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Duplicación del DNA

Duplicación del DNA


Características del proceso de duplicación del ADN
 Semiconservativa: implica la utilización de cada una de las hebras como molde
para formar el DNA doble cadena que heredaran. cada una de las dos cadenas de
DNA originales actúa como patrón para la formación de una nueva cadena completa

 Bidireccional: implica que a partir de la separación de las hebras de DNA en el ORI


la replicación se genera en ambos sentidos formando una burbuja de replicación
que está constituida por las 2 horquillas de replicación.

 Asincrónica: refiera a la diferencia de velocidad entre la polimerización de la


cadena conductora vs la cadena retrasada.

 Discontinua: la cadena retrasada se sintetiza en pequeños fragmentos de DNA


mediante el proceso de "punto hacia atrás'. la síntesis de la cadena retrasada en la
horquilla de replicación se tiene que producir de forma discontinua a través de un
proceso de "punto hacia atrás" que produce fragmentos cortos de DNA.

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Fases de la duplicación del DNA
Iniciación: la replicación del DNA en células
eucariotas sólo tiene lugar duran te la fase S.
1. Unión a ORI: los ORI tienden a ser activados en grupos formados por unos 20-80
genes, llamados unidades de replicación y a diferentes tiempos del ciclo celular se
activan nuevas unidades de replicación hasta que se ha replicado todo el DNA; es
decir, no todos los orígenes de replicación se activan al mismo tiempo. La cromatina
altamente condensada se replica de forma tarda. Estos sitios son reconocidos por
ORC (complejo de reconocimiento de origen).
a. Las quinasas que desencadenan la replicación del DNA previenen de forma
simultánea el ensamblaje de un nuevo complejo prerreplicativo hasta que la
fase M siguiente reinicie el ciclo entero. Esta estrategia proporciona una sola
oportunidad para que se formen los complejos prerreplicativos (en la fase
G1, cuando la actividad Cdk es baja} y una ocasión para que estos complejos
sean activados y después desactivados (fase S. cuando la actividad Cdk es
alta). Debido a que estas dos fases del ciclo celular son mutuamente
excluyentes y que ocurren en un orden establecido, cada origen de
replicación se puede activar una sola vez en cada ciclo celular.
 Complejo prerreplicativo: ORC + helicasa (Mcm) + 2 proteínas cargadoras de
helicasas (Cdc6 y Cdtl) se forman en cada origen durante la fase G1.

 Complejo de preiniciación: implica la disociación de las proteínas cargadoras de


helicasa, la activación de la helicasa, el desenrollamiento del origen de DNA y a la
carga del resto de proteínas implicadas en la replicación, incluida la DNA
polimerasa. Se forma cuando inicia la fase S.

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2. Separación de la doble hélice: implica la ruptura de los puentes de hidrogeno por
la helicasa (anillo hexámero proteico que separa las dos cadenas). Es activo y
consume ATP y depende la unió de proteínas iniciadoras que se unen a los ORI.

 ORI= origen de replicación: son regiones del DNA en los cuales se puede
iniciar el proceso de replicación. El proceso empieza cuando se forma un
complejo iniciador proteína-DNA y posteriormente carga una DNA helicasa
al parrón de DNA. En los humemos parece que las secuencias necesarias para
especificar el origen de replicación del DNA no están tan bien definidas y el
origen puede abarcar varios miles de pares de bases. Por lo que los genes de
replicación se encuentran en regiones de DNA enriquecidas en pares A-T.
3. Formación de la horquilla de replicación: estas estructuras se forman en las dos
direcciones una vez abierto el ORI.

 Unión de proteínas de unión de cadena simple= SSB= proteínas


desestabilizadoras de la hélice: se unen cooperativamente cuando las
hebras están separadas para mantenerla función de las helicasas.

