Resumen Genoma

El genoma es el contenido total de ADN de la célula​. ​Incluye no sólo la porción

codificante (genes) sino también las regiones intergénicas y los ADN repetidos.
Generalmente “genoma” se utiliza para referirse al genoma nuclear. La
genómica es la encargada de estudiar el genoma.
 
Los eucariotas tienen 2 o 3 genomas:
Genoma nuclear
Genoma mitocondrial
Genoma plastido

El genoma humano tiene aproximadamente entre 25-35 mil genes y 3.3

millones de bases. La distribución de estos genes varía enormemente según
las regiones cromosomas. Por ejemplo, las regiones heterocromaticas y
centromeras son principalmente no codificantes y la mayor densidad de genes
se observa en las regiones subteloméricas. A su vez la densidad de genes está
determinada por la composición de bases, donde secuencias ricas en pares AT
son menos densas que las secuencias ricas en pares CG

Los cromosomas 19 y 22 son ricos en genes, mientras que los 4, 18 y 21 son

relativamente pobres en genes, por esa razón es viable una trisomía en el par
21 y no en el 19 o 22

Tamaño del genoma

 
El tamaño del genoma no está asociado a la complejidad genética. Por ejemplo
los genomas de las salamandras contienen diez veces más cantidad de ADN
que la encontrada en el genoma humano, pero estos organismos no son diez
veces más complejos que los humanos.

Esto se debe a que el genoma de la mayoría de las células eucariotas contiene

no solo genes funcionales sino también genes que no codifican proteínas. Por
lo que la diferencia de tamaños entre los genomas de la salamandra y del
hombre refleja grandes cantidades de ADN no codificante, en lugar de más
genes, en el genoma de la salamandra. El genoma de cada especie se
organiza en cromosomas con forma tamaño y cantidad característica
La porción de genes codificantes, que cumplen una función en los organismos
eucariotas se mantienen constantes, ya que la célula requiere de ciertas
proporciones para cumplir una función.

Estructura de un Gen
Un gen es una secuencia de nucleótidos que contiene la información necesaria
para la síntesis de un polipéptido o un ARN funcional
Intrones y exones

Los genes representan una estructura dividida en la que los segmentos de

secuencia codificante (llamados exones, ocupando entre 1-5 % del genoma)
están separados por secuencias no codificantes (llamadas intermediarias o
intrones)

El gen completo se transcribe para producir una molécula de ARN donde los
intrones se han retirado mediante splicing o empalmes, por lo que solo los
exones se encuentran incluidos en el ARNm.

El gen humano presenta aproximadamente 9 exones, interrumpidos por 8

intrones a lo largo de 30 mil pares de bases (30 kb) de ADN genómico.

También presenta muchas secuencias repetidas, y los genes están mas

interrumpidos y mas dispersos, esto nos muestra porque los humanos somos
más complejos que otras especies, ya que por ejemplo​ ​el genoma de las
levaduras contiene 6000 genes y es compacto.  

Los intrones están presentes en la mayoría de los genes de las eucariotas

complejas, aunque no son universales. Por ejemplo casi todos los genes de las
histonas carecen de intrones, por lo que no es una distinción absoluta entre el
genoma de procariotas y eucariotas.

Los intrones juegan papeles importantes en el control de la expresión génica.

Por ejemplo, la presencia de intrones permite que los exones de un gen se
unan en distintas combinaciones, resultando en la síntesis de distintas
proteínas a partir de un mismo gen, esto se denomina como procesamiento
alternativo o splicing.
Renaturalización complejidad del genoma
La cinética de reasociación del ADN permite analizar la complejidad de un
genoma, mediante la curva de reasociación.

Si el ADN se desnaturaliza aumenta la absorbancia de la luz ultra violeta en

cambio si se renaturaliza disminuye la absorbancia de la luz ultra violeta.

Se fragmenta el ADN y se desnaturaliza los fragmentos con temperatura y

luego se deja enfriar, la solución que está fragmentada se empezara a
reasociarse o renaturalizarse volviendo a formar moléculas de doble hebra,
disminuyendo la absorbancia.

En los organismos procariotas la curva de reasociación es homogénea y eso

indica que hay un solo tipo de ADN.
En las eucariotas existen 3 velocidades de reasociación, hay fragmentos de
ADN que se reasocian rápidamente otros a velocidad intermediaria y algunos
lentamente
 
La velocidad de reasociación depende de la concentración de hebras de ADN.
Si una secuencia está altamente repetida es más fácil de reasociarse ya que
es más fácil encontrar regiones complementarias.
Cuando están moderadamente repetidas la reasociación se hara a una
velocidad intermediaria.
En el caso de que las secuencias no estén repetidas la reasociación se hace a
una velocidad muy baja.
ADN repetitivo

En la reasociación se identifican dos tipos de generales de secuencias

genómicas

ADN no repetitivo o de copia única:​ consta de secuencias únicas: sólo

Hay una copia en un genoma haploide.
Ocupan entre el (50-75%) del genoma. Contiene la mayoría de los genes
codificantes para proteínas

ADN repetitivo:​ consta de secuencias presentes en más de una copia en

cada genoma, no tiene función codificante.

