Bioquímica IA – Diplomatura en Ciencia y Tecnología

Trabajo Práctico N° 4 Computacional

Estructura de proteínas

Objetivo
Caracterizar distintos plegamientos y encontrar parámetros que caracterizan a los distintos
elementos de estructura secundaria.
En este laboratorio computacional vamos a usar el programa ChimeraX.

1. Clasificación de estructuras proteicas según su contenido de estructuras secundarias

El objetivo de este ejercicio es reconocer como los distintos plegamientos se pueden clasificar
en 4 categorías: α, , α/ y α+ . Para esto usando el programa ChimeraX visualice cada una de
las siguientes proteínas en forma de cintas, ocultando la vista de átomos, y trate de clasificarlas
en alguna de las mencionadas categorías. Los códigos de las proteínas son: 1a6m, 4zhp, 1neu,
2bnh, 6hit, 1shs, 1a19 y 1uax.
Identifique además en qué proteínas las hojas plegadas son paralelas y en cuáles,
antiparalelas. ¿Encuentra algún patrón en común?

2. Determinación de parámetros para α hélices y láminas 

Del primer ejercicio, elija tres proteínas: una con hélices alfa, otra con una hoja beta paralela
y otra con una hoja beta antiparalela. Elija en cada caso el elemento de estructura secundaria
correspondiente (una hélice alfa; ó dos cadenas beta que formen las respectivas láminas paralelas
o antiparalelas). Una vez hecho esto mida el período o el avance de la hélice, midiendo distancias
entre carbonos alfa equivalentes (es decir, aquellos carbonos que ocupan la misma posición en
el espacio respecto de los giros de la hélice, nos los consecutivos). Para las hojas beta, mida la
distancia entre los carbonos alfa consecutivos. Realice varias medidas, para obtener un valor
promedio. Por otro lado, para todos los casos, usando la herramienta para visualizar los puentes
de hidrógeno, evalúe la importancia de los mismos en la estabilización de estas estructuras
secundarias.

3. Determinación del número de dominios

Para las siguientes estructuras proteicas determine el número de dominios que presentan:
1g97 y 2e28. ¿Qué estructuras secundarias predominan en cada uno de los dominios?

4. Estudio de interacciones iónicas en proteínas de bacterias mesófilas y termófilas.

Para esta práctica vamos a usar una región de la proteína lumazina sintasa. Esta proteína es
un oligómero, formado por 12 repeticiones de un homopentámero. Usaremos las secuencias
publicadas de las bacterias Bacillus subtilis (bacteria mesófila, temperatura óptima entre 20 y 50
°C), Aquifex aeolicus (bacteria hipertermófila, temperatura óptima entre 80 y 120 °C) y
Lactobacillus plantarum (bacteria psicrófila, temperatura óptima entre 0 y 20 °C). Las estructuras
correspondientes son 1rvv, 1nqu y psicrofilico, respectivamente. El último archivo será provisto
por los docentes. El archivo rvv obtenido de la base de datos muestra 6 repeticiones del
homopentámero. Para poder tener en todos los casos la misma estructura y facilitar la
comparación, usar el comando select /A/B/C/D/E para seleccionar uno de los homopentámeros
(el formado por las cadenas A, B, C, D y E); invertir la selección desde Select → Invert, y eliminar
el resto de la molécula desde Actions → Atoms/Bond → Delete. Utilice las diferentes
herramientas que le da ChimeraX para conocer la distribución de cargas y/o hidrofobicidad en la
superficie de estas moléculas. Por ejemplo, pinte los aminoácidos según su naturaleza (polares
con carga, polares sin carga, no polares),
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Además, vamos a usar la planilla de excel superficies de lumazina sintasa.

a. En el archivo de excel se encuentra en columnas la secuencia de cada monómero que

forma la proteína más la superficie accesible a solvente (AAS en la planilla excel) para cada
residuo. Este cálculo indica qué aminoácidos se encuentran expuestos a la superficie, y en qué
proporción (un mayor valor de AAS implica una mayor exposición). Usando el programa excel,
clasifique los aminoácidos en cargados o no y calcule el porcentaje de SAS para los aminoácidos
cargados, no cargados polares e hidrofóbicos para cada una de las proteínas. Vamos a considerar
la siguiente clasificación:

Aminoácidos cargados (capaces de establecer interacciones iónicas o coulómbicas): Asp, Glu,

Lys, His, Arg

Aminoácidos polares sin carga (capaces de establecer puentes de hidrógeno o interacciones

dipolares): Asn, Gln, Ser, Thr, Cys, Tyr, Gly

Aminoácidos no polares (capaces de participar en el efecto hidrofóbico): Ala, Val, Leu, Ile,
Met, Pro, Phe, Trp

¿Qué conclusiones puede sacar de esta comparación? ¿Cómo explica las diferencias? ¿Puede
relacionar los valores de la tabla con las imágenes obtenidas en el ChimeraX? Recuerde que cada
uno de las secuencias del Excel corresponden a cada uno de los 5 monómeros que forman el
homopentámero contenido en los archivos pdb.

Conclusiones del trabajo práctico

Luego de este trabajo, se deben haber adquirido las siguientes capacidades:

- Conocer los niveles de estructura de una proteína

- Conocer los requerimientos espaciales necesarios para que se establezcan los diferentes
tipos de estructura secundaria.
- Vincular la existencia de dominios con la función biológica de las proteínas.
- Entender la interacción entre subunidades, en relación al ambiente en el que debe
funcionar una proteína.