Regulation of gene expression

Francisco Navarro
Departamento de Biología Experimental
Ärea de Genética
Universidad de Jaén
Prokaryotic cell Eukaryotic cell
Eukaryotic cell

CENTRAL DOGMA
 Eukaryotic cell
CENTRAL DOGMA
 Eukaryotic cell
CENTRAL DOGMA
, miRNA
RNA pol IV/V

LncRNA
SiRNA

RNA pol IV/V

mRNA
miRNA
Pol V: Plants - siRNA
siRNA

/ Stability
/ Stability
Rrn7
Evolución de las ARN polimerasas

Fernández-Tornero et al, 2013

 ARN polimerasas eucarióticas

Pol I
 RNA pol immunolocalisation

Pol I

WT

DAPI RPA190 (HA) Merge

 RNA pol immunolocalisation

Pol II

WT

DAPI Rpb1 Merge

 RNA pol immunolocalisation

Pol III

WT

DAPI Rpc160 Merge

Localización nucleolar de los pretRNAs

Bertrand et al., 2000

Localización de las ARN pol

Pol II
Distribución de componentes de transcripción en bacterias

Weng and Xiao, 2014

 Distribución de mRNAs en bacterias

Weng and Xiao, 2014

Prokaryotic cell Eukaryotic cell
Levaduras

Pelechano et al, 2010

 RNA Pol I Promoter

Yeast

Mammal

Schneider, 2011
 RNA Pol I transcription cycle

Albert et al, 2011

 RNA Pol I transcription cycle

2017
 RNA Pol I transcription cycle

2017
 RNA Pol III Promoters
Yeast Mammalian

Nikitina et al, 2011

Dumay-Odelot et al, 2010

RNA Pol III transcription cycle

Turowski and Tollervey, 2016

RNA Pol II transcription cycle
 Chromatin access

PIC formation
Recycling

Termination

Initiation

Productive elongation va
“promoter scape/clearance”
(TFIIS, Ser5)

“promoter scape” (Spt (NELF), Ser2)

Fuda et al, 2009
Shandilya et al, 12
Shandilya et al, 12
 Chromatin access

PIC formation
Recycling

Termination

Initiation

Productive elongation va
“promoter scape/clearance”
(TFIIS, Ser5)

“promoter scape” (Spt (NELF), Ser2)

Fuda et al, 2009
Shandilya et al, 12
Processing and surveillance of mRNA
Análisis de RNAs III. RESULTADOS Y DISCUSIÓN
RNAseq
Análisis de mRNAs mediante isRIP-Seq
III. RESULTADOS Y DISCUSIÓN

RPB4 TAP

RPB4 TAP
Análisis de mRNAs mediante isRIP-Seq
III. RESULTADOS Y DISCUSIÓN

3’T-fill
 Análisis de mRNAs mediante isRIP-Seq
III. RESULTADOS Y DISCUSIÓN

Categorías funcionales
Genes unidos a Rpb4 comunes en ambas cepas

No significativos Subunidad pequeña del ribosoma

Comunes
Subunidad pequeña del ribosoma mitocondrial
Solo en WT
Log2fc(RIP-rpb1-84)

Solo en rpb1-84 Ribosoma

Ribosoma mitocondrial
Subunidad mayor del ribosoma

Subunidad mayor del ribosoma mitocondrial

Actividad transferasa de grupos hexosilo

Traducción mitocondrial

Actividad transferasa de grupos glicosilo

Matriz mitocondrial
Organización de la mitocondria
Log2fc(RIP-WT) Retículo endoplasmático

Membrana del retículo endoplasmático

Transcriptome analysis
Cell Cycle analysis/ microarrays
Transcriptome analysis
Transcriptome analysis
Proteome analysis using protein chip
technology
Protein complex network
Proteome analysis