El ADN repetitivo se divide en:

ADN altamente repetitivo:​ está formado por secuencias muy cortas,

presentes muchos miles de veces en el genoma, frecuentemente organizadas
en forma de repeticiones en tándem, ocupan aproximadamente entre 10- 15 %
del genoma

Se encuentran en este grupo el ADN satélite y el ADN de secuencia sencilla.

ADN moderadamente repetitivo​: consiste en secuencias relativamente cortas

que se repiten típicamente de 10-1000 veces en el genoma, dispersas a lo
largo de éste.
Ocupan aproximadamente entre (15-40%) del genoma

Ejemplos de este grupo son:

En tándem​: minisatelites (VNTRs), microsatelites ( dinucleotides), multiples
copias de genes (ARNr)
Dispersos​: SINEs (compuesto por alu) y LINEs (compuesto por L1),
transposones de ADN y elementos semejantes a los virus.

ADN altamente repetitivo

ADN satélite

Constituyen entre el 10-15% del ADN de la mayoría de las eucariotas

superiores. No se transcriben y no proporcionan información genética funcional,
pero sin embargo representan papeles importantes en la estructura
cromosómica, ya que forma parte de los centrómeros de los cromosomas, la
repetición genera que el material genético adopte una nueva estructura, donde
se asocian proteínas y forman el centrómero que tiene propiedades de unirse al
huso mitótico y también son importantes para la separación de las cromátidas
hermanas.

ADN de secuencia simple

Son repeticiones en tándem de hasta miles de copias de secuencias cortas,
que varían desde 1 hasta 500 nucleótidos. Por ejemplo la secuencia sencilla en
Drosophilia consiste en repeticiones en tándem de una unidad de siete
nucleótidos ACAAACT.

ADN moderadamente repetitivo en tándem

Minisatélites

Consiste en secuencias cortas de 14 o 100 y se repiten aproximadamente entre

10 a 20 veces, Este tipo de ADN compone el ADN telomérico.
Varían en cada persona, hay muchos alelos para estos repetidos que generar
variabilidad.
Son útiles para identificar individuos por DNA fingerprinting, puesto que la
longitud de la región repetida es muy variable entre individuos.
ADN telomérico

La porción terminal del telómero que contiene entre 100 y 1500 copias de
tándem de repetidos cortos GGGATTGGGATT…
Dicha secuencia repetitiva es necesaria para la integralidad del cromosoma,
además se le añade al cromosoma una enzima especializada que es la
telomerasa, la cual es necesaria para prevenir el acortamiento de los
cromosomas.

ADN microsatélite

Consiste en secuencias de pares de bases repetitivas en tándem de mono, di

tri y tetra nucleótidos localizados por todo el genoma.
El ADN microsatélite varia el número de repeticiones de CA entre las personas
y se puede utilizar para estudios de realización del mapa genético.
Se cree que esta variación en el número de repeticiones surge por el
apareamiento incorrecto de las repeticiones en tándem de las dos hebras de
ADN complementarias durante la replicación del ADN. Provocando así
diferentes alelos.
Este tipo de ADN también se puede encontrar en los telómeros.

Múltiples copias de genes (ARNr)

En las secuencias moderadamente repetitivas en tándem hay genes para ARNr

que se encuentran en cromosomas Acrocéntricos, con satélite donde forman la
segunda constricción.
Estos genes al transcribirse dan lugar al ARNr.
 
Una única unidad transcripcional repetida unas 50 veces en 5 clusters (grupos)
ubicados en los cromosomas 13, 14, 15, 21 y 22, los cuales se unen formando
el nucleolar.

La Región Organizadora del Nucleolo (NOR), es una zona que contiene

información para producir el ARN-ribosómico. Los cromosomas con NOR en
muchos casos tienen después de la región NOR, entre está y el telómero un
segmento más o menos grande que se denomina Satélite o Trabante (no se
debe confundir con el ADN satélite).

