Bioquímica I

3er Sem. IBQ

Agosto – Diciembre 2020

UNIDAD III. AMINOACIDOS, PEPTIDOS Y PROTEINAS

Cuando esta unidad finalice, el (la) estudiante:

1. Reconocerá la estructura general de un aminoácido.
2. Enumerará las funciones de los aminoácidos en los seres vivos.
3. Definirá los términos: isómero, isómero estructural, estereisómero, isómero geométrico,
enantiómero.
4. Clasificará a los alfa-aminoácidos de las proteínas de acuerdo con la polaridad de su grupo
R.
5. Describirá el comportamiento ácido-básico de los alfa-aminoácidos.
6. Discutirá los fundamentos de la espectrofotometría, la cromatografía y la electroforesis y
su utilidad en la identificación, separación y cuantificación de aminoácidos.
7. Listará los aminoácidos esenciales en la dieta humana.
8. Mencionará ejemplos de aminoácidos "raros" incorporados a la estructura proteínica.
9. Mencionará ejemplos de aminoácidos no incorporados a las proteínas.
10. Distinguirá entre conformación y configuración.
11. Identificará un enlace peptídico.
12. Explicará por qué los enlaces peptídicos son rígidos y cómo esta característica impone
restricciones al número de conformaciones posibles de un péptido.
13. Distinguirá entre oligopéptidos y polipéptidos.
14. Listará ejemplos de péptidos pequeños con actividad biológica.
15. Explicará la relación existente entre la estructura primaria de un péptido y su función
biológica.
16. Describirá los pasos involucrados en la síntesis química de un péptido por el método de
Merrifield.
17. Definirá qué es una proteína.
18. Listará al menos cinco funciones biológicas desempeñadas por las proteínas.
19. Diferenciará entre proteínas simples y conjugadas.
20.Enumerará diferencias entre proteínas fibrosas y globulares.
21. Distinguirá entre proteínas globulares monoméricas y oligoméricas.
22. Describirá el uso de diferentes modalidades de cromatografía y electroforesis en la
purificación y caracterización de una proteína a partir de un extracto celular "crudo".
23. Explicará qué se entiende por desnaturalización y renaturalización de una proteína.
24.Explicará cuál es la importancia de la conformación "nativa" de una proteína para su
actividad biológica.
25. Explicará en qué consiste la difracción de rayos X y su utilidad en el estudio de la estructura
tridimensional de las proteínas.
26.Definirá los términos estructura secundaria, estructura terciaria y estructura cuaternaria
de una proteína.
27. Recordará características estructurales de la hélice alfa, la lámina beta y la hélice de la
colágena.
28.Mencionará ejemplos de estructuras supersecundarias y patrones estructurales terciarios.
29.Listará las fuerzas que estabilizan la conformación "nativa" de una proteína.
30.Definirá los términos alosterismo y cooperatividad.

13
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020
3.1 ISOMERIA

Diferencia entre configuración y conformación

Configuración: Disposición en el espacio de los átomos o grupos de átomos sustituyentes de los

estereoisómeros. Para pasar de una configuración a otra es necesario romper enlaces
covalentes. Ej. L-α-alanina y D-α-alanina.

Conformación: Disposición en el espacio de átomos que pueden rotar libremente alrededor de

un enlace covalente simple. Para pasar de una conformación a otra no se requiere romper
enlaces covalentes.

Isómeros: Compuestos que tienen la misma fórmula molecular pero sus átomos difieren en la
disposición espacial. Hay varios tipos diferentes de isómeros.

➢ Isómero estructural: Difieren en la manera en que están unidos los átomos.

➢ Estereoisómero: (isómeros espaciales). Difieren en la disposición espacial de sus

átomos no en la forma en que están unidos; se puede dividir en tres subgrupos:

o De cadena. Pueden ser de cadena lineal o ramificada, con distintas

ramificaciones.

o De posición. Pueden diferir en la posición de dobles o triples enlaces.

o Funcionales. Difieren en la posición de grupos funcionales.

14
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020

➢ Isómero geométrico: se presentan debido a la rigidez de los enlaces dobles, porque no

permiten la rotción. Se denominan cis y trans.

