoácidos correctos en la proteína depende de la unión de cada

uno de ellos a su ARNt y de la especificidad del apareamiento de bases entre codón y
anticodón. La unión de los aminoácidos con su ARNt especifico esta mediada por la
Aminoacil ARNt Sintetasas. Cada una de ellas reconoce a un único aminoácido. La reacción
ocurre en dos etapas. Primero el aminoácido es activado mediante una reacción con ATP
formándose un intermediario aminoacil AMP, el cual se une posteriormente con el extremo
3’ del ARNt. Tras la unión al ARNt el aminoácido se alinea con el ARNm molde por la
complementariedad de bases entre el codón del ARNm y el anticodón del ARNt.

Ribosoma.

Los ribosomas con el lugar donde se sintetizan las proteínas. Son partículas subcelulares con
coeficientes de sedimentación 80 S para eucariotas. La subunidad grande (60S) y una subunidad pequeña (40S). Al
igual que los ARNt, los ARNr forman estructuras secundarias características debido a la complementariedad de
bases. El ARNr es responsable de catalizar la formación del enlace peptídico ya que la subunidad grande del
ribosoma funciona como una ribozima, de modo que cataliza la reacción principal de la síntesis de proteínas.

La traducción no empieza en el extremo 5’ del ARNm, sino que tiene lugar en un sitio de iniciación, la región 5’ no
codificante (UTR). Los ARNm de eucariotas normalmente codifican para una única ceda polipeptídica. La cadena
polipeptídica termina en regiones 3’ no codificantes. Esta traducción siempre comienza con el aminoácido de
metionina, codificado por el triplete AUG. El ribosoma se une al ARNm mediante el reconocimiento de la 7-
metilguanosina en el extremo 5’ de la caperuza. De esta forma los ribosomas se desplazan por la secuencia del
mensajero hasta encontrar un codón de iniciación AUG.

La traducción se divide en tres pasos; iniciación, elongación y terminación. El primer paso de la fase de iniciación es
la unión de un metionil ARNt especifico y el ARNm a la subunidad menor del ribosoma. Después, la subunidad
mayor del ribosoma se une al complejo formando un ribosoma funcional, sobre el cual tiene su elongación la
cadena polipeptídica.
 Esta etapa de iniciación requiere de al menos 12 proteínas distintas llamadas
factores de iniciación eucarióticos. Los factores eIF1, eIF1A y eIF3 se unen a la
subunidad ribosoma 40S, y el eIF2 (con un GTP) se une al metionil ARNt
iniciador. Un complejo de preiniciación se forma mediante la asociación de la
subunidad 40S con el eIF-45 y el ARNt iniciador. El ARNm es reconocido y
dirigido por el eIF4 hacia el ribosoma. El cap. del extremo 5’ del ARNm es
reconocido por el eIF4-E que forma un complejo con los factores eIF-4G y eIF4-A.
El factor eIF4G se une a la proteína de unión a poli A en el extremo 3’ del ARNm.
Los factores de iniciación eIF4E, eIF4G en asociación con el eIF4A y el eIF4B
dirigen el ARNm hacia la subunidad ribosómica 40S, mediante la interacción entre
los factores eIF4G y eIF3. La subunidad ribosómica 40S unida al metionil ARNt y a
los eIF revisa el ARNm hasta reconocer un codón de iniciación AUG. Cuando este
codón es reconocido, eIF5 provoca la hidrolisis del GTP unido a eIF2. Los factores
de iniciación son liberados y el eIF5B facilita la unión de la subunidad 60 S para
formar el complejo de iniciación 80S.

Tras la formación del complejo de iniciación, la traducción continúa con la

elongación de la cadena polipeptídica. El ribosoma
tiene tres sitios para la unión del ARNt denominados
lugar P (peptidil) A (aminoacil) y E (liberación). El
metionil ARNt iniciador se une al sitio P.

La primera etapa de la elongación es la unión del

siguiente aminoacil ARNt al sitio A mediante emparejamiento con el segundo codón del
mensajero. El aminoacil ARNt es guiado hacia el ribosoma por un factor de elongación
‘’eEFα’’ unido a GTP. La precisión de la síntesis la proporciona un centro descodificador
en la subunidad pequeña del ribosoma que reconoce los pares de bases codón anticodón
correctos y discrimina los errores. La inserción de un aminoacil ARNt correcto en el
dominio A da lugar a un cambio conformacional que induce la hidrolisis del GTP unido a
eEF1α y libera el factor de elongación. Una vez que el eEF1α sale del ribosoma se forma
un enlace peptídico entre el metionil del ARNt iniciador en el sitio P y el segundo
aminoacil ARNt en el sitio A. Esta reacción esta catalizada por la subunidad ribosómica
grande. Esta reacción genera la transferencia de la metionina al aminoacil ARNt en el sitio
A del ribosoma formándose un peptidil ARNt en esta posición y dejando un ARNt libre en
el sitio P. La etapa que sigue a sigue elongación es la traslocación que requiere otro factor
de elongación eEF-2 y también esta acoplada a la hidrolisis de GTP. Durante la
traslocación el ribosoma se desplaza tres nucleótidos sobre el ARNm colándose un nuevo
codón en el sitio A libre. En esta etapa se transloca el peptidil ARNt desde el sitio A al sitio
P y el ARNt libre desde el sitio P al sitio E. La unión de un nuevo aminoacil ARNt al sitio A
induce la liberación del ARNt libre del sitio E dejando al ribosoma para la inserción de
otro aminoácido a la cadena polipeptídica.

El factor de elongación eEF1βγ promueve

la sustitución del GDP a GTP en el factor de
elongación eEF1α, activándolo para dirigir
un nuevo aminoacil ARNt al sitio A del
ribosoma comenzando un nuevo ciclo de
elongación.