ADN moderadamente repetitivo dispersos

Comprenden a elementos principalmente transponibles

SINEs (elementos nucleares dispersos cortos)

Los SINEs poseen una longitud de 100 a 300 pares de bases. Unas 1,5
millones de estas se encuentras dispersas a través del genoma, constituyendo
aproximadamente un 13 % del ADN humano total. Aunque los SINEs se
transcriben a ARN, no codifican proteínas y su función es desconocida.
Tiene una similitud secuencial con una partícula de reconocimiento de señales
implicada en la síntesis de proteínas. Se denominan repeticiones Alu porque
contienen un sitio de restricción de reconocimiento enzimático AluI. Por lo que
son endonucleasas.

Una ​secuencia Alu​ es un fragmento de ​ADN​ de aproximadamente 300 pares

de bases que con ligeras variaciones puede encontrarse en un gran número de
lugares en el genoma de los primates

LINEs (elementos nucleares dispersos largos)

Los LINEs poseen una longitud de 6-8 kb, constituyen el 21% del genoma
humano. Los LINEs se transcriben y al menos algunos de ellos codifican
proteínas. Pero al igual que los SINEs, no poseen una función conocida en la
fisiología celular.
Los miembros de la familia de repeticiones Alu de los LINEs es L1.

La secuencia LINEs y SINEs son ejemplos de elementos transponibles, que

son capaces de moverse a puntos distintos en el ADN genómico. También se
les denomina ADN móviles.

Existen dos tipos básicos:

Transposones​ (ADN como intermediario)

Retrotransposones​ (intermediario de ARN)

Retrotransposones
Las secuencias LINEs y SINEs son retrotransposones, lo que significa que su
trasposición esta mediada por la transcripción inversa. Un ARN copia de una
secuencia SINEs o LINEs es convertido en ADN por la transcriptasa inversa en
el interior celular y la nueva copia de ADN se integra en nuevo punto del
genoma.
Transposones de ADN
Se mueven en el genoma siendo copiados y reinsertados como secuencias de
ADN , en lugar de moverse mediante transcripción inversa, constituye
aproximadamente el 3% del ADN humano.

Elementos semejantes al retrovirus

También se mueven dentro del genoma por transcripción inversa, constituyen

el 8% de ADN humano.
Estos elementos se parecen a los virus ya que nuestro cuerpo tiene una
autobiografía genética, tenemos recuerdos de diferentes virus.

Así prácticamente la mitad del genoma humano consiste en elementos

repetitivos dispersos que se han replicado y movido a través del genoma de
intermediarios de ARN o ADN.

Genoma humano.

Familias Génicas
 
Genes codificantes para productos idénticos o similares que se encuentran
distribuidos en cluster (agrupados) o dispersos.
Por lo que miembros concretos de genes relacionados pueden ser transcritos
en diferentes tejidos o diferentes etapas del desarrollo. Por ejemplo las
subunidades α y β de la hemoglobina se encuentran condicionadas por familias
de genes en el genoma humano, con diferentes miembros de esa familia
expresados en tejido embrionario, fetal y tejidos adultos.
Por lo que los miembros de una familia de genes se agrupan en una región de
ADN es decir en determinados cromosomas como el ejemplo de los genes de
la globina que son próximos y se encuentran en los cromosomas 11 y 16,
mientras que miembros de otras familias se pueden encontrar en cromosomas
dispersos

Pseudogenes

Los peseudogenes son copias defectuosas no funcionales de genes,

representan reliquias evolutivas, aumentando consideradamente el tamaño de
los genomas eucariotas sin hacer ninguna contribución génica funcional. Serian
una especie de recuerdos de genes viejos.
En la duplicación génica pueden surgir dos mecanismos diferentes los cuales
dan como resultado:

● Pseudogenes no procesados (copias genómicas con intrones)

● Pseudogenes procesados (copias de regiones exónicas generadas por

transcripción reversa)

Pseudogenes no procesados

Se duplica un segmento de ADN que puede resultar en la transferencia de un

bloque de ADN a una nueva localización del genoma representa el 5% del
genoma humano.

Pseudogenes procesados

Los genes pueden duplicarse mediante la transcripcion inversa de un ARNm

seguido de la integracion de la copia de ADNc en un nuevo punto
cromosomico, por lo que forma copias geneticas que carecen de intrones y que
carecen de las secuencias cromosomicas normales que dirigen la transcprision
de un gen en ARNm
Genoma Mitocondrial

Además del ADN nuclear también se encuentra el ADN mitocondrial, el cual es

muy compacto contiene poco ADN repetitivo y codifica para 37 genes, que
incluyen a dos tipos de ARN ribosómico, 22 ARN transferencia y 13 genes de
proteínas, el código genético del mtADN difiere ligeramente del código de ADN
nuclear se asemeja mucho al genoma de las bacterias.

Las mitocondrias del cigoto fertilizado heredan exclusivamente de la madre, por

lo que pueden generar muchos trastornos mitocondriales generando así
enfermedades genéticas de origen materno.