Biomas y viromas.

Paralelismo y discusión de la importancia

de los viromas y su correspondencia con la vida.
El concepto de bioma deviene de un enfoque introducido en 1939, por los ecólogos
F. E. Clements y V. E. Shelford, para combinar la distribución a amplia escala tanto de
plantas como de animales relacionados en un sistema de clasificación único. A estas unidades
bióticas se denominó biomas, que se caracterizan según la fauna y flora dominantes y según
el hábitat ocupado [1]. Análogamente las comunidades de todos los microorganismos con
sus correspondientes hábitats son denominadas microbiomas y se hace una subdivisión
específica para los grupos de virus en relación con sus hábitats a través de la introducción del
concepto de viroma [2][3][7].
Los virus, dada su gran abundancia y diversidad, se consideran como entidades de
gran importancia. Por citar un ejemplo, los microorganismos marinos aportan más de la mitad
de la biomasa del mundo entero y un mililitro de agua de mar contiene, aproximadamente,
un millón de bacterias, mil protozoarios y hasta diez millones de virus [4]. Estos últimos
regulan el equilibrio en el medio marino al infectar y eliminan bacterias e incluso animales y
plantas, lo cual ayuda a liberar grandes cantidades de carbono y subproductos y provee de
materia orgánica para el reciclado ecológico [5]. Aunque están ampliamente distribuidos en
la Tierra, aún genera controversias la inclusión de los mismos dentro de un nuevo dominio
de vida [3].
Si se considera otro caso concreto, existe una multitud de evidencias científicas que
muestran funciones desarrolladas por el microbioma del organismo humano tienen un
profundo impacto en nuestro estado de salud y en la respuesta que el sistema inmunitario
puede ofrecer tanto a nivel local como sistémico ante distintas patologías. Estas comunidades
tienen un relacionamiento simbiótico y mutualista con las células humanas y aportan
determinadas capacidades de las que carecemos intrínsecamente, como la transformación de
componentes alimentarios no digeribles en metabolitos absorbibles, la aportación de ácidos
grasos de cadena corta, la síntesis de diversos aminoácidos y vitaminas esenciales, etc. [7][8]
Si bien la mayoría de los estudios disponibles documentan las características de los
bacteriomas (microbiomas bacterianos), también existen estudios que evidencian las
relaciones existentes entre éste y el microbioma vírico (viroma) a través de profagos y
bacteriófagos que modifican la actividad bacteriana y, en menor medida y por consiguiente,
la del fungioma (comunidad de hongos parte del mismo microbioma) ya que comparten el
mismo espacio y conforman un mismo ecosistema [7][8].
Existe un creciente interés en el estudio de estos organismos, pero aún se desconocen
gran parte de las funciones que estos cumplen en la mayoría de los distintos biomas. Esto en
gran medida por la gran dificultad que existe para el aislamiento, la caracterización de ciclos
de vida y el establecimiento de cultivos puros. Por lo que se procede al uso de técnicas de
biología molecular que sean independientes de los cultivos y que permitan analizar
comunidades víricas y se recurre a técnicas de secuenciación que posibiliten estructurar el
análisis de los mismos [3].
Haciendo cuenta lo anteriormente mencionado, se establece que el paralelismo entre
el análisis de los viromas versus el análisis de los microbiomas y biomas radica en la
metodología para la caracterización de los agentes que actúan en cada unidad de estudio y en
los objetivos perseguidos debido a las limitaciones circunstanciales; cuanto más pequeño es
el agente que se desea analizar, mayor la dificultad para su caracterización y aislamiento [3].
En el caso de los virus actualmente se procede mayoritariamente a la secuenciación
genómica y al empleo de técnicas computacionales para la identificación de firmas de
dominios o proteínas características de cada viroma. Dada la complejidad y la variabilidad
de los datos, el uso de herramientas de aprendizaje de máquina se hace casi imprescindible
para clasificar, clusterizar y reducir la dimensionalidad del conjunto de datos según los
patrones secuenciados [3]. Lo anteriormente descrito no ocurre así con las otras unidades
bióticas; en el caso de las bacterias existe un aislamiento, purificación y posterior cultivo para
la caracterización de sus ciclos de vida [6]. Es decir que, para el estudio de los virus la
caracterización y clasificación se hace por métodos deductivos e inferenciales. Uno de esos
métodos es el de la clasificación de genes por grupos de ortólogos, el cual ha demostrado ser
una herramienta útil en genómica comparativa [3].
Mediante el uso de dicha herramienta, se puede inferir que existen diferencias entre
biomas a nivel de COGs (clústers de grupos ortólogos), lo cual se ve reflejado en la
especialización del virus en diferentes ambientes según sus factores bióticos y abióticos; esta
asociación abre puertas para la búsqueda de correspondencias funcionales entre cada viroma
y bioma en particular. Esto se debe a que, ante una divergencia durante el proceso de
especiación es probable que los genes tengan una función similar, lo cual permite atribuir a
los clústers una función relacionada [3].
Tras este análisis, se concluye que el estudio de los viromas es de vital importancia
para la comprensión de las comunidades de microorganismos y que la identificación de sus
funciones es determinante para la comprensión de los procesos ecosistémicos, tanto a nivel
microscópico, como macroscópico; dadas las permanentes interrelaciones existentes entre
las unidades bióticas mencionadas [3][7][8].
Si bien el método de la clasificación de genes por grupos de ortólogos y las técnicas
de biología molecular independientes de cultivos víricos son inferenciales y deductivas [9],
han demostrado ser herramientas útiles para el hallazgo de posibles correspondencias entre
proteínas y genomas víricos con el funcionamiento de los microbiomas. Es decir, han
ayudado a sustentar la hipótesis de la interrelación entre ambas unidades bióticas [3].
Referencias.
1. Thomas M. Smith, Robert Leo Smith. (2007). Ecología. Madrid: Pearson Educación,
S.A.
2. Miriam F Moffatt, William OCM Cookson. (2017). The lung microbiome in health
and disease. 25 de noviembre de 2021, de Royal College of Physicians. Sitio web:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6297685/
3. Oscar Ortega Recalde. (2016). Análisis bioinformático de metagenomas virales
provenientes de diferentes biomas. Colombia: Universidad de los Andes.
4. Editorial. (Aug. 2016). La virología, más necesaria que nunca. Biomédica, vol.36.
5. Suttle CA. (2007). Marine viruses, major players in the global ecosystem. Nature
Reviews Microbiology. 5:801-12. http://dx.doi.org/10.1038/nrmicro1750
6. Ramírez R, Luna B, Velásquez O, Vierna L, Mejía A, et al. (2006). Manual de
Prácticas de Microbiología General. 5ª edición. México: Universidad Nacional
Autónoma de México UNAM, Facultad de Química.
7. Cantón R, Del Campo R, Mira A, Monsó E. (2018). Informe Anticipando
Microbioma. Fundación Instituto Roche. Disponible en www.institutoroche.es
8. Iván Sanz García. (2019). Trabajo de fin de grado. Microbioma y desarrollo
farmacéutico. Madrid: Universidad Complutense de Madrid.
9. Landesrechtsprechung Baden-Württemberg. (2016). OLG Stuttgart Urteil vom
16.2.2016, 12 U 63/15. 26-11-2021, de Landesrechtsprechung Baden-Württemberg
Sitio web: http://lrbw.juris.de/cgi-
bin/laender_rechtsprechung/document.py?Gericht=bw&GerichtAuswahl=Oberland
esgerichte&Art=en&sid=46bf3db2df690aba6e4874acafaf45b6&nr=20705&pos=0&
anz=1