PRÁCTICA 5. ANÁLISIS FILOGENÉTICO. Mientras los primeros agrupan taxa con base
en la similitud global, los segundos permiten
La reconstrucción de la historia evolutiva de reconstruir las relaciones ancestro-
los organismos es uno de los objetivos descendiente con base en caracteres
principales de la biología evolutiva. La derivados compartidos, o sinapomorfias.
sistemática es el campo de la biología que  
se enfoca en entender las relaciones Para esta práctica utilizaremos el programa
evolutivas entre organismos (hipótesis PAST (PAleontological STatistics, de Hammer
filogenéticas) y, con ello, permite inferir los y col. 2001), el cual se puede obtener de
procesos o eventos que han dado origen a manera libre en la siguiente dirección:
la distribución y extraordinaria diversidad de http://folk.uio.no/ohammer/past/. La Tabla 1
organismos del planeta (Lipscomb 1998). A nos proporciona información hipotética
nivel biogeográfico, los estudios filogenéticos (tomada de Lipscomb 1988) de caracteres
no solo son importantes a nivel evolutivo (columnas) y su presencia/ausencia en cinco
sino que son de gran relevancia en la taxa (filas). La presencia de caracteres se
determinación del supuesto de monofilia de indica con el signo más (+), mientras que su
los grupos de estudio. Por lo tanto, en esta ausencia con el menos (-). El grupo externo se
práctica introducimos los conceptos básicos ha colocado como O. Es importante señalar
del análisis filogenético, mediante ejercicios que en PAST el grupo externo debe colocarse
sencillos, y mostramos la utilidad de dichos en la primera fila, donde es automáticamente
análisis en los estudios biogeográficos. reconocido como tal. Para transformar esta
matriz en una matriz con datos binarios (0,1)
 
Ejercicio 1 vamos a utilizar la información proveniente del
grupo externo, el cual nos permite polarizar
 
los caracteres (si está presente en el grupo
En este primer ejercicio compararemos el
externo se considera la condición ancestral,
uso de análisis basados en similitud (análisis
por lo que se identifca con 0).
de agregración o cluster) o fenéticos con
aquellos basados en caracteres que provean
información genealógica, o análisis
cladísticos.
 
 
Tabla 1. Matriz de datos para la reconstrucción
filogenética (tomada de Lipscomb 1998).
  Caracteres
Taxa 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
A + + + + + + + + + -
B + + + - - + + + - -
C + + + + - + + + - +
D + + - - - + - - - -
E + + - - - - + - - -
O - - - - - - + - - -
 
 
Una vez transformada la matriz en 0s y 1s, ejercicio pero sin considerar el grupo externo
seleccione toda la matriz, presione la (anfibios). ¿Nota alguna diferencia?.
pestaña Multivar y vaya a Cluster Analysis.  
Inmediatamente se observa el resultado, Para la reconstrucción filogenética, utilizaremos
asociado a una serie de opciones de el método de máxima parsimonia (única
algoritmo y medidas de similitud. Nosotros opción en PAST). Seleccione toda la matriz y
usaremos el algoritmo UPGMA (que funciona presione la pestaña Cladistics. Inmediatamente
generando una agrupación simple y aparece una ventana con una serie de
jerárquica de especies basado en una matriz opciones. Aparecen cinco opciones de
de distancia) y la distancia Euclidea como algoritmos de búsqueda los cuales permiten
medida de similitud en este ejemplo. En desde una búsqueda exhaustiva (explorando
la esquina inferior derecha encontrará tres todos los árboles posibles) hasta búsquedas
botones. Con el botón del medio se puede más rápidas pero menos óptimas (heurísticas,
copiar el gráfico y colocarlo en un NNI). En la sección de optimización, aparecen
documento Word para su posterior tres criterios para optimizar los caracteres, los
comparación. Puede rehacer este cuales permiten
  1 
 determinar el número de pasos entre un
estado del carácter y otro: Wagner (estados
reversibles y aditivos u ordenados), Fitch
(reversibles pero no aditivos u ordenados)
y, finalmente, Dollo (cambios irreversibles
del estado del carácter, por lo que las
homoplasias son tratadas como
reversiones o pérdidas secundarias). La
ventana también permite manipular el número
de reordenamientos en búsquedas
heurísticas y el número de réplicas de
muestreo con reemplazo (bootstrap).
Igualmente, se pueden observar las
estadísticas de número de árboles, longitud
y el número de árboles más parsimoniosos.
Para este ejercicio no vamos a modificar
ninguno de los valores indicados por el
programa. Apriete la casilla GO y podrá ver
los resultados.
 