➢ Enantiómeros: imágenes en espejo que no se pueden superponer.

3.2 AMINOACIDOS

Los aminoácidos son moléculas orgánicas que presentan un grupo funcional amino (-NH2) y un
grupo ácido (carboxilo, -COOH). Debido a que presentan un grupo ácido y uno básico, son
anfolitos (metabolitos anfóteros).

El carbono central, denominado carbono α, está unido a cuatro grupos diferentes: carboxilo,
amino, hidrógeno y un grupo R.

Los grupos funcionales amino y carboxilo son capaces de captar o ceder H +, respectivamente. A
un pH aproximado de 7, el grupo carboxilo está desprotonado y el amino gana un H +.

15
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020
Forma isoeléctrica

El estado de protonación o desprotonación de un aminoácido depende del pH de la solución en

la que se encuentra. La forma isoeléctrica de un aminoácido es el estado de protonación en la
cual presenta carga neta de cero (zwitterion o ion dipolar).

El punto isoeléctrico (pI) es el valor de pH en el cual predomina la forma isoeléctrica de una

molécula.

De manera práctica, para calcular pI se calcula el promedio

Funciones biológicas
• Forman parte de la estructura de péptidos y proteínas.
• Proveen de energía a las células mediante su oxidación metabólica.
• Tienen funciones especializadas (hormonas, neurotransmisores, etc.)
• Son precursores de otras sustancias (ej. la tirosina es precursora de melaninas,
catecolaminas, hormonas tiroideas).

16
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020
Aminoácidos de las proteínas

Actividad 3.1 (en Aula Virtual):

• Formen equipos de 3 ó 4 integrantes.

• Observen el video https://www.youtube.com/watch?v=LV0yNN5vv0Y, y también

busquen en otras fuentes, para obtener la siguiente información:

1. ¿A cuál tipo de estereoisómeros corresponden los aminoácidos que forman parte de las
proteínas?
2. De los 20 aminoácidos que forman parte de las proteínas, incluyan un esquema con su
estructura química, nombre, abreviatura (tres letras) y símbolo (una letra). Preséntenlos
ordenados en los grupos según la clasificación: alifáticos, aromáticos, aminoácidos con
grupos sulfuro o hidroxilo, con grupos funcionales básicos, con grupos funcionales
carboxilo o derivados de carboxilo.
3. Definición de aminoácidos esenciales; enunciar cuáles son los aminoácidos esenciales
para los humanos.
4. Definición de aminoácidos raros; 5 ejemplos de aminoácidos raros y una proteína en la
que se encuentre cada uno de ellos.

Pueden presentar la información en el formato que crean más conveniente (texto simple,
tablas, cuadros sinópticos, etc.).

Esta actividad tiene un valor de 20 % de la calificación del 1er parcial.

3.3 PEPTIDOS

Enlace peptídico

El enlace peptídico se forma entre el grupo carboxilo de un aminoácido y el grupo amino de otro
aminoácido. El enlace C – N es plano y rígido; se comporta como un enlace, debido al fenómeno
de resonancia, y no permite rotación; en cambio, el resto de los enlaces de un aminoácido
presentan amplia libertad de rotación.

17
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020

Debido a que el enlace peptídico es plano, en cada par de aminoácidos que se unen hay seis
átomos en un solo plano: los Cα de ambos aminoácidos, el CO del primer aminoácido, y el NHA
del segundo aminoácido (imagen a la derecha).

Cada unidad de aminoácido que forma parte de una cadena peptídica se denomina residuo. La
cadena peptídica tiene un extremo amino terminal y un extremo carboxilo terminal.

Los péptidos son moléculas orgánicas formadas por dos o más aminoácidos unidos mediante
enlaces peptídicos. Cuando se unen de 2 a 10 residuos de aminoácidos, se les llama oligopéptidos,
y cuando son más de 10 residuos de aminoácidos se les llama polipéptidos. Cadenas de más de
100 residuos de aminoácidos se consideran proteínas, aunque esta división es un tanto arbitraria.

