En el sitio web http://www.agbooth.

com/pp_java/ se puede ejecutar online

un programa que simula un laboratorio de Purificación de Proteínas. Se
agradece al Profesor Andrew G. Booth (School of Biochemistry and
Biotechnology, University of Leeds, Leeds, United Kingdom), el desarrollo, y
puesta a disposición de la comunidad interesada, de este excelente
programa educativo.

El objetivo del programa es purificar una proteína de entre una mezcla,

prestando atención a los aspectos de pureza, rendimiento y coste. El
programa permite poner en práctica el principio de “prueba y error” que guía
el “arte” de la purificación de proteínas, y la importancia que, en este
contexto, tiene el disponer de una amplia colección de procedimientos
básicos con los que enfrentarse al propósito final de la purificación de
proteínas.

El programa sitúa al alumno en un laboratorio imaginario de purificación de

proteínas. Es recomendable que el alumno lea primero los apartados
“Scenario”, “Getting Started” y “Strategy” del menú “Help”. Una vez que el
alumno comprenda este escenario imaginario, puede comenzar su práctica
virtual. El programa permite que el alumno seleccione una de las 60
proteínas diferentes que constituyen la “Complex Mixture”. También permite,
en todo momento, guardar una purificación en marcha, para continuarla en
otro momento. Todas las proteínas de la mezcla son enzimas cuya actividad
se puede ensayar. Cuando el alumno selecciona “Start: Start from
beginning” ha de escoger una de las 60 proteínas de la mezcla. Con el
número que escoja el programa le presenta información básica sobre la
proteína correspondiente, incluyendo su estabilidad con el pH y la
temperatura. A continuación, usando el menú “Separation” el alumno
selecciona el primer paso de purificación que quiere aplicar. Hay una amplia
variedad de procesos de purificación disponibles. El procedimiento óptimo
depende de las propiedades estructurales y funcionales de la proteína
seleccionada. Usando el menú Help se puede obtener información
específica sobre cada uno de estos procedimientos, que incluyen:
Precipitación con Sulfato Amónico, Cromatografía de Penetrabilidad,
Cromatografía de Intercambio Iónico, etc. Al escoger un paso
cromatográfico de purificación el programa genera un cromatograma de
absorbancia a 280 nm (concentración de proteína) frente a número de
fracción. En este momento, usando el menú “Fractions”, es posible ensayar
la actividad enzimática de la proteína en cuestión en las diferentes
fracciones de la cromatografía, y seleccionar aquellas fracciones de interés
para reunirlas en una sola (pool fractions). El progreso de la purificación
queda en todo momento reflejado en una Tabla de Purificación que informa
sobre el rendimiento de los diferentes pasos, el grado de purificación o
enriquecimiento y una estimación del coste de las sucesivas etapas, en
unidades arbitrarias. El programa no fija el punto final del procedimiento,
salvo que el alumno consuma demasiados recursos o arruine la purificación,
en cuyo caso es “despedido”.