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Elongación:
4. Síntesis de primers: la primasa sintetiza RNA primer; estos cebadores tienen
aproximadamente 10 nucleótidos de longitud.
a. cadena conductora: únicamente es necesario un cebador especial al inicio
de la replicación: en cuanto se ha establecido la horquilla de replicación, la
DNA polimerasa dispone de forma continua de un extremo de cadena con
bases apareadas sobre el que sin· te tizar la nueva cadena.
b. cadena retrasada: cada vez que la DNA polimerasa completa un fragmento
de tiene que empezar a sinteti1.ar otro fragmento completamente nuevo en
un punto situado más adelante de la cadena patrón. son sintetizados a
intervalos de 100-200 nucleótidos sobre la cadena retrasada

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5. Síntesis del DNA nuevo: la DNA polimerasa: dado que un cebador de RNA contiene
un nucleótido apareado adecuadamente con un grupo 3'-0H en un extremo. el RNA
puede elongarse mediante la DNA polimerasa por este extremo empezando un
fragmento de Okazaki.
 Se une al DNA por la abrazadera deslizante:
que es un anillo proteico que se une al DNA
gracias al cargador de la abrazadera, la cual
una vez instalada garantiza que la DNA
polimerasa no se suelte prematuramente.
mantiene la polimerasa unida con firmeza al
DNA cuando se desplaza, pero la libera en
cuanto la polimerasa se detiene ante una
región de doble cadena. en La cadena
conductora, la DNA polimerasa que se
desplaza está fuertemente unida a la
abrazadera y ambas permanecen asociadas
durante un largo periodo de tiempo. En la
cadena retrasada también las utiliza, pero cada
vez que llega al extremo 5' del fragmento de
Okazaki precedente, la polimerasa se libera de
la abrazadera y se separa de la cadena patrón.

 Lee la cadena molde en dirección 3` 5`: una cadena se podrá leer de forma
continua, en cambio la otra dependerá de la incorporación de primers
consecutivamente.
o Cadena adelantada: es aquella que se sintetiza de forma continua.
o Cadena retrasada: es aquella que se sintetiza de forma discontinua debido
a que la horquilla de replicación avanzo en sentido 5` 3`. La abrazadera
deslizante se une a la hebra en formación cada vez que forma un fragmente
de Okazaki.
 Sintetiza la cadena nueva en dirección 5`3`: utiliza los NTPs que proporcionan
la energía con la que se formara la unión entre el extremo 3’ de la hebra con el 5`del
nucleótido a agregar. La síntesis de cada fragmento de Okazaki acaba cuando la
DNA polimerasa se encuentra con el cebador de RNA unido al extremo 5' del
fragmento anterior de DNA.
o Fragmentos de Okazaki: son las porciones de DNA de 200pb que se forman
a partir de cada uno de los primers.
 Lectura de prueba y actividad 3` 5`exonucleasa: en aquellos casos en los cuales
la DNA polimerasa incorpore un NTD incorrecto la enzima lo eliminara mediante su
función de exonucleasa y reincorporara un nuevo NT. Este mecanismo permite que
la replicación tenga una tasa de error de 1 en 10millones.

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6. Aliviar el superenrrollamiento:
 topoisomerasa 1: cliva una sola hebra (le genera una muesca) para que rote
libremente y des-tensione el superenrrollamiento causa por la helicasa.
Consecutivamente vuelve a formar en enlace fosfodiéster que constituye al DNA.
 Topoisomerasa 2: 1) rompe una de las dobles hélices. de forma reversible,
generando una "puerta" en el DNA; (2) hace que la otra doble hélice pase a través de
esta rotura. y (3) vuelve a unir Las cadenas que había roto y se separa del DNA.
7. Reemplazo del cebador: por la enzima de RNAasa-H que es una enzima reparadora
que reconoce una cadena de RNA de una hélice RNA/DNA y la fragmenta;
8. Unión de los fragmentos de DNA: por la DNAligasa, que une los fragmentos de
Okazaki.