Estructura primaria y funciones biológicas de los péptidos

La estructura primaria del péptido es la secuencia de aminoácidos que lo forman.

Ejemplos de péptidos de importancia biológica:

NOMBRE COMUN NOMBRE DEL PEPTIDO FUNCION

Glutatión (G-SH) Glu-Cis-Gli Agente reductor; forma parte del
sistema antioxidante de la célula
Angiotensina II Asp-Arg-Val-Tir-Ile-His-Pro-Fen Produce vasoconstricción de
arteriolas (aumenta presión
arterial); liberación de aldosterona
(reabsorción de Na)
Vasopresina Cis-Tir-Fen-Gln-Asn-Cis-Pro-Arg- Aumenta presión arterial,
Gli-NH2 (glicinamida) reabsorción de agua en neuronas.
Oxitocina Cis-Tir-Ile-Gln-Asn-Cis-Pro-Arg- Contracción uterina durante el
Gli-NH2 parto

Síntesis química de péptidos: Método de Merrifield.

El método original fue desarrollado por Bruce Merrifield; posteriormente se le han hecho
modificaciones. También se conoce como síntesis de péptidos en fase sólida; ha sido
automatizado, y permite la síntesis de péptidos de hasta 50 residuos de aminoácidos.

18
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020

1. El enlace peptídico se forma entre un

grupo carboxilo y un grupo amino,
pero se debe garantizar que solo un
grupo de cada tipo esté disponible
para reaccionar, por ello se necesita
bloquear algunos grupos y bloquear
otros.
2. Antes de comenzar la síntesis, el
primer aminoácido se ancla a una
bolita de poliestireno a través del
grupo carboxilo, y el grupo amino-
terminal se bloquea con ter-
butiloxicarbonilo (t-BOC).
3. El grupo amino del primer
aminoácido se desbloquea,
removiendo t-BOC con ácido
triclorofluoroacético. Se bloquea el
grupo amino-terminal del segundo
aminoácido con el grupo BOC,
mientras que su grupo carboxilo se
activa diciclohexilcarbodiimida
(DCC) u otro reactivo de función
similar.
4. El grupo amino del segundo
aminoácido se une al carboxilo del
primer aminoácido, y libera
diciclohexilurea. Se realiza un lavado
para remover el exceso de reactivos
y la diciclohexilurea.
5. El grupo carboxilo del dipéptido se
activa con DCC, y reacciona con el
grupo amino del tercer aminoácido;
se lava … y así sucesivamente.
6. Finalmente, el grupo de bloqueo
BOC se elimina empleando una
solución de ácido fluorhídrico
diluido, lo que también lo libera de la
resina.

19
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020
3.4 PROTEINAS

Una proteína es una biomolécula formada por más de 100 residuos de aminoácidos, con un
peso molecular mayor a 10,000 Da. Pueden estar formadas por una (monómericas) o varias
cadenas (poliméricas) de aminoácidos. Funciones:

CLASE FUNCION EJEMPLOS

Estructurales Sostén y protección Colágeno, queratina, fibroína,
cápsides virales
Enzimas Catálisis Amilasas, peptidasas,
De transporte Transporte de sustancias Hemoglobina, albúmina,
transferrina
De reserva Reserva de nutrientes Ovoalbúmina, zeína, caseína
De defensa Defensiva Inmunoglobulinas, factores de
coagulación
Contráctiles Movimiento Actina, miosina
Reguladoras Hormonas, receptores hormonales, Insulina, receptor de insulina,
proteínas inductoras y represoras de factores σ
genes

Estructura tridimensional de las proteínas

Al arreglo espacial de una proteína se le llama conformación; teóricamente, una proteína puede
adquirir una gran cantidad de conformaciones, pero en condiciones biológicas se presenta una
conformación.

La conformación que presenta una proteína en su estado funcional se llama conformación nativa,
y la tendencia a mantener esta conformación se llama estabilidad. Las proteínas presentan
cuatro niveles de organización en su estructura:

1.- Estructura primaria. Es la secuencia de residuos de aminoácidos de la cadena polipeptídica.

