LABORATORIO DE BIOQUMICA. Prof. Jorge Alonso Leyva Rojas MSc, Dr.rer.

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UNIVERSIDAD DISTRITAL FRANCISCO JOS DE CALDAS FACULTAD DE CIENCIAS Y EDUCACIN LICENCIATURA EN QUMICA TALLER DE PEPTIDOS Y PROTEINAS 1. Escriba las reacciones de disociacin de los siguientes aminocidos partiendo de su forma ms cida hasta llegar a la forma ms bsica e identifique las formas catinica, aninica y zwitterion y calcule su punto isoelctrico. a. Leucina b. Lisina c. Acido asprtico 2. Podran estar los tres aminocidos del ejercicio anterior completamente separados unos de otros por electroforesis en una solucin buffer a pH 1, pH 6.0 y pH 13. Explicar detalladamente. 3. S usted est tratando de separar los tres aminocidos del primer ejercicio en una columna de intercambio aninico, usted usara una solucin buffer de pH 3, pH 7 o pH 11 u otra. Explicar detalladamente. 4. Los aminocidos pueden ser utilizados como amortiguadores. Un amortiguador es una solucin que resiste cambios de pH cuando se le agrega cido o base. El intervalo de pH sobre el cual es efectivo un amortiguador se denomina intervalo amortiguador, generalmente definido como pKa -1 a pKa +1. a) Indique el intervalo amortiguador (o intervalos) de Gly, His, Asp y Lys b) Esperara que una protena que contiene 100 aminocidos pudiera ser tan buen amortiguador como sus aminocidos constituyentes libres a concentraciones molares equivalentes?. 5. Escriba la estructura de los pptidos cuyas secuencias son:: a)Ala-Lys-Lys-Asp-Gly-Asn-Val-Glu-Arg-Gly b)Ile-Aps-His-Thr-Tyr-Gly-Pro-Phe-Glu-Ala a) Calcule el punto isoelctrico de los pptidos anteriores b) Sera posible separar los pptidos anteriores en electroforesis a pH 6. c) Diga cuales pptidos serian cortados por la accin de la quimotripsina. d) Qu parte de la secuencia posee estructura alfa hlice? Sin cistena no hay puentes de hidrogeno. e)Cules son los puntos de cambio de conformacin? por qu?. f) Diga si en estos pptidos el enlace peptdico es el nico tipo de enlace covalente posible. 6. De los siguientes pares de protenas, cul par se podra separar ms fcilmente por filtracin en gel (Filtracin por tamao) y por qu a.-hemoglobina humana( M.M. 64500), albmina humana (M.M.68500) b-Ribonucleasa (M.M.12640), glutamato deshidrogenasa(M.M. 1000000).

7. Cul pH 3, pH 6 o pH 9 escogera para obtener una mxima separacin electrofortica de Ureasa( pI 5) y mioglobina ( pI 7). Explique.

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8. Teniendo en cuenta que el pI para ovoalbmina 4.6; pI para beta-lactoglobulina 5.2; pI; para quimotripsingeno 9.5. En qu direccin (es decir, hacia el nodo (A, +), hacia el ctodo (C, -) o en el origen (O)) emigrarn las siguientes protenas en un campo elctrico al pH indicado?: a) Ovoalbmina a pH 5.0. b) Beta-lactoglobulina a pH 7.0. c) Quimotripsingeno a pH 11. 9. Investigue la secuencia de residuos de aminocidos de la angiotensina I y angiotensina II. a. Empleando el programa ChemSketch dibuje las estructuras y Modlelas en 3D. Utilice la lista

de aminocidos del software. b. Calcule el punto isoelctrico de los dos pptidos anteriores (manualmente) y diga si se pueden separar en una electroforesis y en qu condiciones. Calcule el punto isoelctrico de los pptidos anteriores usando un programa de internet (http://web.expasy.org/compute_pi/) o (http://web.expasy.org/protparam/) y comprelo con el clculo manual.

10. Traduzca las siguientes secuencias de ADN en aminocidos *Secuencia 1: 5TGCTACTTCCAAAACTGCCCACGAGGA3 *Secuencia 2:5TGCTACATACAAAACTGCCCAGGT3 a. Dibuje los pptidos resultantes (ChemSketch) y modelelos: b. .Calcule el punto isoelctrico de cada pptido y comprelo con el obtenido con el programa (http://web.expasy.org/compute_pi/) o http://web.expasy.org/protparam/). c. .Haga la digestin de los pptidos anteriores con quimiotripsina y tripsina. Compare los resultados con los cortes obtenidos con el programa: http://web.expasy.org/peptide_cutter/

las secuencias obtenidas corresponden a los siguientes pptidos ? a) Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-Gly b) Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly

Una las secuencias a y b, a travs de un puente de disulfuro y revise s con la optimizacin la estructura de la molcula cambia (ChemSketch). A qu pptidos corresponden esas secuencias? Cul es su funcin biolgica? Averige en bases de datos especializadas (como en http://pir.georgetown.edu o en http://www.ebi.ac.uk) la mayor informacin posible sobre la estructura y funcin de los pptidos y protenas estudiadas. (recuerde que algunas bases de datos requieren la entrada de las secuencias en cdigo de una letra)