Ensamblaje de los nucleosomas


9. Detrás de la horquilla de replicación se ensamblan nuevos nucleosomas. Los
mecanismos de duplicación cromosómica en eucariotas aseguran que los patrones
de modificación de histonas se puedan heredar, e s decir, el estado de la cromatina,
gracias a la incorporación de nuevas histonas a las histonas ya existentes que hereda
la de DNA hija.
 Cuando la horquilla de replicación atraviesa un nucleosomas, el octámero de
histona se rompe en un tetrámero H3-H4 y en dos dímeros H2A-H2B
 Los factores ensambladores de cromatina (chaperonas de histonas):
median que el tetrámero H3-H4 permanece asociado al DNA y se distribuye
al azar entre las cadenas dúplex hijas. pero los dímeros H2A-H2B se liberan
del DNA. Los tetrámeros H3-H4 se añaden al DNA sintetizado llenando los
"espacios" libres; los dímeros H2AB. la mitad de los cuales son nuevos y la
otra mitad viejos, se añaden al azar completando los nucleosomas.

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a. Una vez ha finalizado el ensamblaje del nucleosomas los patrones de
modificaciones paternas de H3-H4 pueden reforzarse mediante enzimas
modificadoras de histonas en complejos de lectura-escritura que reconocen
el mismo tipo de modificación que generaron. os mecanismos de
duplicación cromosómica en eucariotas aseguran que los patrones de
modificación de histonas se puedan heredar

Terminación
10. Se detienen cuando chocan con otra horquilla de replicación que se desplaza en
sentido opuesto (o cuando llegan al final del cromosoma).

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Horquilla de replicación
Horquilla de replicación: estructura en forma de Y constituida por:

 Fragmentos de Okazaki: son hebras de DNA de 1000 a 2000 pb que se forman en


la cadena retrasada.

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DNA polimerasa1
ALFA BETA GAMMA DELTA EPSILON
FUNCION REPLICACION REPARACION REPLICACION REPLICACION
Y REMOCION MITOCONDRIAL2
DE PRIMERS
ACTIVIDAD DE NO TIENE SI TIENE
CORRECCION
DE ERRORES
PRIMASA SI NO TIENE
DATOS Una de sus Enzima que Es mitocondrial. Enzimas que realizan la mayor
IMPORTANTES subunidades es realiza la parte de la polimerización en la
la primasa que reparación por duplicación del DNA.
sintetiza el escisión de
cebador. bases.

1 Las DNApol NO SINTETIZAN DE NOVO.


2 El resto de las DNA pol son nucleares.

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Dinámica de los extremos cromosómicos
 Perdida del telómero: en la cadena retrasada sucederá que no hay forma de
incorporar la DNA polimerasa en el último segmento pro lo que este se perderá en
cada replicación en cada cromosoma, acortando así el telómero con cada
replicación.

El reloj telomérico: Telomerasa, inmortalización.


La síntesis de la cadena retrasada en la horquilla de replicación se tiene que producir
de forma discontinua a que produce fragmentos cortos de DNA y cuando la horquilla de
replicación llega al final de un cromosoma lineal no hay lugar para producir el cebador del
RNA necesario para iniciar el último fragmento de Okazaki al final de una molécula lineal de
DNA. Los eucariotas Jo resuelven son los telómeros que contienen muchas repeticiones en
tándem de secuencias de repetición es GGGTIA (en humanos) y se repite aproximadamente
unas mil veces en cada telómero. Las secuencias de DNA del telómero son reconocidas por
proteínas de unión al DNA que atraen a la telomerasa, que rellena esas secuencias cada vez
que la célula se divide.
Telomerasa: es un gran complejo proteína-RNA que reconoce la punta de la secuencia
repetitiva de un telómero de DNA ya existente y la alarga en sentido 5' a 3' mediante un
patrón de RNA (que es un componente de la propia enzima) sintetizando nuevas copias de
la repetición. Funciona como una transcriptasa inversa.

Después del alargamiento de la cadena paterna de DNA por medio de la telomerasa,


la replicación de la cadena retrasada en el extremo de cromosoma se puede completar
mediante DNA polimerasas convencionales; estas extensiones sirven como patrón para
sintetizar la cadena complementaria. El mecanismo que acabamos de describir, ayudado
por unas nucleasas que "masca'' el extremo 5', asegura que el extremo 3' del DNA de cada
telómero sea siempre más largo que el extremo 5' con el que está apareado y que el extremo
protuberante sea una cadena sencilla. Se ha demostrado que este extremo protuberante se
curva hacia atrás e introduce su extremo de cadena sencilla en el DNA dúplex de la secuencia
telomérica repetitiva formando un lazo t (Figura 5-42). El lazo t proporciona a los

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extremos normales de un cromosoma una estructura única que los protege de las
enzimas degradativas y los distingue con claridad de los extremos de moléculas de
DNA rotas que la célula repara rápidamente.

