PROTEÍNAS

MOTIVOS Y DOMINIOS
 Surgen del alineamiento de secuencias de proteínas
relacionadas, en donde se detectan las regiones mas
conservadas

 En general se denominan MOTIVOS cuando esas regiones

son cortas y DOMINIOS a las regiones más es extensas
¿QUÉ ES UN DOMINIO?

 Un dominio es una región espacialmente compacta de una

proteína que está relacionada con una determinada función.

 Por lo general, las proteínas que presentan un mismo dominio

se agrupan constituyendo una familia de proteína
 Motivos
• Motivo: fragmento “corto” de secuencia
altamente conservado asociado a alguna
característica funcional o estructural

• Ayudan a la predicción y a la detección de

homología
¿QUÉ ES UN PERFIL?
• Es una matriz de sustitución específica para cada posición de
la secuencia

• Son tablas con scores para cada posición del motivo y

penalizaciones por la apertura de gaps

• Un perfil se obtiene de un conjunto de secuencias alineadas que

comparten un dominio común.

• Los perfiles se pueden utilizar para buscar otras secuencias que

posean el citado dominio, ya que a partir de ese alineamiento es
posible determinar la probabilidad de que en una determinada
posición aparezca un aminoácido y utilizar esa información para
analizar nuevas secuencias.
N. Provart ∙ Intro for Lab 2 ∙ Slide 8
PATRONES
 Estas expresiones o patrones se pueden utilizar para
caracterizar motivos, indicando qué posiciones son más
importantes y cuáles pueden variar y qué variaciones
pueden sufrir

[AC]-x-V-x(4)-{ED}

< A-x-[ST](2)-x(0,1)-V
REGLAS:
• Los aminoácidos se representan utilizando el código de 1 letra.
• El símbolo X representa una posición en la que cualquier
aminoácido es aceptado.
• Los elementos se separan mediante guiones -.
• Las ambigüedades se indican como una lista de los aminoácidos
aceptados entre corchetes [ ], como por ejemplo [ALT] para
indicar Ala o Leu o Thr.
• Aquellos aminoácidos que no son aceptados en una posición se
indican entre llaves { }. Por ejemplo, {AM} indicaría cualquier
aminoácido excepto Ala y Met.
• Cuando un elemento se repite se indica utilizando después del
elemento un número o un rango de números entre paréntesis:
x(3) sería x-x-x, mientras que x(2,4) equivale a x-x o x-x-x o x-x-x-
x.
• Cuando un motivo está restringido al extremo amino o carboxilo, la
secuencia de ese motivo comienza con el símbolo < o termina con
> respectivamente.
 Aminoácidos Cualquier aminoácido
Aminoácidos que pueden puede ocupar las dos
conservados ocupar esta posiciones siguientes
posición

{ }

Cualquier Aminoácidos Aminoácidos

aminoácido conservados que no pueden
puede ocupar ocupar esta
esta posición posición

Estructura de un patrón o expresión regular

FINGERPRINT

 Una huella es un conjunto de motivos que se usan para

predecir la presencia de motivos similares, bien en una
secuencia concreta o en una base de datos.

 Contiene un número de motivos consecutivos tomados

de distintos puntos de un alineamiento múltiple.

 Las secuencias que pertenecen a la misma familia

contienen todos los motivos del mismo fingerprint,
mientras que las subfamilias comparten sólo parte del
fingerprint.
  Homologos, Ortólogos y
Parálogos

 HOMOLOGOS: cuando poseen similitud entre si

 ORTOLOGOS: cuando esta similitud deriva de una

ascendencia común (relación vertical)

 PARALOGOS cuando la similitud se produce dentro

del mismo genoma por duplicación de un gen
(relación horizontal)

 Se asume que dos genes ORTOLOGOS tienen la

misma función, mientras que los genes PARALOGOS,
puesto que se han originado por duplicación y
posterior divergencia, deben de tener diferente
función o, al menos, cierto grado de especialización.
Cristalización
 Proteína en grandes cantidades: miligramos
 Alta pureza y homogeneidad

 Se lleva una solución a un estado sobresaturado para que

cristalice.

 Utiliza precipitantes. Se unen a moléculas de agua, lo que

simula alta concentración de proteínas.

 Cristales pueden crecer en horas hasta semanas.

 Se necesitan cristales largos para experimentos de difracción
de rayos X.
Factores que afectan la cristalización
 pH
 Fuerza iónica
 Concentración del precipitante
 Concentración de la macromolécula
 Temperatura
 Aditivos, efectores, y ligandos
 Organismo fuente de macromoléculas
 Presencia de sustratos, coenzimas, inhibidores
 Ambiente reductor u oxidante
 Iones metálicos
 Tasa de equilibrio
 (a, b, f) Satellite
tobacco mosaic virus
 (c) Desmodium yellow
mottle virus
 (d) canavalina
hexagonal
 (e) anticuerpo
intacto anti-linfoma
canino
Sitting Drop
Gota suspendida
Diálisis
Detección
 Difracción de rayos X: Los cristales difractan los rayos X.
Se puede reconstruir la forma 3D del patrón de la nube
de electrones que se forma.
 Resonancia magnética nuclear: Se basa en las propiedades
de mecánica cuántica del núcleo de cada átomo de la
proteína.
 Microscopía electrónica de transmisión: Se pasa un haz de
electrones a través de una muestra ultradelgada,
formándose una imagen.