Instituto Politécnico Nacional

Escuela Superior de Computo

Bioinformatics
Lab Session 7. CADD
Alumno:
Profesor: Jorge Luis Rosas Trigueros

Fecha de Realización: 25 de Abril de 2022

Fecha de Entrega: 2 de Mayo de 2022

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1. Marco Teorico
1.1. Estructura general de SARS-CoV-2
Se reconocen cuatro géneros de coronavirus: Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammaco-
ronavirus y Deltacoronavirus. El exámen genealógico del SARS-CoV-2 reveló que pertenece
al coronavirus del género betacoronavirus.
Los coronavirus reciben su nombre debido al aspecto que presentan sus viriones al micros-
copio electrónico, semejante a una corona solar (con proyecciones de superficie) gracias a
sus proteı́nas de superficie9. Estructuralmente los coronavirus son virus esféricos que miden
entre 80 a 160 nanómetros de diámetro, con una envoltura de bicapa lipı́dica y que contienen
genoma de ARN monocatenario (ssRNA) de polaridad positiva de entre 27 y 30 kilobases
de longitud9. El genoma del virus SARS-CoV-2 codifica 5 proteı́nas estructurales, las cuales
están codificadas dentro del extremo 3 del genoma viral:
Glucoproteı́na S (espiga): La glucoproteı́na S trimérica es una proteı́na de fusión de clase I
y media la unión al receptor del huésped. La glucoproteı́na S es escindido por una proteasa
similar a la furina de la célula huésped en dos polipéptidos separados denominados S1 y S2.
S1 constituye el gran dominio de unión al receptor de la proteı́na S, mientras que S2 forma
el tallo de la molécula espiga.
Proteı́na E (envoltura): La proteı́na E transmembranal tiene un ectodominio N-terminal y
un endodominio C-terminal y tiene actividad de canal iónico. La actividad del canal iónico
en la proteı́na E del SARS-CoV no es necesaria para la replicación viral, pero sı́ podrı́a serlo
para la patogénesis. Facilita el ensamblaje y la liberación del virus.[3]

1.2. Docking
El acoplamiento molecular (conocido como docking) es una técnica de mecánica molecular
ampliamente utilizada para predecir energı́as y modos de enlace entre ligandos y proteı́nas,
información de gran utilidad en el estudio de nuevos compuestos con efectos terapéuticos. No
obstante, los resultados obtenidos mediante esta técnica tienden a la subjetividad, debido a
que los programas utilizados para llevarla a cabo proporcionan más de un criterio de selección
de la mejor pose. En la presente investigación se aplicó el método semiempı́rico PM6 a los
resultados del acoplamiento, obteniendo con ello mejorı́as en el proceso de selección de la
mejor pose pues se obtuvieron poses con alta probabilidad de unión al sitio activo de su
receptor y con energı́as de unión menores a las reportadas por los criterios de selección
ofrecidos por el programa de docking.[4]

2. Material y Equipo
Computadora Personal
Google Chrome
SwissDock

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 PDB
Chimera

3. Desarrollo de la Practica
3.1. Selección de la proteı́na
La proteı́na seleccionada es el N-terminal RNA del SARS-CoV-2 principalmente tenemos el
objetivo de encontrar un fármaco que ayude a prevenir el contagio.
En la figura 8 se muestra el N-Terminal de el SARS-CoV-2 en el PDB.

Figura 1: N-Terminal en PDB.

En la figura 2 se puede mostrar la estructura de la proteı́na a utilizar.

Figura 2: Estructura de N-Terminal SARS-CoV-2.

El codigo de PDB para el N-Terminal es el 6M3M esta bajo el método “X-RAY DIFFRAC-
TION” y cuenta con 3949 átomos los cuales van a ser de utilidad al hacer el Docking, esta
herramienta permite hasta 15,000 átomos.

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4. Docking
Para pasar la parte de el Docking tenemos que seleccionar 3 fármacos de la pagina de ZINC
esto para poder ver como se comportan con el Covid mas en especifico con el N-Terminal.
Las sustancias que utilizamos fueron:
ZINC53 (Aspirin). Se utiliza para tratar el dolor, la fiebre y la inflamación, debido a
su efecto inhibitorio, no selectivo.
ZINC865 (Acetaminosalol). Es un producto de esterificación de ácido salicı́lico y pa-
racetamol. Fue comercializado por Bayer bajo la marca Salophen como analgésico a
finales de los siglos XIX a XX.
ZINC1070 (Cohoba). Planta utilizada con fines medicinales.

Figura 3: ZINC53 (Aspirin).

Figura 4: ZINC865 (Acetaminosalol).

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 Figura 5: ZINC1070 (Cohoba).

Teniendo las sustancias y el pdb de n-terminal vamos a hacer el Docking de cada sustancia,
en el Swiss Docking y estos son los resultados que obtuvimos.

Figura 6: ZINC53 (Aspirin).

Primeramente no se pudo apreciar en la pagina del Swiss Docker debido a un bug que tene
JSmol que mencionan y por que tuve que descargar una herramienta para poder visualizarlas
que es Chimera 1.16 el cual fue de gran ayuda porque el modelo se ve con mucho mejor detalle

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 Figura 7: ZINC865 (Acetaminosalol).

Figura 8: ZINC1070 (Cohoba).

5. Conclusiones
Con esto nos podemos dar cuenta de lo difı́cil que puede llegar a ser encontrar un cura o
un remedio para un virus en este caso el SARS-CoV-2, este solo seria uno de los pasos para
poder encontrar la cura o un tratamiento pero gracias a la tecnologı́a se ha podido obtener
la cura de forma mas veloz.

Referencias
[1] “SwissDock - The online docking web server of the Swiss Institute of Bioinformatics -
Docking,” Swissdock.ch, 2022. http://www.swissdock.ch/docking/
[2] “ZINC,” Docking.org, 2022. https://zinc.docking.org/substances/
[3] J. Arandia-Guzmán and G. Antezana-Llaveta, “SARS-CoV-2: estructura, replicación y
mecanismos fisiopatológicos relacionados con COVID-19,” Gaceta Médica Boliviana, vol.
43, no. 2, pp. 170–178, 2020 [Online].

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[4] A. El, D. De Fármacos Por Camilo, I. Vega, H. Patrocinante, Gonzalo, and R. Durán,
“LUDIFICACIÓN DE DOCKING MOLECULAR PARA.” [Online].