Determina la estructura secundaria, terciaria y cuaternaria que adquirirá la proteína, así como
sus propiedades. Ejemplo: estructura primaria de la subunidad β de la hemoglobina humana:

1 mvhltpeeks avtalwgkvn vdevggealg rllvvypwtq rffesfgdls tpdavmgnpk

61 vkahgkkvlg afsdglahld nlkgtfatls elhcdklhvd penfrllgnv lvcvlahhfg
121 keftppvqaa yqkvvagvan alahkyh

2.- Estructura secundaria. Es la conformación local de las distintas porciones del polipéptido; en
otras palabras, es la interacción entre aminoácidos adyacentes. Hay algunos tipos de
estructuras secundarias muy comunes y estables, la α-hélice, la conformación β (β plegada,
hoja-β) y los giros β.

20
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020
➢ α-hélice.
• Es un arreglo helicoidal del esqueleto de la cadena polipeptídica alrededor de un
eje imaginario; los grupos R quedan hacia fuera. En las proteínas prácticamente
solo se presentan en forma dextrógira.
• Se forman puentes de H entre el átomo de H unido a un grupo amino y el oxígeno
unido al carbonilo del cuarto aminoácido. En conjunto, los puentes de H le dan
una gran estabilidad a la α-hélice.
• Los grupos R de los residuos de aminoácidos pueden estabilizar o desestabilizar
esta estructura, dependiendo de las interacciones débiles que se den entre ellos.
• Algunos aminoácidos favorecen la formación de α-hélices, como Ala, Glu, Leu, His
• Ser, Asp y Asn disrumpen n la α-hélice.

➢ Conformación β (lámina-β, hoja-β).

• El esqueleto de la cadena polipeptídica
presenta un arreglo en zig-zag.
• Los grupos R protruyen en direcciones
opuestas.
• Se forman puentes de H entre el grupo NH de
un aminoácido* con el CO de un aminoácido
de la cadena adyacente; mientras que el CO
del aminoácido* forma puentes de H con el
grupo NH del aminoácido situado dos
residuos más lejanos en la cadena.
• Pueden presentar conformación paralela o antiparalela.

21
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020

➢ Giros y bucles.
• No tienen estructuras periódicas y
regulares, como las α-hélices y las β-
plegadas; pero sí son estructuras
rígidas y bien definidas.
• Los giros permiten el cambio de
dirección de la cadena
polipeptídica. Conectan segmentos
antiparalelos de conformaciones β
en un giro de 180º. El giro β
involucra cuatro residuos de
aminoácidos.
• Los bucles tienen estructuras más elaboradas; se presentan como transiciones a
las inversiones de cadena.
• Gli, Asp y Pro tienden a presentarse en los giros

Los distintos elementos que conforman la estructura secundaria de una proteína pueden
presentar arreglos estables llamados estructuras supersecundarias o motivos. Estos representan
la interacción entre estructuras secundarias adyacentes y las conexiones entre ellas, y van desde
arreglos muy sencillos hasta sumamente complejos. Algunos motivos muy comunes son los
siguientes (las flechas representan hojas beta, y los que tienen apariencia de solenoides
representan alfa hélices):

3.- Estructura terciaria. Es el arreglo tridimensional de todos los aminoácidos de una proteína; los
aminoácidos que se encuentran muy lejos unos de otros, y que pertenecen a una estructura
secundaria, pueden interactuar entre sí.
➢ La estructura terciaria depende de interacciones débiles entre los aminoácidos, y algunas
veces de la formación de puentes disulfuro (enlaces covalentes) entre cisteínas no
adyacentes.

22
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020
➢ Los grupos R hidrofílicos tienden a ubicarse en la periferia,
y los grupos R hidrofóbicos se concentran en el centro de
la estructura. En el ambiente acuoso de la célula, la
tendencia de los residuos hidrofóbicos a “esconderse” del
agua es termodinámicamente favorable, y en buena
medida dirige el plegamiento de la proteína.
➢ La excepción son las proteínas transmembranales, en las
que los residuos hidrobóbicos se acomodan al exterior, y los hidrofílicos al interior.