Las células somáticas nacen con un conjunto completo de repeticiones del telómericas, por
lo tanto, cuando se divide, pierde 100-200 nucleótidos de uno de sus telómeros.
Consecuentemente, en una instancia futura d división, una célula heredara telómeros
insuficientemente cortos, que no podrán utilizarse para replicar el DNA; determinando una
instancia de senescencia celular replicativa. La longitud del telómero determina el número
de mitosis máximo que puede efectuar una célula.

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Reparación del DNA
Mecanismos de reparación del ADN en fase S
Mecanismo Corrige Proceso
Proof Reading y Mutaciones La actividad 3`-5` exonucleasa es la que permite el proof-
escisión de puntuales u reading y esta función la tiene las polimerasas alfa, delta y
nucleótidos por la oligonucleótidos3 épsilon.
DNA Polimerasa Previo a su incorporación covalente:
1)el nucleótido correcto tiene más afinidad por la
polimerasa en movimiento que el nucleótido incorrecto
porque es energéticamente más favorable.
2) antes de que sea incorporado covalentemente a la cadena
la enzima tiene que sufrir un cambio conformacional del
centro activo.
Corrección de pruebas exonucleotíca: se aplica a
cualquier incorporación errónea en el extremo 3’0H
creciente.
1) reconocimiento de un error de apareamiento por la
distorsión provocada por un desajuste entre bases que
no son complementarias4.
2) la escisión del segmento de DNA que contiene el error de
la cadena de DNA recién sintetizada. Esta exonucleasa
correctora 3'  5' corta cualquier residuo desapareado del
final de la cadena cebadora y continúa hasta que se ha
eliminado un número suficiente de nucleótidos del extremo
3' como para regenerar un extremo con bases apareadas
correctamente y que pueda cebar la síntesis de DNA.
3) la reparación del fragmento escindido utilizando la
cadena original como patrón mediante la DNA polimerasa
épsilon y la Ligasa que une estos fragmentos.
MMR= miss match Mutaciones Se eliminan una o pocas bases nitrogenadas mal apareadas
repair puntuales u luego de la replicación en la cadena recién sintetizada.
(procariontes) oligonucleótidos. 1) MSH: reconoce la base mal apareada.
REMA = reparación 2)MLH: corta la hebra.
por mal 3) Endonucleasas, helicasas y polimerasas remueven y
apareamiento reparan hasta la base errónea.

3 Las mutaciones son de 3 nucleótidos cada vez que se duplica el genoma, es decir, 1
cada 10´9 por cada 1000 millones de pb copiadas.
4 Las cadenas de DNA acabadas de sintetizar contienen muescas de forma transitoria

(roturas de una de las dos cadenas), lo que permite distinguir cual es la hebra molde
correcta.