En la ventana que aparece Ud. puede
analizar la evolución de los caracteres
mapeando éstos sobre la filogenia,
presionando las flechitas hacia arriba o
abajo en la esquina inferior derecha.
Igualmente, se pueden observar las
estadísticas de longitud e índices de
consistencia y retención, los cuales evalúan
la cantidad de homoplasia presente en el
cladograma. Compare el cladograma
obtenido con el fenograma anterior. ¿Son
iguales? Observe la matriz e indique qué
caracteres agrupan a los taxas B y C o D y
E en el análisis de similitud ¿Hay diferencias
en relación al análisis filogenético? ¿Qué
puede concluir con respecto al uso de
análisis de similitud para reconstruir las
relaciones filogenéticas de organismos?
¿Considera que ambos análisis proveen con
la misma información?
 
Ejercicio 2
 
En este ejercicio utilizaremos una matriz de
diez caracteres morfológicos para reconstruir
las relaciones filogenéticas de los Amniota
(Tabla 2). Esta matriz es tomada de
Brooks y col. (1988) y nos
 
permitirá reforzar algunos conceptos de la
reconstrucción filogenética.
 
Introduzca la matriz en PAST y realice los
análisis filogenéticos como se indicó en el
ejercicio anterior. Responda las siguientes
preguntas:
 
• ¿Son los reptiles un grupo monofilético?
• Identifique algunos caracteres
simplesiomórficos, sinapormórficos y
autapomórficos.
• ¿Qué caracteres representan una
sinapomorfia de los Amniota?
• ¿Hay evidencia de evolución convergente
de caracteres en la hipótesis filogenética de
los Amniota?
 
Compare el uso de los diferentes algoritmos
de búsqueda del árbol más parsimonioso.
¿Observa alguna diferencia? Compare,
igualmente, el uso de diversos métodos de
optimización, en especial Wagner o Fitch con
Dollo. Observe como se distribuyen los estados
de los caracteres a lo largo del cladograma.
¿Hay diferencias en la longitud de los
árboles? Para observar la distribución de
longitudes de árboles, haga una búsqueda
exhaustiva con estos tres criterios de
optimización. ¿Observa alguna diferencia?
Si en alguna de las búsquedas Ud. obtuvo
más de un árbol parsimonioso, realice la
búsqueda del árbol concenso. Presione la
pestaña Consensus en la esquina inferior
derecha. Este puede ser estricto o basado en
el criterio de la regla de la mayoría (mayor o
igual al 50%). ¿Qué observa?
Finalmente, utilizaremos “bootstrapping” como
prueba estadística que provee con un índice
de soporte de clados presentes en la
reconstrucción filogenética. Esta es una
prueba de muestreo con reemplazo que
genera una serie de matrices de caracteres
(pseudoréplicas) con las que se generan
cladogramas adicionales. Los resultados se
pueden visualizar como árbol de consenso
estricto o regla de la mayoría.
2 
 Tabla 2. Matriz de caracteres morfológicos a ser utilizados en el
análisis filogenético de los Amniota (tomado de Brooks y col.
1994).
  Caracteres
Taxa A B C D E F G H I J
Anfibios 2 5 no si Urea ecto no no si 0
Mamíferos 2 5 no si Urea endo si no si 1
Aves 1 4 si no Úrico endo si no si 2
Lagartos 1 5 no si Úrico ecto si si no 2
Culebras 1 0 no si Úrico ecto si si no 2
Tortugas 1 5 no si Úrico ecto si no si 0
Cocodrilos 1 4 si no Úrico ecto si no si 2
 
A: Articulación del cráneo (número de cóndilos occipitales).
B: Número de dígitos del miembro trasero.
C: Sistema digestivo (presencia o ausencia de una molleja
muscular).
D: Sistema urogenital (presencia o ausencia de vejiga
urinaria).
E: Tipo de desecho nitrogenado (amoníaco vs. úrea o ácido
úrico).
F: Tipo de metabolismo (endotermia o ectotermia).
G: Sistema reproductivo (presencia de huevo amniota).
H: Genitalia masculina (presencia o ausencia de hemipenis).
I: Fusión del hueso cuadrado con el yugal y cuadradoyugal.
J: Número de orificios temporales del cráneo.
 