4.- Estructura cuaternaria. Algunas proteínas están formadas por varias cadenas polipeptídicas;
cada polipéptido se conoce como subunidad, y el arreglo de estas subunidades constituye la
estructura cuaternaria.
➢ Se establecen interacciones débiles que mantienen unidos a los distintos polipéptidos.
➢ Las proteínas constituídas por dos subunidades se denominan dímeros; las que tienen
tres, trímeros; cuatro, tetrámeros; cinco, pentámeros; y así sucesivamente.
➢ La mayoría de las proteínas multiméricas están compuestas por subunidades idénticas o
por la repetición de grupos conformados por subunidades distintas; la unidad que se
repite se conoce como protómero.

Las proteínas presentan dominios. Un dominio es un segmento de

una cadena polipeptídica que adquiere su estructura terciaria de
manera independiente a otros dominios; del mismo modo, su
función es independiente a la de otros dominios de la misma
proteína. Por ejemplo, hay proteínas de membrana que presentan
un dominio de anclaje a membrana, un dominio de reconocimiento
a un ligando y un dominio catalítico.

23
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020

Actividad 3.2 (en Aula Virtual):

1. Formen equipos de 3 ó 4 integrantes.

2. Lean el artículo “Plegamiento de las proteínas: un problema interdisciplinario”, lo

pueden descargar en http://www.scielo.org.mx/pdf/rsqm/v48n1/v48n1a14.pdf

3. Elaboren un resumen de no más de dos páginas (sin contar portada). Uno de los
integrantes debe subirlo a Aula Virtual.

Esta actividad tiene un valor de 15 % de la calificación del 1er parcial.

Proteínas globulares y fibrosas

1.- Proteínas fibrosas. Consisten en largas cadenas polipeptídicas arregladas en largas hebras o
láminas, y generalmente presentan un solo tipo de estructura secundaria (α-hélice, lámina β).
Por ello su estructura es relativamente simple. Presentan funciones estructurales (colágena), de
soporte (queratina), motilidad (actina, miosina).

2.- Proteínas globulares. En su estado nativo son esféricas; tienen funciones muy diversas, e
incluyen a enzimas, proteínas transportadoras, receptores de membrana, inmunoglobulinas, etc.

Proteínas simples y conjugadas

Se denominan proteínas simples aquellas que están formadas únicamente por cadenas
polipeptídicas.

Las proteínas conjugadas presentan grupos químicos diferentes a los aa permanentemente

unidos a su estructura; a dicho grupo químico se le llama grupo prostético.

CLASE GRUPO PROSTETICO EJEMPLO

Lipoproteínas Lípidos Lipoproteína β1 de la sangre
Glicoproteínas Carbohidratos Inmunoglobulina G
Fosfoproteínas Grupos fosfato Caseína de la leche
Hemoproteína Hemo (porfirina de Fe) Hemoglobina, mioglobina
Flavoproteína Flavín nucleótidos Succinato deshidrogenasa
Metaloproteínas Iones metálicos
- Fierro - Ferritina
- Zinc - Alcohol deshidrogenasa
- Calcio - Calmodulina
- Molibdeno - Dinitrogenasa
- Cobre - Plastocianina

24
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020
Desnaturalización y renaturalización

La desnaturalización es la pérdida de la estructura tridimensional de una proteína; se debe a la

ruptura de los puentes de H, al cambio de las cargas de los grupos R y en ocasiones a la ruptura
de puentes disulfuro. Puede ser causada por altas temperaturas (mayores a 50-60ºC), pH
extremos, solventes orgánicos, detergentes, urea.

La desnaturalización de una proteína conlleva a la pérdida de su función. Algunas proteínas

pueden recuperar su conformación nativa si se revierte la condición que las llevo a
desnaturalizarse; a este fenómeno se le llama renaturalización. Sin embargo, la mayoría no
pueden renaturalizarse.

Alosterismo y cooperatividad

Son aquellas proteínas que, al unirse a un ligando en uno de sus dominios, cambia la
conformación de la proteína en otros dominios. Las moléculas capaces de alterar la
conformación de una proteína se conocen como moduladores, y pueden comportarse como
activadores o inhibidores. Cuando se trata de un activador, al fenómeno que se presenta se le
llama cooperatividad.