La elongación de la cadena polipeptídica continua hasta que un codón

de terminación se coloca en el sitio A del ribosoma. (UAA, UAG o
UGA). Las células no presentan anticodones complementarios a estos
tripletes, pero si tienen factores de liberación que los reconocen y
terminan la síntesis de proteínas.
Regulación de la traducción.

Un mecanismo de regulación de la expresión traduccional es la unión de proteínas

represoras que bloquean la traducción a secuencias específicas del ARNm. La traducción
también puede ser regulada por proteínas que se unen a secuencias específicas de las
regiones 3’ no traducidas de algunos ARNm e
inhibir la traducción mediante su unión al factor de
iniciación eIF4E unido a la caperuza 5’. Esto
interfiere con la traducción mediante el bloqueo de
la unión del eIF4E y el eIF4G en un complejo de iniciación normal.

Otro mecanismo de regulación traduccional en células eucariotas que tiene

un efecto global en la traducción es la modulación de la actividad de los
factores de iniciación, particularmente eIF2 y eIF4B. En concreto, tanto eIF2
como eIF2B pueden ser fosforiladas por proteínas quinasas reguladoras.
Estas fosforilaciones inhiben el intercambio del GDP unido, por GTP,
inhibiendo así la iniciación de la traducción.

La regulación de la actividad
de eIF4E que se une a la
caperuza 5’ del ARNm es
otro punto importante
sobre el que actúan los factores de crecimiento para regular la
síntesis proteica. Los factores de crecimiento estimulan la síntesis
proteica ya que activan proteínas quinasas que fosforilan proteínas
reguladoras que a su vez se unen a eF4E. Entonces, en ausencia de
factores de crecimiento las 4E-BP no fosforiladas se unen a eIF4E e
inhiben la traducción interfiriendo en la interacción de el eIF4E con
el eIF4G. En cambio, en presencia de factores de crecimiento la
fosforilación de las 4E-BP impide que esta interactúe con el factor
de iniciación eIF4E dando lugar a elevados niveles de iniciación de
la traducción.

La interferencia de ARN
(iARN) mediada por
moléculas bicatenarias
cortas de ARN se ha utilizado de manera frecuente como herramienta
de inhibición de la expresión génica. El complejo de silenciamiento
inducido por ARN (RISC) se dirige a la región no traducida del
ARNm, conduciendo a la inhibición
Regulación por pequeñas moléculas.

La mayoría de las enzimas son reguladas por cambios en su conformación que provocan
modificaciones en su actividad catalítica.

Inhibición Feedback. Los productos finales de muchas rutas metabólicas inhiben la enzima que
cataliza la primera etapa de su síntesis, de esta manera se asegura la cantidad adecuada de
producto y se evita la producción en exceso. La retroinhibicion es ejemplo de alostérica en el
cual una molécula reguladora se une a un sitio distinto de la misma enzima, generando un
cambio conformacional que afecta la actividad enzimática.

Muchos factores también están regulados por la unión de pequeñas moléculas, en células
eucariotas las hormonas esteroideas controlan de similar la expresión génica uniéndose a
proteínas reguladoras de la transcripción. Muchas proteínas son reguladas por la unión a GTP o
GDP, por ejemplo, las proteínas de la familia Ras que cambian conformacionalmente, siendo de
manera ACTIVA unida a GTP e inactivada unida a GDP.

Fosforilación y otras modificaciones.

La actividad de algunas proteínas se regula por

modificaciones covalentes. Un tipo de regulación de este
tipo es la activación de enzimas por escisión proteolítica
de precursores inactivos. Sin embargo, la proteólisis es un
proceso irreversible, es decir, un mecanismo de la vía de
control de la actividad enzimática, en lugar de un
mecanismo de activación y desactivación de proteínas en
respuesta a factores ambientales.

La fosforilación es un proceso reversible en las células, y

su función es activar o inhibir de manera reversible una
gran variedad de proteínas, en respuesta a señales. Esta
reacción esta catalizada por proteínas quinasas las cuales
transfieren un grupo fosfato desde el ATP al grupo
hidroxilo de la cadena lateral de un residuo de una serina,
treonina o tirosina. La fosforilación se revierte por
enzimas protein fosfatasas, catalizando la hidrolisis de un
grupo fosfato del aminoácido que fue fosforilado. La acción secuencial de varias proteínas quinasa puede transmitir
una señal recibida en la superficie celular a unas proteínas diana en el interior de las células, finalmente afectando el
comportamiento celular.

Pese a que la modificación covalente más común es la fosforilación, también existen otros tipos de modificaciones
proteicas como: Acetilación, Metilación, Nitrosilación, glucosilación.

Interacciones proteína-proteína.

Muchas proteínas están formadas por subunidades, en las cuales cada una es un polipéptido independiente. A
veces, las subunidades son idénticas, o pueden ser dos o más. En cualquier caso, la interacción entre esas
subunidades es fundamental en la regulación de la actividad de la proteína en sí.

Degradación de proteínas.

La ruta principal de degradación selectiva de proteínas en células eucariotas usa la ubiquitina como un marcador de
proteínas citosólicas y nucleares para una rápida proteólisis. La ubiquitina es un polipéptido de 76 aminoácidos que
puede fijarse a grupos amino mediante residuos de lisina, regulando la actividad de la proteína. Estas proteínas
poliubiquitiladas son reconocidas y degradas por un complejo llamado proteasoma. Las proteínas que controlan
procesos celulares fundamentales como la expresión génica y proliferación celular son dianas para los procesos de
ubiquitinación y proteólisis.