 
Ejercicio 3. PAUP). La nueva versión del programa
  (MEGA 5) puede obtener las secuencias de
En este ejercicio vamos a utilizar otro tipo de manera directa del GenBank.
caracteres, de uso común en la actualidad,  
como lo son los caracteres moleculares. Abra el programa MEGA y presione la
Para ello vamos a utilizar una matriz de pestaña File y luego Open Data. Se abrirá
datos de un grupo de aves de la familia una ventana que le permitirá localizar el
Furnariidae para evaluar la hipótesis de archivo Margarornis.meg (colocándole la
monofilia del grupo Margarornis (el cual terminación .meg el programa lo reconoce
incluye cuatro géneros: Margarornis, automáticamente como MEGA; si no se le
Premnoplex, Premnornis y Roraimia; Fig. 1). añade esta terminación, entonces hay que
La monofilia es un supuesto que tiene que colocar “all…” en la pestaña de tipo de
ser evaluado antes de proponer hipótesis formato). Esta matriz incluye información de
biogeográficas. En este grupo, la presencia 1041 caracteres (posiciones o pares de bases)
de especies en la región del Pantepui, como correspondientes a secuencias de la
en la Cordillera de la Costa y los Andes, es subunidad 2 del gen Nicotinamida
atractiva para la propuesta de hipótesis de Deshidrogenasa, una proteína mitocondrial
colonización o vicarianza como resultado de que interviene en la cadena respiratoria. Se
la dinámica geológica y/o climática de la abrirá una nueva ventana con el objeto de
Región Neotropical. seleccionar el tipo de datos y otras
  convenciones de uso de los datos en la
Para evaluar la hipótesis de monofilia del matriz. Presione OK para la opción Nucleotide
grupo Margarornis vamos a utilizar el Sequences. Inmediatamente aparece un
programa MEGA (Molecular Evolutionary recuadro preguntando si los datos son de
Genetic Analyses, Tamura y col. 2007). Este un gen que codifica para alguna proteína.
es un software libre que puede obtenerse en Responda SI, ya que como dijimos antes, este
http://www.megasoftware.net/. Nosotros gen codifica para una proteína. Aparece otra
vamos a utilizar una matriz con el formato ventana donde debe seleccionar el código
Mega (*.meg). Sin embargo, este programa genético a utilizar. En este caso es
permite convertir diferentes tipos de archivos Vertebrado Mitocondrial. Coloque OK.
(incluyendo formatos FASTA y NEXUS,
formatos característicos de GenBank o

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 Figura 1. Taxa incluídos en el grupo Margarornis y su distribución en la Región Neotropical.
 
Se abrirá el Explorador de Datos donde podrá se ubicará como grupo externo.
visualizar, mediante el uso de los botones en
la barra de herramientas, la variación genética
presente en estas secuencias (caracteres
filogenéticamente informativos, sitios
conservados, sitios variables, entre otros).
Una vez explorado los datos, puede cerrar la ¿Es el grupo Margarornis un grupo
ventana y seleccionar Phylogeny en la monofilético como se había indicado
ventana del programa. Presione Construct previamente en la literatura (y verificado con
Phylogeny y luego Maximum Parsimony. análisis filogenéticos de caracteres
Aparece una ventana para seleccionar musculares de los miembros posteriores, Fig.
opciones del análisis. Presione dos veces 2)? ¿Cómo interpreta estos resultados?
las casillas verdes al final de las filas de  
Phylogeny Tests and options y Search options
y seleccione las opciones de su preferencia
(en Phylogeny Tests seleccione Bootstrap).
Presione Compute y describa los resultados
(puede tardar unos minutos obtenerlos).
Opcionalmente puede realizar análisis de
Máxima Verosimilitud y comparar los
resultados obtenidos con ambos métodos de
reconstrucción filogenética.
  Figura 2. Hipótesis filogenética del grupo
Fíjese que no encontramos opciones para Margarornis con base en caracteres de la
asignar el grupo externo, el cual en nuestro musculatura de los miembros posteriores. Cada
caso es Geositta cunicularia. Para enraizar el uno de los números identifica a tres
cladograma obtenido, explore los botones sinapormorfias presentes en el grupo (tomado
presentes en el panel izquierdo de la ventana. de Rudge & Raikow 1992).
El primer botón (un arbolito con una  flecha
verde) permite seleccionar el taxón que servirá
para enraizar el árbol. Presione el botón y con
el apuntador seleccione la rama que lleva
a G. cunicularia. Inmediatamente este taxón

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 BIBLIOGRAFÍA

Brooks, D. R., D. A. McLennan, J. P. Carney,

M. D. Dennison y C. A. Goldman. 1994.
Phylogenetic systematics: developing an
hypothesis of amniote relationships. Pp: 239-258,
En Tested studies for laboratory teaching,
Volume 15 (C. A. Goldman, Editor). Proceedings
of the 15th Workshop/Conference of the
Association for Biology Laboratory Education
(ABLE), 390 pages.

Hammer, Ø., D. A. T. Harper y P. D. Ryan.

2001. PAST: Paleontological Statistics Software
Package for Education and Data Analysis.
Palaeontologia Electronica 4(1): 9pp.

Lipscomb, D. 1998. Basics of Cladistic Analysis.

George Washington University, Washington,
D.C.

Rudge, D. W. y R. J. Raikow. 1992. The

phylogenetic relationships of the Margarornis
assemblage (Furnariidae). Condor 94:760–766.

Tamura K., J. Dudley, M. Nei y S. Kumar. 2007.

MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics
Analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular
Biology and Evolution 24: 1596-1599.

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