Por ejemplo, la hemoglobina es una proteína tetramérica, y cada subunidad puede unirse solo a
una molécula de O2. Cuando una molécula de O2 se une a una subunidad de la hemoglobina, se
facilita la unión de otras moléculas de O2 a otras subunidades de la proteína.

25
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020

3.1.7 Identificación y cuantificación de aminoácidos

a) Reacción de la ninhidrina. En medio ácido (pH 3 a 4), el grupo amino del aa reacciona con
la ninhidrina para formar el compuesto denominado púrpura de Ruheman, liberando CO2
y R-CH-O. La púrpura de Ruheman tienen su absorbancia máxima a 570 nm; y la
intensidad del color es proporcional a la cantidad de aa presentes, pudiendo usarse para
cuantificar aa espectrofotométricamente.

b) Reacción de la fluorescamina. Los aminoácidos reaccionan con la fluorescamina en medio

básico (pH 9.-11) a temperatura ambiente, formando un producto fluorescente.

c) Reacción con el 1-fluoro-2,4-dinitrobenceno. (reactivo de Sanger). Se realiza a

temperatura ambiente, en solución ligeramente alcalina; al reaccionar con los
aminoácidos se forma un producto color amarillo.

d) Cloruro de dansilo

26
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020

3.3.5 Purificación y caracterización de aminoácidos y proteínas

A. ESPECTROFOTOMETRIA. Se basa en la capacidad de algunos compuestos (cromóforos)

de absorber luz en determinadas longitudes de onda (λ). Se utiliza un espectrofotómetro, un
aparato que tiene un dispositivo que genera luz de la longitud de onda seleccionada y luego la
hace pasar a través de la muestra; esta absorberá una cierta cantidad de luz y dejará pasar el
resto; el equipo tiene un detector que determina cuanta cantidad de luz dejó pasar la muestra
(Transmitancia) y calcula en consecuencia cuanta absorbió (Absorbancia). A mayor
concentración del cromóforo en la muestra, mayor será la A. Es muy importante que las
mediciones se hagan en soluciones diluidas.
Para cuantificar proteínas se utilizan varios procedimientos, uno de los más populares es la
prueba de Bradford; las proteínas reaccionan con el reactivo azul de Coomasie, formando un
compuesto colorido cuya máxima absorbancia es λ=595. Se construye una curva patrón con
estándares de concentración conocida, y así es posible determinar la concentración de proteínas
en una muestra.

B. CROMATOGRAFIA. Incluye diversos métodos que tienen en común la separación de

componentes al colocar la muestra en una fase estacionaria (papel, sílica, etc.) a través de la cual
se hace pasar una fase móvil (gas, líquido, fluido supercrítico), de tal forma que algunos
componentes de la muestra tienen mayor afinidad por la fase estacionaria y se mueven
lentamente, mientras que otros tienen menor afinidad por la fase estacionaria y se mueven con
rapidez; la muestra se divide en bandas discretas.
El tipo más sencillo es la cromatografía en papel; se utiliza para separar e identificar
aminoácidos. La muestra se coloca sobre un papel, el cual a su vez es introducido en un recipiente
que contiene la fase móvil (un solvente o una mezcla de solventes); esta va arrastrando a los
componentes de la muestra; finalmente se revela con ninhidrina y se observan las manchas que
corresponden a los distintos aa. Los aa con grupos R no polares migran mayor distancia que los
aa con grupos R polares; y a mayor longitud de la cadena R no polar, mayor la distancia de
migración.
Para separar proteínas en un extracto crudo se utiliza la cromatografía en columna; la fase
estacionaria está constituida por un material sólido poroso (ej. sílica gel) empacado en una
columna, y la fase móvil se hace pasar continuamente. Las proteínas se pueden separar de
acuerdo a su carga, tamaño, afinidad y otras propiedades:
a) Intercambio iónico. La matriz (fase estacionaria) es un polímero sintético que
contiene grupos cargados que pueden ser negativos (intercambio catiónico) o

