1. ¿Por qué la ADN polimerasa necesita de un cebador para funcionar?

Necesita de un cebador, debido a que se requiere de un extremo 3´-OH libre. Por lo tanto, este cebador
debe ser una cadena de ARN. Además, queda manifestado porque el ARN se une de una manera
especial a la polimerasa, pudiendo funcionar de manera correcta sólo con ARN.

2. ¿Cómo la polimerasa es cataliza reacciones para 4 sustratos diferentes?

Debido a que los nucleótidos son sumamente complementarios. Esto hace que los grupos OH y fosfatos
de los dNTPS se alineen de manera tal en la polimerasa, que no podría darse la reacción con un
nucleótido que no sea complementario.

3. ¿Cómo funciona la ADN polimerasa con sus dominios en forma de mano?

La ADN polimerasa tiene su sitio catalítico en el dominio de la palma. En esta región se unen dos iones
divalentes (Ca2+ o Zn2+) la cuál ayuda para llevar a cabo la catálisis del dominio. A su vez, cuando se
aparean de manera incorrecta se disminuye la procesividad de la polimerasa y también disminuye su
afinidad, por lo tanto, se mueve a otro sitio no catalítico de revisión.

Cuando se aparean dos nucleótidos complementarios, los dominios de los dedos se cierran sobre los
dNTPS y lo iones produciendo una mayor interacción entre los mismos y que los dNTPs se queden en su
sitio catalítico. A su vez, el dominio de los dedos cumple una función de girar la hebra monocatenaria de
ADN casi 90°, luego del sitio catalítico, produciendo que sólo esté disponible ese sitio y que el resto de la
cadena no interaccione en la reacción.

En cambio, el pulgar ayuda a mantener la unión entre el cebador y sitio activo. En segundo lugar,
mantiene una asociación entre la ADN polimerasa y el sustrato. El dominio pulgar interacciona con el
ADN bicatenario de manera no específica con interacciones electrostáticas

4. Actividad del dominio nucleasa de la polimerasa

Cuando se añade un nucleótido a la cadena de manera incorrecta (casi nunca), la velocidad de la

polimerasa disminuye, debido a que la interacción del OH 3´ con el fosfato se aparea de manera
incorrecta, esto produce una interacción incorrecta con la polimerasa también, por lo tanto, la cadena
mal apareada se mueve del sitio activo de la polimerasa al sitio activo de la exonucleasa (significa que
corta al ADN en un extremo y no en el medio como una endonucleasa), que tiene afinidad por ADN
monocatenario, por lo tanto sólo se elimina el ADN mal apareado (puede eliminar un nucleótido
adicional)

5. Iniciación replicación procariotas

Para que comience la replicación la helicasa necesita abrir las hebras del ADN, para que los primers o
cebadores (tienen el OH del C3 libre para iniciar la síntesis) se unan al ADN para que la ADN polimerasa
pueda iniciar la síntesis. Los primers son sintetizados por las primasas.
La helicasa examérica abre la doble hélice y utiliza ATP para moverse a través del ADN monocatenario.
Luego, le hebra monocatenaria se estabiliza a través de proteínas SSB, manteniéndose libre de otros
apareamientos. Estas SSB se tienen una unión cooperativa ya que la unión de una SSB promueve la
unión de otras. También las topoisomerasas se encargan de los problemas de superenrollamiento
cortando una o dos cadenas de dsDNA.

6. Elongación replicación

La ADN polimerasa puede iniciar la síntesis, utilizando desoxirribonucleótidos trifosfatos. Luego, los
problemas generados por los fragmentos de Okazaki y de los primers de ARN iniciales, se menajan de la
siguiente manera

También funciona una helicasa examérica abriendo la doble hélice y utilizando ATP para moverse a
través del ADN monocatenario. Luego, le hebra monocatenaria se estabiliza a través de proteínas SSB,
manteniéndose libre de otros apareamientos. Estas SSB se tienen una unión cooperativa ya que la unión
de una SSB promueve la unión de otras. También las topoisomerasas se encargan de los problemas de
superenrollamiento cortando una o dos cadenas de dsDNA.

7. ¿Para qué sirve la abrazadera deslizante, clamp o pinza?

Sirve para aumentar la procesividad del ADN. Debido a que una polimerasa se separa aproximadamente
cada 20-100 pb, la clamp rodea al dsDNA y se engancha a la polimerasa, de manera tal que cuando se
suelta la polimerasa del ADN, la abrazadera los mantiene tan cerca que rápidamente se vuelven a unir
para continuar la replicación
 8. ¿Para qué sirve la loading clamp?

La loading clamp sirve para colocar a la abrazadera con gasto de ATP en uniones cebadores-plantilla.
También se ocupan de la descarga de las abrazaderas, cuando la clamp no interacciona con ninguna
enzima

9. ¿Por qué la holoenzima Pol III tiene 3 polimerasas?

Tiene una polimerasa para la hebra adelantada, y dos polimerasas para los fragmentos de Okazaki, de
manera que, aún no se termina de formar un fragmento de Okazaki y ya se está sintetizando el otro.
Esto se debe en parte a que la clamp y la polimerasa tardan más en separarse que la polimerasa en
sintetizar.

10. ¿A qué se denomina replisoma?

Se denomina replisoma al conjunto de todas las proteínas que funcionan en la horquilla de replicación

11. ¿Por qué son importantes las interacciones entre la helicasa con las primasas y con la
holoenzima Pol III?

Son importantes porque la interacción de la helicasa con la primasa incrementa la procesividad de la

primasa, lo que a su vez incrementa la cantidad de cebadores que puede tener una molécula de ADN. De
forma similar, la interacción de la holoenzima Pol III con la helicasa incrementa la procesividad de la
última, produciendo que estas vayan a una misma velocidad (si se adelanta la helicasa pierde
procesividad, por lo tanto, va al ritmo de la polimerasa)

12. Inicio de la replicación en eucariotas

La activación de la helicasa ocurre luego de que la célula pase por G1 e inicie la fase S.
 13. Terminación de la duplicación en procariotas

En procariotas cuando termina la duplicación, las dos moléculas de ADN quedan vinculadas en forma de
catenano. De esta manera, la topisomerasa II se encarga de desenredar ambas cadenas de ADN

14. Terminación de la duplicación en eucariotas

Debido a que la hebra atrasada siempre va a dejar una porción de ADN sin sintetizar, los eucariotas
utilizan a las telomerasas para terminara la síntesis. La telomerasa es un tipo de ribonucleoproteína
polimerasa, ya que no necesita de cebador para empezar la síntesis, ya que tiene un componente de
RNA. La síntesis sigue extendiendo el extremo 3´-OH, de modo que no requiere de una hebra molde
para seguir sintetizando. También es un tipo de transcriptasa inversa
15. Enzimas procariotas vs eucariotas
El loading clamp en procariotas es gamma complex y en eucariotas RFC. El clamp es b-sheet o beta
clamp en procariotas y PCNA en eucariotas