Conformación abierta

Conformación abierta

Me faltó la cerrads jjsjsa

Unión a ligando
VMD
Árbol filogenético

Alphafold
 3IKT
Crystal structure of a Rex-family repressor/DNA/NAD+ complex from
Thermus aquaticus
 PDB DOI: 10.2210/pdb3IKT/pdb
 NDB: NA0118

 Classification: DNA BINDING PROTEIN/DNA

 Organism(s): Thermus thermophilus HB27
 Expression System: Escherichia coli
 Mutation(s): No 

VALINA INTERACCIONA CON EL LIGANDO PERO NO CON SU CADENA LATERAL (ACIDO

CARBOXILICO

Lisina esta interaccionando mediante puente de hidrogeno (118)

Asparagina resid
 Homolo
gía: En bioquímica, este término hace referencia al hecho de que en las secuencias de 2
o más proteínas guardan gran similitud debido a que poseen un ancestro en común.
(referencia)
Proteínas ortólogas: Son proteínas que provienen del mismo gen, cuya divergencia
ocurrió mediante un proceso de especiación, es decir, son proteínas que tienen la misma
función en especies diferentes.
Proteínas parálogas: Son proteínas aquellas que se dieron por duplicación génica en el
mismo organismo, generando una redundancia funcional (2 genes con la misma función),
a una de estas réplicas, tiene una alta presión selectiva (poca probabilidad de mutación),
mientras que la otra tiene una alta probabilidad de mutar, cambiando la función de la
proteína codificada por el gen, pero muy poco su estructura, en resumen, son proteínas
con estructura similar y función distinta, pero dentro del mismo organismo
Obviamente, tanto las proteínas paralogas como las ortologas son homólogas a la vez

Ahora, con todas estas definiciones claras, se posee a analizar 3 proteínas mediante el
programa VMD, que podrían tener un ancestro en común debido a su alta similitud en
estructura en función, estas proteínas serian 3 tipos distintos de hemoglobinas, una, es la
hemoglobina carbonomoxy, que pertenece al organismo Glycera dibranchyata, (archivo
1Hbj), otra,es el componente lV del monomero de la hemoglobina (archivo 1jF4) de la
misma especie ya mencionada y la ultima es la Hemoglobina del organismo Lupius lutea
(archivo 1gbi).

Donde, las proteínas que pertenecen al mismo organismo (Glycera dibranchyata) serian
paralogas, mientras que la proteína perteneciente a Lupius lutea sería ortologa a las otras
2 ya mencionadas.
Al realizar el analisis, podemos observar que al superponer las 3 proteinas, se puede
evidenciar una clara superposicion de 2 cadenas casi por completos mientras que otra
difiere un poco de ellas