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Mecanismos de reparación del ADN no exclusivos de
fase S
Mecanismo Corrige Proceso
BER= reparación por Mutaciones 1) Se reconocen la base mal apareada
escisión de bases: la puntuales por 2) La DNA glicosilasa, rompe la unión N- glicosídica del
base alterada es presencia de nucleótido para remover la base nitrogenada.
eliminada por una uracilos5 e 3) La AP endonucleasa corta el DNA en esta posición.
enzima DNA hipoxantina. 4) La DNA polimerasa sintetiza el nucleótido correcto y la
glucosilasa y luego se Ligasa une los fragmentos.
corta el azúcar fosfato
resultante.
NER6= reparación Soluciona dímeros 1) Detección por proteínas XP7 (deforman la doble
por escisión de de Timina. hélice): rastrea el DNA buscando, distorsiones en la doble
nucleótidos: detecta hélice.
y elimina bases que Este mecanismo es 2) Enzimas nucleasas eliminan el oligonucleótido: se
deformen la doble capaz de eliminar detecta una gran lesión, el esqueleto fosfodiéster de la
hélice. Sucede en casi cualquier tipo de cadena anormal es cortado a cada lado de la distorsión y
cualquier momento y gran lesión del DNA una DNA helicasa elimina el fragmento de la cadena
se elimina una que genere un sencilla que contiene la lesión.
pequeña sección de cambio en la 2) DNA polimerasa y ligasa terminan la reparación: se
DNA que rodea la estructura de la repara el hueco producido en la cadena del DNA.
alteración en forma de doble hélice de DNA.
oligonucleótido.
Recombinación Rupturas de la doble 1) Reconocimiento de extremos separados y degradación
homóloga = unión de cadena de DNA. de extremos (de forma que una hebra quede más corta).
extremos homólogos 2)Utiliza como molde otra molécula de DNA hermana u
homologa.
Están implicadas las proteínas BRCA1 y BRCA28.

En este mecanismo se recicla la maquinaria implicada en


el crossing over meiótico, pero no se altera la secuencia de
DNA ni se pierden NTDs. Se utiliza en fase S y G2.
Recombinación no Extremos doble 1) Corte de las hebras produciendo extremos romos.
homologa: implica la cadena rotos. 2) Reconocimiento por KU70 y KU80: estos son un
acción ligasa entre los heterodímero que sujeta los extremos del cromosoma roto
extremos rotos que Este proceso suele que participa en este proceso.
son acercados por traer aparejada la 3) Activación de Artemis que corta los extremos
enzima y se cataliza la perdida de NTDs separados.
unión. (perdida de 4) Función ligasa que une los extremos separados.
información o
alteración);
estimando se
formaran 2000
"cicatrices'' en 70
años por célula
somática.

5 Los uracilos pueden aparecer en el DNA ya sea por un error de la DNA polimerasa o
por desaminación de la citosina. La hipoxantina se forma de desaminación de las
adeninas.
6 Este mecanismo puede ponerse en marcha durante la transcripción, ya que cuando la

RNA polimerasa detecta un daño se detiene, lo que da lugar a las proteínas CSA y CSB
que reclutan proteínas que atraen a las XP y gatillan el mecanismo.
7 Sus mutaciones se asocian a Xeroderma pigmentoso.
8 La mutación de BRCA2 se asocia a formas hereditarias del cáncer de mama.

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Mecanismos de lesión
Mecanismos de lesión del DNA no asociados a la
replicación
 Desaminación: perdida del grupo de amino de las bases. Implica que la base se
transforme en uracilo y bases atípicas. (100 bases al día).
 Depurinización: se pierden las purinas. Implica la perdida de la base del
nucleótido por la ruptura enlaces N-glicosídicos entre estas bases y La
desoxirribosa se hidrolizan espontáneamente. (5000 mal día)

 Dímeros de pirimidinas: la radiación ultravioleta del sol puede favorecer la


formación de un enlace covalente entre dos bases de pirimidina del DNA
formándose, por ejemplo, un dímero de timina.
 Alquilación de bases: sustancias capaces de transferir grupos metilos y etilo a
bases nitrogenadas. La metilguanina es complementaria a Timina, y este error se
resuelve por mecanismos directos que no remueven la base, son que solamente la
o-metilguanina Metil-transferasa le quita el metilo.

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Reorganización del DNA
Recombinación especifica de sitio
Son reordenamientos programados de DNA que generan cortes y empalmes del DNA
en sitios del DNA que tienen un pequeño centro homologo. Este proceso genera deleciones
e inserciones que generan variabilidad amplísima en regiones específicas del DNA donde es
necesaria, es decir, en la formación de RC de LT y Lb. Esta mediado pro enzimas RAG que
reconocen secuencias de recombinación adyacente a las secuencias codificadoras e inician
reorganización que implican la rotura de la doble hélice y el posterior empalme por unión
d extremos no homólogos. Otros mecanismos de alteraciones genética programados son la
recombinación e cambio de clase y la hipermutación somática, ambos mediados por la AID.

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