27
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020
positivos (intercambio aniónico). Las proteínas se mueven a través de la columna
de acuerdo a su carga neta (que depende del pH); así, si se usa una matriz con
aniones adheridos, las proteínas de gran tamaño con carga neta negativa
atravesarán la columna primero, y después lo harán las proteínas de menor
tamaño con carga neta negativa.
b) Cromatografía de exclusión. Las proteínas son separadas de acuerdo a su tamaño.
La matriz es un polímero que presenta poros de tamaño determinado; las
proteínas de mayor tamaño atraviesan con mayor velocidad la matriz, porque las
pequeñas quedan “atrapadas” en los poros.
c) Cromatografía de afinidad. La matriz contiene un ligando (grupo o molécula que
se une de manera específica a una proteína), por ejemplo, un anticuerpo. Las
proteínas capaces de unirse de manera específica al ligando quedan “atrapadas”,
mientras que el resto atraviesan la columna; la proteína de interés puede ser
eluída posteriormente, utilizando una solución apropiada.

C. ELECTROFORESIS. Generalmente se realiza en geles verticales de poliacrilamida; la

muestra que contiene proteínas se coloca en el gel, este se sumerge en una solución que
contiene electrolitos, y se hace pasar una corriente eléctrica a través del gel, el ánodo en
la parte superior y el cátodo en la inferior. Hay dos tipos principales de geles:
a. Desnaturalizantes. Las proteínas son tratadas con SDS (duodecilsulfato de
sodio), un detergente que cubre a todos los aa constituyentes de una proteína
con grupos negativos; las proteínas se desnaturalizan, y al aplicar la corriente
eléctrica migran en función a su tamaño.
b. Nativos. Las proteínas conservan su carga eléctrica neta, y migran de acuerdo a
su tamaño (PM), carga y forma.
- Enfoque isoeléctrico. Se establece un gradiente de pH en el gel; se coloca la
muestra, se aplica una corriente eléctrica y las proteínas migran a la zona de pH
donde adquieren su punto isoeléctrico; la migración se da exclusivamente en
función a la carga eléctrica, sin importar el PM.

3.3.4 Difracción de rayos X

Mediante esta técnica se pueden obtener directamente imágenes moleculares.

• Los rayos X interaccionan con los electrones; las imágenes obtenidas representan la
densidad de electrones de los objetos en estudio.
• Las moléculas de los cristales están arreglados de manera regular, con repeticiones
regulares de moléculas idénticas, los cuales difractan los rayos X.
• Los cristales de proteína están altamente hidratados (40 a 60%); esto permite que la
mayoría de las proteínas globulares cristalizadas conserven su estructura nativa.
• Sin embargo, los cristales de proteína presentan un desorden de unos cuantos Aº, lo cual
constituye el límite de resolución con que se pueden analizar (2 a 3.5 Aº).

RESOLUCION ESTRUCTURAS QUE SE VISUALIZAN

2.0 Aº Forma global de la molécula
1.5 Aº Atomos individuales, de manera parcial
1.1 Aº Atomos individuales, claramente

28
 Bioquímica I
3er Sem. IBQ
Agosto – Diciembre 2020

• Los cristales, colocados en tubos capilares, son expuestos a rayos X monocromáticos y

el patrón de difracción es registrado en una película fotográfica.
• Los mapas de densidad electrónica son una serie de cortes paralelos a lo largo de una
proteína; estos mapas deben superponerse para obtener el mapa tridimensional de la
densidad electrónica.
• Es indispensable conocer la estructura primaria de la proteína, para diferenciar grupos R
de forma y tamaño similar.

Actividad 3.2 (en Aula Virtual):

1. Lee las primeras cuatro páginas del artículo “Protein misfolding in neurodegenerative
diseases: implications and strategies” (hasta antes del tema Therapeutic targets). Lo
puedes descargar en
https://translationalneurodegeneration.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s4
0035-017-0077-5

2. Con la información del artículo elabora un cuadro sinóptico. Sube tu tarea a Aula Virtual.

Esta actividad tiene un valor de 15 % de la calificación del 1er parcial.

29